| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Izpis gradiva

Naslov:Molekularna karakterizacija proti karpabenemom odpornih sevov bakterije Pseudomonas aeeruginosa iz kužnin in okolja
Avtorji:Golle, Andrej (Avtor)
Rupnik, Maja (Mentor) Več o mentorju... Novo okno
Datoteke:.pdf DOK_Golle_Andrej_2019.pdf (2,19 MB)
 
.zip DOK_Golle_Andrej_2019.zip (11,99 KB)
 
Jezik:Slovenski jezik
Vrsta gradiva:Doktorsko delo/naloga (mb31)
Organizacija:MF - Medicinska fakulteta
Opis:Pseudomonas aeruginosa je vseprisotna okoljska oportunistična bakterija. Občasno jo osamimo kot del človeške mikrobiote. Lahko povzroča okužbe povezane z zdravljenjem in je intrinzično odporna proti številnim antibiotikom. Med maloštevilnimi zdravili, ki so na voljo za zdravljenje psevdomonasnih okužb so karbapenemi, tudi odpornost proti njim narašča. P. aeruginosa iz bolnišnic lahko prehaja v komunalni sistem odpadnih vod in v vode čistilnih naprav. Primerjali smo klinično pomembne proti karbapenemom odporne P. aeruginosa (CRPA) in CRPA iz vod dveh čistilnih naprav, ter ugotavljali prekrivanje genotipov in razlike v genih za odpornost in virulenco. V laboratoriju, kamor pošiljajo na preiskave vzorce iz več zdravstvenih ustanov, smo zbrali seve CRPA iz urina in dihal v obdobju enega leta. V istem obdobju smo mesečno vzorčili vodo iz iztoka dveh čistilnih naprav in na selektivnem gojišču osamili seve CRPA. Občutljivost za protimikrobna zdravila smo določali z disk difuzijsko metodo po EUCASTu. Seve smo tipizirali s PFGE. Za vsak pulzotip smo izbrali enega do devet predstavnikov, pri katerih smo nato določali sekvenco celotnega genoma (WGS). Na osnovi WGS smo izvedli tipizacijo MLST in analizo rezistenčnih ter virulenčnih determinant. Skupaj smo osamili 213 CRPA sevov (65 pulzotipov), 130 iz kliničnih vzorcev (38 poulzotipov) in 83 iz okoljskih vzorcev (31 pulzotipov). Večino kliničnih CRPA sevov (125 od 130 sevov in 37 od 38 pulzotipov) smo izolirali iz kužnin iz večje učne bolnišnice. Ostale klinične seve (5 od 130) smo razvrstili v 3 pulzotipe. Najpogostejšemu kliničnemu pulzotip (Pt1) je pripadalo 57 sevov (45,6 %), našli pa smo ga samo v večji učni bolnišnici. Samo dva pulzotipa (Pt17 in Pt63) sta bila tako v večji učni bolnišnici kot tudi v manjših zdravstvenih organizacijah. Okoljske CRPA seve smo porazdelili v 31 pulzotipov (26 pulzotipov iz večje čistilne naprave, 11 pulzotipov iz manjše čistilne naprave). Podobno kot med kliničnimi sevi je tudi med sevi iz čistilnih naprav prevladoval posamični pulzotip (Pt10 – 21,7 %). Prekrivanje med kliničnimi in okoljskimi pulzotipi in MLST tipi CRPA, je bilo nizko. Le 9 pulzotipov se je pojavljalo v več kot eni inštituciji (zdravstveni inštituciji/čistilni napravi). Z MLST smo med 112 analiziranimi sevi določili 49 ST. Le 10 ST je bilo tako iz kliničnih kot iz okoljskih vzorcev, med njimi po vsem svetu razširjena ST111 in ST235. Klinični in okoljski sevi CRPA so se razlikovali glede odpornosti proti antibiotikom. Večina izolatov je bila odporna samo proti imipenemu in/ali meropenemu. Pri sevih, ki so bili dodatno odporni, smo opisali devet različnih različnih vzorcev odpornosti. Klinične seve smo našli pri vseh vzorcih odpornosti, medtem ko smo okoljske seve našli le pri 4 dodatnih vzorcih odpornosti. Analiza rezistoma je potrdila gene za intrinzične mehanizme odpornosti. Našli smo tudi ene povezane s horizontalnim genskim prenosom, kot so geni za karbapenemaze (16 % sevov) in različne encime, ki modificirajo aminoglikozide. Pri 33 % sevov smo potrdili mutacije v girazi. Vsi sevi z geni za karbapenemaze so bili večkratno odporni. Z WGS smo določili tudi prisotnost virulenčnih genov med analiziranimi sevi. Glede teh se sevi iz okolja in klinični sevi večinoma niso razlikovali. Izjema so bili geni za eksotoksine Y, U, T in S. Pri večini sevov smo našli gene za Y in T, gene za U in S smo našli le pri pri 14 oz. 36 sekvenčnih tipih. Geni za S in U so bili bolj pogosti pri kliničnih sevih, medtem ko so bili geni za T bolj pogosti med okoljskimi sevi. Nizka stopnja prekrivanja med kliničnimi in okoljskimi CRPA sevi kaže, da gre za dva neodvisna rezervoarja. Klinični CRPA sevi imajo nekoliko drugačen set virulenčnih determinant in bolj raznolike vzorce odpornosti.
Ključne besede:Pseudomonas aeruginosa, okužbe, čistilne naprave, protimikrobna odpornost, virulenca, karbapenemi, beta-laktamaze, čistilne naprave
Leto izida:2019
Izvor:Maribor
COBISS_ID:512907320 Povezava se odpre v novem oknu
NUK URN:URN:SI:UM:DK:WMNWU9IJ
Licenca:CC BY-NC-ND 4.0
To delo je dosegljivo pod licenco Creative Commons Priznanje avtorstva-Nekomercialno-Brez predelav 4.0 Mednarodna
Število ogledov:100
Število prenosov:12
Metapodatki:XML RDF-CHPDL DC-XML DC-RDF
Področja:MF
:
  
Skupna ocena:(0 glasov)
Vaša ocena:Ocenjevanje je dovoljeno samo prijavljenim uporabnikom.
Objavi na:AddThis
AddThis uporablja piškotke, za katere potrebujemo vaše privoljenje.
Uredi privoljenje...

Postavite miškin kazalec na naslov za izpis povzetka. Klik na naslov izpiše podrobnosti ali sproži prenos.

Sekundarni jezik

Jezik:Angleški jezik
Naslov:Molecular characterisation of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa isolated from patients and the environment
Opis:P. aeruginosa is opportunistic, ubiquitous bacterium, occasionally isolated as a part of human microbiota. It can cause severe hospital acquired infections. It is intrinsically resistant to many antibiotics. Carbapenems are among the few available options for treatment of P. aeruginosa infections, but the carbapenem resistance is increasing worldwide. P. aeruginosa from hospitals could potentially be transmitted to the wastewater systems. The aim of our study was t to compare clinically relevant carbapenem resistant P. aeruginosa (CRPA) with CRPA isolates from two wastewater treatment plants (WWTP) and to detect possible overlap in genotypes and presence of resistance and virulence genes. During the one year period CRPA cultivated from urine and respiratory diagnostic samples in the laboratory serving several health care facilities were collected. Two WWTPs were sampled monthly and CRPA were isolated on selective media. Susceptibility was determined by disk diffusion method according to EUCAST standards. Strains were PFGE typed. For each pulsotype from one to nine representatives were selected and subjected to whole genome sequencing (WGS). WGS was used for MLST and for analysis of resistance and virulence determinants. Altogether 213 CRPA strains (65 pulsotypes) were collected, of which 130 were from clinical samples (38 pulsotypes) and 83 were from environmental (31 pulsotypes) samples. Majority of clinical CRPA strains (125 of 130 strains and 37 of 38 pulsotypes) were from larger teaching hospital. Other clinical strains (5 of 130) belonged to 3 pulsotypes. The most common clinical pulsotype (Pt1) was encountered in 57 strains (45,6 %), but was present only in larger teaching hospital. Only two pulsotypes (Pt17 and Pt63) were encountered in larger teaching hospital as well as in smaller health institutions. Environmental CRPA strains belonged to 31 pulsotypes (26 in larger WWTP and 11 in smaller WWTP). Similar as among clinical strains also here a single pulsotype was prevalent (Pt10 – 21,7 %). Only 9 pulsotypes were shared between two or more settings (hospital or WWTP). Overlap between CRPA genotypes from patients and WWTP according to PFGE and MLST typing was low. Only 9 pulsotypes were shared between two or more settings (hospital or WWTP). Similar results were obtained with MLST typing where 49 STs were determined in 112 analysed strains, but only 10 STs overlapped between environment and patients, among them the worldwide distributed types ST111 and ST235. Clinical and environmental CRPA differed in antibiotic resistance. The majority of isolates was resistant only to imipenem and/or meropenem. Strains with additional resistances were distributed into nine different patterns. All of them included clinically relevant CRPA, while environmental CRPA showed only four additional resistance patterns. Resistome analysis demonstrated different intrinsic resistance mechanisms, but also genes associated with horizontal gene transfer (HGT) such as genes for carbapenemases - VIM family (16 % of strains) and genes for aminoglycoside modifying enzymes. Mutations in gyrase was found in 33 % of strains. All strains with carbapenemases were multiresistant. Prevalence of virulence genes assessed from WGS was mostly uniform across the analysed strains. Exemptions were genes for type exotoxins Y, U, T and S. Genes for Y and T were present in majority of isolates, while genes for U and S were present only in 14 and 36 ST, respectively. It seems that genes associated with exotoxins S and U are relatively more frequent in clinical strains, while are genes associated with exotoxin T more frequent in environmental strains. In summary, we have shown a low overlap between clinically relevant and environmental CRPA genotypes, indicating that these two reservoirs are independent. CRPA in hospital environment have slightly different set of virulence determinants and higher variety of resistance patterns.
Ključne besede:Pseudomonas aeruginosa, infections, antimicrobial resistance, virulence, carbapenems, beta-lactamases, wastewater treatment plants


Komentarji

Dodaj komentar

Za komentiranje se morate prijaviti.

Komentarji (0)
0 - 0 / 0
 
Ni komentarjev!

Nazaj
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici