| Title: | Primerjava učinkovitosti izvedbe in ponovljivosti rezultatov bioinformatskih analiz RNA sekvenciranja med različnimi posodobitvami programskega okolja R |
|---|
| Authors: | ID Dolšak, Veronika (Author)
ID Gorenjak, Mario (Mentor) More about this mentor... 
ID Potočnik, Uroš (Comentor) |
|---|
| Files: |  MAG_Dolsak_Veronika_2023.pdf (2,09 MB)
MD5: F6B71D9A26FAA20189E6F2D6D4C7E641
|
|---|
| Language: | Slovenian |
|---|
| Work type: | Master's thesis/paper |
|---|
| Typology: | 2.09 - Master's Thesis |
|---|
| Organization: | FZV - Faculty of Health Sciences
|
|---|
| Abstract: | Izhodišče: Razvoj tehnologije sekvenciranja naslednje generacije je močno pospešil hitrost pridobivanja velike količine podatkov sekvenciranja, ki potrebujejo nadaljnje bioinformatske analize, posledično pa je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov. Pogosta izbira za analizo podatkov RNA-sekvenciranja (RNA-seq) za odkrivanje genov in poti diferencialnega izražanja genov z zagotavljanjem popolne analize so programski paketi Bioconductor, namenjeni za delo v programskem okolju R. Različice programskega okolja R se pogosto nadgrajujejo, zaradi česar se v praksi opazi različno učinkovitost, kar lahko vpliva na primerljivost rezultatov analiz RNA-seq, analiziranih z več različicami programskega okolja R.
Metode: Surove podatke RNA-seq smo analizirali z uporabo programskih orodij Bioconductor: Rsubread, edgeR in limma, in to v več različicah programskega okolja R: R 3.5, R 3.6, R 4.0, R 4.1 in R 4.2.
Rezultati: Rezultati primerjav učinkovitosti poravnave s programskim orodjem Rsubred kažejo statistično pomembne razlike med primerjavami R 4.2 z ostalimi različicami programskega okolja R, prav tako se kažejo statistično pomembne razlike v rezultatih primerjav analize diferencialnega izražanja genov, pridobljenih z istim cevovodom ukazov med različico R 4.2 in ostalimi različicami R ter med različico R 3.5 in ostalimi različicami R.
Diskusija: Iz rezultatov smo ugotovili, da je treba izvajati analizo podatkov RNA-seq z najnovejšo posodobljeno različico programskega okolja R in najnovejšimi različicami programskih orodij Bioconduktor, kar je še posebnega pomena, kadar izvajamo metaanalizo podatkov RNA-seq iz različnih neodvisnih študij. |
|---|
| Keywords: | RNA-sekvenciranje, diferencialno izražanja genov, R, bioinformatika |
|---|
| Place of publishing: | Maribor |
|---|
| Publisher: | [V. Dolšak] |
|---|
| Year of publishing: | 2023 |
|---|
| PID: | 20.500.12556/DKUM-84344 |
|---|
| UDC: | 575.112(043.2) |
|---|
| COBISS.SI-ID: | 158635011 |
|---|
| Publication date in DKUM: | 13.07.2023 |
|---|
| Views: | 373 |
|---|
| Downloads: | 58 |
|---|
| Metadata: |    |
|---|
| Categories: | FZV
|
|---|
|
:
|
Copy citation |
|---|
| | | | Average score: | (0 votes) |
|---|
| Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
|---|
| Share: |  |
|---|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |
