1. Izražanje izoform gena DDB2 v mononuklearnih celicah periferne krvi pri različnih podtipih raka dojkeKarin Rajh, 2024, undergraduate thesis Abstract: Rak dojke (RD) je najpogosteje diagnosticiran rak pri ženskah in je glavni vzrok smrti zaradi raka pri ženskah po vsem svetu. Gre za heterogeno bolezen, ki se razlikuje na molekularni, histološki in klinični ravni. Ločimo več podtipov RD, ki jih delimo na podlagi histopatoloških in molekularnih značilnosti. Podtipa trojno negativni RD in HER2-pozitivni RD (TNRD in HER2+) sta na splošno bolj imunogena in povezana z boljšo odzivnostjo na imunoterapijo kot luminalna podtipa (luminalni A in B).
Analize krvi omogočajo vpogled v sistemski imunski odziv na tumorske celice. Odvzem krvi je lahko dostopna metoda pridobivanja bioloških vzorcev, ki lahko pripomore k zgodnjemu odkrivanju RD. V Centru za humano genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru so z metodo RNA-seq opravili sekvenciranje transkriptoma imunskih celic iz periferne krvi (mononuklearnih celic periferne krvi, PBMC) pri 25 bolnicah z RD, od tega 13 s podtipom luminalni A in 12 s podtipom TNRD. Z bioinformatsko analizo transkripcijskih izoform so identificirali izoformo ENST00000378603 gena DDB2 kot potencialno pomembno, saj je pokazala značilno diferencialno izražanje med tema dvema podtipoma RD. V nasprotju z omenjeno izoformo pa so se druge izoforme gena DDB2, na primer izoforma ENST00000256996, enako izražale pri podtipih TNRD in luminalni A.
Namen te diplomske naloge je bila validacija ter razširitev teh ugotovitev z analizo izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR na večjem številu vzorcev, ki so vključevali 182 vzorcev bolnic z RD vseh podtipov in 37 vzorcev zdravih oseb. Da bi lahko ovrednotili izražanje izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR, je bilo najprej potrebno optimizirati reakcijske pogoje s specifičnimi oligonukleotidnimi začetniki za obe izoformi. Po optimizaciji reakcijskih pogojev smo z RT-qPCR izmerili izražanje izoforme ENST00000256996 pri bolnicah z RD in zdravih osebah. V nasprotju pa je bila optimizacija reakcijskih pogojev za izoformo ENST00000378603 neuspešna.
Ugotovili smo, da se izoforma ENST00000256996 statistično značilno bolj izraža v vzorcih zdravih oseb kot v vzorcih pacientk z RD, kar je v skladu z našo hipotezo, saj je produkt gena DDB2 udeležen pri popravljanju poškodb DNA, njegova odsotnost pa je povezana s kopičenjem DNA-napak in kancerogenezo. Rezultati so potrdili tudi, da se analizirana izoforma enako izraža v podtipih RD TNRD in luminalni A.
Keywords: Rak dojke, TNRD, PBMC, DDB2, transkripcijske izoforme, biooznačevalci
Published in DKUM: 20.09.2024; Views: 0; Downloads: 11
 Full text (2,34 MB) |
2. Optimizacija in vitro stimulacije limfocitov s fitohemaglutininom (PHA) in lipopolisaharidi (LPS) : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjePatricija Počivavšek, 2024, undergraduate thesis Abstract: Stimulacija limfocitov s fitohemaglutininom(PHA) in lipopolisaharidi(LPS) je ključna metoda za preučevanje imunskih odzivov v eksperimentalnih pogojih. Optimizacija koncentracij omenjenih imunostimulatorjev je bistvena za zagotavljanje fiziološko relevantnih in natančnih rezultatov. V diplomski nalogi smo preučevali odziv limfocitov na različne koncentracije PHA in LPS, ki inducirajo 70% maksimalnega odziva. Pri tem smo prav tako želeli ugotoviti, če najvišje koncentracije PHA in LPS povzročijo celično smrt. Limfocite smo izolirali iz mononuklearnih celic periferne krvi(PBMC) zdravih darovalcev in jih gojili v prisotnosti različnih koncentracij PHA in LPS. Proliferacijo celic smo merili s pomočjo barvila alamarBlue in določili celično viabilnost z uporabo pretočne citometrije. Rezultati so pokazali, da je PHA pri vmesni koncentraciji 1-2,5 μg/mL učinkovit stimulator za doseg 70% maksimalnega odziva limfocitov, hkrati pa najvišje koncentracije PHA povzročajo celično smrt. Nasprotno je bil LPS neuspešen zaradi velike variabilnosti med donorji. Naše ugotovitve prispevajo k boljši standardizaciji eksperimentalnih protokolov pri imunoloških raziskavah.
Keywords: limfociti, stimulacija, pretočna citometrija, PHA, LPS, optimizacija
Published in DKUM: 19.09.2024; Views: 0; Downloads: 16
Full text (1,51 MB) |
3. Optimizacija metode obogatitve fosforiliranih peptidov za analizo z masno spektrometrijo : magistrsko deloDoroteja Golob, 2024, master's thesis Abstract: Dinamična fosforilacija in defosforilacija proteinov sta esencialna regulatorna mehanizma, ki regulirata večino celične fiziologije, zato ni presenetljivo, da so motnje v njunem delovanju pogosto vzrok za nastanek in napredovanje številnih bolezni. Fosfoproteomika je biološko pomembno področje, ki za analizo fosfoproteinov pogosto uporablja tekočinsko kromatografijo, sklopljeno s tandemsko masno spektrometrijo (LC MS/MS). Pred analizo z LC-MS/MS je ključnega pomena obogatitev fosforiliranih peptidov, ki zviša relativno količino ciljnih molekul in s tem poveča občutljivost metode.
V magistrski nalogi smo optimizirali metodo obogatitve fosforiliranih peptidov za analizo z masno spektrometrijo, pri čemer smo izhajali iz nezadovoljivega protokola proizvajalca. Na voljo smo imeli dva obogatitvena materiala: PureCube Fe-NTA MagBeads in PureCube Ti-NTA MagBeads, katerih kapaciteto smo primerjali. Ugotovili smo, da je v naši izvedbi eksperimenta veliko obetavnejša obogatitev s Ti-NTA magnetnimi kroglicami, ki so že na začetku optimizacije ponujale zadovoljiv delež obogatenih fosfopeptidov, medtem ko bi za uporabo Fe-NTA morali bistveno spremeniti sestavo vezavnega pufra. Optimizirali smo razmerje med količino Ti-NTA in maso vhodnih peptidov ter delež glikolne kisline (GA) v vezavnem pufru. Rezultati kažejo, da z večjo količino afinitetnega materiala obogatimo več fosforiliranih peptidov, brez zmanjšanega deleža le-teh v vzorcu, zato smo kot optimalno določili dvakratno količino Ti-NTA glede na prvotni protokol. Nadalje smo ugotovili, da dodatek GA občutno vpliva na specifičnost vezave, vendar večji delež le-te hkrati obogati manj fosfopeptidov. Kompromis med zvišanjem specifičnosti in večjim številom fosfopeptidov smo tako dosegli pri uporabi vezavnega pufra z 0,2 % deležem GA. Na podlagi alternativnih protokolov in teorije smo prilagodili tudi inkubacijski čas vezave in elucije fosfopeptidov. Nadalje smo ugotavljali minimalno maso vhodnih peptidov, iz katere še dobimo zanesljivo kvantifikacijo fosfopeptidov. Ugotovili smo, da je ta lahko veliko nižja kot navaja proizvajalec; minimalno maso smo postavili pri 50 g, saj nižje mase dajejo zelo variabilne in s tem nezanesljive rezultate.
Optimizirano metodo smo testirali na peptidih iz celic, gojenih v različnih pogojih. Analizirali smo fosfoproteom celic, tretiranih s kemoterapevtikom doksorubicin, napram celicam v normalnih rastnih pogojih. Statistična analiza je pokazala, da se je ob izpostavljenosti doksorubicinu količina številinih fosforiliranih peptidov statistično značilno povečala. Uporabljen masni spektrometer se je izkazal za dovolj občutljivega, da te spremembe zazna, optimizirana metoda pa kot učinkovita. Metoda je tako primerna za proučevanje fosfoproteoma, ko imamo opravka z manjšim številom vzorcev, pred širšo uporabo pa bo potrebna dodatna optimizacija.
Keywords: proteomika, fosforilacija, obogatitev fosfopeptidov, masna spektrometrija
Published in DKUM: 12.09.2024; Views: 21; Downloads: 14
Full text (3,68 MB) |
4. Expert meeting report : towards a joint European roadmap to address the unmet needs and priorities of paediatric asthma patients on biologic therapyKornel Golebski, Uroš Potočnik, 2021, review article Abstract: Biologics use in severe paediatric asthma
The global prevalence of severe asthma among adolescents ranges from 4% to 11%; and up to 7% of children with asthma display an uncontrolled and severe form that is often associated with a substantial burden on the quality of life of patients and their families, and increasing costs of healthcare [1, 2]. “Childhood asthma” is an umbrella term describing a heterogeneous disease comprising different phenotypes and a wide range of symptoms [3–5].
Despite decades of basic and clinical research, tailored strategies to modify the natural course of asthma, prevent severe exacerbations and inhibit lung function decline are still lacking. In addition, clinical phenotypes are only moderately reliable in the prediction of treatment responses and our current understanding of asthma endotypes is limited. Most asthma endotypes involve concomitant inflammatory pathways and distorted immune parameters. Advances in understanding severe paediatric asthma pathophysiological mechanisms and immunological pathways mediating the airway inflammation would allow better characterisation of these patients as well as optimised intervention, guided by treatable traits and biomarkers [6, 7].
Recent studies have demonstrated the effectiveness of monoclonal antibodies (mAbs), also known as biologics, targeting type 2 inflammation in controlling the symptoms of severe asthma. Currently, four human mAbs are approved for use in children: mAbs that target interleukin (IL)-5 or IL-5 receptor (R) (mepolizumab and benralizumab), mAbs that target IL-4R (dupilumab), and mAbs that target immunoglobulin E (omalizumab). Omalizumab was the first biologic approved to treat moderate-to-severe allergic asthma (≥6 years of age). Mepolizumab and dupilumab have been approved for severe eosinophilic asthma (≥6 and ≥12 years of age, respectively), while benralizumab has been approved in the USA to treat children (≥12 years of age) with severe eosinophilic asthma [8–13].
The introduction of mAb agents in asthma treatment is a milestone in the application of personalised medicine. However, comparative studies and standardised algorithms for the management of paediatric severe asthma to guide the best therapeutic option for paediatric patients with severe asthma are lacking [14]. More personalised medicine approaches may benefit the patient by better matching patients with the most appropriate therapy. Risk stratification, remote monitoring and the integration of multiple data sources could help tailor management for the individual child with severe asthma.
A digital multidisciplinary European expert meeting took place on 9 July 2020. In this workshop, we brought together European respiratory/allergy paediatricians, immunologists, epidemiologists and basic scientists to identify the unmet needs of paediatric severe asthma patients, and set the priorities for clinical and research activities ahead. The participants discussed ongoing initiatives and knowledge gaps, and formulated proposals on how to address these challenges. In this report, we describe the main findings of this expert meeting.
Keywords: asthma, paediatric asthma, severe asthma, children, biologics, monoclonal antibodies, biologic therapy, therapy
Published in DKUM: 14.08.2024; Views: 84; Downloads: 6
Full text (695,54 KB)
This document has many files! More... |
5. |
6. |
7. Classifying asthma control using salivary and fecal bacterial microbiome in children with moderate-to-severe asthmaJelle M. Blankestijn, Alejandro Lopez-Rincon, Anne H. Neerincx, Susanne J Vijverberg, Simone Hashimoto, Mario Gorenjak, Olaia Sardon-Prado, Paula Corcuera-Elosegui, Javier Korta-Murua, Maria Pino-Yanes, Uroš Potočnik, 2023, original scientific article Published in DKUM: 09.05.2024; Views: 152; Downloads: 9
Full text (1,66 MB)
This document has many files! More... |
8. Primerjava podpornih vektorjev, naključnih gozdov in nevronskih mrež za napoved odziva na zdravljenje z adalimumabom pri slovenskih bolnikih s crohnovo boleznijoKatja Nemec, 2024, master's thesis Abstract: Uvod: V našem magistrskem delu smo želeli ugotoviti učinkovitost metod strojnega učenja pri napovedi odziva bolnikov s Chronovo boleznijo na biološko zdravilo adalimumab.
Metode: Raziskava je vključevala 88 vzorcev, ki so bili analizirani glede na genetske, klinične in mešane podatke v različnih tednih zdravljenja. Uporabljene metode, kot so naključni gozdovi (RF), podporni vektorji (SVM) in nevronske mreže (NNET), so bile evalvirane z uporabo različnih metrik natančnosti, občutljivosti in Youdenovega indeksa.
Rezultati: Rezultati kažejo, da je metoda RF najboljša na mešanih podatkih, SVM izstopa pri kliničnih, medtem ko NNET in RF dosegata najboljše rezultate na genetskih podatkih v različnih obdobjih zdravljenja. Uporaba metode "bagging" je izboljšala natančnost, še posebej pri RF. Kljub temu se zahteva previdnost pri interpretaciji zaradi omejene velikosti vzorca.
Razprava: Naša analiza poudarja potrebo po preudarnem izboru metode, odvisnem od specifičnih značilnosti podatkov in ciljev analize.
Sklep: Naše ugotovitve na podlagi analize predstavljajo osnovo za nadaljnje raziskave v smeri izboljšanja natančnosti modelov napovedi zdravljenja.
Keywords: Crohnova bolezen, bioinformatika, napovedni modeli, strojno učenje
Published in DKUM: 26.03.2024; Views: 257; Downloads: 13
Full text (3,95 MB) |
9. The endocannabinoid system in asthma patients and the effect of cannabinoids in the modulation of inflammatory responseCarina Esteves Pinto Kozmus, 2021, doctoral dissertation Abstract: Asthma is a chronic inflammatory condition characterised by intermittent and reversible airflow obstruction caused by inflammation, bronchospasm, and increased airway secretions. Questions about the endocannabinoid system’s function in asthma pathogenesis have arisen as evidence grows, demonstrating it is a native modulator of immune functions. The main goal of this study was to genetically characterise the endocannabinoid system in naive asthma patients and determine if there is a relationship between endogenous cannabinoids and their inflammatory response. We studied a case-control cohort of 353 patients with mild/moderate persistent asthma and 276controls. The mRNA expression levels of the selected genes were quantified in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and N-acylethanolamines (NAEs) quantified from plasma samples. Our results revealed that the genes for CB1 (CNR1) andCB2 (CNR2), along with genes for the enzymes NAPE-PLD (NAPEPLD), Abhd4(ABHD4) and MAGL (MGLL) were up-regulated in asthma patients and associated with their clinical and inflammatory condition. In addition, two of the genotyped polymorphisms located in the CNR2 gene were also associated with worse clinical symptoms. Palmitoylethanolamide (PEA) levels were lower and significantly different between allergic asthma patients and the control group and associated with worse clinical symptoms. Furthermore, our findings indicate that asthma patients with highCNR1mRNA expression levels at the time of diagnosis, treated with LTA, have better treatment response, while asthma patients with highCNR1mRNA expression levels, treated with ICS, had worse treatment response. Long-term ICS or LTRA therapy reduced mRNA expression ofCNR1together withIL4andIL5.It is evident from these findings that the endocannabinoid system plays a role in asthma, but it is not possible to determine whether this up-regulation is a cause or a result of the condition. Nonetheless, our findings add to a better understanding of the endocannabinoid system’s significance in asthma pathogenesis.
Keywords: Asthma, Endocannabinoid system, Cannabinoids, Inflammation, Molecular genetics
Published in DKUM: 18.03.2024; Views: 251; Downloads: 13
Full text (10,46 MB) |
10. Vpliv odmerka vitamina D na funkcionalno stanje in izražanje izbranih genov pri bolnikih z recidivno remitentno multiplo sklerozoSaša Gselman, 2023, doctoral dissertation Abstract: Nastanek multiple skleroze (MS) je povezan z genetskimi in okoljskimi dejavniki, med slednjimi tudi z vitaminom D, vendar še ni razjasnjeno, katere vrednosti v serumu so zadostne, kako ga nadomeščati in ali to vpliva na potek MS.
Namen raziskave je bil določiti izhodiščni nivo vitamina ter morebitno povezavo z genotipom, nato pa primerjati učinek nadomeščanja v dveh različnih odmerkih na klinične, laboratorijske in genetske parametre.
V randomizirano dvojno slepo raziskavo smo vključili 78 bolnikov z recidivno-remitentno MS, pri katerih smo nadomeščali vitamin D v odmerku 1000 ali 4000 enot dnevno.
Pred nadomeščanjem smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D, ki so bile tudi odvisne od genetske različice rs12785878, katero smo povezali tudi z višjim porastom vitamina D po nadomeščanju. Višji odmerek je bil varen in učinkovitejši. Vpliva nadomeščanja na izražanje izbranih, za protein kodirajočih geno,v nismo potrdili, je pa prišlo do statistično pomembnega zmanjšanja izražanja vnetne miR-155-5p pri obeh skupinah, kar je nova ugotovitev, ki bi lahko nakazovala na protivnetni učinek nadomeščanja.
Z raziskavo smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D v serumu pred nadomeščanjem, kar je bilo povezano tudi z genetsko različico rs12785878, dokazali smo, da je višji odmerek učinkovitejši in varen za nadomeščanje in da le-to vpliva na izražanje miR-155-5p.
Keywords: multipla skleroza, nadomeščanje vitamina D, genetske različice, izražanje genov, izražanje miR-155-5p
Published in DKUM: 23.02.2024; Views: 504; Downloads: 61
Full text (7,24 MB) |
