| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva Pomoč

Naslov:PRIMERJAVA UČINKOVITOSTI IMPLEMENTACIJE ALGORITMOV NEEDLEMAN-WUNSCH IN SMITH-WATERMAN ZA PORAVNAVO ZAPOREDIJ V BIOINFORMATIKI
Avtorji:ID Matjašec, Matej (Avtor)
ID Verber, Domen (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
Datoteke:.pdf MAG_Matjasec_Matej_2016.pdf (1,47 MB)
MD5: C44BF95A93571816B10A5C2FA9D31A21
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Magistrsko delo/naloga
Tipologija:2.09 - Magistrsko delo
Organizacija:FZV - Fakulteta za zdravstvene vede
Opis:Raziskovana in primerjana je učinkovitost implementacij algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana za primerjave zaporedij na področju bioinformatike. Na podlagi implementacij smo nad enakimi podatki merili čase izvajanja v programskima jezikoma C++, Perl in statističnem jeziku R. Metodologija raziskovanja: Teoretična podlaga magistrske naloge temelji na ustreznih objavah različnih avtorjev in spletnih virov. Rezultati: Pri času izvajanja algoritmov v programskem jeziku C++ krajši vhodni niz ne presega 1 ms in daljši vhodni niz ne presega 15 ms. Pri programskem jeziku Perl in statičnem jeziku R, kjer se čas izvajanja z dolžino niza eksponentno povečuje. Sklep: Čas izvajanja algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana z enakimi vhodnimi podatki v programskem jeziku C++, je krajši kot v programskem jeziku Perl ali statističnem jeziku R.
Ključne besede:poravnava zaporedij, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R.
Kraj izida:Maribor
Založnik:[M. Matjašec]
Leto izida:2016
PID:20.500.12556/DKUM-64442 Novo okno
UDK:575.112(043.2)
COBISS.SI-ID:2279844 Novo okno
NUK URN:URN:SI:UM:DK:XALWMAJ9
Datum objave v DKUM:11.11.2016
Število ogledov:1223
Število prenosov:122
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
Področja:FZV
:
Kopiraj citat
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:Bookmark and Share


Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:A COMPARISON OF IMPLEMENTATION EFFICIENCY OF NEEDLEMAN-WUNSCH AND SMITH-WATERMAN ALGORITHMS FOR SEQUENCE ALIGNMENT IN BIOINFORMATICS
Opis:In master's thesis we were investigating and compared the effectiveness of the implementation of algorihms Needleman-Wunsch and Smith-Waterman for the comparison of sequences in the fields of bioinformatics. Based on the implementations of the same input data, we measured the time of execution in the programming language C++, Perl and statistical language R. Research methodology: Theoretical basis of the master's thesis is based on relevant publications by various authors and online resources. Results: Execution time of algorithms in C++ programming language, the shorter input data does not exceed 1ms and long input data does not exceed 15ms. In programming language Perl or statistical language R, where the execution time with input data length increases exponentially. Conclusion: Execution time of algorithms Needleman-Wunsch and Smith-Watermn on the same input data in C++ programming language is shorter than in Perl or statistical language R.
Ključne besede:Sequence alignment, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R.


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici