| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 126
Na začetekNa prejšnjo stran12345678910Na naslednjo stranNa konec
1.
Vpliv odmerka vitamina D na funkcionalno stanje in izražanje izbranih genov pri bolnikih z recidivno remitentno multiplo sklerozo
Saša Gselman, 2023, doktorska disertacija

Opis: Nastanek multiple skleroze (MS) je povezan z genetskimi in okoljskimi dejavniki, med slednjimi tudi z vitaminom D, vendar še ni razjasnjeno, katere vrednosti v serumu so zadostne, kako ga nadomeščati in ali to vpliva na potek MS. Namen raziskave je bil določiti izhodiščni nivo vitamina ter morebitno povezavo z genotipom, nato pa primerjati učinek nadomeščanja v dveh različnih odmerkih na klinične, laboratorijske in genetske parametre. V randomizirano dvojno slepo raziskavo smo vključili 78 bolnikov z recidivno-remitentno MS, pri katerih smo nadomeščali vitamin D v odmerku 1000 ali 4000 enot dnevno. Pred nadomeščanjem smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D, ki so bile tudi odvisne od genetske različice rs12785878, katero smo povezali tudi z višjim porastom vitamina D po nadomeščanju. Višji odmerek je bil varen in učinkovitejši. Vpliva nadomeščanja na izražanje izbranih, za protein kodirajočih geno,v nismo potrdili, je pa prišlo do statistično pomembnega zmanjšanja izražanja vnetne miR-155-5p pri obeh skupinah, kar je nova ugotovitev, ki bi lahko nakazovala na protivnetni učinek nadomeščanja. Z raziskavo smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D v serumu pred nadomeščanjem, kar je bilo povezano tudi z genetsko različico rs12785878, dokazali smo, da je višji odmerek učinkovitejši in varen za nadomeščanje in da le-to vpliva na izražanje miR-155-5p.
Ključne besede: multipla skleroza, nadomeščanje vitamina D, genetske različice, izražanje genov, izražanje miR-155-5p
Objavljeno v DKUM: 23.02.2024; Ogledov: 73; Prenosov: 5
.pdf Celotno besedilo (7,24 MB)

2.
Vloga dolge nekodirajoče rna inc-fanci-2 pri raku glave in vratu
Jure Šuster, 2023, diplomsko delo

Opis: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne votline in ustnic, nosa in obnosne votline, grla, žrela ter žlez slinavk. Po ocenah iz leta 2016 je bilo na svetu evidentiranih 4,1 miliona vseh primerov HNC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov. Letno zaradi HNC umre okoli 500.000 ljudi. Najpogostejši dejavnik tveganja za nastanek HNC sta kajenje in prekomerno uživanje alkohola. Vse pogosteje pa nastanek HNC, predvsem rake srednjega dela žrela, povezujejo z okužbo z onkogenimi serotipi človeških papilomavirusov (HPV). Nedavno nazaj so ugotovili, da okužba s HPV16 poviša izražanje dolge nekodirajoče RNA (lnc RNA) lnc-FANCI-2 pri raku na materničnem vratu. Da bi ugotovili, ali je mehanizem onkogenega delovanja HPV16 ohranjen med raki materničnega vratu in HNC, smo v diplomski nalogi z metodo RT-qPCR proučili izražanje prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 in lokusa MIR9-3HG, ki zraven izooblik lnc-FANCI-2 kodira še druge nekodirajoče RNA, pri bolnikih s ploščato celičnim karcinomom glave in vratu (angl. Head and Neck Squamous Cell Carcinoma, HNSCC), okuženih s HPV16. Skupno gledano je bilo Izražanje MIR9-3HG višje (p< 0,01) v tumorjih kot zdravem tkivu, razlika pa se je ohranila (p< 0,05) tudi pri rakih žrela. HPV16 (+) tumorji so kazali nižje (p< 0,05) izražanje MIR9-3HG v primerjavi s HPV16 (-) tumorji, kar kaže, da okužba s HPV16 zavira izražanje lokusa MIR9-3HG. Za razliko od okužbe s HPV16 pa vpliva dejavnikov tveganja kajenja in uživanja alkohola na izražanje MIR9-3HG nismo ugotovili. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo med tumorji s perivaskularno, perinevralno ali limfovaskularno invazijo in tumorji brez invazije. Razširjeni tumorji z zasevki v lokalnih bezgavkah (cN1+, pN1+) so kazali nižje izražanje MIR9-3HG v primerjavi s tumorji brez zasevkov (cN0, pN0), vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Izražanje MIR9-3HG se ni razlikovalo glede na velikost tumorja (cT1-cT4, pT1-pT4). Izražanja prepisov lnc-FANCI-2 dA1 in dA2 na proučevanem vzorcu bolnikov nismo potrdili. Rezultati naše naloge kažejo na vlogo lokusa MIR9-3HG pri nastanku HNSCC v prisotnsoti okužbe s HPV16. Ali pri tem sodelujejo tudi izooblike lnc-FANCI-2 ni znano in bo njihovo vlogo v tumorigenezi HNSCC v nadaljevanju potrebno še proučiti.
Ključne besede: rak glave in vratu, MIR9-3HG, lnc FANCI-2, HPV16, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 09.11.2023; Ogledov: 153; Prenosov: 16
.pdf Celotno besedilo (2,17 MB)

3.
Phenotyping of mammalian CHO cell line in fed-batch bioprocess by intensified and classical procedure : master's thesis
Matic Košir, 2023, magistrsko delo

Opis: Nowadays, pharmaceutical industry is striving to find more biologically relevant solutions and to move from synthetic to biological products. Biopharmaceuticals represent an emerging sector in the pharmaceutical industry and are useful for a wide range of indications, including oncology and rheumatology. The development and optimisation of bioprocesses at laboratory scale is crucial for process understanding and translation into production. Bioprocess development often begins with comparison of several potential clones to be characterized, tested in low-volume cultures with different media or other variables, and then evaluated for growth, productivity, and consistency. The purpose of this master's thesis is to review changes in growth curves, substrate consumption, yield, and product quality of a mammalian cell line when substituting glucose as the main carbon source with alternative energy sources. This master thesis presents an attempt to adapt a mammalian CHO cell line to alternative energy sources. A comparison of the cultivation with maintenance of the CHO mammalian cell line by an intensified and a classical process is also shown. Substrate requirements at different time points of the process were monitored using phenotypic microarrays. Based on the obtained and analyzed results of the phenotypic microarrays, we tried to optimize the cell culture supplementation strategy. We have tried to use small molecules to facilitate adaptation to alternative energy sources. Our results showed that growing CHO cell culture on an alternative energy source-maltose and cell reprogramming with small molecules affects the quality of the product. Trends in cell growth, substrate consumption, by-product excretion and final product concentration are similar between the reference cell cultures and those pre-treated with small molecules. We found that adapting a mammalian CHO cell line to an alternative energy source is a challenging process that would need to be carried out over a long period of time.
Ključne besede: CHO cells, bioprocess, phenotyping, alternative energy sources, glycan mapping
Objavljeno v DKUM: 05.10.2023; Ogledov: 179; Prenosov: 73
.pdf Celotno besedilo (8,88 MB)

4.
Proteomska analiza mononuklearnih celic periferne krvi pri raku dojk : magistrsko delo
Dea Simonič, 2023, magistrsko delo

Opis: Rak dojk je najpogostejši rak pri ženskah in obenem najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženski populaciji. Rak te vrste za uspešno napredovanje in metastaziranje preoblikuje okoliško tkivo in ustvari lastno tumorsko mikrookolje. Slednje med drugim vključuje spremembe v celicah imunskega sistema, katerega ključna komponenta za boj proti infekcijam in prilagajanje patogenom so mononuklearne celice periferne krvi (MCPK). Posledično proteini MCPK lahko predstavljajo pomembne biomarkerje imunskih bolezni, med drugim tudi rakavih obolenj, saj je znano, da se ob nastanku raka spremeni proteom MCPK. Med naborom tehnik, s katerimi je mogoče v velikem obsegu raziskovati proteine, je zaradi svoje sposobnosti obvladovanja proteomske kompleksnosti postala razširjena tekočinska kromatografija, sklopljena s tandemsko masno spektrometrijo (LC MS/MS). V magistrski nalogi smo optimizirali metodo izolacije in priprave proteinskih vzorcev iz MCPK, ki je preprosta, učinkovita in neposredno združljiva s sistemom LC-MS/MS. Učinek optimizacije smo ocenili na podlagi števila identificiranih peptidov in proteinskih skupin v vsakem vzorcu ter na podlagi ponovljivosti metode. Najprej smo preizkusili različne sestave liznih pufrov za izolacijo proteinov in ugotovili, da je najbolj obetaven lizni pufer MSC RIPA na osnovi natrijevega deoksiholata in etilen glikola. Ker sprememba koncentracij površinsko aktivnih snovi v MSC-RIPA pufru ni pokazala izboljšanja pri identifikaciji proteinov z masnim spektrometrom, smo v protokol dodali korak frakcionacije peptidov z močno kationsko izmenjavo na različno število frakcij. Za možnost analize večjega števila vzorcev v istem času smo optimizirali tudi trajanje kromatografske metode na LC MS/MS instrumentu. Končna optimizirana metoda obsega lizo MCPK z MSC-RIPA pufrom, SCX frakcionacijo vzorcev na tri frakcije ter analizo na LC-MS/MS z 75-minutnim kromatografskim gradientom. Z optimizirano metodo smo dosegli povprečno 3 373 (s.d. ± 52) identificiranih proteinskih skupin na vzorec MCPK z metodo, ki omogoča analizo 21 vzorcev na teden. Optimizirana metoda nam je omogočila izvedbo preliminarne proteomske študije na šestih vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk – dosegli smo povprečno 3 370 (s.d. ± 99) identificiranih proteinskih skupin na vzorec. Te smo primerjali s tremi vzorci MCPK zdravih posameznikov in izvedli analizo diferencialne ekspresije. Na podlagi opravljane analize diferencialne ekspresije na vzorcih treh kontrol, treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom A ter treh vzorcih bolnic z luminalnim podtipom B, smo identificirali tri proteine, ki so bolj izraženi v vzorcih MCPK bolnic z rakom dojk in bi lahko bili potencialni biomarkerji raka dojk iz periferne venske krvi. Tako optimizirana metoda bo uporabljena za študijo proteoma MCPK na večji kohorti bolnic z rakom dojk, seveda pa jo je mogoče uporabiti tudi za preučevanje drugih bolezni.
Ključne besede: proteomska analiza, MCPK, masna spektrometrija, rak dojk
Objavljeno v DKUM: 25.09.2023; Ogledov: 211; Prenosov: 38
.pdf Celotno besedilo (23,88 MB)

5.
Peripheral blood transcriptome in breast cancer patients as a source of less invasive immune biomarkers for personalized medicine, and implications for triple negative breast cancer
Helena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik, 2022, pregledni znanstveni članek

Opis: Transcriptome studies of peripheral blood cells can advance our understanding of the systemic immune response to the presence of cancer and the mechanisms underlying cancer onset and progression. This enables the identification of novel minimally invasive immune biomarkers for early cancer detection and personalized cancer management and may bring forward new immunotherapy options. Recent blood gene expression analyses in breast cancer (BC) identified distinct patient subtypes that differed in the immune reaction to cancer and were distinct from the clinical BC subtypes, which are categorized based on expression of specific receptors on tumor cells. Introducing new BC subtypes based on peripheral blood gene expression profiles may be appropriate, since it may assist in BC prognosis, the identification of patients likely to benefit from immunotherapy, and treatment efficacy monitoring. Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive, heterogeneous, and difficult-to-treat disease, and identification of novel biomarkers for this BC is crucial for clinical decision-making. A few studies have reported TNBC-enriched blood transcriptional signatures, mostly related to strong inflammation and augmentation of altered immune signaling, that can differentiate TNBC from other classical BC subtypes and facilitate diagnosis. Future research is geared toward transitioning from expression signatures in unfractionated blood cells to those in immune cell subpopulations.
Ključne besede: triple negative breast cancer, transcriptome, peripheral blood, PBMC, gene expression, immune biomarker
Objavljeno v DKUM: 23.08.2023; Ogledov: 227; Prenosov: 18
.pdf Celotno besedilo (1,74 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

6.
Medication use in uncontrolled pediatric asthma : results from the SysPharmPediA study
Amir Hossein Alizadeh Bahmani, Elise M. A. Slob, Lizan D. Bloemsma, Susanne Brandstetter, Paula Corcuerea, Mario Gorenjak, Susanne Harner, Simone Hashimoto, Anna M. Hedman, Michael Kabesch, Uroš Potočnik, 2023, izvirni znanstveni članek

Opis: Background Uncontrolled pediatric asthma has a large impact on patients and their caregivers. More insight into determinants of uncontrolled asthma is needed. We aim to compare treatment regimens, inhaler techniques, medication adherence and other characteristics of children with controlled and uncontrolled asthma in the: Systems Pharmacology approach to uncontrolled Paediatric Asthma (SysPharmPediA) study. Material and methods 145 children with moderate to severe doctor-diagnosed asthma (91 uncontrolled and 54 controlled) aged 6–17 years were enrolled in this multicountry, (Germany, Slovenia, Spain, and the Netherlands) observational, case-control study. The definition of uncontrolled asthma was based on asthma symptoms and/or exacerbations in the past year. Patient-reported adherence and clinician-reported medication use were assessed, as well as lung function and inhalation technique. A logistic regression model was fitted to assess determinants of uncontrolled pediatric asthma. Results Children in higher asthma treatment steps had a higher risk of uncontrolled asthma (OR (95%CI): 3.30 (1.56–7.19)). The risk of uncontrolled asthma was associated with a larger change in FEV1% predicted post and pre-salbutamol (OR (95%CI): 1.08 (1.02–1.15)). Adherence and inhaler techniques were not associated with risk of uncontrolled asthma in this population. Conclusion This study showed that children with uncontrolled moderate-to-severe asthma were treated in higher treatment steps compared to their controlled peers, but still showed a higher reversibility response to salbutamol. Self-reported adherence and inhaler technique scores did not differ between controlled and uncontrolled asthmatic children. Other determinants, such as environmental factors and differences in biological profiles, may influence the risk of uncontrolled asthma in this moderate to severe asthmatic population.
Ključne besede: pediatric asthma, asthma control, uncontrolled asthma, medication, adherence, inhaler technique
Objavljeno v DKUM: 16.08.2023; Ogledov: 277; Prenosov: 17
.pdf Celotno besedilo (639,57 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

7.
Cleavage-mediated regulation of Myd88 signaling by inflammasome-activated caspase-1
Monika Avbelj, Iva Hafner Bratkovič, Duško Lainšček, Mateja Manček Keber, Tina Tinkara Peternelj, Gabriela Panter, Steven P. Treon, Boris Gole, Uroš Potočnik, Roman Jerala, 2022, izvirni znanstveni članek

Opis: Coordination among multiple signaling pathways ensures an appropriate immune response, where a signaling pathway may impair or augment another signaling pathway. Here, we report a negative feedback regulation of signaling through the key innate immune mediator MyD88 by inflammasome-activated caspase-1. NLRP3 inflammasome activation impaired agonist- or infection-induced TLR signaling and cytokine production through the proteolytic cleavage of MyD88 by caspase-1. Site-specific mutagenesis was used to identify caspase-1 cleavage site within MyD88 intermediary segment. Different cleavage site location within MyD88 defined the functional consequences of MyD88 cleavage between mouse and human cells. LPS/monosodium urate–induced mouse inflammation model corroborated the physiological role of this mechanism of regulation, that could be reversed by chemical inhibition of NLRP3. While Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain released by MyD88 cleavage additionally contributed to the inhibition of signaling, Waldenström’s macroglobulinemia associated MyD88L265P mutation is able to evade the caspase-1-mediated inhibition of MyD88 signaling through the ability of its TIRL265P domain to recruit full length MyD88 and facilitate signaling. The characterization of this mechanism reveals an additional layer of innate immunity regulation.
Ključne besede: Myeloid differentiation factor 88, Myd88, caspase-1, inflammasomes, regulation, innate immunity, inflammation
Objavljeno v DKUM: 16.08.2023; Ogledov: 309; Prenosov: 15
.pdf Celotno besedilo (12,17 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

8.
A system pharmacology multi-omics approach toward uncontrolled pediatric asthma
Mahmoud I. Abdel-Aziz, Mario Gorenjak, Uroš Potočnik, 2021, izvirni znanstveni članek

Opis: There is a clinical need to identify children with poor asthma control as early as possible, to optimize treatment and/or to find therapeutic alternatives. Here, we present the “Systems Pharmacology Approach to Uncontrolled Pediatric Asthma” (SysPharmPediA) study, which aims to establish a pediatric cohort of moderate-to-severe uncontrolled and controlled patients with asthma, to investigate pathophysiological mechanisms underlying uncontrolled moderate-to-severe asthma in children on maintenance treatment, using a multi-omics systems medicine approach. In this multicenter observational case–control study, moderate-to-severe asthmatic children (age; 6–17 years) were included from four European countries (Netherlands, Germany, Spain, and Slovenia). Subjects were classified based on asthma control and number of exacerbations. Demographics, current and past patient/family history, and clinical characteristics were collected. In addition, systems-wide omics layers, including epi(genomics), transcriptomics, microbiome, proteomics, and metabolomics were evaluated from multiple samples. In all, 145 children were included in this cohort, 91 with uncontrolled (median age = 12 years, 43% females) and 54 with controlled asthma (median age = 11.7 years, 37% females). The two groups did not show statistically significant differences in age, sex, and body mass index z-score distribution. Comprehensive information and diverse noninvasive biosampling procedures for various omics analyses will provide the opportunity to delineate underlying pathophysiological mechanisms of moderate-to-severe uncontrolled pediatric asthma. This eventually might reveal novel biomarkers, which could potentially be used for noninvasive personalized diagnostics and/or treatment.
Ključne besede: pediatric asthma, uncontrolled asthma, omics, systems medicine
Objavljeno v DKUM: 02.08.2023; Ogledov: 209; Prenosov: 15
.pdf Celotno besedilo (1,29 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

9.
Molekularni in celični odziv na oksidativni stres, hipoksijo in naravne antioksidante, pridobljene s konvencionalno in superkritično ekstrakcijo, pri akutni in kronični mieloični levkemiji in vitro : doktorska disertacija
Staša Jurgec, 2023, doktorska disertacija

Opis: Akutna mieloična levkemija (angl. Acute Myeloid Leukemia, AML) in kronična mieloična levkemija (angl. Chronic Myeloid Leukemia, CML) sta skupini hematoloških rakov, za kateri je značilna nekontrolirana delitev krvnih celic mieloične linije. Kljub napredku v poznavanju genetskih dejavnikov in molekularnih mehanizmov, ki lahko privedejo do AML in CML, so trenutno razpoložljivi načini zdravljenja nezadostni. Za boljše razumevanje patofiziologije nastanka in razvoja AML in CML smo v doktorski nalogi proučili uravnavanje celične redoks homeostaze pri tej skupini rakov. V prvem delu doktorske naloge izvedli meta-analizo transkriptomskih podatkov iz 4 študij CML in 1 študije AML. V drugem delu smo na celičnih linijah AML HL-60 in KASUMI1 in celičnih linijah CML K562 in Ku812F natančneje proučili vpliv oksidativnega stresa, povzročenega z vodikovim peroksidom, hipoksije in naravnih ekstraktov origana, konoplje in brusnice, pridobljenih s hladno maceracijo, ekstrakcijo z ultrazvokom in superkritično tekočinsko ekstrakcijo, na molekularnem in celičnem nivoju. Z meta-analizo transkriptomskih podatkov smo med prvimi 100 najbolj diferencialno izraženimi geni identificirali gen za nekodirajočo RNA LINC01554 in dva pseudogene RPS27AP20 in FAM133CP, ki predhodno še niso bili povezani z AML in CML, in potrdili, da se AML in CML razlikujeta v izražanju genov, poveznih z uravnavanjem redoks homeostaze. Izpostavitev oksidativnemu stresu je znižala celično rast/proliferacijo pri proučevanih celičnih linijah, pri tem pa je bil vpliv večji pri celičnih linijah AML kot CML. Oksidativni stres je še znižal metabolno aktivnost celice pri celičnih linijah AML in jo povišal pri celičnih linijah CML. Ugotovljene razlike v celični rasti/proliferaciji in metabolizmu med AML in CML v pogojih oksidativnega stresa so bile posledica zmanjšanega preživetja celičnih linij AML v primerjavi s celičnimi linijami CML in ne spremenjenega celičnega cikla. Na molekularnem nivoju so se proučevane celične linije razlikovale v izražanju AQP1, 3, 8, 9 in 11, SOD1, CAT in AATF. Tretiranje z ekstrakti je v pogojih oksidativnega stresa znižalo celično rast/proliferacijo pri celičnih linijah HL-60, KASUMI1 in K562 in povišalo količino reaktivnih kisikovih in dušikovih spojin (ROS/RNS) pri celični liniji HL-60 oziroma znižalo njihovo količino pri celični liniji KASUMI1. Ekstrakti niso vplivali na celično rast/proliferacijo pri celični linji Ku812F in na količino ROS/RNS pri celičnih linijah K562 in Ku812F. Znižana celična rast v prisotnosti oksidativnega stresa in ekstraktov je bila posledica zmanjšanega preživetja celic in ne spremenjenega celičnega cikla. Tretiranje z ekstrakti brusnice je povišalo izražanje SOD1 pri celični liniji Ku812F, v prisotnosti oksidativnega stresa in specifičnih ekstraktov pa smo ugotovili še razlike v izražanju SOD1, NQO1 in PRDX1 med proučevanimi celičnimi linijami. Hipoksija je znižala celično rast/proliferacijo pri vseh proučevanih celičnih linijah, pri tem pa so bile celične linije AML bolj dovzetne za vplive hipoksije kot celične linije CML. Še več, hipoksija je specifično znižala metabolizem celice pri celičnih linijah AML. Znižana rast/proliferacija in metabolizem celičnih linij AML v primerjavi s celičnmi linijami CML v hipoksiji sta bila posledica zmanjšanega preživetja in ne spremenjenega celičnega cikla. Rezultati doktorske naloge kažejo, da se AML in CML razlikujeta v molekularnem in celičnem odzivu na dejavnike, ki vplivajo na celično redoks homeostazo. Molekularni mehanizmi, ki omogočajo večjo dovzetnost AML za ROS/RNS, ki vodijo v znižanje celične rasti/proliferacije in preživetja celic, bi lahko v prihodnje predstavljali potencialne klinične tarče za nadzorovanje in zdravljenje te bolezni.
Ključne besede: AML, CML, oksidativni stres, hipoksija, naravni ekstrakt, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 19.07.2023; Ogledov: 403; Prenosov: 41
.pdf Celotno besedilo (3,23 MB)

10.
Primerjava učinkovitosti izvedbe in ponovljivosti rezultatov bioinformatskih analiz RNA sekvenciranja med različnimi posodobitvami programskega okolja R
Veronika Dolšak, 2023, magistrsko delo

Opis: Izhodišče: Razvoj tehnologije sekvenciranja naslednje generacije je močno pospešil hitrost pridobivanja velike količine podatkov sekvenciranja, ki potrebujejo nadaljnje bioinformatske analize, posledično pa je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov. Pogosta izbira za analizo podatkov RNA-sekvenciranja (RNA-seq) za odkrivanje genov in poti diferencialnega izražanja genov z zagotavljanjem popolne analize so programski paketi Bioconductor, namenjeni za delo v programskem okolju R. Različice programskega okolja R se pogosto nadgrajujejo, zaradi česar se v praksi opazi različno učinkovitost, kar lahko vpliva na primerljivost rezultatov analiz RNA-seq, analiziranih z več različicami programskega okolja R. Metode: Surove podatke RNA-seq smo analizirali z uporabo programskih orodij Bioconductor: Rsubread, edgeR in limma, in to v več različicah programskega okolja R: R 3.5, R 3.6, R 4.0, R 4.1 in R 4.2. Rezultati: Rezultati primerjav učinkovitosti poravnave s programskim orodjem Rsubred kažejo statistično pomembne razlike med primerjavami R 4.2 z ostalimi različicami programskega okolja R, prav tako se kažejo statistično pomembne razlike v rezultatih primerjav analize diferencialnega izražanja genov, pridobljenih z istim cevovodom ukazov med različico R 4.2 in ostalimi različicami R ter med različico R 3.5 in ostalimi različicami R. Diskusija: Iz rezultatov smo ugotovili, da je treba izvajati analizo podatkov RNA-seq z najnovejšo posodobljeno različico programskega okolja R in najnovejšimi različicami programskih orodij Bioconduktor, kar je še posebnega pomena, kadar izvajamo metaanalizo podatkov RNA-seq iz različnih neodvisnih študij.
Ključne besede: RNA-sekvenciranje, diferencialno izražanja genov, R, bioinformatika
Objavljeno v DKUM: 13.07.2023; Ogledov: 209; Prenosov: 33
.pdf Celotno besedilo (2,09 MB)

Iskanje izvedeno v 0.45 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici