| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva

Naslov:Računalniško načrtovanje terapevtskih proteinov : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Avtorji:Smrekar, Žan (Avtor)
Bren, Urban (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
Konc, Janez (Komentor)
Datoteke:.pdf VS_Smrekar_Zan_2019.pdf (5,92 MB)
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Diplomsko delo/naloga (mb11)
Tipologija:2.11 - Diplomsko delo
Organizacija:FKKT - Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo
Opis:Z uporabo računalniških programov in simulacij lahko predvidimo in predstavimo situacijo iz resničnega sveta oziroma se ji precej približamo. Kompleksnejše simulacije modelirajo potek interakcij, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Pri zdravljenju rakavih bolezni postaja vse pomembnejša uporaba imunoterapije, kjer gre za pristop k zdravljenju raka z uporabo terapevtskih proteinov oziroma bioloških zdravil, ki izboljšajo in obnovijo človeški imunski sistem. Med biološka telesa spadajo tudi monoklonska protitelesa (rituksimab, pembrolizumab, obinutuzumab ...), ki lahko delujejo na različne načine. Pogosto se uporabljajo kot inhibitorji rakastih celic, agonisti ali signalne molekule. Protitelesa delujejo v zdravstvu popolnoma zadovoljivo, vendar obstajajo primeri, ko ne dosežejo želenega učinka in imajo negativne stranske učinke. Zaradi takšnih primerov se v uporabo vključujejo novi terapevtski proteini afimeri. V primerjavi s protitelesi gre za manjše proteine, ki se vežejo na tarčne molekule s podobno afiniteto in jih generirajo ter proizvajajo s procesi, za katere ne potrebujejo živih organizmov. V diplomski nalogi smo se osredotočili na protitelesa, ki tarčno delujejo na receptor CD20, izražen na površini limfocitov B. Naša naloga je bila računalniško načrtovati terapevtski protein afimer s podobno vezavo in afiniteto. Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezna monoklonska protitelesa smo poiskali z uporabo spletnega strežnika ProBiS. Za analizo in grafični pregled vezavnih mest smo uporabili računalniški program PyMol in za modeliranje končne konformacije afimera vključili vtičnik PyMod 2.0. V diplomskem delu je prikazano računalniško modeliranje afimera, ki se veže na epitop človeškega receptorja CD20 s podobno afiniteto, kot je vezava med receptorjem in protitelesi.
Ključne besede:imunoterapija, monoklonska protitelesa, afimer, receptor CD20, PyMol, ProBiS
Leto izida:2019
Kraj izvedbe:Maribor
Založnik:[Ž. Smrekar]
Št. strani:XIII, 62 str.
Izvor:Maribor
UDK:004.94:616-097.3(043.2)
COBISS_ID:22674454 Povezava se odpre v novem oknu
NUK URN:URN:SI:UM:DK:P2BNUGUS
Licenca:CC BY-SA 4.0
To delo je dosegljivo pod licenco Creative Commons Priznanje avtorstva-Deljenje pod enakimi pogoji 4.0 Mednarodna
Število ogledov:80
Število prenosov:17
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
Področja:KTFMB - FKKT
:
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Computational design of therapeutic proteins
Opis:Computer programmes and simulations enable us to anticipate and present the real life situation or examine it closely. The more complex simulations model the course of interactions, which are crucial for understanding the operation and the development of new healing substances. Cancer treatment increasingly involves the use of immunotherapy – type of cancer treatment involving therapeutic protein and biological bodies respectively, which improve and restore the human immune system. The biological antibodies include monoclonal antibodies (rituximab, pembrolizumab, obinutuzumab,...), which can function in various ways. They are often used as cancer cell inhibitors, agonists or signaling molecules. Antibodies have proven to be functioning satisfactorily with some exceptions in which they fail to achieve the desired effect or even cause side effects. In order to prevent such situations, new therapeutic proteins called affimers are starting to be used. Compared to the antibodies, they are smaller proteins, which bind with target molecules having similar affinity and are generated and produced without the presence of living organisms. The thesis focuses on antibodies which target the CD20 receptor measured on the lymphocyte B surface. The task was to computationally design the therapeutic protein affimer with a similar binding and affinity. The research included computer programmes. The appropriate monoclonal antibodies were obtained via the internet browser ProBis. For the analysis and the graphical overview of binding sites the computer programme PyMol was used. The plug-in PyMod 2.0 was used for modelling of the final conformation of the affimer. The thesis describes the computational modelling of the affimer which binds with the epitope of the CD20 human receptor with a similar affinity as the binding of the receptor and antibodies.
Ključne besede:immunotherapy, monoclonal antibodies, affimer, CD20 receptor, PyMol, ProBiS


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici