| | SLO | ENG | Cookies and privacy

Bigger font | Smaller font

Search the digital library catalog Help

Query: search in
search in
search in
search in
* old and bologna study programme

Options:
  Reset


1 - 10 / 25
First pagePrevious page123Next pageLast page
1.
Matematično modeliranje vpliva nesteroidnih antirevmatikov na aspirinsko intoleranco astme
Andrej Dobovišek, 2012, doctoral dissertation

Abstract: Pri približno 10−20 % astmatičnih bolnikov se po zaužitju aspirina, ibuprofena ali katerega drugega nesteroidnega antirevmatika (NSAR) razvije bronhokonstrikcija, vnetje sluznic nosu, žrela in vnetje oči ter izpuščaji na koži. Ta pojav imenujemo aspirinska intoleranca. Raziskave kažejo, da so pri aspirinsko-intolerantnih astmatikih v primerjavi z aspirinsko-tolerantnimi astmatiki in neastmatiki bistveno spremenjene genske ekspresije encimov prostaglandin H sintaz 1 in 2 (PGHS1 in PGHS2) ter levkotrien C4 sintaze (LTC4S) pri presnovi arahidonske kisline (AA) v belih krvnih celicah. Ključnega pomena pri razvoju bronhokonstrikcije in drugih simptomov aspirinske intolerance sta produkta presnove AA: vnetni mediator levkotrien C4 (LTC4) in protivnetni prostaglandin E2 (PGE2). NSAR inhibirajo PGHS1 in PGHS2, kar zniža koncentracijo PGE2 in poviša koncentracijo LTC4 v celicah. V doktorskem delu izdelamo matematični model, ki omogoča študij vpliva NSAR na pojav aspirinske intolerance. Osredotočimo se na modeliranje ciklooksigenazne in lipoksigenazne poti presnove AA, pri čemer upoštevamo tudi inhibitorni učinek NSAR na encima PGHS1 in PGHS2. Časovni potek koncentracije NSAR v krvni plazmi po zaužitju zdravila pa opišemo s standardnim farmakokinetičnim modelom, v katerem upoštevamo fazo absorpcije zdravila v krvno plazmo in eliminacije iz krvne plazme. Razmerje med koncentracijama PGE2 in LTC4 uporabimo kot osrednji kriterij za napoved bronhokonstrikcije, pri čemer je tveganje za pojav bronhokonstrikcije večje, kadar je razmerje med koncentracijama PGE2 in LTC4 manjše od ena. Z modelom preučujemo pojav aspirinske intolerance na treh različnih ravneh; najprej na ravni ekspresij encimov PGHS1, PGHS2 in LTC4S, nato na ravni produkcije ključnih metabolitov PGE2 in LTC4 v celici in nato še na ravni organov, kjer preučujemo, kako je pojav bronhokonstrikcije odvisen od doze različnih NSAR. Izvedemo simulacije, v katerih napovemo časovne poteke koncentracij PGE2 in LTC4 v odvisnosti od različnih ekspresij encimov PGHS1, PGHS2 in LTC4S pri neastmatikih, aspirinsko-tolerantnih astmatikih in treh različnih populacijah aspirinsko-intolerantnih astmatikov. Simulacije izvedemo brez ali ob prisotnosti NSAR. Pokažemo, da je pojav bronhokonstrikcije odvisen od doze uporabljenega NSAR. Za aspirin, ibuprofen in celecoxib ocenimo mejne doze, pri katerih je povišano tveganje za pojav bronhokonstrikcije. Napovemo, koliko časa po zaužitju NSAR se pojavi bronhokonstrikcija in koliko časa traja. Študiramo tudi strategijo, ki bi aspirinsko-intolerantnim astmatikom omogočila varno doziranje NSAR, brez tveganja bronhokonstrikcije. Predlagamo strategijo, pri kateri bi v kombinaciji z NSAR dozirali učinkovini, ki delujeta kot inhibitorja encima 5-lipoksigenaze (5-LOX): sintetični analog PGE2 − nocloprost in učinkovina ABT-761. Rezultati kažejo, da bi spremenjeni ekspresiji PGHS1 in LTC4S utegnili biti osrednja vzroka, ki po zaužitju NSAR vodita do bronhokonstrikcije, znižana ekspresija PGHS2 pa najverjetneje vodi do drugih simptomov aspirinske intolerance. Napovedane mejne doze za aspirin in celecoxib so primerljive z eksperimentalno določenimi, o katerih poročajo v literaturi, za ibuprofen pa so nekoliko nižje. Z modelom napovedana časa od zaužitja NSAR do pojava bronhokonstrikcije in časovni interval trajanja bronhokonstrikcije sta enakega velikostnega reda, kot poročajo v literaturi. Podrobna analiza strategije doziranja NSAR z inhibitorjema 5-LOX kaže, da je nocloprost v kombinaciji z aspirinom potrebno dozirati le enkrat, v kombinaciji z ibuprofenom pa večkrat zaporedoma v različnih dozah, pri čemer so čas doziranja, doza in število doz nocloprosta odvisni od doze ibuprofena. Strategija se bistveno poenostavi, kadar namesto nocloprosta uporabimo ABT-761, ki je močan inhibitor 5-LOX s počasno fazo eliminacije iz krvne plazme.
Keywords: matematični model, aspirinska intoleranca, nesteroidni antirevmatik, arahidonska kislina, levkotrieni, prostaglandini.
Published: 20.07.2012; Views: 2173; Downloads: 231
.pdf Full text (5,74 MB)

2.
Times New Roman CE; Vpeljava interakcij posredovanih preko molekul topila v Poisson-Boltzmannovo teorijo
Klemen Bohinc, 2012, doctoral dissertation

Abstract: Electrostatic interactions are omnipresent in colloidal and biological systems; for example they take place in aqueous solutions that contain mobile salt ions. Water plays a crucial role for the energetics of such systems. The ordering of water molecules changes the polarization and thus contributes to the electrostatic properties of the system. In particular, structural correlations between solvent molecules give rise to an inhomogeneous and non-local dielectric response that contributes to the energetics and the stability of biomacromolecules. This work is concerned with including solvent structures into mean-field electrostatics. It consists of three related subjects. In the first part we introduce a solvent model of interacting Langevin dipoles and incorporate that model into the Poisson-Boltzmann (PB) theory for an aqueous solution of monovalent ions in contact with a charged surface. The interplay between the electric double layer and the orientational ordering of solvent molecules determines the spatial decay of the solvent polarization. We showed that our model can result in a sign inversion of the electrostatic potential at a charged surface. The second part applies the PB model for a solvent of interacting Langevin dipoles to a mixed anionic/zwitterionic lipid layer. In the model the headgroups have ability to polarize the water in the headgroup region. The result is a positive electrostatic potential everywhere in the system. In the last part we introduce the Poisson-Helmholtz-Boltzmann theory, which adds to the electrostatic interaction potential between two ions an additional Yukawa potential. The latter accounts for solute-mediated ion-ion interactions. We demonstrate that these interactions can give rise to ion specific effects. One of the possible applications of the theory is related to the Hofmeister series. The presented analysis focuses on two systems. The first is the system of two charged surfaces embedded in a solution of only counterions, whereas the second system is one single charged surface in contact with a symmetric 1:1 electrolyte solution.
Keywords: Biomacromolecules, Solvent structure, Langevin dipoles, Electrostatics, Poisson and Helmholtz equations, Boundary-value problems, Yukawa potential
Published: 19.09.2012; Views: 1650; Downloads: 71
.pdf Full text (1,71 MB)

3.
Modeliranje regulacije krvnega sladkorja
Vito Šimonka, 2012, undergraduate thesis

Abstract: V seminarju obravnavamo modeliranje regulacije krvnega sladkorja. Predstavimo dva modela. Minimalni model zajema koncentraciji glukoze in inzulina v krvni plazmi in aktivnost inzulina v medcelični tekočini. V kompleksnejšem modelu je kot modelna spremenljivka upoštevan tudi glukagon, ki sistemu omogoča vrnitev v stacionarno stanje po kratkotrajnem dvigu ravni glukoze v krvni plazmi. Predstavljene so simulacije različnih stanj, v katerih se lahko nahaja biološki sistem: hiperglikemija, glukozni šok in diabetes. Simuliran je tudi časovni potek koncentracij glukoze, inzulina in drugih modelnih spremenljivk po zaužitju raznih obrokov.
Keywords: regulacija glukoze, inzulin, glukagon, glikogen, matematično modeliranje, diabetes
Published: 27.09.2012; Views: 1179; Downloads: 190
.pdf Full text (2,08 MB)

4.
Molekularna dinamika kvadrupleksa DNK 1KF1
Saša Kos, 2014, master's thesis

Abstract: Telomerni del DNK se nahaja na koncu kromosomov in je bistvenega pomena za normalno delovanje celice. Kromosome varuje pred degradacijo in nezaželeno rekombinacijo ter deluje kot neke vrste števec celične delitve. Pri vsaki delitvi celice se telomerni del nekoliko skrajša, kar posledično vodi v celično smrt. Takšen mehanizem preprečuje neomejeno delitev oz. nesmrtnost celic. Normalne celice se delijo med štirideset- in šestdesetkrat (t. i. Hayflickova meja). Rakaste celice so nesmrtne, se delijo neskončno krat, zato potrebujejo mehanizem za podaljševanje telomerjev, kar pogosto dosežejo s pomočjo encima telomeraze. Kvadrupleksi so terciarne strukture DNK in nastajajo v telomernem delu, ki je bogat z gvanini. Zavirajo delovanje telomeraze in otežujejo proces podaljševanja telomerov, ki je lahko impliciran pri rakastih obolenjih. Stabilizacija kvadrupleksov, npr. s pomočjo ligandov predstavlja eno izmed možnih tarč pri onkološkem zdravljenju. Namen tega magistrskega dela je preučitev vpliva prisotnosti ali odsotnosti kalijevih kationov v centralnem kanalu kvadrupleksa z oznako 1KF1 na stabilnost celotne strukture ter na stabilnost posameznih komponent kvadrupleksa. Stabilnost smo kvantificirali s pomočjo vrednosti srednjega odklona od kristalne strukture. Za pristop smo izbrali metodo simulacije molekularne dinamike s pomočjo programa GROMACS, torej eksperimente in silico. S simulacijo molekularne dinamike v dolžini 10 ns smo pokazali, da je struktura 1KF1 presenetljivo stabilna tudi brez kalijevih kationov. Podrobnejša analiza je pokazala, da ima kalij najbolj izrazit stabilizacijski efekt na povezovalne zanke kvadrupleksa, v manjši meri tudi na gvaninske tetrade, medtem ko brez kalijevih kationov struktura bolj niha (izmerjeno kot RMSD), vendar je še vedno relativno stabilna. Rezultati magistrskega dela so primerna osnova za nadaljnje preučevanje stabilnosti kvadrupleksov z molekularno dinamiko ter za iskanje drugih ligandov, ki stabilizirajo strukturo.
Keywords: kvadrupleks, molekularna dinamika, 1KF1, GROMACS, rak, telomer, DNK, tetrada, G-tetrade, genetika raka, nestabilnost telomerov
Published: 02.02.2015; Views: 1111; Downloads: 137
.pdf Full text (1,89 MB)

5.
Biofizikalne osnove endoskopske preiskave zgornje prebavne cevi in pojasnjevalna vloga medicinske sestre pri seznanjanju preiskovanca
Maja Küčan, 2011, undergraduate thesis

Abstract: Teoretična izhodišča: Gastroendoskopska preiskava je ena izmed nenadomestljivih invazivnih preiskav, zaradi katere preiskovanci še zmeraj poročajo o nelagodju in strahu pred preiskavo ter neprijetnih občutkih tekom preiskave. Zato je največkrat ravno medicinska sestra tista, ki se mora osredotočiti na preiskovanca in njegovo počutje, ter ga s svojimi veščinami komunikacije in znanjem kvalitetno psihično pripravi, da lažje prestane preiskavo. Cilj: Z raziskavo v UKCM na Oddelku za gastroenterologijo in endoskopijo smo ugotavljali seznanjenost preiskovancev s preiskavo ter morebiten efekt uporabljenih metod seznanjanja na njihovo počutje. Zanimalo nas je tudi ali so bile te metode dovolj razumljivo predstavljene. Metode: Uporabljena sta bila dva anketna vprašalnika, pred in po preiskavi. Pred preiskavo smo uporabili tri metode seznanjanja: video posnetek, šolski model endoskopa in demonstracijski fizikalni poskus. Rezultati: Od vseh preiskovancev jih je 90 % seznanjenih z endoskopsko preiskavo. Vsem preiskovancem se je zdela naša metoda seznanjanja razumljiva, ni pa bistveno vplivala na spremembo počutja. Največ vpliva na počutje je imel video posnetek, ki je 33 % preiskovancev pomiril, šolski model endoskopa je pri 23 % preiskovancev vzbudil napet občutek, fizikalni prikaz pa pri 87 % ni imel nobenega vpliva na počutje. Razprava: Ugotovili smo, da je seznanjenost s preiskavo dobra, metode seznanjanja pa so dobrodošle in po mnenju preiskovancev potrebne za boljše razumevanje preiskave. Zasledili smo zanimanje za video posnetek, predvsem predvajanje tistim, ki pridejo na preiskavo prvič. Zaključek: Pomembno vlogo pri seznanjanju ima medicinska sestra, ki s svojim pristopom psihične priprave preiskovanca poskuša vplivati na njegovo sproščenost in s tem posledično na lažji potek preiskave.
Keywords: Ključne besede: lom in totalni odboj svetlobe, optična vlakna, pojasnjevalne metode, seznanjenost preiskovancev, gastroskopija
Published: 27.09.2011; Views: 1789; Downloads: 211
.pdf Full text (2,75 MB)

6.
Wet-phase-separation membranes from the polysulfone/N,N-dimethylacetamide/water ternary system: the formation and elements of their structure and properties
Črtomir Stropnik, Vladimir Kaiser, Vojko Musil, Milan Brumen, 2005, original scientific article

Abstract: Asymmetric and porous polysulfone (PSf) membranes were prepared by wet phase separation. Binary (PSf)/N,N-dimethylacetamide (DMA) solutions with polymer concentrations of 12.5-30 wt % were cast in thicknesses of 80-700 m and immersed in a coagulation bath of pure water. The morphology of the formed membranesć cross sections consisted of a cellular structure and macrovoidsč the cellular structure density was highest when the cast solution contained about 21 wt % PSf, regardless of the cast thickness. The membranesć pure waterpermeability decreased as the cast thickness increased. The instantaneousonset of the turbidity, regardless of the PSf content and cast thickness, its steep growth, and relatively high end value were the main characteristics of the turbidity phenomena taking place during the formation of the protomembranes. Again, the membrane-forming system with a PSf/DMA solution with about 21 wt % polymer, regardless of the cast thickness, had thehighest turbidity end value. The shrinkage of the cast solutions into the corresponding protomembrane was also examined quantitatively. Inverse experiments showed that the direction of the gravitation field had no influence on the shrinkage of the membrane-forming ternary system or the membranesć morphology and its water permeability.
Keywords: polymeric membranes, polysulfone asymmetric porous membranes, wet-phase separation, membrane preparation, morphology
Published: 01.06.2012; Views: 1151; Downloads: 51
URL Link to full text

7.
8.
9.
10.
MLC-kinase/phosphatase control of Ca[sup]2+ signal transduction in airway smooth muscles
Aleš Fajmut, Milan Brumen, 2008, original scientific article

Abstract: In airway smooth muscles, kinase/phosphatase-dependent phosphorylation and dephosphorylation of the myosin light chain (MLC) have been revealed by many authors as important steps in calcium ▫$(Ca^{2+})$▫ signalling pathway from the variation of ▫$Ca^{2+}$▫ concentration in cytosol to the force development. Here, a theoretical analysis of the control action of MLC-kinase (MLCK) and MLC-phosphatase (MLCP) in ▫$Ca^{2+}$▫ signalling is presented and related to the general control principles of these enzymes, which were previously studied by Reinhart Heinrich and his co-workers. The kinetic scheme of the mathematical model considers interactions among ▫$Ca^{2+}$▫, calmodulin (CaM) and MLCK and the well-known 4-state actomyosin latch bridge model, whereby a link between them is accomplished by the conservation relation of all species of MLCK. The mathematical model predicts the magnitude and velocity of isometric force in smooth muscles upon transient biphasic ▫$Ca^{2+}$▫ signal. The properties of signal transduction in the system such as the signalling time, signal duration and signal amplitude, which are reflected in the properties of force developed, are studied by the principles of the metabolic control theory. The analysis of our model predictions confirms as shown by Reinhart Heinrich and his co-workers that MLCK controls the amplitude of signal more than its duration, whereas MLCP controls both. Finally, the simulations of elevated total content of MLCK, a typical feature of bronchial muscles of asthmatic subjects and spontaneously hypertensive rats as well as potentiation of MLCP catalytic activity, are carried out and are discussed in view of an increase in the force magnitude.
Keywords: cells, calcium, calcium oscillations, myosin light chains, enzyme activities, mathematical models
Published: 07.06.2012; Views: 1142; Downloads: 9
URL Link to full text

Search done in 0.15 sec.
Back to top
Logos of partners University of Maribor University of Ljubljana University of Primorska University of Nova Gorica