Iskanje po katalogu digitalne knjižnice

Opis: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev. V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA. Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Ključne besede: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Objavljeno: 08.10.2020; Ogledov: 248; Prenosov: 44
Celotno besedilo (2,35 MB)

Opis: Astma je kompleksna poligenska bolezen dihal. Številne študije so v povezavi z astmo, njenimi značilnostmi ali odzivom na terapijo analizirale že mnogo genov, a se rezultati raziskav med sabo močno razlikujejo, prav tako pa mnogi kandidatni geni identificirani v nedavnih študijah na celotnem genomu (GWA študije) še niso bili potrjeni v neodvisnih replikacijih študijah. Večina GWA študij pri astmi ni analiziralo morebitnih povezav med genotipi in kliničnimi podatki ter odzivom na zdravljenje. Le malo je znanega o funkciji z astmo ali njenimi značilnostmi povezanih polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki se nahajajo v nekodirajočih področjih genoma. Namen naše raziskave je bil identificirati nove genetske markerje, ki opredeljujejo resnost astme oz. katerega od njenih podtipov ter vplivajo na odziv na terapije. Nadalje smo v raziskavi želeli ugotoviti, kakšen je vpliv kandidatnih SNP-jev povezanih z astmo in njenimi značilnostmi na ekspresijo bližnjih genov. Prav tako je bil namen študije tudi napoved tveganja za razvoj astme in odziva na terapijo. V študijo smo zajeli 340 otrok z astmo in 276 zdravih posameznikov. Genotipizacijo smo izvedli z verižno reakcijo s polimerazo (PCR), ki ji je sledil polimorfizem dolžin restrikcijskih fragmentov ali analiza talilne krivulje visoke ločljivosti. Rezultate smo statistično analizirali z uporabo programskega paketa SPSS. Z izdelavo profilov tveganja, izračuna tveganja iz razmerja obetov ter logistično regresijo smo skušali napovedati tveganje za razvoj bolezni ali odziva na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Izbranim genom, ki se nahajajo v bližini nekodirajočih SNP-jev, ki kažejo na pomembno vlogo pri astmi, smo z uporabo kvantitativnega PCR izmerili gensko ekspresijo in analizirali morebitne razlike v ekspresiji med posameznimi fenotipskimi in genotipskimi skupinami. Identificirali smo nove genetske markerje ki imajo pomemben doprinos k dovzetnosti za razvoj astme, vplivajo na njeno težo in fenotip oz. pogojujejo odgovor na različne proti-astmatične terapije. Najpomembnejša odkritja so nove povezave med SNP-ji na oz. v bližini genov SFXN1, SLC22A4 in SLC22A5 ter odgovorom na terapijo z inhalacijskimi glukokortikoidi. Kot prvi smo ugotovili, da delecija na genu CCR5 ter SNP-ja na genih IL4 in GLCCI1 pogojujejo odziv na proti-astmatično terapijo z anti-levkotrieni pri posameznih pod-tipih astme. Identificirali smo nove povezave med SNP-ji na genih CA10, CTNNA3 in SFXN1 in njenimi fenotipskimi značilnostmi. Prav tako je naša raziskava prva neodvisna replikacijska študija nekaterih v nedavnih GWA študijah identificiranih astma SNP-jev; potrdili smo povezavo med SNP-jema na genih CA10 in SGK493 in tveganjem za astmo. Kot prvi smo s povečanim tveganjem za astmo povezali alel C za SNP rs10496195 v intronu gena HK2. Nadaljnja ekspresijska študija je pokazala povečano izražanje izoforme tega gena pri bolnikih z astmo oz. pri osebah z rizičnim alelom C za omenjen SNP. Ugotovili smo da alel C vpliva na spremenjeno razmerje med izoformama transkripta gena HK2 v limfocitih periferne krvi. Nadalje, naši rezultati potrjujejo hipotezo, da gre pri astmi za heterogeno bolezen pri kateri se genetski markerji lahko razlikujejo glede na podtip bolezni, saj mnoge povezave v skupini ne-atopijskih astmatikov niso bile potrjene v skupini atopikov in obratno. Na podlagi rezultatov izračunov napovedi tveganja lahko zaključimo, da zaenkrat genetski testi pri astmi žal še niso dovolj zanesljivi za prenos v klinično prakso. Najvišjo specifičnost (77,7 %) in občutljivost (63,0 %) smo dosegli pri genetskem profilu za napoved tveganja za ne-atopijsko obliko astme, ki vključuje 9 SNP-jev. Vsekakor bo v prihodnje potrebnih še mnogo nadaljnjih raziskav, funkcijskih študij in meta-statističnih analiz, kakorkoli pa lahko rečemo, da pomemben delček pri razumevanju genetskih mehanizmov pri astmi in korak k individualizirani obravnavi bolnikov predstavlja tudi naša študija.
Ključne besede: astma, polimorfizem enega nukleotida, asociacijska študija, genska ekspresija, napoved tveganja
Objavljeno: 22.01.2018; Ogledov: 881; Prenosov: 136
Celotno besedilo (4,05 MB)

Opis: Astma je kronična vnetna bolezen dihal, pri kateri se pod vplivom različnih dražljajev zožijo dihalne poti, pojavi se njihovo kronično vnetje in nabiranje sluzi v bronhijih. Vse to vodi v oteženo dihanje, občutek stiskanja prsnega koša in kašljanja, predvsem sredi noči ali zgodaj zjutraj. V diplomski nalogi smo se osredotočili na ex vivo proučevanje endokanabinoidnega sistema pri imunskem odzivu bolnikov z astmo in predlagali alternative trenutnim načinom zdravljenja s protivnetnimi (ti. preprečevalci) in bronhodilatornimi (ti. olajševalci) zdravili. Zanimal nas je učinek agonistov in antagonistov kanabinoidnih receptorjev CB1 in CB2 na izražanje citokinov in obeh receptorjev. V ta namen smo v limfoidnih celičnih kulturah bolnikov z astmo in zdravih posameznikov izmerili izražanje genov CNR1, CNR2, IL4, IL5, IL6, IL8, IL10 in CSF2 v odvisnosti od tretiranja z različnimi sintetičnimi kanabinoidi. Da bi ex vivo simulirali vnetno okolje smo celične kulture gojili v prisotnosti dejavnika tumorske nekroze-α (TNF), ki se je v različnih raziskavah izkazal kot pomemben posrednik vnetnega odgovora. Za najbolj optimalne rezultate gojenja celičnih kultur iz vzorcev astmatičnih bolnikov in zdravih posameznikov, smo najprej izvedli optimizacijo koncentracije uporabljenega TNF in časa njegove inkubacije ter optimalne koncentracije uporabljenih sintetičnih kanabinoidov, pri čemer nam je kot merilo služila stopnja izražanja genov. Med samo optimizacijo parametrov nismo potrdili predpostavljene odvisnosti izražanja CNR2 od učinkov TNF, zato načrtovanega tretiranja z njegovimi agonisti in antagonisti nismo izvedli. V celičnih kulturah tretiranih z ACEA (sintetični agonist receptorja CB1) smo pri vzorcih astmatičnih bolnikov izmerili povišano ekspresijo IL5 v primerjavi z netretiranimi celicami in celicami zdravih posameznikov. V astmatičnih vzorcih je bila povišina tudi ekspresija genov CNR1 in IL4 v primerjavi z zdravimi posamezniki, vendar ni bilo učinka ACEA. S tretiranjem celic z AM251 (sintetični antagonist receptorja CB1) smo potrdili, da učinki ACEA dejansko potekajo preko CB1 receptorja. Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da kanabinoidi z učinkom na izražanje citokinov lahko vplivajo na delovanje vnetnega procesa pri bolnikih obolelih za astmo, zato bi lahko v prihodnosti služili kot pomembne farmakološke učinkovine za zdravljenje astme.
Ključne besede: astma, kanabinoidi, kanabinoidni receptorji, citokini, dejavnik tumorske nekroze alfa, periferne mononuklearne celice, genska ekspresija
Objavljeno: 16.09.2016; Ogledov: 1039; Prenosov: 55
Celotno besedilo (30,70 MB)

Opis: Astma je kompleksna genetska bolezen s heterogenim fenotipom, ki ni posledica samo posameznih genetskih ali samo okoljskih dejavnikov, ampak prihaja do nje z mešanjem obeh. V diplomski nalogi smo se osredotočili na vlogo endokanabinoidnega sistema v imunskem sistemu, ki sodeluje pri regulaciji številnih fizioloških in patoloških funkcij, prav tako pa je prisoten pri protivnetnem odgovoru imunskega sistema ob različnih boleznih, zato bi lahko bil potencialna tarča za zdravljenje astme. V diplomski nalogi smo primerjali gensko ekspresijo kanabinoidnih receptorjev CNR1 in CNR2 med skupino bolnikov z astmo in kontrolno skupino ter genotipizirali štiri polimorfizme posameznega nukleotida (SNP), za katere smo predvidevali, da bodo povezani z izbranima genoma. Ugotavljali smo, kakšen vpliv imajo izbrani polimorfizmi na klinične parametre pred zdravljenjem z glukokortikoidi in antilevkotrieni in po njem, ter jih primerjali z gensko ekspresijo le-teh. Ekspresijo genov CNR1 in CNR2 smo merili z reakcijo PCR v realnem času v krvnih limfocitih 340 otrok, obolelih za astmo, in 257 zdravih otrok, starih med 5 in 18 let. Bolnike smo razdelili v dve skupini glede na fenotip (alergijsko in nealergijsko obliko). Za genotipizacijo smo uporabili tehniko analize talilne krivulje visoke ločljivosti (HRM). Rezultate smo statistično obdelali s programskim paketom GraphPad Prism 6. Ugotovili smo kar nekaj povezav med polimorfizmi SNP rs4237, rs2229579 in rs2501432 ter genom CNR2, tako s kliničnimi parametri kot z gensko ekspresijo. Polimorfizma SNP rs13197090 nismo povezali z genom CNR1, smo pa ugotovili, da je pri bolnikih z astmo izražanje tega gena izrazito povečano. Tako smo prvi, ki smo ugotovili, da je ekspresija obeh genov izrazito povečana pri bolnikih z astmo in da izbrani polimorfizmi za gen CNR2 vplivajo na delovanje le-tega. Iz dobljenih rezultatov je mogoče sklepati, da imata gena CNR1 in CNR2 pomembno vlogo pri patogenezi astme zato bi lahko v bodoče služila kot biomarkerja v medicinski diagnostiki ter pripomogla h kvalitetnejšemu zdravljenju bolnikov z astmo.
Ključne besede: astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida, genotipizacija, genska ekspresija, kanabinoidni receptor
Objavljeno: 07.09.2015; Ogledov: 1600; Prenosov: 125
Celotno besedilo (2,34 MB)

Opis: Laktozna netoleranca je avtosomno recesivna metabolna lastnost, ki je značilna za okrog 75% odraslega svetovnega prebivalstva. Posamezniki z laktozno netoleranco imajo mutacijo -13910C>T v genu LCT, ki povzroči znižano aktivnost encima laktaze, kar onemogoča popolno razgradnjo laktoze na glukozo in galaktozo v tankem črevesu, to pa povzroči neprijetne simptome, predvsem drisko, napenjanje, vetrovi neprijetnega vonja, brbotanje in bolečina v trebuhu. Raziskava opravljena na finski populaciji, je pokazala 100% povezavo med mutiranim CC genotipom in klinično dokazano laktozno netoleranco. V raziskavi smo določili frekvenco mutacije v promotorskem delu gena LCT v slovenski populaciji. V raziskavo smo zajeli 607 naključnih posameznikov, pri katerih smo preverili pogostost posameznega genotipa polimorfizma -13910C>T v genu LCT. Nadalje smo pri naključno izbranih posameznikih s pomočjo anketnega vprašalnika, ki je zajemal 42 vprašanj, preverili prehranske navade. V raziskavi smo iskali povezavo med genotipom polimorfizma -13910C>T v genu LCT, za laktozno netoleranco, s simptomi in vnosom laktoze ter merili ekspresijo gena LCT. Delež oseb z genotipom CC je bil 36,5%, delež oseb z genotipom CT 46,6% ter genotipom TT 16,8%. Pri preiskovancih smo preverili tedenski vnos laktoze ter primerjali vnos laktoze z posameznimi genotipi ter s pojavljanjem simptomov. Preiskovanci z genotipom CC so imeli višji vnos laktoze, kot preiskovanci z genotipoma CT in TT. Med preiskovanci, pri katerih so se simptomi pojavili po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov, je bil vnos laktoze nižji kot pri preiskovancih, pri katerih simptomi se ne pojavijo po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov (p=0,035, OI=-150,8-7,273). Med preiskovanci, ki imajo simptome značilne za laktozno netoleranco, je vnos laktoze prav tako nižji kot pri preiskovancih, ki so mnenja, da se ti simptomi pojavijo po zaužitju mleka in mlečnih izdelkov (p=0,031, OI=-154,03 - -8,11). V raziskavi smo merili tudi ekspresijo gena LCT v skupini anketiranih preiskovancev. Ekspresija gena LCT je bila med preiskovanci s simptomi bistveno nižja (27,87), kot med preiskovanci, ki nimajo simptomov značilnih za laktozno netoleranco (37,25). Primerjava se je izkazala kot statistično signifikantna (p=0,046). Naša raziskava je ena izmed redkih raziskav, ki ob genotipizaciji preverjajo tudi prehrambene navade preiskovancev, zato bi bilo potrebno naše ugotovitve potrditi in nadgraditi še na večjem številu vzorcev, saj bi bili rezultati tako še bolj zanesljivi. Naše ugotovitve bi lahko pomembno prispevale k razumevanju vpliva vnosa laktoze na izražanje simptomov pri osebah z bolezenskim genotipom CC polimorfizma -13910C>T v genu LCT in v prihodnosti morda prispevale delček k boljšemu poznavanju laktozne netolerance in s tem zmanjšanju težav mnogim posameznikom, ki trpijo zaradi simptomov, ki jih bolezen laktozna netoleranca povzroča.
Ključne besede: Ključne besede: Laktozna netoleranca, LCT, kronična vnetna črevesna bolezen, genska ekspresija, PCR v realnem času
Objavljeno: 14.09.2011; Ogledov: 2914; Prenosov: 184
Celotno besedilo (1,30 MB)