| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 6 / 6
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Načrtovanje pentapeptidov za vezavo na fc regijo protiteles : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnje
Benjamin Stradar, 2023, diplomsko delo

Opis: Razvoj novih peptidnih zdravilnih učinkovin je zelo zahtevna naloga kemijske in farmacevtske industrije. Delo lahko olajša uporaba računalniških pristopov in simulacij. Z njimi lahko uspešno modeliramo interakcije, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoja novih zdravilnih učinkovin. Peptidi zajemajo prednosti majhnih molekul ter tarčno specifičnost večjih struktur, kot so proteini. V diplomski nalogi smo za načrtovanje novih potencialnih struktur peptidov uporabili računalniške in bioinformacijske pristope kot sta mulekulsko sidranje in kemoinformacijska analiza. Za načrtovanje peptidov smo se osredotočili predvsem na tarčo Fc regije protiteles, kjer smo ustrezno strukturo pridobili na prosto dostopnem spletnem mestu https://www.rcsb.org/ (PDB ID: 5U52). Načrtovali in identificirali smo potencialne pentapeptide z uporabo struktur iz predhodno načrtovane knjižnice tetrapeptidov. Za pripravo knjižice struktur pentapeptidov in analizo rezultatov pa smo uporabili 100 najboljših predhodno identificiranih tetrapeptidov. Nato smo izvedli molekulsko sidranje in uporabili programsko opremo CmDock. Podatke smo nato analizirali z uporabo programov PyMOL in PLIP. Uporabljen protokol je v primerjavi z uporabo kombinatoričnih knjižnic omogočil učinkovitejše
Ključne besede: pentapeptidi, Fc regija, molekulsko sidranje, PyMol, CmDock, peptidno sidranje
Objavljeno v DKUM: 25.09.2023; Ogledov: 289; Prenosov: 17
.pdf Celotno besedilo (6,20 MB)

2.
Študij vezave peptidov na Fc regije protiteles : magistrsko delo
Žan Smrekar, 2023, magistrsko delo

Opis: Z uporabo računalniških pristopov in simulacij lahko uspešno modeliramo interakcije, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Tekom razvoja se pojavljajo novi razredi peptidnih zdravil. Peptidi so sestavljeni iz verig aminokislinskih preostankov in zajemajo prednosti tako majhnih molekul kot tudi tarčno specifičnost večjih struktur, kot so proteini. Za načrtovanje novih potencialnih struktur peptidov smo tako uporabili računalniške in bioinformacijske pristope, kot je molekulsko sidranje. V magistrski nalogi smo se osredotočili na Fc regijo protiteles kot receptor. Načrtovali in identificirali smo potencialne tetrapeptide s strukturo, ki je podobna eksperimentalnim podatkom. Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezni receptor smo pridobili na prosto dostopnem spletnem mestu https://www.rcsb.org/ (PDB ID: 5U52), za pripravo knjižnice struktur tetrapeptidov in analizo rezultatov smo uporabili analitično platformo KNIME, za molekulsko sidranje smo uporabili programsko opremo CmDock in za grafični vpogled ciljnih struktur računalniški program PyMol.
Ključne besede: peptidi, Fc regija, molekulsko sidranje, KNIME Analytics Platform, PyMol, peptidno sidranje
Objavljeno v DKUM: 25.05.2023; Ogledov: 442; Prenosov: 64
.pdf Celotno besedilo (2,74 MB)

3.
Preučevanje mehanizmov antikarcinogenega in nevroprotektivnega delovanja naravnih polifenolnih spojin : doktorska disertacija
Veronika Furlan, 2022, doktorska disertacija

Opis: Namen doktorske disertacije je z uporabo inovativnih računalniških pristopov preučiti in pojasniti slabo raziskane molekularne mehanizme antikarcinogenega in nevroprotektivnega delovanja naravnih polifenolnih spojin v vlogi preprečevalcev nastanka raka ter v vlogi zaviralcev napredovanja karcinogeneze in Alzheimerjeve bolezni. V prvem delu doktorske disertacije smo z uporabo kvantomehanskih simulacij obravnavali polifenol [6]-gingerol in tripeptid glutation v vlogi lovilcev devetih genotoksičnih kemijskih karcinogenenov ter tako kot prvi omogočili dragocen vpogled v pripadajoče geometrije reaktantov in prehodnih stanj, ki potrjujejo veljavnost predpostavljenega SN2 reakcijskega mehanizma. Predstavljena kvantnomehanska metodologija ima velik potencial, da postane standardno orodje za napovedovanje kemozaščitnega potenciala številnih polifenolnih spojin v vlogi lovilcev kemijskih karcinogenov epoksidnega tipa. V drugem delu doktorske disertacije smo s kvantnomehansko obravnavo ksantohumola iz hmelja in njegovih derivatov izoksantohumola, 8-prenilnaringenina in 6-prenilnaringenina v vlogi lovilcev aflatoksin B1 ekso-8,9-epoksida razkrili povezavo med strukturo in antikarcinogeno aktivnostjo izbranih prenilflavonoidov ter potrdili veljavnost predpostavljenega SN2 reakcijskega mehanizma. Znižanje z aflatoksinom B1 inducirane citotoksičnosti in genotoksičnosti je bilo potrjeno tudi in vitro na celicah človeškega hepatoma HepG2 po dodatku ksantohumola. V tretjem delu doktorske disertacije smo razvili popolnoma nov protokol za inverzno molekulsko sidranje, s pomočjo katerega je mogoče identificirati zožen nabor najbolj verjetnih tarčnih človeških proteinov izbrane polifenolne spojine. Na podlagi afinitete izbranega polifenola kurkumina za vezavo na specifične človeške proteine, ki sodelujejo v onkogenih in nevrodegenerativnih signalnih kaskadah, smo kot prvi uspešno razkrili mehanizme njegovega antikarcinogenega in nevroprotektivnega delovanja. Predstavljeni protokol inverznega molekulskega sidranja ima velik potencial v farmacevtskih aplikacijah, saj gre za univerzalen pristop, s pomočjo katerega lahko predvidimo proteinske tarče in pojasnimo že opažene ter napovemo nove potencialne biološke učinke izbranih spojin vodnic. V četrtem delu doktorske disertacije smo z uporabo molekulskega sidranja, simulacij molekulske dinamike in prostoenergijskih izračunov preučevali štiri prehranske polifenole kot potencialne inhibitorje encima fosfodiesteraza 4D, ki predstavlja validirano terapevtsko tarčo za zdravljenje Alzheimerjeve bolezni. Izračunane vezavne proste energije potrjujejo, da kurkumin, [6]-gingerol, kapsaicin in resveratrol predstavljajo potencialne inhibitorje encima fosfodiesteraza 4D, pri čemer ima kurkumin največji inhibitorni potencial. S kombiniranim računalniškim pristopom smo tako prvič dobili mehanistični vpogled v povezavo med strukturo in nevroprotektivnim delovanjem štirih preučevanih polifenolov, ki je eksperimentu nedosegljiv. V petem delu doktorske disertacije smo predstavili ekstrakcijske, destilacijske in karakterizacijske metode za pridobivanje visoko kvalitetnih bioaktivnih ekstraktov, eteričnih olj in posameznih polifenolnih spojin iz rožmarina ter metode za določanje njihovega antioksidativnega, antimikrobnega, protivnetnega in antikarcinogenega potenciala. S temeljitim pregledom obstoječih raziskav in z usmeritvami za nadaljnje raziskave smo postavili temelje za uspešne aplikacije ekstraktov, eteričnih olj ter številnih polifenolnih spojin iz rožmarina v farmacevtski in prehranski industriji. Trdno verjamemo, da v doktorski disertaciji predstavljeni in silico pristopi in razkriti inhibitorni mehanizmi tvorijo izhodišče za hitrejši in cenejši razvoj novih funkcionalnih prehranskih dopolnil in zdravil za preprečevanje in zdravljenje raka ter Alzheimerjeve bolezni s potencialno širšim terapevtskim oknom in manjšimi stranskimi učinki.
Ključne besede: Polifenoli, antikarcinogeno delovanje, nevroprotektivno delovanje, molekularni mehanizmi, kvantna mehanika, inverzno molekulsko sidranje, molekulska dinamika, prostoenergijski izračuni
Objavljeno v DKUM: 04.07.2022; Ogledov: 678; Prenosov: 137
.pdf Celotno besedilo (29,80 MB)

4.
COVID.si - Skupnostna znanost za boj proti korona virusu
Črtomir Podlipnik, Marko Jukič, Natalia Nikitina, Sebastian Pleško, Lorenzo Gilardoni, Gašper Tomšič, Žan Pevec, Boštjan Laba, 2020, zaključena znanstvena zbirka raziskovalnih podatkov

Opis: Projekt “SKUPNOSTNA ZNANOST IN BOJ PROTI KORONA VIRUSU” je odprt projekt skupnosti dobromislečih raziskovalcev in prostovoljcev, ki želijo s svojim delom, znanjem in izkušnjami, prispevati kamenček v mozaiku poznavanja novega korona virusa in bolezni COVID-19, ki jo ta virus povzroča. Skupino vodita strokovnjaka dr. Črtomir Podlipnik in dr. Marko Jukić, z dolgoletnimi izkušnjami s področja računalniško podprtega načrtovanja molekul, farmacevtske kemije in kemo/bioinformatike. S somišljeniki ter prostovoljci so v zelo kratkem času razvili lastno tehnologijo, ki omogoča porazdeljeno računanje molekulskega sidranja. Tehnologija je osnovana na programčku, ki omogoča povezavo uporabnikovega računalnika s strežnikom, ki porazdeli del knjižnice molekul pripravljenih za molekulsko sidranje (trenutno 10 000 000 spojin). Po končanem sidranju (s programom RxDock), programček pošlje izračunane podatke nazaj na zbirno mesto na strežniku. Po analizi sidranih spojin je končni rezultat seznam molekul s potencialno vezavo na terapevtsko tarčo (v našem primeru so to virusni proteini). Nato lahko preverimo ali so te spojine dobavljive in organiziramo biološko testiranje v sodelovanju z ostalimi raziskovalnimi skupinami. Podatke o nedobavljivih spojinah lahko v nasprotnem primeru posredujemo raziskovalnim skupinam za izvedbo sinteze. V optimalnem scenariju bi lahko identificirali spojine zanimive za farmacevtsko industrijo. Rešitev, ki temelji na porazdeljenem računanju je osnovana na odprtokodnih rešitvah.
Ključne besede: COVID-19, virus CoV SARS-2, ligandi, proteini, virusna biokemija, računalniško podprto načrtovanje molekul, molekulsko sidranje, porazdeljeno računanje
Objavljeno v DKUM: 22.11.2020; Ogledov: 2897; Prenosov: 85
URL Povezava na raziskovalne podatke
Gradivo ima več datotek! Več...

5.
Interakcije biotehnološko relevantnih encimov : magistrsko delo
Barbara Grabrovec, 2019, magistrsko delo

Opis: Encimi so protein, ki pospešujejo biokemijske in kemijske reakcije. Njihove interakcije z ligandi so ključnega pomena za številne biokemične interakcije, ki uravnavajo življenje. Uporabljajo se v biotehnologiji, pri analitskih procesih, v človeški in živalski terapiji (za zdravila) ter v različnih industrijskih procesih, kamor spadajo tekstilna industrija, usnjarska industrija, farmacija, živilska industrija in druge. Kljub vsem dobrim lastnostim encimov, njihovo široko industrijsko uporabo pogosto ovirajo kratkotrajna stabilnost, rok uporabe ter njihova nepopolna regeneracija in ponovna uporaba. Te pomanjkljivosti lahko na splošno odpravimo z imobilizacijo encimov. V zadnjih letih so se pojavile podatkovne baze, ki vsebujejo podatke o interakcijah protein-ligand, kar je pripomoglo k razumevanju funkcij novo odkritih proteinov. Razvile so se številne nove računalniške metode, ki lahko uporabijo informacije shranjenih interakcij, da napovedo nove neznane interakcije. Najpogosteje uporabljena metoda za modeliranje interakcij je metoda molekulskega sidranja, ki se uporablja za simuliranje interakcije med majhno molekulo in proteinom na atomski ravni in nam opiše obnašanje majhne molekule v vezavnem mestu encima. V magistrskem delu smo s pomočjo programa molekulskega sidranja na encime vezali nizkomolekularne ligande. Strukture encimov smo pridobili v spletni bazi PDB, datoteke ligandov pa v spletni podatkovni bazi ZINC15. Kot rezultat smo dobili strukture ligandov, ki so se najmočneje vezali in njihovo energijo vezave. Rezultate smo pregledali s programoma Excel in Pymol, kjer smo videli 3D slike ligandov, ki so se na naše encime vezali z najnižjo energijo.
Ključne besede: encim, ligand, imobilizacija, biotehnologija, molekularno modeliranje, molekulsko sidranje
Objavljeno v DKUM: 18.10.2019; Ogledov: 1302; Prenosov: 82
.pdf Celotno besedilo (2,83 MB)

6.
Načrtovanje in razvoj novih protimikrobnih spojin z uporabo ProBiS računalniških pristopov
Katarina Kores, 2018, magistrsko delo

Opis: Mikroorganizmi, kamor uvrščamo bakterije, glive in viruse, še danes povzročajo veliko bolezni, učinkovitost zdravil pa zaradi večanja odpornosti mikroorganizmov upada. Zato je iskanje novih protimikrobnih spojin izredno pomembno. V magistrski nalogi smo se osredotočili na encim metionin aminopeptidazo, katerega naloga je pospeševanje odstranjevanja N-terminalnega metionina v procesu translacije. Njegova inhibicija bi namreč lahko predstavljala zametke zdravljenja raka in bakterijskih infekcij, saj se encim v različnih tipih nahaja v več mikroorganizmih; mi smo osredotočili na bakteriji Escherichia coli in Mycobacterium tuberculosis. Encim metionin aminopeptidaza v vezavnem mestu vsebuje dva kovinska iona. Posledično smo se osredotočili na iskanje novih potencialnih protimikrobnih spojin, ki imajo sposobnost keliranja. Keliranje oziroma kelacijski efekt predstavlja koordinativno vezavo liganda na kovinski atom z vsaj dvema koordinacijskima vezema, pri procesu kelacije pa se ustvari 5- ali 6-členski obroč. Problema smo se lotili s pomočjo računalniškega modeliranja, ki se vedno pogosteje uporablja pri razvoju novih zdravil. Nove protimikrobne spojine smo iskali s tehniko molekulskega sidranja, ki smo ga izvajali z računalniškim programom, ki ga razvijajo v Laboratoriju za molekularno modeliranje na Kemijskem inštitutu. Iz podatkovne baze ZINC smo pripravili bazo ligandov, sposobnih kelacije, z večstopenjskim filtriranjem malih molekul glede na njihove SMARTS opise. Prav tako smo pripravili proteinske strukture metionin aminopeptidaze za oba organizma in koordinate vezavnih mest. Pridobili smo 19 novih spojin, ki so kazale velik potencial za inhibicijo encima na osnovi kelatnega efekta.
Ključne besede: protimikrobne spojine, metinonin aminopeptidaza, kelatni efekt, ProBiS, molekulsko sidranje
Objavljeno v DKUM: 04.12.2018; Ogledov: 1143; Prenosov: 111
.pdf Celotno besedilo (2,17 MB)

Iskanje izvedeno v 1.3 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici