Iskanje po katalogu digitalne knjižnice

Opis: Razvoj raka debelega črevesa in danke je večstopenjski proces, pri katerem se karcinom razvije skozi leta iz sprememb na steni črevesa – polipov. Nove raziskave se osredotočajo na posebne strategije za diagnozo in odkrivanje RDČD, kot je iskanje molekularnih označevalcev. Za opravljanje takšnih genetskih raziskav, med katere spada analiza diferenčnega izražanja genov, uporabljamo metode in algoritme bioinformatike. V okviru empiričnega dela smo opravili raziskavo, ki je temeljila tako na kvantitativni kot kvalitativni metodologiji raziskovanja. Iz podatkovne baze Omnibus smo s pomočjo programskega jezika Python in R identificirali diferenčno izražene gene pri RDČD. Izbira kandidatnih genov je bila izvedena s pomočjo bioinformatskih programov The human protein atlas, KEGG, DAVID in Enrichr. Kot možne molekularne označevalce smo izbrali gene REG4, AQP8, SLC4A4, TAOK1, IL1RN in INSL5, za raziskavo katerih je sledilo praktično laboratorijsko delo. V svoji študiji smo uporabili klinične vzorce 97 pacientov s spremenjeno patologijo in 25 pacientov z normalno sluznico, iz katerih se je izolirala RNK in izvedla RT-PCR z uporabo sond TaqMan. Rezultati analize ekspresije genov so odkrili gene AQP8, SLC4A4, TAOK1 in REG4 kot potencialne nove biološke označevalce pri RDČD. Zanje je bila odkrita statistično značilna razlika v izražanju pri patološkem tkivu polipov v primerjavi z normalno sluznico. Gena IL1RN in INSL5 se nista pokazala za primerna biološka označevalca. Bioinformatika raka in iskanje novih molekularnih označevalcev je eden najbolj kritičnih in uporabnih pristopov k medicini za klinične raziskave ter izboljšanje rezultatov bolnikov z RDČD.
Ključne besede: rak debelega črevesa in danke, presejanje, diferenčno izražanje genov, molekularni biološki označevalec, bioinformatika.
Objavljeno v DKUM: 19.12.2022; Ogledov: 661; Prenosov: 86
Celotno besedilo (1,66 MB)