| Title: | GENETSKA VARIABILNOST TOKSINSKEGA LOKUSA CdtLoc PRI RAZLIČNIH TOKSINOTIPIH BAKTERIJE Clostridium difficile |
|---|
| Authors: | ID Rikanović, Tanja (Author)
ID Rupnik, Maja (Mentor) More about this mentor... 
ID Janežič, Sandra (Comentor) |
|---|
| Files: |  MAG_Rikanovic_Tanja_2016.pdf (1,99 MB)
MD5: 4C35E7667638FADF4419E889B61ACA72
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Master's thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.09 - Master's Thesis |
|---|
| Organization: | FZV - Faculty of Health Sciences
|
|---|
| Abstract: | Izhodišča: Clostridium difficile, črevesna patogena bakterija, je ena izmed najpomembnejših povzročiteljev bolnišničnih okužb na svetu. Bolezen povzročajo toksigeni sevi, ki izdelujejo toksin A in/ali toksin B. Oba sta zapisana na toksinskem lokusu PaLoc. PaLoc se nahaja v bakterijskem kromosomu in je zelo dobro raziskan genetski element. Glede na razlike v PaLoc-u lahko seve razdelimo v različne toksinotipe. Nekateri sevi C. difficile izdelujejo še tretji toksin, binarni toksin CDT, katerega vloga pri razvoju bolezni pa še ni povsem pojasnjena, vendar zadnje raziskave potrjujejo, da postaja pomemben člen v patogenezi okužbe s C. difficile. Zapis za binarni toksin se prav tako nahaja v kromosomu, na lokusu imenovanem lokus Cdt (CdtLoc), ki je mnogo slabše raziskan kot PaLoc.
Metodologija: V raziskavi smo z bioinformatskimi orodji (Artemis, BioEdit Sequence Alignment Editor in MEGA) analizirali lokus Cdt in gene, ki se nahajajo navzgor in navzdol od CdtLoc-a, ter tako preverili ali se nahaja vedno na istem mestu v genomu. Genetsko variabilnost genov, ki sestavljata CdtLoc (cdtA in cdtB) smo določili na nukleotidnem in aminokislinskem zaporedju. Sorodnosti med sevi smo predstavili s konstrukcijo filogenetskih dreves za kar smo uporabili algoritem združevanja sosedov.
Rezultati: Ugotovili smo, da lokus Cdt pri vseh predstavnikih toksinotipov vključenih v analizo leži na istem mestu v kromosomu. Analiza nukleotidnega in aminokislinskega zaporedja nam je pokazala, da se v genih, ki sestavljata CdtLoc, pojavljajo le točkovne mutacije, ki so večinoma enakomerno razporejene po celotni dolžini gena, rahlo je povišano le njihovo število na 5'-koncu cdtB gena. Filogenetska analiza na podlagi vseh treh genov, ki sestavljajo CdtLoc in združenih MLST lokusov, pa je pokazala enake sorodstvene odnose med sevi.
Sklep: Naši rezultati kažejo, da se CdtLoc nahaja vedno na istem mestu v genomu in da k variabilnosti obeh toksinskih genov največ prispevajo točkovne mutacije. Glede na ujemanje filogenetskih dreves na podlagi genov CdtLoc-a in MLST lahko sklepamo, da se lokus Cdt verjetno prenaša primarno vertikalno. |
|---|
| Keywords: | Clostridium difficile, binarni toksin, toksinski lokus CdtLoc, genetska variabilnost, toksinotip. |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [T. Rikanović] |
|---|
| Year of publishing: | 2016 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-59777 |
|---|
| UDC: | 579.25(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 2219684 |
|---|
| NUK URN: | URN:SI:UM:DK:D91CSVWE |
|---|
| Publication date in DKUM: | 01.09.2016 |
|---|
| Views: | 2902 |
|---|
| Downloads: | 142 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | FZV
|
|---|
|
:
|
RIKANOVIĆ, Tanja, 2016, GENETSKA VARIABILNOST TOKSINSKEGA LOKUSA CdtLoc PRI RAZLIČNIH TOKSINOTIPIH BAKTERIJE Clostridium difficile [online]. Master’s thesis. Maribor : T. Rikanović. [Accessed 2 April 2025]. Retrieved from: https://dk.um.si/IzpisGradiva.php?lang=eng&id=59777
|
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
