| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


11 - 20 / 126
First pagePrevious page12345678910Next pageLast page
11.
Vpliv izražanja mmd na odzivnost monocitov in makrofagov na adalimumab in vitro : magistrsko delo
Adriana Kralj, 2023, master's thesis

Abstract: Parodontoza je pogosta vnetna bolezen, ki lahko vpliva na slabšo odzivanje bolnikov s sistemskimi boleznimi, kot je revmatoidni artritis, na biološko zdravilo adalimumab. Ugotovljeno je bilo, da stopnja revmatoidnega artritisa korelira z ravnijo izražanja MMD gena v makrofagih izoliranih iz sinovialne tekočine vnetih sklepov. Poleg tega stopnja izražanja MMD vpliva na klinični odziv bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo na adalimumab. V magistrskem delu smo se odločili preveriti, kako se monociti in iz njih in vitro diferencirani makrofagi bolnikov s parodontozo odzivajo na biološko zdravilo adalimumab ter kakšno vlogo ima pri tem ekspresija MMD. Pri monocitih in iz njih diferenciranih makrofagih smo simulirali vnetje z dodatkom LPS in zdravljenje vnetja s komercialnim biološkim zdravilom adalimumab, ter preverili izražanje vnetnih genov IL1B, IL6 in TNFα. Adalimumab je učinkovito zavrl izražanje genov IL1B in IL6, ki v signalni kaskadi ležita nižje od TNFα, čeprav v primeru IL6 samo za monocite. Na izražanje TNFα dodatek adalimumaba ni imel vpliva. V magistrskem delu nismo dokazali vpliva MMD na učinkovitost adalimumaba pri zaviranju TNFα. Vendar zaradi teh ugotovitev ne moremo ovreči njegove potencialne vloge pri vplivu na učinkovitost adalimumaba, saj je potrebno izvesti še veliko raziskav s spremenjenimi eksperimentalnimi pogoji in tako potrditi ali ovreči vlogo MMD pri neučinkovitosti adalimumaba in s tem pripomoči k izboljšanju zdravljenja vnetnih bolezni.
Keywords: MMD, parodontoza, vnetni citokini, adalimumab, monociti, makrofagi, in vitro diferenciacija, in vitro vnetje, TNFα
Published in DKUM: 20.04.2023; Views: 430; Downloads: 58
.pdf Full text (2,80 MB)

12.
Optimizacija priprave proteinov krvne plazme z razgradnjo na peptide v raztopini za proteomsko analizo z masno spektrometrijo : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Eva Zajšek, 2023, undergraduate thesis

Abstract: V diplomskem delu sta predstavljena danes najpogostejša načina priprave vzorcev proteinov z razgradnjo na peptide za proteomsko analizo z masnim spektrometrom: SDS PAGE in stopenjska priprava v raztopini, ki vključuje denaturacijo, redukcijo, alkilacijo proteinov in njihovo cepitev na peptide s tripsinom. Naš namen je bil skrajšati, poenostaviti in poceniti v znanstveni literaturi opisani protokol stopenjske priprave vzorcev proteinov v raztopini, vendar kljub temu ohraniti dobro razgradnjo proteinov in identifikacijo z masnim spektrometrom. V delu je tako podrobneje prikazana analiza optimizacije priprave vzorcev v raztopini: različni reagenti, različne koncentracije, združevanje korakov, dodajanje korakov, različne temperature in različno dolge inkubacije. Rezultati kažejo, da protokola ne moremo skrajšati na račun časa inkubacije tripsina, vendar pa lahko to storimo z združitvijo korakov denaturacije, redukcije in alkilacije ter skrajšanim časom inkubacije teh korakov. Kot boljši alkilacijski reagent se je v primerjavi z jodoacetamidom (IAM) zaradi manjšega števila neželenih modifikacij izkazal kloroacetamid (CAM), za oba reagenta pa je primerna koncentracija pod 10 mM. Ugotovili smo, da dodaten korak prekinitve alkilacije z ditiotreitolom (DTT) zaradi prihranka časa in kemikalij ni primeren, saj ne zmanjša števila neželenih modifikacij. Povzeti protokol smo nekoliko pocenili z zamenjavo alkilacijskih reagentov, saj je kloroacetamid (CAM) cenejši in ga je na voljo za več eksperimentov, sicer pa ceno celotnega eksperimenta določa predvsem poraba tripsina, čigar cena znaša okrog 2,23 EUR za 1 μL.
Keywords: proteomika, SDS PAGE, in-solution-digestion, reagenti, masna spektroskopija, priprava vzorcev
Published in DKUM: 31.03.2023; Views: 464; Downloads: 35
.pdf Full text (4,45 MB)

13.
Uporaba selektivnih membran za pripravo proteinskih vzorcev krvne plazme za določanje citokinov z masno spektrometrijo : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Katja Zorko, 2023, undergraduate thesis

Abstract: Imunski sistem je sistem celic, kemičnih signalov in bioloških procesov, ki ščitijo organizem pred tujimi antigeni, kot so mikrobi, virusi, rakave celice in toksini. Prirojena imunost je obrambni mehanizem, ki se sproži takoj ali v nekaj urah po srečanju z antigenom in nima imunskega spomina. Glavna naloga prirojene imunosti je hitro pridobivanje citokinov, majhnih signalnih proteinov, ki sodelujejo pri celični komunikaciji in imunskih odzivih na mestih okužbe in vnetja. Glede na izjemno nizko koncentracijo citokinov v krvni plazmi le-te z masno spektrometrijo težko določimo. Signali citokinov se namreč izgubijo med močnejšimi signali visoko koncentriranih proteinov kot so albumin in imunoglobulini. Ker pa so ti proteini bistveno večji smo jih iz vzorcev odstranili z uporabo selektivnih membranskih filtrov, ki so prehodni samo za proteine do določene velikosti. Namen diplomske naloge je bila optimizacija postopka za pripravo proteinskih vzorcev krvne plazme za določanje citokinov z masno spektrometrijo. Uporabili smo dva postopka za izolacijo proteinov: uporaba selektivnih membranskih filtrov Amicon in gelska elektroforeza (SDS-PAGE). Sledili sta identifikacija in relativna kvantifikacija citokinov v krvni plazmi z metodo nHPLC-HRMS. Uporaba ultrafiltracijskih filtrov Amicon velja za enostavno in zanesljivo metodo koncentracije beljakovin. Med seboj smo primerjali delovanje filtrov z različnimi velikostmi por, ki prepuščajo proteine do velikosti 30 kDa, 10 kDa in 3 kDa. Filtri so pokazali primerljive rezultate med eksperimenti, vendar pa med njihovo uporabo ni bilo opaznih bistvenih razlik. SDS-PAGE je tehnika za ločevanje beljakovin glede na njihovo velikost s pomočjo ustvarjenega električnega polja. Velja za zahtevnejšo in zamudnejšo metodo izolacije proteinov. Pri določanju citokinov se je gelska elektroforeza izkazala za neuspešno, saj je bila koncentracija proteinov po filtraciji premajhna za uspešno vizualizacijo na gelu.
Keywords: citokini, imunski odziv, nHPLC-HRMS, ultrafiltracijski filtri Amicon, SDS-PAGE, masna spektrometrija
Published in DKUM: 24.03.2023; Views: 719; Downloads: 73
.pdf Full text (29,39 MB)

14.
Primerjava števila in kvalitete imputacije genotipov polimorfizmov posameznega nukleotida pridobljenih s HRC in TOPMed imputacijskim serverjem
Almir Softić, 2022, master's thesis

Abstract: Uvod: Imputacija genotipskih podatkov je postala že vsakdanje orodje za uporabo na področju človeške genetike, ki predvideva in vstavlja manjkajoče genetske podatke med posameznimi biooznačevalci glede na različice, ki so že določene na referenčnem panelu predhodno sekvenciranih posameznikov. Učinkovitost trenutnih metod imputacije je privedla do pojava brezplačnih spletnih storitev imputacije genotipa, ki bistveno povečajo statistično moč ter so bistvenega pomena pri metaanalizah gensko povezanih študij. Metode: Za pripravo surovih genotipskih podatkov na imputacijo smo uporabili program PLINK, programski jezik R in operacijski sistem Linux. Datoteke smo naložili na Michigan (HRC za ang. Haplotype Reference Consortium) in TOPMed imputacijska strežnika, jih po imputaciji ustrezno združili ter prešteli filtrirane (Rsq > 0,3) in nefiltrirane (Rsq > 0,0) različice. Rezultate smo statistično primerjali in dokazali, kateri imputacijski strežnik je učinkovitejši. Rezultati: Na podlagi Wilcoxonovega testa predznačenih rangov pri številu nefiltriranih različic in statistične primerjave filtriranih različic (Rsq > 0,3) s pomočjo parnega T-testa smo na podlagi obeh testov ugotovili, da lahko s strežnikom TopMED panel statistično značilno imputiramo večje število manjkajočih polimorfizmov kot s strežnikom HRC. Razprava in sklep: Z uporabo dveh imputacijskih strežnikov smo dokazali, da pride do bistvenih razlik pri številu imputiranih različic in je za kvaliteto študije pomembno, katerega se raziskovalec odloči uporabiti v praksi.
Keywords: genotip, imputacija, TOPMed, HRC, imputacijski strežnik
Published in DKUM: 19.12.2022; Views: 414; Downloads: 30
.pdf Full text (794,87 KB)

15.
Genetski dejavniki tveganja za razvoj miomov maternice
Jovan Krsteski, 2022, doctoral dissertation

Abstract: Miomi maternice so pogosti trdi tumorji, ki nastanejo v sloju gladkih mišic maternične stene. Njihov nastanek je povezan z motnjami v regulaciji hormonov, vendar je točna etiologija miomov maternice še precej nejasna. Znano je, da na biologijo tumorjev, kot so miomi maternice, pomembno vplivajo interlevkini in interlevkinski receptorji. Dosedanje genetske raziskave miomov maternice so odkrile gene, povezane z etiologijo miomov maternice, vendar so novejši pristopi dodatno izpostavili tudi vlogo patogenih epigenetskih sprememb kot pomemben dejavnik pri napačni regulaciji genskega izražanja v miomih maternice. Na začetku doktorskega dela smo izvedli tarčno analizo izbranih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) v genih, ki zapisujejo interlevkine in interlevkinske receptorje. Kohorta za tarčno genetsko analizo obsega 181 žensk z miomi maternice in 133 zdravih kontrol. Pri navedeni analizi smo dodatno želeli odkriti razlike med bolnicami s solitarnimi in multiplimi miomi maternice. V nadaljevanju doktorske disertacije smo ponovno analizirali javno dostopne surove podatke določevanja zaporedja RNA (RNA-Seq) iz dveh raziskav miomov maternice, ki so analizirale parne vzorce fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Ta združena podatkovna zbirka je služila za odkritje diferencialnega izražanja in za kasnejše vrednotenje rezultatov. Značilne rezultate te in silico analize smo nato neodvisno potrdili na lastni kohorti, ki je obsegala 58 bolnic z neparnimi vzorci fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Nato smo značilne rezultate še dodatno analizirali na integrirani zbirki podatkov asociacijskih študij celotnega genoma (GWAS) bolnic z miomi maternice za odkritje epigenetskih označevalcev. Rezultati tarčne analize izbranih SNP-jev kažejo na vlogo rs20541 (v genu IL13) pri nastanku miomov maternice. Napovedni model na osnovi logistične regresije je pokazal, da so adenomioza, višja starost ob diagnozi, družinska anamneza, nižja starost ob menarhi in nižja starost pri prvem spolnem odnosu ter SNP rs1801275 (v genu IL4R) povezani s tveganjem za nastanek multiplih miomov maternice. V raziskavi smo prav tako pokazali povezavo med SNP rs20541 (v genu IL13) in ravnjo 17β-estradiola v serumu pri bolnicah z multiplimi miomi maternice. Ponovna in silico analiza podatkov določevanja zaporedja RNA je pokazala značilno diferencialno izražanje genov med zdravim tkivom miometrija in fibroidnim tumorskim tkivom. Izmed teh ima pet genov (NPTX1, NPTX2, CHRM2, DRD2 in CACNA1A) več skupnih značilnih povezav s termini genske ontologije (GO), kar kaže na podobno delovanje teh petih diferencialno izraženih genov. Naštete statistično značilne gene smo tudi potrdili v kohorti slovenskih bolnic. Kasnejša integracija podatkov asociacijskih analiz celotnega genoma in funkcijska analiza naštetih petih genetskih regij je pokazala več pomembnih razlik v vezani kromatinskih struktur, delovanju promotorjev in občutljivosti DNaz ter spremenjenih vezavnih mest transkripcijskih dejavnikov. S tem smo odkrili edinstveno podskupino spremenjenega izražanja genov sinaptične signalizacije v miomih maternice, kar kaže na kompleksnost biologije tumorjev in obsežnost procesov, povezanih s patogenezo miomov maternice.
Keywords: miomi maternice, genotipizacija, izražanje genov, IL13, sinaptično signaliziranje
Published in DKUM: 16.11.2022; Views: 564; Downloads: 74
.pdf Full text (9,85 MB)

16.
Optimizacija protokola za pripravo beljakovin iz celičnih frakcij celične linije FaDu za proteomsko analizo na masnem spektrometru : magistrsko delo
Jan Polak, 2022, master's thesis

Abstract: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) predstavlja raznoliko skupino rakov, med katere uvrščamo rake ustne in nosne votline, grla in žrela. Kljub napredku pri razumevanju genetskih dejavnikov, dejavnikov okolja, molekularnih in celičnih mehanizmov, ki sodelujejo pri nastanku raka glave in vratu, so rezultati trenutno odobrenih načinov zdravljenja, po stopnji ponovitve bolezni in umrljivosti, zelo zaskrbljujoči. Po številu novih primerov in po številu smrti na letni ravni se rak glave in vratu uvršča na šesto mesto najpogostejših rakov na svetu. Iz tega razloga sta nadaljnja molekularna karakterizacija kancerogeneze in novih molekulskih terapevtskih tarč ključnega pomena. Cilj magistrske naloge je bil določiti proteom posameznih celičnih frakcij ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. Optimizirali smo postopek celične frakcionacije celične linije FaDu na osnovi različno močnih surfaktantov in diferencialnega centrifugiranja, s katerim smo celične beljakovine ločili na citosolne, jedrne in frakcijo, ki je vsebovala beljakovine membranskih organelov vključno s proteini celične membrane. Učinkovitost subcelične frakcionacije smo preverili z metodo western blot z uporabo ustreznih proteinskih označevalcev. Proteomsko analizo posameznih frakcij smo opravili z masno spektrometrijo visoke ločljivosti in načinom za neodvisno pridobivanje spektralnih podatkov. Identificirali smo 5273 beljakovin v treh celičnih frakcijah, od tega smo 2730 beljakovinam določili ustrezno celično lokacijo z nenadzorovanim strojnim učenjem s programom MetaMass. V nalogi smo kot prvi na celičnem modelu celične linije FaDu določili proteom jedrne in citosolne frakcije ter frakcije membranskih organelov ploščatoceličnega karcinoma glave in vratu. V nadaljevanju bo potrebno klinično in terapevtsko uporabnost okarakteriziranih beljakovin še potrditi.
Keywords: rak glave in vratu, subcelična frakcionacija, masna spektrometrija, FaDu celice, terapevtska tarča, nHPLC-HRMS
Published in DKUM: 06.10.2022; Views: 378; Downloads: 35
.pdf Full text (5,01 MB)

17.
Izražanja skupine genov DNA-metiltransferaz (DNMT1, DNMT3A in DNMT3B), DNA-demetilaz (TET1, TET2, TET3 in TDG) ter gena RNA-metiltransferaza TRDMT1 v tumorjih bolnic z rakom dojk : magistrsko delo
Nastja Šadl, 2022, master's thesis

Abstract: DNA-metiltransferaze DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaze TET1, TET2, TET3 in TDG ter RNA-metiltransferaza TRDMT1 imajo pomembno vlogo pri uravnavanju metilacije genoma in genskih prepisov, s čimer uravnavajo izražanje genov. Spremenjeno izražanje omenjenih encimov povezujemo z nastankom in razvojem različnih vrst rakov, med drugim tudi raka dojk. Mehanizmi njihovega delovanja so v literaturi dobro opisani, medtem ko njihova patofiziološka vloga pri nastanku in razvoju raka dojk ni povsem znana. Namen magistrskega dela je bil raziskati izražanje DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3, TGD in TRDMT1 na parnih vzorcih zdravega in bolnega tkiva 17 bolnic z rakom dojk ter v povezavi z gradusom in izražanostjo progesteronskih receptorjev pri raku dojk. Povišano izražanje v tumorskem tkivu v primerjavi z zdravim okolnim tkivom smo ugotovili pri DNMT1 (p<0,01), DNMT3A (p<0,05), DNMT3B (p<0,01), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,01), medtem kot se izražaje TET1 ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom. Izražanje TDG in TRDMT1 je bilo višje v tumorskem kot zdravem tkivu, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Za tumorsko tkivo je bilo statistično značilno višje izražanje DNMT1 (p<0,001) in DNMT3A (p<0,001) v primerjavi z DNMT3B in statistično značilno višje izražanje TDG v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TET3 (p<0,01). Razlik v izražanji med DNMT1 in DNMT3A ter TET1, TET2 in TET3 v tumorskem tkivu nismo ugotovili. Primerjava izražanja vseh genov med seboj je v tumorskem tkivu pokazala na statistično značilno i) višje izražanje TDG v primerjavi z ostalimi proučevanimi geni, ii) višje izražanje DNMT1 v primerjavi s TET1 (p<0,01) in TRDMT1 (p<0,05), iii) nižje izražanje DNMT3B v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05) in iv) nižje izražanje TET3 od TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05). Omenjenih razlik v zdravem tkivu nismo ugotovili. Izraženost progesteronskih receptorjev in gradus tumorja nista vplivala na izražanje proučevaih genov. Post hoc analiza je pokazala na statistično značilno i) višje (p<0,05) izražanje DNMT1 v bolnem tkivu pri rakih tretjega gradusa v primerjavi z izražanjem DNMT1 v zdravem tkivu pri rakih drugega gradusa, ii) višje (p<0,05) izražanje TDG pri rakih dojk drugega kot tretjega gradusa in iii) višje izražanje TDG v tumorskem tkivu v primerjavi z izražanjem TET1 (p<0,05), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,05) v zdravem tkivu ter TET3 v tumorskem tkivu (p<0,05) pri rakih drugega gradusa. Naša raziskava kaže na specifično povišano izražanje DNA-metiltransferaz DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaz TET1, TET2, TET3 in TDG in RNA-metiltransferaze TRDMT1 pri raku dojk. V nadaljevanju bo za boljše razumevanje vloge metilacije pri tumorigenezi raka dojk potrebno rezultate izražanja posameznih metiltransferaz in demetilaz povezati z globalnimi študijami metiloma.
Keywords: DNA-metiltransferza, DNA-demetilaza, TRDMT1, rak dojk, RT-qPCR
Published in DKUM: 27.09.2022; Views: 446; Downloads: 31
.pdf Full text (3,63 MB)

18.
Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke : magistrsko delo
Anja Konajzler, 2022, master's thesis

Abstract: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije. Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Keywords: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Published in DKUM: 26.09.2022; Views: 462; Downloads: 45
.pdf Full text (3,60 MB)

19.
Celični odziv na oksidativni stres, povzročen z vodikovim peroksidom, pri celičnih linijah akutne limfoblastne levkemije in limfoblastnega limfoma celic T : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnje
Doroteja Golob, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Akutna limfoblastna levkemija celic T (T-ALL) in limfoblastni limfom celic T (T-LBL) sta vrsti krvnih rakov, ki nastanejo iz timocitov v timusu. Pomemben dejavnik pri razvoju rakavih celic je uspešno spopadanje celice z oksidativnim stresom, ki ga izzovejo reaktivne kisikove spojine. Reaktivne kisikove spojine (RKS) so heterogena skupina majhnih molekul, ionov in radikalov, za katere je značilna visoka reaktivnost; oksidativni stres pa lahko opredelimo kot stanje znotraj celice, ki je rezultat prekomerne tvorbe RKS ob oviranih ali odsotnih mehanizmih, ki bi vzdrževali redoks homeostazo. Ker še vedno ni povsem jasno, ali sta T ALL in T-LBL ena bolezen z različnimi bolezenskimi znaki, ali predstavljata dve različni bolezni, ki prizadeneta limfocite T, smo se v diplomskem delu odločili proučiti morebitne razlike v celičnem odzivu celičnih linij T-ALL, Jurkat, in T-LBL, SUP-T1, na oksidativni stres. Celični odziv smo spremljali skozi kvantifikacijo živih in mrtvih celic, viabilnost, celični metabolizem ter s kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin. Primerjava rasti celičnih linij Jurkat in SUP T1 v normoksičnih pogojih in v prisotnosti oksidativnega stresa, je pokazala na negativen vpliv oksidativnega stresa na rast celic, ni pa pokazala razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP T1 v številu živih celic. Delež mrtvih celic se ni razlikoval niti med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1, niti glede na izpostavljenost oksidativnemu stresu. Edina statistično značilna razlika se je pokazala v viabilnosti, kjer je izpostavljenost celic Jurkat oksidativnemu stresu privedla do znižane viabilnosti, le-ta je bila, 72 ur po nasaditvi, statistično značilno nižja, v primerjavi z viabilnostjo tretiranih celic SUP-T1 (F(3, 10) = 26.11, p < 0,001; post hoc: p < 0,05). Tudi rezultati metabolnega testa in testa za kvantifikacijo reaktivnih kisikovih spojin niso pokazali razlik med celičnima linijama Jurkat in SUP-T1. Naši rezultati torej kažejo na veliko podobnost celičnih linij Jurkat in SUP-T1, v spopadanju z oksidativnim stresom, in podpirajo trenutno klasifikacijo Svetovne zdravstvene organizacije WHO in Mednarodnega panela za proučevanje limfomov, ki smatra T-ALL in T-LBL kot eno bolezen z različnimi bolezenskimi znaki.
Keywords: akutna limfoblastna levkemija celic T, limfoblastni limfom celic T, reaktivne kisikove spojine, oksidativni stres
Published in DKUM: 22.09.2022; Views: 513; Downloads: 50
.pdf Full text (2,54 MB)

20.
Izražanje genov za DNA in RNA metilaze in demetilaze pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Karmen Zorič, 2022, undergraduate thesis

Abstract: Letna incidenca raka glave in vratu (RGV, angl. Head and Neck cancer, HNC) znaša okoli 700 000 novo odkritih primerov po celotnem svetu, kar ga izmed vseh bolezni uvršča na šesto mesto. Najpogostejša oblika RGV je ploščatocelični karcinom, ki predstavlja 85 % vseh primerov RGV. Za RGV so značilni različni simptomi, ki tudi pomagajo pri odkrivanju bolezni. Zdravljenje temelji na določitvi stopnje napredovanja bolezni. Epigenetske spremembe, kot sta DNA in RNA metilacija, spadajo med značilne spremembe karcinoma. Ker je ekspresija genov metilaz in demetilaz v tkivih RGV še vedno slabo raziskana, smo v sklopu diplomskega dela v tkivih bolnikov RGV dodatno proučili gensko ekspresijo nabora DNA in RNA metilaz in demetilaz ter njihovo ekspresijo povezali s klinično patološkimi značilnostmi tumorjev glave in vratu ter jih izkoristili za napoved razvoja, zdravljenja in ponovitve bolezni. Tako smo v zdravem in tumorskem tkivu 34 bolnikov z rakom glave in vratu, s pomočjo metode RT-qPCR, proučili izražanje genov DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 in TRDMT1. Ugotovili smo povezavo med izražanjem TRDMT1, kliničnimi parametri in dejavniki tveganja, vključno z mestom nastanka tumorja, kadilskim statusom, uživanjem alkohola ter HPV okužbo. Stopnja izražanja TRDMT1 je bila povezana z napredovanjem/agresivnostjo bolezni, in sicer se z znižanjem TRDMT1 stopnja napredovanja agresivnosti viša. Pri analizi izražanja DNA metilaz in demetilaz v odvisnosti od prisotnosti ali odsotnosti zasevkov v področnih bezgavkah v tumorskem tkivu smo ugotovili trend povišanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v zgodnjih stadijih ter trend znižanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v poznih stadijih. V ta namen bi bilo smiselno raziskavo razširiti na večje število vzorcev, s čimer bi se posledično povečala statistična moč analize, ki bi lahko prispevala k razjasnitvi vloge izražanja DNA in RNA metilaz ter demetilaz kot potencialnih kazalcev za klasifikacijo bolnikov in določitev ocene napredovanja bolezni.
Keywords: rak glave in vratu, metilaze, demetilaze, relativna genska ekspresija, tumorsko tkivo
Published in DKUM: 13.09.2022; Views: 413; Downloads: 57
.pdf Full text (3,48 MB)

Search done in 0.43 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica