Iskanje po katalogu digitalne knjižnice

Opis: Astma in atopijski dermatitis sta kompleksni alergijski bolezni, katerih prisotnost v današnjem razvitem svetu narašča. K razvoju obeh bolezni pripomore več različnih genov, bivalno okolje in način življenja posameznika. Namen raziskave je bil poiskati podobnosti in razlike v genetski arhitekturi astme in atopijskega dermatitisa. Na osnovi objavljenih študij smo izbrali tiste gene, ki so bili povezani z nastankom obeh boleznih ter analizirali genetske polimorfizme v izbranih genih pri slovenskih otrocih z astmo in/ali atopijskim dermatitisom. V našo študijo smo vključili 219 bolnikov in 97 zdravih posameznikov kot kontrolno skupino. Iz brisov ustne sluznice in krvnih limfocitov bolnikov ter zdravih posameznikov smo izolirali DNA molekule, na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme genov STAT5B (rs9900213), TSLP (rs1898671) in STAT6 (rs324015). Genotipizacijo smo izvedli z metodoma qPCR-HRM in PCR-RFLP. Rezultate smo statistično analizirali s programom SPSS, kjer smo primerjali genotipske in alelne frekvence bolnikov in kontrol ter iskali povezavo med polimorfizmi in boleznima. V raziskovalni nalogi smo potrdili vpliv gena TSLP na razvoj astme. Sočasno smo ugotovili, nekoliko povišano frekvenco alela T polimorfizma rs9900213 v genu STAT5B pri astmatikih in bolnikih z atopijskim dermatitisom in pridruženo astmo, kar bi lahko povečalo tveganje za razvoj astme. Za boljše razumevanje povezave astme in atopijskega dermatitisa bi bile potrebne nadaljnje raziskave na večjem številu vzorcev. S tem bi dobili realnejšo sliko povezav med atopijskim dermatitisom in astmo, kar bi prispevalo k uspešnejšemu zdravljenju. Pridobljeni podatki lahko v prihodnosti prispevajo k razumevanju povezav med astmo in atopijskim dermatitisom.
Ključne besede: atopijski dermatitis, astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida (SNP), kandidatni geni
Objavljeno v DKUM: 30.07.2020; Ogledov: 1414; Prenosov: 127
Celotno besedilo (1,67 MB)

Opis: Cilj študije je bil raziskati, ali so posamezni polimorfizmi (SNP) v izbranih genih, ki so odgovorni za hormonsko uravnavanje folikulogeneze, povezani z odzivom na nadzorovano prekomerno spodbujanje ovulacije in kliničnimi značilnostmi žensk, vključenih v postopek oploditve z biomedicinsko pomočjo (OBMP). V raziskavo smo vključili šestdeset preiskovank, ki so bile vključene v postopek zdravljenja neplodnosti s postopkoma IVF (zunajtelesna oploditev) ter ICSI (neposredni vnos semenčice v citoplazmo jajčne celice). Pred postopkom OBMP smo preiskovankam določili serumske vrednosti hormonov FSH, LH in AMH. Kri za določitev vrednosti serumskega LH in FSH je bila odvzeta drugi oziroma tretji dan menstruacijskega ciklusa. Vrednosti E2 smo določali na dan aplikacije hCG. Preiskovanke smo razvrstili v tri skupine glede na odziv hormonskega spodbujanja ovulacije; slabo odzivne (glede na bolonjska merila), normalno odzivne (≤ 15 jajčnih celic) in prekomerno odzivne preiskovanke (> 15 jajčnih celic). Gensko izražanje smo izmerili genom FSHR, AMH, LHCGR, AR in BMP6. Genotipizacijo smo izvedli za polimorfizme rs10407022 v genu AMH; rs1394205 in rs6166 v genu FSHR; rs3741664 v genu AMH in rs2234693 v genu ESR1. Bazalni FSH (bFSH), estradiol (E2) in anti-Müllerjev hormon (AMH) so bili izmerjeni z encimsko povezanim imunosorbentnim testom (ELISA). Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs1394205 so imele značilno nižjo raven AMH (P = 0,016) in so tako zahtevale višji odmerek rFSH v jajčni celici v primerjavi s preiskovankami z AA- ali AG-genotipom (P = 0,036). Ugotovili smo tudi večjo pogostnost genotipa GG rs1394205 pri preiskovankah s slabim odzivom (76,5 %) v primerjavi s tistimi, ki so se odzvale prekomerno (37,5 %; P = 0,002). Preiskovanke z genotipom AA polimorfizma rs6166 so imele višjo raven izmerjenega bFSH v primerjavi s tistimi z genotipi AG ali GG (P = 0,043). Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs3741664 so potrebovale višji odmerek rFSH v primerjavi s preiskovankami, ki so imele genotip AA ali AG (P = 0,028). Genotip GG polimorfizma rs1394205 je povezan z napovedano vrednostjo za slabo odzivnost jajčnikov na KOH. Pacientke s tem genotipom potrebujejo višje odmerke rFSH za indukcijo ovulacije.
Ključne besede: hormonsko spodbujanje ovulacije, polimorfizem posameznega nukleotida, FSHR, AMHR, genotipizacija
Objavljeno v DKUM: 07.06.2019; Ogledov: 1672; Prenosov: 96
Celotno besedilo (1,61 MB)

Opis: Proliferativna vitreoretinopatija (PVR) predstavlja rast membran na površini mrežnice ter med mrežnico in steklovino pri bolnikih z regmatogenim odstopom mrežnice. Je najbolj pogost razlog za neuspeh pri zdravljenju bolnikov z odstopom mrežnice. Zaradi PVR imajo ti bolniki tudi slabši funkcionalni izid zdravljenja. Klinične raziskave kažejo, da kljub uspešnemu anatomskem zdravljenju bolniki nepojasnjeno izgubljajo tako centralni kot tudi periferni vid. Zaradi prizadetosti centralnega dela mrežnice, rumene pege, se poslabšata tako vidna ostrina kot tudi barvni vid. Zaradi okvare ostalih delov mrežnice imajo ti bolniki začasne ali trajne izpade vidnega polja. Številni dejavniki na celični in molekularni ravni so odgovorni za poslabšanje vida pri teh bolnikih. Morfološke analize rumene pege, narejene s pomočjo optične koherenčne tomografije (OCT), so pokazale, da je osip notranjih in zunanjih segmentov fovealnih fotoreceptorjev značilen pojav pri bolnikih s slabo vidno funkcijo po odstopu mrežnice. Zadnja desetletja so bile objavljene številne raziskave, ki nakazujejo na vpletenost rastnih dejavnikov in citokinov v patogenezi PVR. Skupaj s hipotezo rastnih dejavnikov se je porodilo vprašanje o vplivu genetskih dejavnikov na proces celjenja ran in na pojav PVR. Določanje genetskih determinant v povezavi s PVR se je pričelo v zadnjih desetih letih. V do sedaj objavljenih raziskavah je že bila dokazana povezava med posameznimi polimorfizmi enega nukleotida v genih TGFB1, SMAD7, p53, MDM2 in TNF in PVR, ki pa je ozko omejena samo na nekaj evropskih populacij. V naši raziskavi smo se osredotočili na klinične in genetske dejavnike PVR. Vrednotili smo funkcionalne plati rehabilitacije vidne funkcije bolnikov kot tudi morfološke spremembe, ki vplivajo na končni izid kirurškega zdravljenja. Poleg funkcionalnih preiskav, kot so vidna ostrina, barvni vid in vidno polje, smo v naši raziskavi analizirali tudi s pomočjo OCT pridobljene morfološke parametre: centralno debelino mrežnice (CRT) in skupno prostornino rumene pege (TMV). Analizirali smo vidno ostrino, barvni vid, vidno polje, stopnjo PVR, število operacij, očesni tlak, CRT in TMV za vse bolnike skupaj in za vsako skupino posebej. Pri vseh bolnikih, vključenih v raziskavo, smo ugotavljali, ali stopnja PVR vpliva na končno vidno ostrino. Analizirali smo, ali je barvni vid povezan s končno vidno ostrino. Prav tako smo pod drobnogled vzeli vprašanje o morebitni povezavi CRT in TMV z vidno ostrino in barvnim vidom, saj številna poročila kažejo, da so subklinične morfološke spremembe v rumeni pegi pomemben dejavnik za funkcionalno rehabilitacijo bolnikov po odstopu mrežnice. V raziskavo smo vključili 191 bolnikov z odstopom mrežnice, ki smo jih razdelili v 2 skupini: 113 bolnikov, pri katerih se je pojavila PVR (PVR skupina), in 78 bolnikov brez PVR (kontrolna skupina). Bolniki iz PVR skupine so imeli slabšo povprečno preoperativno vidno ostrino (0,13) v primerjavi s kontrolno skupino (0,28). Statistično pomembna razlika med skupinami je bila tudi glede postoperativne vidne ostrine. Povprečna postoperativna vidna ostrina bolnikov s PVR je bila slabša kot pri ostalih bolnikih z odstopom mrežnice. Zaradi relativno omejenega števila preiskovancev smo za genetsko analizo in v namen doseganja praga za ugotavljanje statistično značilnih povezav raziskavo za posamezne gene razširili na 261 primerov. Naša raziskava je pokazala statistično pomembne razlike v porazdelitvi genotipov med bolniki s PVR in kontrolnimi bolniki pri SNP-jih znotraj ali v bližini genov IL6, TGFB1 in IL10. V tej raziskavi nismo ugotovili povezanosti med SNP-ji znotraj ali v bližini genov za CCL2, FGF2, IL1A, IL2, JAK3, LTA, p53, PDGFRA, SMAD7, in TNF ter PVR, s čimer nismo potrdili do sedaj dognanih povezav med SNP-ji in PVR. Primerjali smo tudi razporeditev genotipov med kontrolno skupino 96 slovenskih krvodajalcev in bolnikov iz PVR skupine pri 4 SNP-jih v genih IL1A, IL2, LTA ter TNF.
Ključne besede: proliferativna vitreoretinopatija, odstop mrežnice, genski polimorfizem, rastni dejavniki, citokini, vidna ostrina
Objavljeno v DKUM: 08.06.2017; Ogledov: 2215; Prenosov: 129
Celotno besedilo (7,91 MB)

Opis: Revmatoidni artritis je kronična avtoimunska bolezen s kompleksno genetsko etiolologijo. Prizadene vse sklepne dele telesa. Študije so pokazale da poleg okoljskih dejavnikov k razvoju bolezni pomemben delež prispevajo tudi genetski dejavniki. Ocenjen prispevek dednega dejavnika je 60 %. V patogenezo bolezni je vpleteno veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP). Namen magistrskega dela je ugotoviti ali so SNP-ji, ki so bili najbolj statistično značilni v GWA študijah statistično značilni tudi za slovenske bolnike z RA. V raziskavi smo izbrali rs1571878 (CCR6), rs7574865 (STAT4), rs909685 (SYNGR1), rs2476601 (PTPN22) in rs3087243 (CTLA4). Izvedli smo genotipizacijo s PCR-RFLP metodo in HRM metodo na 276 vzorcih bolnikov in 276 vzorcih zdravih kontrol. Rezultate smo analizirali s statistično analizo. Statistična analiza je pokazala povezavo med RA in SNP-jema rs2476601 (PTPN22) (p=0,000013) in rs3087243 (CTLA4) (p=0,002). Alel A za SNP rs2476601 zvišuje tveganje za nastanek RA. Za SNP rs3087243 ima alel G zaščitno vlogo proti nastanku RA.
Ključne besede: revmatoidni artritis, asociacijske študije na celotnem genomu, verižna reakcija s polimerazo, polimorfizem dolžin celotnega genoma, genotipizacija
Objavljeno v DKUM: 06.09.2016; Ogledov: 1782; Prenosov: 158
Celotno besedilo (2,29 MB)

Opis: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen in se pojavlja v dveh podtipih, kot Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK). CB lahko prizadene celoten prebavni trakt, medtem ko UC prizadene skoraj izključno danko in debelo črevo. Na potek in razvoj bolezni pomembno vplivajo tako okoljski dejavniki kot tudi genetska zasnova posameznika. Asociacijske študije na celotnem genomu (GWA študije) so do danes identificirale 163 lokusov na človeškem genomu, ki so povezani z nastankom KVČB. Zdravljenje KVČB poteka v več stopnjah. Navadno začnemo z aminosalicilati, nadaljujemo s kortikosteroidi in imunosupresivi. Če zdravljenje s standardno terapijo ni uspešno, pa si v zadnjem času pomagamo z biološkimi zdravili in sicer zaviralci provnetnega citokina TNF-α, katerih prva predstavnika sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA). Terapija z zaviralci TNF-α je naredila izjemen napredek v zdravljenju ne samo CB, ampak tudi ostalih oblik KVČB. V naši študiji smo se osredotočili na zdravljenje bolnikov s CB z adalimumabom (ADA). ADA je humano monoklonsko protitelo. Z odmerjanjem vsaki drugi teden dosegamo zelo dober odziv, v indukcijski kot tudi vzdrževalni terapiji, z zelo solidnim procentom bolnikov v remisiji, vendar se kljub temu približno tretjina bolnikov ne odziva na terapijo z zaviralci TNF-α. Cilj naloge je bil izvesti prospektivno farmakogenetsko raziskavo, pri čemer bi odkrili genetske biooznačevalce, s katerimi bi lahko vnaprej napovedali, kakšen bo izid zdravljenja z ADA pri posameznem bolniku. Dodatno smo želeli ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na terapijo z ADA in izražanjem genov pri bolnikih s CB, pri čemer smo ugotovili, da prav tako izstopa gen ATG16L1, pri katerem se je izražanje statistično značilno spreminjalo skozi celotno obdobje zdravljenja. Prav tako smo v nalogi analizirali potencialne povezave med imunološkimi, biokemijskimi in hematološkimi parametri. V študijo smo zajeli 102 bolnika s CB. Bolnike smo spremljali tako, da smo jim pred terapijo ter po 4., 12., 20., in 30. tednu odvzeli kri, izmerili vrednost C-reaktivnega proteina (CRP) kot pokazatelja vnetja ter ovrednotili uspešnost zdravljenja z IBDQ vprašalnikom, ki poleg vprašanj kliničnega značaja zelo dobro odraža psihološko stanje in počutje bolnika. Glede na število točk IBDQ vprašalnika smo ovrednotili uspešnost terapije, tako da je število nad 170 ali relativni dvig IBDQ za 22 točk pomenilo remisijo. Uspešnost terapije smo ovrednotili tudi z vrednostjo CRP in sicer smo menili, da je terapija uspešna, v kolikor se je CRP zmanjšal za 25% glede na začetno stanje pred zdravljenjem oz. je CRP dosegel normalne vrednosti. DNA polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) in kandidatne gene smo izbrali po sledečih kriterijih: SNP-ji, močno povezani s KVČB v posameznih kandidatnih študijah, SNP-ji, ki so jih potrdile GWA študije za KVČB, ter SNP-ji, ki so bili v predhodnih študijah povezani z odzivom na IFX. Skupno smo genotipizirali 33 izbranih SNP-jev in izmerili izražanje 5 genov, predhodno povezanih s KVČB ter primerjali genotipe izbranih SNP-jev in nivo izražanja genov z odzivom na zdravljenje z ADA. Gensko tipizacijo polimorfizmov SNP v izbranih genih/lokusih smo izvajali z metodo analize talilnih krivulj visoke ločljivosti (HRM, ang. high resolution melting) in tehniko polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP, ang. restriction fragment length polymorphism). Ugotovili smo, da je bil pozitivni odziv na zdravljenje z ADA merjen z IBDQ po 4 tednih pri 62.9% bolnikov, po 12 tednih 68%, po 20 tednih 66% in po 30 tednih 71%. V primeru merjenja odziva z CRP pa je imelo po 4 tednih pozitivni odziv 82,6% bolnikov, po 12 tednih 71,9% , po 20 tednih 72,7% in po 30 tednih 72,5% bolnikov. Najmočnejšo povezavo smo našli med polimorfizmom SNP rs10210302 v genu ATG16L1 in biološkim odgovorom na terapijo z ADA, merjenim s CRP, pri čemer so imeli bolniki z genotipom TT boljši odgovor po 12, 20 in 30 tednih zdravljenja v primerjavi z bolniki z genotipom CC (p=8.11E-04, p (po korekciji za multiplo testiranje = 0,027)). Nadalje smo močno povezavo odkrili med polimorfizmom SNP rs10512734, ki je lociran v genski puščavi na kromosomu 5p13.1 in za katerega je bilo dokazano, da vpliva na izražanje gena PTGER4 ter odgovorom na ADA, pri čemer so imeli bolniki z genotipom GG boljši odgovor v primerjavi z bolniki z genotipom AA po 12 tednih zdravljenja (p=4.62E-03). Ostale statistično najbolj značilne povezave smo ugotovili med SNP-ji v genih CASP9, IL27, CCNY, C11orf30, NR1I2 in IL13 ter odzivom na zdravljenje z ADA. V skladu s predhodnimi kliničnimi študijami smo tudi v naši študiji potrdili povezavo med nekaterimi kliničnimi značilnostmi bolnikov in odzivom na zdravljenje. Bolniki, ki predhodno še niso bili zdravljeni z IFX, so se signifikantno boljše odzvali na terapijo. Glede vzporedne terapije s standardnimi zdravili nismo našli značilnih povezav z odzivom na zdravljenje. Boljši odziv na zdravljenje smo opazili pri bolnikih, ki so bili predhodno kirurško zdravljeni. In boljši odziv na terapijo je bil opažen tudi pri nekadilcih. Bolniki, ki so bili ob postavitvi diagnoze mlajši, so se na terapijo boljše odzivali. Rezultati naše študije kažejo, da je odziv na zdravljenje z ADA deloma genetsko pogojen s polimorfizmi SNP, povezanimi z nastankom CB, pri čemer se je kot najbolj obetaven kandidatni gen za odgovor na zdravljenje z ADA izkazal gen ATG16L1. Glede na to, da smo našli številne povezave z drugimi polimorfizmi SNP ter odgovorom na ADA, bodo v prihodnje potrebne nadaljnje farmakogenetske študije, ki bi te povezave potrdile na večjem številu bolnikov s CB s ciljem razviti molekularne biološke označevalce in napovedne modele, s katerimi bi lahko načrtovali individualizirano zdravljenje bolnikov.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, adalimumab, farmakogenomika, biooznačevalci
Objavljeno v DKUM: 16.07.2015; Ogledov: 2660; Prenosov: 346
Celotno besedilo (4,76 MB)