| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava
Prva stran > Izpis gradiva

Izpis gradiva Pomoč

Naslov:Rekonstrukcija funkcionalnih mrež iz dinamike pankreasnih celic beta
Avtorji:ID Murko, Jakob (Avtor)
ID Marhl, Marko (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
ID Gosak, Marko (Komentor)
ID Stožer, Andraž (Komentor)
Datoteke:.pdf MAG_Murko_Jakob_2019.pdf (3,34 MB)
MD5: 39BBB1DEB841961CF0F00F8211AD0D36
PID: 20.500.12556/dkum/b0ffe69e-09d1-41de-9f4b-6431cb41b441
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga
Tipologija:2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:FNM - Fakulteta za naravoslovje in matematiko
Opis:V magistrskem delu obravnavamo funkcionalno povezanost celic beta. Te celice se nahajajo v Langerhansovih otočkih v trebušni slinavki in so ključne pri uravnavanju koncentracije glukoze v krvi, saj ob povečani ravni glukoze v organizmu izločajo hormon inzulin. V prvi fazi dela dinamiko električno vzdraženih celic beta simuliramo z modelom, v drugi fazi pa se osredotočimo na analizo eksperimentalno izmerjene dinamike znotrajceličnega kalcija. Za opis dinamike posameznih celic uporabimo fenomenološki model, t.i. iterativno mapo Rulkova. Posamezne Rulkove oscilatorje med seboj povežemo v mrežo, s čimer simuliramo funkcijo presledkovnih stikov, s katerimi so povezane celice beta v realnem tkivu. Da bi naš večcelični model čimbolj približali realnemu obnašanju, vpeljemo tudi naključno in prostorsko definirano heterogenost celic. Na podlagi podatkov aktivnosti celic iz simulacij določimo funkcionalno povezanost le-teh. Predstavimo dve metodi določitve funkcionalne mreže, to je korelacijsko in metodo pseudo-inverza kovariance. Analiza simuliranih podatkov pokaže, da sta obe metodi zanesljivi, zato jih preizkusimo tudi na eksperimentalno pridobljenih podatkih, in sicer na in situ meritvah kalcijeve aktivnosti v svežih tkivnih rezinah mišje trebušne slinavke. Ugotovimo, da sta si funkcionalna mreža na podlagi simulacijskih in eksperimentalnih podatkov podobni, kar nam kaže na natančno obnašanje modela. Z analizo obeh funkcionalnih mrež ustvarjenih na podlagi eksperimentalnih podatkov lahko vsaj delno sklepamo na strukturo povezav presledkovnih stikov v opazovani plasti Langerhansovega otočka. Pomembna je tudi ugotovitev, da v funkcionalni mreži celic beta opazimo celice z nadpovprečnim številom povezav, tudi daljnosežnih, kar je v skladu z ugotovitvami preteklih raziskav.
Ključne besede:celice beta, Langerhansov otoček, funkcionalna mreža, Rulkov model, celična heterogenost, korelacijski koeficient, pseudo-inverz kovariance.
Kraj izida:Maribor
Založnik:[J. Murko]
Leto izida:2019
PID:20.500.12556/DKUM-74921 Novo okno
UDK:577(043.2)
COBISS.SI-ID:24864776 Novo okno
NUK URN:URN:SI:UM:DK:AELX1YC4
Datum objave v DKUM:05.11.2019
Število ogledov:1629
Število prenosov:103
Metapodatki:XML DC-XML DC-RDF
Področja:FNM
:
MURKO, Jakob, 2019, Rekonstrukcija funkcionalnih mrež iz dinamike pankreasnih celic beta [na spletu]. Magistrsko delo. Maribor : J. Murko. [Dostopano 13 april 2025]. Pridobljeno s: https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?lang=slv&id=74921
Kopiraj citat
  
Skupna ocena:
0.5
1
1.5
2
2.5
3
3.5
4
4.5
5
(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Licence

Licenca:CC BY-NC-ND 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/deed.sl
Opis:Najbolj omejujoča licenca Creative Commons. Uporabniki lahko prenesejo in delijo delo v nekomercialne namene in ga ne smejo uporabiti za nobene druge namene.
Začetek licenciranja:12.09.2019

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Reconstruction of functional networks from the dynamics of pancreatic beta cells
Opis:In master thesis we explore beta cells connectivity. These cells are located in the pancreatic islets of the Langerhans and are crucial in regulating blood glucose levels, as they secrete the hormone insulin as the glucose level in the organism is increased. In the first part of the thesis, we simulate the dynamics of electrically excitable beta cells with a model, and in the second part, we focus on the analysis of the experimentally measured dynamics of intracellular calcium. To describe the dynamics of individual cells, we use a phenomenological model, i.e. the iterative Rulkov map. The individual Rulkov oscillators are interconnected to simulate the function of the gap junctions with which beta cells in real tissue are connected. In order to bring our multicellular model as close to real behaviour as possible, we introduce random and spatially defined cellular heterogeneities. Based on simulated cellular behaviour, we create functional network among simulated beta cells. We introduce two methods for building functional network: the correlation method and the pseudo-inverse covariance method. The analysis of the simulated data shows that both methods are reliable, so they are also tested on experimentally obtained data, namely in in situ measurements of calcium activity in acute pancreatic tissue slices of mice. Functional networks of simulated and experimental data have similar properties, which indicates an accurate behaviour of our computational model. Using information of the functional network structure from real islet of Langerhans, we can at least partially deduce structure of underlying structural gap-junctional connections. Notably, in functional beta cell networks we notice cells with an above-average number of connections, including long-range connections, which is in line with the findings of previous research.
Ključne besede:beta cells, islet of Langerhans, functional network, Rulkov model, cell heterogeneity, correlation coefficient, pseudoinverse of covariance.


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici