SLO | ENG

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 3 / 3
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Računalniške simulacije kooperativnosti interkalacije aflatoksina B1 v dvoverižno DNK
Tibor Kuna, 2015, magistrsko delo

Opis: Aflatoksin B1 predstavlja enega najbolj močnih naravnih hepatokarcinogenov poznanih znanih človeku in povzroča rakava oboljenja pri primatih, miših, ptičih ipd. Ima zelo veliko afiniteto do interkalacije v dvoverižno DNK in nadalnje alkilacije z dušikovimi bazami, še posebej z gvaninom. Zato ne preseneča, da je bilo na njem narejeno veliko eksperimentalnega in teoretičnega dela. Namen tega magistrskega dela je ugotoviti kooperativnost vezave reaktivnega metabolita molekule aflatoksina B1 v dvoverižno DNK s pomočjo računalniških simulacij. V ta namen smo uporabili simulacije, ki temeljijo tako na principih kvantne mehanike kot na klasični fiziki. Da smo lahko izključili vplive okolja na vezavo preiskovane molekule, smo uporabili simetričen segment dvoverižne DNK, ki so nam ga posredovali ameriški eksperimentalni sodelavci. Za določevanje atomskih nabojev na molekuli reaktivnega metabolita aflatoksina B1 smo uporabili metodi Merz-Kollmana in RESP. Ustrezne parametre za simulacije molekulske dinamike (MD) smo prevzeli iz modificirane verzije AMBER-jevih topoloških in parametrskih datotek. Simulacije molekulske dinamike (50 ns) smo izvajali s programskim paketom Q. Na podlagi rezultatov MD smo izračunali Gibbsove proste energije solvatacije po metodah LIE in LRA ter kooperativnost vezave molekule reaktivnega metabolita aflatoksina. Kooperativnost alkilacije pa smo določali kot pogostost števila dogodkov, kjer sta vezavna atoma C7 in N8 znotraj določene odrezne razdalje, pri kateri lahko sklepamo, da nastane kovalentna vez. Dobljeni rezultati kažejo na podobnost metod LIE in LRA pri izračunu prostih energij solvatacije ter na znatno pozitivno kooperativnost pri procesu interkalacije molekul reaktivnega metabolita aflatoksina. Pri alkilaciji pa smo opazili, da vezava prve molekule reaktivnega metabolita aflatoksina v dvoverižno DNK zgolj rahlo pozitivno vpliva na alkilacijo naslednje molekule aflatoksina.
Ključne besede: DNK, aflatoksin, prosta energija, molekulska dinamika, kooperativnost
Objavljeno: 22.10.2015; Ogledov: 418; Prenosov: 97
.pdf Polno besedilo (2,67 MB)

2.
Vpliv mikrovalov na stabilnost dvojne vijačnice dnk: računalniški pristop
Uroš Veselič, 2017, magistrsko delo/naloga

Opis: Vplivi sodobne tehnologije na vsakdanjik človeka so že dalj časa tema številnih znanstvenih raziskav z različnih področij. Ne moremo zanikati, da sodobne tehnologije izredno pripomorejo k razumevanju sveta okoli nas in nam v veliko primerih olajšajo in rešujejo življenje. Poleg koristi, ki jih prinaša sodobna tehnologija, pa je potrebno ovrednotiti tudi njene morebitne stranske učinke oziroma neželjene posledice uporabe sodobne tehnologije v vsakdanjem življenju. Mikrovalovno valovanje je nedvomno pomemben del sodobne tehnike v obliki mobilne telefonije, brezžičnih omrežij, radarjev, satelitov in GPS naprav. V zadnjih letih je bilo opravljenih veliko študij na temo vpliva mikrovalov na človeka in okolje. V sklopu magistrskega dela smo z računalniškim pristopom ugotavljali, ali elektromagnetno valovanje v območju mikrovalov vpliva na stabilnost dvojne vijačnice DNK. S simulacijami molekulske dinamike izbranega segmenta DNK v vodni razopini z razklopom temperature sistema na translacijsko in rotacijsko temperaturo smo ugotavljali, ali imajo mikrovalovi sposobnost povečati (ne)stabilnost v dvojni vijačnici DNK oziroma celo povzročiti popoln razpad dvojne vijačnice. Po izsledkih dosedanjih študij na temo mikrovalov razlog za destabilizacijo dvojne vijačnice DNK tiči v tem, da mikrovalovi vzbudijo rotacijsko gibanje polarnih molekul vode, kar pa zmanjša senčenje elektrostatskega odboja med dvema negativno nabitima komplementarnima verigama DNK. S tem se po poročanju dosedanjih raziskav tako poveča možnost razpada verige in s tem tudi potencial za morebitne spremembe dednega materiala v celicah, kar zaradi sprememb v sintezi in strukturi molekule DNK lahko privede celo do nastanka rakavih obolenj. Analiza rezultatov simulacij molekulske dinamike je pokazala, da mikrovalovi v 10 ns časovnem okvirju niso imeli istega vpliva na stabilnost fragmenta DNK kot konvencionalno termično gretje. Analiza rezultatov je pokazala, da je fragment pri simulacijah mikrovalovnega gretja ostal v bolj stabilnem stanju kot pri termičnem gretju.
Ključne besede: Mikrovalovi, DNK, molekulska dinamika, ločeni termostati
Objavljeno: 14.09.2017; Ogledov: 11; Prenosov: 0
.pdf Polno besedilo (4,81 MB)

3.
RAČUNALNIŠKE SIMULACIJE VPLIVA METILACIJE CITOZINA NA VEZAVO AFLATOKSINA B1 V DVOVERIŽNO DNK
Katarina Kores, 2016, diplomsko delo

Opis: Aflatoksini so metaboliti gliv iz družine Aspergillus, ki jih pogosto najdemo v nepravilno skladiščenih žitaricah, koruzi in oreščkih. Aflatoksin B1 je eden najbolj kancerogenih mikotoksinov, zato je raziskovanje njegovih vplivov in posledic zelo pomembno, saj bi lahko na tak način zmanjšali ali celo preprečili zastrupitve. Študij aflatoksina B1 je v znanstveni literaturi že veliko, saj se zelo rad kemijsko veže v dvojno vijačnico DNK, kjer povzroča nadaljnje mutacije. V diplomski nalogi smo se osredotočili na enega od dejavnikov, ki bi potencialno lahko vplival na afiniteto vezave aflatoksina B1, to je metilacija citozina v CpG območju samega vezavnega mesta. Tu imamo dva citozina na komplementarnih verigah DNK, zato smo imeli štiri možne kombinacije metiliranih citozinov, torej štiri obravnavane sisteme. Raziskovanja smo se lotili s pomočjo računalniških simulacij. Za določitev delnih nabojev 5-metil citozina smo uporabili ab initio metodi Hartree-Fock in RESP. Za simulacije molekulske dinamike (MD) smo ustrezne empirične parametre prevzeli iz AMBER-jevih topoloških in parametrskih knjižnic. Topologijo molekule aflatoksina B1 smo pridobili od kolega Tiborja Kune. Simulacije MD (5,4 ns) smo izvedli s programskih paketom Q, iz dobljenih trajektorij pa smo po metodi LIE izračunali vezavne Gibbsove proste energije. Prav tako smo spremljali število dogodkov, kjer je razdalja med vezavnima atomoma C8 (aflatoksin B1) in N7 (gvanin) znotraj odrezne razdalje, iz česar smo nato sklepali, ali bi kovalentna vez lahko nastala. Rezultati kažejo, da imamo pri vseh sistemih potencialne možnosti za nastanek kovalentne vezi med vezavnima atomoma. Izračuni po metodi LIE pa kažejo, da med posameznimi sistemi ni signifikantnih razlik v interkalacijskih prostih energijah molekule aflatoksina B1.
Ključne besede: DNK, aflatoksin B1, metilacija citozina, molekulska dinamika, prosta energija, interkalacija
Objavljeno: 16.09.2016; Ogledov: 239; Prenosov: 62
.pdf Polno besedilo (2,49 MB)

Iskanje izvedeno v 0.03 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici