1. Optimizacija procesnih parametrov za proizvodnjo sekundarnih metabolitov v šaržnem bioreaktorjuMelani Dolgov, 2024, master's thesis Abstract: Sekundarni metaboliti so naravne spojine, ki jih sintetizirajo mikroorganizmi, vključno z bakterijami, glivami, kvasovkami in rastlinami. Čeprav ti produkti niso nujno potrebni za osnovne biološke funkcije, kot so sinteza lipidov, aminokislin, ogljikovih hidratov in nukleinskih kislin, imajo pomembno vlogo v različnih industrijskih aplikacijah. Kvasovka Saccharomyces cerevisiae je ključni mikroorganizem v biotehnologiji zaradi svoje sposobnosti pretvorbe sladkorjev v etanol in ogljikov dioksid ter njene prilagodljivosti na različne okoljske pogoje.
Cilj magistrskega dela je bil optimizirati proizvodnjo sekundarnih metabolitov s pomočjo S. cerevisiae v šaržnem bioreaktorju. Raziskava je obsegala preučevanje vpliva različnih vrst mešal, začetnih koncentracij inokuluma ter hitrosti mešanja na rast celične mase in proizvodnjo sekundarnih metabolitov. Med optimizacijo smo spremljali spremembe pH med fermentacijo ter izvajali UV-VIS spektrofotometrične analize za pridobitev rezultatov o količini celokupnih proteinov, antioksidativnem potencialu in aktivnosti encima alkohol dehidrogenaze (ADH). Antioksidativni potencial proizvedenih sekundarnih metabolitov smo določili z DPPH metodo , za določanje koncentracije celokupnih proteinov je bila uporabljena Bradfordova metoda, aktivnost znotrajceličnega encima ADH pa je bila določena s pomočjo encimskega testa.
Optimalni parametri za doseganje najboljših rezultatov vključujejo hitrost mešanja 200 rpm, uporabo dvojnega mešala in začetno koncentracijo inokuluma 6,62 ∙ 107 CFU/mL. Ti parametri so bili potrjeni v zaključnem eksperimentu, kjer smo ponovno gojili S. cerevisiae pod enakimi pogoji, kar je potrdilo ponovljivost gojenja in učinkovitost izbranih parametrov. Prav tako so rezultati analitskih metod pokazali, da so permeabilizirani vzorci dosegli najvišjo antioksidativno aktivnost, najvišjo koncentracijo proteinov in največjo aktivnost ADH. Na podlagi teh ugotovitev smo zaključili, da višja hitrost mešanja, uporaba dvojnega mešala in večja začetna koncentracija inokuluma zagotavljajo optimalne rezultate v proizvodnji sekundarnih metabolitov.
Keywords: bioreaktor, procesni parametri, optimizacija, S. cerevisiae, alkohol dehidrogenaza, sekundarni metaboliti
Published in DKUM: 15.10.2024; Views: 0; Downloads: 20
 Full text (3,60 MB) |
2. Proizvodnja ADH iz Saccharomyces cerevisiae gojene na kompleksnem gojišču : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeAndrej Pajtler, 2024, undergraduate thesis Abstract: Namen diplomskega dela je bil proučiti vpliv različnih parametrov, kot so temperatura, pH in sestava rastnega medija na rast Saccharomyces cerevisiae, gojene na kompleksnem gojišču in vpliv parametrov na izražanje alkohol dehidrogenaze (ADH), celokupnih proteinov in njihovega antioksidativnega potenciala. V prvem delu smo optimirali temperaturo rasti kvasovke (28 °C in 30 °C) z namenom pridobitve ADH z visoko aktivnostjo. Ugotovili smo, da je bila aktivnost ADH višja v primeru, ko smo kvasovko gojili pri 28 °C. Nadalje smo optimirali sestavo rastnega medija ter sestavo medija (rastni medij ali različni pufri) v katerem smo izvedli razbitje celičnih sten kvasovke za pridobitev ADH. Primerjali smo rezultate gojenja v klasičnem rastnem mediju za kvasovke, ki vsebuje 10 g/L glukoze, z rezultati gojenja v rastnem mediju, kjer je bila glukoza zamenjana z različnimi količinami trsnega sladkorja v koncentracijah 5 g/L, 10 g/L ter 15 g/L. Prav tako smo primerjali učinkovitost homogenizacije v rastnem mediju, v 0,05 M pirofosfatnem pufru s pH 8,8 ter v 0,05 M natrijevem citratnem pufru s pH 4,8. Optimalne pogoje smo dosegli pri gojenju S. cerevisiae v rastnem mediju z 10 g/L trsnega sladkorja ter homogenizaciji kvasnih celic v 0,05 M natrijevem citratnem pufru pri pH 4,8.
Izvedli smo tudi študijo vpliva pH rastnega medija na celokupno pridobljeno koncentracijo proteinov in ADH z visoko aktivnostjo iz celic kvasovk . Naprej smo kvasovko gojili v rastnem mediju pri pH = 6,6, nato pa smo s pomočjo kislin oz. baz uravnali pH rastnega medija na pH 6,0 ter pH 7,0. Ugotovili smo, da sta tako aktivnost ADH kot tudi celokupna vsebnost proteinov najvišji, kadar je bila fermentacija izvedena v mediju pri pH = 6,61, medtem ko je bila aktivnost ADH najnižja pri gojenju v mediju s pH 7,0.
Keywords: S. cerevisiae, ADH, encimi, ekstrakcija, homogenizacija, optimizacija, antioksidativnost
Published in DKUM: 20.09.2024; Views: 0; Downloads: 26
Full text (1,71 MB) |
3. Orchestrating Digital Wallets for On- and Off-Chain Decentralized Identity ManagementVid Keršič, Urban Vidovič, Andraž Vrečko, Martin Domajnko, Muhamed Turkanović, 2023, original scientific article Abstract: Digital identity is becoming one of the core elements during the digitalization age, when more and more processes and interactions are taking place in the digital sphere. Therefore, current identity management approaches will define how these interactions will look in the future, but different fields and communities often approach management with their own solutions and tools, despite their similarities. This includes decentralized digital identities, where the identity is managed with asymmetric cryptographic keys, and no centralized entity oversees the whole identity system. This paper focuses on managing on- and off-chain decentralized digital identities, with the former being used for blockchain networks and the latter for self-sovereignty and privacy. While both types of decentralized identity build on the same cryptographic and identity primitives, there is no single wallet that handles both. Therefore, this paper proposes an orchestration solution for both wallet types, which enables their convergence to a single universal wallet and validates it with a real-life decentralized identity use case.
Keywords: decentralized identity, self-sovereign identity, wallet, identity, identity management, web3
Published in DKUM: 13.06.2024; Views: 231; Downloads: 17
Full text (3,25 MB)
This document has many files! More... |
4. Towards a Catalogue of Self-Sovereign Identity Design PatternsŠpela Čučko, Vid Keršič, Muhamed Turkanović, 2023, original scientific article Abstract: Self-sovereign identity (SSI) is a user-centric, decentralised identity approach that provides a means for identification, authentication, and authorisation without the involvement of external entities, responsible for identity provisioning and management in current centralised and federated approaches. In general, the basic building blocks of an SSI system include decentralised identifiers, verifiable credentials, identity wallets, a verifiable data registry, and three main actors: issuer, identity holder, and verifier. Even though the SSI field is dominated by proposals, SSI systems can be implemented in different ways, which is reflected in the absence of a well-defined architecture. Thus, the best implementation is still a matter of research, the requirements of the individual system, and its field of application. However, well-designed and implemented systems are crucial to avoiding failures, speeding up the development process, ensuring high quality, and the broader adoption of SSI solutions. Hence, the main objective of this study was to identify design patterns and good practices of the SSI ecosystems by reviewing and analysing the literature, technical documentation, and existing SSI implementations. Therefore, the study is built on existing knowledge, and presents a comprehensive catalogue of thirty-five SSI design patterns that can serve as a starting point for a possible SSI system design.
Keywords: self-sovereign identity, decentralised identity, design patterns, decentralised identifiers, verifiable credentials, blockchain, verifiable data registry, identity wallets
Published in DKUM: 05.12.2023; Views: 448; Downloads: 64
Full text (2,31 MB)
This document has many files! More... |
5. Analiza, načrtovanje in razvoj digitalne kripto denarnice : magistrsko deloTadeja Keršič, 2023, master's thesis Abstract: Na trgu najdemo veliko različnih digitalnih denarnic. Obstajajo neskladja glede delitve digitalnih denarnic na posamezne skupine. Novi uporabniki imajo težave ob izbiri primerne digitalne denarnice zanje. Analizirali smo obstoječe rešitve, razložili delitev denarnic v podskupine ter predlagali odločitven model za izbiro digitalne kripto denarnice, pri čemer smo se še posebej fokusirali na lastnosti, ki jih le te podpirajo. Predstavili smo tudi, kako se lotimo načrtovanja in implementacije digitalne kripto denarnice.
Keywords: digitalna denarnica, kripto denarnica, tehnologija veriženja blokov, klasifikacija, načrtovanje, implementacija programske opreme
Published in DKUM: 12.10.2023; Views: 424; Downloads: 50
Full text (8,97 MB) |
6. Vzorčenje soseščine v heterogenih grafih pri grafovskih nevronskih mrežah : magistrsko deloVid Keršič, 2022, master's thesis Abstract: Grafovske nevronske mreže so v zadnjem času eno izmed najbolj aktivnih področij raziskovanja globokega učenja. Uspešno so bile uporabljene pri problemih, kjer so podatki predstavljeni v obliki grafa, na primer pri analizi družbenih omrežij, napovedovanju prometa, razvoju zdravil itd. Kljub nekaterim zelo dobrim rezultatom pa ostaja še veliko odprtih izzivov pri uporabi nevronskih mrež na zelo velikih grafih, kjer smo omejeni z zmogljivostjo strojne opreme. V magistrskem delu naslavljamo problem uporabe grafovskih nevronskih mrež na obsežnih heterogenih grafih, kjer se med učenjem izvaja vzorčenje soseščine na vsaki plasti mreže, pri čemer se velikosti vzorca omejijo s hiperparametri. Heterogeni grafi vsebujejo več različnih tipov vozlišč in povezav, kar je pri vzorčenju soseščine koristno upoštevati in optimizirati vrednosti hiperparametrov za posamezne tipe povezav. Za reševanje tega problema predstavimo in analiziramo lasten algoritem, ki odpravi potrebo po časovno zahtevnem procesu obravnavanja in nastavljanja hiperparametrov za vse tipe vozlišč ter povezav. Prednosti algoritma z vidika časovne zahtevnosti in uspešnosti klasifikacije prikažemo na dveh grafih – akademskem grafu MAG240M, ki vsebuje več kot 240 milijonov vozlišč in nekaj manj kot 2 milijardi povezav, ter grafu znanja Freebase.
Keywords: umetna inteligenca, strojno učenje, heterogeni grafi, grafovske nevronske mreže
Published in DKUM: 20.10.2022; Views: 626; Downloads: 75
Full text (1,59 MB) |
7. Spletno medvrstniško nasilje med slovenskimi srednješolci : magistrsko deloMaja Keršič, 2022, master's thesis Abstract: Vzporedno s povečano uporabo interneta in novih informacijsko-komunikacijskih tehnologij se medvrstniško nasilje s šolskih igrišč vse bolj premika na svetovni splet. Med mladimi narašča dnevna uporaba spleta, ki krepko presega priporočila strokovnjakov. Kljub temu, da se stopnja digitalne pismenosti mladih povečuje, so le-ti pogosto na spletu podvrženi številnim škodljivim vsebinam in različnim oblikam spletnega nasilja, ki ima zaradi svojih specifičnih značilnosti in posebnosti pogosto hujše posledice kot »klasično oz. tradicionalno medvrstniško nasilje«. Spletno nasilje postaja vse bolj kritičen problem, čeprav se na prvi pogled zdi, da zaradi svoje virtualne oz. »neresnične« narave v družbi še vedno ni prepoznano kot velik razlog za skrb.
Cilj magistrskega dela je raziskati stališča in doživljanje srednješolcev o problematiki spletnega medvrstniškega nasilja. Zanimajo nas predvsem njihove spletne navade oz. preživljanje časa na internetu, preko slednjega želimo preveriti obstoj povezave med časom, ki ga mladi dnevno preživijo na elektronskih napravah z dostopom do interneta in pogostejšim soočenjem s spletnim medvrstniškim nasiljem. Naš cilj je raziskati, ali spletno medvrstniško nasilje pogosteje povzročajo dijaki ali dijakinje. Še posebno se bomo osredotočili na žrtve spletnega medvrstniškega nasilja, kjer želimo raziskati obstoj razlik spoloma glede občutkov, ki jih doživljajo, ko se znajdejo v vlogi žrtve spletnega nasilja. Zanima nas še, kako srednješolci presojajo posledice spletnega nasilja in koliko so o spletnem medvrstniškem nasilju informirani na šoli.
V teoretičnem delu smo najprej orisali pojem nasilje, nato medvrstniško nasilje ter se šele potem posvetili pojmu spletno medvrstniško nasilje. Slednjega smo opredelili, opisali njegove posebnosti, oblike in posledice. Posvetili smo se še pastem socialnih omrežij in spletnemu nasilju na njih. Nato smo pojem medvrstniškega nasilja umestili v šolski prostor, kjer nas je zanimala vloga šolske klime pri njegovem preprečevanju ter vloga šolske in vrstniške mediacije. Raziskali smo še vlogo šole in staršev pri strategijah preprečevanja spletnega medvrstniškega nasilja.
V empiričnem delu smo analizo predstavili skozi pet podpoglavij, ki sovpadajo z raziskovalnimi vprašanji: preživljanje časa na internetu, povzročitelji spletnega medvrstniškega nasilja, žrtve spletnega medvrstniškega nasilja, (ne)prija na policiji, stališča srednješolcev glede posledic spletnega medvrstniškega nasilja ter informiranost o spletnem medvrstniškem nasilju na šoli. Ob tem so nas zanimali predvsem vloga spola, starosti in izobraževalnega programa.
V raziskavi so sodelovali 703 srednješolci iz 181 slovenskih srednjih šol. Z raziskavo smo ugotovili, da srednješolci, ki dnevno preživijo na elektronskih napravah z dostopom do interneta več časa, tudi pogosteje postanejo žrtve spletnega medvrstniškega nasilja. Ugotovili smo, da le manjši delež srednješolcev povzroča spletno medvrstniško nasilje. Izkazalo se je, da ga dijaki izvajajo pogosteje kot dijakinje. Zanimiva je tudi ugotovitev, da se srednješolci, ki se znajdejo v vlogi žrtve spletnega nasilja, najpogosteje počutijo jezno, osramočeno, zaskrbljeno in razburjeno. Dijakinje v vlogi žrtve pogosteje doživljajo negativne občutke in so v stiski. Medtem ko je dijakom bolj vseeno in smešno. Ugotavljamo, da večina srednješolcev meni, da ima spletno nasilje lahko hude posledice ter da se srednješolci v povprečju niti ne strinjajo, niti se strinjajo, da so v šoli deležni dovolj informacij in ozaveščanja o spletnem nasilju.
Keywords: medvrstniško nasilje, spletno nasilje, srednješolci, šola, starši.
Published in DKUM: 13.09.2022; Views: 1247; Downloads: 331
Full text (1,80 MB) |
8. Kontrolirano sproščanje klorogenske kisline in njenih formulacij v simulacijskih raztopinah : magistrsko deloPia Keršič, 2021, master's thesis Abstract: Klorogenske kisline so pomembne fenolne spojine, ki se jih pogosto najde v različnem sadju ter zelenjavi, daleč največjo vsebnost pa ima zelena kava. Te spojine imajo veliko pozitivnih učinkov, raziskave kažejo na protirakavo ter antioksidativno delovanje, prav tako pa pomagajo pri uravnavanju metabolizma lipidov ter sladkorjev.
Sama ekstrakcija klorogenskih kislin iz njenih virov je otežena zaradi hitre degradacije ter izomerizacije klorogenskih kislin ter zmanjšane stabilnosti v raztopinah, zato se išče vedno nove ter izboljšane metode. Med uspešnejšimi metodami so bile metode LC-MS, ki smo jih za analizo vzorcev uporabili tudi mi.
Za raziskovanje smo si izbrali 3-kofeoilkininsko kislino (3-CQA) , znano tudi pod imenom klorogenska kislina, saj je najpogostejša ter najbolj raziskana. Preverili smo njeno topnost v 0,1 M HCl, destilirani vodi, etanolu ter metanolu, ter ugotovili, da je bila največja topnost v etanolu, najmanjša pa v destilirani vodi.
Nadalje smo preverili raztapljanje različnih oblik klorogenske kisline (v praškasti obliki oz. analitski standard, prehransko dopolnilo ter lastna formulacija stisnjene tabletke s klorogensko kislino in mikrocelulozo) tako v destilirani vodi kot v 0,1 M HCl. Najbolje se je izkazala kombinacija lastne formulacije (tabletke s klorogensko kislino in mikrocelulozo) v 0,1 M HCl, ki je pokazala tako visok delež raztopljenosti, do 90 % glede na zatehtano klorogensko kislino, kot tudi enakomerno rast deleža raztopljenosti po času raztapljanja. Raztapljanje analitskega standarda klorogenske kisline v destilirani vodi ni bilo uspešno, saj je delež raztopljenosti začel padati s časom raztapljanja, prav tako je bil enak problem pri raztapljanju prehranskega dopolnila v 0,1 M HCl. Raztapljanje praškaste oblike klorogenske kisline v 0,1 M HCl je bilo obetavno, s konstantnim višanjem raztopljenega deleža skozi ves čas raztapljanja.
S klorogensko kislino v praškasti obliki smo izvedli stresne teste, in sicer v 1 M HCl, v 1 M NaOH, v 4 % H2O2, destilirani vodi ter v fosfatnem pufru s pH 7,4. Izkazalo se je, da je klorogenska kislina najstabilnejša v 1 M HCl ter zadovoljivo stabilna v 4 % H2O2, kar nakazuje na izredno dobro antioksidativnosti klorogenske kisline. V 1 M NaOH se je klorogenska kislina popolnoma razgradila že po 24 urah, v destilirani vodi ter fosfatnem pufru pa je deloma spremenila obliko ter prešla iz 3-CQA v 4-CQA ter 5-CQA, kar smo potrdili z LC-MS/MS metodo.
Keywords: klorogenska kislina, raztapljanje, stresni testi, LC-MS/MS
Published in DKUM: 07.04.2021; Views: 1053; Downloads: 221
Full text (3,43 MB) |
9. Avtomatska krmilnica za male živali s platformo Arduino : diplomsko deloTadeja Keršič, 2020, undergraduate thesis Abstract: V diplomskem delu je opisana izdelava avtomatske krmilnice za male živali s platformo Arduino. Krmilnica je izdelana iz cenovno ugodnih komponent in omogoča doziranje hrane in vode. V omrežje se poveže s pomočjo modula ESP8266. Pripravljena sta bila tudi spletni strežnik in mobilna aplikacija, preko katere lahko uporabnik pošilja zahteve do krmilnice in ureja urnik proženja zahtev. Krmilnica s pomočjo senzorjev ugotavlja, ali sta posodi za hrano in vodo že polni, ter glede na vrednost senzorjev ustrezno reagira na naslednjo zahtevo. V diplomski nalogi opišemo tudi postopek kalibracije senzorjev sile, ki jih uporablja krmilnica in analizo ustreznosti delovanja krmilnice pri dveh različnih tipih briketov. Izdelana krmilnica ustreza vsem zastavljenim ciljem, medtem ko zalogovniki hrane in vode omogočajo vsaj enotedensko oddaljeno hranjenje povprečne mačke.
Keywords: internet stvari, Arduino, avtomatska krmilnica, male živali
Published in DKUM: 04.11.2020; Views: 993; Downloads: 148
Full text (1,15 MB) |
10. Metode strojnega učenja za vektorsko vložitev vozlišč grafa : diplomsko deloVid Keršič, 2020, undergraduate thesis Abstract: Graf je neevklidska podatkovna struktura, ki jo je težko neposredno analizirati z metodami strojnega učenja, ki obdelujejo podatke v vektorski obliki. Zaradi tega so v zadnjih letih postale priljubljene metode strojnega učenja za vektorsko vložitev, ki graf transformirajo v vektorski prostor. V diplomskem delu zgradimo graf iz člankov z angleške Wikipedije s sledenjem vsebovanim hiperpovezavam. Eksperiment izvedemo za filme in glasbene albume. Vozlišča dobljenega grafa vložimo v vektorski prostor, kar nam omogoči učinkovitejšo analizo grafa, pri kateri se osredotočimo na vizualizacijo, podobnost ter klasifikacijo filmov in albumov v žanre. Med seboj primerjamo vložitve metod DeepWalk, node2vec in SDNE. Pri klasifikaciji filmov v povprečju dosežemo 88,5 % točnost, pri albumih pa 89,3 % točnost.
Keywords: strojno učenje, graf, vložitev vozlišč, naključni sprehod, avtokodirnik
Published in DKUM: 04.11.2020; Views: 851; Downloads: 91
Full text (1,89 MB) |
