Iskanje po katalogu digitalne knjižnice

Opis: Glavna podtipa kronično vnetne črevesne bolezni (KVČB) sta Crohnova bolezen (CB), za katero so značilna kronična vnetja v celotni prebavni cevi vključno s tankim črevesom in ulcerozni kolitis (UC), kjer je vnetje omejeno pretežno na široko črevo in danko. Primerjalne študije so pokazale, da k razvoju KVČB poleg dejavnikov okolja veliko prispeva tudi genetski faktor. Namen magistrskega dela je bil ugotoviti povezave polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP) na kromosomu 10 s tveganjem za nastanek bolezni pri slovenskih bolnikih s KVČB. Pri raziskavi smo uporabili različne bioinformatske pristope za izbiro potencialnih kandidatnih SNP-jev in genov vključno z analizami asociacijskih študij na celotnem genomu (GWA) ter različne tehnike iz molekularne biologije za laboratorijske analize. Potencialne kandidatne SNP-je smo izbrali iz 16-ih GWA študij, v katerih je bilo potrjenih 13 SNP-jev na kromosomu 10 povezanih s KVČB. Za asociacijsko analizo smo izbrali tri SNP-je iz področja 10p in dva SNP-ja iz področja 10q. Asociacijska analiza, pri kateri smo genotipizacijo izbranih SNP-jev izvedli na 162 zdravih posameznikih in 558 bolnikih s KVČB, je pokazala povezavo med KVČB in SNP-ji rs4934697, rs10509115, rs12777960 in rs2254252. V nadaljnji analizi smo izvedli ekspresijsko študijo izoforme 1 gena CCNY in izoforme 1 gena CREM, ki sta sosednja gena SNP-jev rs12777960 in rs4934697, vendar povezave med geni in izbranima SNP-oma nismo ugotovili. Vsekakor na področju genetike KVČB niso pojasnjeni vsi dejavniki, ki vplivajo na tveganje za razvoj KVČB, vendar pa lahko z odkrivanjem in določanjem novih SNP-jev ter genov, ki povečujejo dovzetnost za razvoj KVČB, omogočimo lažjo napoved bolezni kot tudi lažje načrtovanje diagnostično terapevtskih postopkov in posegov.
Ključne besede: Ključne besede: Kronično vnetna črevesna bolezen, asociacijska študija, ekspresijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija
Objavljeno: 05.10.2010; Ogledov: 3104; Prenosov: 550 
(1 glas)
Celotno besedilo (2,68 MB)

Opis: Laktozna netoleranca je avtosomno recesivna metabolna lastnost, ki je značilna za okrog 75% odraslega svetovnega prebivalstva. Posamezniki z laktozno netoleranco imajo mutacijo -13910C>T v genu LCT, ki povzroči znižano aktivnost encima laktaze, kar onemogoča popolno razgradnjo laktoze na glukozo in galaktozo v tankem črevesu, to pa povzroči neprijetne simptome, predvsem drisko, napenjanje, vetrovi neprijetnega vonja, brbotanje in bolečina v trebuhu. Raziskava opravljena na finski populaciji, je pokazala 100% povezavo med mutiranim CC genotipom in klinično dokazano laktozno netoleranco. V raziskavi smo določili frekvenco mutacije v promotorskem delu gena LCT v slovenski populaciji. V raziskavo smo zajeli 607 naključnih posameznikov, pri katerih smo preverili pogostost posameznega genotipa polimorfizma -13910C>T v genu LCT. Nadalje smo pri naključno izbranih posameznikih s pomočjo anketnega vprašalnika, ki je zajemal 42 vprašanj, preverili prehranske navade. V raziskavi smo iskali povezavo med genotipom polimorfizma -13910C>T v genu LCT, za laktozno netoleranco, s simptomi in vnosom laktoze ter merili ekspresijo gena LCT. Delež oseb z genotipom CC je bil 36,5%, delež oseb z genotipom CT 46,6% ter genotipom TT 16,8%. Pri preiskovancih smo preverili tedenski vnos laktoze ter primerjali vnos laktoze z posameznimi genotipi ter s pojavljanjem simptomov. Preiskovanci z genotipom CC so imeli višji vnos laktoze, kot preiskovanci z genotipoma CT in TT. Med preiskovanci, pri katerih so se simptomi pojavili po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov, je bil vnos laktoze nižji kot pri preiskovancih, pri katerih simptomi se ne pojavijo po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov (p=0,035, OI=-150,8-7,273). Med preiskovanci, ki imajo simptome značilne za laktozno netoleranco, je vnos laktoze prav tako nižji kot pri preiskovancih, ki so mnenja, da se ti simptomi pojavijo po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov (p=0,031, OI=-154,03 - -8,11). V raziskavi smo merili tudi ekspresijo gena LCT v skupini anketiranih preiskovancev. Ekspresija gena LCT je bila med preiskovanci s simptomi bistveno nižja (27,87), kot med preiskovanci, ki nimajo simptomov značilnih za laktozno netoleranco (37,25). Primerjava se je izkazala kot statistično signifikantna (p=0,046). Naša raziskava je ena izmed redkih raziskav, ki ob genotipizaciji preverjajo tudi prehrambene navade preiskovancev, zato bi bilo potrebno naše ugotovitve potrditi in nadgraditi še na večjem številu vzorcev, saj bi bili rezultati tako še bolj zanesljivi. Naše ugotovitve bi lahko pomembno prispevale k razumevanju vpliva vnosa laktoze na izražanje simptomov pri osebah z bolezenskim genotipom CC polimorfizma -13910C>T v genu LCT in v prihodnosti morda prispevale delček k boljšemu poznavanju laktozne netolerance in s tem zmanjšanju težav mnogim posameznikom, ki trpijo zaradi simptomov, ki jih bolezen laktozna netoleranca povzroča.
Ključne besede: Ključne besede: Laktozna netoleranca, LCT, kronična vnetna črevesna bolezen, genska ekspresija, PCR v realnem času
Objavljeno: 14.09.2011; Ogledov: 2467; Prenosov: 165
Celotno besedilo (1,30 MB)

Opis: Astma je kompleksna genetska bolezen s heterogenim fenotipom, ki ni posledica samo posameznih genetskih ali samo okoljskih dejavnikov, ampak prihaja do nje z mešanjem obeh. V diplomski nalogi smo se osredotočili na vlogo endokanabinoidnega sistema v imunskem sistemu, ki sodeluje pri regulaciji številnih fizioloških in patoloških funkcij, prav tako pa je prisoten pri protivnetnem odgovoru imunskega sistema ob različnih boleznih, zato bi lahko bil potencialna tarča za zdravljenje astme. V diplomski nalogi smo primerjali gensko ekspresijo kanabinoidnih receptorjev CNR1 in CNR2 med skupino bolnikov z astmo in kontrolno skupino ter genotipizirali štiri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), za katere smo predvidevali, da bodo povezani z izbranima genoma. Ugotavljali smo, kakšen vpliv imajo izbrani polimorfizmi na klinične parametre pred zdravljenjem z glukokortikoidi in antilevkotrieni in po njem, ter jih primerjali z gensko ekspresijo le-teh. Ekspresijo genov CNR1 in CNR2 smo merili z reakcijo PCR v realnem času v krvnih limfocitih 340 otrok, obolelih za astmo, in 257 zdravih otrok, starih med 5 in 18 let. Bolnike smo razdelili v dve skupini glede na fenotip (alergijsko in nealergijsko obliko). Za genotipizacijo smo uporabili tehniko analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Rezultate smo statistično obdelali s programskim paketom GraphPad Prism 6. Ugotovili smo kar nekaj povezav med polimorfizmi SNP rs4237, rs2229579 in rs2501432 ter genom CNR2, tako s kliničnimi parametri kot z gensko ekspresijo. Polimorfizma SNP rs13197090 nismo povezali z genom CNR1, smo pa ugotovili, da je pri bolnikih z astmo izražanje tega gena izrazito povečano. Tako smo prvi, ki smo ugotovili, da je ekspresija obeh genov izrazito povečana pri bolnikih z astmo in da izbrani polimorfizmi za gen CNR2 vplivajo na delovanje le-tega. Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da imata gena CNR1 in CNR2 pomembno vlogo pri patogenezi astme zato bi lahko v bodoče služila kot biomarkerja v medicinski diagnostiki ter pripomogla h kvalitetnejšemu zdravljenju bolnikov z astmo.
Ključne besede: astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija, kanabinoidni receptor
Objavljeno: 07.09.2015; Ogledov: 1126; Prenosov: 99
Celotno besedilo (2,34 MB)

Opis: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano. Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western. "Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC. Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza
Objavljeno: 16.09.2016; Ogledov: 695; Prenosov: 95
Celotno besedilo (2,76 MB)

Opis: Astma je kompleksna poligenska bolezen dihal. Številne študije so v povezavi z astmo, njenimi značilnostmi ali odzivom na terapijo analizirale že mnogo genov, a se rezultati raziskav med sabo močno razlikujejo, prav tako pa mnogi kandidatni geni identificirani v nedavnih študijah na celotnem genomu (GWA študije) še niso bili potrjeni v neodvisnih replikacijih študijah. Večina GWA študij pri astmi ni analiziralo morebitnih povezav med genotipi in kliničnimi podatki ter odzivom na zdravljenje. Le malo je znanega o funkciji z astmo ali njenimi značilnostmi povezanih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki se nahajajo v nekodirajočih področjih genoma. Namen naše raziskave je bil identificirati nove genetske markerje, ki opredeljujejo resnost astme oz. katerega od njenih podtipov ter vplivajo na odziv na terapije. Nadalje smo v raziskavi želeli ugotoviti, kakšen je vpliv kandidatnih SNP-jev povezanih z astmo in njenimi značilnostmi na ekspresijo bližnjih genov. Prav tako je bil namen študije tudi napoved tveganja za razvoj astme in odziva na terapijo. V študijo smo zajeli 340 otrok z astmo in 276 zdravih posameznikov. Genotipizacijo smo izvedli z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti. Rezultate smo statistično analizirali z uporabo programskega paketa SPSS. Z izdelavo profilov tveganja, izračuna tveganja iz razmerja obetov ter logistično regresijo smo skušali napovedati tveganje za razvoj bolezni ali odziva na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Izbranim genom, ki se nahajajo v bližini nekodirajočih SNP-jev, ki kažejo na pomembno vlogo pri astmi, smo z uporabo kvantitativnega PCR izmerili gensko ekspresijo in analizirali morebitne razlike v ekspresiji med posameznimi fenotipskimi in genotipskimi skupinami. Identificirali smo nove genetske markerje ki imajo pomemben doprinos k dovzetnosti za razvoj astme, vplivajo na njeno težo in fenotip oz. pogojujejo odgovor na različne proti-astmatične terapije. Najpomembnejša odkritja so nove povezave med SNP-ji na oz. v bližini genov SFXN1, SLC22A4 in SLC22A5 ter odgovorom na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Kot prvi smo ugotovili, da delecija na genu CCR5 ter SNP-ja na genih IL4 in GLCCI1 pogojujejo odziv na proti-astmatično terapijo z anti-levkotrieni pri posameznih pod-tipih astme. Identificirali smo nove povezave med SNP-ji na genih CA10, CTNNA3 in SFXN1 in njenimi fenotipskimi značilnostmi. Prav tako je naša raziskava prva neodvisna replikacijska študija nekaterih v nedavnih GWA študijah identificiranih astma SNP-jev; potrdili smo povezavo med SNP-jema na genih CA10 in SGK493 in tveganjem za astmo. Kot prvi smo s povečanim tveganjem za astmo povezali alel C za SNP rs10496195 v intronu gena HK2. Nadaljnja ekspresijska študija je pokazala povečano izražanje izoforme tega gena pri bolnikih z astmo oz. pri osebah z rizičnim alelom C za omenjen SNP. Ugotovili smo da alel C vpliva na spremenjeno razmerje med izoformama transkripta gena HK2 v limfocitih periferne krvi. Nadalje, naši rezultati potrjujejo hipotezo, da gre pri astmi za heterogeno bolezen pri kateri se genetski markerji lahko razlikujejo glede na podtip bolezni, saj mnoge povezave v skupini ne-atopijskih astmatikov niso bile potrjene v skupini atopikov in obratno. Na podlagi rezultatov izračunov napovedi tveganja lahko zaključimo, da zaenkrat genetski testi pri astmi žal še niso dovolj zanesljivi za prenos v klinično prakso. Najvišjo specifičnost (77,7 %) in občutljivost (63,0 %) smo dosegli pri genetskem profilu za napoved tveganja za ne-atopijsko obliko astme, ki vključuje 9 SNP-jev. Vsekakor bo v prihodnje potrebnih še mnogo nadaljnjih raziskav, funkcijskih študij in meta-statističnih analiz, kakorkoli pa lahko rečemo, da pomemben delček pri razumevanju genetskih mehanizmov pri astmi in korak k individualizirani obravnavi bolnikov predstavlja tudi naša študija.
Ključne besede: astma, polimorfizem enega nukleotida, asociacijska študija, genska ekspresija, napoved tveganja
Objavljeno: 22.01.2018; Ogledov: 515; Prenosov: 88
Celotno besedilo (4,05 MB)