1. Genetska variabilnost populacije navadne lisice (Vulpes vulpes) v Bosni in Hercegovini : master thesisAnida Devedžić, 2023, magistrsko delo Opis: Navadna lisica, Vulpes vulpes (red Carnivora, družina Canidae), je globalno razširjena, nenomadska vrsta, ki kaže izjemno prilagodljivost različnim habitatom in virom hrane. Domorodna je v Evropi, Aziji in Severni Ameriki. V magistrskem delu smo preučili genetsko sestavo rdečih lisic v topografsko raznolikem okolju Bosne in Hercegovine (BiH), pri čemer smo uporabili 7 mikrosatelitskih markerjev. V primerjalne namene smo prav tako vključili vzorce iz Slovenije. Uspešno smo izolirali DNA in genotipirali 59 vzorcev navadnih lisic z znano lokacijo vzorčenja. Genetska struktura preučevanih populacij je povezana s topografijo, povezanostjo habitata in gostoto navadnih lisic. Slovenske populacije navadnih lisic kažejo večjo alelično raznolikost in opaženo heterozigotnost v primerjavi s populacijami v BiH ter drugimi evropskimi populacijami, kot so avstrijske, hrvaške in italijanske. Prostorska združevanja kažejo na diferenciacijo v štiri geografsko sosednje skupine, dve v BiH in dve v Sloveniji.
Z analizo povezav genetskih faktorjev smo pridobili bolj podrobno genetsko strukturo populacije navadnih lisic v BiH in s tem tudi stanje populacije, kar je pomembno za načrtovanje upravljanja s to vrsto.
Ključne besede: navadna lisica (Vulpes vulpes), mikrosateliti, genetska variabilnost, Bosna in Hercegovina
Objavljeno v DKUM: 23.11.2023; Ogledov: 380; Prenosov: 34
 Celotno besedilo (1,87 MB) |
2. GENETSKA VARIABILNOST TOKSINSKEGA LOKUSA CdtLoc PRI RAZLIČNIH TOKSINOTIPIH BAKTERIJE Clostridium difficileTanja Rikanović, 2016, magistrsko delo Opis: Izhodišča: Clostridium difficile, črevesna patogena bakterija, je ena izmed najpomembnejših povzročiteljev bolnišničnih okužb na svetu. Bolezen povzročajo toksigeni sevi, ki izdelujejo toksin A in/ali toksin B. Oba sta zapisana na toksinskem lokusu PaLoc. PaLoc se nahaja v bakterijskem kromosomu in je zelo dobro raziskan genetski element. Glede na razlike v PaLoc-u lahko seve razdelimo v različne toksinotipe. Nekateri sevi C. difficile izdelujejo še tretji toksin, binarni toksin CDT, katerega vloga pri razvoju bolezni pa še ni povsem pojasnjena, vendar zadnje raziskave potrjujejo, da postaja pomemben člen v patogenezi okužbe s C. difficile. Zapis za binarni toksin se prav tako nahaja v kromosomu, na lokusu imenovanem lokus Cdt (CdtLoc), ki je mnogo slabše raziskan kot PaLoc.
Metodologija: V raziskavi smo z bioinformatskimi orodji (Artemis, BioEdit Sequence Alignment Editor in MEGA) analizirali lokus Cdt in gene, ki se nahajajo navzgor in navzdol od CdtLoc-a, ter tako preverili ali se nahaja vedno na istem mestu v genomu. Genetsko variabilnost genov, ki sestavljata CdtLoc (cdtA in cdtB) smo določili na nukleotidnem in aminokislinskem zaporedju. Sorodnosti med sevi smo predstavili s konstrukcijo filogenetskih dreves za kar smo uporabili algoritem združevanja sosedov.
Rezultati: Ugotovili smo, da lokus Cdt pri vseh predstavnikih toksinotipov vključenih v analizo leži na istem mestu v kromosomu. Analiza nukleotidnega in aminokislinskega zaporedja nam je pokazala, da se v genih, ki sestavljata CdtLoc, pojavljajo le točkovne mutacije, ki so večinoma enakomerno razporejene po celotni dolžini gena, rahlo je povišano le njihovo število na 5'-koncu cdtB gena. Filogenetska analiza na podlagi vseh treh genov, ki sestavljajo CdtLoc in združenih MLST lokusov, pa je pokazala enake sorodstvene odnose med sevi.
Sklep: Naši rezultati kažejo, da se CdtLoc nahaja vedno na istem mestu v genomu in da k variabilnosti obeh toksinskih genov največ prispevajo točkovne mutacije. Glede na ujemanje filogenetskih dreves na podlagi genov CdtLoc-a in MLST lahko sklepamo, da se lokus Cdt verjetno prenaša primarno vertikalno.
Ključne besede: Clostridium difficile, binarni toksin, toksinski lokus CdtLoc, genetska variabilnost, toksinotip.
Objavljeno v DKUM: 01.09.2016; Ogledov: 2902; Prenosov: 142
Celotno besedilo (1,99 MB) |
3. Potencialni vpliv fragmentacije habitata na viabilnost osebkov na primeru votlega petelinčka Corydalis cava, (L.) Schweigger & Koerte; FumariaceaeAndreja Kosi, 2013, magistrsko delo Opis: Namen naše raziskave je bil s pomočjo vzorčenja in proučevanja nekaterih enostavnih morfološko-funkcionalnih parametrov (višina rastlin, masa semen, število semen na plod, število plodov na rastlino) na primerkih vrste C. cava na treh geografsko različnih območjih (UZ Maribor, Spodnji Duplek, Pavlovci) pokazati negativni vpliv fragmentacije habitatov in populacij na te morfometrične parametre. S tem smo nakazali na zmanjšano viabilnost primerkov kot posledico fragmentacije. V raziskavo smo vključili popise, ki smo jih naredili leta 2006. Takrat je bilo na območju UZ Maribor najdenih 60 poligonov z vrsto C. cava. Na 3 poligonih so bila najdena rastišča tako belih kot tudi vijoličnocvetnih predstavnikov, na preostalih 57 poligonih pa le vijoličnocvetni predstavniki vrste. Na podlagi opravljenih popisov območja UZ Maribor smo ugotovili 6,7 % izgubo habitata vrste C. cava v le štirih letih. Ugotovili smo, da je število cvetočih osebkov C. cava v habitatnih fragmentih znotraj UZ Maribor odvisno od površine fragmenta. Število plodov na rastlino in masa semen kot najenostavnejša reproduktivna znaka izražata manjše vrednosti v maloštevilnih populacijah. Ugotovili smo, da se belocvetni primerki pojavljajo le znotraj velikih površin in da jih na manjših fragmentiranih površinah ni zaslediti. S tem sklepamo na negativni vpliv genetskega zdrsa ter na dolgoročno zmanjšanje variabilnosti v populaciji. Višina rastlin je v upadu pri obeh barvah. V upadu je tako število plodov na rastlino kot tudi število semen na plod, kar izraziteje velja za vijoličnocvetne primerke vrste. Tehtanje semen je pokazalo porast mase semen, kar je edini znak, v katerem je zazanati povišanje vrednosti na fragmentirani lokaciji v Spodnjem Dupleku.
Ključne besede: fragmentacija habitata, inbriding, genetski drift, morfološko-funkcionalne poteze, rastlin, genetska variabilnost, Corydalis cava, metoda vzorčenja in morfometrije, Slovenija (UZ Maribor, Spodnji Duplek, Pavlovci)
Objavljeno v DKUM: 11.09.2013; Ogledov: 2978; Prenosov: 195
Celotno besedilo (2,44 MB) |
