1. Uporaba modernih računalniških pristopov za iskanje novih protivirusnih zdravilAdela Avdičević, 2024, master's thesis Abstract: V magistrski nalogi smo uporabili sodobne računalniške pristope z namenom odkrivanja novih potencialnih zdravil proti virusu HIV-1, ki povzroča AIDS. Proteaza HIV-1, encim, ki je ključnega pomena za razmnoževanje virusa, predstavlja eno najpomembnejših tarč za razvoj protivirusnih zdravil. Zaradi naraščajoče odpornosti virusa na obstoječa zdravila je nujno iskanje novih in učinkovitih zaviralcev tega encima.
Uporabili smo kombinacijo naprednih računalniških metod, vključno z virtualnim rešetanjem, molekulskim sidranjem in molekulsko dinamiko, da bi ocenili sposobnost rozmanola in njegovih derivatov za vezavo na proteazo HIV-1 ter njihovo potencialno učinkovitost kot zaviralcev tega encima. Za podrobnejšo analizo smo izbrali molekulo 1 (ZINC5733675), ki je med virtualnim rešetanjem pokazala največjo podobnost z rozmanolom, ter molekulo 25 (ZINC4377044), ki smo jo med molekulskim sidranjem identificirali kot najbolj obetavno, saj je dosegla najnižjo vezavno energijo in največje število interakcij med vsemi analiziranimi ligandi. Molekulsko dinamiko smo izvedli za rozmanol in oba izbrana derivata vezana na HIV-1 proteazo, da bi preučili njihov vzorec dinamične vezave, kot tudi stabilnost njihovih interakcij z aktivnim mestom proteaze v dinamičnih pogojih. Ugotovili smo, da se ligandi premaknejo bližje verigi B proteaze, kar potrjujejo močnejše interakcije in stabilnost vezave s to verigo. Rezultati te magistrske naloge predstavljajo pomemben korak k razumevanju vezave ligandov naravnega izvora na katalitično mesto in zaviranja delovanja proteaze HIV-1.
Naši rezultati nakazujejo, da bi rozmanol in njegovi derivati lahko predstavljali učinkovito osnovo za razvoj novih zdravil proti HIV/AIDS-u. Kljub obetavnim računalniškim napovedim pa je za nadaljnji razvoj teh spojin kot zdravil potrebna dodatna eksperimentalna validacija.
Keywords: proteaza HIV-1, AIDS, rozmanol, virtualno rešetanje, molekulsko sidranje, molekulska dinamika
Published in DKUM: 11.09.2024; Views: 26; Downloads: 13
 Full text (5,48 MB) |
2. Izolacija encimov iz pleurotus ostreatus : magistrsko deloAnže Peklar, 2021, master's thesis Abstract: Pleurotus ostreatus ali bukov ostrigar je ena izmed najbolj kultiviranih gob v komercialne namene na svetu. Vsebnost širokega spektra encimov in drugi bioučinkovin omogoča njegovo uporabo v različnih panogah. Zaradi vedno večjega pomena pri aplikacijah učinkovin iz gob v industriji in naraščajoče ekonomske zanimivosti le-teh magistrska naloga opisuje izolacijo encimov ɑ-amilaze, lakaze, celulaze, proteaze, glukoamilaze iz ekstrakta micelijev gobe P. ostreatus z dvema različnima pristopoma, gelsko kromatografijo in SDS-PAGE elektroforezo.
Analiza z gelsko kromatografija je pokazala, da je izolacija encimov možna ob predpostavki, da potovanje posameznih encimov ni ovirano zaradi neprimerne poroznosti gela, vsebnosti primesi ali pa celo medsebojnega zaviranja potovanja encimov s podobnimi molskimi masami po koloni. Problem, ki se je pojavil, je bilo neizoblikovanje vrha na kromatogramu pri elucijskem volumnu posameznega preiskovanega encima. Elucijski volumni so bili pridobljeni z eksperimentalno določenimi molekulskimi masami encimov. Kontrola učinkovitosti izolacije pa je bila izvedena z določevanjem encimske aktivnosti posameznega encima v izolatu. Ekstrakt smo nato analizirali še s SDS- PAGE elektroforezo. Ugotovili smo, da je pri 12 (w/v) % separacijskem gelu možno izolirati vse preiskovane encime, katerih molekulske mase so glede na proteinski marker sovpadale z eksperimentalno določenimi, razen proteaze in celulaze. Iz teh rezultatov sklepamo, da imata obe uporabljeni tehniki izolacije encimov potencial za aplikacije v laboratorijskem in industrijskem merilu. Z optimizacijo postopka ekstrakcije naravnih materialov iz micelija gliv ter parametrov izbrane izolacijske tehnike pa je možno celo pričakovati izolacijo z večjo ločljivostjo, encimsko aktivnostjo, selektivnostjo in čistoto produkta.
Keywords: izolacija encimov, Pleurotus ostreatus, ekstrakt, gelska kromatografija, SDS-PAGE elektroforeza, ɑ-amilaza, lakaza, celulaza, proteaza, glukoamilaza
Published in DKUM: 03.01.2022; Views: 997; Downloads: 110
Full text (13,06 MB) |
3. Določevanje aktivnosti encimov v pirini moki po izpostavitvi v superkritičnemu CO2 : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeNina Kugl, 2021, undergraduate thesis Abstract: Moka je eno izmed najbolj razširjenih živil na svetu, saj je zelo dostopna in vsestranska za uporabo. Zadnja leta se kot nadomestek za pšenično moko pogosteje uporablja pirina moka, ki je bogata z vitamini B, maščobnimi kislinami, proteini, minerali in vlakninami. Zaradi teh lastnosti smo se odločili, da jo uporabimo pri eksperimentalnem delu.
Moke vsebujejo številne encime, ki močno vplivajo na njihove lastnosti. Mnogo encimov ima sicer pozitiven vpliv na moko, vendar smo se zaradi neželenih učinkov, kot so oksidacija moke, spremembe v vonju in okusu ter izguba hranilnih snovi, odločili za inaktivacijo encimov z uporabo superkritičnega CO2. Za inaktivacijo smo izbrali encime z najbolj pomembno funkcijo v moki, to so α-amilaza, lipaza, proteaza, peroksidaza in polifenol oksidaza.
Inaktivacijo smo izvedli tako, da smo moko pod različnimi pogoji izpostavili v visokotlačnem reaktorju pod superkritičnimi pogoji. Nato smo izvedli ekstrakcijo encimov in z aktivnostnimi testi določili aktivnosti le-teh.
Želeli smo ugotoviti vpliv inaktivacije na nekatere druge fizikalno-kemijske lastnosti, zato smo določili še vsebnost vlage, vsebnost maščob, velikost delcev, opravili FTIR analizo in določili specifično prostornino kruha, narejenega iz netretirane in superkritično tretirane moke.
Iz rezultatov smo ugotovili, da smo z izpostavitvijo v SCCO2 uspeli inaktivirati večino encimov, pri tem pa ni prišlo do spremembe v kvaliteti moke.
Keywords: pirina moka, encimi, inaktivacija, superkritični CO2, α-amilaza, lipaza, peroksidaza, proteaza, polifenol oksidaza
Published in DKUM: 22.09.2021; Views: 1027; Downloads: 88
Full text (3,57 MB) |
4. Optimiranje inaktivacije encimov v graham moki : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeDomen Petrič, 2020, undergraduate thesis Abstract: Moka je živilo, ki ga najdemo v vsakem gospodinjstvu in je v vsakodnevni uporabi. Proučili smo vpliv različnih parametrov, ki vplivajo na inaktivacijo encimov v moki z uporabo superkritičnega ogljikovega dioksida (SC CO2) (čas izpostavitve moke v SC CO2, tlak in dekompresija). Graham moko smo izpostavili v SC CO2 pri različnih pogojih z namenom inaktivacije encimov, ki so prisotni v moki. S pomočjo SC CO2 smo inaktivirali 5 različnih encimov. Stopnjo inaktivacije encimov smo določili na osnovi aktivnosti določenega encima pred in po izpostavitvi v SC CO2. Dokazali smo, da se aktivnost encimov in s tem tudi koncentracija celokupnih proteinov znižuje z naraščanjem časa in tlaka izpostavitve moke v SC CO2.
Keywords: α-amilaza, lipaza, peroksidaza, proteaza, polifenol oksidaza, encimi, superkritični ogljikov dioksid, inaktivacija, graham moka
Published in DKUM: 13.10.2020; Views: 1196; Downloads: 125
Full text (2,60 MB) |
5. Določanje molskih mas ▫$\alpha$▫-amilaze, ▫$\beta$▫-glukozidaze, proteaze in lipaze z metodo gelske kromatografije : magistrsko delo študijskega programa II. stopnjeJasmina Heric, 2019, master's thesis Abstract: Gelska kromatografija je vrsta tekočinske kromatografije in je metoda za ločevanje molekul glede na molekulsko maso. Za gelsko filtracijo uporabljamo steklene kolone, napolnjene s stacionarno (trdno) fazo z enakomerno velikostjo por. Volumen oz. prostor med kroglicami gela (prazen volumen kolone) zapolnjuje mobilna (tekoča) faza.
Namen magistrske naloge je bil s pomočjo gelske kromatografije določiti molske mase encimov α-amilaze, β-glukozidaze, proteaze in lipaze. Najprej smo določili skupno koncentracijo proteinov v vzorcih ter določili elucijsi profil encimov. S pomočjo označevalcev znanih molekulskih mas (metilenskega modrila in dekstran modrega) smo izrisali umeritveno krivuljo za določanje molskih mas in nato določili molske mase encimov α-amilaze, β-glukozidaze, proteaze in lipaze. Ugotovili smo, da je eksperimentalno določena molska masa α-amilaze je 54,6 kDa, β-glukozidaze 112,2 kDa, proteaze 78,3 kDa in lipaze 26,6 kDa. Rezultate eksperimentalno določenih molskih mas smo primerjali s podatki o molskih masah najdenih v literaturi. Nato smo vse štiri encime združili v mešanico 4 encimov, katerim smo prav tako določili skupno koncentracijo proteinov s pomočjo Bradfordove metode in nato določili aktivnost posameznih encimov α-amilaze, β-glukozidaze, proteaze in lipaze v mešanici 4 encimov.
Keywords: magistrska dela, gelska kromatografija, molska masa, ▫$\alpha$▫-amilaza, ▫$\beta$▫-glukozidaza, lipaza, proteaza
Published in DKUM: 20.12.2019; Views: 1643; Downloads: 0 |
6. Inaktivacija encimov v živilih : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeLaura Prša, 2019, undergraduate thesis Abstract: Moka je živilo, ki ga najdemo v vsakem gospodinjstvu in jo uporabljamo za kuhanje in pečenje. Na kakovost moke med drugim vpliva tudi aktivnost encimov v njej. Encimi so naravno prisotni ali namerno dodani v živilih kot aditivi. Pri moki povzročajo oksidacijske procese. Eden od glavnih problemov, ki vplivajo na uporabo moke, je krajši rok uporabnosti zaradi vsebnosti nekaterih encimov. Med skladiščenjem moke, lipidi zlahka vplivajo na njeno obstojnost zaradi encimske hidrolize, ki jo katalizirajo lipaze. Temu sledi oksidacija, kar povzroči izgubo funkcionalnosti moke, okus in hranilne lastnosti.
Čeprav smo v literaturi zasledili številne pozitivne učinke encimov na moko, pa smo se zaradi njihovih negativnih vplivov na kvaliteto moke odločili inaktivirati encime α-amilazo, lipazo, peroksidazo in proteazo, ki so prisotni v moki. Encima, ki najbolj vplivata na kvaliteto moke sta lipaza in peroksidaza. Omenjene encime v moki smo želeli inaktivirati z uporabo superkritičnega ogljikovega dioksida (SC CO2). Raziskali smo vpliv procesnih parametrov (tlak, čas izpostavitve in hitrost dekompresije) na aktivnost prostih encimov in encimov v moki. V diplomski nalogi smo omenjene encime podrobneje opisali in določili njihovo aktivnost v moki pred in po izpostavitvi v SC CO2. Prav tako smo tekom eksperimentalnega dela določili koncentracijo proteinov v moki po Bradfordovi metodi.
Aktivnost encimov smo določali v beli pšenični moki. Rezultati kažejo, da je po izpostavitvi v SC CO2 preostala aktivnost α-amilaze najnižja. Za primerjavo smo določili tudi aktivnosti encimov v različnih vrstah moke. Ugotovili smo, da največ encimov vsebuje ržena moka in da je bila določena najvišja aktivnost za encim lipazo ne glede na vrsto moke.
Keywords: moka, encimi, α-amilaza, lipaza, peroksidaza, proteaza, superkritični ogljikov dioksid
Published in DKUM: 19.07.2019; Views: 2166; Downloads: 297
Full text (2,18 MB) |
7. Aktivnost encimov v tekočih in trdnih pralnih sredstvihLilijana Milošič, 2018, undergraduate thesis Abstract: V diplomski nalogi je prikazana študija aktivnost posameznih encimov v pralnih sredstvih. Za študijo smo izbrali praškaste pralne praške, tekoče pralne praške in koncentrirane pralne praške, ki so na voljo v obliki pralnih kapsul. Osredotočili smo se predvsem na pralna sredstva, ki so na voljo na slovenskem tržišču. Pri delu smo uporabili tako praške, pri katerih deklaracija navaja vsebnost encimov, kot na take, kjer deklaracija vsebnosti encimov ne navaja.
Pri delu smo poskušali posnemati princip pranja v pralnem stroju, zato smo za potrebe študije, vnaprej pripravljeno raztopino trdnega ali tekočega pralnega sredstva 1 uro inkubirali pri različnih temperaturah 30 °C, 40 °C, 60 °C in 95 °C. V tako pripravljenih raztopinah pralnih sredstev smo s pomočjo UV - Vis spektrofotometra določili koncentracijo skupnih proteinov in aktivnosti encimov α-amilaze, celulaze, lipaze in proteaze.
Ugotovili smo, da so našteti encimi najpogosteje zastopani v pralnih sredstvih. Rezultati kažejo, da je v večini pralnih sredstev aktivna proteaza. Najvišje aktivnosti v pralnih sredstvih dosega encim lipaza, medtem ko je najmanj aktiven encim celulaza, katerega višje aktivnosti smo določili samo v štirih primerih. Določene aktivnosti encimov v pralnih sredstvih so relativno nizke.
Posamezni encimi, ki so dodani v pralnih sredstvih imajo različne temperaturne optimume. Glede na to lahko sklepamo, da je posamezen prašek različno učinkovit pri različnih temperaturah ob enakem časovnem obdobju pranja.
Keywords: pralna sredstva, encimska aktivnost, proteaza, α-amilaza, celulaza, lipaza, Bradford
Published in DKUM: 12.11.2018; Views: 2601; Downloads: 254
Full text (3,25 MB) |
8. Določevanje aktivnosti nekaterih encimov v granatnem jabolkuTamara Kobale, 2018, undergraduate thesis Abstract: Diplomsko delo opisuje določevanje aktivnosti nekaterih encimov v različnih vzorcih granatnega jabolka. Vzorci, v katerih smo določevali encimsko aktivnost so naslednji: sveži sok, liofilizirani sok, zamrznjeni sok, etanolni ekstrakt svežih pečk, etanolni ekstrakt svežih lupin, etanolni ekstrakt liofiliziranih pečk, etanolni ekstrakt liofiliziranih lupin, vodni ekstrakt svežih pečk, vodni ekstrakt svežih lupin in vodni ekstrakt liofiliziranih lupin.Vzorce smo pridobili z različnimi postopki, kot so centrifugiranje, homogeniziranje in ekstrakcija z etanolom. V teh vzorcih smo določevali tudi totalne fenole, proantocianide, antioksidativnost, vitamin C in vitamin E. Encimi, katere smo določevali v naših vzorcih so: α-amilaza, celulaza, katalaza, lipaza, peroksidaza, proteaza in transglutaminaza. Z Bradfordovo metodo smo vzorcem določili koncentracijo proteinov.
Granatno jabolko je polno vitaminov in fenolov, kar smo z rezultati tudi dokazali, saj smo v vseh vzorcih dobili prisotne večje količine vitaminov in fenolov. Prav tako so rezultati pokazali, da so prisotni vsi encimi, katere smo določali, vendar ne v vseh vzorcih.
Keywords: encimi, granatno jabolko, α-amilaza, celulaza, lipaza, katalaza, peroksidaza, proteaza, transglutaminaza, vitamin C, vitamin E
Published in DKUM: 05.10.2018; Views: 1679; Downloads: 217
Full text (3,30 MB) |
9. Aktivnost encimov iz Wallemie ichthyophage po izpostavitvi v SC CO2Kaja Grobelnik, 2016, master's thesis Abstract: Wallemio ichthyophago uvrščamo v razred črnih kvasovk, ki spadajo v rod Wallemia. Wallemia je filogenetsko star in nenavaden rod gliv Basidiomycota, ki zajemajo ene izmed najbolj ekstremofilnih evkariontskih organizmov opisanih doslej. Namen magistrske naloge je bilo proučevanje vpliva superkritičnega ogljikovega dioksida (SC CO2) na preživelost celic črnih kvasovk Wallemia ichthyophage pri različnih pogojih (tlak in čas izpostavitve) ter na aktivnost nekaterih intra- in ekstracelularnih encimov. Preživelost celic črne kvasovke W. ichthyophage s podaljševanjem časa izpostavitve SC CO2 in naraščanjem tlaka upada. Proučevali smo tudi aktivnost encimov celulaze, β-glukozidaze, α-amilaze in proteaze ter koncentracijo proteinov in nukleinskih kislin v odvisnosti od časa izpostavitve celične suspenzije Wallemia ichthyophage SC CO2 pri različnih tlakih. Koncentracija proteinov v celični suspenziji W. ichthyophage je z naraščanjem tlaka in časa izpostavitve SC CO2 naraščala iz česa lahko sklepamo, da so se iz celic izločili intracelularni proteini. Z naraščanjem časa izpostavitve celične suspenzije W. ichthyophage SC CO2 smo dosegli, da so se iz celic W. ichthyophaga izločili intracelularni encimi.
Keywords: W. ichthyophaga, superkritični ogljikov dioksid, celulaza, proteaza
Published in DKUM: 02.03.2016; Views: 10293; Downloads: 182
Full text (2,57 MB) |
10. AKTIVNOST ENCIMOV IZ ČRNE KVASOVKE PHAEOTHECA TRIANGULARISLaura Kolednik, 2014, undergraduate thesis Abstract: Prevladujoča skupina gliv v solinah Jadranskega morja so črne kvasovke. Ena izmed njih je Phaeotheca triangularis, ki smo jo v tem diplomskem delu obravnavali. P. triangularis je halofilna kvasovka, ki v solinah najbolje uspeva pri slanosti od 22 do 28 %. Celice P. triangularis smo mehansko razbijali s homogenizatorjem od 10 do 90 min pri atm. tlaku in temperaturi 35 °C. Za primerjavo smo celično suspenzijo P. triangularis inkubirali pri atm. tlaku in temperaturi 35 °C. S homogenizatorjem so se celične stene kvasovk razbile in njihova vsebina se je izlila v tekoč medij. Tako smo lahko preučevali vpliv homogeniziranja na izločanje encimov in proteinov iz celične suspenzije P. triangularis v odvisnosti od časa izpostavitve. Določevali smo preostalo aktivnost encimov celulaze, β-glukozidaze, α-amilaze in proteaze tako, da smo na UV-Vis spektrofotometru merili absorbance supernatantov pri različnih valovnih dolžinah. Zanimal nas je vpliv mehanskih sil na preživelost celic P. triangularis v celični suspenziji. Ugotovili smo, da je preživelost celic P. triangularis s podaljševanjem časa homogenizacije upadala, medtem ko je koncentracija proteinov v celični suspenziji P. triangularis naraščala.
Keywords: P. triangularis, homogeniziranje, celulaza, β-glukozidaza, α-amilaza, proteaza
Published in DKUM: 22.09.2014; Views: 2769; Downloads: 284
Full text (2,07 MB) |
