| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 18
Na začetekNa prejšnjo stran12Na naslednjo stranNa konec
1.
VPLIV RAZNOLIKOSTI TKIVNIH ANTIGENOV HLA-C NA IZBIRO NESORODNEGA DAROVALCA PRI PRESADITVI KRVOTVORNIH MATIČNIH CELIC
Irena Kemperle, 2009, diplomsko delo

Opis: Presajanje krvotvornih matičnih celic (KMC) se je v zadnjih desetletjih uveljavilo kot najuspešnejši način zdravljenja poprej večinoma neozdravljivih bolezni krvotvornih organov predvsem različnih vrst levkemij. Kadar bolniku ne najdemo glede na HLA enakega sorodnega darovalca, iščemo nesorodnega v registrih darovalcev krvotvornih matičnih celic. V strokovni literaturi najdemo dokaze, da neujemanja v tkivnih antigenih HLA-A, HLA-B, HLA-C in HLA-DR med darovalcem in prejemnikom KMC odločilno vplivajo na uspešnost presaditve oz. na preživetje bolnika po njej. Lokus HLA-C so med produkti genov HLA I. razreda odkrili najpozneje, tako da je njihov vpliv na izhod presaditve KMC manj raziskan. Ugotovili smo, da so za tipizacijo HLA-C najprimernejše metode, ki temeljijo na analizi DNK. Ker z eno metodo ne moremo razrešiti vseh dvoumnosti tipizacij, je trenutno po našem mnenju najboljša izbira kombinacija metod PCR-SBT in PCR- SSP. Antigene oz. alele HLA-C smo na vzorcu oseb slovenske narodnosti v različnih časovnih obdobjih tipizirali z metodama: PCR-SSO in PCR-SBT. PCR-SSP smo v obeh primerih uporabili le kot dodatno metodo. Za razliko od izbranih evropskih populacij, kjer je najpogostejši alel Cw*0701, je presenetljivo najpogostejši alel v slovenski populaciji Cw*0401. V primeru rekombinacij v antigenih HLA bolnik v družini nima primernega darovalca, prav tako je težka izbira oz. iskanje nesorodnega darovalca. Z namenom, da bi ugotovili pogostnost rekombinacij pri naših bolnikih smo analizirali 557 družin. Po določitvi haplotipov smo pri 2,7% družin opazili rekombinacijo. Ugotovili smo, da se pojavi v 40% primerov med lokusoma HLA-A in C, med lokusoma HLA-B in DRB1 pa v 60% primerov. Iz tega sklepamo, da neujemanja v HLA-C največ prispevajo k tkivni neskladnosti na lokusih HLA I. razreda. Razvidno je celo da ne gre za neujemanje v alelih HLA-C, pač pa za neujemanja v antigenih, kar predstavlja večjo oviro za presaditev KMC. Razlog je verjetno iskati v močnem vezavnem neravnovesju med lokusoma HLA-B in HLA-C, kar je razvidno tudi iz naše analize rekombinacij, ki jih med omenjenima lokusoma nismo opazili. Izsledki nekaterih študij kažejo na to, da obstaja veliko število različnih kombinacij antigenov HLA-B in HLA-C v vezavnem neravnovesju. Tako velikokrat pri darovalcu naletimo na drugačno kombinacijo antigenov HLA-B in HLA-C kot jo ima bolnik. Menimo, da bi hkratni izbor več darovalcev ter vključitev lokusa HLA-C k osnovni tipizaciji tako darovalca kot bolnika pripomogla k učinkovitejšemu in hitrejšemu zaključku preizkušanja tkivne skladnosti.
Ključne besede: HLA-C, presajanje krvotvornih matičnih celic, polimorfizem, antigen, alel, PCR-SSO, PCR-SSP, PCR-SBT
Objavljeno: 22.12.2009; Ogledov: 2352; Prenosov: 135
.pdf Celotno besedilo (1,51 MB)

2.
POLIMORFIZMI V IZBRANIH APOPTOZNIH GENIH KOT NAPOVEDNI DEJAVNIK ZA ODZIV NA ADALIMUMAB PRI BOLNIKIH S CROHNOVO BOLEZNIJO
Maja Sušec, 2010, diplomsko delo

Opis: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen, ki se lahko pojavi predvsem kot Crohnova bolezen (CB) ali kot ulcerozni kolitis (UK). Na razvoj bolezni vplivajo tako okoljski kot tudi genetski dejavniki. Bolniki, ki so oboleli za KVČB, zelo različno odgovarjajo na različna zdravila, zato zdravljenje poteka v več stopnjah. Najprej se preizkusijo 5-aminosalicati, nato kortikosteroidi in nazadnje imunosupresivi. Pri Crohnovih bolnikih, ki so neodzivni na omenjena standardna zdravila, se v zadnjem času uporabljajo nove biološke učinkovine, kot sta infliximab (komercialno dostopno zdravilo pod imenom Remicade) in najnovejše zdravilo adalimumab (komercialno dostopno zdravilo pod imenom Humira), ki inhibirajo provnetni citokin TNF-. Namen dela je bil poiskati farmakogenomske biooznačevalce, ki bi potencialno služili kot napovedni dejavniki odziva na biološko učinkovino adalimumab pri bolnikih s Crohnovo boleznijo. V nalogi smo se osredotočili na analizo polimorfizmov v izbranih apoptoznih genih TIMP-1 (SNP +372C/T oz. rs4898), CASP-9 (SNP 93C/T oz. rs4645983), FCGR3A (SNP 158V/V oz. rs396991 in FAS (SNP -670C/T oz. rs1800682), ki so predhodno pokazali povezavo z odzivom na infliximab. Namen je bil tudi ugotoviti ali so ti polimorfizmi v apoptoznih genih povezani tudi s tveganjem pri slovenskih bolnikih s Crohnovo boleznijo, ki ne odgovarjajo na standardno terapijo oziroma je bila standardna terapija prekinjena zaradi prehudih stranskih učinkov. Prav tako smo želeli raziskati ali obstaja in kakšna je korelacija med polimorfizmi v zgoraj navedenih genih in kliničnimi značilnostmi bolnikov. Vzorci krvi za izolacijo DNK ter za določitev laboratorijske krvne slike in drugih parametrov so bili odvzeti pred prvim odmerkom zdravila in nato še po 4., 12., 20. in 30. tednih. Pri vsakem odvzemu se je stanje bolezni analiziralo še z indeksom IBDQ. Genetske analize izbranih polimorfizmov smo izvedli z metodo RFLP in analizo fragmentov na agaroznem gelu ter s KASPar tehniko. Ugotovili smo povezavo polimorfizma v genu CASP-9 z odzivom na adalimumab. Bolniki z genotipom C/C so imeli slabši odziv opažen predvsem po štirih (p = 0,05) in 20 tednih (p = 0,031) zdravljenja kot bolniki z genotipom C/T ali T/T. Rezultat naše študije je skladen s študijo pri zdravljenju z infliximabom, kjer so bolniki s C/C genotipom v genu CASP-9 prav tako imeli slabši odziv. Pri ostalih 3 analiziranih genih povezava ni bila statisično značilna. Nadalje smo ugotovili povezavo polimorfizmov v genih CASP-9 (SNP rs4645983) in FCGR3A (SNP rs396991) pri slovenskih CB bolnikih vključenih v študijo. Frekvenca alela C na SNP-u rs4645983 gena CASP-9 je pri bolnikih s CB signifikantno nižja (0,68) v primerjavi s frekvenco kontrolne skupine (0,86, p = 9,9*10-5). Prav tako je frekvenca genotipa C/C nižja pri bolnikih s CB (60,22%) v primerjavi z zdravimi posamezniki (78,41%, p = 0,01). Pri primerjavi alelne frekvence SNP-a rs396991 na genu FCGR3A smo ugotovili, da je frekvenca alela T signifikantno nižja pri bolnikih s CB (0,54) v primerjavi z zdravimi posamezniki (0,67, p = 0,01), prav tako se signifikantno razlikuje frekvenca genotipa in sicer 33,3% genotipa T/T pri CB bolnikih v primerjavi s 45,06% pri kontrolni skupini (p = 0.010). Ugotovili smo povezavo med polimorfizmom v genu CASP-9 in trajanjem bolezni, vendar samo v skupini bolnikov, ki so bili dobri odzivniki na adalimumab. Bolniki s T/T genotipom v skupini dobrih odzivnikov so imeli dalj časa diagnosticirano bolezen kot bolniki z genotipom C/C ali C/T (p = 0,002). Boljši odziv na adalimumab je bil tudi pri mlajših bolnikih ne glede na genotip. Naša študija je pokazala, da bi analiza polimorfizma v genu CASP-9 pomagala pri napovedi odziva Crohnovih bolnikov na adalimumab, analiza genov CASP-9 in FCGR3A pa pri napovedi odziva na standardna zdravila za Crohnovo bolezen.
Ključne besede: Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, farmakogenomika, biološka zdravila
Objavljeno: 12.07.2010; Ogledov: 3598; Prenosov: 343
.pdf Celotno besedilo (1,09 MB)

3.
ANALIZA POLIMORFIZMOV IZBRANIH GENOV PRI OTROCIH Z ASTMO TER POVEZAVA TEH POLIMORFIZMOV S FENOTIPOM ASTME IN ODZIVOM NA TERAPIJO
Petra Perin, 2010, diplomsko delo

Opis: Astma je najpogostejša kronična bolezen otrok. Gre za vnetje dihal neznane etiologije. Je kompleksna bolezen, katere nastanka ni mogoče pojasniti z enim samim mehanizmom ali genom, pomemben vpliv pa ima tudi okolje. V številnih študijah so z astmo povezovali že več kot 100 genov, prispevek vsakega izmed njih pa je verjetno majhen. Mnogi geni, ki bi lahko imeli pomemben vpliv v patogenezi astme še niso poznani oziroma si študije med sabo nasprotujejo o njihovi vlogi na nastanek in fenotip astme. Kandidatni geni se razlikujejo tudi med populacijami. Preverili smo, kakšno vlogo imajo nekateri izmed kandidatnih genov pri slovenskih otrocih z astmo. Večina študij je zajela astmatike kot celoto. Mi smo preučili povezave kandidatnih genov posebej za skupino atopijskih in neatopijskih astmatikov. V naši študiji smo tudi preverili kakšen vpliv imajo izbrani polimorfizmi na klinične parametre pri astmi in kako vplivajo na odziv na terapijo z glukokortikoidi pri slovenskih otrocih z astmo. Z orodji bioinformatike smo izbrali 9 polimorfizmov v 9 genih. Genotipizirali smo 108 otrok z astmo, od tega 28 z neatopijsko in 80 z atopijsko obliko astme ter 92 zdravih kontrol. Genotipizacijo smo izvedli s pomočjo verižne reakcije s polimerazo (PCR) in s pomočjo metode polimorfizma dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP). Ugotovili smo povezavo polimorfizmov na genih CCR5, IL13 z neatopijsko ter na genu RANTES z astmo nasploh pri slovenskih otrocih, pri polimorfizmih na 8 genih smo ugotovili vpliv na klinične parametre pri astmi. Naša študija je prva, ki je povezala gena IL12B in IL13 z deležem dušika v izdihanem zraku pri astmatikih. Prav tako smo prvi, ki smo ugotovili vpliv genov IL13 in ORMDL3 na protiastmatično terapijo z glukokortikoidi. Ti podatki lahko v bodoče pomembno prispevajo k razumevanju patogeneze astme, ugotovitve o povezavi polimorfizmov z odzivom na terapijo pa lahko vodijo do diagnostične in terapevtske obravnave, ki bo ukrojena po meri vsakega posameznega bolnika z astmo, ter zato veliko učinkovitejša, hitrejša in z manj stranskimi učinki.
Ključne besede: Astma, asociacijska študija, polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov, genska tipizacija
Objavljeno: 09.09.2010; Ogledov: 2874; Prenosov: 369
.pdf Celotno besedilo (3,26 MB)

4.
Genetska analiza kandidatnega področja na kromosomu 10 pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Mario Gorenjak, 2010, magistrsko delo

Opis: Glavna podtipa kronično vnetne črevesne bolezni (KVČB) sta Crohnova bolezen (CB), za katero so značilna kronična vnetja v celotni prebavni cevi vključno s tankim črevesom in ulcerozni kolitis (UC), kjer je vnetje omejeno pretežno na široko črevo in danko. Primerjalne študije so pokazale, da k razvoju KVČB poleg dejavnikov okolja veliko prispeva tudi genetski faktor. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti povezave polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) na kromosomu 10 s tveganjem za nastanek bolezni pri slovenskih bolnikih s KVČB. Pri raziskavi smo uporabili različne bioinformatske pristope za izbiro potencialnih kandidatnih SNP-jev in genov vključno z analizami asociacijskih študij na celotnem genomu (GWA) ter različne tehnike iz molekularne biologije za laboratorijske analize. Potencialne kandidatne SNP-je smo izbrali iz 16-ih GWA študij, v katerih je bilo potrjenih 13 SNP-jev na kromosomu 10 povezanih s KVČB. Za asociacijsko analizo smo izbrali tri SNP-je iz področja 10p in dva SNP-ja iz področja 10q. Asociacijska analiza, pri kateri smo genotipizacijo izbranih SNP-jev izvedli na 162 zdravih posameznikih in 558 bolnikih s KVČB, je pokazala povezavo med KVČB in SNP-ji rs4934697, rs10509115, rs12777960 in rs2254252. V nadaljnji analizi smo izvedli ekspresijsko študijo izoforme 1 gena CCNY in izoforme 1 gena CREM, ki sta sosednja gena SNP-jev rs12777960 in rs4934697, vendar povezave med geni in izbranima SNP-oma nismo ugotovili. Vsekakor na področju genetike KVČB niso pojasnjeni vsi dejavniki, ki vplivajo na tveganje za razvoj KVČB, vendar pa lahko z odkrivanjem in določanjem novih SNP-jev ter genov, ki povečujejo dovzetnost za razvoj KVČB, omogočimo lažjo napoved bolezni kot tudi lažje načrtovanje diagnostično terapevtskih postopkov in posegov.
Ključne besede: Ključne besede: Kronično vnetna črevesna bolezen, asociacijska študija, ekspresijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija
Objavljeno: 05.10.2010; Ogledov: 3206; Prenosov: 565 
(1 glas)
.pdf Celotno besedilo (2,68 MB)

5.
ANALIZA POLIMORFIZMOV V IZBRANIH GENIH PRI BOLNICAH Z MIOMI MATERNICE
Staša Jurgec, 2011, diplomsko delo

Opis: Miomi so benigni tumorji maternice in so najpogostejši tumorji ženskih spolnih organov. So hormonsko odvisni tumorji, saj se pojavljajo le v rodnem obdobju, po menopavzi pa se njihova velikost zmanjša. Vzroki za nastanek in rast miomov so številni, vendar še ne popolnoma dokazani. Njihov pojav je odvisen od številnih interakcij med geni ter okoljem, raziskave pa so ugotovile tudi vpliv družinske predispozicije za nastanek miomov. Namen našega dela je bil ugotoviti ali so izbrani polimorfizmi v genih CYP17A1, ESR1, IL12B, IL12RB1, IL23R in PTPN22 povezani z nastankom miomov in raziskati razlike med epidemiološkimi in genetskimi dejavniki med skupinama bolnic in kontrol. Prav tako smo tudi poskušali ugotoviti ali obstajajo genetske razlike med skupinama bolnic s solitarnimi miomi ter multiplimi miomi. V študijo smo vključili 169 slovenskih bolnic z miomi in 133 zdravih posameznikov iz kontrolne skupine. Iz vzorcev krvi bolnic in zdravih kontrol, smo izolirali DNK ter izvedli genotipizacijo izbranih polimorfizmov z metodo PCR – RFLP in analizo fragmentov na agaroznem gelu. Pri primerjavi epidemioloških faktorjev med bolnicami in kontrolno skupino smo ugotovili, da lahko tveganje za nastanek multiplih miomov poveča zgodnja menarha, manjše število porodov, kajenje in pozitivna družinska anamneza. Z asociacijsko študijo smo ugotovili povezavo dveh polimorfizmov v genih CYP17A1 in IL12RB1 z boleznijo. Bolnice z multiplimi miomi so imele značilno nižji delež genotipa AA genskega polimorfizma rs743572 na genu CYP17A1 v primerjavi z zdravimi kontrolami. Genotip GG (oziroma alel G) tako predstavlja dejavnik tveganja za nastanek miomov, genotip AA pa zaščitni faktor. Pri analizi genskega polimorfizma rs11575934 na genu IL12RB1 smo prav tako ugotovili zaščitno delovanje genotipa AA pred pojavom te bolezni. Pri vseh drugih izbranih polimorfizmih značilne razlike med skupinami nismo našli. Naš rezultat nakazuje na potrebo po dodatnih raziskavah, s katerimi bi lahko polimorfizma na genih CYP17A1 in IL12RB1 potrdili kot genska označevalca za miome maternice. Analiza epidemioloških dejavnikov je pokazala na možne preventivne ukrepe, ki bi lahko ščitili pred nastankom oziroma ponovitvijo miomov maternice. S podobnimi raziskavami kot je bila naša, lahko tako prispevamo k boljšemu razumevanju te bolezni.
Ključne besede: Miomi maternice, polimorfizem posameznega nukleotida, polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov, asociacijska študija
Objavljeno: 18.07.2011; Ogledov: 2991; Prenosov: 245
.pdf Celotno besedilo (1,54 MB)

6.
OPTIMIZACIJA IN ZANESLJIVOST METODE ANALIZE TALILNE KRIVULJE VISOKE LOČLJIVOSTI ZA GENSKO TIPIZACIJO IZBRANIH DNA POLIMORFIZMOV POVEZANIH S KRONIČNIMI IMUNSKIMI BOLEZNIMI
Tjaša Savić, 2012, diplomsko delo

Opis: Analiza talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM) je postala široko uporabljana metoda za genotipizacijo enonukleotidnih polimorfizmov (SNP), ki že zamenjuje verižno reakcijo s polimerazo v povezavi s polimorfizmom dolžin restrikcijskih fragmentov (PCR-RFLP). Namen tega diplomskega dela je bil optimizirati ter potrditi zanesljivost HRM za genotipizacijo treh izbranih SNPov, povezanih s kroničnima imunskima boleznima revmatoidnim artritisom in astmo. Študija opisuje teoretske osnove preiskovane problematike, uporabljene postopke laboratorijskega dela ter prikazuje analizo rezultatov. Genotipizacija je bila izvedena z referenčno metodo PCR-RFLP in HRM analizo, rezultati po obeh metodah so bili med sabo primerjani. Študija je skupno vključevala 463 DNA vzorcev slovenskih bolnikov oz. zdravih posameznikov (kontrole). Rezultati kažejo, da je bilo pri vseh treh SNPih doseženo visoko ujemanje med metodama (91%-98%). Izračunane frekvence dobljenih genotipov kažejo, da je bilo boljše ujemanje z referenčnimi frekvencami z NCBI pri dveh SNPih doseženo po HRM, kar potrjuje visoko zanesljivost te metode. Pri tem delu se je pojavilo nekaj težav pri optimizaciji PCR in pravilnem določanju genotipov po RFLP, kar še poudarja prednosti analize talilnih krivulj. HRM je zahtevala manj časa za optimizacijo, izvedbo in pridobivanje rezultatov, tako da je bila enostavnejša, posledično cenejša in v določenih primerih še bolj zanesljiva kot tradicionalna PCR-RFLP.
Ključne besede: enonukleotidni polimorfizmi (SNP), genotipizacija, metoda analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM), verižna reakcija s polimerazo (PCR), polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP), kronične imunske bolezni
Objavljeno: 19.09.2012; Ogledov: 2665; Prenosov: 298
.pdf Celotno besedilo (2,39 MB)

7.
ASOCIACIJSKA ANALIZA ZA POTRDITEV KANDIDATNIH DNA POLIMORFIZMOV NA KROMOSOMU 13 PREDHODNO POVEZANIH S SLOVENSKIMI BOLNIKI S CROHNOVO BOLEZNIJO Z UPORABO MIKROMREŽE (BIOČIPA)
Urška Gabor, 2012, diplomsko delo

Opis: Kronično vnetno črevesno bolezen (KVČB) lahko razdelimo na dva glavna podtipa, in sicer Crohnovo bolezen (CB) ter ulcerozni kolitis (UK). Študije so pokazale, da poleg okoljskih dejavnikov k razvoju bolezni pomemben delež prispevajo genetski dejavniki. Do sedaj je bilo z genetskimi študijami dokazano le približno 20% dednosti. Znano pa je, da je v patogenezo bolezni vpleteno veliko število polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP). V analizi z mikromrežo (»Immunochip«) je bila predhodno izvedena genska tipizacija za približno 200 000 polimorfizmov pri 250 slovenskih bolnikih s KVČB in kontrolno skupino 250 zdravih posameznikov. Rezultat asociacijske analize je na kromosomu 13 prikazal 280 SNP-jev s p vrednostjo p<0,05, katere smo razporedili v 42 neodvisnih lokusov. Pri multiplem testiranju lahko pride do lažno pozitivnih rezultatov. Zato smo za potrditev kandidatnih polimorfizmov v raziskavi izvedli potrditveno asociacijsko analizo na dodatnih bolnikih in zdravih kontrolah. Namen dela je bil ugotoviti ali so izbrani SNP-i povezani s slovensko populacijo bolnikov s kronično vnetnimi črevesnimi boleznimi. V raziskavi smo po analizi rezultatov predhodne analize z mikromrežo izbrali 3 polimorfizme posameznega nukleotida iz neodvisnih lokusov na kromosomu 13 z vrednostmi p<0,02 ter izvedli genotipizacijo s PCR-RFLP metodo na 364 vzorcih bolnikov in 147 vzorcih zdravih kontrol. Rezultate smo skupaj z rezultati analize z mikromrežo preverili z asociacijsko analizo. V študiji smo potrdili asociacije med SNP-jema rs7994531 (p = 0,020) in rs2765724 (p = 0,00042). Alel C za SNP rs7994531 zmanjšuje tveganje za razvoj KVČB, alel C za SNP rs2765724 pa povečuje tveganje za razvoj KVČB. Vpliv obeh je bolj izražen pri bolnikih s CB, statistično najbolj signifikantno povezavo pa smo ugotovili pri skupini bolnikov z refraktorno obliko CB (p = 0,0012 za rs7994531 in p = 0,0000076 za rs2765724). Kljub temu, da imajo posamezni SNP-ji le majhen doprinos k tveganju za KVČB, lahko trdimo, da naši rezultati pomembno prispevajo k razumevanju genetike te bolezni. SNP-ji identificirani in potrjeni v naši študiji bodo morda v prihodnosti služili kot diagnostični ali prognostični biomarkerji in prispevali delček k natančnejši in hitrejši diagnostiki, ter s tem pripomogli k boljši kvaliteti življenja bolnikov.
Ključne besede: Kronično vnetna črevesna bolezen, polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov, genotipizacija, asociacijska študija
Objavljeno: 21.09.2012; Ogledov: 1733; Prenosov: 258
.pdf Celotno besedilo (3,03 MB)

8.
POLIMORFIZMI IZBRANIH KANDIDATNIH GENOV ZA OTROŠKO ASTMO: META-ANALIZA GENETSKIH ASOCIACIJSKIH ŠTUDIJ
Tadej Zorjan, 2013, magistrsko delo

Opis: Astma je ena najpogostejših kroničnih bolezni dihal v zadnjih desetletjih, saj prizadene okrog deset odstotkov ljudi. V Sloveniji za astmo zboli približno 5 % odraslih in 10 % otrok. Na njen razvoj vplivata tako okolje, kot genetska zasnova posameznikov. V številnih študijah so z astmo povezovali že več kot 600 genov, prispevek vsakega izmed njih pa je verjetno majhen. Mnogi geni, ki bi lahko imeli pomemben vpliv v patogenezi astme še niso poznani oz. si študije o njihovi vlogi na nastanek in fenotip med sabo nasprotujejo. Kandidatni geni se razlikujejo tudi med populacijami. Genetsko ozadje še kljub mnogim raziskavam ni razjasnjeno, saj gre za več-gensko bolezen. Raziskovalci skušajo astmo genetsko opredeliti s študijami na velikih vzorcih in s potrjevanjem rezultatov predhodnih raziskav. Namen magistrskega dela je bil s pomočjo orodij bioinformatike izbrati polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) kandidatnih genov za astmo ter z meta-statistično analizo predhodnih študij ugotoviti, kakšna je njihova vloga. Prav tako smo izbrane SNP-e analizirali pri slovenski populaciji. Genotipizirali smo 288 otrok z astmo, od tega 84 z neatopijsko in 189 z atopijsko obliko astme ter 186 zdravih posameznikov kot kontrolno skupino. Ugotovili smo, da je razvoj otroške astme povezan s polimorfizmoma na genih CTLA4 in SLC22A5 in sicer je v skupini bolnikov značilno višja frekvenca genotipov AA (15,1 %) za SNP na genu CTLA4 v primerjavi s kontrolno skupino (24 %; p = 0,027) in prav tako pa je tudi v skupini astmatikov višji delež homozigotov za G (56,5 %) kot v skupini zdravih (55,2 %). Vpliva polimorfizmov na genih IL4, IL4R, NR1/2 in PTGER4 na razvoj astme v slovenski populaciji nismo potrdili, ugotovili pa smo vpliv le teh na potek bolezni, kar se kaže v statistično značilnih razlikah v kliničnih parametrih med bolniki z različnimi genotipi. Z meta-statistično analizo kandidatnih genov pa smo dobili statistično značilne razlike med obema skupinama pri treh polimorfizmih in sicer CCR5_del32 (p = 0,003), CTLA4_+49AG (p = 0,009) in IL4_C+33T (p = 0,02). Ti podatki lahko v bodoče pomembno prispevajo k razumevanju patogeneze astme, ugotovitve o povezavi polimorfizmov z odzivom na terapijo pa lahko vodijo do diagnostične in terapevtske obravnave, ki bo ukrojena po meri vsakega posameznega bolnika z astmo, ter zato veliko učinkovitejša, hitrejša in z manj stranskimi učinki.
Ključne besede: Astma, asociacijska študija, meta-statistična analiza, genska tipizacija, polimorfizem posameznega nukleotida.
Objavljeno: 30.05.2013; Ogledov: 1882; Prenosov: 145
.pdf Celotno besedilo (2,75 MB)

9.
Povezava polimorfizmov in izražanja izbranih genov z odzivom na zdravljenje bolnikov s Crohnovo boleznijo z adalimumabom
Urška Gabor, 2014, magistrsko delo

Opis: Crohnova bolezen (CB) je avtoimunska motnja neznane etiologije. Trenutno največ potenciala za uspešno obvladovanje bolezni izkazujejo biološka zdravila, med katera spada tudi adalimumab (ADA). Klinične raziskave so pokazale, da je ADA varno in učinkovito zdravilo. Farmakogenetske raziskave pa so za ADA še v začetni stopnji. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na zdravljenje z ADA in izbranimi polimorfizmi posameznega nukleotida (ang.: SNP za »Single Nucleotide Polymorphism«) oziroma izražanjem izbranih genov pri slovenskih bolnikih s CB. Izbrali smo polimorfizme in gene, ki so v predhodnih študijah pokazali močno povezavo s CB, so vključeni v metabolizem zdravil, so povezani z imunskim odzivom in vnetjem ali s sorodnimi kompleksnimi boleznimi. Genotipe za izbrane polimorfizme smo pridobili iz rezultatov genotipizacije z uporabo mikromreže »Immunochip«. Izražanje genov smo merili v 0., 4., 12. 20. in 30. tednu od začetka zdravljenja z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (ang.: »Real-time PCR«). Pri primerjavi demografskih podatkov bolnikov smo ugotovili, da je med dobrimi odzivniki signifikantno manjši odstotek kadilcev v primerjavi s slabimi odzivniki (p = 0,042). Pri asociacijski analizi pri izključno CB bolnikih, zdravljenimi z ADA, smo za SNP rs2395185 (gen HLA-DQA1) ugotovili, da je frekvenca alela G (67,5%) in genotipa G/G (44,2%) signifikantno nižja pri bolnikih v primerjavi s kontrolami (77,6% in 60,6%, p = 0,023 in p = 0,011). Predpostavljamo, da alel G (oziroma genotip G/G) zmanjšuje tveganje za bolezen. Pri SNP-jih rs10919563 (gen PTPRC) in rs2241880 (gen ATG16L1) smo ugotovili, da imajo dobri odzivniki statistično nižjo frekvenco genotipa G/G v 30. tednu (p = 0,045 za rs10919563 in p = 0,025 za rs2241880) v primerjavi s slabimi odzivniki. Z Mann-Whitneyevim neparametričnim testom smo primerjali izražanje genov pred ter po tednih zdravljenja. Opazili smo, da je pri genih SLC22A4, PSMD3, AHSA2, RPRD2 in PUS10 bilo izražanje med dobrimi in slabimi odzivniki spremenjeno že pred začetkom zdravljenja. Pri treh genih (ATG16L1, RPRD2 in PUS10) je bilo izražanje glede na 0. teden signifikantno spremenjeno čez celoten potek opazovanega zdravljenja. Najbolj statistično signifikantne rezultate smo dobili za gen ATG16L1, kjer je bila p-vrednost znašala od 1,0×10-6 do 2,2×10-18. Pri primerjavi izražanja genov med dobrimi in slabimi odzivniki glede na indeks ∆IBDQ, smo ugotovili statistično signifikantne razlike med skupinama za gen ATG16L1 in gen SLC22A5. V raziskavi smo ugotovili, da so določeni preiskovani polimorfizmi in geni povezani z odzivom na ADA, potrebne pa so še nadaljnje raziskave, da bi se dokazala njihova vloga farmakogenomskih označevalcev.
Ključne besede: Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, izražanje genov, farmakogenomika, biološka zdravila, adalimumab
Objavljeno: 11.09.2014; Ogledov: 1555; Prenosov: 269
.pdf Celotno besedilo (2,29 MB)

10.
MOLEKULARNE SPREMEMBE IN FARMAKOGENOMSKI OZNAČEVALCI ZA ZDRAVLJENJE CROHNOVE BOLEZNI Z MONOKLONSKIMI PROTITELESI ZA INHIBICIJO TNF-α
2015

Opis: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen in se pojavlja v dveh podtipih, kot Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK). CB lahko prizadene celoten prebavni trakt, medtem ko UC prizadene skoraj izključno danko in debelo črevo. Na potek in razvoj bolezni pomembno vplivajo tako okoljski dejavniki kot tudi genetska zasnova posameznika. Asociacijske študije na celotnem genomu (GWA študije) so do danes identificirale 163 lokusov na človeškem genomu, ki so povezani z nastankom KVČB. Zdravljenje KVČB poteka v več stopnjah. Navadno začnemo z aminosalicilati, nadaljujemo s kortikosteroidi in imunosupresivi. Če zdravljenje s standardno terapijo ni uspešno, pa si v zadnjem času pomagamo z biološkimi zdravili in sicer zaviralci provnetnega citokina TNF-α, katerih prva predstavnika sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA). Terapija z zaviralci TNF-α je naredila izjemen napredek v zdravljenju ne samo CB, ampak tudi ostalih oblik KVČB. V naši študiji smo se osredotočili na zdravljenje bolnikov s CB z adalimumabom (ADA). ADA je humano monoklonsko protitelo. Z odmerjanjem vsaki drugi teden dosegamo zelo dober odziv, v indukcijski kot tudi vzdrževalni terapiji, z zelo solidnim procentom bolnikov v remisiji, vendar se kljub temu približno tretjina bolnikov ne odziva na terapijo z zaviralci TNF-α. Cilj naloge je bil izvesti prospektivno farmakogenetsko raziskavo, pri čemer bi odkrili genetske biooznačevalce, s katerimi bi lahko vnaprej napovedali, kakšen bo izid zdravljenja z ADA pri posameznem bolniku. Dodatno smo želeli ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na terapijo z ADA in izražanjem genov pri bolnikih s CB, pri čemer smo ugotovili, da prav tako izstopa gen ATG16L1, pri katerem se je izražanje statistično značilno spreminjalo skozi celotno obdobje zdravljenja. Prav tako smo v nalogi analizirali potencialne povezave med imunološkimi, biokemijskimi in hematološkimi parametri. V študijo smo zajeli 102 bolnika s CB. Bolnike smo spremljali tako, da smo jim pred terapijo ter po 4., 12., 20., in 30. tednu odvzeli kri, izmerili vrednost C-reaktivnega proteina (CRP) kot pokazatelja vnetja ter ovrednotili uspešnost zdravljenja z IBDQ vprašalnikom, ki poleg vprašanj kliničnega značaja zelo dobro odraža psihološko stanje in počutje bolnika. Glede na število točk IBDQ vprašalnika smo ovrednotili uspešnost terapije, tako da je število nad 170 ali relativni dvig IBDQ za 22 točk pomenilo remisijo. Uspešnost terapije smo ovrednotili tudi z vrednostjo CRP in sicer smo menili, da je terapija uspešna, v kolikor se je CRP zmanjšal za 25% glede na začetno stanje pred zdravljenjem oz. je CRP dosegel normalne vrednosti. DNA polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) in kandidatne gene smo izbrali po sledečih kriterijih: SNP-ji, močno povezani s KVČB v posameznih kandidatnih študijah, SNP-ji, ki so jih potrdile GWA študije za KVČB, ter SNP-ji, ki so bili v predhodnih študijah povezani z odzivom na IFX. Skupno smo genotipizirali 33 izbranih SNP-jev in izmerili izražanje 5 genov, predhodno povezanih s KVČB ter primerjali genotipe izbranih SNP-jev in nivo izražanja genov z odzivom na zdravljenje z ADA. Gensko tipizacijo polimorfizmov SNP v izbranih genih/lokusih smo izvajali z metodo analize talilnih krivulj visoke ločljivosti (HRM, ang. high resolution melting) in tehniko polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP, ang. restriction fragment length polymorphism). Ugotovili smo, da je bil pozitivni odziv na zdravljenje z ADA merjen z IBDQ po 4 tednih pri 62.9% bolnikov, po 12 tednih 68%, po 20 tednih 66% in po 30 tednih 71%. V primeru merjenja odziva z CRP pa je imelo po 4 tednih pozitivni odziv 82,6% bolnikov, po 12 tednih 71,9% , po 20 tednih 72,7% in po 30 tednih 72,5% bolnikov. Najmočnejšo povezavo smo našli med polimorfizmom SNP rs10210302 v genu ATG16L1 in biološkim odgovorom na terapijo z ADA, merjenim s CRP, pri čemer so imeli bolniki z genotipom TT boljši odgovor po 12, 20 in 30 tednih zdravljenja v primerjavi z bolniki z genotipom CC (p=8.11E-04, p (po korekciji za multiplo testiranje = 0,027)). Nadalje smo močno povezavo odkrili med polimorfizmom SNP rs10512734, ki je lociran v genski puščavi na kromosomu 5p13.1 in za katerega je bilo dokazano, da vpliva na izražanje gena PTGER4 ter odgovorom na ADA, pri čemer so imeli bolniki z genotipom GG boljši odgovor v primerjavi z bolniki z genotipom AA po 12 tednih zdravljenja (p=4.62E-03). Ostale statistično najbolj značilne povezave smo ugotovili med SNP-ji v genih CASP9, IL27, CCNY, C11orf30, NR1I2 in IL13 ter odzivom na zdravljenje z ADA. V skladu s predhodnimi kliničnimi študijami smo tudi v naši študiji potrdili povezavo med nekaterimi kliničnimi značilnostmi bolnikov in odzivom na zdravljenje. Bolniki, ki predhodno še niso bili zdravljeni z IFX, so se signifikantno boljše odzvali na terapijo. Glede vzporedne terapije s standardnimi zdravili nismo našli značilnih povezav z odzivom na zdravljenje. Boljši odziv na zdravljenje smo opazili pri bolnikih, ki so bili predhodno kirurško zdravljeni. In boljši odziv na terapijo je bil opažen tudi pri nekadilcih. Bolniki, ki so bili ob postavitvi diagnoze mlajši, so se na terapijo boljše odzivali. Rezultati naše študije kažejo, da je odziv na zdravljenje z ADA deloma genetsko pogojen s polimorfizmi SNP, povezanimi z nastankom CB, pri čemer se je kot najbolj obetaven kandidatni gen za odgovor na zdravljenje z ADA izkazal gen ATG16L1. Glede na to, da smo našli številne povezave z drugimi polimorfizmi SNP ter odgovorom na ADA, bodo v prihodnje potrebne nadaljnje farmakogenetske študije, ki bi te povezave potrdile na večjem številu bolnikov s CB s ciljem razviti molekularne biološke označevalce in napovedne modele, s katerimi bi lahko načrtovali individualizirano zdravljenje bolnikov.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, adalimumab, farmakogenomika, biooznačevalci
Objavljeno: 16.07.2015; Ogledov: 1239; Prenosov: 153
.pdf Celotno besedilo (4,76 MB)

Iskanje izvedeno v 0.25 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici