| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva

Naslov:Ensemble Docking Coupled to Linear Interaction Energy Calculations for Identification of Coronavirus Main Protease (3CLpro) Non-Covalent Small-Molecule Inhibitors
Avtorji:Jukič, Marko, Laboratory of Physical Chemistry and Chemical Thermodynamics, Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, University of Maribor, Smetanova ulica 17, SI-2000 Maribor, Slovenia (Avtor)
Janežič, Dušanka, Faculty of Mathematics, Natural Sciences and Information Technologies, University of Primorska, Glagoljaška 8, SI-6000 Koper, Slovenia (Avtor)
Bren, Urban, Laboratory of Physical Chemistry and Chemical Thermodynamics, Faculty of Chemistry and Chemical Engineering, University of Maribor, Smetanova ulica 17, SI-2000 Maribor, Slovenia (Avtor)
Datoteke:.pdf RAZ_Jukic_Marko_0.pdf (2,99 MB)
MD5: E0048AC34361BBE3D18A6A95B40BB45D
 
Jezik:Angleški jezik
Vrsta gradiva:Neznano ()
Tipologija:1.01 - Izvirni znanstveni članek
Organizacija:FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Opis:SARS-CoV-2, or severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, represents a new strain of Coronaviridae. In the closing 2019 to early 2020 months, the virus caused a global pandemic of COVID-19 disease. We performed a virtual screening study in order to identify potential inhibitors of the SARS-CoV-2 main viral protease (3CLpro or Mpro). For this purpose, we developed a novel approach using ensemble docking high-throughput virtual screening directly coupled with subsequent Linear Interaction Energy (LIE) calculations to maximize the conformational space sampling and to assess the binding affinity of identified inhibitors. A large database of small commercial compounds was prepared, and top-scoring hits were identified with two compounds singled out, namely 1-[(R)-2-(1,3-benzimidazol-2-yl)-1-pyrrolidinyl]-2-(4-methyl-1,4-diazepan-1-yl)-1-ethanone and [({(S)-1-[(1H-indol-2-yl)methyl]-3-pyrrolidinyl}methyl)amino](5-methyl-2H-pyrazol-3-yl)formaldehyde. Moreover, we obtained a favorable binding free energy of the identified compounds, and using contact analysis we confirmed their stable binding modes in the 3CLpro active site. These compounds will facilitate further 3CLpro inhibitor design.
Ključne besede:COVID-19, SARS-CoV-2, Mpro, 3CLpro, 3C-like protease, virtual screening, inhibitors, in silico drug design, free-energy calculations
Leto izida:2020
Številčenje:24, 25
UDK:578.834
COBISS_ID:42014467 Novo okno
DOI:10.3390/molecules25245808 Novo okno
ISSN pri članku:1420-3049
NUK URN:URN:SI:UM:DK:MPK4OGWH
Število ogledov:239
Število prenosov:49
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
Področja:Ostalo
:
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Gradivo je del revije

Naslov:Molecules
Založnik:MDPI
ISSN:1420-3049

Gradivo je financirano iz projekta

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)
Številka projekta:P2-0046
Naslov:Separacijski procesi in produktna tehnika

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)
Številka projekta:J1-1715
Naslov:Atlas proteinskih interakcij za napovedovanje genskih variacij povezanih z interakcijami z zdravili in razvojem bolezni

Financer:ARRS - Agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS)
Številka projekta:J1-9186
Naslov:Razvoj novih računskih orodij na PDB ravni za odkrivanje zdravil

Licence

Licenca:CC BY 4.0, Creative Commons Priznanje avtorstva 4.0 Mednarodna
Povezava:http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.sl
Opis:To je standardna licenca Creative Commons, ki daje uporabnikom največ možnosti za nadaljnjo uporabo dela, pri čemer morajo navesti avtorja.
Začetek licenciranja:10.12.2020

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Ključne besede:izračunavanja, inhibitorji, pokazatelji, proteaze, koronavirusi


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici