1. Diferencialno izražanje genov in učinek filtriranja nizko izraženih genov pri analizi RNA sekvenciranjaŠpela Fabčič, 2025, magistrsko delo Opis: Uvod: Sekvenciranje RNA (analiza RNA-seq) se sooča z izzivi obdelave podatkov in razvojem metod za učinkovito shranjevanje, pridobivanje in obdelavo velikih količin podatkov z namenom, da se zmanjša število napak določevanja nukleotidnega zaporedja med drugim tudi na način z odstranitvijo odčitkov nižje kakovosti.
Metode: S pomočjo programskega orodja R smo iz treh različnih podatkovnih baz za tri različne bolezni (Crohnova bolezen, astma, miomi maternice) izvedli RNA-seq analizo v katero smo vključili filtriranje nizko izraženih z metodo CPM, kjer smo določili prag filtriranja nizko izraženih genov na podlagi statističnega izračuna minimuma, maksimuma in povprečja izražanja genov.
Rezultati: V okviru naloge smo ugotovili, da različni pragi filtriranja ne spremenijo števila nabora genov v končnih rezultatih analize RNA-seq. Pri vplivu postavitve različnih pragov filtriranja na nabor prvih 20 najbolj statistično značilno diferencialno izraženih genov je bila izrazita razlika med različno zastavljenimi pragi filtriranja samo v primeru Crohnove bolezni. Pri testiranju, ali se izločeni geni pri danem pragu filtriranja pojavijo kot statistično značilno diferencialno izraženi geni v analizi brez filtriranja, smo ugotovili, da se velik delež izločenih genov, še posebej pri nižjih pragovih filtriranja, še vedno pojavi kot statistično značilen v analizi brez filtriranja.
Razprava in sklep: Na podlagi rezultatov smo ugotovili, da postavitev različnih pragov filtriranja nima posebnega učinka na rezultate diferencialnega izražanja genov.
Ključne besede: genska ekspresija, astma, Crohnova bolezen, miomi maternice
Objavljeno v DKUM: 06.05.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 3
 Celotno besedilo (1,39 MB) |
2. Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke : magistrsko deloAnja Konajzler, 2022, magistrsko delo Opis: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije.
Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Ključne besede: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Objavljeno v DKUM: 26.09.2022; Ogledov: 641; Prenosov: 66
Celotno besedilo (3,60 MB) |
3. Izražanje genov za DNA in RNA metilaze in demetilaze pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo visokošolskega strokovnega študijskega programa I. stopnjeKarmen Zorič, 2022, diplomsko delo Opis: Letna incidenca raka glave in vratu (RGV, angl. Head and Neck cancer, HNC) znaša okoli 700 000 novo odkritih primerov po celotnem svetu, kar ga izmed vseh bolezni uvršča na šesto mesto. Najpogostejša oblika RGV je ploščatocelični karcinom, ki predstavlja 85 % vseh primerov RGV. Za RGV so značilni različni simptomi, ki tudi pomagajo pri odkrivanju bolezni. Zdravljenje temelji na določitvi stopnje napredovanja bolezni. Epigenetske spremembe, kot sta DNA in RNA metilacija, spadajo med značilne spremembe karcinoma. Ker je ekspresija genov metilaz in demetilaz v tkivih RGV še vedno slabo raziskana, smo v sklopu diplomskega dela v tkivih bolnikov RGV dodatno proučili gensko ekspresijo nabora DNA in RNA metilaz in demetilaz ter njihovo ekspresijo povezali s klinično patološkimi značilnostmi tumorjev glave in vratu ter jih izkoristili za napoved razvoja, zdravljenja in ponovitve bolezni.
Tako smo v zdravem in tumorskem tkivu 34 bolnikov z rakom glave in vratu, s pomočjo metode RT-qPCR, proučili izražanje genov DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3 in TRDMT1.
Ugotovili smo povezavo med izražanjem TRDMT1, kliničnimi parametri in dejavniki tveganja, vključno z mestom nastanka tumorja, kadilskim statusom, uživanjem alkohola ter HPV okužbo. Stopnja izražanja TRDMT1 je bila povezana z napredovanjem/agresivnostjo bolezni, in sicer se z znižanjem TRDMT1 stopnja napredovanja agresivnosti viša. Pri analizi izražanja DNA metilaz in demetilaz v odvisnosti od prisotnosti ali odsotnosti zasevkov v področnih bezgavkah v tumorskem tkivu smo ugotovili trend povišanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v zgodnjih stadijih ter trend znižanega izražanja DNA metilaz in demetilaz v poznih stadijih.
V ta namen bi bilo smiselno raziskavo razširiti na večje število vzorcev, s čimer bi se posledično povečala statistična moč analize, ki bi lahko prispevala k razjasnitvi vloge izražanja DNA in RNA metilaz ter demetilaz kot potencialnih kazalcev za klasifikacijo bolnikov in določitev ocene napredovanja bolezni.
Ključne besede: rak glave in vratu, metilaze, demetilaze, relativna genska ekspresija, tumorsko tkivo
Objavljeno v DKUM: 13.09.2022; Ogledov: 605; Prenosov: 86
Celotno besedilo (3,48 MB) |
4. Genetski polimorfizmi in izražanje genov povezanih z nastankom centralnega zdrsa materniceTina Bizjak, 2021, doktorska disertacija Opis: Izhodišče: V preteklih raziskavah je že bila ugotovljena povezava med dednostjo in zdrsom medeničnih organov (ZMO), vendar pa do sedaj še nobena raziskava ni ciljano preučevala pomena dednosti pri izoliranem zdrsu maternice (ZM). V naši raziskavi kandidatnih genov smo skušali ugotoviti, ali genetske različice v šestih predhodno predlaganih lokusih kandidatov za ZMO, ki so bili pri ženskah evropskega porekla identificirani z asociacijsko študijo celotnega genoma, prav tako spremenijo tveganje pri naši skupini bolnic z ZM.
Preiskovanke in metode dela: V raziskavo smo vključili 100 bolnic, ki so imele operacijo zaradi izoliranega popolnega ZM, in 105 zdravih žensk. Vse udeleženke so bile stare med 30 in 55 let. Po izolaciji genomske DNA iz periferne krvi smo genotipizirali šest polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki so bili predhodno povezani z ZMO. Opravili smo tudi analizo dejavnikov tveganja. Ekspresijo RNA smo določili na RNA in proteinih, ki smo jih izolirali iz sakrouterinih ligamentov pacientk in zdravih žensk s qPCR.
Rezultati: Eden od šestih analiziranih SNP-jev je bil statistično povezan z ZM. Na lokusu kromosoma 20p13 smo ugotovili statistično pomembnost za model regresije faktorja tveganja za dominantni model alela T v SNP-ju rs6051098 (p = 0,046; OR: 1,93, CI: 1,01-3,66). Gen IDH3B je bil edini gen v lokusu 20p13, ki je bil v biopsijah sakrouterinega ligamenta pri ženskah z ZM statistično višje izražen v primerjavi s kontrolno skupino (p = 0,034). Analiza proteinov je pokazala trend k povišanemu izražanju proteina IDH3B pri bolnicah z ZM.
Zaključek: Po našem najboljšem vedenju, smo kot prvi dokazali, da genetski dejavniki tveganja prispevajo k ZM in predlagali rs6051098 kot najboljši dejavnik tveganja, ki je povezan z ZM. Glede na pridobljene rezultate o ekspresiji predpostavljamo, da gen IDH3B igra vlogo pri patogenezi ZM.
Ključne besede: kandidatni geni, genetski polimorfizmi, genska ekspresija, zdrs medeničnih organov, zdrs maternice
Objavljeno v DKUM: 24.09.2021; Ogledov: 1838; Prenosov: 104
Celotno besedilo (2,58 MB) |
5. Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeMonika Ostroško, 2020, diplomsko delo Opis: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev.
V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA.
Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Ključne besede: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Objavljeno v DKUM: 08.10.2020; Ogledov: 1109; Prenosov: 127
Celotno besedilo (2,35 MB) |
6. Ekspresijski in epigenetski vzorci pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijoIris Kelc, 2018, diplomsko delo Opis: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je dolgotrajno (kronično) obolenje črevesja, ki je imunsko pogojeno. Med KVČB uvrčamo dve bolezni, ki sta si precej podobni, to sta Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK), v 10-15% pa bolezni ne moremo razvrstiti v prejšnji skupini, zato jo uvrščamo v intermediarni kolitis (KI) [1]. Vzroki za KVČB še niso dodobra pojasnjeni, vendar pa so odvisni od okoljskih in genetskih dejavnikov. KVČB uvrščamo med kompleksne kronične imunske bolezni, med katere sodijo tudi nekatera druga obolenja, kot so revmatoidni artritis, multipla skleroza itd. Bolezen KVČB zdravijo na več načinov, v današnjih časih pa dajejo velik poudarek na biološka zdravila, ki so večinoma zelo učinkovita, vendar pa pri nekaterih pacientih opažamo neodzivnost.
V diplomskem delu smo se lotili analize ekspresijskih in epigenetskih profilov pri slovenskih bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo na anti-TNF terapiji z adalimumabom (ADA). Cilj je bila identifikacija kandidatnih biooznačevalcev, ki bi predvideli bolnikovo odzivnost na tovrstno biološko zdravljenje. Odločili smo se za testiranje gena AXIN1. V študiji pri bolnikih z revmatoidnim artritisom, ki je tako kot KVČB kronična vnetna avtoimuna bolezen, je bila namreč dokazana različna stopnja metiliranosti tega gena pri odzivnikih in neodzivnikih na adalimumab [2]. Tako kot pri KVČB, tudi pri RA uporabljajo biološke terapije in pri obeh je približno 20-40 % neodzivnikov na tako terapijo [3], [4].
Ugotovili smo, da je pri bolnikih s KVČB statistično značilno povečanje izražanje gena za AXIN1 v primerjavi z zdravimi kontrolami, vendar je razlika zelo majhna, med odzivniki in neodzivnki pa ni bilo opaziti razlik. Za namen epigenetskih študij smo pripravili različne metilacijske kontrole in poskusili optimizirati metilacijske teste. Ker naše epigenetske analize niso dale jasnih končnih rezultatov, bodo potrebne nadaljnje preiskave.
Ključne besede: KVČB, adalimumab, odzivniki, neodzivniki, AXIN1, genska ekspresija, metilacija
Objavljeno v DKUM: 26.04.2018; Ogledov: 2466; Prenosov: 138
Celotno besedilo (2,21 MB) |
7. Analiza genskih regij povezanih z astmo ter napoved tveganja in odziva na terapijo pri otroški astmiPetra Ovniček, 2017, doktorsko delo/naloga Opis: Astma je kompleksna poligenska bolezen dihal. Številne študije so v povezavi z astmo, njenimi značilnostmi ali odzivom na terapijo analizirale že mnogo genov, a se rezultati raziskav med sabo močno razlikujejo, prav tako pa mnogi kandidatni geni identificirani v nedavnih študijah na celotnem genomu (GWA študije) še niso bili potrjeni v neodvisnih replikacijih študijah. Večina GWA študij pri astmi ni analiziralo morebitnih povezav med genotipi in kliničnimi podatki ter odzivom na zdravljenje. Le malo je znanega o funkciji z astmo ali njenimi značilnostmi povezanih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki se nahajajo v nekodirajočih področjih genoma. Namen naše raziskave je bil identificirati nove genetske markerje, ki opredeljujejo resnost astme oz. katerega od njenih podtipov ter vplivajo na odziv na terapije. Nadalje smo v raziskavi želeli ugotoviti, kakšen je vpliv kandidatnih SNP-jev povezanih z astmo in njenimi značilnostmi na ekspresijo bližnjih genov. Prav tako je bil namen študije tudi napoved tveganja za razvoj astme in odziva na terapijo. V študijo smo zajeli 340 otrok z astmo in 276 zdravih posameznikov. Genotipizacijo smo izvedli z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti. Rezultate smo statistično analizirali z uporabo programskega paketa SPSS. Z izdelavo profilov tveganja, izračuna tveganja iz razmerja obetov ter logistično regresijo smo skušali napovedati tveganje za razvoj bolezni ali odziva na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Izbranim genom, ki se nahajajo v bližini nekodirajočih SNP-jev, ki kažejo na pomembno vlogo pri astmi, smo z uporabo kvantitativnega PCR izmerili gensko ekspresijo in analizirali morebitne razlike v ekspresiji med posameznimi fenotipskimi in genotipskimi skupinami. Identificirali smo nove genetske markerje ki imajo pomemben doprinos k dovzetnosti za razvoj astme, vplivajo na njeno težo in fenotip oz. pogojujejo odgovor na različne proti-astmatične terapije. Najpomembnejša odkritja so nove povezave med SNP-ji na oz. v bližini genov SFXN1, SLC22A4 in SLC22A5 ter odgovorom na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Kot prvi smo ugotovili, da delecija na genu CCR5 ter SNP-ja na genih IL4 in GLCCI1 pogojujejo odziv na proti-astmatično terapijo z anti-levkotrieni pri posameznih pod-tipih astme. Identificirali smo nove povezave med SNP-ji na genih CA10, CTNNA3 in SFXN1 in njenimi fenotipskimi značilnostmi. Prav tako je naša raziskava prva neodvisna replikacijska študija nekaterih v nedavnih GWA študijah identificiranih astma SNP-jev; potrdili smo povezavo med SNP-jema na genih CA10 in SGK493 in tveganjem za astmo. Kot prvi smo s povečanim tveganjem za astmo povezali alel C za SNP rs10496195 v intronu gena HK2. Nadaljnja ekspresijska študija je pokazala povečano izražanje izoforme tega gena pri bolnikih z astmo oz. pri osebah z rizičnim alelom C za omenjen SNP. Ugotovili smo da alel C vpliva na spremenjeno razmerje med izoformama transkripta gena HK2 v limfocitih periferne krvi. Nadalje, naši rezultati potrjujejo hipotezo, da gre pri astmi za heterogeno bolezen pri kateri se genetski markerji lahko razlikujejo glede na podtip bolezni, saj mnoge povezave v skupini ne-atopijskih astmatikov niso bile potrjene v skupini atopikov in obratno. Na podlagi rezultatov izračunov napovedi tveganja lahko zaključimo, da zaenkrat genetski testi pri astmi žal še niso dovolj zanesljivi za prenos v klinično prakso. Najvišjo specifičnost (77,7 %) in občutljivost (63,0 %) smo dosegli pri genetskem profilu za napoved tveganja za ne-atopijsko obliko astme, ki vključuje 9 SNP-jev. Vsekakor bo v prihodnje potrebnih še mnogo nadaljnjih raziskav, funkcijskih študij in meta-statističnih analiz, kakorkoli pa lahko rečemo, da pomemben delček pri razumevanju genetskih mehanizmov pri astmi in korak k individualizirani obravnavi bolnikov predstavlja tudi naša študija.
Ključne besede: astma, polimorfizem enega nukleotida, asociacijska študija, genska ekspresija, napoved tveganja
Objavljeno v DKUM: 22.01.2018; Ogledov: 1755; Prenosov: 204
Celotno besedilo (4,05 MB) |
8. VLOGA RECEPTORJEV ENDOKANABINOIDNEGA SISTEMA CB1 IN CB2 PRI INHIBICIJI CITOKINA TNF-e1 V MONONUKLEARNIH LIMFOIDNIH CELICAH BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJOŽan Hribar, 2016, diplomsko delo Opis: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano.
Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western.
"Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC.
Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza
Objavljeno v DKUM: 16.09.2016; Ogledov: 1876; Prenosov: 163
Celotno besedilo (2,76 MB) |
9. Učinek agonistov in antagonistov endokanabinoidnih receptorjev CB1 in CB2 na izražanje nekaterih citokinov v celičnih kulturah gojenih limfoidnih celic bolnikov z astmoRok Petrijan, 2016, diplomsko delo Opis: Astma je kronična vnetna bolezen dihal, pri kateri se pod vplivom različnih dražljajev zožijo dihalne poti, pojavi se njihovo kronično vnetje in nabiranje sluzi v bronhijih. Vse to vodi v oteženo dihanje, občutek stiskanja prsnega koša in kašljanja, predvsem sredi noči ali zgodaj zjutraj. V diplomski nalogi smo se osredotočili na ex vivo proučevanje endokanabinoidnega sistema pri imunskem odzivu bolnikov z astmo in predlagali alternative trenutnim načinom zdravljenja s protivnetnimi (ti. preprečevalci) in bronhodilatornimi (ti. olajševalci) zdravili. Zanimal nas je učinek agonistov in antagonistov kanabinoidnih receptorjev CB1 in CB2 na izražanje citokinov in obeh receptorjev. V ta namen smo v limfoidnih celičnih kulturah bolnikov z astmo in zdravih posameznikov izmerili izražanje genov CNR1, CNR2, IL4, IL5, IL6, IL8, IL10 in CSF2 v odvisnosti od tretiranja z različnimi sintetičnimi kanabinoidi.
Da bi ex vivo simulirali vnetno okolje smo celične kulture gojili v prisotnosti dejavnika tumorske nekroze-α (TNF), ki se je v različnih raziskavah izkazal kot pomemben posrednik vnetnega odgovora. Za najbolj optimalne rezultate gojenja celičnih kultur iz vzorcev astmatičnih bolnikov in zdravih posameznikov, smo najprej izvedli optimizacijo koncentracije uporabljenega TNF in časa njegove inkubacije ter optimalne koncentracije uporabljenih sintetičnih kanabinoidov, pri čemer nam je kot merilo služila stopnja izražanja genov. Med samo optimizacijo parametrov nismo potrdili predpostavljene odvisnosti izražanja CNR2 od učinkov TNF, zato načrtovanega tretiranja z njegovimi agonisti in antagonisti nismo izvedli. V celičnih kulturah tretiranih z ACEA (sintetični agonist receptorja CB1) smo pri vzorcih astmatičnih bolnikov izmerili povišano ekspresijo IL5 v primerjavi z netretiranimi celicami in celicami zdravih posameznikov. V astmatičnih vzorcih je bila povišina tudi ekspresija genov CNR1 in IL4 v primerjavi z zdravimi posamezniki, vendar ni bilo učinka ACEA. S tretiranjem celic z AM251 (sintetični antagonist receptorja CB1) smo potrdili, da učinki ACEA dejansko potekajo preko CB1 receptorja.
Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da kanabinoidi z učinkom na izražanje citokinov lahko vplivajo na delovanje vnetnega procesa pri bolnikih obolelih za astmo, zato bi lahko v prihodnosti služili kot pomembne farmakološke učinkovine za zdravljenje astme.
Ključne besede: astma, kanabinoidi, kanabinoidni receptorji, citokini, dejavnik tumorske nekroze alfa, periferne mononuklearne celice, genska ekspresija
Objavljeno v DKUM: 16.09.2016; Ogledov: 1777; Prenosov: 145
Celotno besedilo (30,70 MB) |
10. IZRAŽANJE GENOV TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 IN S100A9 V KRVNIH LIMFOCITIH IN ČREVESNI SLUZNICI BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJO KOT NAPOVEDNI BIOOZNAČEVALEC ODZIVA NA ZDRAVLJENJE Z ADALIMUMABOMAlja Gabor, 2016, magistrsko delo Opis: Faktor tumorske nekroze alfa (TNFα) je glavni provnetni citokin, ki je vključen v imunski odgovor pri Crohnovi bolezni (CB). Za zdravljenje CB se v primerih, ko standardna terapija s kortikosteroidi in antibiotiki ni uspešna, uporabljajo zdravila, ki delujejo proti citokinu TNFα (antiTNF), kot sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA), vendar pa se približno tretjina bolnikov na takšno terapijo ne odziva. Cilj magistrskega dela je bil ugotoviti, ali izražanje genov TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 in S100A9 v krvnih limfocitih in črevesni sluznici slovenskih bolnikov s CB vpliva na odziv na terapijo z ADA in ali je možno z izbranimi geni napovedati odziv na zdravljenje, kar bi lahko bil korak naprej k personaliziranemu zdravljenju CB. Izražanje izbranih genov smo izmerili z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (rt-PCR) pred terapijo in v 4., 12., 20. in 30. tednu terapije. Genotipe za izbrane polimorfizme smo pridobili iz mikromreže »Immunochip«. Odziv na terapijo smo ocenili s pomočjo IBDQ vprašalnika in nivoja CRP v krvi. Za statistično obdelavo smo uporabili statistični paket SPSS. Ugotovili smo signifikantno spremenjeno izražanje gena S100A8 pri primerjavi izražanja gena pred terapijo z izražanjem v 4. (p = 5×10-5, Z = -3,975) in 12. tednu (p=0,050). Signifikantno povišano ekspresijo gena S100A9 smo ugotovili po štirih tednih zdravljenja (p = 0,012). Pri primerjavi izražanja genov pred terapijo in v posameznih tednih med terapijo pri istem bolniku smo ugotovili dve signifikantni povezavi v okviru 95 % intervala zaupanja. Za gen S100A8 smo po 4 tednih terapije ugotovili signifikantno višje izražanje tega gena, saj je razlika median 2-ddct znašala 0,519 (p = 0,009), po 20. tednih zdravljenja z ADA pa smo ugotovili signifikantno nižje izražanje gena S100A9 (p = 0,045). Na podlagi IBDQ vprašalnika in izmerjene ekspresije izbranih genov smo ugotovili povečano ekspresijo gena G0S2 po 30. tednih zdravljenja z ADA (p = < 1×10-8, Z = -5,745), signifikantno nižje pa je bilo tudi izražanje gena TNFAIP6 pri dobrih odzivnikih na terapijo po 20. tednih terapije. Glede na kriterij CRP smo ugotovili signifikantno višjo ekspresijo gena G0S2 po 20. tednih terapije z ADA pri dobrih odzivnikih (p = 0,022). Ugotovili smo, da so proučevani geni in SNP-ji povezani z odzivom na ADA pri bolnikih s CB in nedvoumno predstavljajo dobre kandidate za potencialne napovedovalce odziva na zdravljenje CB z ADA. V prihodnosti je potrebno identificirati še večje število genov za napoved odziva in jih združiti v ustrezen napovedni model.
Ključne besede: Crohnova bolezen, adalimumab, antiTNF, genska ekspresija, napoved odziva, biološka zdravila
Objavljeno v DKUM: 05.09.2016; Ogledov: 2097; Prenosov: 161
Celotno besedilo (3,27 MB) |
