1. Študij vezave peptidov na Fc regije protitelesŽan Smrekar, 2023, magistrsko delo Opis: Z uporabo računalniških pristopov in simulacij lahko uspešno modeliramo interakcije, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Tekom razvoja se pojavljajo novi razredi peptidnih zdravil. Peptidi so sestavljeni iz verig aminokislinskih preostankov in zajemajo prednosti tako majhnih molekul kot tudi tarčno specifičnost večjih struktur, kot so proteini. Za načrtovanje novih potencialnih struktur peptidov smo tako uporabili računalniške in bioinformacijske pristope, kot je molekulsko sidranje. V magistrski nalogi smo se osredotočili na Fc regijo protiteles kot receptor. Načrtovali in identificirali smo potencialne tetrapeptide s strukturo, ki je podobna eksperimentalnim podatkom.
Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezni receptor smo pridobili na prosto dostopnem spletnem mestu https://www.rcsb.org/ (PDB ID: 5U52), za pripravo knjižnice struktur tetrapeptidov in analizo rezultatov smo uporabili analitično platformo KNIME, za molekulsko sidranje smo uporabili programsko opremo CmDock in za grafični vpogled ciljnih struktur računalniški program PyMol. Ključne besede: peptidi, Fc regija, molekulsko sidranje, KNIME Analytics Platform, PyMol, peptidno sidranje Objavljeno v DKUM: 25.05.2023; Ogledov: 69; Prenosov: 15
Celotno besedilo (2,74 MB) |
2. Adsorpcija poliakrilne kisline (paa) na površino kalcijevega karbonataAlen Kostevc, 2023, diplomsko delo Opis: Cilj te naloge je bil preučiti adsorpcijo poliakrilne kisline na površino kalcijevega karbonata. Najprej smo opisali mehanizem adsorpcije poliakrilne kisline na površino kalcijevega karbonata in nato tudi mehanizem dispergiranja delcev v suspenziji. Proces adsorpcije smo potem preučevali s polielektrolitskimi titracijami, katerih rezultate smo pretvorili v količino prostega dispergenta v suspenziji in iz tega še v količino vezanega dispergenta na površino minerala. Na podlagi teh dveh količin smo konstruirali adsorpcijske izoterme. Obliko teh izoterm smo opisovali z Langmuirjevo teorijo adsorpcije. Z uporabo te teorije smo ovrednotili vpliv preiskovanih faktorjev na adsorpcijo. Faktorji, katere smo preučevali, so bili suha snov kalcijevega karbonata v suspenziji, vpliv sušenja suspenzije po dispergiranju, molska masa dispergenta in stopnja nevtralizacije dispergenta, oz. pH dispergenta. Najprej smo pa ovrednotili ponovljivost adsorpcijske izoterme. Rezultati eksperimentov so pokazali, da pri suhi snovi kalcijevega karbonata v suspenziji in pri sušenju suspenzije nismo zaznali vidnih trendov sprememb pri adsorpciji. Eksperiment z molsko maso dispergenta je pokazal, da je že standardno izbrani dispergent z srednjo vrednostjo molske mase v našem eksperimentu najoptimalnejši za adsorpcijo zaradi več aktivnih mest na daljši verigi ter omejitve hidrodinamičnega radija. Zadnji eksperiment stopnje nevtralizacije je pokazal jasen trend vpliva na adsorpcijo. Dokazali smo, da z večanjem stopnje nevtralizacije dispergenta oz. z večanjem pH-ja dispergenta učinkovitost adsorpcije pada. Več imamo prostega dispergenta v suspenziji in manj vezanega dispergenta na površino minerala. Zaključimo lahko, da ima stopnja nevtralizacije dispergenta negativen vpliv na učinkovitost adsorpcije. Ključne besede: Adsorpcija, dispergiranje, polielektrolitska titracija, PAA, kalcijev karbonat Objavljeno v DKUM: 25.05.2023; Ogledov: 46; Prenosov: 9
Celotno besedilo (2,24 MB) |
3. Pridobivanje produktov iz pegastega badlja (sylibum marianum) : magistrsko deloMojca Hraš, 2023, magistrsko delo Opis: Pegasti badelj spada med eno najbolj cenjenih zdravilnih rastlin, ki se je razširila že skoraj po vsem svetu. V semenih pegastega badlja se skriva mešanica flavonolignanov, ki jih s skupnim imenom imenujemo silimarin.
Ekstrakcija silimarina iz pegastega badlja poteka v dveh stopnjah, saj semena vsebujejo tudi veliko maščob in jih je treba predhodno razmastiti. Razmaščevanje običajno poteka s pomočjo heksana. V tem magistrskem delu smo za razmaščevanje uporabili še druga topila in metodo hladnega stiskanja. V ekstrahiranih oljih smo določevali tudi vsebnost tokoferolov in topil. Kot pričakovano smo dokazali, da je metoda hladnega stiskanja najbolj ugodna, saj ohrani sestavo in kvaliteto olja ter je za zdravje in okolje najmanj škodljiva.
V nadaljevanju smo želeli optimirati ekstrakcijo silimarina iz razmaščenih semen. Najprej smo določili najboljše topilo, za katero se je izkazal aceton. Nato smo z računalniškim programom Design Expert določili optimalno temperaturo, čas ekstrakcije in razmerje topilo : material. Ugotovili smo, da se vsebnost silimarina s temperaturo niža, viša z višanjem razmerja topilo : material in da vsebnost začne padati po 11 urah ekstrakcije.
V ekstraktih smo določili tudi vsebnost ogljikovih hidratov, vsebnost totalnih fenolov in antioksidativno aktivnost. Predhodno smo predvideli, da bo ekstrakt pridobljen iz materiala, ki je bil predhodno razmaščen z metodo hladnega stiskanja, imel najboljše lastnosti in imel najvišjo antioksidativno aktivnost. To trditev smo v magistrskem delu tudi potrdili. Ključne besede: pegasti badelj, olje, silimarin, optimizacija postopka ekstrakcije, Design Expert, antioksidativna aktivnost Objavljeno v DKUM: 11.05.2023; Ogledov: 97; Prenosov: 23
Celotno besedilo (4,26 MB) |
4. Določitev pirolizidinskih alkaloidov v medu : magistrsko deloMarjetka Kouter, 2023, magistrsko delo Opis: Med je hranljivo živilo, ki ga uživajo po vsem svetu in spremlja človeško prehrano že iz davnih časov. Njegovo konzumiranje je povezano predvsem z zdravim načinom življenja, zaradi pozitivnih lastnosti, ki spodbujajo zdravje. Poleg koristnih bioaktivnih spojin v medu, kot so fenoli, pa je mogoče najti tudi nekatere s potencialno škodljivimi učinki, kot so pirolizidinski alkaloidi (PA).
PA sestavljajo raznoliko skupino, približno 660 struktur, sekundarnih metabolitov, ki predstavljajo pomembno vlogo pri konstitutivni kemični obrambi rastlin pred rastlinojedci. Veljajo za ene izmed najbolj razširjenih naravnih toksinov, ki ponazarjajo tveganje za zdravje ljudi, saj so zastrupitve povezane z akutnimi in kroničnimi poškodbami jeter in lahko povzročijo smrt. V zadnjih letih se tako pojavlja skrb vzbujajoče vprašanje glede varnosti živil, saj uživanje izdelkov, ki vsebujejo PA, predstavlja potencialno tveganje za zdravje potrošnikov.
Zdi se, da je stopnja onesnaženosti medu s PA odvisna od geografskega in botaničnega izvora. Zato smo se v magistrskem delu osredotočili na določitev in identifikacijo pirolizidinskih alkaloidov in njihovih N-oksidov v različnih vrstah slovenskega medu (cvetlični, ajdov, gozdni, akacijev, lipov in kostanjev med). Kot dopolnilo k ocenjevanju vzorcev pa je bila izvedena tudi identifikacija v cvetličnem medu različnega geografskega porekla.
Vsebnost PA v medu smo določili s ciljno analizo z uporabo sistema LC-MS/MS s predhodnim čiščenjem vzorcev s SPE. Ključne besede: med, pirolizidinski alkaloidi, SPE, LC-MS/MS Objavljeno v DKUM: 08.05.2023; Ogledov: 107; Prenosov: 19
Celotno besedilo (6,92 MB) |
5. Preučevanje fizikalno-kemijskih lastnosti nekaterih farmacevtskih učinkovinAna Garmut, 2023, magistrsko delo Opis: Aktivna farmacevtska učinkovina (API) je izraz, ki se uporablja za biološko aktivno sestavino
zdravila. API v telesu povzročijo zahtevani učinek za zdravljenje določene bolezni.
Stresno testiranje API lahko pomaga identificirati verjetne produkte razgradnje. S stresnim
testiranjem lahko določimo tudi poti razgradnje in notranjo stabilnost molekule. Farmacevtske
učinkovine lahko ločimo in jih razlikujemo od nečistot. Ugotavljanje stabilnosti je lahko
sestavljeno iz kombinacije kromatografskega ločevanja in spektroskopskih tehnik.
Za raziskovanje smo si izbrali tri farmacevtske učinkovine: fenofibrat, febuksostat in
esomeprazol. Preverili smo njihovo stabilnost v raztopini metanola in jih izpostavili različnim
stresnim pogojem ter prisilnemu staranju. Za kvantifikacijo smo uporabili tekočinsko
kromatografijo z masno spektrometrijo (LC-MS/MS) in tankoplastno kromatografijo visoke
ločljivosti (HPTLC).
V raztopini metanola se je kot najbolj stabilen izkazal febuksostat. Koncentracija febuksostata
je po 24 h ostala nespremenjena.
S pomočjo stresnih testov smo določili razgradnjo posamezne farmacevtske učinkovine.
Največji odstotek razgradnje je pri fenofibratu in febuksostatu povzročil dodatek 1 M NaOH.
Po 48 h pri 60 °C je v vzorcu ostalo le še 2,36 % začetne mase fenofibrata. Pri enakih pogojih
smo pri febuksostatu dosegli 83,09 % razgradnjo učinkovine.
Do razgradnje esomeprazola je prišlo ob prisotnosti močne kisline in baze. Pri dodatku 1 M
HCl je bila vsebnost esomeprazola po 24 h pri sobni temperaturi praktično nezaznavna.
Shranjevanje vseh treh farmacevtskih učinkovin pri višjih temperaturah povzroča njihovo
razgradnjo in posledično zmanjševanje koncentracije. Ključne besede: fenofibrat, febuksostat, esomeprazol, stresni testi, HPTLC, LC-MS/MS Objavljeno v DKUM: 05.05.2023; Ogledov: 116; Prenosov: 20
Celotno besedilo (2,83 MB) |
6. Vpliv vsebnosti CO2 in procesnih pogojev na potek fermentacije in senzorične lastnosti kombuče : magistrsko deloŠpela Habjanič, 2023, magistrsko delo Opis: Kombuča je osvežilna fermentirana pijača, bogata z organskimi spojinami, polifenoli, vitamini, minerali ter drugimi bioaktivnimi snovmi. Prvotno izhaja iz območja na severovzhodu Kitajske, v zadnjih letih pa je doživela pravi razcvet po vsem svetu. V okviru magistrskega dela smo študirali potek fermentacije sladkanega čaja s kombučo. Zanimala nas je dinamika koncentracije sladkorja, CO2 in etanola med procesom fermentacije ter gibanje pH vrednosti. Raziskovali smo vplive izbranih bioprocesnih parametrov na kvaliteto končnega napitka. V nadaljevanju smo opazovali vpliv temperature na potek fermentacije.
Za določitev bioprocesnih parametrov smo uporabljali tekočinsko kromatografijo visoke ločljivosti in aparat za merjenje koncentracije raztopljenega CO2. V prvi fazi je proces fermentacije potekal v 6 L steklenih posodah, primarna fermentacija je potekala teden dni. Nato smo pri procesu sekundarne fermentacije uporabili 100 mL stekleničke. Sekundarna fermentacija je trajala dober mesec dni.
V splošnem smo potrdili, da vrednosti pH in sladkorja med procesom fermentacije padajo, koncentracije CO2 ter etanola pa naraščajo. Ugotovili smo, da dodatek sirupa h kombuči pospeši proces sekundarne fermentacije, saj v krajšem obdobju nastane bolj kisla, gazirana pijača z večjo vsebnostjo alkohola. Po drugi strani pa umetno dodan CO2 h kombuči zaustavi oziroma upočasni proces fermentacije, predvsem v prvi fazi procesa (prvih 14 dni). Z rezultati smo potrdili, da ima temperatura pomembno vlogo pri procesu fermentacije. Pri višji temperaturi (35 °C) je fermentacija potekala hitreje, vrednosti pH in sladkorja so hitreje padale, koncentracije CO2 in etanola pa naraščale, v primerjavi s potekom sekundarne fermentacije pri sobni temperaturi (24 °C). Nasprotno smo opazili pri fermentaciji kombuče, ki je potekala v hladilniku (5 °C). Nižje temperature fermentacije so proces upočasnile. Nazadnje smo ugotovili, da na proces fermentacije močno vplivajo uporabljena starter kultura, njena oblika, velikost, izvor in starost. Ključne besede: kombuča, SCOBY kultura, sekundarna fermentacija, CO2, etanol, temperaturna odvisnost Objavljeno v DKUM: 05.05.2023; Ogledov: 119; Prenosov: 22
Celotno besedilo (3,35 MB) |
7. Validacija metod za ovrednotenje prenosa analita avtomatskega sistema dissoBOT za teste raztapljanja farmacevtskih učinkovin in optimizacija cikla čiščenja : magistrsko deloAljaž Šporin, 2023, magistrsko delo Opis: V magistrskem delu smo določali prenos analita (CO, angl. carry over) avtomatiziranega sistema za izvajanje testov raztapljanja dissoBOT, kjer smo kot aktivni farmacevtski učinkovini (API) uporabili paracetamol (PA) in natrijev diklofenak (ND). Za oba API-ja smo izvedli delno validacijo spektrofotometrične metode UV-VIS, kjer smo preverjali mejo zaznavnosti (LOD) in mejo določljivosti (LOQ), linearno koncentracijsko območje, točnost in natančnost. Vrednosti LOD za oba API-ja so bile manjše od 0,01 mg/L. Za PA smo določili linearno koncentracijsko območje od 1,00‒30,00 mg/L, za ND pa od 0,50‒3,50 mg/L (v obeh primerih je bil kvadrat korelacijskega koeficienta večji od 0,9990 in koeficient kvalitete <1,00 %). Točnost metod smo ovrednotili z izračunom izkoristka raztopin standardov z znano koncentracijo in ju potrdili za oba API-ja (povprečni izkoristek je bil za PA 99,81 % in za ND 101,43 %). Natančnost smo ovrednotili z izračunom relativnega standardnega odmika (RSD). Obe metodi sta bili natančni z vrednostjo RSD 0,13 % za PA in 0,38 % za ND. Optimizirali smo volumen pralnega medija v obeh ciklih čiščenja, ki ju izvede sistem dissoBOT, in odmerjanje medija, kjer je dovoljeno odstopanje določeno z zahtevami Ameriške farmakopeje. Prav tako smo določili vpliv volumna (V) cikla čiščenja avtomatskega vzorčevalnika 850-DS, ki je eden izmed treh instrumentov, ki sestavljajo sistem dissoBOT, na vrednost CO. CO sistema dissoBOT, kjer je bil kot čistilni medij uporabljena voda iz pipe, je bil v primeru uporabe PA in ND nižji od 1,00 %. Določili smo vpliv V cikla čiščenja vzorčevalnika 850-DS na CO, kjer je bila vrednost CO pri V cikla čiščenja vzorčevalnika 850-DS 2 mL 1,38 %, pri V 5 mL 0,86 % in pri V 10 mL 0,32 %. CO pri V cikla čiščenja vzorčevalnika 850-DS 10 mL in dveh izvedenih ciklih čiščenja je bil manjši od 0,20 %. Ključne besede: prenos analita, avtomatizacija, validacija, dissoBOT, testi raztapljanja, UV-VIS Objavljeno v DKUM: 04.05.2023; Ogledov: 97; Prenosov: 11
Celotno besedilo (8,39 MB) |
8. Vpliv različnih metod priprave površine SPE na adsorpcijo izbranih proteinov za zasnovo biosenzorjev : magistrsko deloIvan Konjević, 2023, magistrsko delo Opis: Eden ključnih korakov pri izdelavi elektrokemijskega biosenzorja je imobilizacija biomolekul (proteinov, encimov, DNK ipd.) na površini delovne elektrode. V zvezi s tem je predobdelava elektrodne površine neizogiben del procesa, še posebej v primeru, ko se uporabljajo komercialno dostopne sitotiskane ogljikove elektrode (angl. screen-printed carbon electrodes, SPCE), ki izkazujejo nekoliko slabšo elektrokemijsko ponovljivost. V magistrski nalogi smo preučili vpliv izbranih metod površinske predobdelave SPCE, kot sta predobdelava s tehniko ciklične voltametrije v H2SO4 in H2O2 ter uporaba pozitivno in negativno nabite plazme kisika, na njene elektrokemijske karakteristike. Preučili smo vpliv teh metod na ponovljivost elektrodnega odziva in na kinetiko adsorpcije dveh najpogosteje uporabljenih proteinov za izdelavo biosenzorjev, in sicer govejega serumskega albumina (angl. bovine serum albumin, BSA) in proteina A. Ugotovili smo, da je vsaka od uporabljenih metod izboljšala elektrokemijsko stabilnost SPCE-elektrod in predvsem pozitivno vplivala na kinetiko adsorpcije obeh proteinov. Rezultati kažejo, da je v vsakem primeru BSA pokazala bolj kompleksno obnašanje v primerjavi s proteinom A, kot najbolj učinkovito metodo za oba proteina pa lahko izpostavimo predobdelavo z uporabo negativne plazme. Pri adsorpciji proteina A smo opazili bolj izrazit padec voltametrijskega odziva v primerjavi z BSA, in sicer za vsako metodo predobdelave površine delovne elektrode. V primeru obeh proteinov se je izkazalo, da je koncentracija 5 in 10 µg/mL zadostna za vzpostavitev stabilne proteinske plasti v povezavi z enourno inkubacijo na SPCE. Glede na izboljšanje elektrokemijske ponovljivosti elektrod, kot tudi izboljšanje adsorpcije obeh modelnih proteinov, lahko zaključimo, da je predobdelava SPCE ključni korak pri izdelavi elektrokemijskih biosenzorjev. Ključne besede: sitotiskane elektrode, SPCE, adsorpcija proteinov, goveji serumski albumin, protein A, elektrokemijski biosenzorji Objavljeno v DKUM: 03.05.2023; Ogledov: 85; Prenosov: 14
Celotno besedilo (2,59 MB) |
9. Vpliv izražanja mmd na odzivnost monocitov in makrofagov na adalimumab in vitro : magistrsko deloAdriana Kralj, 2023, magistrsko delo Opis: Parodontoza je pogosta vnetna bolezen, ki lahko vpliva na slabšo odzivanje bolnikov s sistemskimi boleznimi, kot je revmatoidni artritis, na biološko zdravilo adalimumab. Ugotovljeno je bilo, da stopnja revmatoidnega artritisa korelira z ravnijo izražanja MMD gena v makrofagih izoliranih iz sinovialne tekočine vnetih sklepov. Poleg tega stopnja izražanja MMD vpliva na klinični odziv bolnikov s kronično vnetno črevesno boleznijo na adalimumab.
V magistrskem delu smo se odločili preveriti, kako se monociti in iz njih in vitro diferencirani makrofagi bolnikov s parodontozo odzivajo na biološko zdravilo adalimumab ter kakšno vlogo ima pri tem ekspresija MMD.
Pri monocitih in iz njih diferenciranih makrofagih smo simulirali vnetje z dodatkom LPS in zdravljenje vnetja s komercialnim biološkim zdravilom adalimumab, ter preverili izražanje vnetnih genov IL1B, IL6 in TNFα. Adalimumab je učinkovito zavrl izražanje genov IL1B in IL6, ki v signalni kaskadi ležita nižje od TNFα, čeprav v primeru IL6 samo za monocite. Na izražanje TNFα dodatek adalimumaba ni imel vpliva. V magistrskem delu nismo dokazali vpliva MMD na učinkovitost adalimumaba pri zaviranju TNFα. Vendar zaradi teh ugotovitev ne moremo ovreči njegove potencialne vloge pri vplivu na učinkovitost adalimumaba, saj je potrebno izvesti še veliko raziskav s spremenjenimi eksperimentalnimi pogoji in tako potrditi ali ovreči vlogo MMD pri neučinkovitosti adalimumaba in s tem pripomoči k izboljšanju zdravljenja vnetnih bolezni. Ključne besede: MMD, parodontoza, vnetni citokini, adalimumab, monociti, makrofagi, in vitro diferenciacija, in vitro vnetje, TNFα Objavljeno v DKUM: 20.04.2023; Ogledov: 135; Prenosov: 28
Celotno besedilo (2,80 MB) |
10. Kinetično modeliranje epoksidacije etilena na srebrovih katalizatorjih : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeManca Potočnik, 2023, diplomsko delo Opis: V diplomskem delu smo raziskovali reakcijo epoksidacije etilena na srebrovih katalizatorjih. Epoksidacija etilena je komercialno ena najpomembnejših selektivnih oksidacijskih reakcij. Etilen epoksid je vsestransko uporabna kemikalija, ki se neposredno uporablja za sterilizacijo in dezinfekcijo, kot fungicid, še pogosteje pa kot surovina za pridobivanje drugih spojin (etilen glikol, detergenti, etanolamini, itd.). Navadno ga pridobivamo kot produkt nadzorovane oksidacije etilena s kisikom na srebrovem katalizatorju, saj ta ne prekine vezi med vodikom in ogljikom, kar bi vodilo v reakcijo gorenja. Katalizatorju pogosto dodamo cezij, klor, baker ali žlahtne kovine in s tem povečamo njegovo selektivnost.
V tem diplomskem delu s pomočjo matematičnega modela v programskem jeziku Python raziskujemo, kako različni pogoji vplivajo na hitrost reakcije in njeno selektivnost na različnih srebrovih katalizatorjih. Zanima nas, kako se spreminja selektivnost, katera temperatura je najugodnejša, kateri tlak izberemo za najoptimalnejši potek reakcije in kateri naj bo katalizator. Ključne besede: mikrokinetični model, epoksidacija, kinetika, srebro, katalizator Objavljeno v DKUM: 14.04.2023; Ogledov: 124; Prenosov: 11
Celotno besedilo (1,87 MB) |