Search the digital library catalog

Abstract: Revmatoidni artritis (v nadaljevanju RA) je napredujoče kronično vnetno revmatično obolenje, ki lahko prizadene številna tkiva in organe, predvsem pa prizadene sklepe, v začetku predvsem manjše prstne sklepe rok ter nog. RA je kompleksna bolezen, torej na njen nastanek in progresijo vplivata tako okolje kot tudi genetska predispozicija, ki predstavlja 50 do 60% dovzetnosti za nastanek obolenja. Natančen sprožilec bolezni do sedaj še ni znan. Različne študije so skozi leta ugotovile povezavo med RA ter več kot 100 lokusi na genomu. K temu so pripomogle predvsem asociacijske študije celotnega genoma (GWA študije). Le- te temeljijo na primerjavi frekvence polimorfizmov celotnega genoma med bolniki ter zdravimi posamezniki. Študije so z RA med drugimi povezale tudi tri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), rs2228145 v genu IL6R, rs706778 v genu IL2RA ter rs11574914 v genu CCL12 . V diplomski nalogi smo ugotavljali povezavo teh treh SNP-jev z RA pri slovenski populaciji. Za tri izbrane polimorfizme SNP smo opravili genotipizacijo pri 208 zdravih posameznikih ter pri 276 bolnikih diagnosticiranih z RA. Pri tem smo uporabili metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM) ter metodo verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je sledila metoda polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP). Ugotovili smo statistično značilno povezavo med SNP-jema rs2228145 (IL6R) in rs11574914 (CCL21) in nastankom RA v slovenski popuaciji. Pri bolnikih je bila frekvenca alela C SNP-ja rs2228145 na genu IL6R višja v primerjavi z zdravimi posamezniki (p = 0,002). Nadalje je bila frekvenca alela T ter frekvenca genotipa TT SNP-ja rs11574914 na genu CCL21 znatno povišana pri bolnikih z RA glede na kontrolno skupino (p= 1,0*10-4 ). Rezultati diplomskega dela nakazujejo na pomembno vlogo polimorfizmov v genih, ki kodirajo vnetne citokine, na nastanek RA v slovenski populaciji.
Keywords: revmatoidni artritis, SNP, vnetni citokini, asociacijska analiza
Published in DKUM: 26.04.2018; Views: 1723; Downloads: 143
Full text (1,80 MB)

Abstract: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano. Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western. "Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC. Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki.
Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza
Published in DKUM: 16.09.2016; Views: 1842; Downloads: 157
Full text (2,76 MB)

Abstract: Astma je ena najpogostejših kroničnih bolezni dihal v zadnjih desetletjih, saj prizadene okrog deset odstotkov ljudi. V Sloveniji za astmo zboli približno 5 % odraslih in 10 % otrok. Na njen razvoj vplivata tako okolje, kot genetska zasnova posameznikov. V številnih študijah so z astmo povezovali že več kot 600 genov, prispevek vsakega izmed njih pa je verjetno majhen. Mnogi geni, ki bi lahko imeli pomemben vpliv v patogenezi astme še niso poznani oz. si študije o njihovi vlogi na nastanek in fenotip med sabo nasprotujejo. Kandidatni geni se razlikujejo tudi med populacijami. Genetsko ozadje še kljub mnogim raziskavam ni razjasnjeno, saj gre za več-gensko bolezen. Raziskovalci skušajo astmo genetsko opredeliti s študijami na velikih vzorcih in s potrjevanjem rezultatov predhodnih raziskav. Namen magistrskega dela je bil s pomočjo orodij bioinformatike izbrati polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) kandidatnih genov za astmo ter z meta-statistično analizo predhodnih študij ugotoviti, kakšna je njihova vloga. Prav tako smo izbrane SNP-e analizirali pri slovenski populaciji. Genotipizirali smo 288 otrok z astmo, od tega 84 z neatopijsko in 189 z atopijsko obliko astme ter 186 zdravih posameznikov kot kontrolno skupino. Ugotovili smo, da je razvoj otroške astme povezan s polimorfizmoma na genih CTLA4 in SLC22A5 in sicer je v skupini bolnikov značilno višja frekvenca genotipov AA (15,1 %) za SNP na genu CTLA4 v primerjavi s kontrolno skupino (24 %; p = 0,027) in prav tako pa je tudi v skupini astmatikov višji delež homozigotov za G (56,5 %) kot v skupini zdravih (55,2 %). Vpliva polimorfizmov na genih IL4, IL4R, NR1/2 in PTGER4 na razvoj astme v slovenski populaciji nismo potrdili, ugotovili pa smo vpliv le teh na potek bolezni, kar se kaže v statistično značilnih razlikah v kliničnih parametrih med bolniki z različnimi genotipi. Z meta-statistično analizo kandidatnih genov pa smo dobili statistično značilne razlike med obema skupinama pri treh polimorfizmih in sicer CCR5_del32 (p = 0,003), CTLA4_+49AG (p = 0,009) in IL4_C+33T (p = 0,02). Ti podatki lahko v bodoče pomembno prispevajo k razumevanju patogeneze astme, ugotovitve o povezavi polimorfizmov z odzivom na terapijo pa lahko vodijo do diagnostične in terapevtske obravnave, ki bo ukrojena po meri vsakega posameznega bolnika z astmo, ter zato veliko učinkovitejša, hitrejša in z manj stranskimi učinki.
Keywords: Astma, asociacijska študija, meta-statistična analiza, genska tipizacija, polimorfizem posameznega nukleotida.
Published in DKUM: 30.05.2013; Views: 3348; Downloads: 202
Full text (2,75 MB)

Abstract: V preteklih desetletjih je bil v raziskave in razumevanje patogeneze KVČB vložen precejšen napor, vendar natančni vzroki nastanka bolezni še niso povsem pojasnjeni. Po zdaj najbolj uveljavljeni hipotezi se bolezen pojavi zaradi pretiranega imunskega odziva na normalno črevesno mikrofloro pri gensko dovzetnih posameznikih. Bolniki s KVČB zbolijo za eno od dveh precej podobnih oblik kroničnega vnetja črevesja: ulceroznim kolitisom (UK) ali Crohnovo boleznijo (CB). V 10−15 odstotkih primerov pa bolniki ne kažejo jasnih kliničnih, endoskopskih in histoloških značilnosti CB ali UK, in govorimo o intermediarnem kolitisu (IK). Največjo pogostost bolezni so ugotovili v Kanadi in Severni Evropi, najmanjšo pa v deželah v razvoju in v Aziji, pri čemer je UK pogostejši kot CB. Za slovensko populacijo sicer ni konkretnih epidemioloških podatkov, vendar je bilo ob koncu 90. let v Sloveniji 1150 bolnikov s KVČB, kar nas uvršča na dno evropske lestvice. Na nastanek bolezni vplivajo različni dejavniki okolja, iz epidemioloških raziskav družin in dvojčkov pa nedvomno izhaja, da k tveganju za KVČB prispevajo tudi genski dejavniki. Kljub številnim dokazom o genskem ozadju bolezni se je natančno določanje genskih determinant začelo šele v zadnjih petnajstih letih. Temeljilo je na številnih raziskovalnih pristopih. Asociacijske študije na celotnem genomu (GWAS) so z odkritjem povezav med KVČB in 99 lokusi največ prispevale k razumevanju genskega ozadja bolezni. Med pomembnejše izzive v obdobju po GWAS spadata odkrivanje vzročnih variant in analiza njihovih funkcionalnih posledic, s tem pa posledično tudi rešitev problema manjkajočega dednostnega deleža pri kompleksnih boleznih. Zaradi tega so bili predlagani številni pristopi, kot so npr. fino kartiranje, analiza eQTL-ov in GWAS pri družinah obolelih, vključno s preučevanjem učinkov starševskega izvora (angl. parent of origin − POO) na izražanje genov. Ob tem pa so številne raziskovalne skupine, ki se ukvarjajo z genetiko KVČB, pod okriljem konzorcija International Inflammatory Bowel Disease Consortium (IIBDGC) združile moči v projektu ImmunoChip (iCHIP), ki predstavlja tarčno mikromrežo DNK za analiziranje imunsko posredovanih bolezni. V raziskavi smo izvedli z iCHIP-om prvo tarčno študijo GWAS pri 227 bolnikih s KVČB in 210 zdravih posameznikih. Zaradi razmeroma omejenega števila preiskovancev sicer nismo imeli zadostne statistične moči za odkrivanje statistično značilnih povezav, vendar smo nakazali na nominalne povezave z boleznijo na kromosomih 1, 5, 8, 13 in 16. V sodelovanju z drugimi člani projekta iCHIP, ki je v metaanalizi vključeval približno 75.000 bolnikov s KVČB in zdravih posameznikov, smo prispevali k odkritju 71 novih statistično značilnih povezav z boleznijo, tako da se je skupno število bolezenskih lokusov z 99 povzpelo na 163. Glede odkrivanja skupnih mehanizmov kompleksnih bolezni je pomembna tudi ugotovitev, da je več kot dve tretjini lokusov KVČB impliciranih v patogenezi drugih imunsko posredovanih bolezni, kot so ankilizirajoči spondilitis, psoriaza in mikobakterijske okužbe. V raziskavi smo ločeno izvedli tudi asociacijsko analizo SNP-jev genov NOD2 in IL23R ter prvič povezali omenjena gena s patogenezo KVČB pri slovenskih bolnikih. Genotipske podatke smo pridobili z optimizacijo metode analize DNK s talilnimi krivuljami visoke ločljivosti (HRMA), ki se je izkazala kot hitra, preprosta, natančna in cenovno ugodna metoda za odkrivanje redkih mutacij in za gensko tipizacijo. V študiji smo s kartiranjem cis-eQTL-ov v regiji s tremi kandidatnimi geni ( ) ugotovili, da polimorfizma rs10178214, rs1041973 in redka varianta ccc-2-102248784-A-G statistično značilno vplivajo na izražanje gena IL1RL1 v periferni venski krvi. Nismo pa opazili statistično značilnega izražanja tarčnih genov v črevesnih biopsijah bolnikov s CB. V raziskavi smo pri nizozemskih bolnikih s KVČB odkrili omejen učinek POO genov IL12B, PRDM1 in NOD2, ki pa nam ga v večji neodvisni kohorti ni uspelo replicirati.
Keywords: kronična vnetna črevesna bolezen, asociacijska analiza na celotnem genomu, ImmunoChip
Published in DKUM: 08.05.2013; Views: 4683; Downloads: 456
Full text (74,81 MB)