1. Specific behavioural phenotype and secondary cognitive decline as a result of an 8.6 Mb deletion of 2q32.2q33.1Hojka Gregorič Kumperščak, Danijela Krgović, Nadja Kokalj-Vokač, 2016, izvirni znanstveni članek Opis: Chromosomal abnormalities involving 2q32q33 deletions are very rare and present with a specific phenotype. This case report describes a 37-year-old female patient with 2q32q33 microdeletion syndrome presenting with the characteristic features, but with the addition of secondary cognitive decline. Molecular karyotyping was performed on the patient and her parents. It revealed an 8.6 megabase deletion with the proximal breakpoint in the chromosome band 2q32.2 and the distal breakpoint in 2q33.1. The deletion encompassed 22 known genes, including the GLS, MYO1B, TMEFF2, PGAP1 and SATB2 genes. The observed deletion was confirmed using a paralogue ratio test. This case report provides further evidence that the SATB2 gene, together with GLS, MYO1B, TMEFF2 and possibly PGAP1, is a crucial gene in 2q32q33 microdeletion syndrome. The SATB2 gene seems to be crucial for the behavioural problems noted in our case, but deletion of the GLS, MYO1B and TMEFF2 genes presumably contributed to the more complex behavioural characteristics observed. Our patient is also, to our knowledge, the only patient with 2q32q33 microdeletion syndrome with secondary cognitive decline.
Ključne besede: 2q32q33 microdeletion syndrome, behavioural problems, secondary cognitive decline, developmental delay, SATB2 gene
Objavljeno v DKUM: 13.07.2017; Ogledov: 1330; Prenosov: 367
 Celotno besedilo (411,05 KB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
2. Submicroscopic interstitial deletion of chromosome 11q22.3 in a girl with mild mental retardation and facial dysmorphism: Case reportDanijela Krgović, Nataša Marčun-Varda, Andreja Zagorac, Nadja Kokalj-Vokač, 2011, izvirni znanstveni članek Opis: Background: Except for terminal deletions that lead to Jacobsen syndrome, interstitial deletions involving the long arm of chromosome 11 are not frequently reported. A clinically distinct phenotype is usually observed in these cases, and no clear genotype-phenotype correlation is proposed.
Results: Here we present a case study of a 5-year-old girl with de novo submicroscopic deletion of chromosome 11q22.3 with mild mental retardation and facial dysmorphism. A standard cytogenetic analysis did not reveal any structural aberrations. A contrary array-CGH analysis indicated a small deletion of 11q22.3.
Discussion: To our knowledge, this is the smallest 11q22.3 deletion reported in literature, containing nine RefSeq genes. Although none of the deleted genes are obvious candidates for the features observed in our patient, genes CUL5 and SLN could play a key role in the features described.
Ključne besede: 11q22.3 deletion, mild mental retardation, facial dysmorphism
Objavljeno v DKUM: 29.06.2017; Ogledov: 1653; Prenosov: 367
Celotno besedilo (766,41 KB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
3. A coalescence of two syndromes in a girl with terminal deletion and inverted duplication of chromosome 5Danijela Krgović, Ana Blatnik, Ante Burmas, Andreja Zagorac, Nadja Kokalj-Vokač, 2014, izvirni znanstveni članek Opis: Background: Rearrangements involving chromosome 5p often result in two syndromes, Cri-du-chat (CdC) and Trisomy 5p, caused by a deletion and duplication, respectively. The 5p15.2 has been defined as a critical region for CdC syndrome; however, genotype-phenotype studies allowed isolation of particular characteristics such as speech delay, cat-like cry and mental retardation, caused by distinct deletions of 5p. A varied clinical outcome was also observed in patients with Trisomy 5p. Duplications of 5p10-5p13.1 manifest themselves in a more severe phenotype, while trisomy of regions distal to 5p13 mainly causes mild and indistinct features. Combinations of a terminal deletion and inverted duplication of 5p are infrequent in literature. Consequences of these chromosomal rearrangements differ, depending on size of deletion and duplication in particular cases, although authors mainly describe the deletion as the cause of the observed clinical picture.
Case presentation: Here we present a 5-month-old Slovenian girl, with de novo terminal deletion and inverted duplication of chromosome 5p. Our patient presents features of both CdC and Trisomy 5. The most prominent features observed in our patient are a cat-like cry and severe malformations of the right ear.
Conclusion: The cat-like cry, characteristic of CdC syndrome, is noted in our patient despite the fact that the deletion is not fully consistent with previously defined cat-like cry critical region in this syndrome. Features like dolichocephaly, macrocephaly and ear malformations, associated with duplication of the critical region of Trisomy 5p, are also present, although this region has not been rearranged in our case. Therefore, the true meaning of the described chromosomal rearrangements is discussed.
Ključne besede: deletion with inverted duplication of 5p, trisomy 5, cri-du-chat syndrome, cat-like cry, ear agenesis
Objavljeno v DKUM: 28.06.2017; Ogledov: 1566; Prenosov: 397
Celotno besedilo (1,07 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
4. Analiza klinično pomembnih strukturnih genomskih variabilnosti pri slovenskih otrocih z nepojasnjenim razvojnim ali duševnim zaostankom, s prirojenimi nepravilnostmi in z motnjami avtističnega spektraDanijela Krgović, 2015, doktorsko delo/naloga Opis: Kljub intenzivni genetski obravnavi otrok z razvojno–nevrološkimi motnjami pri skoraj polovici obravnavanih ostaja vzrok motnje še vedno nepojasnjen. V zadnjih dveh desetletjih je uvedba tehnologije molekularne kariotipizacije bistveno izboljšala razumevanje genetskega vpliva na nastanek razvojno–nevroloških motenj. Tehnologija namreč omogoča pregled celotnega človeškega genoma pri višji resoluciji naenkrat. Molekularna kariotipizacija je omogočila odkrivanje novih strukturnih genomskih variabilnosti (SGV) v smislu delecij in duplikacij velikosti od nekaj kilo (kb) do nekaj mega baznih parov (Mb). Te spremembe so del normalne diverzitete človeškega genoma (benigne SGV), lahko pa so vzrok nastanka različnih motenj in bolezni (patološki SGV). Uvedba molekularne kariotipizacije v diagnostiki razvojno–nevroloških motenj je tako bistveno povečala število posameznikov, pri katerih so lahko določili genetski vzrok nastanka motnje, zato je postala prva metoda pri diagnosticiranju otrok z duševno manjrazvitostjo (DM), z razvojnim zaostankom (RZ), s prirojenimi nepravilnostmi in z motnjami avtističnega spektra (MAS).
Ocena molekularne kariotipizacije kot diagnostične metode do sedaj v slovenski populaciji ni bila izvedena. V našo raziskavo smo zato vključili 159 otrok z MAS in 126 otrok z DM/RZ. V prvi skupini smo lahko odkrili genetski vzrok motnje pri 12,6 % preiskovancev. Pri otrocih z DM/RZ smo patološke SGV določili pri 15 % analiziranih. Natančnega kliničnega pomena analiziranega SGV nismo mogli določiti pri 7 % otrok z MAS in 10 % otrok z DM/RZ. Spremljanje opisov podobnih sprememb v literaturi ter primerjava z novimi primeri v mednarodnih podatkovnih bazah SGV, odkritih pri osebah z razvojno–nevrološkimi motnjami, bo v prihodnje pripomogla k razjasnitvi kliničnega pomena tudi teh sprememb.
Med študijo smo določili tudi redko opisane ali do sedaj še neopisane primere patoloških sprememb. Tako smo med drugim v skupini otrok z MAS pri dečku z avtizmom in s hudo regresijo na govornem in razvojnem področju določili delecijo zadnjega eksona gena SHANK3, eno izmed najmanjših poročanih do sedaj. Gen SHANK3 je ključen gen sindroma Phelan–McDermid (PMS), za katerega so značilne bistveno večje genosmke spremembe. Analizirana delecija je tako bila ključna za pravilno postavitev diagnoze, saj je deček izražal polno klinično sliko PMS. Prvi v literaturi smo opisali na novo nastalo najmanjšo delecijo v kromosomski regiji 11q22.3 pri deklici z blagim DM in izrazitimi displastičnimi znaki. Pri novorojenki z RZ, s prirojenimi nepravilnostmi levega ušesa in specifičnim jokom smo določili kompleksno spremembo na kromosomu 5p. Z molekularno kariotipizacijo je pri preiskovanki bila določena na novo nastala terminalna delecija v regiji sindroma Cri–du–Chat (CDCS), ki ji sledi znatno večja duplikacija z inverzijo v regiji sindroma Trisomije 5p. Gre za sedmi opis tovrstne kompleksne spremembe v literaturi. Genotip–fenotip primerjava ter podatki iz literature so pokazali, da je klinična slika preiskovanke sestavljena iz fenotipskih značilnosti obeh sindromov.
V okviru raziskave smo izvedli tudi statistično analizo vseh SGV, določenih pri preiskovancih in pri interni kontrolni skupini. S tem smo poskušali ovrednotiti, ali obstaja statistično značilna razlika med prisotnostjo SGV na nekem kromosomskem lokusu pri preiskovancih z MAS ali DM/RZ v primerjavi s SGV v splošni slovenski in v drugih populacijah. Rezultati raziskave so pokazali, da so delecije znotraj variabilne regije 2q37.3 v slovenski populaciji pogostejše kot poročane v bazi benignih SGV drugih populacij. Prav tako so te pogostejše pri skupinah MAS in DM/RZ. Pogostost delecij pri skupini DM/RZ je primerljiva s tisto, določeno pri interni kontrolni skupini, medtem ko so v skupini MAS dvakrat pogostejše. Izsledki analize kažejo, da bi bilo lahko znatno odstopanje delecij v tej regiji pri slovenski populaciji potencialni vzrok za večjo nagnjenost k razvoju MAS z variabilno klinično sliko.
Ključne besede: Strukturne genomske variabilnosti, molekularna kariotipizacija, duševna manjrazvitost/razvojni zaostanek, motnje avtističnega spektra, slovenska populacija
Objavljeno v DKUM: 22.04.2015; Ogledov: 2879; Prenosov: 372
Celotno besedilo (4,02 MB) |
