| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 6 / 6
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Vpliv odmerka vitamina D na funkcionalno stanje in izražanje izbranih genov pri bolnikih z recidivno remitentno multiplo sklerozo
Saša Gselman, 2023, doktorska disertacija

Opis: Nastanek multiple skleroze (MS) je povezan z genetskimi in okoljskimi dejavniki, med slednjimi tudi z vitaminom D, vendar še ni razjasnjeno, katere vrednosti v serumu so zadostne, kako ga nadomeščati in ali to vpliva na potek MS. Namen raziskave je bil določiti izhodiščni nivo vitamina ter morebitno povezavo z genotipom, nato pa primerjati učinek nadomeščanja v dveh različnih odmerkih na klinične, laboratorijske in genetske parametre. V randomizirano dvojno slepo raziskavo smo vključili 78 bolnikov z recidivno-remitentno MS, pri katerih smo nadomeščali vitamin D v odmerku 1000 ali 4000 enot dnevno. Pred nadomeščanjem smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D, ki so bile tudi odvisne od genetske različice rs12785878, katero smo povezali tudi z višjim porastom vitamina D po nadomeščanju. Višji odmerek je bil varen in učinkovitejši. Vpliva nadomeščanja na izražanje izbranih, za protein kodirajočih geno,v nismo potrdili, je pa prišlo do statistično pomembnega zmanjšanja izražanja vnetne miR-155-5p pri obeh skupinah, kar je nova ugotovitev, ki bi lahko nakazovala na protivnetni učinek nadomeščanja. Z raziskavo smo ugotovili znižane vrednosti vitamina D v serumu pred nadomeščanjem, kar je bilo povezano tudi z genetsko različico rs12785878, dokazali smo, da je višji odmerek učinkovitejši in varen za nadomeščanje in da le-to vpliva na izražanje miR-155-5p.
Ključne besede: multipla skleroza, nadomeščanje vitamina D, genetske različice, izražanje genov, izražanje miR-155-5p
Objavljeno v DKUM: 23.02.2024; Ogledov: 277; Prenosov: 41
.pdf Celotno besedilo (7,24 MB)

2.
Bioinformatski pristopi analize izražanja genov za iskanje možnih molekularnih označevalcev pri raku debelega črevesa in danke (rdčd)
Rebeka Planinc, 2022, magistrsko delo

Opis: Razvoj raka debelega črevesa in danke je večstopenjski proces, pri katerem se karcinom razvije skozi leta iz sprememb na steni črevesa – polipov. Nove raziskave se osredotočajo na posebne strategije za diagnozo in odkrivanje RDČD, kot je iskanje molekularnih označevalcev. Za opravljanje takšnih genetskih raziskav, med katere spada analiza diferenčnega izražanja genov, uporabljamo metode in algoritme bioinformatike. V okviru empiričnega dela smo opravili raziskavo, ki je temeljila tako na kvantitativni kot kvalitativni metodologiji raziskovanja. Iz podatkovne baze Omnibus smo s pomočjo programskega jezika Python in R identificirali diferenčno izražene gene pri RDČD. Izbira kandidatnih genov je bila izvedena s pomočjo bioinformatskih programov The human protein atlas, KEGG, DAVID in Enrichr. Kot možne molekularne označevalce smo izbrali gene REG4, AQP8, SLC4A4, TAOK1, IL1RN in INSL5, za raziskavo katerih je sledilo praktično laboratorijsko delo. V svoji študiji smo uporabili klinične vzorce 97 pacientov s spremenjeno patologijo in 25 pacientov z normalno sluznico, iz katerih se je izolirala RNK in izvedla RT-PCR z uporabo sond TaqMan. Rezultati analize ekspresije genov so odkrili gene AQP8, SLC4A4, TAOK1 in REG4 kot potencialne nove biološke označevalce pri RDČD. Zanje je bila odkrita statistično značilna razlika v izražanju pri patološkem tkivu polipov v primerjavi z normalno sluznico. Gena IL1RN in INSL5 se nista pokazala za primerna biološka označevalca. Bioinformatika raka in iskanje novih molekularnih označevalcev je eden najbolj kritičnih in uporabnih pristopov k medicini za klinične raziskave ter izboljšanje rezultatov bolnikov z RDČD.
Ključne besede: rak debelega črevesa in danke, presejanje, diferenčno izražanje genov, molekularni biološki označevalec, bioinformatika.
Objavljeno v DKUM: 19.12.2022; Ogledov: 552; Prenosov: 61
.pdf Celotno besedilo (1,66 MB)

3.
Genetski dejavniki tveganja za razvoj miomov maternice
Jovan Krsteski, 2022, doktorska disertacija

Opis: Miomi maternice so pogosti trdi tumorji, ki nastanejo v sloju gladkih mišic maternične stene. Njihov nastanek je povezan z motnjami v regulaciji hormonov, vendar je točna etiologija miomov maternice še precej nejasna. Znano je, da na biologijo tumorjev, kot so miomi maternice, pomembno vplivajo interlevkini in interlevkinski receptorji. Dosedanje genetske raziskave miomov maternice so odkrile gene, povezane z etiologijo miomov maternice, vendar so novejši pristopi dodatno izpostavili tudi vlogo patogenih epigenetskih sprememb kot pomemben dejavnik pri napačni regulaciji genskega izražanja v miomih maternice. Na začetku doktorskega dela smo izvedli tarčno analizo izbranih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) v genih, ki zapisujejo interlevkine in interlevkinske receptorje. Kohorta za tarčno genetsko analizo obsega 181 žensk z miomi maternice in 133 zdravih kontrol. Pri navedeni analizi smo dodatno želeli odkriti razlike med bolnicami s solitarnimi in multiplimi miomi maternice. V nadaljevanju doktorske disertacije smo ponovno analizirali javno dostopne surove podatke določevanja zaporedja RNA (RNA-Seq) iz dveh raziskav miomov maternice, ki so analizirale parne vzorce fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Ta združena podatkovna zbirka je služila za odkritje diferencialnega izražanja in za kasnejše vrednotenje rezultatov. Značilne rezultate te in silico analize smo nato neodvisno potrdili na lastni kohorti, ki je obsegala 58 bolnic z neparnimi vzorci fibroidnega tumorskega tkiva in tkiva zdravega miometrija. Nato smo značilne rezultate še dodatno analizirali na integrirani zbirki podatkov asociacijskih študij celotnega genoma (GWAS) bolnic z miomi maternice za odkritje epigenetskih označevalcev. Rezultati tarčne analize izbranih SNP-jev kažejo na vlogo rs20541 (v genu IL13) pri nastanku miomov maternice. Napovedni model na osnovi logistične regresije je pokazal, da so adenomioza, višja starost ob diagnozi, družinska anamneza, nižja starost ob menarhi in nižja starost pri prvem spolnem odnosu ter SNP rs1801275 (v genu IL4R) povezani s tveganjem za nastanek multiplih miomov maternice. V raziskavi smo prav tako pokazali povezavo med SNP rs20541 (v genu IL13) in ravnjo 17β-estradiola v serumu pri bolnicah z multiplimi miomi maternice. Ponovna in silico analiza podatkov določevanja zaporedja RNA je pokazala značilno diferencialno izražanje genov med zdravim tkivom miometrija in fibroidnim tumorskim tkivom. Izmed teh ima pet genov (NPTX1, NPTX2, CHRM2, DRD2 in CACNA1A) več skupnih značilnih povezav s termini genske ontologije (GO), kar kaže na podobno delovanje teh petih diferencialno izraženih genov. Naštete statistično značilne gene smo tudi potrdili v kohorti slovenskih bolnic. Kasnejša integracija podatkov asociacijskih analiz celotnega genoma in funkcijska analiza naštetih petih genetskih regij je pokazala več pomembnih razlik v vezani kromatinskih struktur, delovanju promotorjev in občutljivosti DNaz ter spremenjenih vezavnih mest transkripcijskih dejavnikov. S tem smo odkrili edinstveno podskupino spremenjenega izražanja genov sinaptične signalizacije v miomih maternice, kar kaže na kompleksnost biologije tumorjev in obsežnost procesov, povezanih s patogenezo miomov maternice.
Ključne besede: miomi maternice, genotipizacija, izražanje genov, IL13, sinaptično signaliziranje
Objavljeno v DKUM: 16.11.2022; Ogledov: 679; Prenosov: 78
.pdf Celotno besedilo (9,85 MB)

4.
Lipid metabolism, deposition and composition in different metabolic types of pigs : Ph. D. thesis
Klavdija Poklukar Žnidaršič, 2022, doktorska disertacija

Opis: Fat deposition contributes importantly to various aspects of pig production such as meat and fat quality. It is influenced by various factors, including genetics (i.e. different breeds) and non-genetic factors (e.g. sex). This study aimed to identify mechanisms underlying these differences. The general objective of the present research was to determine how genetic variants and gene expression networks influence lipid-related traits in different metabolic types of pigs (i.e. among local breeds, between local breeds versus modern pig crossbreed and between entire males versus immunocastrated versus surgically castrated pigs). In the first part of the research, 20 European local pig breeds were phenotypically distributed according to stature, growth performance and fatness traits. Principal component analysis of phenotypic data distinguished between larger and leaner breeds with better growth potential from breeds that were smaller, fatter, and had low growth efficiency. The phenotypic data and genetic variants were used for a genome scan for selection signatures associated with phenotype. Several candidate genes were identified that may have adapted to specific phenotypic traits, such as the ANXA4 and ANTXR1 genes for stature, the TLL1 and KCTD16 genes for growth performance, and the DNMT3A and POMC genes for fatness. Several discovered genes in the genotype-phenotype selection scan were further tested for differential gene expression in adipose tissue between the local Krškopolje and the modern crossbreed. However, no significant differences in expression were found between the studied groups. Additionally, the expression of genes involved in lipid metabolism was further investigated in the same groups to discover possible underlying mechanisms for fatty phenotype in Krškopolje pigs. Genes involved in adipogenesis (i.e. PPARγ) and lipogenesis (i.e. FASN, ACACA) were upregulated in Krškopolje compared to modern crossbreed. These results were further supported by a higher quantity of adipose tissue depots together with a higher desaturation capacity in Krškopolje pigs than in modern crossbreed. However, lipogenic enzyme activities of subcutaneous adipose tissue were lower in Krškopolje than in modern pigs. In the second part of the research, male sex categories were compared at different levels. RNA-sequencing analysis revealed 83 differentially expressed genes between entire males and immunocastrated pigs, 15 between immunocastrated and surgically castrated pigs and 48 between entire males and surgically castrated pigs. Upregulated genes in entire males compared to immunocastrated and surgically castrated pigs were related to extracellular matrix dynamics and adipogenesis, whereas downregulated genes were involved in carbohydrate and lipid metabolism. A candidate gene expression approach using quantitative PCR demonstrated that genes involved in lipogenesis (i.e. FASN, ME1, ACACA) were downregulated in entire males compared to immunocastrated pigs. The obtained transcriptomic results were further associated with the phenotype. It was shown that entire males were the leanest compared to castrated pigs, exhibiting the smallest adipocytes and lobulus surface area in the backfat. In addition, activities of lipogenic enzymes in backfat were similar to surgically castrated pigs, while the immunocastrated pigs had increased activity compared to entire males and surgically castrated pigs. The higher activity of lipogenic enzymes in the backfat of immunocastrated pigs was not consistent with the fatty acid composition, as immunocastrates were still similar to entire males (lower saturated and higher polyunsaturated fatty acid content compared to surgically castrated pigs). To conclude, the present study discovered genetic variants and differentially expressed genes responsible for distinct lipid metabolism in different metabolic types of pigs.
Ključne besede: prašič, maščobno tkivo, lipidni metabolizem, lokalne pasme, moderni križanci, nekastrirani prašiči, imunokastrirani prašiči, kirurško kastrirani prašiči, selekcijski podpisi povezani s fenotipom, izražanje genov
Objavljeno v DKUM: 05.10.2022; Ogledov: 591; Prenosov: 6
.pdf Celotno besedilo (4,96 MB)

5.
Signalna pot nuklearnega transkripcijskega faktorja kappa B
Mateja Žnidarić, 2020, magistrsko delo

Opis: V magistrskem delu najprej predstavimo zgradbo in delovanje nuklearnega transkripcijskega faktorja kappa B (NF-κB), ki je izražen v skoraj vseh vrstah celic. Le-ta je ob odsotnosti specifičnih stimulov latenten in se v citoplazmi nahaja v kompleksu z inhibitorjem NF-κB (IκB). Aktivira se šele pod vplivom vezave različnih stimulov na receptorje na celici, nakar začne prehajati v jedro celice, kjer se veže na DNA. To vodi do povečanega izražanja specifičnih genov. V normalnem fiziološkem stanju NF-κB inducira gene, ki imajo pomembno vlogo v procesih vnetja in tiste, ki so pomembni pri razvoju in normalnem delovanju številnih tkiv, kot so kosti, koža, mlečne žleze in centralni živčni sistem. Nepravilno delovanje signalne poti NF-κB pa lahko vodi v vnetne in avtoimune bolezni, nastanek in širjenje raka ter v rezistenco rakavih celic na kemoterapevtike. V nalogi opišemo dve najbolj znani signalni poti, preko katerih se aktivira NF-κB – klasično (kanonično) signalno pot, ki je odgovorna za kontrolo prirojene imunosti in vnetja, ter alternativno (nekanonično) signalno pot, ki ima ključno vlogo pri kontroli razvoja, organizacije in funkcije sekundarnih limfatičnih organov ter v promociji zorenja in preživetja limfocitov B. Nadalje obravnavamo matematični model, ki omogoča podrobno analizo kinetike pomembnih molekul v kanonični signalni poti: kinaz IκB (IKK), NF-κB, proteinov A20, IκBα, njihovih kompleksov in transkriptov. Ugotovimo, da se ta model v veliki meri sklada z izmerjenimi vrednostmi in z rezultati drugih modelov ter, da ob različnih pogojih in vrednostih parametrov lahko reproducira različno dinamiko sistema – oscilirajočo ali dvofazno. Identificiramo tiste parametre in njihove vrednosti, ki posledično pomembno vplivajo na časovno dinamiko izražanja genov.
Ključne besede: nuklearni faktor NF-κB, signalne poti, izražanje genov, matematični model, vnetje.
Objavljeno v DKUM: 29.01.2020; Ogledov: 1971; Prenosov: 293
.pdf Celotno besedilo (1,58 MB)

6.
Povezava polimorfizmov in izražanja izbranih genov z odzivom na zdravljenje bolnikov s Crohnovo boleznijo z adalimumabom
Urška Gabor, 2014, magistrsko delo

Opis: Crohnova bolezen (CB) je avtoimunska motnja neznane etiologije. Trenutno največ potenciala za uspešno obvladovanje bolezni izkazujejo biološka zdravila, med katera spada tudi adalimumab (ADA). Klinične raziskave so pokazale, da je ADA varno in učinkovito zdravilo. Farmakogenetske raziskave pa so za ADA še v začetni stopnji. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na zdravljenje z ADA in izbranimi polimorfizmi posameznega nukleotida (ang.: SNP za »Single Nucleotide Polymorphism«) oziroma izražanjem izbranih genov pri slovenskih bolnikih s CB. Izbrali smo polimorfizme in gene, ki so v predhodnih študijah pokazali močno povezavo s CB, so vključeni v metabolizem zdravil, so povezani z imunskim odzivom in vnetjem ali s sorodnimi kompleksnimi boleznimi. Genotipe za izbrane polimorfizme smo pridobili iz rezultatov genotipizacije z uporabo mikromreže »Immunochip«. Izražanje genov smo merili v 0., 4., 12. 20. in 30. tednu od začetka zdravljenja z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (ang.: »Real-time PCR«). Pri primerjavi demografskih podatkov bolnikov smo ugotovili, da je med dobrimi odzivniki signifikantno manjši odstotek kadilcev v primerjavi s slabimi odzivniki (p = 0,042). Pri asociacijski analizi pri izključno CB bolnikih, zdravljenimi z ADA, smo za SNP rs2395185 (gen HLA-DQA1) ugotovili, da je frekvenca alela G (67,5%) in genotipa G/G (44,2%) signifikantno nižja pri bolnikih v primerjavi s kontrolami (77,6% in 60,6%, p = 0,023 in p = 0,011). Predpostavljamo, da alel G (oziroma genotip G/G) zmanjšuje tveganje za bolezen. Pri SNP-jih rs10919563 (gen PTPRC) in rs2241880 (gen ATG16L1) smo ugotovili, da imajo dobri odzivniki statistično nižjo frekvenco genotipa G/G v 30. tednu (p = 0,045 za rs10919563 in p = 0,025 za rs2241880) v primerjavi s slabimi odzivniki. Z Mann-Whitneyevim neparametričnim testom smo primerjali izražanje genov pred ter po tednih zdravljenja. Opazili smo, da je pri genih SLC22A4, PSMD3, AHSA2, RPRD2 in PUS10 bilo izražanje med dobrimi in slabimi odzivniki spremenjeno že pred začetkom zdravljenja. Pri treh genih (ATG16L1, RPRD2 in PUS10) je bilo izražanje glede na 0. teden signifikantno spremenjeno čez celoten potek opazovanega zdravljenja. Najbolj statistično signifikantne rezultate smo dobili za gen ATG16L1, kjer je bila p-vrednost znašala od 1,0×10-6 do 2,2×10-18. Pri primerjavi izražanja genov med dobrimi in slabimi odzivniki glede na indeks ∆IBDQ, smo ugotovili statistično signifikantne razlike med skupinama za gen ATG16L1 in gen SLC22A5. V raziskavi smo ugotovili, da so določeni preiskovani polimorfizmi in geni povezani z odzivom na ADA, potrebne pa so še nadaljnje raziskave, da bi se dokazala njihova vloga farmakogenomskih označevalcev.
Ključne besede: Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, izražanje genov, farmakogenomika, biološka zdravila, adalimumab
Objavljeno v DKUM: 11.09.2014; Ogledov: 2695; Prenosov: 312
.pdf Celotno besedilo (2,29 MB)

Iskanje izvedeno v 0.9 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici