| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 2 / 2
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Ligand-based virtual screening interface between PyMOL and LiSiCA
Athira Dilip, Samo Lešnik, Tanja Štular, Dušanka Janežič, Janez Konc, 2016, izvirni znanstveni članek

Opis: Ligand-based virtual screening of large small-molecule databases is an important step in the early stages of drug development. It is based on the similarity principle and is used to reduce the chemical space of large databases to a manageable size where chosen ligands can be experimentally tested. Ligand-based virtual screening can also be used to identify bioactive molecules with different basic scaffolds compared to already known bioactive molecules, thus having the potential to increase the structural variability of compounds. Here, we present an interface between the popular molecular graphics system PyMOL and the ligand-based virtual screening software LiSiCA available at http://insilab.org/lisica-plugin and demonstrate how this interface can be used in the early stages of drug discovery process.
Ključne besede: LiSiCa, PyMOL, informatics, applications
Objavljeno: 27.06.2017; Ogledov: 264; Prenosov: 157
.pdf Celotno besedilo (1,26 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

2.
Računalniško načrtovanje terapevtskih proteinov
Žan Smrekar, 2019, diplomsko delo

Opis: Z uporabo računalniških programov in simulacij lahko predvidimo in predstavimo situacijo iz resničnega sveta oziroma se ji precej približamo. Kompleksnejše simulacije modelirajo potek interakcij, ki so ključne pri razumevanju delovanja in razvoju novih zdravilnih učinkovin. Pri zdravljenju rakavih bolezni postaja vse pomembnejša uporaba imunoterapije, kjer gre za pristop k zdravljenju raka z uporabo terapevtskih proteinov oziroma bioloških zdravil, ki izboljšajo in obnovijo človeški imunski sistem. Med biološka telesa spadajo tudi monoklonska protitelesa (rituksimab, pembrolizumab, obinutuzumab ...), ki lahko delujejo na različne načine. Pogosto se uporabljajo kot inhibitorji rakastih celic, agonisti ali signalne molekule. Protitelesa delujejo v zdravstvu popolnoma zadovoljivo, vendar obstajajo primeri, ko ne dosežejo želenega učinka in imajo negativne stranske učinke. Zaradi takšnih primerov se v uporabo vključujejo novi terapevtski proteini afimeri. V primerjavi s protitelesi gre za manjše proteine, ki se vežejo na tarčne molekule s podobno afiniteto in jih generirajo ter proizvajajo s procesi, za katere ne potrebujejo živih organizmov. V diplomski nalogi smo se osredotočili na protitelesa, ki tarčno delujejo na receptor CD20, izražen na površini limfocitov B. Naša naloga je bila računalniško načrtovati terapevtski protein afimer s podobno vezavo in afiniteto. Problema smo se lotili s pomočjo računalniških programov. Ustrezna monoklonska protitelesa smo poiskali z uporabo spletnega strežnika ProBiS. Za analizo in grafični pregled vezavnih mest smo uporabili računalniški program PyMol in za modeliranje končne konformacije afimera vključili vtičnik PyMod 2.0. V diplomskem delu je prikazano računalniško modeliranje afimera, ki se veže na epitop človeškega receptorja CD20 s podobno afiniteto, kot je vezava med receptorjem in protitelesi.
Ključne besede: imunoterapija, monoklonska protitelesa, afimer, receptor CD20, PyMol, ProBiS
Objavljeno: 10.10.2019; Ogledov: 79; Prenosov: 17
.pdf Celotno besedilo (5,92 MB)

Iskanje izvedeno v 0.05 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici