1. Novel small-molecule inhibitors of the SARS-CoV-2 spike protein binding to neuropilin 1Anja Kolarič, Marko Jukič, Urban Bren, 2022, izvirni znanstveni članek Opis: Furin cleavage of the SARS-CoV-2 spike protein results in a polybasic terminal sequence
termed the C-end rule (CendR), which is responsible for the binding to neuropilin 1 (NRP1), enhancing
viral infectivity and entry into the cell. Here we report the identification of 20 small-molecule
inhibitors that emerged from a virtual screening of nearly 950,000 drug-like compounds that bind
with high probability to the CendR-binding pocket of NRP1. In a spike NRP1 binding assay, two of
these compounds displayed a stronger inhibition of spike protein binding to NRP1 than the known
NRP1 antagonist EG00229, for which the inhibition of the CendR peptide binding to NRP1 was
also experimentally confirmed. These compounds present a good starting point for the design of
small-molecule antagonists against the SARS-CoV-2 viral entry.
Ključne besede: neuropilin 1, SARS-CoV-2, COVID-19, spike binding inhibitors, virtual screening, small-molecule antagonists, molecular docking, in vitro binding assay
Objavljeno v DKUM: 09.05.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 1
 Celotno besedilo (6,27 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
2. Copper sulfate elicitation effect on biomass production, phenolic compounds accumulation, and antioxidant activity of Morus nigra L. stem node cultureJan Senekovič, Špela Jelen, Andreja Urbanek Krajnc, 2025, izvirni znanstveni članek Opis: Phenolic compounds are strong antioxidant and antibacterial agents with great pharmacological, medicinal, nutritional, and industrial value. The potential of Morus nigra in stem node culture was investigated for the production of phenolic compounds and their elicitation with CuSO4. Individual phenolic compounds in the samples were identified and quantified by using HPLC-PDA and HPLC-MS methods, while the content of total phenolic compounds, the content of total flavonoids, and the antioxidant activity of methanolic extracts were evaluated spectrophotometrically. The highest fresh and dry weights were obtained in plantlets treated with 0.5 mM CuSO4 for 42 days. The highest total phenolic content, total flavonoid content, and antioxidant activity of the extracts were determined in stem node cultures treated with 3 mM CuSO4 for 42 days. Under the latter conditions, the predominant representatives of the caffeoylquinic acids, p-coumaric acid derivatives, kaempferol derivatives, and quercetin derivatives also achieved the highest content. The most abundant phenolic compound in all samples was the chlorogenic acid. The nodal culture of M. nigra elicited with CuSO4 could potentially be used for the industrial production of phenolic compounds, especially caffeoylquinic acids. Moreover, considering the biochemical response to CuSO4 treatment and the ability to tolerate and accumulate copper, the potential application of M. nigra in phytoremediation is also highlighted.
Ključne besede: antioxidative potential, black mulberry, copper stress, elicitation of phenolics, flavonoids, in vitro culture, nodal culture, phenolic acids
Objavljeno v DKUM: 25.03.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 10
 Povezava na datoteko |
3. Comparison of conventional and supercritical isolation methods from bee pollen and their effects on the concentrations of bioactive compoundsTaja Žitek Makoter, Vesna Postružnik, Anastasia Kyriakoudi, Elli Pantazi, Natasa Kalogiouri, Ioannis Mourtzinos, Željko Knez, Maša Knez Marevci, 2025, izvirni znanstveni članek Opis: The present work represents a profound investigation of material pretreatment, comparison of different isolation methods (conventional and supercritical), and characterization of phenolic compounds and amino acids from bee pollen. The determination of amino acids was carried out after developing a novel hydrophilic interaction chromatography combined with quadrupole time-of-flight tandem mass spectrometric method (HILIC-QTOF-MS/MS) with limits of detection over the range 1 mg/kg -5 mg/kg and recoveries over the range 87.6% - 97.1%. The optimal conditions for the isolation of amino acids are in the range of temperatures between 25°C to 55°C and at pressures between 300 bar and 350 bar. It can be concluded that the extraction temperature and the pressure affect antioxidant activity. The favored conditions are lower temperatures and higher pressures.
Ključne besede: bee pollen, in vitro antioxidant activity, HILIC-LC-QTOF-MS.MS, amino acids, WM-266-4 cells
Objavljeno v DKUM: 20.03.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 2
Celotno besedilo (1,27 MB) |
4. Design of in vitro hair follicles for different applications in the treatment of alopecia : a reviewMatej Žnidarič, Žan Michel Žurga, Uroš Maver, 2021, pregledni znanstveni članek Opis: The hair research field has seen great improvement in recent decades, with in vitro hair follicle (HF) models being extensively developed. However, due to the cellular complexity and number of various molecular interactions that must be coordinated, a fully functional in vitro model of HFs remains elusive. The most common bioengineering approach to grow HFs in vitro is to manipulate their features on cellular and molecular levels, with dermal papilla cells being the main focus. In this study, we focus on providing a better understanding of HFs in general and how they behave in vitro. The first part of the review presents skin morphology with an emphasis on HFs and hair loss. The remainder of the paper evaluates cells, materials, and methods of in vitro growth of HFs. Lastly, in vitro models and assays for evaluating the effects of active compounds on alopecia and hair growth are presented, with the final emphasis on applications of in vitro HFs in hair transplantation. Since the growth of in vitro HFs is a complicated procedure, there is still a great number of unanswered questions aimed at understanding the long-term cycling of HFs without losing inductivity. Incorporating other regions of HFs that lead to the successful formation of different hair classes remains a difficult challenge.
Ključne besede: hair follicle, alopecia, dermal papilla cells, hair transplantation, in vitro hair follicle models
Objavljeno v DKUM: 11.03.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 3
Celotno besedilo (2,39 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
5. An overview of the current state of cell viability assessment methods using OECD classificationEneko Madorran, Miha Ambrož, Jure Knez, Monika Sobočan, 2025, pregledni znanstveni članek Opis: Over the past century, numerous methods for assessing cell viability have been
developed, and there are many different ways to categorize these methods accordingly. We
have chosen to use the Organisation for Economic Co-operation and Development (OECD)
classification due to its regulatory importance. The OECD categorizes these methods
into four groups: non-invasive cell structure damage, invasive cell structure damage, cell
growth, and cellular metabolism. Despite the variety of cell viability methods available,
they can all be categorized within these four groups, except for two novel methods based
on the cell membrane potential, which we added to the list. Each method operates on
different principles and has its own advantages and disadvantages, making it essential
for researchers to choose the method that best fits their experimental design. This review
aims to assist researchers in making this decision by describing these methods regarding
their potential use and providing direct references to the cell viability assessment methods.
Additionally, we use the OECD classification to facilitate potential regulatory use and to
highlight the need for adding a new category to their list.
Ključne besede: cell viability, cell-based methods, in vitro toxicology, OECD cell viability classification
Objavljeno v DKUM: 13.02.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 7
Celotno besedilo (2,77 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
6. Microbiota in vitro modulated with polyphenols shows decreased colonization resistance against Clostridioides difficile but can neutralize cytotoxicityAleksander Mahnič, Jennifer Auchtung, Nataša Poklar Ulrih, Robert A. Britton, Maja Rupnik, 2020, izvirni znanstveni članek Opis: While the knowledge on gut microbiota - C. difficile interactions has improved over the years, the understanding of the underlying mechanisms providing colonization resistance as well as preventative measures against the infection remain incomplete. In this study the antibiotic clindamycin and polyphenol extracts from pomegranate and blueberries were used individually and in combination to modulate fecal microbial communities in minibioreactor arrays (MBRA). Modulated communities were inoculated with C. difficile (ribotype 027). Subsequent 7-day periodical monitoring included evaluation of C. difficile growth and activity of toxins TcdA and TcdB as well as analysis of MBRA bacterial community structure (V3V4 16%S metagenomics). Polyphenols affected multiple commensal bacterial groups and showed different synergistic and antagonistic effects in combination with clindamycin. Exposure to either clindamycin or polyphenols led to the loss of colonization resistance against C. difficile. The successful growth of C. difficile was most significantly correlated with the decrease in Collinsella and Lachnospiraceae. Additionally, we demonstrated that Clostridium sporogenes decreased the activity of both C. difficile toxins TcdA and TcdB. The feature was shown to be common among distinct C. sporogenes strains and could potentially be applicable as a non-antibiotic agent for the alleviation of C. difficile infection.
Ključne besede: microbiota in vitro, Clostridioides difficile, resistance, cytotoxicity
Objavljeno v DKUM: 29.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 5
Celotno besedilo (1,67 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
7. Razvoj in vitro modela kožeMaja Sever, Dominik Škrinjar, 2024, končno poročilo o rezultatih raziskav Opis: Tridimenzionalni (3D) biotiskani modeli kože se vse bolj uveljavljajo v predkliničnih in kliničnih raziskavah kot alternativa testiranju na živalih. Ključno za uspeh teh raziskav je zagotavljanje ponovljivosti in primerljivosti rezultatov, kar zahteva razvoj zanesljivih hidrogelov, ki omogočajo stabilno vključitev celic v 3D biotisk. Eden največjih izzivov pri tem je zagotavljanje konsistentnosti lastnosti hidrogela, ki je temeljni material za izdelavo 3D tiskanega in vitro modela kože, potrebnega za različne faze raziskav. Namen te raziskave je bil preučiti možnost priprave večje serije hidrogela ter raziskati načine njihovega dolgoročnega shranjevanja, s poudarkom na tehnikah zamrzovanja, z namenom ohranitve njihovih fizikalno-kemijskih lastnosti. Tako bi omogočili uporabo enotne serije hidrogela skozi celoten razvoj in vitro modela kože, kar bi zmanjšalo variacije, ki nastajajo pri posameznih pripravah hidrogelov za različne raziskovalne metode. Osredotočili smo se na vpliv temperature (-20 °C in -80 °C) ter trajanja shranjevanja (7 in 29 dni) na ključne lastnosti hidrogelov, kot so viskoznost, poroznost, sposobnost nabrekanja, degradacija in mehanske lastnosti po odmrznitvi. Potrditev teh hipotez bi prispevala k večji ponovljivosti in natančnosti 3D biotiskljivih in vitro modelov kože.
Ključne besede: in vitro model kože, 3D biotiskanje, hidrogel, predkinična in klinična raziskava
Objavljeno v DKUM: 24.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 11
Celotno besedilo (2,90 MB) |
8. Kratek pregled platform za ADME testiranjeTina Maver, Boštjan Vihar, Uroš Maver, 2024, izvirni znanstveni članek Opis: V zadnjem času je bil dosežen pomemben napredek pri razvoju ADME (absorpcija, distribucija, metabolizem, ekskrecija) modelov, vendar izziv ostaja vzpostaviti platforme, ki bi zmanjšale testiranje na živalih in stroške raziskav. Naraščajoča pomembnost farmakokinetičnih interakcij poudarja potrebo po zanesljivih in
ponovljivih ADME modelih, ki so vse bolj ključni za razvoj zdravil in zagotavljanje varnosti z željo po preprečevanju
resnih kliničnih zapletov in hospitalizacije.
Ključne besede: ADME, drug interaction studies, in vitro models, pharmacokinetics, multi-organ models
Objavljeno v DKUM: 07.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 23
Celotno besedilo (405,16 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...
Gradivo je zbirka in zajema 1 gradivo! |
9. Pravna ureditev oploditve z biomedicinsko pomočjo v luči raziskav na človeških zarodkih in njihovih matičnih celicah : magistrsko deloLara Krneža, 2024, magistrsko delo Opis: V 20. stoletju so z namenom razvoja medicine, preprečevanja genetsko bolnih potomcev in izboljšanja vrste izvajali neetične poskuse na ljudeh. Ti so bili opravljeni brez privolitve žrtev. Zaradi vedno večje ozaveščenosti družbe o človekovih pravicah in napredka pravne znanosti, se je po drugi svetovni vojni začela sprejemati zakonodaja, ki je postavila etične smernice za izvajanje raziskav na ljudeh. Leta 1947 je bil sprejet Nürnberški kodeks, leto kasneje pa je Svetovno zdravniško združenje sprejelo Ženevsko deklaracijo o zdravniških dolžnostih. Pomembne svetovne organizacije so zatem podpisale še Evropsko konvencijo o varstvu človekovih pravic in temeljnih svoboščin, Helsinško deklaracijo o etičnih načelih medicinskih raziskav na ljudeh, Oviedsko konvencijo, Splošno deklaracijo o človeškem genomu in človekovih pravicah, Splošno deklaracijo o bioetiki in človekovih pravicah in Listino EU o temeljnih pravicah. Vsi navedeni pravni akti so pomembno vplivali na pravno ureditev raziskav (na človeških zarodkih in njihovih matičnih celicah) v Sloveniji.
Opravljanje medicinskih poskusov na ljudeh brez njihove svobodne privolitve je pri nas prepovedano že z Ustavo Republike Slovenije. Ta določa tudi ostale ustavne kategorije, v luči katerih se morajo izvajati raziskave. Biomedicinske raziskave in kazniva dejanja v zvezi z njimi so opredeljena v Kazenskem zakoniku, ki prepoveduje kloniranje, ustvarjanje človeških zarodkov v raziskovalne (in druge) namene ter izvajanje drugih biomedicinskih posegov. Pravice pacientov ureja Zakon o pacientovih pravicah. Za magistrsko nalogo sta ključnega pomena še Zakon o zdravljenju neplodnosti in postopkih oploditve z biomedicinsko pomočjo, ki ureja raziskave na zarodkih »in vitro«, pridobivanje in raziskovanje na embrionalnih matičnih celicah in Kodeks zdravniške etike, ki določa etične standarde za zdravnike pri izvajanju raziskav na pacientih.
Pravna teorija in sodna praksa se pri pravnem urejanju raziskav na človeških zarodkih in njihovih matičnih celicah pogosto srečujeta s kolizijo med dvema ustavnopravnima kategorijama, pravico do življenja (zarodka) in svobodo znanosti. Do te kolizije pogosto prihaja zaradi nerešenega vprašanja o pravnem statusu človeškega zarodka. Evropsko sodišče za človekove pravice je o tem odločalo že večkrat, a enotne rešitve na to vprašanje doslej še ni podalo. Pomembni precedensi ESČP v zvezi z raziskavami na človeških zarodkih in pravnim statusom zarodka so zadeve Evans proti Združenemu Kraljestvu, Vo proti Franciji in Parillo proti Italiji.
Ključne besede: medicinsko pravo, človekove pravice, medicinska etika, medicinske raziskave, poskusi na ljudeh, evgenika, privolitev, znanstvene raziskave na in vitro zarodkih, in vitro oploditev
Objavljeno v DKUM: 11.12.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 122
Celotno besedilo (877,37 KB) |
10. Napredni biološko aktivni transportni sistemi ekstraktov manga (Mangifera indica) za terapevtske aplikacije in vitro : doctoral dissertationNika Kučuk, 2024, doktorska disertacija Opis: Doktorska disertacija je razdeljena na štiri dele, v katerih sta obravnavana študija biološke aktivnosti ekstraktov olupkov manga (MPE) ter optimiranje sinteznih metod transportnih sistemov (alginatne kroglice, liposomi in micelarne membrane mikrobnega izvora), vključno z njihovo funkcionalizacijo z MPE za različne terapevtske aplikacije (in vitro).
V prvem delu smo s pomočjo različnih ekstrakcijskih metod iz svežih in suhih olupkov manga pridobili MPE z visoko vsebnostjo totalnih fenolov, proantocianidinov, posameznih fenolnih spojin, proteinov in nekaterih encimov v aktivnih oblikah ter z visoko antioksidativno aktivnostjo. Nadalje smo potrdili protibakterijske lastnosti testiranih MPE na rast Gram-negativnih (Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa) ter Gram-pozitivnih bakterij (Bacillus cereus, Staphylococcus aureus). Z uporabo nizkocenovnega postopka sušenja olupkov manga na zraku smo ohranili biološko aktivnost MPE. Na vsebnost bioaktivnih spojin in biološko aktivnost pa sta vplivala tudi uporabljena ekstrakcijska metoda in topilo. Ultrazvočni etanolni MPE iz suhih olupkov je zagotovil dobro protibakterijsko in antioksidativno delovanje, zato smo ga v nadaljevanju vgradili v različne transportne sisteme.
V drugem delu smo MPE enkapsulirali v alginatne kroglice, proizvedene z metodo ionotropske gelacije. Sintetizirani napredni biološko aktivni sistem izkazuje dobro termično stabilnost s temperaturo degradacije nad 270 °C. Prav tako ni bilo prisotnih razpok na površini sintetiziranih liofiliziranih alginatnih kroglic. Alginatne kroglice so se izkazale kot odličen transportni sistem za enkapsuliran MPE zaradi stabilnosti pri kislih želodčnih pogojih in posledično doseganje tarčnega mesta (črevesje), kjer smo dosegli postopno sproščanje MPE, kar pomembno vpliva na uspešno absorpcijo v telesu. S protibakterijsko študijo smo dokazali pomemben inhibitorni učinek alginatnih kroglic z MPE na rast patogenih črevesnih bakterij E. coli in S. aureus.
V tretjem delu smo optimirali sintezo liposomov za uspešno enkapsulacijo MPE. Za formulacijo liposomov smo uporabili metodo hidracije tankega lipidnega filma z dodatkom 5 mm steklenih kroglic in 24-h stresanjem. Zelo stabilno in monodisperzno formulacijo liposomov z velikostjo delcev <300 nm smo dosegli z uporabo polarnega organskega topila etanola, z uporabo nepolarnih topil pa so najboljšo stabilnost izkazovali liposomi, proizvedeni s kloroformom. Uspešno smo enkapsulirali MPE v liposome in potrdili profil enakomernega sproščanja MPE, vključno z inhibitorno aktivnostjo na rast E. coli in S. aureus. Sintetizirani liposomi z enkapsuliranim MPE se med postopkom liofilizacije niso degradirali, prav tako so bili termično stabilni in ni bilo zaznati signifikantnih kemijskih interakcij med enkapsulirano bioaktivno spojino ter lipidi fosfolipidnega dvosloja.
V četrtem delu smo optimirali gojenje terapevtskih gob Ganoderma lucidum in Pleurotus ostreatus s submerzno kultivacijo za doseganje najvišjega prirasta in posledično najintenzivnejše tvorbe micelarnih membran s sposobnostjo visoke absorpcije vode. Sestava in pH rastnega medija sta imela ključen vpliv na tvorbo membran ter njihove karakteristike. Najustreznejši rastni pogoji so bili zagotovljeni pri bazičnem pH v mediju, ki je vseboval sladni ekstrakt za G. lucidum, in v mediju z dodatkom glukoze za P. ostreatus. Zaradi hidrofilne spodnje površine micelarnih membran so te izkazovale visoko sposobnost absorpcije vode, in sicer več kot 600 % za P. ostreatus in do 500 % za G. lucidum. Potrdili smo prisotnost širokega spektra funkcionalnih skupin, termično stabilnost s temperaturo degradacije nad 260 °C ter vlaknasto in porozno strukturo nastalih micelarnih membran. Micelarne membrane obeh gob smo nadalje uspešno funkcionalizirali z MPE ter dosegli enakomeren in postopen profil sproščanja MPE, vključno z uspešnim protibakterijskim delovanjem funkcionaliziranih membran na rast E. coli in S. aureus.
Ključne besede: mango, ekstrakcija, polifenolne spojine, protibakterijska aktivnost, transportni sistemi, alginatne kroglice, liposomi, micelarne membrane, funkcionalizacija, enkapsulacija, vgrajevanje, in vitro sproščanje, karakterizacija
Objavljeno v DKUM: 02.10.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 56
Celotno besedilo (13,98 MB) |
