| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


91 - 100 / 126
First pagePrevious page45678910111213Next pageLast page
91.
Povezava polimorfizmov in izražanja izbranih genov z odzivom na zdravljenje bolnikov s Crohnovo boleznijo z adalimumabom
Urška Gabor, 2014, master's thesis

Abstract: Crohnova bolezen (CB) je avtoimunska motnja neznane etiologije. Trenutno največ potenciala za uspešno obvladovanje bolezni izkazujejo biološka zdravila, med katera spada tudi adalimumab (ADA). Klinične raziskave so pokazale, da je ADA varno in učinkovito zdravilo. Farmakogenetske raziskave pa so za ADA še v začetni stopnji. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na zdravljenje z ADA in izbranimi polimorfizmi posameznega nukleotida (ang.: SNP za »Single Nucleotide Polymorphism«) oziroma izražanjem izbranih genov pri slovenskih bolnikih s CB. Izbrali smo polimorfizme in gene, ki so v predhodnih študijah pokazali močno povezavo s CB, so vključeni v metabolizem zdravil, so povezani z imunskim odzivom in vnetjem ali s sorodnimi kompleksnimi boleznimi. Genotipe za izbrane polimorfizme smo pridobili iz rezultatov genotipizacije z uporabo mikromreže »Immunochip«. Izražanje genov smo merili v 0., 4., 12. 20. in 30. tednu od začetka zdravljenja z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (ang.: »Real-time PCR«). Pri primerjavi demografskih podatkov bolnikov smo ugotovili, da je med dobrimi odzivniki signifikantno manjši odstotek kadilcev v primerjavi s slabimi odzivniki (p = 0,042). Pri asociacijski analizi pri izključno CB bolnikih, zdravljenimi z ADA, smo za SNP rs2395185 (gen HLA-DQA1) ugotovili, da je frekvenca alela G (67,5%) in genotipa G/G (44,2%) signifikantno nižja pri bolnikih v primerjavi s kontrolami (77,6% in 60,6%, p = 0,023 in p = 0,011). Predpostavljamo, da alel G (oziroma genotip G/G) zmanjšuje tveganje za bolezen. Pri SNP-jih rs10919563 (gen PTPRC) in rs2241880 (gen ATG16L1) smo ugotovili, da imajo dobri odzivniki statistično nižjo frekvenco genotipa G/G v 30. tednu (p = 0,045 za rs10919563 in p = 0,025 za rs2241880) v primerjavi s slabimi odzivniki. Z Mann-Whitneyevim neparametričnim testom smo primerjali izražanje genov pred ter po tednih zdravljenja. Opazili smo, da je pri genih SLC22A4, PSMD3, AHSA2, RPRD2 in PUS10 bilo izražanje med dobrimi in slabimi odzivniki spremenjeno že pred začetkom zdravljenja. Pri treh genih (ATG16L1, RPRD2 in PUS10) je bilo izražanje glede na 0. teden signifikantno spremenjeno čez celoten potek opazovanega zdravljenja. Najbolj statistično signifikantne rezultate smo dobili za gen ATG16L1, kjer je bila p-vrednost znašala od 1,0×10-6 do 2,2×10-18. Pri primerjavi izražanja genov med dobrimi in slabimi odzivniki glede na indeks ∆IBDQ, smo ugotovili statistično signifikantne razlike med skupinama za gen ATG16L1 in gen SLC22A5. V raziskavi smo ugotovili, da so določeni preiskovani polimorfizmi in geni povezani z odzivom na ADA, potrebne pa so še nadaljnje raziskave, da bi se dokazala njihova vloga farmakogenomskih označevalcev.
Keywords: Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, izražanje genov, farmakogenomika, biološka zdravila, adalimumab
Published in DKUM: 11.09.2014; Views: 2556; Downloads: 311
.pdf Full text (2,29 MB)

92.
GENETSKI DEJAVNIKI TVEGANJA ZA PONOVITEV PRIMARNEGA ČREVESNEGA RAKA
Alja Gabor, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Rak debelega črevesa in danke (RDČD) je maligno tumorsko obolenje z visoko pojavnostjo in umrljivostjo. V Sloveniji ima ob postavitvi diagnoze kar 60 % bolnikov že napredovano bolezen, pri skoraj tretjini le-teh pa pride do ponovitve bolezni. K razvoju bolezni pomembno vplivajo dedni polimorfizmi posameznega nukleotida (SNP) v genih povezanih z nastankom RDČD, kot tudi SNP – ji v genih, ki prispevajo k nastanku oddaljenih zasevkov oz. metastaz. V diplomskem delu smo ugotavljali vlogo izbranih SNP – jev v genih MMP7 (rs11568818) in MACC1 (rs1990172) pri razsoju v bezgavke ter ponovitvi RDČD. DNA smo izolirali iz tkivnih vzorcev črevesne sluznice, vpetih v parafin in izvedli gensko tipizacijo za izbrane polimorfizme s pomočjo tehnik HRM (analiza talilne krivulje visoke ločljivosti) in PCR – RFLP. Primerjali smo frekvence genotipov in alelov za izbrane polimorfizme pri bolnikih in zdravih posameznikih. Nato smo primerjali še alelne in genotipske frekvence med bolniki z RDČD glede na stadij po TNM klasifikaciji, ponovitev RDČD in nekatere druge klinične podatke. V primeru obeh polimorfizmov smo zaznali povečano frekvenco genotipa GG pri bolnikih v primerjavi z zdravimi kontrolami. Za SNP rs11568818 v genu MMP7 smo med bolniki z RDČD v primeru genotipa AA in alela A ugotovili signifikantno povezavo s povečanim tveganjem za širjenje in ponovitev bolezni (p = 0,03 in p = 0,009). Naša raziskava lahko skupaj z mnogimi drugimi pomembno vpliva na opredelitev SNP – jev za povečano tveganje za ponovitev RDČD in omogoči ustreznejšo prilagoditev zdravljenja za vsakega posameznika.
Keywords: rak debelega črevesa in danke, jetrne metastaze, ponovitev RDČD, genetski dejavniki tveganja, genotipizacija, FFPE tkiva
Published in DKUM: 11.09.2014; Views: 1726; Downloads: 266
.pdf Full text (2,39 MB)

93.
ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 2 IN 22 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE ICHIP
Evelina Friedl, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Povzetek Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen. Znana sta dva glavna podtipa in sicer, Crohnova bolezen (CB) ter ulcerozni kolitis (UK). Zakaj bolezen nastane, ni popolnoma jasno, so pa študije pokazale, da k razvoju bolezni prispevajo okoljski in genetski dejavniki. Veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) je vpleteno v mehanizem bolezni. Predhodno je bila s pomočjo mikromreže (»Immunochip«) izvedena genska tipizacija za približno 200 000 polimorfizmov pri 250 slovenskih bolnikih s KVČB ter prav tako 250 kontrol zdravih posameznikih. Rezultat asociacijske analize je na kromosomu 2 prikazal 11 neodvisno razporejenih lokusov na katerih je 332 SNP-jev s p vrednostjo p<0,05 ter na kromosomu 22, kjer je prav tako 5 neodvisno razporejenih lokusov ter 101 SNP-ja jev s p vrednostjo p<0,05. Ker lahko pri multiplem testiranju pride do pozitivno lažnih rezultatov, smo v raziskavi za potrditev kandidatnih polimorfizmov izvedli potrditveno asociacijsko analizo na dodatnih bolnikih ter zdravih kontrolah. Namen diplomskega dela je bil ugotoviti ali so izbrani polimorfizmi na kromosomu 2 in 22 povezani s slovensko populacijo bolnikov s KVČB. Tako smo v raziskavi izbrali 4 SNP-je, tri na kromosomu 2 in 1 na kromosomu 22 ter izvedli genotipizacijo z metodo HRM na 482 vzorcih bolnih in 350 vzorcih zdravih kontrolah posameznikov. V nalogi smo potrdili povezavo med vsemi analiziranimi SNP-ji. V primeru alela C (p=0,001; OR= 1,578; CI(95%) = 1,200-2,076) za SNP rs6733174 smo odkrili, da veča tveganje za razvoj KVČB (p=0,001; OR= 1,578; CI(95%) = 1,200-2,076). SNP rs137618 ima povečano tveganje za razvoj bolezni v primeru alela C (p= 0,007; OR= 0,678; CI(95%)= 0,512-0,898) ter smo tudi odkrili, da homozigoti tega istega SNP-ja z genotipom C/C (p= 0,00159; OR= 2,070; CI(95%) = 1,313-3,262), povečujejo tveganje za KVČB (p= 0,00159; OR= 2,070; CI(95%) = 1,313-3,262). Do enakega zaključka smo prišli pri pregledu rezultatov za SNP rs7600901. V primeru alela G (p= 0,000347; OR= 1,778; CI(95%) = 1,778-2,441), le-ta nosi povišano tveganje za razvoj bolezni (p= 0,000347; OR= 1,778; CI(95%) = 1,778-2,441). Zanimivo pa je to, da smo tudi za SNP rs7590126 (gen PAPOLG), našli signifikantne povezave s KVČB v primeru alela C (p=0,026; OR= 1,476; CI(95%) = 1,051-2,073) . Tako smo potrdili statistično najbolj signifikantno povezavo ravno pri bolnikih s CB. KVČB še tako vedno ostaja dokaj »neprepoznavna« bolezen, saj splošni zdravniki zelo pozno ali pa sploh ne prepoznajo osnovnih simptomov. Zato je smiselno področje genetike KVČB raziskovati še naprej, kajti z novo odkritimi polimorfizmi SNP, povezanimi z boleznijo, pripomoremo k hitrejšemu odkrivanju bolezni, razvoju novih zdravil, natančnejšemu napovedovanju poteka bolezni ter uspešnejšemu zdravljenju, hkrati pa lahko preprečimo marsikatere težave, ki bi nastale pri zdravljenju bolezni.
Keywords: Analiza kromosomov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo.
Published in DKUM: 27.06.2014; Views: 1448; Downloads: 168
.pdf Full text (2,79 MB)

94.
Molekularna biologija in molekularna genetika : navodila za laboratorijske vaje
Katja Repnik, Uroš Potočnik, 2013, other educational material

Abstract:
Keywords: molekularna genetika, molekuralna biologija
Published in DKUM: 30.05.2014; Views: 2791; Downloads: 132
.pdf Full text (1,54 MB)

95.
Genomika v biomedicinski tehnologiji : navodila za laboratorijske vaje
Katja Repnik, Uroš Potočnik, 2013, other educational material

Abstract:
Keywords: genomika, medicinska tehnologija
Published in DKUM: 30.05.2014; Views: 1504; Downloads: 131
.pdf Full text (1,91 MB)

96.
Bioinformatika in genomika : navodila za računalniške vaje z nalogami
Katja Repnik, Uroš Potočnik, 2013, other educational material

Abstract:
Keywords: bioinformatika, genomika
Published in DKUM: 30.05.2014; Views: 1431; Downloads: 168
.pdf Full text (4,73 MB)

97.
Biokemija in molekularna biologija : navodila za laboratorijske vaje
Katja Repnik, Uroš Potočnik, 2013, other educational material

Abstract:
Keywords: biokemija, molekuralna biologija
Published in DKUM: 30.05.2014; Views: 2181; Downloads: 237
.pdf Full text (1,52 MB)

98.
RAZŠIRJENOST Kidd ANTIGENA MED KRVODAJALCI V SEVEROVZHODNI SLOVENIJI
Veronika Vrabič, 2014, undergraduate thesis

Abstract: Eden najtežjih zapletov pri zdravljenju s krvjo in krvnimi pripravki je hemoliza transfundiranih eritrocitov, do katerega pride zaradi prisotnosti protiteles proti eritrocitnim antigenom v krvi prejemnika. V večini primerov jo lahko preprečimo z zagotavljanjem skladne krvi.
Keywords: Krvne skupine, Kidd antigen, intravaskularna/ekstravaskularna hemoliza, imunski odgovor na eritrocitne antigene, aglutinacija
Published in DKUM: 01.04.2014; Views: 1358; Downloads: 111
.pdf Full text (1023,40 KB)

99.
FARMAKOGENOMIKA IN VREDNOTENJE INTERMITENTNEGA ZDRAVLJENJA Z ANTAGONISTI LEVKOTRIENOV PRI OTROCIH S PERSISTENTNO ASTMO
Maja Skerbinjek-Kavalar, 2013, dissertation

Abstract: V naši raziskavi smo želeli preveriti, ali je pri otrocih in mladostnikih intermitentno zdravljenje blage astme z LTRA prav tako učinkovito kot kontinuirano zdravljenje z LTRA. UDK: 616.248-053.2:615.234:577.2(043.3) V kliničnem delu raziskave smo ugotavljali urejenost astme po letu dni zdravljenja z IGK, z LTRA kontinuirano in z LTRA intermitentno. Ugotoviti smo želeli vpliv različnih načinov zdravljenja na pljučno funkcijo, ACT-vprašalnik in na biomarkerje (pH in vnetne citokine, ki so značilni za astmatsko vnetje) v kondenzatu izdihanega zraka. V raziskavi o genetiki smo želeli določiti pogostnost nekaterih alelov in genotipov v kandidatnih genih pri astmatikih in zdravih kontrolah. Ovrednotiti smo želeli njihovo povezanost s tveganjem za razvoj astme in ugotoviti, ali so posamezni SNP-ji povezani z astmo kot tako ali le z značilnimi fenotipi astme. S farmakogenetsko analizo smo želeli ugotoviti, ali so določeni polimorfizmi genov, ki so bili v prejšnjih raziskavah povezani bodisi s tveganjem za razvoj astme bodisi z odzivom na zdravljenje astme, povezani z odgovorom otrok na zdravljene z IGK, z LTR kontinuirano in z LTR intermitentno. Hipoteze, da je učinkovitost zdravljenja blage astme z LTRA intermitentno glede na klinične pokazatelje enako učinkovita kot dolgotrajno protivnetno zdravljenjenje z IGK ali z LTRA kontinuirano, nismo potrdili. Kljub temu da so bili v skupini, zdravljeni z LTRA intermitentno, vključeni bolniki z blažjo astmo, je bilo potrebno pri nekaterih bolnikih uvesti kontinuirano protivnetno zdravljenje. Z raziskavo povezanosti genotipov s fenotipi astme smo potrdili pomen nekaterih alelov oziroma genotipov SNP-jev v kandidatnih genih za astmo pri slovenskih otrocih. ORMDL3 smo potrdili kot pomembni kandidatni gen za astmo. V naši raziskavi je povezan tako s tveganjem za razvoj astme kot tudi z neatopijsko astmo in z astmo brez rinitisa. Alel C v rs4795405 je povezan s tveganjem za razvoj astme pri slovenski populaciji otrok; lahko bi vplival na pojav neatopijskega fenotipa astme in astme brez rinitisa. Potrdili smo povezavo genotipa GG rs5744247 v IL18 s simptomi zgodnje alergije, ki poveča možnost za razvoj astme. Sicer ta SNP ni povezan z atopijsko astmo, se pa je statistično značilno pogosteje pojavljal pri otrocih z astmo, ki imajo zgodnje simptome alergije, pogostnost genotipa GG pri otrocih brez zgodnjih simptomov alergije pa je bila podobna pogostnosti pri zdravih otrocih. Povezave TBXA2R z atopijsko astmo pri slovenskih otrocih nismo potrdili, našli pa smo povezavo med rs3786989 za TBXA2R in pojavom zgodnjih simptomov alergije ter povezavo med rs8113232 in astmo, ki ji je pridružen rinitis. Prav tako nismo potrdili povezave med rs833058 za VEGF in atopijsko astmo, temveč smo ugotovili, da je ta SNP povezan s pojavom zgodnjih simptomov alergije pri astmatikih, povezave med SNP rs2146323 v VEGFA in astmo ali posameznimi fenotipi nismo potrdili. SNP rs7025417 za gen IL-13 in SNP rs324011 za STAT6 nista bila povezana s tveganjem za razvoj astme ali s katerim od preučevanih fenotipov astme. SNP-ji rs3786989 in rs8113232 v TBXA2R, rs4795405 v ORMDL3 ter rs833058 v VEGFA so bili povezani s stopnjo izražanja astme, iste SNP-je smo povezali tudi bodisi s tveganjem za razvoj astme bodisi s posameznimi fenotipi astme, kar kaže na njihovo vlogo v patogenezi te bolezni. Rezultati vpliva genotipa na odziv na protivnetno zdravljenje z IGK kažejo vpliv polimorfizma rs1295686 za gen IL-13, saj imajo homozigoti za alel A boljši odgovor na zdravljenje, vpliv polimorfizma rs2139142 za gen MAPK3, kjer imajo homozigoti za alel G boljši odgovor na zdravljenje, vsi glede na porast FEV1. Boljšo urejenost astme glede izboljšanja % ACT-vprašalnika pa smo zabeležili pri polimorfizmu rs13298282 za gen TLE4 pri nosilcih vsaj enega alela C. Pri kontinuiranem zdravljenju z LTRA smo zabeležili porast pljučne funkcije oziroma FEV1 za polimorfizem rs1295686 za gen IL-13 za bolnike z vsaj enim alelom A, za polimorfizem rs2244012 za gen RAD50 pri homozigotih za alel C in z
Keywords: Astma, otrok, zdravljenje, genetika
Published in DKUM: 13.11.2013; Views: 2915; Downloads: 317
.pdf Full text (4,45 MB)

100.
PRIMERJAVA RAZLIČNIH MOLEKULARNIH METOD ZA DIAGNOSTIKO CELIAKIJE
Neja Hrovat, 2013, undergraduate thesis

Abstract: Celiakija je ena izmed pogostejših imunskih bolezni, ki se razvije pri vnosu glutena pri genetsko dovzetnih posameznikih; poleg okoljskih dejavnikov k razvoju celiakije prispeva tudi genetska predispozicija. Večina bolnikov nosi genotip človeškega levkocitnega antigena HLA-DQ2 ali HLA-DQ8. To so heterodimerni proteini, katere najdemo na površju antigen predstavljajočih celic. Za diagnozo celiakije je potrebnih več preiskav. Med njimi so biopsija tankega črevesa, opazovanje stanja ob prehodu na brezglutensko dieto, serološke preiskave in genetski testi. Evropsko združenje za pediatrično gastroenterologijo, hepatologijo in prehrano (ESPGHAN) je za diagnostiko celiakije priporočilo določanje prisotnosti genetskega zapisa za HLA-DQ2 in HLA-DQ8, saj bolniki s celiakijo nosijo ta genetski zapis. Na podlagi tega smo se odločili za primerjavo dveh metod genetske diagnostike, SSP PCR in rt-PCR. SSP PCR je verižna reakcija s polimerazo z uporabo sekvenčno specifičnih začetnih oligonukleotidov; za to metodo smo uporabljali komercialni kit Olerup. rt-PCR pa je verižna reakcija s polimerazo v realnem času, kjer merimo količino produkta v vsakem ciklu med samo reakcijo, z merjenjem fluorescence. Za to metodo smo uporabljali komercialni kit Eligene. Analiza je bila opravljena na šestih vzorcih, od tega so štirje bolniki s celiakijo, potrjeni v slovenskih splošnih bolnišnicah. Rezultati obeh diagnostičnih testov se ne skladajo. Ugotovili smo, da se rezultati Eligene diagnostičnega kita skladajo s potrjenimi diagnozami postavljenimi v splošnih bolnišnicah, medtem ko za Olerup kit nismo potrdili diagnoz. Primerjava zahtevnosti izvedbe posameznega kita je pokazala, da je diagnostika z uporabo rt-PCR metode časovno manj zahtevna od SSP PCR metode in uporabniku bolj prijazna, saj zahteva manj priprave. Interpretacijo rezultatov uporabnik zlahka opravi sam. Slabost, ki bi jo izpostavili je, da potrebujemo real time aparaturo, ki je cenovno težje dostopna. Izvedba diagnostike z Olerup kitom se je izkazala za časovno bolj zahtevno kot diagnostika z Eligene kitom. Od uporabnika zahteva več časa za pripravo, izvaja se v 2 korakih. To sta reakcija PCR in analiza fragmentov na agarozem gelu. Pozitiven je razvoj programske opreme ki omogoča analizo, vendar je ta toliko bolj zahtevna, da je za interpretacijo rezultatov potrebna strokovna pomoč v podjetju šolanega osebja. V kolikor bi se morali odločiti med tema dvema kitoma, bi se odločili za diagnostiko rt-PCR z Eligene kitom.
Keywords: celiakija, PCR v realnem času, sekvenčno specifični PCR, genetska diagnostika
Published in DKUM: 18.09.2013; Views: 3135; Downloads: 230
.pdf Full text (8,74 MB)

Search done in 0.62 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica