1. Optimizacija priprave proteinov krvne plazme z razgradnjo na peptide v raztopini za proteomsko analizo z masno spektrometrijo : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeEva Zajšek, 2023, diplomsko delo Opis: V diplomskem delu sta predstavljena danes najpogostejša načina priprave vzorcev proteinov z razgradnjo na peptide za proteomsko analizo z masnim spektrometrom: SDS PAGE in stopenjska priprava v raztopini, ki vključuje denaturacijo, redukcijo, alkilacijo proteinov in njihovo cepitev na peptide s tripsinom.
Naš namen je bil skrajšati, poenostaviti in poceniti v znanstveni literaturi opisani protokol stopenjske priprave vzorcev proteinov v raztopini, vendar kljub temu ohraniti dobro razgradnjo proteinov in identifikacijo z masnim spektrometrom. V delu je tako podrobneje prikazana analiza optimizacije priprave vzorcev v raztopini: različni reagenti, različne koncentracije, združevanje korakov, dodajanje korakov, različne temperature in različno dolge inkubacije.
Rezultati kažejo, da protokola ne moremo skrajšati na račun časa inkubacije tripsina, vendar pa lahko to storimo z združitvijo korakov denaturacije, redukcije in alkilacije ter skrajšanim časom inkubacije teh korakov. Kot boljši alkilacijski reagent se je v primerjavi z jodoacetamidom (IAM) zaradi manjšega števila neželenih modifikacij izkazal kloroacetamid (CAM), za oba reagenta pa je primerna koncentracija pod 10 mM. Ugotovili smo, da dodaten korak prekinitve alkilacije z ditiotreitolom (DTT) zaradi prihranka časa in kemikalij ni primeren, saj ne zmanjša števila neželenih modifikacij. Povzeti protokol smo nekoliko pocenili z zamenjavo alkilacijskih reagentov, saj je kloroacetamid (CAM) cenejši in ga je na voljo za več eksperimentov, sicer pa ceno celotnega eksperimenta določa predvsem poraba tripsina, čigar cena znaša okrog 2,23 EUR za 1 μL.
Ključne besede: proteomika, SDS PAGE, in-solution-digestion, reagenti, masna spektroskopija, priprava vzorcev
Objavljeno v DKUM: 31.03.2023; Ogledov: 649; Prenosov: 55
 Celotno besedilo (4,45 MB) |
2. Razvoj platforme na osnovi tankoplastne kromatografije za detekcijo fenolnih spojin v kompleksnih matricah vzorcev hrane in rastlinskih ekstraktov : magistrsko deloMaja Bensa, 2022, magistrsko delo Opis: Z uporabo denzitometrije in analize slik je bila razvita platforma na osnovi tankoplastne kromatografije za detekcijo 93 fenolnih spojin s sedmimi detekcijskimi reagenti na treh stacionarnih fazah (HPTLC: silikagel, silikagel F254 in celuloza). Platformo sestavljata: baza slik, dokumentiranih pri vidni svetlobi, 254 nm in 366 nm, in baza absorpcijskih spektrov (190–800 nm) spojin. Slike in spektri so bili posneti pred derivatizacijo in po derivatizaciji z vsemi sedmimi detekcijskimi reagenti. Platforma omogoča večdimenzionalno primerjavo in s tem odpira veliko možnosti za načrtovanje študij in podporo pri kemijskih analizah. Primerjamo lahko več faktorjev, ki vključujejo: stacionarne faze, svetlobo za detekcijo (pri dokumentaciji), absorpcijske spektre z maksimumi, derivatizacijske reagente, skupine in podskupine fenolnih spojin, posamezne fenolne spojine itd. Uporabni potencial platforme je predvsem v načrtovanju analiz fenolnih spojin (izbor optimalnih pogojev detekcije) v vzorcih s kompleksnimi matricami, kot so vzorci hrane in rastlinski ekstrakti. Platforma je bila uporabljena za izbor optimalnih pogojev detekcije pri kvantitativnih analizah resveratrola v 20 prehranskih dopolnilih. Analize, izvedene z metodo na osnovi tankoplastne kromatografije visoke ločljivosti v povezavi z denzitometrijo, so pokazale, da se pri kar 95 % izdelkov določene vsebnosti ne ujemajo z deklariranimi vsebnostmi in da so pri 55 % izdelkov določene vsebnosti večje od deklariranih. Pri 25 % izdelkov so določene vsebnosti na enoto presegale predpisano najvišjo dovoljeno raven za prehranska dopolnila s trans-resveratrolom (150 mg/dan). Preverjena je bila skladnost označb 22 prehranskih dopolnil z regulatornimi zahtevami za označevanje hrane in prehranskih dopolnil. Večina označb je vsebovala potrebne informacije, a so bile prisotne tudi številne napake.
Ključne besede: HPTLC, fenolne spojine, detekcijski reagenti, prehranska dopolnila, označevanje živil
Objavljeno v DKUM: 10.10.2022; Ogledov: 586; Prenosov: 0
Celotno besedilo (5,44 MB) |
3. POLIPIRIDIN KOT TRDNI NOSILEC ZA BROMIRANJE STIRENASandi Skrbinšek, 2015, diplomsko delo Opis: Diplomsko delo prikazuje študijo narave polipiridinskega trdnega nosilca za bromiranje stirena. Ker je oksidativno halogeniranje ena izmed najbolj perspektivnih metod za halogeniranje organskih spojin, smo najprej proučili selektivnost oksidativnega bromiranja stirena s HBr/H2O2 v organskih topilih, kot so diklorometan, metanol, acetonitril z in brez dodatka vode. Izkazalo se je, da je selektivnost reakcije odvisna od vrste topila, saj je v diklorometanu nastal le en produkt, (1,2-dibromoetil)benzen, npr. v metanolu pa so nastali kar trije produkti, poleg (1,2-dibromoetil)benzena še (2-bromo-1-metoksietil)benzen in 2-bromo-1-feniletanol. Nato smo raziskali naravo bromirnega reagenta v reakciji oksidativnega bromiranja tako, da smo primerjali selektivnost bromiranja stirena z različnimi bromirnimi reagenti na polimernem nosilcu, katere smo pripravili iz Br2, HBr3, in HOBr. Opazovali smo obnašanje reakcije v različnih organskih topilih z in brez dodatka vode, določili izkoristke in selektivnost reakcij s pomočjo 1H NMR in FTIR spektroskopije. Ugotovili smo, da obstaja veliko pozitivnih lastnosti uporabe trdnih nosilcev za izvedbo kemijskih reakcij. Sem spadajo enostavnost rokovanja z njimi, saj lahko preprosto zatehtamo željeno količino za reakcijo. Trdni nosilec lahko po končani reakciji enostavno odstranimo iz reakcijske zmesi s filtriranjem, kar pomeni, da lahko reagente na trdnih nosilcih večkrat uporabimo za reakcijo. Reagenti, kot npr. Br2 na trdnih nosilcih so tudi varnejši za uporabo. Brom je namreč toksična, jedka in lahko hapljiva tekočina, ki lahko povzroči nemalo težav.
Ključne besede: Trdni nosilci, polimerni reagenti, poli(4-vinil)piridin, bromiranje, oksidativno bromiranje
Objavljeno v DKUM: 21.10.2015; Ogledov: 2285; Prenosov: 111
Celotno besedilo (1,21 MB) |
4. VPLIV PARAMETROV NA SINTEZO ZAMREŽENIH ENCIMSKIH SKUPKOV (CLEAs) IZ ENCIMA CELULAZAMaša Petko, 2015, diplomsko delo Opis: V diplomskem delu je opisana sinteza encimskih skupkov ali agregatov iz encima celulaza, katere na kratko imenujemo CLEAs (Crosslinked enzyme aggregates). Zamrežene encimske skupke smo pripravili po že znanem postopku, ki je sestavljen iz dveh ključnih delov. Prvi del predstavlja oboritev encima s pomočjo obarjalnega reagenta, ki je lahko organsko topilo ali raztopina anorganske soli. Temu sledi zamreženje oborjenega encima s pomočjo zamrežitvenega reagenta. Glutaraldehid je organska molekula in se najpogosteje uporablja kot zamrežitveni reagent, predvsem zaradi enostavne uporabe in relativno nizke nabavne cene. Pri sintezi CLEAs smo optimirali parametre z namenom izboljšanja relativne aktivnosti encimskih agregatov. V fazi obarjanja smo ugotavljali, kateri so tisti obarjalni reagenti, ki nam ne povzročijo ireverzibilne denaturacije, saj s tem deaktiviramo encim in izgubimo nativno aktivnost encima. Na koncu smo določili tudi stabilnost sintetizirane CLEAs, s poskusi ponovne uporabe imobiliziranega encima.
Z eksperimentalnim delom smo uspešno sintetizirali zamrežene encimske skupke iz encima celulaze. Sintezo smo izvajali pri sobni temperaturi z uporabo pufra PBS (20 mM in pH = 7), s koncentracijo albumina γalbumin = 17 mg/mL in z Vrazt. celulaze = 100 µL. Za obarjanje smo uporabili 90 % delež topil, ki smo mu smo dodali 10 % delež encima celulaze. Uporabljeni obarjalni reagenti so: metanol, etanol, propanol, 2-propanol, aceton, amonijev sulfat, tetrahidrofuran, dimetilsulfoksid, polietilen glikol (PEG 1500, 6000, 20000), kloroform, n-heptan, heksan, dimetileter, butanol, acetonitril in dekanol. V stopnji zamreženja smo uporabili tiste obarjalne reagente, kjer je bilo obarjanje uspešno. Zamreženje je potekalo 3 ure. Ugotovili smo, da je bila najvišja aktivnost CLEAs pri uporabi obarjalnega reagenta etanola in pri koncentraciji glutaraldehida ϕ = 0,0625 %. Končni produkt sinteze CLEAs je bila motna suspenzija, kjer je bila povprečna velikost agregatov 43 µm. Kljub visoki aktivnosti smo ugotovili, da CLEAs ni stabilna, saj dobimo razpolovno dobo encima že po 2. ciklu. V začetni fazi raziskave smo sintetizirali CLEAs s sicer nižjo aktivnostjo, vendar so bili dobljeni agregati stabilnejši. S tem smo ovrgli trditev, da je aktivnejša CLEAs tudi stabilnejša.
Ključne besede: zamreženi encimski skupki, CLEAs, celulaza, mrežni povezovalec, glutaraldehid, obarjalni reagenti
Objavljeno v DKUM: 21.10.2015; Ogledov: 2079; Prenosov: 155
Celotno besedilo (1,96 MB) |
5. IZBOLJŠAVA RAZTRŽNIH VREDNOSTI STEKLENIH ARMATUR ZA OJAČANJE BRUSNIH IZDELKOVEva Krajnik, 2015, magistrsko delo Opis: Namen magistrskega dela je bil določiti vpliv staranja steklenih filamentov na raztržne vrednosti, ter vpliv reagentov za spajanje (silanov) na steklene filamente. Želeli smo primerjati raztržne vrednosti surovih in impregniranih filamentov različnih proizvajalcev, ugotoviti ali raztržne vrednosti v določenem časovnem območju začnejo izgubljati svoje vrednosti in primerjati končne rezultate po proizvajalcih in med njimi.
Zanimal nas je tudi vpliv reagentov za spajanje na impregnirane steklene diske. Primerjali smo različne tipe reagentov za spajanje na različnih tipih niti. Preverili smo, ali lahko z njimi izboljšamo raztržne vrednosti impregnirane tkanine za bolj zahtevne kupce in ali imajo kakršenkoli vpliv na ostale parametre v fazi impregnacije.
Glede na dobljene raztržne vrednosti surovih in impregniranih filamentov smo ugotovili, da se pri večini proizvajalcev pojavi vpliv staranja. Analize raztržnih vrednosti filamentov so pokazale, da pri nekaterih proizvajalcih le-te s časom močno padejo. Prav tako so se pokazale razlike v raztržnih vrednostih istih tipov steklenih filamentov različnih proizvajalcev.
Z dodajanjem reagentov za spajanje smo dosegli do 12 % izboljšave raztržnih vrednosti v primerjavi s standardom. Ugotovili smo, da različni tipi reagentov za spajanje na steklenih filamnetih različnih proizvajalcev delujejo različno. Ne vplivajo pa na zahtevane parametre v samem procesu impregnacije.
Ključne besede: stekleni filamenti, raztržne vrednosti, staranje, reagenti za spajanje, fenolformaldehidna smola
Objavljeno v DKUM: 30.03.2015; Ogledov: 1501; Prenosov: 105
Celotno besedilo (2,95 MB) |
6. POLIMERNO VEZANI OKSALATI KOT OBNOVLJIVI VIRI KEMILUMINISCENCESelena Bošnjak, 2014, diplomsko delo Opis: V diplomskem delu smo raziskali možnosti sinteze derivatov diaril oksalatnih estrov vezanih na polimerne nosilce. Diaril oksalati so zanimive spojine za kemiluminiscenčne reakcije, saj pri reakciji z vodikovim peroksidom nastane visoko-energijska molekula, ki se ob prisotnosti primernega občutljivca pretvori v osnovno stanje s sevanjem svetlobe. Arilni del molekule pomembno vpliva na kemiluminiscenčne lastnost, zato smo raziskali možnosti vezave elektron-privlačne skupine, kot je brom, ki bi podaljšal čas oddajanja svetlobe. Raziskali smo, kakšne so možnosti v strukturi arilnega dela molekule, da bi lahko omogočila pripravi diaril oksalatov na trdnih nosilcih. Ugotovili smo, da mora benzenski del molekule vsebovati fenolno skupino, preko katere se lahko veže oksalatna skupina ter aminsko skupino, ki bi služila za vezavo na benzilno mesto v polimernem nosilcu. Iz tega razloga smo raziskali reakcijo bromiranja 4-metoksibenzilamina in 4-hidroksibenzonitrila z okolju sprejemljivejšo metodo oksidativnega bromiranja z bromovodikovo kislino in vodikovim peroksidom kot oksidantom v različnih topilih pod različnimi pogoji. Nadalje smo raziskali reakcijo vezave na polimerni nosilec in kot modelno spojino uporabili benzil klorid, na katerega smo vezali benzilaminski derivat. V zadnjem koraku svojega raziskovanja, sem pozornost posvetila raziskovanju reakcije vezave oksalatne skupine na fenolni derivat kot modelno reakcijo za uporabo na polimernem nosilcu. S tem smo pripravili metodo, s katero lahko apliciramo kemiluminiscenco v trdni fazi, npr. PoliHIPE polimer. Z vezavo fenola v PoliHIPE polimer bi dobili obnovljivi vir kemiluminiscence, saj bi lahko fenol na ta način enostavno regenerirali v diariloksalatni ester in edini stranski produkt bi bil ogljikov dioksid.
Ključne besede: kemiluminiscenca, diariloksalatni estri, reagenti na trdnih nosilcih, PoliHIPE
Objavljeno v DKUM: 22.09.2014; Ogledov: 1765; Prenosov: 185
Celotno besedilo (1,56 MB) |
7. RAZVOJ DENDRIMERNIH poliHIPE NOSILCEV KOT BAZNIH KATALIZATORJEVGregor Kodrič, 2014, diplomsko delo Opis: PoliHIPE materiali so porozni emulzijsko pripravljeni polimeri, sintetizirani znotraj emulzij z visokim deležem notranje faze (HIPE). Zelo porozna notranja struktura jim daje posebne karakteristike, zato so uporabni pri različnih tehničnih in industrijskih aplikacijah. Raznovrstnost uporabe dosežejo s funkcionalizacijo ter modifikacijo raznih strukturnih parametrov med in po sintezi. Namen diplomskega dela je bila študija zdužitve aminskega dendrimera kot organskega baznega katalizatorja s PoliHIPE polimerom. Z vezavo teh katalizatorjev na polimerne nosilce smo hoteli združiti najboljše lastnosti obeh materialov. Tako bi imeli poleg katalitičnih lastnosti še možnost boljšega izolacijskega postopka produktov iz reakcij, možnost recikliranja takega katalizatorja, znižanja stroškov reakcij, procesi bi lahko potekali hitreje, najpomembnejša pridobitev tega postopka pa bi bila, da bi s tako funkcionaliziranimi polimernimi katalizatorji zmanjšali količino odpadne snovi pri reakcijah, kar bi moralo biti vodilo pri načrtovanju modernih sinteznih postopkov. Uporabili smo aminske dendrimere na osnovi tris-(2-aminoetil)amina. Sintezo dendrimera smo opravili tako, da smo najprej vezali akrilonitril na tris-(2-aminoetil)amin v vodi kot topilu, nakar smo vmesni nitrilni produkt reducirali do amina z LiAlH4 in tako smo dobili prvo generacijo aminskih dendrimerov. Le-te je mogoče uporabiti v namene organokatalize kot bazne katalizatorje v širokem spektru reakcij. Uporabnost tris-(2-aminoetil)amina in iz njega izhajajočih dendrimerov smo preizkušali pri aldolnih reakcijah (Knoevenagelova kondenzacija) kot testnih reakcijah. Tako smo preverili, pod kakšnimi pogoji osnovni aminski katalizator tris-(2-aminoetil)amin katalizira reakcije med benzaldehidom in tremi modelnimi ketoni različnih reaktivnosti (acetofenon, dibenzoilmetan, dimedon) in ugotovili, da se le najbolj reaktiven substrat – dimedon - pretvori v odgovarjajoč produkt kondenzacije.
Ključne besede: reakcije na trdnih nosilcih, PoliHIPE polimeri, aminski dendrimeri, bazni katalizatorji, obnovljivi reagenti, aldolna kondenzacija
Objavljeno v DKUM: 11.09.2014; Ogledov: 2209; Prenosov: 200
Celotno besedilo (6,34 MB) |
