| Naslov: | PRIMERJAVA UČINKOVITOSTI IMPLEMENTACIJE ALGORITMOV NEEDLEMAN-WUNSCH IN SMITH-WATERMAN ZA PORAVNAVO ZAPOREDIJ V BIOINFORMATIKI |
|---|
| Avtorji: | ID Matjašec, Matej (Avtor)
ID Verber, Domen (Mentor) Več o mentorju...  |
|---|
| Datoteke: |  MAG_Matjasec_Matej_2016.pdf (1,47 MB)
MD5: C44BF95A93571816B10A5C2FA9D31A21
|
|---|
| Jezik: | Slovenski jezik |
|---|
| Vrsta gradiva: | Magistrsko delo/naloga |
|---|
| Tipologija: | 2.09 - Magistrsko delo |
|---|
| Organizacija: | FZV - Fakulteta za zdravstvene vede
|
|---|
| Opis: | Raziskovana in primerjana je učinkovitost implementacij algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana za primerjave zaporedij na področju bioinformatike. Na podlagi implementacij smo nad enakimi podatki merili čase izvajanja v programskima jezikoma C++, Perl in statističnem jeziku R.
Metodologija raziskovanja: Teoretična podlaga magistrske naloge temelji na ustreznih objavah različnih avtorjev in spletnih virov.
Rezultati: Pri času izvajanja algoritmov v programskem jeziku C++ krajši vhodni niz ne presega 1 ms in daljši vhodni niz ne presega 15 ms. Pri programskem jeziku Perl in statičnem jeziku R, kjer se čas izvajanja z dolžino niza eksponentno povečuje.
Sklep: Čas izvajanja algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana z enakimi vhodnimi podatki v programskem jeziku C++, je krajši kot v programskem jeziku Perl ali statističnem jeziku R. |
|---|
| Ključne besede: | poravnava zaporedij, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R. |
|---|
| Kraj izida: | Maribor |
|---|
| Založnik: | [M. Matjašec] |
|---|
| Leto izida: | 2016 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-64442 |
|---|
| UDK: | 575.112(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 2279844 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:XALWMAJ9 |
|---|
| Datum objave v DKUM: | 11.11.2016 |
|---|
| Število ogledov: | 1327 |
|---|
| Število prenosov: | 132 |
|---|
| Metapodatki: |    |
|---|
| Področja: | FZV
|
|---|
|
:
|
Kopiraj citat |
|---|
| | | | Skupna ocena: | (0 glasov) |
|---|
| Vaša ocena: | Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom. |
|---|
| Objavi na: |  |
|---|
Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše
podrobnosti ali sproži prenos. |
