| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 5 / 5
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
EKSPRESIJA GENOV ZA EVOLUCIJO ETILENA TER ABSCIZIJA PLODIČEV JABLANE (Malus domestica Borkh.) PO TRETIRANJU Z RASTNIMI REGULATORJI IN SENČENJEM
Jure Kolarič, 2011, doktorska disertacija

Opis: Kljub temu da je naravni mehanizem junijskega odpadanja plodičev pri jablani (Malus domestica Borkh.) dobro razvit, je potrebno za doseganje redne rodnosti in boljše kakovosti plodov uporabljati tehnološke ukrepe, s katerimi dodatno vzpodbudimo odpadanje plodičev. Uveljavljena metoda za redčenje plodičev je škropljenje dreves z rastnimi regulatorji, čeprav mehanizem delovanja omenjenih sredstev še vedno ni jasen. Pomemben dejavnik pri razvoju abscizijskih procesov je tudi rastlinski hormon etilen, vendar zaenkrat njegova vloga še ni popolnoma raziskana. Podobno kot z rastnimi regulatorji (NAA, BA in ETEF) lahko na abscizijo vplivamo tudi s senčenjem. Namen raziskave je bil podrobneje proučiti vlogo etilena v procesu abscizije plodičev ter ugotoviti, ali je prisotnost etilena neodvisna od dejavnika, s katerim sprožimo abscizijo (rastni regulatorji, senčenje). Proučevali smo povezavo med ekspresijo genov, odgovornih za evolucijo etilena (MdACO1, MdACS5A in MdACS5B), in dejansko frekvenco odpadanja oz. deležem plodov, ki so bili podvrženi absciziji. Glede na dejstvo, da so lateralni plodiči (LP) bolj podvrženi abscizijskim procesom v primerjavi s centralnimi plodiči (CP) smo želeli ugotoviti, ali obstajajo razlike tudi pri izraženosti opazovanih genov. Za izvedbo raziskave smo v jablanovem nasadu na sorti 'Zlati delišes' zasnovali dvoletni poljski poskus v poskusnem nasadu Kmetijskega inštituta Slovenije na Brdu pri Lukovici. Poskus je bil razdeljen na dva dela, od katerih je vsak zajemal 8 naključnih blokov s 5 obravnavanji. Tretiranje z rastnimi regulatorji in senčenje smo opravili, ko je bil povprečen premer plodičev ≈10 mm. V obeh letih smo imeli sledeča obravnavanja: 1. K (netretirano), 2. NAA (15 mg l-1), 3. BA (150 mg l-1), 4. ETEF (500 mg l-1) in 5. SEN (3 dni, 96 % redukcija fotosintetsko aktivnega sevanja). V času trajanja poskusa smo na drevesih oz. plodičih opravljali različne meritve, in sicer: prirast plodičev, frekvenco odpadanja plodičev, evolucijo etilena, vzorčenje tkiva za genetske analize in končno vrednotenje pridelka po posameznem drevesu. Evolucijo etilena smo spremljali v terminih 0, 2, 5 in 8 dni po tretiranju (DAT), in sicer smo koncentracijo etilena v vzorcih določili s plinsko kromatografijo (GC). V letu 2008 smo vzorce za genetske analize vzorčili 0 in 8 DAT, medtem ko v letu 2009 v terminih 0, 1, 4 in 7 DAT. Za genetske analize, ki smo jih opravili v laboratorijih Kmetijskega inštituta Slovenije, smo vzorčili tkivo CP in LP ter tkivo abscizijske cone obeh tipov plodičev. Najprej smo iz vzorcev izolirali celokupno RNA, nato pa smo za opazovanje izražanja genov MdACS5A, MdACS5B in MdACO1 uporabili kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo (qPCR). V času tehnološke zrelosti smo še ovrednotili pridelek po posameznem drevesu. Nanos NAA, BA in ETEF je v letih 2008 in 2009 povzročil večjo abscizijo plodičev v primerjavi s K. Podoben učinek smo v letu 2009 dosegli s SEN, medtem ko v letu 2008 SEN ni vplivalo na abscizijo plodičev. Potrdili smo, da so bili absciziji mnogo bolj podvrženi LP pri vseh obravnavanjih, medtem ko je nekoliko večjo abscizijo CP povzročila samo aplikacija ETEF. Spremljanje priraščanja plodičev po aplikaciji rastnih regulatorjev in senčenju je pokazalo, da ETEF najmočneje zavira rast plodičev, tudi v primeru ko ti niso podvrženi kasnejši absciziji. Medtem pa NAA, BA, in SEN zavrejo predvsem rast plodičev, ki so pozneje podvrženi absciziji. Neglede na obravnavanje pa smo ugotovili, da je rast plodičev pred abscizijo v vseh primerih zavirana oz. zaustavljena. To pomeni, da je tudi rast plodičev oz. njeno zaviranje pokazatelj abscizije. Evolucija etilena iz plodičev je bila različna med posameznimi obravnavanji, prav tako pa je imel vpliv tudi tip plodičev. Tako smo v primeru CP najmočnejšo evolucijo etilena izmerili pri obravnavanju ETEF, ki se je povišala v terminu 5 in 8 DAT, medtem pa ostala obravnavanja niso povzročila večje evolucije etilena v CP. Nasprotno pa smo pri LP, poleg obra
Ključne besede: abscizija, evolucija etilena, redčenje, rastni regulatorji, genetska ekspresija, qPCR
Objavljeno: 17.10.2011; Ogledov: 3116; Prenosov: 279
.pdf Celotno besedilo (2,97 MB)

2.
VLOGA DNA POLIMORFIZMA POSAMEZNEGA NUKLEOTIDA rs2476601 IN IZRAŽANJE GENA PTPN22 PRI NASTANKU, POTEKU IN ZDRAVLJENJU OTROŠKE ASTME
Alja Čeh, 2014, diplomsko delo

Opis: Astma je resna kronična bolezen dihal neznane etiologije in je pogostejša pri otrocih kot odraslih. Je kompleksna bolezen s heterogenim fenotipom, na njen pojav vpliva interakcija več različnih genov, pri čemer je prispevek posameznega gena le majhen. Proces interakcije je odvisen od dveh faktorjev, genetike bolnika ter izpostavljenost okolju v času razvoja imunskega sistema. Pri zdravljenju astme prihaja do velikih razlik v odzivu na terapijo, katere so posledica genskega zapisa bolnika. Pri zdravljenju astme se uporabljata dve vrsti zdravil, preprečevalci astme (glukokortikoidi in antilevkotrieni) in olajševalci astme (bronhodilatatorji). V nalogi smo se osredotočili na vlogo gena PTPN22 in polimorfizma posameznega nukleotida (SNP) rs2476601 na genu PTPN22 pri nastanku, poteku in zdravljenju otroške astme. SNP rs2476601 se nahaja na genu PTPN22 in je povezan z nastankom številnih sorodnih avtoimunskih bolezni, kot so Chronova bolezen, revmatoidni artritis, diabetis tipa 1 in multipla skleroza, katere imajo podoben potek bolezni kot astma. Zato je PTPN22 dober kandidatni gen za astmo. Namen diplomske naloge je bil narediti asociacijsko analizo SNP-ja rs2476601 pri slovenskih otrocih z atopijsko in neatopijsko astmo, izvesti farmakogenetsko analizo, primerjati izražanje gena PTPN22 med zdravimi posamezniki in bolnimi posamezniki z atopijskim in neatopijskim fenotipom astme ter primerjati izražanje gena PTPN22 pred in po terapiji. Izbran SNP rs2476601 na genu PTPN22 smo genotipizirali ter naredili primerjavo frekvence genotipov med zdravimi kontrolami in bolniki z astmo, atopijskim in neatopijskim fenotipom ter analizo vpliva genotipa izbranega SNP-ja na klinične in laboratorijske parametre. Izmerili smo razlike v izražanju gena PTPN22 glede na genotip, primerjali razlike v izražanju med zdravimi kontrolami in bolniki z astmo z atopijskim in neatopijskim fenotipom ter spremembo v izražanju po zdravljenju z inhalacijskimi kortikosteroidi, antilevkotrienom in antilevkotrienom intermitentno. Genotipe smo določili z metodo HRM in nekatere preverili z metodo RFLP na DNA, izoliranih iz krvnih limfocitov 276 zdravil kontrol ter 325 bolnih otrok starih med 5 in 18 let, od tega jih je imelo 189 atopijski fenotip in 84 neatopijski fenotip astme. Statistično analizo smo izvedli s programskim paketom SPSS. Za analizo frekvence alelov in primerjavo genotipov bolnih otrok s kontrolami smo uporabili Fisherjev natančni test. Za vpliv genotipov na klinične in laboratorijske parametre smo uporabili T-test, Mann-Whitney test in test ANOVA. Izražanje gena PTPN22 smo izmerili s kvantitativnim PCR v realnem času (qPCR) v krvnih limfocitih 295 bolnih otrok starih med 5 in 18 let, od tega 177 z atopijsko in 44 z neatopijsko astmo, ter v krvnih limfocitih 158 zdravih kontrol. Za ekspresijsko analizo smo imeli na voljo 127 vzorcev po terapiji, od tega 53 zdravljenih z inhalacijskimi kortikosteroidi, 31 z antilevkotrienskim zdravilom Singular in 43 antilevkotrienskim zdravilom Singular intermitentrno. Vpliv genotipa SNP-ja rs2476601 na izražanje gena PTPN22 smo preverili s testom ANOVA in Mann-Whitney testom, primerjavo izražanja gena med bolnimi otroci in zdravimi kontrolami prav tako z Mann-Whitney testom. Vpliv zdravljenja na izražanje gena smo preverili z Wilcoxonovim testom. Vse p vrednosti, ki so bile nižje od 0,05, smo upoštevali, kot statistično signifikantne. Ugotovili smo, da je SNP rs2476601 povezan s pojavom astme (p=0,034; OR=0,623) pri slovenskih otrocih. Prav tako smo ugotovili, da se astmatiki z genotipom AG in GG boljše odzivajo na zdravljenje (vse terapije) v primerjavi s posamezniki z genotipom AA, saj se je vrednost FEV1 po terapiji pri teh posameznikih povečala (p=0,033; +/-s.d=13,273). Za skupino astmatikov z atopijskim fenotipom smo dobili signifikantne rezultate za vrednost eozinofilcev, pri čemer smo za posameznike z genotipom AA ugotovili višjo vrednost v primerjavi s posamezniki z genotipom AG in GG, kar kaže na to, da imajo posamezniki z genotipom AA večjo nagnjenost k atopiji.
Ključne besede: astma, rs2476601, PTPN22, farmakogenomika, HRM, RFLP, qPCR
Objavljeno: 26.11.2014; Ogledov: 1347; Prenosov: 138
.pdf Celotno besedilo (1,45 MB)

3.
4.
Effect of Bifidobacterium breve on the intestinal microbiota of coeliac children on gluten free diet
Andrea Quagliariello, Irene Aloisio, Nicole Bozzi Cionci, Donata Luiselli, Giuseppe D'Auria, Llúcia Martinez-Priego, David Pérez-Villarroya, Tomaž Langerholc, Maša Primec, Dušanka Mičetić-Turk, Diana Di Gioia, 2016, izvirni znanstveni članek

Opis: Coeliac disease (CD) is associated with alterations of the intestinal microbiota. Although several Bifidobacterium strains showed anti-inflammatory activity and prevention of toxic gliadin peptides generation in vitro, few data are available on their efficacy when administered to CD subjects. This study evaluated the effect of administration for three months of a food supplement based on two Bifidobacterium breve strains (B632 and BR03) to restore the gut microbial balance in coeliac children on a gluten free diet (GFD). Microbial DNA was extracted from faeces of 40 coeliac children before and after probiotic or placebo administration and 16 healthy children (Control group). Sequencing of the amplified V3-V4 hypervariable region of 16S rRNA gene as well as qPCR of Bidobacterium spp., Lactobacillus spp., Bacteroides fragilis group Clostridium sensu stricto and enterobacteria were performed. The comparison between CD subjects and Control group revealed an alteration in the intestinal microbial composition of coeliacs mainly characterized by a reduction of the Firmicutes/Bacteroidetes ratio, of Actinobacteria and Euryarchaeota. Regarding the effects of the probiotic, an increase of Actinobacteria was found as well as a re-establishment of the physiological Firmicutes/Bacteroidetes ratio. Therefore, a three-month administration of B. breve strains helps in restoring the healthy percentage of main microbial components.
Ključne besede: coeliac disease, gluten free diet, probiotic, Bifidobacterium breve, intestinal microbiota, qPCR, next generation sequencing
Objavljeno: 22.06.2017; Ogledov: 622; Prenosov: 71
.pdf Celotno besedilo (5,19 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

5.
Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma
Lara Bezjak, 2019, magistrsko delo

Opis: Izhodišče: Z razvojem visoko zmogljivih tehnologij sekvenciranja, ki so omogočile pridobitev velike količine podatkov iz bioloških vzorcev, je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov, vendar pa trenutno še ni soglasja o najprimernejšem postopku ali metodi za identifikacijo različno izraženih genov s tehnologijo sekvenciranja naslednje generacije (RNA-seq). Namen naloge je bil analizirati dva pristopa za analizo RNA-seq podatkov in njune rezultate validirati z zlatim standardom. Metode: V nalogi smo uporabili dva pristopa, edgeR (Robinson, et al., 2010) in limma (Ritchie, et al., 2015) -voom (Law, et al., 2014), ter njune rezultate preverili z metodo RT-qPCR. Z RT-qPCR smo preverili štiri gene, ki so imeli izračunane nasprotujoče si log2FC in p-vrednosti. Na koncu smo zbrane rezultate vseh treh metod analizirali s programskim orodjem SPSS. Rezultati: Rezultati Spearmanovega testa korelacije so pokazali močno korelacijo med izračunanimi log2FC in p-vrednostmi obeh pristopov, vendar je Wilcoxonov test pokazal, da se log2FC in p-vrednosti kljub temu statistično značilno razlikujejo glede na to, katero metodo smo uporabili. Tri gene, ki so se po metodah edgeR in voom najbolj razlikovali, smo analizirali z RT-qPCR in ugotovili, da dobljeni rezultati qRT-PCR bolj sovpadajo s pristopom voom kot z edgeR, kar je potrdil tudi Spearmanov test korelacije in Wilcoxonov test. Diskusija: Iz rezultatov smo zaključili, da je pristop voom primernejši, saj daje zanesljivejše rezultate kot edgeR kljub temu da smo imeli zelo majhen vzorec (3 posameznike za vsako skupino).
Ključne besede: RNA sekvenciranje, transkriptomika, R, RT-qPCR, bioinformatika
Objavljeno: 11.11.2019; Ogledov: 101; Prenosov: 28
.pdf Celotno besedilo (1,59 MB)

Iskanje izvedeno v 0.11 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici