| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 2 / 2
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
PRIMERJAVA UČINKOVITOSTI IMPLEMENTACIJE ALGORITMOV NEEDLEMAN-WUNSCH IN SMITH-WATERMAN ZA PORAVNAVO ZAPOREDIJ V BIOINFORMATIKI
Matej Matjašec, 2016, magistrsko delo

Opis: Raziskovana in primerjana je učinkovitost implementacij algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana za primerjave zaporedij na področju bioinformatike. Na podlagi implementacij smo nad enakimi podatki merili čase izvajanja v programskima jezikoma C++, Perl in statističnem jeziku R. Metodologija raziskovanja: Teoretična podlaga magistrske naloge temelji na ustreznih objavah različnih avtorjev in spletnih virov. Rezultati: Pri času izvajanja algoritmov v programskem jeziku C++ krajši vhodni niz ne presega 1 ms in daljši vhodni niz ne presega 15 ms. Pri programskem jeziku Perl in statičnem jeziku R, kjer se čas izvajanja z dolžino niza eksponentno povečuje. Sklep: Čas izvajanja algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana z enakimi vhodnimi podatki v programskem jeziku C++, je krajši kot v programskem jeziku Perl ali statističnem jeziku R.
Ključne besede: poravnava zaporedij, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R.
Objavljeno v DKUM: 11.11.2016; Ogledov: 1222; Prenosov: 122
.pdf Celotno besedilo (1,47 MB)

2.
PORAVNAVA VEČ NUKLEOTIDNIH ALI PROTEINSKIH ZAPOREDIJ
Uroš Perčič, 2013, magistrsko delo

Opis: Hkratna poravnava več DNK ali proteinskih zaporedij je eno najpogostejših opravil na področju bioinformatike. Uporabna je za filogenetsko analizo, detekcijo homologije med sekvenciranim genom in obstoječo družino genov ter za napovedovanje strukture proteinov. Uporaba eksaktnega algoritma je zaradi eksponentne zahtevnosti problema v praksi nemogoča. Namen tega dela je preučitev računalniških hevrističnih algoritmov, ki so se razširili kot alternativa ročni poravnavi več zaporedij. V okviru tega sta bila implementirana in ocenjena dva algoritma, ki sta se že v osnovni različici izkazala za dovolj natančna in učinkovita za uporabo na realnih zaporedjih. V delu so predstavljeni rezultati testiranja algoritmov ter nadaljnje možnosti raziskovanja.
Ključne besede: DNK zaporedje, proteinsko zaporedje, poravnava zaporedij, homologija
Objavljeno v DKUM: 20.06.2013; Ogledov: 1762; Prenosov: 199
.pdf Celotno besedilo (1,85 MB)

Iskanje izvedeno v 0.06 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici