| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


21 - 30 / 126
First pagePrevious page12345678910Next pageLast page
21.
Vpliv retinojske kisline atra na izražanje gena HER3 pri celični liniji raka glave in vratu FaDu : magistrsko delo
Davor Babič, 2022, master's thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, v katere sodijo raki iz različnih predelov glave in vratu. Več kot 90 % rakov glave in vratu se razvije iz enostavnega enoskladnega epitela (angl. squamous epithelium, SE), ki tvori sluznico ustne in nosne votline ter grla in žrela, zato takšne rake imenujemo ploščatocelični raki glave in vratu (angl. Head and Neck Squamos Cell Carcinoma, HNSCC). Število obolelih s HNSCC vsako leto narašča. V letu 2020 je bilo 931.000 ljudem diagnosticiran HNSCC, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Molekularna patogeneza HNSCC je zapleten proces, ki obsega genetske, epigenetske in okoljske dejavnike ter številne signalne poti. Pomembno vlogo pri razvoju HNSCC imajo receptorji tirozinskih kinaz, med katere spada tudi receptor ERBB3/HER3. HER3 vpliva na celično proliferacijo, diferenciacijo in preživetje. HER3 je povišano izražen pri večini HNSCC bolnikov in pri bolnikih s ponovljenim rakom po zdravljenju. Povišano izražanje HER3 pa zmanjšuje tudi učinkovitost zdravljenja s kemoterapijo. Aktivni metabolit ATRA uravnava celično diferenciacijo in apoptozo ter zavira rast rakavih celic. ATRA se uporablja za zdravljenje akutne promielocitne levkemije (angl. Acute Promyelocytic Leukemia, APL) pri odraslih in nevroblastomov pri otrocih. Pri raku dojk ATRA zavira izražanje HER3, medtem ko njen vpliv na izražanje HER3 pri HNSCC ni poznan. V magistrski nalogi smo proučili vpliv matabolita ATRA na izražanje mRNA za receptor HER3 in alternativnega prepisa za topno beljakovino p22-sERBB3 ter na celično rast, metabolizem in smrt pri celični liniji HNSCC FaDu. Celice FaDu smo izpostavili 2,5 M raztopini ATRA in spremljali celično rast/proliferacijo in preživetje v obdobju od 24 ur do 96 ur po nasaditvi. Metabolno aktivnost smo izmerili z uporabo reagenta MTT 72 ur po tretiranju. Izražanje HER3 smo izmerili z RT-qPCR 72 ur po tretiranju. Tretiranje z metabolitom ATRA je statistično značilno zmanjšalo rast/proliferacijo (p< 0,001) celic FaDu in njihovo metabolno aktivnost (p< 0,01), ni pa imelo vpliva na viabilnost in preživetje celic. Celice, ki so bile izpostavljene metabolitu ATRA 72 ur so imeli statistično značilno (p<0,001) znižano izražanje receptorja HER3 in krajšega prepisa p22-sERBB3. Naši rezultati potrjujejo protitumorske učinke metabolita retinojske kisline ATRA na celično rast in metabolizem in kažejo, da znižuje izražanje receptorja HER3 pri HNSCC. Metabolit retinojske kisline ATRA bi v prihodnje lahko vključili v protokole zdravljenja rakov glave in vratu, vendar je njegove učinke potrebno preveriti še in vivo v kliničnih študijah.
Keywords: rak glave in vratu, FaDu, HER3, ATRA, RT-qPCR
Published in DKUM: 09.09.2022; Views: 498; Downloads: 34
.pdf Full text (2,63 MB)

22.
Izražanje izooblik mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Anja Vrbek, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Receptor ERBB3 (angl. erb-b2 receptor tyrosine kinase 3) uravnava rast, proliferacijo, preživetje celic in angiogenezo. Njegovo spremenjeno aktivnost povezujejo z nastankom in razvojem raka glave in vratu (angl. head and neck cancer - HNC). Gen ERBB3 zraven receptorja ERBB3 kodira še manjše topne, sekretorne beljakovine (sERBB3), katerih vloga v patogenezi HNC ni povsem pojasnjena. Za boljšo pojasnitev vloge ERBB3 in sERBB3 pri HNC, smo v diplomski nalogi na vzorcu 34 bolnikov z RT-qPCR proučili izražanje mRNA za receptor ERBB3 in sekretorno beljakovino velikosti 22 kDa p22-sERBB3 ter njuno izražanje opisali iz stališča klinično-patoloških značilnosti HNC. Tako ERBB3 kot p22-sERBB3 sta bila izražena v tumorskem in zdravem tkivu, pri čemer je bilo za tumorsko tkivo značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,001) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom. Prav tako je bilo izražanje ERBB3 višje (p < 0,001) od izražanja p22-sERBB3. Ugotovili smo tudi pozitivno korelacijo med izražanjem ERBB3 in p22-sERBB3 tako v tumorskem (p = 0,001) kot zdravem (p = 0,001) tkivu. Izražanje p22-sERBB3 je bilo višje (p < 0,05) pri rakih ustne votline z ustnicami v primerjavi z raki grla in žrela. Za razliko od p22-ERBB3 pa vpliva mesta nastanka tumorja na izražanje ERBB3 nismo ugotovili. Parcialna analiza izražanja ERBB3 je pokazala na višje izražanje ERBB3 v zdravem kot tumorskem tkivu pri rakih grla (p < 0,05) in žrela (p < 0,001), ne pa pri rakih ustne votline z ustnicami. Tumorji z limfovaskularno invazijo so imeli statistično značilno nižje izražanje ERBB3 (p < 0,05) in p22-sERBB3 (p < 0,05) v tumorskem kot zdravem tkivu, medtem ko pri tumorjih brez limfovakularne invazije omenjenih razlik nismo ugotovili zaradi povišanega izražanja ERBB3 oziroma p22-sERBB3 v tumorskem tkivu. Pri tumorjih brez HPV-16 je bilo izražanje ERBB3 nižje (p < 0,05) v primerjavi z zdravim tkivom, ta razlika pa pri tumorjih, okuženih s HPV-16, ni bila prisotna zaradi povišanega izražanja ERBB3 v tumorskem tkivu. Analiza izražanja ERBB3 in p22-sERBB3 po stadijih tumorjev je pokazala, da so bolj razviti raki imeli višje izražanje ERBB3 (cT3: p < 0,01; cT4: p < 0,05; pT2: p < 0,05; pT3: p < 0,01; pT4: p < 0,05) in p22-sERBB3 (cT4 in pT4, oba p < 0,05) v zdravem kot tumorskem tkivu. Vpliva kajenja in uživanja alkohola na izražanje ERBB3 in p22-sERBB3 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Naši rezultati kažejo na vlogo mRNA za topno, sekretorno beljakovino p22-sERBB3 pri patogenezi raka glave in vratu. Izražanje ERBB3 je bilo pri tumorjih raka glave in vratu znižano v primerjavi z zdravim tkivom, na njegovo izražanje pa so vplivali prisotnost limfovaskularne invazije, gradus tumorja in okužba s HPV-16.
Keywords: ERBB3, p22-sERBB3, rak glave in vratu, HPV-16, invazija, RT-qPCR
Published in DKUM: 05.04.2022; Views: 680; Downloads: 63
.pdf Full text (5,65 MB)

23.
Genska ontologija za odkritje molekularno bioloških poti in procesov, povezanih s siringomielijo in chiari podobno malformacijo pri domačem psu
Tjaša Pečovnik, 2022, master's thesis

Abstract: Uvod: Siringomielija (SM) in Chiari podobna malformacija (CPM)sta dve pogosti bolezni, ki se pojavljata pri domačem psu in najpogosteje prizadeneta pse pasme Cavalier King Charles španjel (CKCS) in bruseljski grifon (BG). Bolezni predstavljata problem čistokrvne reje miniaturnih pasem. CKCS je pasma, pogosto podvržena boleznim mitralne zaklopke, več kot 50% psov pasme CKCS pa naj bi trpelo za SM Metode: S pomočjo do sedaj opravljenih raziskav, genske ontologije in bioinformacijskih pristopov smo odkrili molekularno biološke poti, ki bi lahko v prihodnosti prispevale k oblikovanju novih smernic za raziskave CPM in SM.CPM kot SM smo obravnavali kot ločeni bolezni in za vsako naredili ločeno analizo genske ontologije. Podrobneje smo si pogledali termine GO z visoko stopnjo statistične značilnosti. Rezultati: S CPM smo povezali 3 gene, ki so bili omenjeni v literaturi (CDX1, FBNI, CSKD1) in 3 gene za SM (ILR6, PCDH17, ZWINT). Za konec smo preverili ali si bolezni delita skupne termine genske ontologije, pri čemer smo dobili 6 skupnih terminov, ki niso dovolj izčrpni, da bi jih lahko uporabili v nadaljnjih analizah. Sklep in razprava: Potrdili smo ujemanje genov z posameznima boleznima, kar lahko služi kot smernica za nadaljnje analize. Laboratorijske raziskave, bi lahko bile naslednji korak, ki bi podale globlje informacije izbrane kompleksne bolezni.
Keywords: genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes. genska ontologija, siringomielija, Chiari podobna malformacija, domači pes.
Published in DKUM: 15.02.2022; Views: 655; Downloads: 56
.pdf Full text (1,69 MB)

24.
Subklinična ateroskleroza pri bolnikih z recidivno-remitentno obliko multiple skleroze – pomen klasičnih dejavnikov tveganja, vnetja in genetskih polimorfizmov
Tomaž Omerzu, 2021, doctoral dissertation

Abstract: Multipla skleroza (MS) je kronična in vnetna bolezen osrednjega živčevja. Vnetje je prisotno v vseh stopnjah multiple skleroze in lahko povzroči dovzetnost za razvoj subklinične ateroskleroze. Ateroskleroza je zapleten proces z etiologijo, ki zajema več dejavnikov in vključuje vnetne, fibroproliferativne in angiogene odzive. Gre za kronični vnetni proces arterijske (žilne) stene in debelina karotidne intimne medije (IMT) velja za njen zgodnji označevalec. Namen te študije je bil primerjati subklinično aterosklerozo, vlogo vnetnih citokinov in pomen genetskih polimorfizmov med skupino bolnikov z recidivno-remitentno multiplo sklerozo (RR MS) in skupino zdravih posameznikov, ki so primerljivimi po starosti in spolu.
Keywords: multipla skleroza, ateroskleroza, debelina karotidne intime medije, cistatin C, intelevkin 6, genetski polimorfizmi
Published in DKUM: 31.01.2022; Views: 860; Downloads: 123
.pdf Full text (3,74 MB)

25.
Primerjava bioinformatskih orodij za anotacijo podatkov eksoma pridobljenih z dna sekvenciranjem naslednje generacije
Miklavž Toplak, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: Genomska anotacija je ključen korak po sekvenciranju DNA, saj nam pomaga identificirati ključne funkcionalne elemente nukleotidnega zaporedja ter nam s tem priskrbi pomen nukleotidnega zaporedja, ki nas zanima. Eksom je definiran kot nukleotidno zaporedje, ki obsega vse eksome vseh genov, ki kodirajo proteine v genomu. Eksom predstavlja med 1 in 2 % celotnega genoma, vsebuje pa kar 85 % znanih različic, ki povzročajo bolezni. Metode: V empiričnem delu naloge smo v začetku zbrali vsa izbrana orodja za anotacijo in jih naložili na naš namizni računalnik, nato pa smo z vsakim od orodij izvedli anotacijo na podatkih pridobljenih v laboratoriju Centra za humano molekularno genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete Univerze v Mariboru s sekvenciranjem naslednje generacije DNA izoliranih iz 24 bolnikov. Podatke sekvenciranja eksoma v VCF formatu smo analiziraliz bioinformatskimi orodji ANNOVAR, Exomiser, VarAFT, SnpEff in Ensembl VEP. Vsa orodja z izjemo VarAFT so orodja, ki se zaganjajo iz ukaznega poziva, medtem ko VafAFT deluje kot samostojna aplikacija. Ko smo zaključili z anotacijo vseh vzorcev, smo v teh anotiranih vzorcih skušali poiskati vzročne mutacije, ki smo jih pridobili predhodno, pri čemer smo uporabili tudi orodje za filtriranje SnpSift. Rezultati: Rezultati anotacije z izbranimi orodji so se med posameznimi orodji nekoliko razlikovali pri vrednostih vmesnih parametrov, ki jih orodja izračunajo na podlagi svojih algoritmov, medtem ko smo pri zaznavanju tipov in lokacij različic ter tega, kaj določena različica povzroči, dobili dokaj podobne rezultate. Rezultati primerjave orodij, ki smo jo izvedli na podlagi tega, ali je orodje zaznalo vzročno mutacijo v vzorcu, pa so nam pokazali, da se orodja med seboj kar precej razlikujejo, saj je orodje ANNOVAR zaznalo 50 % vseh vzročnih mutacij, VarAFT 35,7 %, Exomiser 28,5 %, medtem ko sta orodji SnpEff in VEP zaznali le 21,4 % vseh vzročnih mutacij. Diskusija: Ugotovili smo, da je bilo orodje ANNOVAR najuspešnejše pri zaznavanju vzročnih mutacij. Zaradi majhnega števila vzorcev (14 vzročnih mutacij v 24 vzorcih) bo rezultate naše primerjave učinkovitosti preiskovanih orodij potrebno potrditi še na večjem številu vzorcev.
Keywords: NGS, anotacija, bioinformatika, eksom
Published in DKUM: 10.01.2022; Views: 1033; Downloads: 95
.pdf Full text (7,93 MB)

26.
Kontrola kvalitete podatkov pridobljenih z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov
Ana Konrad, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: V raziskavah z uporabo mikromrež lahko različni faktorji vodijo do uvedbe sistematičnih pristranskosti in napak v študiji, zato je pomemben korak v vsaki raziskavi kontrola kvalitete podatkov. Z njo se odstranijo napačni ali pomanjkljivi podatki, kot so lažno pozitivne in negativne vrednosti, ki lahko pomembno vplivajo na rezultate analize. S predhodno izvedbo kontrole kvalitete lahko zagotovimo zanesljivejše končne rezultate analiz. V naši nalogi smo želeli dokazati pomembnost kontrole kvalitete pri podatkih za tri različne bolezni, ki smo jih pridobili z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov, tako da smo primerjali rezultate asociacijskih analiz pred opravljeno kontrolo podatkov in po njej. Metode: Za asociacijsko analizo in kontrolo kvalitete podatkov smo uporabili program PLINK in programski jezik R. Rezultate pred kontrolo kvalitete in po njej smo grafično predstavili ter izračunali genomski inflacijski faktor lambda. Razliko med rezultati asociacijskih analiz smo statistično ovrednotili z Wilcoxonovim testom predznačenih rangov. Rezultati: Z Wilcoxonovim testom predznačenih rangov smo ugotovili, da se rezultati asociacijskih analiz, pridobljeni pred kontrolo kvalitete podatkov in po njej statistično značilno razlikujejo (p-vrednost za bolezen 1 < 2,2 × 10-16, p za bolezen 2 = 0,0003181 in p za bolezen 3 < 2,2 × 10-16). Razliko med podatki asociacijskih analiz, pridobljenimi pred kontrolo podatkov in po njej, smo dokazali tudi z grafičnim prikazom lambda vrednosti, iz katerega je razvidno, da je lambda vrednost po kontroli kvalitete bližje 1, kar pomeni, da smo uspešno odstranili lažno pozitivne in negativne vrednosti. Razprava in sklep: V nalogi smo dokazali, da kontrola kvalitete močno vpliva na končne rezultate analize in je zato zelo pomemben korak v analizi podatkov, pridobljenih z mikromrežami za genotipizacijo DNA polimorfizmov.
Keywords: kontrola kvalitete, mikromreže, asociacijska analiza, PLINK, R
Published in DKUM: 24.12.2021; Views: 573; Downloads: 38
.pdf Full text (1,15 MB)

27.
Genetski polimorfizmi in izražanje kandidatnih genov pri bolnikih s kronično ledvično boleznijo
Špela Šalamon, 2021, doctoral dissertation

Abstract: Kronično ledvično bolezen (KLB) še vedno pogosto obravnavamo kot samo eno izmed pridruženih bolezni pri multimorbidnih bolnikih. Ker je bolezen do poznih faz tipično klinično nema, je mnogokrat ne odkrijemo in zdravimo pravočasno. Pri nekaterih bolnikih hitro napreduje do končne ledvične odpovedi, tako da postanejo odvisni od nadomestnega zdravljenja. To prinaša za bolnike zaplete in slabšo kvaliteto življenja, za zdravstvene sisteme in svojce pa obremenitve in stroške. Ker se bolezen pojavlja pretežno pri starejših bolnikih, jih ob počasnem poteku velika večina umre iz drugih razlogov, preden bi prišlo do končne odpovedi ledvic. Bolezen napreduje z zelo različno hitrostjo, tudi pri bolnikih, ki imajo sicer podobne demografske in klinične značilnosti. Dejavnike, ki vplivajo na hitrost napredovanja bolezni, poznamo in razumemo samo delno. Posebej malo vemo o genetskih vplivih na napredovanje bolezni, čeprav že imamo veliko informacij o genetski predispoziciji za nivo glomerulne filtracije (kreatininska oGF) v splošni populaciji ocenjene na osnovi kreatinina. V naši raziskavi smo poskušali ugotoviti, kateri klinični in genetski dejavniki vplivajo na hitrost upada ledvične funkcije. To smo naredili na dva načina: prvič s primerjavo sicer demografsko in klinično podobnih bolnikov, ki potrebujejo ali ne potrebujejo dialize, in drugič z večletnim opazovanjem poteka bolezni pri bolnikih, ki v začetku niso potrebovali dialize. Polimorfizme posameznega nukleotida (angl. SNP za Single Nucleotide Polymorphism), ki so v splošni populaciji najbolj značilno povezani s kreatininsko oGF, smo analizirali za povezavo s hitrostjo napredovanja bolezni pri bolnikih s KLB. Preverjali smo tudi povezave polimorfizmov SNP z drugimi kliničnimi in laboratorijskimi dejavniki, vključno z izražanjem kandidatnih genov. Tako pri v začetku dializno odvisnih bolnikih v primerjavi z dializno neodvisnimi (p = 0,002) kot pri v začetku dializno neodvisnih bolnikih s hitrejšim potekom bolezni v primerjavi s tistimi s počasnejšim (p < 0,001), smo zabeležili veliko višje nivoje albuminurije, kar je skladno z dosedanjimi ugotovitvami. Polimorfizem SNP rs2453533 v genu GATM, ki ima iz splošne populacije znano povezavo alela A z znižano kreatininsko oGF, smo prvič povezali s klinično izraženo KLB v asociacijski analizi med bolniki in zdravimi posamezniki. Frekvenca alela A je bila povišana pri dializno neodvisnih (Bonferroni p = 0,02), ne pa tudi pri dializno odvisnih bolnikih. Uspešno smo replicirali tudi znano povezavo alela C polimorfizma rs4293393 v področju genov UMOD/PDILT z od dialize neodvisno, ne pa z od dialize odvisno KLB (Bonferroni p = 0,04). Ugotovili smo, da je nivo serumskega vitamina D značilno nižji med bolniki, ki so v času raziskave umrli, kot med preživelimi bolniki (p = 0,002). Preživeli bolniki so imeli povprečno vrednost 51,0 ng/mL - bistveno višje od trenutno priporočene minimalne vrednosti 30 ng/mL. Razlika je bila posebej izrazita med dializno odvisnimi bolniki, ni pa bilo povezave med nobenim izmed izbranih polimorfizmov in nivojem serumskega vitamina D. Uspešno smo potrdili povezavo med alelom A polimorfizma rs2453533 in znižanim izražanjem gena GATM v perifernih limfocitih bolnikov s KLB (p = 0,01). Poudariti želimo vlogo spremljanja vrednosti albuminurije in zagotavljanja zadostnih vrednosti vitamina D pri bolnikih s KLB in opozoriti, da lahko nekateri genetski dejavniki (npr. genotip polimorfizma rs2453533) vplivajo na kreatininsko oGF. Pri nosilcih alela A polimorfizma rs2453533 lahko namreč tudi v odsotnosti ledvične okvare pride do višjih vrednosti serumskega kreatinina.
Keywords: KLB, GWA, eQTL, rs2453533, kreatinin, cistatin C
Published in DKUM: 29.10.2021; Views: 937; Downloads: 55
.pdf Full text (3,93 MB)

28.
Genetski polimorfizmi in izražanje genov povezanih z nastankom centralnega zdrsa maternice
Tina Bizjak, 2021, doctoral dissertation

Abstract: Izhodišče: V preteklih raziskavah je že bila ugotovljena povezava med dednostjo in zdrsom medeničnih organov (ZMO), vendar pa do sedaj še nobena raziskava ni ciljano preučevala pomena dednosti pri izoliranem zdrsu maternice (ZM). V naši raziskavi kandidatnih genov smo skušali ugotoviti, ali genetske različice v šestih predhodno predlaganih lokusih kandidatov za ZMO, ki so bili pri ženskah evropskega porekla identificirani z asociacijsko študijo celotnega genoma, prav tako spremenijo tveganje pri naši skupini bolnic z ZM. Preiskovanke in metode dela: V raziskavo smo vključili 100 bolnic, ki so imele operacijo zaradi izoliranega popolnega ZM, in 105 zdravih žensk. Vse udeleženke so bile stare med 30 in 55 let. Po izolaciji genomske DNA iz periferne krvi smo genotipizirali šest polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki so bili predhodno povezani z ZMO. Opravili smo tudi analizo dejavnikov tveganja. Ekspresijo RNA smo določili na RNA in proteinih, ki smo jih izolirali iz sakrouterinih ligamentov pacientk in zdravih žensk s qPCR. Rezultati: Eden od šestih analiziranih SNP-jev je bil statistično povezan z ZM. Na lokusu kromosoma 20p13 smo ugotovili statistično pomembnost za model regresije faktorja tveganja za dominantni model alela T v SNP-ju rs6051098 (p = 0,046; OR: 1,93, CI: 1,01-3,66). Gen IDH3B je bil edini gen v lokusu 20p13, ki je bil v biopsijah sakrouterinega ligamenta pri ženskah z ZM statistično višje izražen v primerjavi s kontrolno skupino (p = 0,034). Analiza proteinov je pokazala trend k povišanemu izražanju proteina IDH3B pri bolnicah z ZM. Zaključek: Po našem najboljšem vedenju, smo kot prvi dokazali, da genetski dejavniki tveganja prispevajo k ZM in predlagali rs6051098 kot najboljši dejavnik tveganja, ki je povezan z ZM. Glede na pridobljene rezultate o ekspresiji predpostavljamo, da gen IDH3B igra vlogo pri patogenezi ZM.
Keywords: kandidatni geni, genetski polimorfizmi, genska ekspresija, zdrs medeničnih organov, zdrs maternice  
Published in DKUM: 24.09.2021; Views: 1348; Downloads: 85
.pdf Full text (2,58 MB)

29.
Subcelična frakcionacija humanih mononuklearnih celic periferne krvi in izolacija proteinov iz različnih celičnih kompartmentov : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Dea Simonič, 2021, undergraduate thesis

Abstract: Mononuklearne celice periferne krvi (MCPK) so ključna komponenta imunskega sistema za boj proti infekcijam in prilagajanje patogenom. MCPK se nahajajo v periferni venski krvi in predstavljajo lahko dostopen vir imunskih celic za nadaljnje imunske in toksikološke raziskave, pomembne so pri analizi genske in proteinske ekspresije v krvi, proteini MCPK pa predstavljajo pomembne biomarkerje imunskih in možganskožilnih bolezni. V večini standardnih postopkov lize celice se za tvorbo celičnega lizata uporablja en sam lizni pufer, kar lahko vodi do nespecifičnih interakcij proteinov, raztapljanja proteinov v pufru, ki jih ne želimo analizirati, prav tako so možne težave s topnostjo proteina v pufru. Analiza proteinov s subceličnim frakcioniranjem (s sekvenčno uporabo več liznih pufrov) pa med drugim poveča možnosti, da je željeni protein izoliran in bistveno zmanjša možnost kontaminacije z drugimi proteini. Subcelično frakcioniranje prav tako omogoča pridobitev informacije o tem kako se porazdelitev posameznih proteinov razlikuje med različnimi subceličnimi kompartmenti, celicami in tkivi, ter daje informacijo o stanju celic in o aktivaciji signalnih poti. V diplomski nalogi smo optimizirali protokol za izolacijo proteinov s subcelično frakcionacijo iz svežih MCPK, povzet iz članka Holden P., Horton W. A.: Crude subcellular fractions of cultured mammalian cell lines, ki opisuje optimizacijo protokola za gojene celične linije sesalcev. V sklopu naloge smo optimizirali koncentracijo digitonina v digitonin pufru in volumne ostalih pufrov za subcelično frakcionacijo. Optimiziran protokol za izolacijo proteinov s subcelično frakcionacijo svežih MCPK smo primerjali z izolacijo proteinov z dodatkom enega samega liznega pufra ter izbrane optimizirane pogoje preverili tudi na zamrznjenih MCPK. Vse izolirani proteine smo analizirali z metodo western prenosa (WB) in rezultate kvantificirali s programom ImageLab. S testiranjem različnih koncentracij digitonina v digitonin pufru in na podlagi WB analize za proteinske markerje α-tubulin, citratna sintaza (CS) in histonska deacetilaza 6 (HDA-C6) smo ugotovili, da je optimalna koncentracija digitonina v digitonin pufru, za izolacijo le citosolnih proteinov svežih vzorcev MCPK, 50 μg/mL. Z optimizacijo koncentracije digitonina in volumnov dodanih liznih pufrov smo ločeno izolirali citosolne proteine, proteine membranskih organelov, jedra in netopnih proteinov. Ugotovili smo, da je izplen izoliranih proteinov pri izolaciji s subcelično frakcionacijo večji kot pri direktni izolaciji proteinov z dodatkom enega samega liznega pufra.
Keywords: MCPK, subcelična frakcionacija, izolacija proteinov iz različnih celičnih kompartmentov, lizni pufri, western prenos
Published in DKUM: 22.09.2021; Views: 1337; Downloads: 119
.pdf Full text (13,19 MB)

30.
Integracija genske ontologije, transkriptomike in genomike za identifikacijo genetskih lokusov povezanih s pljučno funkcijo pri otrocih z astmo, ki se zdravijo z inhalacijskimi kortikosteroidi
Martina Krušič, 2021, master's thesis

Abstract: Uvod: Astma je heterogena respiratorna bolezen, ki pogosto prizadene tudi otroško populacijo. Simptomi astme se glede na resnost razlikujejo, zdravljenje pa najpogosteje poteka z inhalacijskimi kortikosteroidi (ICS). Odziv na zdravljenje je heterogen in genetsko pogojen. V okviru naše študije smo z uporabo integracije - omik identificirali nove genetske lokuse, povezane z odzivom na ICS. Metode: Z uporabo različnih podatkovnih baz smo pridobili podatke o genih, ki smo jih analizirali z različnimi pristopi znotraj orodij in aplikacij. Statistično značilne signale smo preverili z RNA-seq analizo, v katero smo vključili šest posameznikov slovenskega porekla. Za tri najbolj statistično značilne gene smo izvedli še asociacijsko analizo in jih funkcijsko ovrednotili. Rezultati: S pojmi genske ontologije smo povezali 47 različnih genov, v nadaljevanju pa smo z RNA-seq analizo potrdili tri gene, GNAS (p = 9,18 × 10^-4), CREBBP (p = 1,28 × 10^-3) in EP300 (p = 2,73 × 10^-3), statistično značilno povezane z odzivom na ICS. Z asociacijsko analizo smo pregledali področje ±100 kbp od predhodno navedenih genov, pri čemer je šest SNP-jev doseglo statistično značilno povezavo z ICS-jem. SNP-ja rs236729 in rs118065748 smo v nadaljevanju tudi ovrednotili z uporabo in silico funkcijske analize. Razprava in sklep: Z integracijo - omik smo uspešno identificirali šest SNP-jev, ki so povezani z odzivom na ICS.
Keywords: otroška astma, FEV1, inhalacijski kortikosteroidi, pljučna funkcija
Published in DKUM: 09.09.2021; Views: 928; Downloads: 112
.pdf Full text (2,78 MB)

Search done in 1.44 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica