1. Analiza uporabnosti medgenske regije 16S-23S rDNA za neposredno identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz mikrobiot kisa in kombuče s tehnologijo sekvenciranja Illumina : magistrsko deloAlja Ribič, 2024, magistrsko delo Opis: V magistrskem delu smo razvili metodološki pristop za neposredno identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz kisa in kombuče na osnovi sekvenciranja odseka medgenske regije 16S-23S rDNA s tehnologijo Illumina. Do sedaj uporabljena tarčna molekula, to je gen za 16S rRNA, je namreč v primeru ocetnokislinskih bakterij evolucijsko zelo ohranjena, zato zagotavlja zanesljivo identifikacijo le do nivoja rodu. S tem namenom smo konstruirali dva para začetnih oligonukleotidov za pomnoževanje polovice medgenske regije 16S-23S rDNA, in ju uporabili za konstrukcijo knjižnic in sekvenciranje s tehnologijo Illumina. Z obema paroma začetnih oligonukleotidov smo najprej analizirali relativno abundanco vrst ocetnokislinskih bakterij v laboratorijsko pripravljenih bakterijskih združbah. Par začetnih oligonukleotidov, ki je omogočil boljšo oceno vrstne sestave bakterijske združbe, smo nadalje uporabili za analizo mikrobiot jabolčnega, bezgovega in vinskega kisa ter napitka kombuča. Preiskani vzorci so bili proizvedeni s tradicionalnim statičnim in submerznim postopkom. Postavljena metoda je uporabna za hitro identifikacijo vrst ocetnokislinskih bakterij iz substratov, kjer te bakterije predstavljajo prevladujoči del bakterijske združbe.
Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, medgenska regija 16S-23S rDNA, Illumina, kis, kombuča
Objavljeno v DKUM: 08.10.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 27
 Celotno besedilo (912,66 KB) |
2. Hruškov in jabolčno-grozdni kis: vira novih bakterijskih vrst iz rodov Acetobacter, Novacetimonas in Komagataeibacter : magistrsko deloBernarda Karničnik, 2024, magistrsko delo Opis: Bakterijske vrste iz rodov Acetobacter, Novacetimonas, Gluconacetobacter in Komagataeibacter imajo številne industrijsko zanimive lastnosti, npr. učinkovito proizvajajo nanocelulozo, vodotopne zunajcelične heteropolisaharide iz skupine acetanov ter različne kisline. Bakterijska nanoceluloza je biomaterial s široko uporabno vrednostjo v medicini, kozmetiki, živilstvu in okoljevarstvu. Acetani so zaradi svojih edinstvenih viskoelastičnih lastnosti uporabni kot zgoščevalci in emulgatorji v živilstvu in farmaciji. Prisotnost ustreznih kislin je v živilski industriji pomembna za proizvodnjo kombuče, kisa in določenih vrst piva. Industrija se vedno bolj zateka k naravnim virom ter išče nove seve z optimalnimi lastnostmi za posamezne proizvode. Vsled temu so izolacija, karakterizacija in ohranjanje novih sevov ocetnokislinskih bakterij pomembni za oblikovanje ustreznih zbirk tovrstnih industrijsko zanimivih bakterij. V tej raziskavi smo z metagenomsko analizo pomnožkov medgenskih regij 16S‒23S rDNA preiskali ocetnokislinsko bakterijsko združbo iz dveh do sedaj še neraziskanih vrst kisa, t. j. hruškov in jabolčno-grozdni kis. Poleg že znanih vrst ocetnokislinskih bakterij, kot so Komagataeibacter sucrofermentans, Acetobacter lovaniensis, Acetobacter syzygii, Gluconacetobacter liquefaciens, Gluconobacter albidus in Komagataeibacter europaeus, ki so bile zastopane v več kot 0,1 % deležu, smo v obeh vrstah odkrili več potencialno novih vrst, večino iz rodu Acetobacter. Zastopanost posamezne potencialno nove vrste je bila do 28,9 %. Da bi nove vrste izolirali, smo pripravili redčine kisa, jih nacepili na kompleksno gojišče RAE ter iz morfološko različnih kolonij pridobili več izolatov. V nadaljevanju smo se osredotočili na karakterizacijo štirih izoliranih sevov: Komagataeibacter sp. nov. Hr1, Acetobacter sp. nov. Hr2, Gluconacetobacter sp. nov. Hr-1-5 in Novacetimonas sp. nov. Jurk4. Sevom smo preiskali genome s tehnologijo Illumina in Nanopore ter okarakterizirali njihov potencial za sintezo celuloze in acetanov, ketoglukonskih kislin, rastne karakteristike v kompleksnih gojiščih ter ugotavljali rezistenco proti klinično relevantnim antibiotikom.
Ključne besede: Hruškov kis, jabolčno-grozdni kis, nove vrste ocetnokislinskih bakterij, ocetnokislinske bakterije.
Objavljeno v DKUM: 08.07.2024; Ogledov: 137; Prenosov: 55
Celotno besedilo (3,41 MB) |
3. Aromatiziranje kisovJernej Goričan, 2020, diplomsko delo Opis: V okviru zastavljenega poskusa smo jabolčni kis aromatizirali z različnimi dodatki plodov, sokov in zelišč. Maceracija je trajala različno dolgo in je bila pogojena z njihovo stopnjo arome. V okviru poskusa smo v juniju 2020 izvedli senzorično ocenjevanje z usposobljenimi poskuševalci. Ocenjevali smo kompatibilnost posameznega dodatka z jabolčnim kisom in bistrost, barvo, vonj ter okus. Rezultati so pokazali, da so vsi izbrani dodatki (svež rožmarin, sveža rdeča bazilika, svež luštrek, odtajan čemaž, svež česen, svež čili, sveži plodovi šipka, sveže maline, cvetni listi vrtnice, sveža melisa, sveža materina dušica, suhi hruševi krhlji sorte 'Viljamovka', svež timijan, svež žajbelj, svež lovor, teranov sok in sveži cvetovi ter listi kapucinke) razen svežih figovih plodov, kompatibilni z jabolčnim kisom. Prav tako se je pokazalo, da je krajši čas maceracije primernejši za nežnejša zelišča in sadje ter za bolj aromatične dodatke (3 do 7 dni: svež rožmarin, sveža rdeča bazilika, svež luštrek, odtajan čemaž, svež česen, svež čili, sveži plodovi šipka, sveže maline in cvetni listi vrtnice), daljši čas maceracije pa je potreben za bolj lesnate in manj aromatične dodatke (14 do 21 dni in več: sveža melisa, sveža materina dušica, suhi hruševi krhlji sorte 'Viljamovka', svež timijan, svež žajbelj in svež lovor).
Ključne besede: kis, aromatiziranje, čas maceracije
Objavljeno v DKUM: 23.09.2020; Ogledov: 1119; Prenosov: 132
Celotno besedilo (2,32 MB) |
4. Taksonomska opredelitev ocetnokislinskih bakterij Komagataeibacter sp. AV382, Komagataeibacter sp. AV436 in Komagataeibacter sp. AV429Leon Marič, 2020, magistrsko delo Opis: Iz industrijskih bioreaktorjev za proizvodnjo jabolčnega kisa smo v okviru projekta PKP osamili nove seve ocetnokislinskih bakterij. Analiza njihovih medgenskih regij 16S-23S rDNA je odkrila tri seve (Komagataeibacter sp. AV382, Komagataeibacter sp. AV436 in Komagataeibacter sp. AV429), ki potencialno predstavljajo nove bakterijske vrste. V tem delu smo z različnimi fenotipskimi in genotipskimi pristopi pregledali njihove lastnosti z namenom, da ugotovimo njihov taksonomski položaj med ostalimi referenčnimi sevi ocetnokislinskih bakterij. V fenotipsko analizo smo uvrstili tudi vse referenčne seve iz rodu Komagataeibacter. Fenotipska preiskava je obsegala opazovanje morfologije kolonij, barvanje po Gramu, katalazni in oksidazni test, sposobnost sinteze celuloze in oksidacije ocetne kisline, identifikacijo posameznih vrst glukonskih kislin, analizo celokupnih maščobnih kislin, rast na različnih virih ogljika, rast v prisotnosti 30 % glukoze, sposobnost uporabe N iz (NH4)2SO4 ob prisotnosti različnih virov ogljika, rast brez etanola in ocetne kisline, rast ob prisotnosti 1 % ali 3 % etanola in različnih koncentraciji ocetne kisline ter rast v anaerobnih in aerobnih razmerah. Za sev Komagataeibacter sp. AV429 smo preverili tudi rast brez ocetne kisline, rast na acetatu pri pH 2,5, rast v prisotnosti etanola in laktata, rast na gojišču AE brez glukoze ter sposobnost uporabe različnih virov ogljika. Vsem sevom smo pregledali nukleotidna zaporedja genov za 16S rRNA in medgenske regije 16S-23S rDNA ter celotna genomska zaporedja. Ugotovili smo, da je genomsko zaporedje seva Komagataeibacter sp. AV382 najbolj podobno vrsti Komagataeibacter kakiaceti (ANIb 88,73 %) in seva Komagataeibacter sp. AV436 vrsti Komagataeibacter xylinus (ANIb 91,55 %). Na podlagi fenotipskih lastnosti lahko sev Komagataeibacter sp. AV382 razlikujemo od ostalih vrst rodu Komagataeibacter po tem, da producira 2-keto in 5-ketoglukonsko kislino, dobro raste na ribozi in propanolu, ne raste ob prisotnosti 30 % glukoze in ne sintetizira celuloze. Sposoben je uporabiti N iz (NH4)2SO4 v prisotnosti manitola na gojišču Hoyer-Frateur in Asai. V tekočem gojišču ne oblikuje biofilma, ob prisotnosti 1 % ali 3 % etanola pa tolerira do 5 % ocetne kisline. Sev Komagataeibacter sp. AV436 lahko na podlagi fenotipskih lastnosti od ostalih vrst rodu Komagataeibacter razlikujemo po tem, da sintetizira celulozo, tvori 2-keto in 5 keto-glukonsko kislino, dobro raste na ribozi in propanolu, vendar ne raste ob prisotnosti 30 % glukoze. Ob prisotnosti 1 % ali 3 % etanola tolerira do 5 % ocetno kislino. Sev Komagataeibacter sp. AV429 je po analizi genomske sekvence pokazal največjo podobnost z vrsto Gluconacetobacter entanii (ANIb 98,02 %), a njegove fenotipske lastnosti se od referenčnega seva znatno razlikujejo. Glede na zgornje rezultate predlagamo uvrstitev sevov Komagataeibacter sp. AV382 in Komagataeibacter sp. AV436 v novi vrsti znotraj rodu Komagataeibacter.
Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, kis, rod Komagataeibacter, taksonomija
Objavljeno v DKUM: 30.07.2020; Ogledov: 1479; Prenosov: 175
Celotno besedilo (2,83 MB) |
5. Komagataeibacter sp. nov. T5K1: ocetnokislinska bakterija, izolirana iz kvasovke Saccharomycodes ludwigiiMateja Polc, 2017, magistrsko delo Opis: Ocetnokislinske bakterije so skupina mikroorganizmov, ki jih v naravi pogosto najdemo na substratih, bogatih s sladkorji, alkoholi in kislinami. Število opisanih rodov ocetnokislinskih bakterij je v zadnjih 30 letih iz prvotno dveh narastlo na 19. Med njimi je največje število vrst opisanih znotraj rodov Acetobacter, Gluconobacter, Gluconacetobacter in Komagataeibacter. V magistrskem delu smo iz kvasovke Saccharomycodes ludwigii T5K1 osamili ocetnokislinsko bakterijo Komagataeibacter sp. T5K1_A in jo nadalje okarakterizirali s preiskovanjem nukleotidnega zaporedja genov za 16S rRNA in medgenske regije 16S-23S rDNA. Odkrili smo, da je njen najbližji sorodnik vrsta Gluconacetobacter entanii; njuni sekvenci gena za 16S rRNA sta si podobni v 99 %, sekvenci medgenskih regij 16S-23S rDNA pa v 94 %. Glede na do sedaj poznane podatke o podobnosti teh DNA-regij med vrstami ocetnokislinskih bakterij smo domnevali, da bi sev Komagataeibacter sp. T5K1_A lahko bila nova vrsta ocetnokislinske bakterije. Odločili smo se, da naredimo natančno fenotipsko analizo in poiščemo fenotipske lastnosti, ki omogočajo razlikovanje seva Komagataeibacter sp. T5K1_A od njemu najbolj sorodnih vrst. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A je mogoče razlikovati od dveh filogenetsko najbolj sorodnih vrst Gluconacetobacter entanii in Komagataeibacter maltaceti po zmožnosti tvorbe 2-keto-D-glukonske kisline, uporabe sorbitola, D- manitola, D-glukonata in glicerola kot edinega vira ogljika za rast, fermentaciji D-manitola do kisline in še nekaterih drugih biokemijskih lastnostih. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A raste tudi pri višjih koncentracijah ocetne kisline ob prisotnosti 1 % in 3 % etanola v gojišču RAE, v primerjavi s tipskim sevom Komagataeibacter maltaceti. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A producira na gojišču RAE celulozo. Zaradi vseh teh lastnosti je sev Komagataeibacter sp. T5K1_A zelo verjetno nova vrsta ocetnokislinske bakterije. Za dokončno potrditev te hipoteze bo potrebno razlike seva Komagataeibacter sp. T5K1 od njemu najbolj sorodnih vrst potrditi še na nivoju celokupne DNA genomov. Sekvenciranje genoma seva Komagataeibacter sp. T5K1 in genomov njemu najbolj sorodnih vrst trenutno poteka v sodelavi z raziskovalno skupino iz Belgije.
Ključne besede: Ocetnokislinske bakterije, rod Komagataeibacter, industrijski bioprocesi, kis, 16S rRNA, 16S-23S rDNA, identifikacija
Objavljeno v DKUM: 18.04.2017; Ogledov: 2427; Prenosov: 189
Celotno besedilo (1,79 MB) |
6. Primerjava divjih in selekcioniranih ocetnokislinskih bakterij pri pripravi jabolčnega kisaKatarina Puhan, 2016, diplomsko delo/naloga Opis: Na posestvu Pohorski dvor smo v letu 2016 primerjali delovanje selekcioniranih in divjih ocetnokislinskih bakterij pri proizvodnji jabolčnega kisa na način, da smo spremljali dinamiko pretvorbe alkohola v ocetno kislino. Meritve vrednosti omenjenih parametrov so bile izvedene v podjetju Fabijan d.o.o. v Pernici, v enakomernih presledkih v obdobju dveh mesecev. Namen poskusa je bil preveriti primernost uporabe selekcioniranih ocetnokislinskih bakterij rodu Acetobacter aceti. Želeli smo preveriti, ali selekcionirane bakterije v določenih pogojih delujejo hitreje kot divje. Rezultati so nakazali trend, da omenjene selekcionirane ocetnoislinske bakterije alkohol v sadnem vinu oksidirajo hitreje kot divje, vendar njihova uporaba v izbranih pogojih delovanja ni imela statistično značilnega vpliva na končno vsebnost ocetne kisline in pH jabolčnega kisa.
Ključne besede: kis, jabolka, fermentacija, ocetnokislinska fermentacija, selekcionirane ocetnokislinske bakterije
Objavljeno v DKUM: 11.10.2016; Ogledov: 1481; Prenosov: 170
Celotno besedilo (408,86 KB) |
7. Identifikacija ocetnokislinskih bakterij iz industrijske proizvodnje jabolčnega kisa na osnovi medgenske regije 16S-23S rDNAAleksandra Mori Štornik, 2015, magistrsko delo Opis: Zavedanje ljudi o pomembnosti uživanja zdrave hrane postaja vedno močnejše, zato se v zadnjih letih povečuje trend uživanja živil, pridobljenih iz surovin, ki so čim manj izpostavljene kemikalijam, npr. s škropljenjem. Tudi kis, kot eden izmed pogosto uporabljenih dodatkov k hrani, se lahko pridobiva iz jabolk, ki so pridelana na konvencionalen način, s škropljenjem, ali pa brez škropljenja, s čimer pridobimo bio-jabolčni kis. V okviru te magistrske naloge smo primerjali mikrobioto iz industrijskih submerznih bioreaktorjev za pridobivanje konvencionalnega in bio-jabolčnega kisa. V ta namen smo na gojiščih RAE v aerobni atmosferi pridobili 41 izolatov ocetnokislinskih bakterij in kvasovk, od tega 21 iz bioreaktorja za pridobivanje konvencionalnega jabolčnega kisa. Pri vsakem od obeh bioprocesov smo vzorce odvzeli iz različnih stopenj oksidacije etanola v ocetno kislino med enim dobro delujočim oksidacijskim ciklusom pridobivanja kisa. Izolate smo najprej fenotipsko okarakterizirali in jih nato s pomočjo molekulskih metod identificirali. Na osnovi primerjav nukleotidnega zaporedja medgenske regije 16S-23S rDNA med izoliranimi sevi in referenčnimi sevi ocetnokislinskih bakterij smo v konvencionalnem jabolčnem kisu identificirali dve vrsti ocetnokislinskih bakterij: Komagataeibacter oboediens in Acetobacter pasteurianus. Poleg tega smo identificirali še vrsto Komagataeibacter maltaceti, ki pa je živela v simbiozi s kvasovko in nam je od nje ni uspelo izolirati. V bio-jabolčnem kisu smo identificirali štiri vrste ocetnokislinskih bakterij: A. pasteurianus, Acetobacter ghanensis, K. oboediens in Komagataeibacter saccharivorans. Iz obeh vrst kisa smo izolirali tudi kvasovke in jih identificirali na osnovi nukleotidnega zaporedja regije ITS15.8S rDNA‒ITS2. Kvasovki Candida ethanolica in Saccharomycodes ludwigii sta bili prisotni v obeh vrstah kisa, medtem ko smo iz bio-jabolčnega kisa izolirali še vrsto Pichia membranifaciens. Pri predstavnikih posameznih vrst, pridobljenih v tem delu, in izbranih referenčnih sevih ocetnokislinskih bakterij smo ugotavljali sposobnost rasti pri temperaturah 30 °C in 37 °C. Kljub temu da je za ocetnokislinske bakterije 30 °C opisanih kot optimalna temperatura namnoževanja, smo ugotovili, da se vsi sevi dobro namnožujejo tudi pri 37 °C, za nekatere seve pa je bila ta temperatura celo ugodnejša. Pri kvasovkah smo ugotavljali tudi sposobnost rasti ob prisotnosti različnih koncentracij ocetne kisline v gojišču RAE. Ugotovili smo, da vsi izolati rastejo v prisotnosti 3 % maksimalne koncentracije ocetne kisline, sev Candida ethanolica T4K1 pa je bil odporen tudi proti 4 % ocetni kislini.
Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, jabolčni kis, bio-jabolčni kis, 16S rRNA, 16S-23S rDNA, identifikacija
Objavljeno v DKUM: 06.01.2016; Ogledov: 2592; Prenosov: 299
Celotno besedilo (965,38 KB) |
8. UČINKI NEKATERIH NARAVNIH PROIZVODOV NA POTENCIALNO PATOGENE BAKTERIJE, KI SE NAJPOGOSTEJE ZADRŽUJEJO NA BOLNIŠNIČNIH TEKSTILIJAHNina Gosak, 2009, diplomsko delo Opis: Bolnišnične okužbe so zaplet hospitalizacije in danes predstavljajo v zdravstvu velik problem. Pogostost le-teh je eden izmed kazalcev kakovosti dela v bolnišnici. Povzročitelji bolnišničnih okužb so mikroorganizmi, najpogosteje na antibiotike odporne bakterije. Včasih gre samo za kolonizacijo potencialno patogenih bakterij, ki lahko kasneje preide v okužbo in sekundarno bolezen. V nalogi smo se osredotočili na bakterije, prisotne v bolnišnicah oziroma na bolnišničnih tekstilijah. Z antibiogrami smo ugotavljali, kako na bakterije delujejo različni naravni proizvodi. Noben proizvod bakterij popolnoma ne uniči, saj smo ugotovili, da so nekatere testirane bakterije odporne oziroma slabo občutljive na določene naravne proizvode.
Ključne besede: bolnišnične okužbe, bakterije, Staphlyococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Escherichia coli, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Corynebacterium diphtheriae, Proteus mirabilis, naravni proizvodi, propolis, matični mleček, izvleček iz grenivkinih pečk, islandski lišaj, domači vinski kis in jabolčni kis, preprečevanje, bakterijska rezistenca.
Objavljeno v DKUM: 29.09.2009; Ogledov: 4142; Prenosov: 555
Celotno besedilo (784,61 KB) |
