Search the digital library catalog

Abstract: Rak dojk je najpogostejši rak pri ženskah in obenem najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženski populaciji. Rak te vrste za uspešno napredovanje in metastaziranje preoblikuje okoliško tkivo in ustvari lastno tumorsko mikrookolje. Slednje med drugim vključuje spremembe v celicah imunskega sistema, katerega ključna komponenta za boj proti infekcijam in prilagajanje patogenom so mononuklearne celice periferne krvi (MCPK). Posledično proteini MCPK lahko predstavljajo pomembne biomarkerje imunskih bolezni, med drugim tudi rakavih obolenj, saj je znano, da se ob nastanku raka spremeni proteom MCPK. Med naborom tehnik, s katerimi je mogoče v velikem obsegu raziskovati proteine, je zaradi svoje sposobnosti obvladovanja proteomske kompleksnosti postala razširjena tekočinska kromatografija, sklopljena s tandemsko masno spektrometrijo (LC MS/MS). V magistrski nalogi smo optimizirali metodo izolacije in priprave proteinskih vzorcev iz MCPK, ki je preprosta, učinkovita in neposredno združljiva s sistemom LC-MS/MS. Učinek optimizacije smo ocenili na podlagi števila identificiranih peptidov in proteinskih skupin v vsakem vzorcu ter na podlagi ponovljivosti metode. Najprej smo preizkusili različne sestave liznih pufrov za izolacijo proteinov in ugotovili, da je najbolj obetaven lizni pufer MSC RIPA na osnovi natrijevega deoksiholata in etilen glikola. Ker sprememba koncentracij površinsko aktivnih snovi v MSC-RIPA pufru ni pokazala izboljšanja pri identifikaciji proteinov z masnim spektrometrom, smo v protokol dodali korak frakcionacije peptidov z močno kationsko izmenjavo na različno število frakcij. Za možnost analize večjega števila vzorcev v istem času smo optimizirali tudi trajanje kromatografske metode na LC MS/MS instrumentu. Končna optimizirana metoda obsega lizo MCPK z MSC-RIPA pufrom, SCX frakcionacijo vzorcev na tri frakcije ter analizo na LC-MS/MS z 75-minutnim kromatografskim gradientom. Z optimizirano metodo smo dosegli povprečno 3 373 (s.d. ± 52) identificiranih proteinskih skupin na vzorec MCPK z metodo, ki omogoča analizo 21 vzorcev na teden. Optimizirana metoda nam je omogočila izvedbo preliminarne proteomske študije na šestih vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk – dosegli smo povprečno 3 370 (s.d. ± 99) identificiranih proteinskih skupin na vzorec. Te smo primerjali s tremi vzorci MCPK zdravih posameznikov in izvedli analizo diferencialne ekspresije. Na podlagi opravljane analize diferencialne ekspresije na vzorcih treh kontrol, treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom A ter treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom B, smo identificirali tri proteine, ki so bolj izraženi v vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk in bi lahko bili potencialni biomarkerji raka dojk iz periferne venske krvi. Tako optimizirana metoda bo uporabljena za študijo proteoma MCPK na večji kohorti bolnic z rakom dojk, seveda pa jo je mogoče uporabiti tudi za preučevanje drugih bolezni.
Keywords: proteomska analiza, MCPK, masna spektrometrija, rak dojk
Published in DKUM: 25.09.2023; Views: 470; Downloads: 88
Full text (23,88 MB)

Abstract: IZHODIŠČA Perioperativna ledvična okvara je pomemben dejavik smrtnosti, obolevnosti in stroškov v srčni kirurgiji, njena pojavnost v literaturi znaša od <1% in do 70%. Ledvična okvara, ki zahteva ledvično nadomestno zdravljenje, je povezana s posebej visoko smrtnostjo. Mnogo raziskav dokazuje, da tudi tista zmanjšanja ledvične funkcije, kjer ledvično nadomestno zdravjenje ni potrebno oziroma serumske vrednosti kreatinina porastejo le blago ali celo ne presežejo normalnih vrednosti, vplivajo na kratko- in dolgoročne rezultate kardiokirurškega zdravljenja. Obstaja več kot 30 definicij akutne ledvične okvare, zato je bil potreben splošno sprejet kompromis glede oblikovanja nove definicije v okviru delovne skupine Kidney Disease: Improving Global Outcomes (t.i. KDIGO klasifikacija akutne ledvične okvare) iz leta 2012. Nova KDIGO klasifikacija ima dobro napovedno vrednost obolevnosti in smrtnosti pri kritično bolnih, vključno s kardiokirurškimi bolniki. Veliko raziskav potrjuje uspešnost in varnost nadomeščanja askorbinske kisline pri visoko rizičnih bolnikih, kot so tudi tisti po operacijah na odprtem srcu, vendar smo do zdaj zasledili le nekaj manjših, ki so specifično primerjale skupine bolnikov z in brez suplementacije glede perioperativne ledvične okvare. Rezultati omenjenih raziskav kažejo, da nadomeščanje askorbinske kisline v njihovih subpopulacijah kardiokirurških bolnikov ni bilo povezano z manjšo okvaro ledvic. METODE V prospektivno raziskavo smo vključili odrasle kardiokirurške bolnike, operirane na Oddelku za kardiokirurgijo Univerzitetnega kliničnea centra Maribor in Kliniki za kardiovaskularno kirurgijo Inštituta za kardiovaskularne bolezni Vojvodine Sremska Kamenica v obdobju od decembra 2018 do maja 2019. Izključitveni kriteriji so bili starost pod 18 let, operacija brez uporabe zunajtelesnega krvnega obtoka, hiperoksalurija, anamneza ledvičnih kamnov, anamneza alergije na askorbinsko kislino, kritično predoperativno stanje (ventrikularna tahikardija ali ventrikularna fibrilacija, predoperativno kardiopulmonalno oživljanje, predoperativna inotropna podpora, vstavljena intra-aortna balonska črpalka), nujnost operacije, ki mora biti opravljena pred začetkom naslednjega delovnega dne, imunosupresivna ali antioksidativna terapija znotraj 30 dni pred operacijo, hipotermični cirkulatorni zastoj, predoperativna kronična ledvična bolezen z ocenjeno glomerulno filtracijo < 30 mL/min/1.73m2 in smrt bolnika pred zaključkom protokola študije (znotraj prvih petih postoperativnih dni). Bolnike smo razdelili na dve skupini, in sicer na testno in kontrolno. Kot kazalce ledvične funkcije smo uporabili serumsko koncentracijo kreatinina, ocenjeno glomerulno filtracijo in urno diurezo. Glede na predoperativne vrednosti smo izračunali absolutne in relativne spremembe. Vsakemu bolniku je bila med hospitalizacijo merjena urna diureza od intraoperativnega obdobja pa do petega dneva. Bolnike smo uvrstili v ustrezni razred po KDIGO klasifikaciji. Skupini smo primerjali tudi po nekaterih demografskih podatkih in tistih pred-, intra- in postoperativnih lastnostih, ki bi lahko vplivale na delovanje ledvic. V subpopulaciji bolnikov smo merili serumske vrednosti malondialdehida kot posrednega biomarkerja oksidativnega stresa. Za primerjavo skupin smo uporabili t-test za numerične in test χ-kvadrat za kategorične spremenljivke. Pri preizkušanju hipotez smo kot statistično pomembno upoštevali p < 0.05. REZULTATI Testno skupino, ki je prejela askorbinsko kislino, je sestavljalo 163 bolnikov, medtem ko je kontrolna skupina štela 169 bolnikov. Skupini sta se dobro ujemali glede na izhodiščno demografijo in so imele podobne intraoperativne značilnosti. Incidenci akutne ledvične okvare v testni in kontrolni skupini sta bili 20.9 % oziroma 28.4 % (p = 0.127). Ocenjena glomerulna filtracija se med študijskimi skupinami v celotnem pooperativnem obdobju ni razlikovala. V skupini, ki je prejela askorbinsko kislino, je bil trend višjih vrednosti malondialdehida s statistično značilnostjo prvi postoperativni dan in nižje bolnišnične umrljivosti (0.6 % proti 4.1 %, p = 0.067). Ob popustitvi aortne zažemke smo odkrili znatno povečanje koncentracije malondialdehida v serumu. Koncentracija malondialdehida v serumu se je še naprej povečevala in dosegla vrh 12 ur po operaciji. Nato je začela upadati, vendar je ostala pomembno višja v primerjavi s predoperativnimi vrednostmi 24 in 48 ur po operaciji. ZAKLJUČKI Po našem vedenju je pričujoče raziskovalno delo prva študija, ki: 1) je merila serumske vrednosti malondialdehida s pomočjo visoko specifične metode plinske kromatografije in masne spektrometrije, 2) je objavila podatke o največji skupini bolnikov po operaciji na odprtem srcu, katerim smo natančno merili perioperativne spremembe serumske koncentracije malondialdehida kot indikatorja oksidativnega stresa in 3) je objavila podatke o vplivu askorbinske kisline na pojav postoperativne akutne ledvične okvare pri največji randomizirani skupini bolnikov po operaciji na odprtem srcu. Askorbinska kislina ni pomembno znižala pojavnosti akutne ledvične okvare po operacijah na odprtem srcu z uporabo zunajtelesnega krvnega obtoka. Serumska koncentracija malodialdehida se pomembno poveča intraoperativno in narašča v zgodnjem pooperativnem obdobju do 12 ur po zaključku operacije. Pomembno povišana ostane do 48 ur po operaciji. Ključne besede: akutna ledvična okvara, askorbinska kislina, zunajtelesni krvni obtok, oksidativni stres, malondialdehid, plinska kromatografija in masna spektrometrija
Keywords: akutna ledvična okvara, askorbinska kislina, oksidativni stres, malondialdehid, plinska kromatografija in masna spektrometrija
Published in DKUM: 29.11.2022; Views: 657; Downloads: 60
Full text (1,65 MB)

Abstract: Vino in pivo sta priljubljeni pijači. Vsebujeta vodo, minerale, vitamine, elemente v sledovih in različne organske spojine, kot so organske kisline, polifenoli, aminokisline, polisaharidi in alkohol. Med elementi v sledovih se v obeh pijačah nahaja tudi krom (Cr). V okolju sta najbolj stabilni kemijski obliki trivalentni (Cr(III)) in šestvalentni (Cr(VI)) krom. Spojine Cr(VI) so za vse žive organizme zelo strupene in kancerogene, medtem ko so spojine trivalentnega kroma bistveno manj strupene in v nizkih koncentracijah esencialne za človeka. V znanstveni literaturi so v zadnjem obdobju objavili članke, ki poročajo o vsebnosti Cr(VI) v vinih in pivih. To bi pomenilo, da pitje teh pijač predstavlja dolgoročno kronično izpostavljenost velikega dela človeškega prebivalstva strupenemu Cr(VI). Polifenoli in ostale organske spojine, ki so v vinu in pivih so močni reducenti. Zaradi njih vina in piva, ne morejo vsebovati Cr(VI). Ugotovitve o navzočnosti Cr(VI) v vinih in pivih, so najverjetneje posledica napačno uporabljenih analiznih postopkov za določanje kemijskih zvrsti kroma (speciacije kroma). Zato smo v diplomski nalogi želeli potrditi hipotezo, da Cr(VI), v vinih in pivih, ne more obstajati. V ta namen smo analizirali vzorce vina in piva z zanesljivim postopkom speciacijske analize z anionsko-izmenjalno tekočinsko kromatografijo z visoko ločljivostjo (HPLC) v povezavi z masno spektrometrijo z induktivno sklopljeno plazmo (ICP-MS). Obnašanje Cr(III) in Cr(VI) v vzorcih vin in piv smo preučili z uporabo obogatenih stabilnih izotopov 53Cr(III) in 50Cr(VI). Kromatografsko ločbo smo spremljali z ICP-MS pri m/z 50, 52 in 53. V vzorcih vin in piv smo določili tudi celotne koncentracija kroma in nekaterih izbranih elementov. Rezultati kažejo, da vina in piva ne vsebujejo Cr(VI), ter da se je izotopsko označen 50Cr(VI), ki smo ga dodali v vino in pivo, zaradi prisotnosti antioksidantov in organske snovi v vzorcih, reduciral do 50Cr(III).
Keywords: vino, pivo, speciacija kroma, tekočinska kromatografija z visoko ločljivostjo, masna spektrometrija z induktivno sklopljeno plazmo, obogateni stabilni izotopi 53Cr(III) in 50Cr(VI)
Published in DKUM: 08.10.2020; Views: 1536; Downloads: 124
Full text (1,23 MB)

Abstract: Namen magistrske naloge je določitev ostankov izbranih pesticidov v ribah in školjkah. Pesticidi se uporabljajo za uničenje ali preprečevanje delovanja različnih skupin organizmov. Vodno okolje je ogroženo zaradi kemičnega onesnaženja površinskih voda. Povzroča akutno in kronično toksičnost vodnih organizmov. Akumulacija onesnaževal v določenih ekosistemih, ogroža zdravje ljudi. Kemično onesnaženje vpliva tudi na izgubo biotske večvrstnosti in habitatov [1]. Glede na strupenost fitofarmacevtskih sredstev, je potreben razvoj analiznih postopkov za določevanje vsebnosti ostankov različnih pesticidov v hrani in okolju. Zaradi velikega pritiska javnosti obstajajo strogi predpisi upravnih in zakonodajnih organov [2]. Številni pesticidi so sintetizirani in testirani, glede na njihovo biološko učinkovitost. Uporaba pesticidov/biocidov velikokrat povzroča zmanjšanje biološke raznovrstnosti, kar direktno vpliva na živalske in rastlinske vrste in na mikrofloro [2]. Ostanke izbranih pesticidov v ribah in školjkah smo določili s pomočjo plinske kromatografije in masne spektometrije (GC/MS). Pesticidi, ki smo jih določali so aklonifen, bifenoks, cibutrin (Irgarol 1051), cipermetrin, diklorfos, dikofol, kvinoksifen in terbutrin. Kromatogrami so bili posneti z metodo izbranih ionov (SIM – selected ion monitoring). Uporabili smo interne standarde alfa-HCH-D6 in fenantren-D10.
Keywords: pesticidi, ribe, školjke, plinska kromatografija in masna spektrometrija
Published in DKUM: 06.04.2016; Views: 2378; Downloads: 0

Abstract: Ogljikove hidrate običajno določamo s tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti (HPLC) in UV-zaznavo ali s plinsko kromatografijo v povezavi z masno spektrometrijo (GC-MS). Ker so enostavni ogljikovi hidrati, kot sta fruktoza in glukoza, v raztopinah prisotni v različnih oblikah (aciklična, ciklična – furanozna in ciklična – piranozna), lahko po pripravi vzorcev za analizo pride do neželenega pojava več kromatografskih vrhov. Z zastavljenim obsegom raziskav smo razvili metodo za ločevanje in določanje monosaharidov fruktoze in glukoze v trgovsko dosegljivih vzorcih make (Lepidium meyenii) z uporabo GC-MS. Metoda po tvorbi trimetilsililiranih derivatov z reagentom N-metil-N-(trimetilsilil)trifluoroacetamidom (MSTFA) omogoča dobro ločevanje in kvantitativno določanje fruktoze in glukoze. Postopek sililiranja smo izvajali na peščeni kopeli pri temperaturi od 70 °C do 80 °C, 90 min. Izvedli smo kvantitativno analizo vzorcev make, pripravljenih z ekstrakcijo trdno-tekoče z vodo ali metanolom (0,5 g vzorca/10 mL topila) pri različnih temperaturah (40 °C, 50 °C, 70 °C, 100 °C) in različnih časovnih intervalih (1 h, 3 h). Vsebnosti fruktoze in glukoze smo določili iz umeritvenih krivulj z uporabo fenil-β-D-glukopiranozida kot internega standarda. Ugotovili smo, da so bile najvišje vsebnosti preiskovanih spojin v vzorcu make, ekstrahiranem z deionizirano vodo in segrevanjem 3 h pri 50 °C, kjer je bila povprečna vsebnost fruktoze 33 mg/g, glukoze pa 45 mg/g suhe zatehte vzorca. Vsebnost preiskovanih spojin smo določili tudi po hidrolizi vzorca, izvedeni z vodno raztopino HCl (koncentracije 0,1 M, 0,5 M, 1 M; 0,5 g vzorca/10 mL topila) pri različnih temperaturah (50 °C, 70 °C) in različnih časovnih intervalih (1 h, 3 h). Najvišje vsebnosti fruktoze in glukoze smo določili v vzorcu make, hidroliziranem z vodno raztopino HCl koncentracije 0,5 M in segrevanjem 3 h pri 70 °C. Povprečna vsebnost fruktoze je bila 224 mg/g, glukoze pa 303 mg/g suhe zatehte vzorca. V vzorcu make smo ob preiskovanih spojinah v višjih koncentracijah zasledili tudi nekatere druge ogljikove hidrate, kot sta inozitol in saharoza, vendar jih nismo kvantitativno ovrednotili.
Keywords: fruktoza, glukoza, plinska kromatografija, masna spektrometrija, maka, Lepidium meyenii
Published in DKUM: 22.10.2015; Views: 2828; Downloads: 232
Full text (2,09 MB)