| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme


61 - 70 / 126
First pagePrevious page3456789101112Next pageLast page
High-resolution melting curve analysis for high-throughput genotyping of NOD2/CARD15 mutations and distribution of these mutations in Slovenian inflammatory bowel diseases patients
Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik, 2011, original scientific article

Abstract: Inflammatory bowel diseases (IBD) are usually classified into Crohn's disease (CD) and ulcerative colitis (UC). NOD2/CARD15 was the first identified CD-susceptibility gene and was confirmed as the most potent disease gene in CD pathogenesis. Three NOD2/CARD15 variants, namely two missense polymorphisms R702W (rs2066844) and G908R (rs2066845), and a frame shift polymorphism L1007fs (rs2066847), were associated with CD in Caucasian populations. High resolution melting analysis (HRMA) with saturation LCGreen dyes was previously reported as a simple, inexpensive, accurate and sensitive method for genotyping and/or scanning of rare variants. For this reasons we used qPCR-HRMA for genotyping NOD2/CARD15 variants in 588 Slovenian IBD patients and 256 healthy controls. PCR-RFLP was used as a reference method for genotyping of clinical samples. The optimization of an HRM experiment required careful design and adjustment of main parameters, such as primer concentration, MgCl_{2} concentration, probe design and template DNA concentration. Different HRMA approaches were tested and used to develop a reliable and low-cost SNP genotyping assays for polymorphisms in NOD2/CARD15 gene. Direct HRMA was the fastest and cheapest HRMA approach for L1007fs and R702W polymorphisms, yet for G908R polymorphism sufficient reliability was achieved after introduction of unlabeled probe. In association analysis, we found statistically significant association of L1007fs (p =0.001, OR=3.011, CI95%=1.494-6.071) and G908R (p=2.62 * 10^{-4}, OR=14.117, CI95%= 1.884-105.799) polymorphisms with CD patients. At least one of NOD2/CARD15 polymorphisms was found in 78/354 (22.03% (12.69%) in UC patients and in 26/256 (10.15%) in healthy controls. We have successfully implemented NOD2/CARD15 HRMA assays, which may contribute to the development of genetic profiles for risk prediction of developing CD and for differential diagnosis of CD vs. UC.
Keywords: high-resolution melting analysis, NOD2/CARD15, inflammatory bowel diseases
Published in DKUM: 14.06.2017; Views: 1321; Downloads: 337
.pdf Full text (1,72 MB)
This document has many files! More...

Single nucleotide polymorphisms in genes MACC1, RAD18, MMP7 and SDF-1[alpha] as prognostic factors in resectable colorectal cancer
Matej Horvat, Uroš Potočnik, Katja Repnik, Rajko Kavalar, Vesna Zadnik, Stojan Potrč, Borut Štabuc, 2016, original scientific article

Abstract: Background: Colorectal cancer (CRC) represents one of the most common malignancies worldwide. Research has indicated that functional gene changes such as single nucleotide polymorphism (SNP) influence carcinogenesis and metastasis and might have an influence on disease relapse. The aim of our study was to evaluate the role of SNPs in selected genes as prognostic markers in resectable CRC. Patients and methods: In total, 163 consecutive patients treated surgically for CRC of stages I, II and III at the University Medical Centre in Maribor in 2007 and 2008 were investigated. DNA was isolated from formalin-fixed paraffin-embedded CRC tissue from the Department of Pathology and SNPs in genes SDF-1alpha, MMP7, RAD18 and MACC1 were genotyped using polymerase chain reaction followed by high resolution melting curve analysis or restriction fragment length polymorphism. Results: We found worse disease-free survival (DFS) for patients with TT genotype of SNP rs1990172 in gene MACC1 (p = 0.029). Next, we found worse DFS for patients with GG genotype for SNP rs373572 in gene RAD18 (p = 0.020). Higher frequency of genotype GG of MMP7 SNP rs11568818 was found in patients with T3/T4 stage (p = 0.014), N1/N2 stage (p = 0.041) and with lymphovascular invasion (p = 0.018). For MACC1 rs1990172 SNP we found higher frequency of genotype TT in patients with T3/T4 staging (p = 0.024). Higher frequency of genotype GG of RAD18 rs373572 was also found in patients with T1/T2 stage with disease relapse (p = 0.041). Conclusions: Our results indicate the role of SNPs as prognostic factors in resectable CRC.
Keywords: single nucleotide polymorphism, colorectal cancer, MACC1, RAD18, MMP7, SDF-1a
Published in DKUM: 05.04.2017; Views: 1266; Downloads: 156
.pdf Full text (698,90 KB)
This document has many files! More...

Polymorphism of the IL13 gene may be associated with uterine leiomyomas in Slovenian women
Jovan Krsteski, Staša Jurgec, Maja Pakiž, Igor But, Uroš Potočnik, 2016, original scientific article

Abstract: Uterine leiomyomas (ULM) are a common cause of solid pelvic tumors in women. Their etiopathogenesis remains unclear. Interleukins (ILs) and their receptors can influence tumor biology of ULM. The aim of this study was to evaluate single nucleotide polymorphisms (SNPs) exhibited in the genes IL4 (rs2070874), IL4R (rs1801275), IL12RB1 (rs11575934), IL12B (rs6887695), IL13 (rs20541) and IL23R (rs7517847) as risk factors for ULM in Slovenian women and to identify associations between corresponding clinical parameters and the analyzed SNPs. In addition, solitary and multiple ULM were compared to identify clinical and/or genetic parameters influencing their occurrence. We conducted a case-control study that included 181 women with leiomyomas and 133 control subjects. Genotyping of selected SNPs was performed using polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and high resolution melting (HRM) techniques. The TT genotype of rs20541 (IL13) was significantly associated with decreased risk of ULM compared to both the CC and CT genotypes [p = 0.018; odds ratio (OR) = 0.184; 95% confidence interval (95% CI) = 0.048-0.7121. Using genetic and clinical data to develop a predictive model with logistic regression, we found that adenomyosis, higher age at diagnosis, family history of ULM occurrence, earlier menarche, lower number of pregnancies and lower age at first sexual intercourse, the G allele and genotypes AG and GG of rs1801275 (IL4R) were associated with an increased risk of multiple ULM occurrence. We also found an association between rs20541 (IL13) and 17ß-estradiol serum levels in patients with multiple ULM (p 0.003). Our study showed, for the first time, that rs20541 (IL13) may contribute to susceptibility of ULM development and that rs1801275 (IL4R) can predispose patients to develop multiple ULM.
Keywords: genetic risk, uterine leiomyomas, ULM, single nucleotide polymorphism (SNP), IL13 gene
Published in DKUM: 30.03.2017; Views: 1395; Downloads: 344
.pdf Full text (478,01 KB)
This document has many files! More...

Molecular identification of several clinically important bacteria including enterobacteria by partial 16S ribosomal RNA gene sequence comparison
Janez Šimenc, Andrej Golle, Uroš Potočnik, 2008, original scientific article

Abstract: Background: The correct identification of bacterial isolates is paramount for the correct diagnosis and treatment of patients. The standard approach for bacterial identification relies on phenotypic tests, which are often time-consuming and unreliable when identifying atypical strains. We instead hypothesized a molecular approach; fast and reliable identification could be achieved by comparing a 16S ribosomal RNA gene sequence with publicly available sequences. Methods: In the present study, DNA from seventeen bacterial species was extracted and amplified by PCR, and then a partial 16S ribosomal RNA gene sequence was obtained and compared with sequences deposited in public DNA sequence databases; EMBL/GeneBank/DDBJ and RDP-II. Results: Bacterial species, belonging to several families; Coriobacteriaceae, Bacteroidaceae, Clostri- diaceae, Staphylococcaceae, as well as three out of nine Enterobacteriaceae were specifically identified by partial 16S ribosomal RNA gene sequence to the species level. For six other species of enteric bacteria specific identification of species failed, since the results of genotypic identification yielded several species. Conclusions: We conclude identification of bacteria with partial 16S ribosomal RNA gene sequence is an efficient complement to phenotypic identification, except for enteric bacteria.
Keywords: molecular identification, bacteria, 16S rDNA sequences
Published in DKUM: 28.03.2017; Views: 1290; Downloads: 90
.pdf Full text (96,48 KB)
This document has many files! More...

Tanja Popović, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Multipla skleroza (MS) je kompleksna avtoimunska vnetna bolezen centralnega živčnega sistema. V procesu razvoja bolezni propadajo ovojnice živčnih vlaken zaradi izgube mielina oz. demielinizacije. Tipični simptomi bolezni so optični nevtritis ali vnetje vidnega živca, težave s koordinacijo gibov in ravnotežjem, občutek težkih udov. Najpogosteje zbolijo osebe med 20. in 40. letom starosti, ženske so bolj dovzetne za obolenje. Vzrok za nastanek MS je neznan, najverjetneje pa bolezen nastane zaradi kombinacje okoljskih dejavnikov, okužb in genetskih dejavnikov. Velik napredek pri genetiki MS so prispevale asociacijske študije celotnega genoma (GWAs, ang. za genome wide association studies), s pomočjo katerih identificiramo polimorfizme posameznega nukleotida (SNP-je, ang. za single nucleotide polymorphism), ki povečajo tveganje za nastanek bolezni. Do danes so z MS povezali več kot 100 lokusov na genomu. Pri pregledu do sedaj objavljenih GWA študij za MS pri drugih populacijah smo ugotovili, da so 3 SNP-ji, rs2104286 v genu IL2RA, rs12927355 v genu CLEC16A in rs6677309 v genu CD58, pokazali najmočnejšo statistično povezavo z MS. V okviru diplomske naloge smo izbrane signale replicirali na skupini 180 slovenskih bolnikov z MS in 210 zdravih posameznikov. Izbrane SNP-je smo genotipizirali z metodo verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je nato sledila metoda polimorfizmov dolžin restrikcijskih encimov (RFLP) ali metoda talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Za SNP rs2104286 na genu IL2RA smo ugotovili močno statistično značilno povezavo z MS. Frekvenca alela G je povišana v skupini bolnikov z MS (0,417) v primerjavi z zdravimi posamezniki (0,227, p = 3,23x10-8). Nadalje smo za SNP rs6677309 na genu CD58 ugotovili višjo frekvenco alela A v skupini bolnikov z MS (0,901) v primerjavi z zdravimi posamezniki (0,871) ter za SNP rs12927355 na genu CLE16A ugotovili povišano frekvenca alela G v skupini bolnikov z MS (0,684) v primerjavi s kontrolno skupino (0,639), vendar statistično značilne povezave nismo dosegli, najverjetneje zaradi premajhnega števila vzorcev. Rezultati nakazujejo na pomembno vlogo izbranih polimorfizmov pri nastanku MS v slovenski populaciji.
Keywords: multipla skleroza, genetika, IL2RA, CLEC16A, CD58
Published in DKUM: 14.10.2016; Views: 1728; Downloads: 159
.pdf Full text (2,75 MB)

Robert Bremšak, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Tollu-podobni receptorji (ang. Toll-like receptors oz. TLRs) so transmembranski receptorji tipa I, sestavljeni iz ektodomene, transmembranske domene in znotrajcelične signalne domene TIR (ang. Toll/interleukin-1 receptor domain). TLR-ji prepoznavajo molekulske vzorce, značilne za mikroorganizme in endogene signale nevarnosti, ki sprožijo imunski odgovor, ki vključuje vnetje in produkcijo citokinov. Toll-u podobni receptor 5 oz. TLR5 prepoznava flagelin, ki je glavna sestavina bakterijskih bičkov in virulenčni dejavnik številnih po Gramu pozitivnih in po Gramu negativnih bakterij. Prepoznavanje flagelina je evolucijsko ohranjen mehanizem. Flagelin je sestavljen iz štirih domen, imenovanih D0-D3. Domeni D0 in D1 sta pomembni za aktivacijo TLR5 in sta med različnimi vrstami bakterij zelo ohranjeni, medtem ko sta domeni D2 in D3 pomembni za protitelesni odziv in predstavljata ti. hipervariabilno regijo. Namen diplomskega dela je bil izolirati in karakterizirati rekombinantni protein dimSF57, ki je sestavljen iz 2 kratkih flagelinov bakterije S. tryphiumrium povezanih med sabo s 57 aminokislinami dolgim peptidnim linkerjem. Kratek flagelin je sestavljen iz N-končnega dela flagelina (2-176 AK) in C-končnega dela flagelina (398-494 AK). Pri diplomskem delu smo uspešno izolirali in očistili rekombinanten flagelin z uporabo Ni-kelatne kromatografije in velikostno izključitvene kromatografije. Z metodo cirkularnega dikroizma smo pokazali, da je izoliran rekombinantni protein ustrezno zvit in zavzame sekundarno strukturo α-vijačnice. Z metodo dinamičnega sipanja svetlobe smo v raztopini vzorca pokazali delce velikosti 7,8 nm.
Keywords: TLR, TLR5, flagelin, dimSF57, rekombinantni protein
Published in DKUM: 14.10.2016; Views: 1909; Downloads: 49
.pdf Full text (2,12 MB)

Barbara Grabrovec, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Nekatere rane, definirane kot kronične rane, se v daljšem časovnem obdobju ne zacelijo. Njihovo celjenje je ustavljeno v vnetni fazi, na kar vpliva več dejavnikov, na primer slaba cirkulacija krvi, visoka starost, težave s premikanjem, razne bolezni, ki zavirajo delovanjo imunskega sistema. V kroničnih ranah se veliko bolj kot v akutnih izražajo vnetni citokini, ki poskušajo odpraviti intenzivno vnetje v rani. Med temi citokini so: interlevkini (IL), interferoni in tumor zavirajoči faktor (TNF). Vrednotenje celjenja rane je bilo do sedaj omejeno bodisi na presojo zdravnika ali pa na merjenje kvalitativnih podatkov o celjenju, medtem ko so poskusi določanja poteka celjenja na kvantitativen, napovedno veliko boljši, način, še v povojih. V diplomskem delu smo se zato lotili vrednotenja celjenja prav na tej osnovi, torej poiskati kvantitativno merljive količine, ki jih lahko povežemo s celjenjem. Osredotočili smo na analizo izražanja vnetnih in imunskih genov: IL4, IL5, IL8, IL10 in CSF2 v kronični diabetični razjedi, kot modelni rani. Rezultati so pokazali, da se vsi geni najbolj izražajo na robovih rane in vedno manj proti sredini. To nakazuje na smer celjenja rane, in sicer od njenega roba proti sredini, kar je v skladu tudi s siceršnjimi opazovanju celjenja. Rezultati so zelo vzpodbudni in so osnova za nadaljnje preiskovanje omenjenega pristopa kot možnega modernega protokola za oceno celjenja ran.
Keywords: celjenje ran, kronične rane, vnetje, citokini, vnetni in imunski geni
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 1768; Downloads: 125
.pdf Full text (2,83 MB)

Maja Ferlež, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Rak je kompleksna genetska bolezen. Na nastanek in razvoj raka vplivajo tako okoljski dejavniki kot tudi sama genetika. Med vrste raka spada tudi rak materničnega vratu. V diplomski nalogi smo se opredelili na RMV in njegove podoblike ( SCC, AC, ASC, MM). RMV je eden od najpogostejših vzrokov smrti zaradi raka pri ženskah. Pojavlja se v različnih oblikah in je zelo heterogena bolezen. Glavni namen diplomske naloge je bil s podatkovnimi zbirkami genske ontologije in ustreznimi bioinformatskimi orodji ( DAVID 6.7, BioMart) identificirati oziroma raziskati genetiko posamezne podoblike RMV in na podlagi dobljenih zadetkov predpostaviti molekularno biološko pot nastanka različnih oblik RMV. Nadaljnji namen naloge je bil z bioinformatskimi orodji poiskati skupne gene in biološke mehanizme, ki vodijo do nastanka različnih oblik RMV. S pomočjo GWA študij smo dobili 6 skupnih genov in 4 biološke poti. Zaradi pomanjkanj raziskav RMV pa smo se opredelili tudi na gene, ki sodelujejo pri somatskih mutacijah. S pomočjo podatkovnih zbirk in orodij genske ontologije smo dobili 6 skupnih genov in 16 bioloških poti. Ti rezultati naj bi nam dali boljši vpogled v sam nastanek in razvoj te bolezni ter napredek pri iskanju novih možnosti za zdravljenje te bolezni.
Keywords: Rak materničnega vratu ( RMV), ploščatocelični karcinom ( SCC), adenokarcinom ( AC), ploščatocelični adenokarcinom ( ASC), maligni melanom ( MM), Gene Ontology (GO), DAVID 6.7, biološka pot, asociacijska študija ( GWA)
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 1783; Downloads: 118
.pdf Full text (1,44 MB)

Laura Maksimović, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Astma je resna kronična bolezen pljuč, ki povzroča vnetje dihal in je neznane etiologije. Sam razvoj astme je povezan z interakcijo številnih genov in vplivom okolja. V številnih študijah so z astmo povezali več kot 100 genov, ki pa se med različnimi populacijami razlikujejo. Raziskali smo dve kandidatni kromosomski regiji, 17q21 in 2q12. Za analizo 17q21 smo genotipizirali polimorfizem posameznega nukleotida (SNP) rs7216389, ter merili izražanje genov ORMDL3 in GSDMB, za analizo regije 2q12 pa smo genotipizirali SNP rs10206753 in merili izražanje genov IL1RL1 in IL18RAP. S tehniko verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je sledila reakcija polimorfizmov dolžin restrikcijskih encimov (RFLP) ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM), smo genotipizirali 384 vzorcev otrok z astmo z atopijskim in neatopijskim fenotipom ter 288 vzorcev zdravih kontrol. Analizirali smo povezavo izbranih SNP-jev z astmo ter vpliv izbranih SNP-jev na klinične parametre in izražanje genov ORMDL3, GSDMB, IL1RL1, ter IL18RAP. Ugotovili smo, da je SNP rs7216389 povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih (p=0,0031, OR=0,698). Astmatiki, atopijski in neatopijski, imajo višjo frekvenco alela T v primerjavi z zdravimi kontrolami (p=0,0005, OR=0,541). Farmakogenetska analiza SNP-ja rs7216389 je pokazala, da se atopijski in neatopijski astmatiki različno odzivajo na terapijo z inhalacijskimi glukokortikosteroidi. Atopijskim astmatikom z genotipom CC se vrednost dTI po terapiji poviša (p=0,0057, dTICC=7,00 , dTICT+CC=2,00), medtem ko se neatopijskim astmatikom zniža (p=0,0311, dTICC=-2,00 ; dTICT+CC=3,00). Pri vplivu genotipa na klinične parametre smo opazili tudi višjo vrednost eozinofilcev v krvi neatopijskih astmatikov z genotipom TT v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali CC, vendar je bila vrednost p na meji statistične značilnosti (p=0,0558). Ugotovili smo tudi, da SNP rs7216389 regulira izražanje gena ORMDL3, saj imajo astmatiki in atopijski astmatiki z genotipom TT višji nivo izražanja gena ORMDL3 v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT (p=0,0038 za astmatike, p=0,0133 za atopijske astmatike). Za območje 2q12 pa smo ugotovili, da SNP rs10206753 ni povezan s pojavom astme pri slovenskih otrocih. Smo pa ugotovili, da se vrednost dFEV1 po terapiji z antilevkotrieni v primerjavi s posamezniki z genotipom CT ali TT zviša pri astmatikih z genotipom CC (p=0,0002, 8,5/-2) in pri atopijskih astmatikih z genotipom CC (p=<0,0001; 11/-2). Pri primerjavi izražanja gena IL18RAP med astmatiki in zdravimi kontrolami smo ugotovili, da imajo astmatiki, tako atopijski kot neatopijski, nižje izražanje gena v primerjavi z zdravimi kontrolami (p<0,0001). Rezultati nakazujejo na pomembno vlogo obeh regij, 17q21 in 2q12, tako v patogenezi kot tudi farmakogenetiki astme pri slovenskih otrocih. V prihodnosti bi bilo smiselno opraviti farmakogenetske študije za oba lokusa tudi pri drugih populacijah, s čemer bi naredili korak naprej k personalizirani medicini.
Keywords: astma, eQTL, farmakogenetika, ORMDL3, IL1RL1
Published in DKUM: 04.10.2016; Views: 1266; Downloads: 87
.pdf Full text (2,10 MB)

Luka Mlinarič, 2016, undergraduate thesis

Abstract: Astma je najpogostejša resna kronična bolezen dihal. V razvitem svetu se pojavlja okrog 10 % obolelih otrok do 18. leta starosti. Kljub številnim raziskavam in razvoju novih zdravil, astme zaenkrat še ni mogoče preprečiti in ne pozdraviti. K nastanku astme poleg okoljskega dejavnika prispeva do danes znanih več kot 100 genov, zato je astma kompleksna bolezen. K razlagi genetskega dejavnika tveganja za nastanek astme so velik napredek prinesle asociacijske študije celotnega genoma (GWA). V letu 2009 so v GWA študiji potrdili povezavo med astmo in polimorfizmom posameznega nukleotida (SNP) rs11778371, ki je lociran na kromosomu 8 v bližini genov EPHX2 in TRIM35, na izražanje katerih vplivajo bližnji SNP-ji. Namen diplomske naloge je bil ugotoviti povezavo in vlogo lokusa na kromosomu 8 pri slovenskih otrocih z astmo. V okviru naloge smo genotipizirali 3 SNP-je ter izmerili izražanje genov EPHX2 in TRIM35. V raziskavo je bilo vključenih 383 otrok z astmo ter 276 zdravih oseb, ki so šteli kot kontrolni vzorci. Izbrane SNP-je smo genotipizirali z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledila tehnika analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM) ali metoda polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP), Izražanje genov pa smo izmerili s tehniko PCR v realnem času (qPCR). V diplomske delu smo potrdili povezavo med SNP-jem rs11778371 in otroško astmo v slovenski populaciji ter povezavo med analiziranima SNP-joma rs7017417 in rs4534095 in kliničnimi parametri ter odzivom na terapijo. eQTL vpliva izbranih SNP-jev na izražanje genov EPHX2 in TRIM35 nismo potrdili. Naša študija in pridobljeni rezultati bi tako v bodoče pripomogla k boljši patogenezi astme in k boljši prepoznavnosti obravnavanih polimorfizmov ter omenjenih genov. Tako bi lahko pripomogli h kvalitetnejšemu zdravljenju te kompleksne bolezni.
Keywords: rs11778371, EPHX2, TRIM35, GWA študija, astma, asociacijska analiza, farmakogenetska analiza, ekspresija genov, SNP
Published in DKUM: 19.09.2016; Views: 1613; Downloads: 126
.pdf Full text (1,82 MB)

Search done in 0.38 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica