| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 112
Na začetekNa prejšnjo stran12345678910Na naslednjo stranNa konec
1.
Genetski dejavniki tveganja za razvoj miomov maternice
Jovan Krsteski, 2022, doktorska disertacija

Opis: Miomi maternice so pogosti trdi tumorji, ki nastanejo v sloju gladkih mišic maternične stene. Njihov nastanek je povezan z motnjami v regulaciji hormonov, vendar je točna etiologija miomov maternice še precej nejasna. Znano je, da na biologijo tumorjev, kot so miomi maternice, pomembno vplivajo interlevkini in interlevkinski receptorji. Dosedanje genetske raziskave miomov maternice so odkrile gene, povezane z etiologijo miomov maternice, vendar so novejši pristopi dodatno izpostavili tudi vlogo patogenih epigenetskih sprememb kot pomemben dejavnik pri napačni regulaciji genskega izražanja v miomih maternice. Na začetku doktorskega dela smo izvedli tarčno analizo izbranih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) v genih, ki zapisujejo interlevkine in interlevkinske receptorje. Kohorta za tarčno genetsko analizo obsega 181 žensk z miomi maternice in 133 zdravih kontrol. Pri navedeni analizi smo dodatno želeli odkriti razlike med bolnicami s solitarnimi in multiplimi miomi maternice. V nadaljevanju doktorske disertacije smo ponovno analizirali javno dostopne surove podatke določevanja zaporedja RNA (RNA-Seq) iz dveh raziskav miomov maternice, ki so analizirale parne vzorce fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Ta združena podatkovna zbirka je služila za odkritje diferencialnega izražanja in za kasnejše vrednotenje rezultatov. Značilne rezultate te in silico analize smo nato neodvisno potrdili na lastni kohorti, ki je obsegala 58 bolnic z neparnimi vzorci fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Nato smo značilne rezultate še dodatno analizirali na integrirani zbirki podatkov asociacijskih študij celotnega genoma (GWAS) bolnic z miomi maternice za odkritje epigenetskih označevalcev. Rezultati tarčne analize izbranih SNP-jev kažejo na vlogo rs20541 (v genu IL13) pri nastanku miomov maternice. Napovedni model na osnovi logistične regresije je pokazal, da so adenomioza, višja starost ob diagnozi, družinska anamneza, nižja starost ob menarhi in nižja starost pri prvem spolnem odnosu ter SNP rs1801275 (v genu IL4R) povezani s tveganjem za nastanek multiplih miomov maternice. V raziskavi smo prav tako pokazali povezavo med SNP rs20541 (v genu IL13) in ravnjo 17β-estradiola v serumu pri bolnicah z multiplimi miomi maternice. Ponovna in silico analiza podatkov določevanja zaporedja RNA je pokazala značilno diferencialno izražanje genov med zdravim tkivom miometrija in fibroidnim tumorskim tkivom. Izmed teh ima pet genov (NPTX1, NPTX2, CHRM2, DRD2 in CACNA1A) več skupnih značilnih povezav s termini genske ontologije (GO), kar kaže na podobno delovanje teh petih diferencialno izraženih genov. Naštete statistično značilne gene smo tudi potrdili v kohorti slovenskih bolnic. Kasnejša integracija podatkov asociacijskih analiz celotnega genoma in funkcijska analiza naštetih petih genetskih regij je pokazala več pomembnih razlik v vezani kromatinskih struktur, delovanju promotorjev in občutljivosti DNaz ter spremenjenih vezavnih mest transkripcijskih dejavnikov. S tem smo odkrili edinstveno podskupino spremenjenega izražanja genov sinaptične signalizacije v miomih maternice, kar kaže na kompleksnost biologije tumorjev in obsežnost procesov, povezanih s patogenezo miomov maternice.
Ključne besede: miomi maternice, genotipizacija, izražanje genov, IL13, sinaptično signaliziranje
Objavljeno v DKUM: 16.11.2022; Ogledov: 88; Prenosov: 21
.pdf Celotno besedilo (9,85 MB)

2.
Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru
Jan Polak, 2022, magistrsko delo

Opis: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne in nosne votline, grla in žrela. Kljub napredku pri razumevanju genetskih dejavnikov, dejavnikov okolja, molekularnih in celičnih mehanizmov, ki sodelujejo pri nastanku raka glave in vratu, so rezultati trenutno odobrenih načinov zdravljenja, po stopnji ponovitve bolezni in umrljivosti, zelo zaskrbljujoči. Po številu novih primerov in po številu smrti na letni ravni se rak glave in vratu uvršča na šesto mesto najpogostejših rakov na svetu. Iz tega razloga sta nadaljnja molekularna karakterizacija kancerogeneze in novih molekulskih terapevtskih tarč ključnega pomena. Cilj magistrske naloge je bil določiti proteom posameznih celičnih frakcij ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Optimizirali smo postopek celične frakcionacije celične linije FaDu na osnovi različno močnih surfaktantov in diferencialnega centrifugiranja, s katerim smo celične beljakovine ločili na citosolne, jedrne in frakcijo, ki je vsebovala beljakovine membranskih organelov vključno s proteini celične membrane. Učinkovitost subcelične frakcionacije smo preverili z metodo western blot z uporabo ustreznih proteinskih označevalcev. Proteomsko analizo posameznih frakcij smo opravili z masno spektrometrijo visoke ločljivosti in načinom za neodvisno pridobivanje spektralnih podatkov. Identificirali smo 5273 beljakovin v treh celičnih frakcijah, od tega smo 2730 beljakovinam določili ustrezno celično lokacijo z nenadzorovanim strojnim učenjem s programom MetaMass. V nalogi smo kot prvi na celičnem modelu celične linije FaDu določili proteom jedrne in citosolne frakcije ter frakcije membranskih organelov ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. V nadaljevanju bo potrebno klinično in terapevtsko uporabnost okarakteriziranih beljakovin še potrditi.
Ključne besede: rak glave in vratu, subcelična frakcionacija, masna spektrometrija, FaDu celice, terapevtska tarča, nHPLC-HRMS
Objavljeno v DKUM: 06.10.2022; Ogledov: 73; Prenosov: 10
.pdf Celotno besedilo (5,01 MB)

3.
Izražanja skupine genov DNA-metiltransferaz (DNMT1, DNMT3A in DNMT3B), DNA-demetilaz (TET1, TET2, TET3 in TDG) ter gena RNA-metiltransferaza TRDMT1 v tumorjih bolnic z rakom dojk
Nastja Šadl, 2022, magistrsko delo

Opis: DNA-metiltransferaze DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaze TET1, TET2, TET3 in TDG ter RNA-metiltransferaza TRDMT1 imajo pomembno vlogo pri uravnavanju metilacije genoma in genskih prepisov, s čimer uravnavajo izražanje genov. Spremenjeno izražanje omenjenih encimov povezujemo z nastankom in razvojem različnih vrst rakov, med drugim tudi raka dojk. Mehanizmi njihovega delovanja so v literaturi dobro opisani, medtem ko njihova patofiziološka vloga pri nastanku in razvoju raka dojk ni povsem znana. Namen magistrskega dela je bil raziskati izražanje DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3, TGD in TRDMT1 na parnih vzorcih zdravega in bolnega tkiva 17 bolnic z rakom dojk ter v povezavi z gradusom in izražanostjo progesteronskih receptorjev pri raku dojk. Povišano izražanje v tumorskem tkivu v primerjavi z zdravim okolnim tkivom smo ugotovili pri DNMT1 (p<0,01), DNMT3A (p<0,05), DNMT3B (p<0,01), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,01), medtem kot se izražaje TET1 ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom. Izražanje TDG in TRDMT1 je bilo višje v tumorskem kot zdravem tkivu, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Za tumorsko tkivo je bilo statistično značilno višje izražanje DNMT1 (p<0,001) in DNMT3A (p<0,001) v primerjavi z DNMT3B in statistično značilno višje izražanje TDG v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TET3 (p<0,01). Razlik v izražanji med DNMT1 in DNMT3A ter TET1, TET2 in TET3 v tumorskem tkivu nismo ugotovili. Primerjava izražanja vseh genov med seboj je v tumorskem tkivu pokazala na statistično značilno i) višje izražanje TDG v primerjavi z ostalimi proučevanimi geni, ii) višje izražanje DNMT1 v primerjavi s TET1 (p<0,01) in TRDMT1 (p<0,05), iii) nižje izražanje DNMT3B v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05) in iv) nižje izražanje TET3 od TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05). Omenjenih razlik v zdravem tkivu nismo ugotovili. Izraženost progesteronskih receptorjev in gradus tumorja nista vplivala na izražanje proučevaih genov. Post hoc analiza je pokazala na statistično značilno i) višje (p<0,05) izražanje DNMT1 v bolnem tkivu pri rakih tretjega gradusa v primerjavi z izražanjem DNMT1 v zdravem tkivu pri rakih drugega gradusa, ii) višje (p<0,05) izražanje TDG pri rakih dojk drugega kot tretjega gradusa in iii) višje izražanje TDG v tumorskem tkivu v primerjavi z izražanjem TET1 (p<0,05), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,05) v zdravem tkivu ter TET3 v tumorskem tkivu (p<0,05) pri rakih drugega gradusa. Naša raziskava kaže na specifično povišano izražanje DNA-metiltransferaz DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaz TET1, TET2, TET3 in TDG in RNA-metiltransferaze TRDMT1 pri raku dojk. V nadaljevanju bo za boljše razumevanje vloge metilacije pri tumorigenezi raka dojk potrebno rezultate izražanja posameznih metiltransferaz in demetilaz povezati z globalnimi študijami metiloma.
Ključne besede: DNA-metiltransferza, DNA-demetilaza, TRDMT1, rak dojk, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 27.09.2022; Ogledov: 99; Prenosov: 13
.pdf Celotno besedilo (3,63 MB)

4.
Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke
Anja Konajzler, 2022, magistrsko delo

Opis: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije. Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Ključne besede: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Objavljeno v DKUM: 26.09.2022; Ogledov: 93; Prenosov: 15
.pdf Celotno besedilo (3,60 MB)

5.
Celični odziv na oksidativni stres, povzročen z vodikovim peroksidom, pri celičnih linijah akutne limfoblastne levkemije in limfoblastnega limfoma celic T
Doroteja Golob, 2022, diplomsko delo

Opis: Akutna limfoblastna levkemija celic T (T-ALL) in limfoblastni limfom celic T (T-LBL) sta vrsti krvnih rakov, ki nastanejo iz timocitov v timusu. Pomemben dejavnik pri razvoju rakavih celic je uspešno spopadanje celice z oksidativnim stresom, ki ga izzovejo reaktivne kisikove spojine. Reaktivne kisikove spojine (RKS) so heterogena skupina majhnih molekul, ionov in radikalov, za katere je značilna visoka reaktivnost; oksidativni stres pa lahko opredelimo kot stanje znotraj celice, ki je rezultat prekomerne tvorbe RKS ob oviranih ali odsotnih mehanizmih, ki bi vzdrževali redoks homeostazo. Ker še vedno ni povsem jasno, ali sta T ALL in T-LBL ena bolezen z različnimi bolezenskimi znaki, ali predstavljata dve različni bolezni, ki prizadeneta limfocite T, smo se v diplomskem delu odločili proučiti morebitne razlike v celičnem odzivu celičnih linij T-ALL, Jurkat, in T-LBL, SUP-T1, na oksidativni stres. Celični odziv smo spremljali skozi kvantifikacijo živih in mrtvih celic, viabilnost, celični metabolizem ter s kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin. Primerjava rasti celičnih linij Jurkat in SUP T1 v normoksičnih pogojih in v prisotnosti oksidativnega stresa, je pokazala na negativen vpliv oksidativnega stresa na rast celic, ni pa pokazala razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP T1 v številu živih celic. Delež mrtvih celic se ni razlikoval niti med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1, niti glede na izpostavljenost oksidativnemu stresu. Edina statistično značilna razlika se je pokazala v viabilnosti, kjer je izpostavljenost celic Jurkat oksidativnemu stresu privedla do znižane viabilnosti, le-ta je bila, 72 ur po nasaditvi, statistično značilno nižja, v primerjavi z viabilnostjo tretiranih celic SUP-T1 (F(3, 10) = 26.11, p < 0,001; post hoc: p < 0,05). Tudi rezultati metabolnega testa in testa za kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin niso pokazali razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1. Naši rezultati torej kažejo na veliko podobnost celičnih linij Jurkat in SUP-T1, v spopadanju z oksidativnim stresom, in podpirajo trenutno klasifikacijo Svetovne zdravstvene organizacije WHO in Mednarodnega panela za proučevanje limfomov, ki smatra T-ALL in T-LBL kot eno bolezen z različnimi bolezenskimi znaki.
Ključne besede: akutna limfoblastna levkemija celic T, limfoblastni limfom celic T, reaktivne kisikove spojine, oksidativni stres
Objavljeno v DKUM: 22.09.2022; Ogledov: 86; Prenosov: 22
.pdf Celotno besedilo (2,54 MB)

6.
Izražanje genov za DNA in RNA metilaze in demetilaze pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Karmen Zorič, 2022, diplomsko delo

Opis: Letna incidenca raka glave in vratu (RGV, angl. Head and Neck cancer, HNC) znaša okoli 700 000 novo odkritih primerov po celotnem svetu, kar ga izmed vseh bolezni uvršča na šesto mesto. Najpogostejša oblika RGV je ploščatocelični karcinom, ki predstavlja 85 % vseh primerov RGV. Za RGV so značilni različni simptomi, ki tudi pomagajo pri odkrivanju bolezni. Zdravljenje temelji na določitvi stopnje napredovanja bolezni. Epigenetske spremembe, kot sta DNA in RNA metilacija, spadajo med značilne spremembe karcinoma. Ker je ekspresija genov metilaz in demetilaz v tkivih RGV še vedno slabo raziskana, smo v sklopu diplomskega dela v tkivih bolnikov RGV dodatno proučili gensko ekspresijo nabora DNA in RNA metilaz in demetilaz ter njihovo ekspresijo povezali s klinično patološkimi značilnostmi tumorjev glave in vratu ter jih izkoristili za napoved razvoja, zdravljenja in ponovitve bolezni. Tako smo v zdravem in tumorskem tkivu 34 bolnikov z rakom glave in vratu, s pomočjo metode RT-qPCR, proučili izražanje genov DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 in TRDMT1. Ugotovili smo povezavo med izražanjem TRDMT1, kliničnimi parametri in dejavniki tveganja, vključno z mestom nastanka tumorja, kadilskim statusom, uživanjem alkohola ter HPV okužbo. Stopnja izražanja TRDMT1 je bila povezana z napredovanjem/agresivnostjo bolezni, in sicer se z znižanjem TRDMT1 stopnja napredovanja agresivnosti viša. Pri analizi izražanja DNA metilaz in demetilaz v odvisnosti od prisotnosti ali odsotnosti zasevkov v področnih bezgavkah v tumorskem tkivu smo ugotovili trend povišanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v zgodnjih stadijih ter trend znižanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v poznih stadijih. V ta namen bi bilo smiselno raziskavo razširiti na večje število vzorcev, s čimer bi se posledično povečala statistična moč analize, ki bi lahko prispevala k razjasnitvi vloge izražanja DNA in RNA metilaz ter demetilaz kot potencialnih kazalcev za klasifikacijo bolnikov in določitev ocene napredovanja bolezni.
Ključne besede: rak glave in vratu, metilaze, demetilaze, relativna genska ekspresija, tumorsko tkivo
Objavljeno v DKUM: 13.09.2022; Ogledov: 135; Prenosov: 36
.pdf Celotno besedilo (3,48 MB)

7.
Vpliv retinojske kisline atra na izražanje gena HER3 pri celični liniji raka glave in vratu FaDu : magistrsko delo
Davor Babič, 2022, magistrsko delo

Opis: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, v katere sodijo raki iz različnih predelov glave in vratu. Več kot 90 % rakov glave in vratu se razvije iz enostavnega enoskladnega epitela (angl. squamous epithelium, SE), ki tvori sluznico ustne in nosne votline ter grla in žrela, zato takšne rake imenujemo ploščatocelični raki glave in vratu (angl. Head and Neck Squamos Cell Carcinoma, HNSCC). Število obolelih s HNSCC vsako leto narašča. V letu 2020 je bilo 931.000 ljudem diagnosticiran HNSCC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Molekularna patogeneza HNSCC je zapleten proces, ki obsega genetske, epigenetske in okoljske dejavnike ter številne signalne poti. Pomembno vlogo pri razvoju HNSCC imajo receptorji tirozinskih kinaz, med katere spada tudi receptor ERBB3/HER3. HER3 vpliva na celično proliferacijo, diferenciacijo in preživetje. HER3 je povišano izražen pri večini HNSCC bolnikov in pri bolnikih s ponovljenim rakom po zdravljenju. Povišano izražanje HER3 pa zmanjšuje tudi učinkovitost zdravljenja s kemoterapijo. Aktivni metabolit ATRA uravnava celično diferenciacijo in apoptozo ter zavira rast rakavih celic. ATRA se uporablja za zdravljenje akutne promielocitne levkemije (angl. Acute Promyelocytic Leukemia, APL) pri odraslih in nevroblastomov pri otrocih. Pri raku dojk ATRA zavira izražanje HER3, medtem ko njen vpliv na izražanje HER3 pri HNSCC ni poznan. V magistrski nalogi smo proučili vpliv matabolita ATRA na izražanje mRNA za receptor HER3 in alternativnega prepisa za topno beljakovino p22-sERBB3 ter na celično rast, metabolizem in smrt pri celični liniji HNSCC FaDu. Celice FaDu smo izpostavili 2,5 M raztopini ATRA in spremljali celično rast/proliferacijo in preživetje v obdobju od 24 ur do 96 ur po nasaditvi. Metabolno aktivnost smo izmerili z uporabo reagenta MTT 72 ur po tretiranju. Izražanje HER3 smo izmerili z RT-qPCR 72 ur po tretiranju. Tretiranje z metabolitom ATRA je statistično značilno zmanjšalo rast/proliferacijo (p< 0,001) celic FaDu in njihovo metabolno aktivnost (p< 0,01), ni pa imelo vpliva na viabilnost in preživetje celic. Celice, ki so bile izpostavljene metabolitu ATRA 72 ur so imeli statistično značilno (p<0,001) znižano izražanje receptorja HER3 in krajšega prepisa p22-sERBB3. Naši rezultati potrjujejo protitumorske učinke metabolita retinojske kisline ATRA na celično rast in metabolizem in kažejo, da znižuje izražanje receptorja HER3 pri HNSCC. Metabolit retinojske kisline ATRA bi v prihodnje lahko vključili v protokole zdravljenja rakov glave in vratu, vendar je njegove učinke potrebno preveriti še in vivo v kliničnih študijah.
Ključne besede: rak glave in vratu, FaDu, HER3, ATRA, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 09.09.2022; Ogledov: 119; Prenosov: 16
.pdf Celotno besedilo (2,63 MB)

8.
Izražanje izooblik mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Anja Vrbek, 2022, diplomsko delo

Opis: Receptor ERBB3 (angl. erb-b2 receptor tyrosine kinase 3) uravnava rast, proliferacijo, preživetje celic in angiogenezo. Njegovo spremenjeno aktivnost povezujejo z nastankom in razvojem raka glave in vratu (angl. head and neck cancer - HNC). Gen ERBB3 zraven receptorja ERBB3 kodira še manjše topne, sekretorne beljakovine (sERBB3), katerih vloga v patogenezi HNC ni povsem pojasnjena. Za boljšo pojasnitev vloge ERBB3 in sERBB3 pri HNC, smo v diplomski nalogi na vzorcu 34 bolnikov z RT-qPCR proučili izražanje mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino velikosti 22 kDa p22-sERBB3 ter njuno izražanje opisali iz stališča klinično-patoloških značilnosti HNC. Tako ERBB3 kot p22-sERBB3 sta bila izražena v tumorskem in zdravem tkivu, pri čemer je bilo za tumorsko tkivo značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,001) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom. Prav tako je bilo izražanje ERBB3 višje (p < 0,001) od izražanja p22-sERBB3. Ugotovili smo tudi pozitivno korelacijo med izražanjem ERBB3 in p22-sERBB3 tako v tumorskem (p = 0,001) kot zdravem (p = 0,001) tkivu. Izražanje p22-sERBB3 je bilo višje (p < 0,05) pri rakih ustne votline z ustnicami v primerjavi z raki grla in žrela. Za razliko od p22-ERBB3 pa vpliva mesta nastanka tumorja na izražanje ERBB3 nismo ugotovili. Parcialna analiza izražanja ERBB3 je pokazala na višje izražanje ERBB3 v zdravem kot tumorskem tkivu pri rakih grla (p < 0,05) in žrela (p < 0,001), ne pa pri rakih ustne votline z ustnicami. Tumorji z limfovaskularno invazijo so imeli statistično značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,05) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v tumorskem kot zdravem tkivu, medtem ko pri tumorjih brez limfovakularne invazije omenjenih razlik nismo ugotovili zaradi povišanega izražanja ERBB3 oziroma p22-sERBB3 v tumorskem tkivu. Pri tumorjih brez HPV-16 je bilo izražanje ERBB3 nižje (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom, ta razlika pa pri tumorjih, okuženih s HPV-16, ni bila prisotna zaradi povišanega izražanja ERBB3 v tumorskem tkivu. Analiza izražanja ERBB3 in p22-sERBB3 po stadijih tumorjev je pokazala, da so bolj razviti raki imeli višje izražanje ERBB3 (cT3: p < 0,01; cT4: p < 0,05; pT2: p < 0,05; pT3: p < 0,01; pT4: p < 0,05) in p22-sERBB3 (cT4 in pT4, oba p < 0,05) v zdravem kot tumorskem tkivu. Vpliva kajenja in uživanja alkohola na izražanje ERBB3 in p22-sERBB3 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Naši rezultati kažejo na vlogo mRNA za topno, sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri patogenezi raka glave in vratu. Izražanje ERBB3 je bilo pri tumorjih raka glave in vratu znižano v primerjavi z zdravim tkivom, na njegovo izražanje pa so vplivali prisotnost limfovaskularne invazije, gradus tumorja in okužba s HPV-16.
Ključne besede: ERBB3, p22-sERBB3, rak glave in vratu, HPV-16, invazija, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 05.04.2022; Ogledov: 310; Prenosov: 54
.pdf Celotno besedilo (5,65 MB)

9.
Genska ontologija za odkritje molekularno bioloških poti in procesov, povezanih s siringomielijo in chiari podobno malformacijo pri domačem psu
Tjaša Pečovnik, 2022, magistrsko delo

Opis: Uvod: Siringomielija (SM) in Chiari podobna malformacija (CPM)sta dve pogosti bolezni, ki se pojavljata pri domačem psu in najpogosteje prizadeneta pse pasme Cavalier King Charles španjel (CKCS) in bruseljski grifon (BG). Bolezni predstavljata problem čistokrvne reje miniaturnih pasem. CKCS je pasma, pogosto podvržena boleznim mitralne zaklopke, več kot 50% psov pasme CKCS pa naj bi trpelo za SM Metode: S pomočjo do sedaj opravljenih raziskav, genske ontologije in bioinformacijskih pristopov smo odkrili molekularno biološke poti, ki bi lahko v prihodnosti prispevale k oblikovanju novih smernic za raziskave CPM in SM.CPM kot SM smo obravnavali kot ločeni bolezni in za vsako naredili ločeno analizo genske ontologije. Podrobneje smo si pogledali termine GO z visoko stopnjo statistične značilnosti. Rezultati: S CPM smo povezali 3 gene, ki so bili omenjeni v literaturi (CDX1, FBNI, CSKD1) in 3 gene za SM (ILR6, PCDH17, ZWINT). Za konec smo preverili ali si bolezni delita skupne termine genske ontologije, pri čemer smo dobili 6 skupnih terminov, ki niso dovolj izčrpni, da bi jih lahko uporabili v nadaljnjih analizah. Sklep in razprava: Potrdili smo ujemanje genov z posameznima boleznima, kar lahko služi kot smernica za nadaljnje analize. Laboratorijske raziskave, bi lahko bile naslednji korak, ki bi podale globlje informacije izbrane kompleksne bolezni.
Ključne besede: genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes. genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes.
Objavljeno v DKUM: 15.02.2022; Ogledov: 342; Prenosov: 39
.pdf Celotno besedilo (1,69 MB)

10.
Subklinična ateroskleroza pri bolnikih z recidivno-remitentno obliko multiple skleroze – pomen klasičnih dejavnikov tveganja, vnetja in genetskih polimorfizmov
Tomaž Omerzu, 2021, doktorska disertacija

Opis: Multipla skleroza (MS) je kronična in vnetna bolezen osrednjega živčevja. Vnetje je prisotno v vseh stopnjah multiple skleroze in lahko povzroči dovzetnost za razvoj subklinične ateroskleroze. Ateroskleroza je zapleten proces z etiologijo, ki zajema več dejavnikov in vključuje vnetne, fibroproliferativne in angiogene odzive. Gre za kronični vnetni proces arterijske (žilne) stene in debelina karotidne intimne medije (IMT) velja za njen zgodnji označevalec. Namen te študije je bil primerjati subklinično aterosklerozo, vlogo vnetnih citokinov in pomen genetskih polimorfizmov med skupino bolnikov z recidivno-remitentno multiplo sklerozo (RR MS) in skupino zdravih posameznikov, ki so primerljivimi po starosti in spolu.
Ključne besede: multipla skleroza, ateroskleroza, debelina karotidne intime medije, cistatin C, intelevkin 6, genetski polimorfizmi
Objavljeno v DKUM: 31.01.2022; Ogledov: 425; Prenosov: 75
.pdf Celotno besedilo (3,74 MB)

Iskanje izvedeno v 0.19 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici