| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


51 - 60 / 126
First pagePrevious page234567891011Next pageLast page
51.
Genetska analiza bolnikov z revmatoidnim artritisom za polimorfizme SNP v genih za vnetne citokine
Pia Keršič, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Revmatoidni artritis (v nadaljevanju RA) je napredujoče kronično vnetno revmatično obolenje, ki lahko prizadene številna tkiva in organe, predvsem pa prizadene sklepe, v začetku predvsem manjše prstne sklepe rok ter nog. RA je kompleksna bolezen, torej na njen nastanek in progresijo vplivata tako okolje kot tudi genetska predispozicija, ki predstavlja 50 do 60% dovzetnosti za nastanek obolenja. Natančen sprožilec bolezni do sedaj še ni znan. Različne študije so skozi leta ugotovile povezavo med RA ter več kot 100 lokusi na genomu. K temu so pripomogle predvsem asociacijske študije celotnega genoma (GWA študije). Le- te temeljijo na primerjavi frekvence polimorfizmov celotnega genoma med bolniki ter zdravimi posamezniki. Študije so z RA med drugimi povezale tudi tri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), rs2228145 v genu IL6R, rs706778 v genu IL2RA ter rs11574914 v genu CCL12 . V diplomski nalogi smo ugotavljali povezavo teh treh SNP-jev z RA pri slovenski populaciji. Za tri izbrane polimorfizme SNP smo opravili genotipizacijo pri 208 zdravih posameznikih ter pri 276 bolnikih diagnosticiranih z RA. Pri tem smo uporabili metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM) ter metodo verižne reakcije s polimerazo (PCR), ki ji je sledila metoda polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP). Ugotovili smo statistično značilno povezavo med SNP-jema rs2228145 (IL6R) in rs11574914 (CCL21) in nastankom RA v slovenski popuaciji. Pri bolnikih je bila frekvenca alela C SNP-ja rs2228145 na genu IL6R višja v primerjavi z zdravimi posamezniki (p = 0,002). Nadalje je bila frekvenca alela T ter frekvenca genotipa TT SNP-ja rs11574914 na genu CCL21 znatno povišana pri bolnikih z RA glede na kontrolno skupino (p= 1,0*10-4 ). Rezultati diplomskega dela nakazujejo na pomembno vlogo polimorfizmov v genih, ki kodirajo vnetne citokine, na nastanek RA v slovenski populaciji.
Keywords: revmatoidni artritis, SNP, vnetni citokini, asociacijska analiza
Published in DKUM: 26.04.2018; Views: 1495; Downloads: 134
.pdf Full text (1,80 MB)

52.
Ekspresijski in epigenetski vzorci pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Iris Kelc, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je dolgotrajno (kronično) obolenje črevesja, ki je imunsko pogojeno. Med KVČB uvrčamo dve bolezni, ki sta si precej podobni, to sta Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK), v 10-15% pa bolezni ne moremo razvrstiti v prejšnji skupini, zato jo uvrščamo v intermediarni kolitis (KI) [1]. Vzroki za KVČB še niso dodobra pojasnjeni, vendar pa so odvisni od okoljskih in genetskih dejavnikov. KVČB uvrščamo med kompleksne kronične imunske bolezni, med katere sodijo tudi nekatera druga obolenja, kot so revmatoidni artritis, multipla skleroza itd. Bolezen KVČB zdravijo na več načinov, v današnjih časih pa dajejo velik poudarek na biološka zdravila, ki so večinoma zelo učinkovita, vendar pa pri nekaterih pacientih opažamo neodzivnost. V diplomskem delu smo se lotili analize ekspresijskih in epigenetskih profilov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo na anti-TNF terapiji z adalimumabom (ADA). Cilj je bila identifikacija kandidatnih biooznačevalcev, ki bi predvideli bolnikovo odzivnost na tovrstno biološko zdravljenje. Odločili smo se za testiranje gena AXIN1. V študiji pri bolnikih z revmatoidnim artritisom, ki je tako kot KVČB kronična vnetna avtoimuna bolezen, je bila namreč dokazana različna stopnja metiliranosti tega gena pri odzivnikih in neodzivnikih na adalimumab [2]. Tako kot pri KVČB, tudi pri RA uporabljajo biološke terapije in pri obeh je približno 20-40 % neodzivnikov na tako terapijo [3], [4]. Ugotovili smo, da je pri bolnikih s KVČB statistično značilno povečanje izražanje gena za AXIN1 v primerjavi z zdravimi kontrolami, vendar je razlika zelo majhna, med odzivniki in neodzivnki pa ni bilo opaziti razlik. Za namen epigenetskih študij smo pripravili različne metilacijske kontrole in poskusili optimizirati metilacijske teste. Ker naše epigenetske analize niso dale jasnih končnih rezultatov, bodo potrebne nadaljnje preiskave.
Keywords: KVČB, adalimumab, odzivniki, neodzivniki, AXIN1, genska ekspresija, metilacija
Published in DKUM: 26.04.2018; Views: 2112; Downloads: 127
.pdf Full text (2,21 MB)

53.
Analiza genskih regij povezanih z astmo ter napoved tveganja in odziva na terapijo pri otroški astmi
Petra Ovniček, 2017, doctoral dissertation

Abstract: Astma je kompleksna poligenska bolezen dihal. Številne študije so v povezavi z astmo, njenimi značilnostmi ali odzivom na terapijo analizirale že mnogo genov, a se rezultati raziskav med sabo močno razlikujejo, prav tako pa mnogi kandidatni geni identificirani v nedavnih študijah na celotnem genomu (GWA študije) še niso bili potrjeni v neodvisnih replikacijih študijah. Večina GWA študij pri astmi ni analiziralo morebitnih povezav med genotipi in kliničnimi podatki ter odzivom na zdravljenje. Le malo je znanega o funkciji z astmo ali njenimi značilnostmi povezanih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki se nahajajo v nekodirajočih področjih genoma. Namen naše raziskave je bil identificirati nove genetske markerje, ki opredeljujejo resnost astme oz. katerega od njenih podtipov ter vplivajo na odziv na terapije. Nadalje smo v raziskavi želeli ugotoviti, kakšen je vpliv kandidatnih SNP-jev povezanih z astmo in njenimi značilnostmi na ekspresijo bližnjih genov. Prav tako je bil namen študije tudi napoved tveganja za razvoj astme in odziva na terapijo. V študijo smo zajeli 340 otrok z astmo in 276 zdravih posameznikov. Genotipizacijo smo izvedli z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti. Rezultate smo statistično analizirali z uporabo programskega paketa SPSS. Z izdelavo profilov tveganja, izračuna tveganja iz razmerja obetov ter logistično regresijo smo skušali napovedati tveganje za razvoj bolezni ali odziva na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Izbranim genom, ki se nahajajo v bližini nekodirajočih SNP-jev, ki kažejo na pomembno vlogo pri astmi, smo z uporabo kvantitativnega PCR izmerili gensko ekspresijo in analizirali morebitne razlike v ekspresiji med posameznimi fenotipskimi in genotipskimi skupinami. Identificirali smo nove genetske markerje ki imajo pomemben doprinos k dovzetnosti za razvoj astme, vplivajo na njeno težo in fenotip oz. pogojujejo odgovor na različne proti-astmatične terapije. Najpomembnejša odkritja so nove povezave med SNP-ji na oz. v bližini genov SFXN1, SLC22A4 in SLC22A5 ter odgovorom na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Kot prvi smo ugotovili, da delecija na genu CCR5 ter SNP-ja na genih IL4 in GLCCI1 pogojujejo odziv na proti-astmatično terapijo z anti-levkotrieni pri posameznih pod-tipih astme. Identificirali smo nove povezave med SNP-ji na genih CA10, CTNNA3 in SFXN1 in njenimi fenotipskimi značilnostmi. Prav tako je naša raziskava prva neodvisna replikacijska študija nekaterih v nedavnih GWA študijah identificiranih astma SNP-jev; potrdili smo povezavo med SNP-jema na genih CA10 in SGK493 in tveganjem za astmo. Kot prvi smo s povečanim tveganjem za astmo povezali alel C za SNP rs10496195 v intronu gena HK2. Nadaljnja ekspresijska študija je pokazala povečano izražanje izoforme tega gena pri bolnikih z astmo oz. pri osebah z rizičnim alelom C za omenjen SNP. Ugotovili smo da alel C vpliva na spremenjeno razmerje med izoformama transkripta gena HK2 v limfocitih periferne krvi. Nadalje, naši rezultati potrjujejo hipotezo, da gre pri astmi za heterogeno bolezen pri kateri se genetski markerji lahko razlikujejo glede na podtip bolezni, saj mnoge povezave v skupini ne-atopijskih astmatikov niso bile potrjene v skupini atopikov in obratno. Na podlagi rezultatov izračunov napovedi tveganja lahko zaključimo, da zaenkrat genetski testi pri astmi žal še niso dovolj zanesljivi za prenos v klinično prakso. Najvišjo specifičnost (77,7 %) in občutljivost (63,0 %) smo dosegli pri genetskem profilu za napoved tveganja za ne-atopijsko obliko astme, ki vključuje 9 SNP-jev. Vsekakor bo v prihodnje potrebnih še mnogo nadaljnjih raziskav, funkcijskih študij in meta-statističnih analiz, kakorkoli pa lahko rečemo, da pomemben delček pri razumevanju genetskih mehanizmov pri astmi in korak k individualizirani obravnavi bolnikov predstavlja tudi naša študija.
Keywords: astma, polimorfizem enega nukleotida, asociacijska študija, genska ekspresija, napoved tveganja
Published in DKUM: 22.01.2018; Views: 1524; Downloads: 191
.pdf Full text (4,05 MB)

54.
Povezava med polimorfizmi in geni oksidativnega stresa pri bolnikih s pogostimi kompleksnimi boleznimi
Matic Broz, 2017, undergraduate thesis

Abstract: Avtoimune kompleksne bolezni, kot so kronična vnetna črevesna bolezen, multipla skleroza in astma, nastanejo kot posledica delovanja genetskih in okoljskih dejavnikov. Pomembno vlogo pri nastanku teh bolezni ima oksidativni stres, saj poveča vnetje, sproži apoptozo celic ter zniža imunsko odpornost. Diplomsko delo prikazuje vpliv sprememb v genih oksidativnega stresa na razvoj astme, multiple skleroze in kronične vnetne črevesne bolezni v slovenski populaciji. V diplomskem delu smo pri slovenskih bolnikih z astmo, multiplo sklerozo in kronično vnetno črevesno bolezenijo ter pri kontrolni skupini zdravih posameznikov s tehniko talilne krivulje visoke ločljivosti genotipizirali polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) v genih oksidativnega stresa, in sicer SNP rs4880 na genu SOD2 in SNP rs2107538 na genu CCL5. Ugotovili smo statistično značilno povezavo med polimorfizmom SNP rs4880 na genu SOD2 in multiplo sklerozo. Pri bolnikih z multiplo sklerozo je bila frekvenca alela C višja (0,559) v primerjavi s kontrolno skupino (0,471, p=0,019). To pripišemo izgubi funkcije MnSOD, do katere pride zaradi zamenjave timina s citozinom na 47. mestu. Povezave med rs2107538 na genu CCL5 in analizirami boleznimi nismo potrdili. Ugotovili smo, da SNP rs4880 na genu oksidativnega stresa SOD2 prispeva k patogenezi multiple skleroze in prav tako nakazuje na povezavo z razvojem astme. Rezultati diplomskega dela nakazujejo na vlogo genov oksidativnega stresa pri nastanku kompleksnih bolezni.
Keywords: oksidativni stres, multipla skleroza, astma, kronična vnetna črevesna bolezen, HRM
Published in DKUM: 14.09.2017; Views: 1876; Downloads: 209
.pdf Full text (1,61 MB)

55.
High resolution melting curve analysis for high-throughput SNP genotyping in IL23R gene and association of IL23R with Slovenian inflammatory bowel diseases patients
Mitja Mitrovič, Uroš Potočnik, 2010, original scientific article

Abstract: Single nucleotide polymorphism (SNP) analysis is important tool in the studies of genetic factors associated with complex diseases and with genetically influenced response to drug therapy (pharmacogenetics). Recently, a new generation of generic dsDNA binding dyes (LCGreen$^{TM}$) contributed to the development of fast and low-cost method for SNP detection and/or genotyping based on high resolution melting (HRM) analysis. The aim of our study was to develop HRM assay for IL23R gene (rs7517847) and to perform association study in Slovenian inflammatory bowel diseases (IBD) patients. We genotyped 345 Slovenian healthy controls and 295 IBD patients including 159 with Crohn's disease (CD) and 136 with ulcerative colitis (UC) for rs7517847 polymorphism in IL23R gene using standard RFLP and optimized HRM methods. In this study, we showed, that HRM is a simple, fast and reliable method for genotyping of clinical samples where homozygotes (GG and TT) were determined by Tm calling method and difference between homozygotes and heterozygotes was determined by different melting curve shape using gene scanning method. With combination of results from Tm calling and gene scanning methods, we achieved 98,6% concordance between PCR-RFLP and PCRHRM results, based on the analysis of 640 samples. We found statistically significant association of IL23R polymorphism with Slovenian Crohn's disease patients when comparing genotype and allele frequencies between CD patients and controls. Allele frequency of minor allele G was 0,46 in controls and was reduced to 0,33 in CD patients (p < 0,001, OR = 0,588). The frequency of T/T genotype carriers was higher in CD patients (50,3%) than in controls (26,7%, p = 0,002, OR = 2,558). We found weak association between IL23R polymorphism and Slovenian UC patients. Carriers of T/T genotype have higher risk for UC (p = 0,035, OR = 1,599). These results suggest IL23R plays important role in CD and UC development in Slovenian patients.
Keywords: SNP genotyping, high resolution melting, DNA dyes, inflammatory bowel diseases, LC Green Plus
Published in DKUM: 18.08.2017; Views: 1752; Downloads: 100
.pdf Full text (232,19 KB)
This document has many files! More...

56.
Genetski in ekspresijski profil za napoved tveganja za pojav multiplih miomov maternice
Barbara Krajnc, Rok Končnik, 2016, other monographs and other completed works

Keywords: miomi maternice, SNP, CYP1B1
Published in DKUM: 03.08.2017; Views: 1008; Downloads: 62
.pdf Full text (1,17 MB)

57.
Analiza bioloških poti z uporabo orodij genske ontologije za gene povezane z astmo
Marina Koren, 2017, undergraduate thesis

Abstract: Povzetek Astma je kronična bolezen, pri kateri ima bolnik stalno prisotno vnetje dihalnih poti. To vnetje je povezano predvsem s preobčutljivostjo in preodzivnostjo dihal na različne dražljaje ali sprožilce v okolju, k nastanku bolezni pa prispeva tudi genetski zapis posameznika. Bolezen je vse pogostejša v razvitem svetu. Kljub temu da obstoječa terapija zagotavja uspešen nadzor nad boleznijo, delež bolnikov, ki se na zdravila ne odzivajo, ostaja razmeroma velik. Zato je nujen nadaljnji razvoj v smeri odkrivanja novih načinov zdravljenja. Velik napredek na področju genetike astme so prinesle asociacijske študije na celotnem genomu (GWAs, ang. za genome wide association studies), saj so odkrile več novih potencialnih genov, ki vplivajo na pojav astme. V diplomskem delu smo naredili obsežen pregled literature, s pomočjo katere smo iz GWA študij izpisali potencialne gene in polimorfizme posameznega nukleotida (SNP, ang. za single nucleotide polymorphism), ki so pokazali povezavo z razvojem astme. Nato smo z orodji genske ontologije prišli do ožjega izbora SNP-jev, iz katerega smo izbrali najprimernejši SNP za analizo pri slovenskih bolnikih z astmo in zdravih posameznikih. Pri eksperimentalnem delu smo uporabili metodo PCR-HRM, s katero smo genotipizirali izbran SNP. Na podlagi asociacijske študije smo ugotovili, da izbran SNP na genu IL33 ni povezan z astmo pri slovenskih otrocih. Glede na te rezultate bi bilo smiselno, da se seznam genov, ki smo ga po uporabi orodij genske ontologije dobili, uporabili za nadaljnje analize v tej smeri tako, da se analizira tudi druge gene in njihove SNP-je. Tako bi dobili širšo sliko o tem, kako se razvije astma in kakšni dejavniki na to najbolj vplivajo. Glede na ta spoznanja bi lahko nadgradili in razvili nova zdravila in načine zdravljenja, ki bi vse več bolnikom omogočili boljše in kvalitetnejše življenje kljub obolelosti za astmo.
Keywords: astma, GWA študije, HRM metoda, IL33, orodja genske ontologije
Published in DKUM: 26.07.2017; Views: 2388; Downloads: 95
.pdf Full text (3,39 MB)

58.
Polimorfizmi v genih FAAH in ABHD4, vključenih v biološko pot endokanabinoidov anandaminov, pri bolnikih z otroško astmo
Davor Kresnik, 2017, undergraduate thesis

Abstract: V diplomskem delu smo analizirali povezave med izbranima polimorfizmoma posameznega nukleotida (SNP-ji) in bolniki z astmo, in sicer polimorfizem rs1384962, ki je v bližini gena ABHD4 ter rs3863641, ki je v bližini gena FAAH. Oba gena sta vključena v biološko pot endokanabinoidov anandaminov.. Preučevali smo vpliv polimorfizmov na klinične in laboratorijske parametre pri astmatikih, ki so prejemali terapijo s kortikosteroidi (CS) in antileukotrieni (AL). Analizo smo naredili na slovenskih otrocih z astmo in zdravih posameznikih. Izbrane SNP-je smo genotipizirali z metodo talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Naša študija je pokazala, da imajo bolniki z alelom G polimorfizma rs1384962 statistično značilno boljši odziv na terapijo s CS in AL kot bolniki z alelom A (p = 0.0017). Pri analizi polimorfizma rs3863641 pa smo ugotovili, da imajo boljši odziv bolniki z alelom A kot pa bolniki z alelom G (p = 0.0009). Nismo pa našli značilne razlike v frekvencah posameznih alelov in genotipov v polimorfizmu rs1384962 in rs3863641 med skupinami astmatikov, atopijskih astmatikov, neatopijskih astmatikov ter kontrolno skupino. V prihodnosti bi bilo zanimivo omenjena polimorfizma še podrobneje preučiti, da bi na ta način lahko uporabljali endokanabinoidni sistem kot tarčo za zdravljenje astme in da bi zdravljenje lahko prilagodili posamezniku glede na njegov genetski zapis.
Keywords: Astma, Endokanabinoidi, Anandamin, FAAH, ABHD4
Published in DKUM: 24.07.2017; Views: 931; Downloads: 92
.pdf Full text (1,39 MB)

59.
Relationship between genome and epigenome - challenges and requirements for future research
Geneviève Almouzni, Neža Grgurevič, Gregor Majdič, Uroš Potočnik, Janez Ilaš, 2014, short scientific article

Abstract: Understanding the links between genetic, epigenetic and non-genetic factors throughout the lifespan and across generations and their role in disease susceptibility and disease progression offer entirely new avenues and solutions to major problems in our society. To overcome the numerous challenges, we have come up with nine major conclusions to set the vision for future policies and research agendas at the European level.
Keywords: genome, epigenome, microbiome, environment
Published in DKUM: 28.06.2017; Views: 992; Downloads: 358
.pdf Full text (482,56 KB)
This document has many files! More...

60.
Single nucleotide polymorphisms as prognostic and predictive factors of adjuvant chemotherapy in colorectal cancer of stages I and II
Matej Horvat, Uroš Potočnik, Katja Repnik, Rajko Kavalar, Borut Štabuc, 2016, review article

Abstract: Colorectal cancer (CRC) is a highly heterogeneous disease regarding the stage at time of diagnosis and there is special attention regarding adjuvant chemotherapy in unselected patients with stage I and stage II. The clinicohistologically based TNM staging system with emphasis on histological evaluation of primary tumor and resected regional lymph nodes remains the standard of staging, but it has restricted sensitivity resulting in false downward stage migration. Molecular characteristics might predispose tumors to a worse prognosis and identification of those enables identifying patients with high risk of disease recurrence. Suitable predictive markers also enable choosing the most appropriate therapy. The current challenge facing adjuvant chemotherapy in stages I and II CRC is choosing patients with the highest risk of disease recurrence who are going to derive most benefit without facing unnecessary adverse effects. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are one of the potential molecular markers that might help us identify patients with unfavorable prognostic factors regarding disease initiation and recurrence and could determine selection of an appropriate chemotherapy regimen in the adjuvant and metastatic setting. In this paper, we discuss SNPs of genes involved in the multistep processes of cancerogenesis, metastasis, and the metabolism of chemotherapy that might prove clinically significant.
Keywords: single nucleotide polymorphism, colorectal cancer, adjuvant chemotherapy
Published in DKUM: 14.06.2017; Views: 1265; Downloads: 355
.pdf Full text (1,27 MB)
This document has many files! More...

Search done in 0.19 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica