| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


81 - 90 / 126
First pagePrevious page45678910111213Next pageLast page
81.
GENOTIPIZACIJA IN EKSPRESIJA KANABINOIDNIH RECEPTORJEV CNR1 IN CNR2 PRI BOLNIKIH Z ASTMO
Tjaša Brenčič, 2015, undergraduate thesis

Abstract: Astma je kompleksna genetska bolezen s heterogenim fenotipom, ki ni posledica samo posameznih genetskih ali samo okoljskih dejavnikov, ampak prihaja do nje z mešanjem obeh. V diplomski nalogi smo se osredotočili na vlogo endokanabinoidnega sistema v imunskem sistemu, ki sodeluje pri regulaciji številnih fizioloških in patoloških funkcij, prav tako pa je prisoten pri protivnetnem odgovoru imunskega sistema ob različnih boleznih, zato bi lahko bil potencialna tarča za zdravljenje astme. V diplomski nalogi smo primerjali gensko ekspresijo kanabinoidnih receptorjev CNR1 in CNR2 med skupino bolnikov z astmo in kontrolno skupino ter genotipizirali štiri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), za katere smo predvidevali, da bodo povezani z izbranima genoma. Ugotavljali smo, kakšen vpliv imajo izbrani polimorfizmi na klinične parametre pred zdravljenjem z glukokortikoidi in antilevkotrieni in po njem, ter jih primerjali z gensko ekspresijo le-teh. Ekspresijo genov CNR1 in CNR2 smo merili z reakcijo PCR v realnem času v krvnih limfocitih 340 otrok, obolelih za astmo, in 257 zdravih otrok, starih med 5 in 18 let. Bolnike smo razdelili v dve skupini glede na fenotip (alergijsko in nealergijsko obliko). Za genotipizacijo smo uporabili tehniko analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Rezultate smo statistično obdelali s programskim paketom GraphPad Prism 6. Ugotovili smo kar nekaj povezav med polimorfizmi SNP rs4237, rs2229579 in rs2501432 ter genom CNR2, tako s kliničnimi parametri kot z gensko ekspresijo. Polimorfizma SNP rs13197090 nismo povezali z genom CNR1, smo pa ugotovili, da je pri bolnikih z astmo izražanje tega gena izrazito povečano. Tako smo prvi, ki smo ugotovili, da je ekspresija obeh genov izrazito povečana pri bolnikih z astmo in da izbrani polimorfizmi za gen CNR2 vplivajo na delovanje le-tega. Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da imata gena CNR1 in CNR2 pomembno vlogo pri patogenezi astme zato bi lahko v bodoče služila kot biomarkerja v medicinski diagnostiki ter pripomogla h kvalitetnejšemu zdravljenju bolnikov z astmo.
Keywords: astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija, kanabinoidni receptor
Published in DKUM: 07.09.2015; Views: 2205; Downloads: 203
.pdf Full text (2,34 MB)

82.
Povezava nekaterih polimorfizmov v genih za IL4, NOD2 in CCR5 z astmo pri otrocih
Vojko Berce, Uroš Potočnik, Katja Repnik, 2008, original scientific article

Abstract: Izhodišča: Astma je najpogostejša resna kronična bolezen otrok. Pri astmi gre za vnetje v dihalih neznane etiologije. Kot pri večini kompleksnih bolezni so tudi pri patogenezi astme udeleženi genetski dejavniki in okolje. Z astmo povezujejo več kot 100 kandidatnih genov, vendar je prispevek vsakega od njih v patogenezi astme verjetno majhen. Metode: V našo genetsko študijo smo vključili 111 otrok z blago ali zmerno vztrajajočo astmo, starih od 5 do 18 let. 76 otrok je imelo atopijsko astmo in 35 neatopijsko. Pri bolnikih smo izmerili osnovne klinične in laboratorijske parametre. V kontrolni skupini je bilo 77 zdravih otrok. Opravili smo genotipizacijo za polimorfizme CCR5-delta32, IL4 C-33T in NOD2 R702W. S pomočjo testa χ 2 in Fischerjevega eksaktnega testa smo primerjali alelne frekvence med skupinami. S t-testom za dva neodvisna vzorca pa smo ugotavljali vpliv genotipa na nekatere klinične in laboratorijske parametre. Rezultati: Bolniki z neatopijsko astmo so imeli značilno nižjo (1,39 %) frekvenco alela delta32 v genu za CCR5, kot je v kontrolni skupini (10 %), p = 0,016. Pri ostalih dveh polimorfizmih pa ni bilo statistično značilnih razlik v pogostnosti alelov med bolniki in kontrolami. Pri nobenem od testiranih polimorfizmov pa nismo ugotovili vpliva genotipa na klinične in laboratorijske parametre. Zaključki: Mutacija delta32 v genu za CCR5 ščiti pred neatopijsko astmo. Polimorfizma C-33T v genu za IL4 in R702W v genu za NOD2 pa ne vplivata na pogostnost astme. Pri nobenem od testiranih polimorfizmov ne ugotavljamo povezave s kliničnimi ali laboratorijskimi para- metri. Rezultati naše študije omogočajo nova spoznanja v patogenezi astme in prispevajo pri razvoju novih strategij obravnave astme.
Keywords: otroška astma, genetika, polimorfizmi, patogeneza
Published in DKUM: 11.08.2015; Views: 2037; Downloads: 149
.pdf Full text (103,22 KB)
This document has many files! More...

83.
Dense genotyping of immune-related disease regions identifies nine new risk loci for primary sclerosing cholangitis
Jimmy Z Liu, Mitja Mitrovič, 2013, original scientific article

Abstract: Primary sclerosing cholangitis (PSC) is a severe liver disease of unknown etiology leading to fibrotic destruction of the bile ducts and ultimately to the need for liver transplantation1, 2, 3. We compared 3,789 PSC cases of European ancestry to 25,079 population controls across 130,422 SNPs genotyped using the Immunochip4. We identified 12 genome-wide significant associations outside the human leukocyte antigen (HLA) complex, 9 of which were new, increasing the number of known PSC risk loci to 16. Despite comorbidity with inflammatory bowel disease (IBD) in 72% of the cases, 6 of the 12 loci showed significantly stronger association with PSC than with IBD, suggesting overlapping yet distinct genetic architectures for these two diseases. We incorporated association statistics from 7 diseases clinically occurring with PSC in the analysis and found suggestive evidence for 33 additional pleiotropic PSC risk loci. Together with network analyses, these findings add to the genetic risk map of PSC and expand on the relationship between PSC and other immune-mediated diseases.
Published in DKUM: 10.07.2015; Views: 1179; Downloads: 70
URL Link to full text

84.
Limited evidence for parent-of-origin effects in inflammatory bowel disease associated loci
Karin Fransen, Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik, 2012, original scientific article

Abstract: Background Genome-wide association studies of two main forms of inflammatory bowel diseases (IBD), Crohnʼs disease (CD) and ulcerative colitis (UC), have identified 99 susceptibility loci, but these explain only ~23% of the genetic risk. Part of the Žhidden heritabilityʼ could be in transmissible genetic effects in which mRNA expression in the offspring depends on the parental origin of the allele (genomic imprinting), since children whose mothers have CD are more often affected than children with affected fathers. We analyzed parent-of-origin (POO) effects in Dutch and Indian cohorts of IBD patients. Methods We selected 28 genetic loci associated with both CD and UC, and testedthem for POO effects in 181 Dutch IBD case-parent trios. Three susceptibility variants in NOD2 were tested in 111 CD trios and a significant finding was re-evaluated in 598 German trios. The UC-associated gene, BTNL2, reportedly imprinted, was tested in 70 Dutch UC trios. Finally, we used 62 independent Indian UC trios to test POO effects of five established Indian UC risk loci. Results We identified POO effects for NOD2 (L1007fs; OR = 21.0, P-value = 0.013) for CD; these results could not be replicated in an independent cohort (OR = 0.97, P-value = 0.95). A POO effect in IBD was observed for IL12B (OR = 3.2, P-value = 0.019) and PRDM1 (OR = 5.6, P-value = 0.04). In the Indian trios the IL10 locus showed a POO effect (OR = 0.2, P-value = 0.03). Conclusions Little is known about the effect of genomic imprinting in complex diseases such as IBD. We present limited evidence for POO effects for the tested IBD loci. POO effects explain part of the hidden heritability for complex genetic diseases but need to be investigated further.
Keywords: inflammatory bowel diseases, IBD, genetic locus, genetics
Published in DKUM: 10.07.2015; Views: 1516; Downloads: 362
.pdf Full text (495,25 KB)
This document has many files! More...

85.
Genetika in zdravljenje Chronove bolezni : V žarišču, TV Maribor, 19. 11. 2012
2012, radio or television broadcast, podcast, interview, press conference

Keywords: Chronova bolezen, genetika, zdravljenje
Published in DKUM: 10.07.2015; Views: 2204; Downloads: 44
URL Link to full text

86.
Center za humano molekularno genetiko in farmakogenomiko
Uroš Potočnik, 2012, other monographs and other completed works

Keywords: molekularna genetika, farmakogenomika
Published in DKUM: 10.07.2015; Views: 2686; Downloads: 36
URL Link to full text

87.
VLOGA DNA POLIMORFIZMA POSAMEZNEGA NUKLEOTIDA rs2476601 IN IZRAŽANJE GENA PTPN22 PRI NASTANKU, POTEKU IN ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME
Alja Čeh, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Astma je resna kronična bolezen dihal neznane etiologije in je pogostejša pri otrocih kot odraslih. Je kompleksna bolezen s heterogenim fenotipom, na njen pojav vpliva interakcija več različnih genov, pri čemer je prispevek posameznega gena le majhen. Proces interakcije je odvisen od dveh faktorjev, genetike bolnika ter izpostavljenost okolju v času razvoja imunskega sistema. Pri zdravljenju astme prihaja do velikih razlik v odzivu na terapijo, katere so posledica genskega zapisa bolnika. Pri zdravljenju astme se uporabljata dve vrsti zdravil, preprečevalci astme (glukokortikoidi in antilevkotrieni) in olajševalci astme (bronhodilatatorji). V nalogi smo se osredotočili na vlogo gena PTPN22 in polimorfizma posameznega nukleotida (SNP) rs2476601 na genu PTPN22 pri nastanku, poteku in zdravljenju otroške astme. SNP rs2476601 se nahaja na genu PTPN22 in je povezan z nastankom številnih sorodnih avtoimunskih bolezni, kot so Chronova bolezen, revmatoidni artritis, diabetis tipa 1 in multipla skleroza, katere imajo podoben potek bolezni kot astma. Zato je PTPN22 dober kandidatni gen za astmo. Namen diplomske naloge je bil narediti asociacijsko analizo SNP-ja rs2476601 pri slovenskih otrocih z atopijsko in neatopijsko astmo, izvesti farmakogenetsko analizo, primerjati izražanje gena PTPN22 med zdravimi posamezniki in bolnimi posamezniki z atopijskim in neatopijskim fenotipom astme ter primerjati izražanje gena PTPN22 pred in po terapiji. Izbran SNP rs2476601 na genu PTPN22 smo genotipizirali ter naredili primerjavo frekvence genotipov med zdravimi kontrolami in bolniki z astmo, atopijskim in neatopijskim fenotipom ter analizo vpliva genotipa izbranega SNP-ja na klinične in laboratorijske parametre. Izmerili smo razlike v izražanju gena PTPN22 glede na genotip, primerjali razlike v izražanju med zdravimi kontrolami in bolniki z astmo z atopijskim in neatopijskim fenotipom ter spremembo v izražanju po zdravljenju z inhalacijskimi kortikosteroidi, antilevkotrienom in antilevkotrienom intermitentno. Genotipe smo določili z metodo HRM in nekatere preverili z metodo RFLP na DNA, izoliranih iz krvnih limfocitov 276 zdravil kontrol ter 325 bolnih otrok starih med 5 in 18 let, od tega jih je imelo 189 atopijski fenotip in 84 neatopijski fenotip astme. Statistično analizo smo izvedli s programskim paketom SPSS. Za analizo frekvence alelov in primerjavo genotipov bolnih otrok s kontrolami smo uporabili Fisherjev natančni test. Za vpliv genotipov na klinične in laboratorijske parametre smo uporabili T-test, Mann-Whitney test in test ANOVA. Izražanje gena PTPN22 smo izmerili s kvantitativnim PCR v realnem času (qPCR) v krvnih limfocitih 295 bolnih otrok starih med 5 in 18 let, od tega 177 z atopijsko in 44 z neatopijsko astmo, ter v krvnih limfocitih 158 zdravih kontrol. Za ekspresijsko analizo smo imeli na voljo 127 vzorcev po terapiji, od tega 53 zdravljenih z inhalacijskimi kortikosteroidi, 31 z antilevkotrienskim zdravilom Singular in 43 antilevkotrienskim zdravilom Singular intermitentrno. Vpliv genotipa SNP-ja rs2476601 na izražanje gena PTPN22 smo preverili s testom ANOVA in Mann-Whitney testom, primerjavo izražanja gena med bolnimi otroci in zdravimi kontrolami prav tako z Mann-Whitney testom. Vpliv zdravljenja na izražanje gena smo preverili z Wilcoxonovim testom. Vse p vrednosti, ki so bile nižje od 0,05, smo upoštevali, kot statistično signifikantne. Ugotovili smo, da je SNP rs2476601 povezan s pojavom astme (p=0,034; OR=0,623) pri slovenskih otrocih. Prav tako smo ugotovili, da se astmatiki z genotipom AG in GG boljše odzivajo na zdravljenje (vse terapije) v primerjavi s posamezniki z genotipom AA, saj se je vrednost FEV1 po terapiji pri teh posameznikih povečala (p=0,033; +/-s.d=13,273). Za skupino astmatikov z atopijskim fenotipom smo dobili signifikantne rezultate za vrednost eozinofilcev, pri čemer smo za posameznike z genotipom AA ugotovili višjo vrednost v primerjavi s posamezniki z genotipom AG in GG, kar kaže na to, da imajo posamezniki z genotipom AA večjo nagnjenost k atopiji.
Keywords: astma, rs2476601, PTPN22, farmakogenomika, HRM, RFLP, qPCR
Published in DKUM: 26.11.2014; Views: 2292; Downloads: 173
.pdf Full text (1,45 MB)

88.
GENOTIPIZACIJA POLIMORFIZMOV V KANDIDATNIH GENIH PRI SLOVENSKIH BOLNIKIH Z MULTIPLO SKLEROZO
Natalija Kremzer, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Multipla skleroza (MS, poznana tudi kot diseminirana skleroza ali encephalomyelitis disseminata) je kronična avtoimunska vnetna in demielinizirajoča bolezen centralnega živčnega sistema, na nastanek katere ima velik vpliv genetska zasnova. Pomembno vlogo pri tej bolezni imajo geni, ki vplivajo na imunski sistem posameznika. Namen diplomske naloge je narediti asociacijsko analizo polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki so jih kot faktor tveganja za nastanek MS identificirale nedavne GWA študije, ter kandidatnih SNP-jev, ki so z le-temi v visokem vezavnem neravnovesju (LD). Pri diplomski nalogi smo za 179 vzorcev bolnikov in 276 zdravih posameznikov analizirali 5 SNP-jev, ki ležijo na različnih kandidatnih genih oz. področjih. Za genotipizacijo smo uporabili verižno reakcijo s polimerazo (PCR) in tudi restrikcijo fragmentov dolžin polimorfizmov (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP). Rezultate smo primerjali med obema skupinama s programskim paketom GraphPad Prism 6. Raziskovali smo vpliv določenih genotipov na sam razvoj MS pri bolnikih, na razvoj RRMS pri bolnikih, vpliv teh genotipov na odziv bolnikov na zdravljenje ter na število zagonov. Med predhodno izbranimi SNP-i so pri določenih kriterijih vsi pokazali statistično značilne povezave (p<0,05) in za njih lahko sklepamo, da imajo pomembno vlogo pri MS. Ti SNP-i ležijo na genih IL12A (rs17810546), IL12B (rs6887695), IL23R (rs7517847), IL10 (rs3024505) ter CCR5 (rs 333-del32). Ugotovili smo, da imajo posamezniki na Rebif terapiji z wt/wt genotipom na rs 333-del32 (CCR5) več zagonov kot nosilci mutiranega alela z delecijo del32 (p = 0,0354). Ugotovili smo tudi, da se nosilcem alela G na rs6887695 (IL12B) ob uporabi Tysabri terapije zdravstveno stanje izboljša bolj kot nosilcem C alela (p = 0,0364), ob uporabi Rebif terapije pa se zdravstveno stanje bolj izboljša nosilcem alela C pri genu IL10 (rs3024505) kot nosilcem T alela (p = 0,0156). Ugotovili smo, da je pogostnost alela G na rs17810546 (IL12A) nižja pri bolnikih z MS v primerjavi s kontrolami (p = 0,0356), posamezniki z genotipom GG za SNP rs7517847 (IL23R) pa imajo večjo verjetnost za pojavitev RRMS v primerjavi s heterozigoti in homozigoti za alel T in kontrolami (p = 0,0470). Dobljeni rezultati kažejo, da lahko identificiramo polimorfizme, ki so povezani z nastankom MS, RRMS, z odzivom bolnikov na zdravljenje ter s številom zagonov. To bi nam v prihodnosti omogočilo individualizirano obravnavo in s tem bolnikom omogočilo kakovostnejše življenje.
Keywords: Multipla skleroza, genotipizacija, zdravstveno stanje, nastanek MS.
Published in DKUM: 26.09.2014; Views: 2145; Downloads: 164
.pdf Full text (2,58 MB)

89.
PRIMERJAVA VPLIVA DNA POLIMORFIZMOV V GENIH ZA METABOLIZEM LIPIDOV NA PROFILE MAŠČOBNIH KISLIN MED BOLNIKI Z RAZLIČNIMI KOMPLEKSNIMI BOLEZNIMI
Gregor Jezernik, 2014, undergraduate thesis

Abstract: V diplomskem delu smo proučevali povezavo med polimorfizmi genov, ki sodelujejo pri presnovi maščobnih kislin, in profilom maščobnih kislin bolnikov s pogostimi kompleksnimi boleznimi. Namen dela je bilo ugotoviti povezavo med genotipom posameznega polimorfizma in masnimi deleži maščobnih kislin v eritrocitih, torej da prisotnost bolezenskega alela spremeni maščobno sestavo. Po preučevanju dosedanje literature smo izbrali primerne polimorfizme na genih, ki bi lahko vplivali na maščobni profil. Nato smo vzorce DNK genotipizirali z metodo RFLP ali s HRM. Genotipizirali smo slovenske bolnike z astmo (51), kronično vnetno črevesno boleznijo (103), polipi debelega črevesa (17), miomi maternice (52) in kontrolni skupini zdravih posameznikov (82) za SNP-ja v genih LTA4H, ki kodira encim levkotrien A4 hidrolazo, in PTGS2, ki kodira encim prostaglandin-endoperoksid sintazo 2. Funkcija encima LTA4H je hidrolizirati levkotrien A4 v levkotrien B4; encim PTGS2 pa metabolizira arahindonsko kislino v PGH2. Podatke pridobljene z genotipizacijo smo statistično obdelali. Asociacijska študija je pokazala statistično signifikantno povezavo med bolezenskim alelom za SNP rs2540487 na genu LTA4H in patogenezo miomov maternice (p = 0,031). Rezultati kažejo več statistično signifikantnih povezav med profilom maščobnih kislin in genotipom polimorfizma rs2540487 v genu LTA4H; pri bolezenskih alelih zmanjšan delež adrenske in Osbondove kisline in povišan delež oleinske kisline. Adrenska in Osbondova kislina sta produkta arahidonske kisline pri podaljševanju omega-6 maščobnih kislin, kar bi lahko pomenilo, da se arahidonska kislina hitreje presnavlja po drugih metabolnih poteh. Razlog takšni spremembi v metabolizmu je povečano delovanje encima LTA4H, ki je povezano s SNP-jem rs2540487.
Keywords: profil maščobnih kislin, kompleksne bolezni, levkotrieni, arahidonska kislina, vnetni odziv
Published in DKUM: 22.09.2014; Views: 2247; Downloads: 139
.pdf Full text (1,75 MB)

90.
VLOGA GENOV GLCCI1 IN SFXN1 PRI ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME Z GLUKOKORTIKOIDI
Tjan Smrečnik, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Astma je najpogostejša kronična bolezen pri otrocih, ki prizadene dihala. Poznamo dva tipa astme, in sicer alergijsko in nealergijsko obliko astme. V svetu je možno zaznati strmo naraščanje obolevnosti za astmo po letu 1980. Številne študije so potrdile vpliv več kot stotih genov na razvoj in potek zdravljenja astme. Predvidevamo, da je vpliv posameznega gena izredno majhen. Velikokrat raziskave z nasprotujočimi si rezultati otežujejo določitev vloge, ki jo ima posamezni gen na razvoj in zdravljenje astme. Pri raziskovalnem delu smo analizirali genotip in izražanje genov za gena GLCCI1 in SFXN1 jih primerjali z različnimi kliničnimi parametri. Izražanje izbranih genov smo izmerili z metodo kvantitativnega PCR v realnem času. Gensko tipizacijo DNA polimorfizmov smo izvedli z metodo »Restriction Fragment Length Polymorphism« in »High Resolution Melt«. Z raziskavo smo želeli potrditi dosedanje rezultate raziskav za polimorfizem rs37972 za gen GLCCI1 in polimorfizem rs2644645 za gen SFXN1. Z raziskavo smo potrdili povečano tveganje za obolelost za astmo pri osebah, ki imajo za polimorfizem rs37972 genotip TT (p=0,010). Potrdimo lahko tudi vpliv genotipa CC, za polimorfizem rs37972, na vrednost parametra FEV1 (p=0,028). Za gen SFXN1 in polimorfizem rs2644645 lahko povežemo alel T s povečano količino eozinofilcev (p=0,013). Nadalje lahko potrdimo, da terapija s glukokortikoidi vpliva na izražanje gena SFXN1 (p=0,002). Rezultati, pridobljeni z raziskavo, bi lahko vplivali na razumevanje patogeneze astme in zdravljenju oz. lajšanju simptomov. Za zanesljivo uporabo genskih raziskav pri diagnosticiranju bolezni bodo v prihodnje potrebne še nadaljnje raziskave, ki bodo potrdile dosedanje povezave in analizirale gene ter njihove polimorfizme, ki imajo vpliv na razvoj in zdravljenje astme.
Keywords: GLCCI1, SFXN1, farmakogenomika, astma, genetika
Published in DKUM: 22.09.2014; Views: 2054; Downloads: 99
.pdf Full text (1,36 MB)

Search done in 0.25 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica