Statistika DKUM

Bibliografija osebe. Seznam zajema vsa gradiva in ne le tista, kje je oseba mentor.

Doktorska dela (4)

1. Matic Broz: Preučevanje sekundarne strukture proteinov z računalniškimi simulacijami molekularne dinamike in nevronskimi mrežami
2. Anja Petek: Vpliv ß-ciklodekstrina na kinetiko in mehanizem reakcije umiljenja etilacetata
3. Veronika Furlan: Preučevanje mehanizmov antikarcinogenega in nevroprotektivnega delovanja naravnih polifenolnih spojin
4. Martin Rozman: Uporaba inverzne geometrijske konfiguracije za razvoj senzorskih in elektrokromnih trakov

Magistrska dela (17)

1. Maj Virant: Application of Virtual Reality in Chemistry and Chemical Engineering
2. Adela Avdičević: Uporaba modernih računalniških pristopov za iskanje novih protivirusnih zdravil
3. Katja Gole: Primerjava proteomov glavnih predstavnikov virusov iz družine Filoviridae in identifikacija potencialnih vezavnih mest za načrtovanje ligandov
4. Miha Fermišek: Vpliv kovin na protibakterijsko učinkovitost taninov
5. Zala Serianz: Iskanje novih zaviralcev, ki preprečujejo vezavo SARS-CoV-2 na neuropilin 1
6. Tjaša Skarlovnik: Meritve osmolarnosti izotoničnih napitkov za hidracijo telesa pri športni aktivnosti
7. Žan Smrekar: Študij vezave peptidov na Fc regije protiteles
8. Franjo Frešer: Koordinacijske spojine elagitaninov z železovimi(II) ioni: vpliv strukture in pH
9. Tamara Hribernik: Znotrajcelični antioksidativni potencial različnih sort hmelja
10. Matic Orel: Vibracijski in rotacijski prehodi enostavnih molekul
11. Katja Lečnik: Antigenotoksični potencial rožmarinskih ekstraktov
12. Alain Kerhe: Priprava tankoslojnih plasti na osnovi tio 2 v namene protikorozijske zaščite
13. Ajda Sušnik: Adhezija modelnih celic na kovinske elektrode za uporabo v biosenzoriki
14. Zala Štukovnik: Izdelava in optimizacija elektrokemijske celice za uporabo v biosenzoriki
15. Matic Broz: Vpliv polimorfizma posameznega nukleotida rs 4880 na genu sod2 na sekundarno strukturo encima manganove superoksid-dismutaze
16. Barbara Grabrovec: Interakcije biotehnološko relevantnih encimov
17. Mirna Pivac: Funkcionalizacija polietilenskih folij s biopolimeri za razvoj aktivne embalaže

Diplomska dela (40)

1. Tjaša Krepek: Določevanje vpliva multivalentnih fosfatnih in sulfonatnih pomožnih snovi na agregacijo proteinov za uporabo v biofarmacevtskih izdelkih
2. Tjaša Štiberc: Priprava zelenih hidrofobnih plasti z antikorozijskimi lastnostmi
3. Anja Zaverla: Preučevanje interakcij med tanini in lizocimom
4. Jaka Kodelja: Razvoj stacionarne faze za separacijo naravnih spojin
5. Alja Špec: Študija in optimizacija vezave antikalinov na male molekule
6. Lamija Ahmetović: Računalniško modeliranje antikarcinogenih učinkov naringenina
7. Tadeja Rožman: Priprava antikorozijske prevleke z enkapsuliranim inhibitorjem
8. Aljaž Knez: Analiza gruč kemijskega prostora protibakterijskih učinkovin
9. Benjamin Stradar: Načrtovanje pentapeptidov za vezavo na fc regijo protiteles
10. Marijana Krstić: Optical detection of stress parameters
11. Stela Tashkova: Optimization of conditions for enzymatic decomposition of fibrous cotton textile waste
12. Jan Čokolič: Eksperimentalna analiza vezave pomožnih snovi na zdravilno učinkovino
13. Eva Patik: Komercialna kurkuma kot inhibitor korozijskih procesov
14. Alen Kostevc: Adsorpcija poliakrilne kisline (PAA) na površino kalcijevega karbonata
15. Ajda Raj Miloševič: Tvorba koordinacijskih spojin galne kisline z bakrovimi in aluminijevimi ioni
16. Deniz Agačević: Študij deskriptorjev molekulske oblike protibakterijskih učinkovin
17. Simon Zadravec: Vpliv velikosti delcev kalcijevega karbonata na lastnosti papirja za inkjet
18. Matej Keber: Izolacija naravne spojine iz hmelja in določitev vrednosti pKa
19. David Tian Hren: Eksperimentalna raziskava rumenenja PVC
20. Tine Vidmar: Protibakterijske učinkovine hmelja
21. Urška Sušec: Identifikacija prevladujočih skeletov v protibakterijskih učinkovinah
22. Tina Dšuban: Med kot inhibitor korozijskih procesov
23. Ana Goričan: Ekstrakt šipka kot zeleni inhibitor korozijskih procesov
24. Jan Gimpelj: Identifikacija prevladujočih funkcionalnih skupin v protibakterijskih učinkovinah
25. Miha Fermišek: Tvorba koordinacijskih spojin med hidrolizirajočimi tanini in Fe(II)
26. Urška Vtič: Pinocembrin iz medu kot potencialni lovilec kemijskih karcinogenov - računalniški pristop
27. Ana Perpar: Tanin kot zaviralec korozije na jeklu
28. Nikolina Cetin: Optimizacija elektrokromnega traku z različnimi vrstami kovinskih oksidov
29. Anja Copot: Pametne prevleke za zaščito konstrukcijskih materialov
30. Staša Velcl: Analiza kemijskega prostora, ki ga zavzemajo protibakterijske učinkovine
31. Klara Laura Konda: Kofein kot inhibitor korozijskih procesov v agresivnem mediju
32. Ines Masten: Detekcija ohranjenih vod na medproteinskih površinah
33. Matic Košir: Primerjava bioprocesov s celično linijo CHO v različnih bioreaktorjih
34. Franjo Frešer: Tvorba koordinacijskih spojin med osnovnimi gradniki taninov in Fe(II)
35. Simona Sedonja: Inhibicijska učinkovitost propolisa v namen zaščite konstrukcijskih materialov
36. Žan Smrekar: Računalniško načrtovanje terapevtskih proteinov
37. Špela Slapničar: Inhibicijska učinkovitost mešanice škroba in površinsko aktivnih snovi v kislem mediju
38. Rok Špendl: Inhibicijske lastnosti medu na jeklu v agresivnem mediju
39. Tibor Mlakar: Primerjava izračunanih in numeričnih rezultatov pri obravnavi molekule vodika
40. Vanja Mlinarič: Vpliv ionov Hofmeisterjeve vrste na premik kritične micelne koncentracije površinsko aktivnih snovi (ionskega tipa)

Druga dela (43)

1. Anja Kolarič, Marko Jukič, Urban Bren: Novel small-molecule inhibitors of the SARS-CoV-2 spike protein binding to neuropilin 1
2. Katarina Kores, Zala Kolenc, Veronika Furlan, Urban Bren: Inverse molecular docking elucidating the anticarcinogenic potential of the hop natural product xanthohumol and its metabolites
3. Samo Lešnik, Urban Bren: Mechanistic insights into biological activities of polyphenolic compounds from rosemary obtained by inverse molecular docking
4. Martin Rozman, Zala Štukovnik, Ajda Sušnik, Amirhossein Pakseresht, Matej Hočevar, Damjana Drobne, Urban Bren: A HepG2 cell-based biosensor that uses stainless steel electrodes for hepatotoxin detection
5. Sebastjan Kralj, Marko Jukič, Urban Bren: Commercial SARS-CoV-2 targeted, protease inhibitor focused and protein–protein interaction inhibitor focused molecular libraries for virtual screening and drug design
6. Anja Kolarič, Vid Ravnik, Sara Štumpf Horvat, Marko Jukič, Urban Bren: Identification of furin protease small-molecule inhibitor with a 1,3-thiazol-2-ylaminosulfonyl scaffold
7. Valeriia V. Sliesarenko, Marijana Krstić, Urban Bren, Aleksandra Lobnik: Development of fluorescence-based method for dopamine determination using o-phthaldialdehyde and 3-mercaptopropyltriethoxysilane
8. Katarina Kores, Samo Lešnik, Urban Bren: Computational analysis of S1PR1 SNPs reveals drug binding modes relevant to multiple sclerosis treatment
9. Aleksandra Pavičević, Marija Veles, Jelena P. Maksimović, Jelena Tošović, Urban Bren, Uroš Čakar, Maja C. Pagnacco: The Bray–Liebhafsky oscillatory reaction as a chemosensor for benzenediols
10. Jelena Tošović, Zala Kolenc, Gregor Hostnik, Urban Bren: Exploring antioxidative properties of xanthohumol and isoxanthohumol
11. Zala Štukovnik, Urban Bren: Recent developments in electrochemical-impedimetric biosensors for virus detection
12. Veronika Furlan, Jelena Tošović, Urban Bren: QM-CSA: a novel quantum mechanics-based protocol for evaluation of the carcinogen-scavenging activity of polyphenolic compounds
13. Anja Petek, Urban Bren, Gregor Hostnik: How deprotonation of cohumulone and colupulone influence their UV/Vis and CD spectrum
14. Steliana Tsouri, Evanthia Tselo, Georgios E. Premetis, Veronika Furlan, Panagiota D. Pantiora, Barbara Mavroidi, Dimitris Matiadis, Maria Pelecanou, Anastassios C. Papageorgiou, Urban Bren, Marina Sagnou, Nikolaos E. Labrou: A monocarbonyl curcuminoid derivative inhibits the activity of human glutathione transferase A4-4 and chemosensitizes glioblastoma cells to temozolomide
15. Franjo Frešer, Urban Bren, Gregor Hostnik: Chelation of iron(II) ions by ellagitannins - effects of hexahydroxydiphenoyl and nonahydroxytriphenoyl groups
16. Ahmed Sabt, Veronika Furlan, Urban Bren: Novel coumarin-6-sulfonamide-chalcone hybrids as glutathione transferase P1-1 inhibitors
17. Valeriia V. Sliesarenko, Urban Bren, Aleksandra Lobnik: Fluorescence based dopamine detection
18. Sebastjan Kralj, Marko Jukič, Urban Bren: Molecular Filters in Medicinal Chemistry
19. Zala Kolenc, Tomaž Langerholc, Gregor Hostnik, Miha Ocvirk, Sara Štumpf Horvat, Maša Pintarič, Iztok Jože Košir, Andreja Čerenak, Alenka Garmut, Urban Bren: Antimicrobial properties of different hop (Humulus lupulus) genotypes
20. Vid Ravnik, Marko Jukič, Urban Bren: Identifying Metal Binding Sites in Proteins Using Homologous Structures, the MADE Approach
21. Samo Lešnik, Marko Jukič, Urban Bren: Mechanistic insights of polyphenolic compounds from rosemary bound to their protein targets obtained by molecular dynamics simulations and free-energy calculations
22. Matic Broz, Chris Oostenbrink, Urban Bren: The effect of microwaves on protein structure: molecular dynamics approach
23. Jelena Tošović, Domagoj Fijan, Marko Jukič, Urban Bren: Conserved water networks identification for drug design using density clustering approaches on positional and orientational data
24. Zala Kolenc, Tamara Hribernik, Tomaž Langerholc, Maša Pintarič, Maja Prevolnik Povše, Urban Bren: Antioxidant activity of different hop (Humulus lupulus L.) genotypes
25. Veronika Furlan, Urban Bren: Helichrysum italicum
26. Panagiota D. Pantiora, Veronika Furlan, Dimitris Matiadis, Barbara Mavroidi, Fereniki Perperopoulou, Anastassios C. Papageorgiou, Marina Sagnou, Urban Bren, Maria Pelecanou, Nikolaos E. Labrou: Monocarbonyl Curcumin Analogues as Potent Inhibitors against Human Glutathione Transferase P1-1
27. Sara Štumpf Horvat, Gregor Hostnik, Tomaž Langerholc, Maša Pintarič, Zala Kolenc, Urban Bren: The Influence of Chestnut Extract and Its Components on Antibacterial Activity against Staphylococcus aureus
28. Zala Štukovnik, Regina Fuchs-Godec, Urban Bren: Nanomaterials and their recent applications in impedimetric biosensing
29. Sebastjan Kralj, Marko Jukič, Miha Bahun, Luka Krajnc, Anja Kolarič, Milan Hodošček, Nataša Poklar Ulrih, Urban Bren: Identification of triazolopyrimidinyl scaffold SARS-CoV-2 papain-like protease (PLpro) inhibitor
30. Marko Jukič, Sebastjan Kralj, Anja Kolarič, Urban Bren: Design of Tetra-Peptide Ligands of Antibody Fc Regions Using In Silico Combinatorial Library Screening
31. Matic Broz, Marko Jukič, Urban Bren: Naive prediction of protein backbone phi and psi dihedral angles using deep learning
32. Matic Broz, Anja Kolarič, Marko Jukič, Urban Bren: Neuropilin (NRPs) related pathological conditions and their modulators
33. Matic Broz, Veronika Furlan, Samo Lešnik, Marko Jukič, Urban Bren: The effect of the Ala16Val mutation on the secondary structure of the manganese superoxide dismutase mitochondrial targeting sequence
34. Sebastjan Kralj, Marko Jukič, Urban Bren: Comparative Analyses of Medicinal Chemistry and Cheminformatics Filters with Accessible Implementation in Konstanz Information Miner (KNIME)
35. Marko Jukič, Dušanka Janežič, Urban Bren: Ensemble Docking Coupled to Linear Interaction Energy Calculations for Identification of Coronavirus Main Protease (3CLpro) Non-Covalent Small-Molecule Inhibitors
36. Urban Bren: Zbirka rešenih nalog iz Fizikalne kemije I
37. Lidija Fras Zemljič, Damjan Tomažin, Urban Bren, Maša Knez Marevci, Larisa Spasković, Uroš Filipič, Katja Kuzmič, Klavdija Petelin, Martina Švajger, Rok Špindler, Stanko Kramer, Katja Lečnik: Razvoj aktivne plastične embalaže
38. Regina Fuchs-Godec, Urban Bren: Pojavi na površinah
39. Regina Fuchs-Godec, Urban Bren: Laboratory manual for thermodynamics
40. Tomaž Mohorič, Urban Bren, Vojko Vlachy: Effects of translational and rotational degrees of freedom on the hydration of ionic solutes as seen by the popular water models
41. Nataša Logar Berginc, Katja Benevol Gabrijelčič, Urban Bren, Sašo Dolenc, Katarina Krapež, Miro Romih, Mojca Žagar Karer, Simon Krek, Vojko Gorjanc, Mateja Jemec Tomazin, Špela Arhar Holdt, Darja Fišer: Terminologija v poklicnem vsakdanu
42. Mitja Ogrizek, Janez Konc, Urban Bren, Milan Hodošček, Dušanka Janežič: Role of magnesium ions in the reaction mechanism at the interface between Tm1631 protein and its DNA ligand
43. Eva Brglez Mojzer, Maša Knez Marevci, Mojca Škerget, Željko Knez, Urban Bren: Polyphenols: extraction methods, antioxidative action, bioavailability and anticarcinogenic effects