1.
PRIMERJAVA UČINKOVITOSTI IMPLEMENTACIJE ALGORITMOV NEEDLEMAN-WUNSCH IN SMITH-WATERMAN ZA PORAVNAVO ZAPOREDIJ V BIOINFORMATIKIMatej Matjašec, 2016, magistrsko delo
Opis: Raziskovana in primerjana je učinkovitost implementacij algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana za primerjave zaporedij na področju bioinformatike. Na podlagi implementacij smo nad enakimi podatki merili čase izvajanja v programskima jezikoma C++, Perl in statističnem jeziku R.
Metodologija raziskovanja: Teoretična podlaga magistrske naloge temelji na ustreznih objavah različnih avtorjev in spletnih virov.
Rezultati: Pri času izvajanja algoritmov v programskem jeziku C++ krajši vhodni niz ne presega 1 ms in daljši vhodni niz ne presega 15 ms. Pri programskem jeziku Perl in statičnem jeziku R, kjer se čas izvajanja z dolžino niza eksponentno povečuje.
Sklep: Čas izvajanja algoritmov Needleman-Wunscha in Smith-Watermana z enakimi vhodnimi podatki v programskem jeziku C++, je krajši kot v programskem jeziku Perl ali statističnem jeziku R.
Ključne besede: poravnava zaporedij, Smith-Waterman, Needleman-Wunsch, C++, Perl, R.
Objavljeno v DKUM: 11.11.2016; Ogledov: 1327; Prenosov: 131
Celotno besedilo (1,47 MB)