Title: | Interakcije biotehnološko relevantnih encimov : magistrsko delo |
---|
Authors: | ID Grabrovec, Barbara (Author) ID Bren, Urban (Mentor) More about this mentor...  ID Leitgeb, Maja (Co-mentor) ID Konc, Janez (Co-mentor) |
Files: | MAG_Grabrovec_Barbara_2019.pdf (2,83 MB) MD5: B4B499CFCDE376D225054A290342C8F9 PID: 20.500.12556/dkum/bab5fb3b-b08a-4f6b-901e-11d6a1e49437
|
---|
Language: | Slovenian |
---|
Work type: | Master's thesis/paper (mb22) |
---|
Typology: | 2.09 - Master's Thesis |
---|
Organization: | FKKT - Faculty of Chemistry and Chemical Engineering
|
---|
Abstract: | Encimi so protein, ki pospešujejo biokemijske in kemijske reakcije. Njihove interakcije z ligandi so ključnega pomena za številne biokemične interakcije, ki uravnavajo življenje. Uporabljajo se v biotehnologiji, pri analitskih procesih, v človeški in živalski terapiji (za zdravila) ter v različnih industrijskih procesih, kamor spadajo tekstilna industrija, usnjarska industrija, farmacija, živilska industrija in druge. Kljub vsem dobrim lastnostim encimov, njihovo široko industrijsko uporabo pogosto ovirajo kratkotrajna stabilnost, rok uporabe ter njihova nepopolna regeneracija in ponovna uporaba. Te pomanjkljivosti lahko na splošno odpravimo z imobilizacijo encimov. V zadnjih letih so se pojavile podatkovne baze, ki vsebujejo podatke o interakcijah protein-ligand, kar je pripomoglo k razumevanju funkcij novo odkritih proteinov. Razvile so se številne nove računalniške metode, ki lahko uporabijo informacije shranjenih interakcij, da napovedo nove neznane interakcije. Najpogosteje uporabljena metoda za modeliranje interakcij je metoda molekulskega sidranja, ki se uporablja za simuliranje interakcije med majhno molekulo in proteinom na atomski ravni in nam opiše obnašanje majhne molekule v vezavnem mestu encima.
V magistrskem delu smo s pomočjo programa molekulskega sidranja na encime vezali nizkomolekularne ligande. Strukture encimov smo pridobili v spletni bazi PDB, datoteke ligandov pa v spletni podatkovni bazi ZINC15. Kot rezultat smo dobili strukture ligandov, ki so se najmočneje vezali in njihovo energijo vezave. Rezultate smo pregledali s programoma Excel in Pymol, kjer smo videli 3D slike ligandov, ki so se na naše encime vezali z najnižjo energijo. |
---|
Keywords: | encim, ligand, imobilizacija, biotehnologija, molekularno modeliranje, molekulsko sidranje |
---|
Year of publishing: | 2019 |
---|
Place of performance: | Maribor |
---|
Publisher: | [B. Grabrovec] |
---|
Number of pages: | VIII, 42 str. |
---|
Source: | Maribor |
---|
PID: | 20.500.12556/DKUM-75155  |
---|
UDC: | 577.15:544.139(043.2) |
---|
COBISS.SI-ID: | 22689046  |
---|
NUK URN: | URN:SI:UM:DK:XRSGSIG1 |
---|
Publication date in DKUM: | 18.10.2019 |
---|
Views: | 984 |
---|
Downloads: | 68 |
---|
Metadata: |  |
---|
Categories: | KTFMB - FKKT
|
---|
:
|
Kopiraj citat |
---|
| | | Average score: | (0 votes) |
---|
Your score: | Voting is allowed only for logged in users. |
---|
Share: |  |
|
Hover the mouse pointer over a document title to show the abstract or click
on the title to get all document metadata. |