| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


41 - 50 / 126
First pagePrevious page12345678910Next pageLast page
41.
Molekularna patogeneza revmatoidnega artritisa in osteoartritisa z uporabo genske ontologije
Anja Grušovnik, 2019, master's thesis

Abstract: Revmatoidni artritis in osteoartritis sta najpogosteje prisotni vrsti artritisa. Osteoartritis je primarno degenerativna bolezen sklepov, revmatoidni artritis pa je kronična avtoimunska bolezen. Obe bolezni sta z genetskega vidika kompleksni. Z revmatoidnim artritisom je do danes povezanih približno 100 lokusov, z osteoartritisom pa 64. Glavni namen naloge je bil s pomočjo uporabe asociacijskih študij, genske ontologije in bioinformatskih orodij odkriti molekularne biološke poti in procese, ki so odgovorni za nastanek in razvoj obeh bolezni ter jih med seboj primerjati. Dve izmed glavnih metod raziskovanja patofizologije sta genska ontologija in asociacijske študije celotnega genoma. Izvedena je bila meta-statistična analiza več polimorfizmov za obe bolezni. Uporabili smo različna bioinformatska orodja. Izdelana je bila tudi vizualizacija omrežij molekularnih interakcij in bioloških poti. Pri meta-statistični analizi izbranih polimorfizmov za osteoartritis je bil DVWA edini signifikanten gen, pri revmatoidnem artritisu pa PTPN22, CTLA4, STAT4, AFF3, CD40 in KIF5A. Rezultati programa DAVID so podali 2 signifikantna klastra za osteoartritis ter 13 signifikantnih klastrov za revmatoidni artritis. Bolezni si delita 260 skupnih ključev genske ontologije in 31 genov. Pri vizualiziranih mrežah bioloških poti smo lahko našli nekatere podobnosti, zlasti pri pozitivnih in negativnih regulacijah bioloških procesov; zanimive so bile tudi podobnosti znotraj imunskega sistema in ubikvitinacije. Naše domneve so tako bile utemeljene: z GWA študijami in pristopom genske ontologije smo lahko zbrali podatke in izpostavili pomembne biološke procese obeh bolezni ter jih med seboj primerjali. Izkazalo se je tudi, da so nekatere molekularne interakcije in biološke poti primerljive.
Keywords: GWAS, meta-statistična analiza, DAVID, Cytoscape, vizualizacija
Published in DKUM: 11.11.2019; Views: 1572; Downloads: 145  (1 vote)
.pdf Full text (4,85 MB)

42.
Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma
Lara Bezjak, 2019, master's thesis

Abstract: Izhodišče: Z razvojem visoko zmogljivih tehnologij sekvenciranja, ki so omogočile pridobitev velike količine podatkov iz bioloških vzorcev, je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov, vendar pa trenutno še ni soglasja o najprimernejšem postopku ali metodi za identifikacijo različno izraženih genov s tehnologijo sekvenciranja naslednje generacije (RNA-seq). Namen naloge je bil analizirati dva pristopa za analizo RNA-seq podatkov in njune rezultate validirati z zlatim standardom. Metode: V nalogi smo uporabili dva pristopa, edgeR (Robinson, et al., 2010) in limma (Ritchie, et al., 2015) -voom (Law, et al., 2014), ter njune rezultate preverili z metodo RT-qPCR. Z RT-qPCR smo preverili štiri gene, ki so imeli izračunane nasprotujoče si log2FC in p-vrednosti. Na koncu smo zbrane rezultate vseh treh metod analizirali s programskim orodjem SPSS. Rezultati: Rezultati Spearmanovega testa korelacije so pokazali močno korelacijo med izračunanimi log2FC in p-vrednostmi obeh pristopov, vendar je Wilcoxonov test pokazal, da se log2FC in p-vrednosti kljub temu statistično značilno razlikujejo glede na to, katero metodo smo uporabili. Tri gene, ki so se po metodah edgeR in voom najbolj razlikovali, smo analizirali z RT-qPCR in ugotovili, da dobljeni rezultati qRT-PCR bolj sovpadajo s pristopom voom kot z edgeR, kar je potrdil tudi Spearmanov test korelacije in Wilcoxonov test. Diskusija: Iz rezultatov smo zaključili, da je pristop voom primernejši, saj daje zanesljivejše rezultate kot edgeR kljub temu da smo imeli zelo majhen vzorec (3 posameznike za vsako skupino).
Keywords: RNA sekvenciranje, transkriptomika, R, RT-qPCR, bioinformatika
Published in DKUM: 11.11.2019; Views: 1251; Downloads: 189
.pdf Full text (1,59 MB)

43.
Vloga genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri nastanku in poteku multiple skleroze : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Martina Krušič, 2019, undergraduate thesis

Abstract: Multipla skleroza (MS) je kompleksna vnetna bolezen, ki prizadane osrednji živčni sistem. Bolniki so v povpečju stari med 20 in 40 let, za boleznijo pa pogosteje zbolevajo ženske. Točen vzrok nastanka sicer ni znan, vendar ga povezujemo z genetskimi dejavniki in vplivi iz okolja. K velikemu napredku v raziskovanju genetike MS so največ doprinesle asociacijske študije celotnega genoma (GWAS, ang. genome wide association studies), ki so do danes odkrile že več kot 100 lokusov, ki jih povezujemo z MS. Eden izmed znanih in pomembnih genetskih dejavnikov je tudi dejavnik tumorske nekroze. Pri pregledu objavljenih študij smo ugotovili močno statistično povezavo med SNP-ji rs1800693 (na genu TNFRSF1A), rs1077667 (na genu TNFSF14) in rs67297943 (na genu TNFAIP3) kot vzročnimi variantami, ki vplivajo na nastanek in potek MS. V okviru diplomske naloge smo omenjene SNP-je preiskovali na 180 slovenskih bolnikih obolelih z MS in 123 kontrolah. Za izbrane polimorfizme smo najprej načrtali začetne oligonukelotide, izvedli optimizacijo verižne reakcije s polimerazo (PCR) ter vzorce slovenskih bolnikov z MS in zdravih posameznikov genotipizirali z metodo analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Rezultati za SNP rs1800693 so pokazali, da je frekvenca alela G povišana pri bolnikih z MS (0,489) v primerjavi z zdravimi kontrolami (0,418), razlika pa ni statistično signifikantna (p=0,069). Za SNP rs1077667, ki je lociran na genu TNFSF14, smo ugotovili povišano frekvenco alela A pri bolnikih z MS (0,279) v primerjavi z zdravimi posamezniki (0,215), za ta polimorfizem pa smo ugotovili tudi statistično značilne razlike v frekvenci genotipov glede na spol (p=0,042). Za SNP rs67297943 nismo odkrili statistično značilnih razlik med skupinami. Rezultati naše študije nakazujejo na vlogo genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri poteku in nastanku MS v slovenski populaciji.
Keywords: multipla skleroza, TNFRSF1A, TNFSF14, TNFAIP3, polimorfizmi
Published in DKUM: 10.10.2019; Views: 1309; Downloads: 150
.pdf Full text (2,34 MB)

44.
Vloga polimorfizmov v genih matriksnih metaloproteinaz pri raku dojk : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Petra Berlak, 2019, undergraduate thesis

Abstract: Rak dojke je kompleksna, delno dedna bolezen, ki je v razvitem svetu še vedno najpogostejši rak pri ženskah. Medtem ko se je zunanjim dejavnikom, ki vplivajo na nastanek raka dojke mogoče do neke mere izogniti, pa se genetskim dejavnikom žal ni. Ker je genov, katerih okvara je kriva za nastanek bolezni veliko, je potrebno tudi veliko število študij in raziskav, saj je še veliko informacij neodkritih. Ključnega pomena je, da se izboljša dosedanja baza podatkov, saj to vodi k boljšemu razumevanju poteka same bolezni in posledično k bolj učinkovitemu zdravljenju, prilagojenemu samemu bolniku. Veliko vlogo pri samem poteku raka dojke imajo tudi polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP), ki so variacija zaporedja DNK, ki se pojavi, ko se en sam nukleotid v genomu razlikuje med osebki iste biološke vrste. Pri preiskovanju teh polimorfizmov je zelo uspešna metoda asociacijske študije. V diplomski nalogi smo se osredotočili na polimorfizme SNP v genih matriksnih metaloproteinaz, ki so se izkazale kot pomembne pri raku dojk. Naš cilj je bil najti in razumeti vpliv polimorfizmov na nastanek same bolezni in njihovo vlogo v celotnem procesu zdravljenja. V študijo je bilo vključenih 77 slovenskih bolnic z rakom dojke in 123 zdravih posameznikov kot kontrolna skupina. Iz krvnih limfocitov bolnic z rakom dojke ter iz kontrol smo izolirali DNK na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme na genih MMP1 (rs1799750 ter rs498186), MMP2 (rs243865), MMP3 (rs650108), MMP7 (rs11568818) ter MMP9 (rs3918242 ter rs17577). Genotipizacijo izbranih polimorfizmov smo izvedli z metodama PCR-RFLP ter qPCR-HRM. Nadalje smo izvedli statistično analizo podatkov s programom SPSS, kjer smo iskali povezavo med polimorfizmi in boleznijo s primerjavo frekvence genotipov in alelov bolnic in zdravih kontrolnih posameznikov. Ugotovili smo, da sta pri slovenskih bolnicah z rakom dojk povezana polimorfizma na genih MMP1 in MMP9. V primeru SNP-ja rs1799750 na genu MMP1 smo iz rezultatov ugotovili, da je delecija alela C pri tem polimorfizmu povezana z boleznijo, v primeru SNP-ja rs17577 na genu MMP9 pa smo ugotovili, da je bolezenski alel A.
Keywords: rak dojke, SNP, genotipizacija, asociacijska študija
Published in DKUM: 10.10.2019; Views: 1246; Downloads: 142
.pdf Full text (1,80 MB)

45.
Genetska in farmakogenetska analiza genov iz družine dejavnika tumorske nekroze pri revmatoidnem artritisu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Danijela Cole, 2019, undergraduate thesis

Abstract: Revmatoidni artritis (v nadaljevanju RA) je avtoimunska bolezen, ki jo povzročajo različni dejavniki. Prizadene približno 1% odraslih v Sloveniji in po svetu, najpogostejše med njimi so ženske. Gre za heterogeno, kronično vnetno bolezen, katera napade sklepe oz. sinovinalno tkivo. Bolezen je posledica delovanja tako okoljskih kot genetskih dejavnikov. Za zdravljenje so najbolj učinkovita biološka zdravila, večina deluje na principu zaviranja dejavnika tumorske nekroze (TNF). Namen naše diplomske naloge je bil poiskati povezave med izbranimi polimorfizmi v genih iz družine TNF in nastankom RA ter odgovor na terapijo pri RA. V nalogi smo se osredotočili na slovensko populacijo, na voljo smo imeli 276 vzorcev bolnikov z RA ter 123 zdravih posameznikov, na katerih smo z metodo verižne reakcije s polimerazo, ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP), ter analizo taljenja visoke ločljivosti (HRM) genotipizirali izbrane polimorfizme posameznega nukleotida (SNP-je) v genu TRAF1 (rs3761847) ter v regiji gena TNFAIP3 (rs6920220). Nadalje smo primerjali alelne in genotipske frekvence analiziranih SNP-jev med bolniki z RA ter zdravimi posamezniki ter glede na klinične podatke. V okviru diplomske naloge smo potrdili statistično značilno povezavo SNP-ja rs6920220 z nastankom RA ter povezavo tega SNP-ja z odgovorom na terapijo, pri čemer je alel A tisti, ki je povišan v skupini bolnikov v primerjavi z zdravimi posamezniki ter je povezan s slabšim odgovorom. Prav tako smo nakazali na morebitno vlogo SNP-ja rs3761847 v genu TRAF1 pri nastanku RA. Tako smo v okviru dela potrdili povezavo genov iz družine dejavnika tumorske nekroze z nastankom in potekom RA v slovenski populaciji ter s tem prispevali nov potencialni biooznačevalec nastanka in poteka RA v slovenski populaciji.
Keywords: Revmatoidni artritis, faktor tumorske nekroze, genetika RA, farmakogenetska analiza, SNP
Published in DKUM: 10.10.2019; Views: 1015; Downloads: 86
.pdf Full text (2,37 MB)

46.
Analiza bioloških poti povezanih z odgovorom na biološko terapijo pri bolnikih z multiplo sklerozo z uporabo orodij genske ontologije : magistrsko delo
Suzana Stokić, 2019, master's thesis

Abstract: Multipla skleroza (MS) je najbolj pogosta kronična avtoimuna bolezen centralnega živčnega sistema. Epidemiološki podatki kažejo, da tako genetski kot tudi okoljski dejavniki prispevajo k tveganju za razvoj MS. Zdravljenje se navadno začne z biološkimi zdravili interferoni beta (INF-beta) in glatiramer acetat (GA). Iz literature je razvidno, da 30-50 % bolnikov ne odgovarja na terapijo prvega reda, na kar vplivajo tudi razlike v genetski variabilnosti med posamezniki. Zato je zelo pomembno identificirati biooznačevalce, s katerimi bi lahko napovedali odziv na terapijo še pred zdravljenjem ter s tem zmanjšali stranske učinke in dosegli maksimalno učinkovitost in varnost v zgodnji fazi bolezni. V tem magistrskem delu smo želeli s pomočjo spletnih podatkovnih zbirk ter z ustreznimi bioinformatskimi orodji in orodji genske ontologije raziskati farmakogenomiko MS, na podlagi pridobljenih podatkov predpostaviti molekularno biološko pot odziva na farmakološko zdravljenje ter poiskati skupne biološke mehanizme, ki napovedujejo najboljši odziv na zdravljenje MS. Pri zdravljenju z INF-beta so se pokazale kot pomembne biološke poti signalna pot interferona tipa 1, celični odgovor na interferon tipa 1 ter odgovor na interferon tipa 1, kar je smiselno glede na samo zdravilo, vendar smo opazili, da te poti vključujejo le malo genov, ki bi lahko sodelovali pri odzivu. Pri zdravljenju z GA pa so ključne biološke poti imunski odziv, proces imunskega sistema ter citokine signalne poti. Gene povezane z odzivom na zdravljenje smo povezali v mrežo, s katero smo dobili vpogled v proteinsko povezavo med posameznimi geni. Iz mrež je razvidno veliko več povezav kot smo pričakovali, kar pomeni, da imajo proteini več interakcij sami med seboj kot bi to pričakovali od naključnega seta. Poleg tega so geni, povezani z odzivom na zdravljene z določenim biološkim zdravilom, prav tako vključeni še v druge biološke poti povezane s sami imunskim sistemom in njegovo kompleksnostjo.
Keywords: multipla skleroza, zdravljenje MS, biološka zdravila, INF-beta, GA, humana monoklona protitelesa, genska ontologija, GWA študije
Published in DKUM: 04.09.2019; Views: 1589; Downloads: 110
.pdf Full text (2,22 MB)

47.
Optimizacija izolacije DNK iz tkivnih vzorcev ter analiza somatskih mutacij pri bolnicah z rakom dojk : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Janina Gea Cvikl, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Rak dojk je biološko in molekularno heterogena bolezen, zato je identifikacija podtipa ključna za pravilno izbiro zdravljenja. Pri tem nam pomagajo tudi somatske mutacije, to so mutacije DNK v somatskih celicah, ki lahko vodijo v razvoj tumorja. Analiza somatskih mutacij v tkivnih vzorcih predstavlja velik izziv. Zato je bil cilj diplomske naloge optimizirati postopek izolacije iz različnih tipov tkivnih vzorcev ter analizirati izbrane somatske mutacije v genih, najpogosteje povezanih z nastankom raka dojk. V prvem delu diplomske naloge smo se osredotočili na izolacijo DNK iz treh različnih tipov vzorcev in sicer iz krvnih limfocitov s fenol-kloroformno ekstrakcijo, iz sveže zamrznjenih tkiv, shranjenih v raztopini RNAlater s predhodno homogenizacijo tkiva ter nadaljno fenol-kloroformno ekstrakcijo, ter iz tkivnih vzorcev vpetih v parafin z uporabo komercialno dostopnega kompleta reagentov. Pri evalvaciji metod smo upoštevali parametre, kot so koncentracija, izkoristek, čistost in integriteta DNK, metode izolacije pa smo ovrednotili tudi stroškovno in časovno, ter primerjali intenziteto dela. Za določanje koncentracije, izkoristka in čistosti izolirane DNK smo uporabili spektrofotometrične meritve, za določevanje integritete DNK pa metodo gelske elektroforeze. Nadalje smo želeli optimizirati genotipizacijo vzorcev za izbrane somatske mutacije na genih BRCA1 (rs55770810), TP53 (rs587778720) in BRCA2 (rs8035971). Pri genotipizaciji smo uporabljali metodi PCR-RFLP in qPCR-HRM. V okviru diplomske naloge smo uspešno izolirali DNK iz vseh treh tipov vzorcev, pri čemer smo najvišji izkupiček in integriteto DNK pričakovano dosegli pri DNK, izolirani iz krvnih limfocitov, vendar je bila čistost izolirane DNK najnižja. Stroškovna in časovna analiza je pokazala, da je postopek izolacije DNK iz tkiva vpetega v parafin najdražji, vendar najhitrejši in najmanj zahteven postopek, predvsem v primerjavi z izolacijo DNK iz svežih tkiv. Pri analizi izbranih somatskih mutacij smo za SNP rs587778720 potrdili večjo frekvenco patogenega alela v somatskih celicah kot v DNK, izolirani iz krvnih vzorcev. Genotipizacija SNP-jev rs55770810 in rs8035971 je bila neuspešna. Oba SNP-ja se nahajata na delu DNK, kjer zaradi velike variabilnosti regije prihaja do številnih drugih variacij, ki interferirajo z genotipizacijo izbranega SNP-ja.
Keywords: rak dojk, SNP, genotipizacija, izolacija DNK, somatske mutacije
Published in DKUM: 12.07.2019; Views: 1675; Downloads: 114
.pdf Full text (3,12 MB)

48.
Povezava genov odgovornih za delovanje hormonov in hormonskih receptorjev, z odzivom na hormonsko uravnavanje folikulogeneze
Maruška Čuš, 2019, doctoral dissertation

Abstract: Cilj študije je bil raziskati, ali so posamezni polimorfizmi (SNP) v izbranih genih, ki so odgovorni za hormonsko uravnavanje folikulogeneze, povezani z odzivom na nadzorovano prekomerno spodbujanje ovulacije in kliničnimi značilnostmi žensk, vključenih v postopek oploditve z biomedicinsko pomočjo (OBMP). V raziskavo smo vključili šestdeset preiskovank, ki so bile vključene v postopek zdravljenja neplodnosti s postopkoma IVF (zunajtelesna oploditev) ter ICSI (neposredni vnos semenčice v citoplazmo jajčne celice). Pred postopkom OBMP smo preiskovankam določili serumske vrednosti hormonov FSH, LH in AMH. Kri za določitev vrednosti serumskega LH in FSH je bila odvzeta drugi oziroma tretji dan menstruacijskega ciklusa. Vrednosti E2 smo določali na dan aplikacije hCG. Preiskovanke smo razvrstili v tri skupine glede na odziv hormonskega spodbujanja ovulacije; slabo odzivne (glede na bolonjska merila), normalno odzivne (≤ 15 jajčnih celic) in prekomerno odzivne preiskovanke (> 15 jajčnih celic). Gensko izražanje smo izmerili genom FSHR, AMH, LHCGR, AR in BMP6. Genotipizacijo smo izvedli za polimorfizme rs10407022 v genu AMH; rs1394205 in rs6166 v genu FSHR; rs3741664 v genu AMH in rs2234693 v genu ESR1. Bazalni FSH (bFSH), estradiol (E2) in anti-Müllerjev hormon (AMH) so bili izmerjeni z encimsko povezanim imunosorbentnim testom (ELISA). Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs1394205 so imele značilno nižjo raven AMH (P = 0,016) in so tako zahtevale višji odmerek rFSH v jajčni celici v primerjavi s preiskovankami z AA- ali AG-genotipom (P = 0,036). Ugotovili smo tudi večjo pogostnost genotipa GG rs1394205 pri preiskovankah s slabim odzivom (76,5 %) v primerjavi s tistimi, ki so se odzvale prekomerno (37,5 %; P = 0,002). Preiskovanke z genotipom AA polimorfizma rs6166 so imele višjo raven izmerjenega bFSH v primerjavi s tistimi z genotipi AG ali GG (P = 0,043). Preiskovanke z genotipom GG polimorfizma rs3741664 so potrebovale višji odmerek rFSH v primerjavi s preiskovankami, ki so imele genotip AA ali AG (P = 0,028). Genotip GG polimorfizma rs1394205 je povezan z napovedano vrednostjo za slabo odzivnost jajčnikov na KOH. Pacientke s tem genotipom potrebujejo višje odmerke rFSH za indukcijo ovulacije.
Keywords: hormonsko spodbujanje ovulacije, polimorfizem posameznega nukleotida, FSHR, AMHR, genotipizacija
Published in DKUM: 07.06.2019; Views: 1493; Downloads: 91
.pdf Full text (1,61 MB)

49.
Uporaba javno dostopnih podatkovnih zbirk in bioinformatičnih orodij za analizo genskega izražanja pri sistemski sklerozi
Katjuša Mrak Poljšak, 2019, master's thesis

Abstract: Izhodišča: Sistemska skleroza (SSc) je kronična sistemska avtoimunska bolezen vezivnega tkiva. Patogeneza bolezni še ni popolnoma poznana. Pogost vzrok smrti pri bolnikih s SSc je intersticijska pljučna bolezen. Naš namen je bil z uporabo javno dostopnih podatkovnih baz in bioinformatičnih orodij ugotoviti značilen profil izražanja genov in vpletenost različnih celičnih tipov v razvoju fibroze pri bolnikih s SSc s pridruženo intersticijsko pljučno boleznijo (SSc-ILD). Raziskovalne metode: Za analizo podatkov genskega izražanja fibroblastov, izoliranih iz pljučnega tkiva, in celic celotnega pljučnega tkiva bolnikov smo uporabili program BRB-ArrayTools. V drugem delu smo s pomočjo bioinformatičnih orodij String in Reactome raziskali proteinske interakcije genov s spremenjenim izražanjem in jih analizirali glede na vpletenost v signalne poti. Rezultati: V analizi genskega izražanja pljučnih fibroblastov smo dokazali moteno regulacijo genov, vpletenih v procese fibroze. Z analizo pljučnega tkiva smo dokazali moteno regulacijo genov izvenceličnega matriksa, poti TGF-β in znižano izražanje citokinov, kemokinov in njihovih receptorjev. Ugotovili smo možne vplive različnih miRNA in transkripcijskih faktorjev družine NFkB, STAT in JUN na transkriptom fibroblastov ter vpliv PPAR in RAR na transkriptom celic pljučnega tkiva. Ugotovili smo epigenetski vpliv na celično proliferacijo, angiogenezo in izražanje signalne poti TGF-β prek hsa-miR-132 miRNA v celicah pljučnega tkiva. Diskusija in zaključek: Dokazali smo pomembno spremenjeno izražanje imunoglobulinov, kar kaže na pomembno vlogo celic B v pljučnem tkivu bolnikov v patogenezi bolezni, in ugotovili, da so geni, pomembno spremenjeni v fibroblastih, predvsem vpleteni v celično proliferacijo, geni drugih celic pljučnega tkiva pa so v veliki meri vključeni v mehanizme imunskega sistema in celične signalizacije, kar ponuja potencialne nove tarče za zdravljenje.
Keywords: fibroza, fibroblasti, pljučno tkivo, imunski sistem, epigenetika.
Published in DKUM: 29.05.2019; Views: 1331; Downloads: 95
.pdf Full text (5,33 MB)

50.
Optimizacija procesiranja vzorcev sline pri raku glave in vratu za študije bioloških označevalcev
Teja Ermenc, 2018, undergraduate thesis

Abstract: Namen diplomske naloge je bil optimizirati pridobivanje genetskega materiala iz vzorcev sline pri bolnikih z rakom glave in vratu za analizo bioloških označevalcev. Ustna tekočina oz. slina vsebuje genetski material, celice in različne molekule, ki lahko odražajo bolezenske spremembe. Zaradi tega bi lahko ustna tekočina služila kot stroškovno učinkovita in manj invazivna alternativa biopsiji za zgodnje odkrivanje raka. Za izolacijo nukleinskih kislin in proteinov iz krvi obstaja na Centru za humano genomiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru že ustaljen postopek, za izolacijo iz sline pa ta še ni bil vzpostavljen. V nalogi smo želeli pripraviti laboratorijske protokole za učinkovito pridobivanje nukleinskih kislin in proteinov iz izpirkov ustne votline s TRI-reagentom. V ta namen smo na vzorcih moje sline testirali različne izolacijske pogoje, kot so različna količina sline, različne količine reagentov, izolacija iz ustnega izpirka ali iz peleta ustnega izpirka. Ugotovili smo, da je iz peletiranega izpirka možno izolirati tako DNA kot RNA, vendar je RNA slabše kvalitete in vsebuje precej razgradnih produktov, najverjetneje zaradi delovanja ribonukleaz v slini. Vzpostavljen postopek izolacije smo nato uporabili na vzorcih izpirkov ustne votline bolnikov z rakom glave in vratu. Po pričakovanjih so izolati DNA in RNA kazali precejšnjo stopnjo razgradnje, saj so vzorci pred zamrznjenjem nekaj časa čakali na sobni temperaturi v zdravniški ordinaciji. Izolati DNA so bili dovolj kvalitetni za genotipizacijo in metilacijske analize, integriteta RNA pa je bila prenizka za analize genske ekspresije. Predvidevamo, da bi z odvzemanjem izpirkov neposredno v stabilizacijsko raztopino lahko izboljšali kvaliteto izolatov.
Keywords: rak glave in vratu, biološki označevalci, izolacija iz sline, metilacija
Published in DKUM: 05.10.2018; Views: 1215; Downloads: 151
.pdf Full text (1,71 MB)

Search done in 0.59 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica