1. The antimicrobial effect of various single-strain and multi-strain probiotics, dietary supplements or other beneficial microbes against common clinical wound pathogensSabina Fijan, Primož Kocbek, Andrej Steyer, Polona Maver Vodičar, Maja Strauss, 2022, izvirni znanstveni članek Opis: The skin is the largest organ in the human body and is colonized by a diverse microbiota that works in harmony to protect the skin. However, when skin damage occurs, the skin microbiota is also disrupted, and pathogens can invade the wound and cause infection. Probiotics or other beneficial microbes and their metabolites are one possible alternative treatment for combating skin pathogens via their antimicrobial effectiveness. The objective of our study was to evaluate the antimicrobial effect of seven multi-strain dietary supplements and eleven single-strain microbes that contain probiotics against 15 clinical wound pathogens using the agar spot assay, co-culturing assay, and agar well diffusion assay. We also conducted genera-specific and species-specific molecular methods to detect the DNA in the dietary supplements and single-strain beneficial microbes. We found that the multi-strain dietary supplements exhibited a statistically significant higher antagonistic effect against the challenge wound pathogens than the single-strain microbes and that lactobacilli-containing dietary supplements and single-strain microbes were significantly more efficient than the selected propionibacteria and bacilli. Differences in results between methods were also observed, possibly due to different mechanisms of action. Individual pathogens were susceptible to different dietary supplements or single-strain microbes. Perhaps an individual approach such as a ‘probiogram’ could be a possibility in the future as a method to find the most efficient targeted probiotic strains, cell-free supernatants, or neutralized cell-free supernatants that have the highest antagonistic effect against individual clinical wound pathogens.
Ključne besede: probiotics, beneficial microbes, wound pathogens, skin pathogens, agar spot, co-culturing, agar well diffusion, molecular methods, PCR
Objavljeno v DKUM: 23.10.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 3
 Celotno besedilo (3,21 MB) |
2. Osamitev in karakterizacija bakterije clostridioides difficile iz vzorcev komposta in iztrebkov malih sesalcev : magistrsko delo študijskega programa 2. stopnjeKlemen Tršinar, 2024, magistrsko delo Opis: Clostridioides difficile je Gram pozitivna, striktno anaerobna bakterija, ki tvori zelo odporne spore, in velja za eno najpomembnejših človeških črevesnih patogenih bakterij. Čeprav so najbolj raziskan rezervoar bakterije bolnišnična okolja, se v zadnjem času zaradi pogostejših okužb izven bolnišnic pojavlja več raziskav o okoljskih rezervoarjih. Spore, ki jih tvori bakterija, so odporne na različne kemične in fizikalne dejavnike ter se lahko prenašajo med različnimi okolji. Prisotne so v prsti, vodi, domačih kompostnikih, rečnih sedimentih, našli so jih na površinah v gospodinjstvih, podplatih obuval in šapah domačih živali. V okviru magistrske naloge smo preverili pogostost in raznolikost PCR-ribotipov v vzorcih komposta in iztrebkih malih sesalcev. Okrog vsakega od treh kompostnikov smo nastavili 6-8 živolovnih pasti za male sesalce. Vzporedno z ulovljenimi malimi sesalci smo vzorčili kompostnike na treh vzorčnih mestih. Skupno smo tako zbrali 9 vzorcev komposta in 16 vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Male sesalce smo determinirali do vrste in jih izpustili nazaj v okolje. Za nadaljnjo analizo smo uporabili le njihove iztrebke. Na bakterijo C. difficile je bilo pozitivnih vseh 9 vzorcev komposta in 2 vzorca iztrebkov malih sesalcev, kar je predstavljalo 12,5 % vseh vzorcev malih sesalcev. Skupno smo osamili 103 izolata, 91 iz vzorcev komposta in 12 iz vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Izolate smo razvrstili v 10 različnih PCR-ribotipov. Toksigen je bil samo en PCR-ribotip, in sicer 014/020, ki je pripadal toksinotipu 0. Iz iztrebkov smo osamili dva različna PCR-ribotipa. PCR-ribotip SLO 308 smo izolirali tako iz iztrebka malega sesalca kot iz vzorca komposta na isti lokaciji, kar nakazuje na možen prenos C. difficile med malimi sesalci in kompostom.
Ključne besede: Clostridioides difficile, osamitev, mali sesalci, kompost, Eno zdravje, molekularna karakterizacija, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 24.09.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 44
Celotno besedilo (4,31 MB) |
3. Detection of vkorc1 polymorphism : comparison of polymerase chain reaction/restriction fragment length polymorphism (pcr + rflp) with allele-specific polymerase chain reactionŠpela Stangler Herodež, Nastja Stankovič, Boris Zagradišnik, Alenka Erjavec Škerget, Nadja Kokalj-Vokač, 2013, izvirni znanstveni članek Opis: Purpose: The VKORC1 polymorphism is an important genetic factor affecting warfarin dose requirement. Patients require different warfarin doses in order to achieve the target therapeutic anticoagulation. The aim of our study was to determine the frequency of single nucleotide polymorphisms (SNP) in the VKORC1gene in the general population, using a simple, rapid, and economical method. Methods: For genotyping, the restriction fragment length polymorphism (RFLP) of polymerase chain reaction (PCR) amplified DNA was used and compared to allele specific polymerase chain reaction. We genotyped 441 DNA samples obtained from the healthy general population in North Eastern Slovenia. Genotypes for the tested group were evaluated to determine whether the population followed the Hardy Weinberg equilibrium. The genotypes and allele frequencies were calculated. Results: The results obtained using the allele specific polymerase chain reaction were consistent with those obtained using the PCR + RFLP method. The G allele frequency (0.62) was higher than the A allele frequency (0.38) in the general population from North Eastern Slovenia. Conclusions: The PCR+RFLP method involved additional manipulation of the PCR products at the expense of analysis time, consumption of reagents and equipment. The allele specific polymerase chain reaction was a simple and rapid method for the detection of SNP in theVKORC1 gene, and is available in any laboratory with the minimum of equipment and reagents required.
Ključne besede: VKORC1, varfarin, PCR, RFLP, alelno specifična verižna reakcija s polimerazo
Objavljeno v DKUM: 12.04.2024; Ogledov: 163; Prenosov: 6
Celotno besedilo (468,47 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...
Gradivo je zbirka in zajema 1 gradivo! |
4. Osamitev in identifikacija psihrofilnih in psihrotolerantnih bakterij in gliv iz Triglavskega ledenika in ledenika pod SkutoMaša Jarčič, 2021, magistrsko delo Opis: Ledeniki so dolgo veljali za abiotska okolja. Novejše raziskave pa kažejo, da so ledeniki posebni in dinamični mikrobni habitati, kjer uspevajo različni psihrofilni in psihotolerantni mikroorganizmi. Zaradi globalnega segrevanja se visokogorski ledeniki pospešeno talijo. S tem izginjajo okolja, v katerih so se preko tisočletij uspešno razvijale mikrobne združbe v relativno stabilnih pogojih. Mikroorganizmi, ki naseljujejo ledenike, so razvili vrsto prilagoditev na življenje pri nizkih temperaturah in na ciklična zamrzovanja in odtaljevanja. V Sloveniji trenutno obstajata dva ledenika. Triglavski ledenik leži v Julijskih Alpah, na severovzhodnem pobočju najvišjega vrha v državi, Triglava. Ledenik pod Skuto leži dobrih petdeset kilometrov vzhodneje ter nekaj 100 m južneje od Triglavskega ledenika. Vzorčenje na obeh ledenikih je potekalo v septembru 2018. Iz obeh ledenikov smo aseptično odvzeli tri vzorce ledu iz treh različnih lokacij, jih stalili in filtrirali ter filtre inkubirali na štirih različnih gojiščih primernih za rast gliv ter na enem gojišču za bakterije pri temperaturi 15 °C. Skupno smo osamili 181 glivnih izolatov, ki se uvrščajo v 19 rodov ter 66 bakterijskih izolatov, ki se uvrščajo v 22 rodov.
Ključne besede: Triglavski ledenik, ledenik pod Skuto, ledeniki, psihrofili, psihrotoleranti, mikroorganizmi, bakterije, glive, izolacija, identifikacija, PCR, ITS.
Objavljeno v DKUM: 23.03.2021; Ogledov: 1527; Prenosov: 115
Celotno besedilo (3,15 MB) |
5. Razporeditev genotipov človeških papilomavirusov v različnih oblikah kožnih bradavicVesna Breznik, 2020, doktorska disertacija Opis: Poznavanje razporeditve vzročnih genotipov HPV v najpogostejših kliničnih tipih kožnih bradavic (KB) je izjemno pomembno za razvoj preventivnih cepiv proti kožnim genotipom HPV. V tej raziskavi so bili na osnovi ocenjenih virusnih bremen opredeljeni vzročni genotipi HPV v 203 sveže zamrznjenih tkivnih vzorcih histopatološko potrjenih KB - 185 navadnih (NB) in 18 plantarnih bradavicah (PB), ki so bile odvzete skupno 138 imunsko-kompetentnim bolnikom. Vsi tkivni vzorci so bili s tipsko specifično kvantitativno verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (PCR) testirani na najpogostejše Alphapapillomaviruse (Alpha-PV) ki so potencialni povzročitelji KB (HPV-2/-27/-57) in Mu-PV (HPV-1/-63/-204) ter s konvencionalnim širokospektralnim PCR-jem za opredeljevanje prisotnosti 23 nizkorizičnih HPV. Deoksiribonukleinska kislina HPV je bila identificirana v 176/185 (95 %) NB in v vseh PB. Na podlagi ocenjenih virusnih bremen večine opredeljenih genotipov HPV in določene mejne vrednosti pri eni virusni kopiji/celico so bili v tej raziskavi kot potencialni povzročitelji kožnih sprememb (vzročni genotipi HPV) opredeljeni HPV-2/-27/-57 (v približno treh četrtinah NB in v dveh tretjinah PB) ter HPV-1 (v 4 % NB in v eni tretjini PB). Čeprav so bile sočasne okužbe z več genotipi HPV identificirane v približno eni tretjini NB in PB, so bile potencialne vzročne so-okužbe opredeljene v samo 2 % NB, medtem ko jih v vzorcih PB nismo zaznali. Naše ugotovitve nakazujejo na nekoliko različno razporeditev potencialnih vzročnih genotipov HPV-2/-27-/57 in HPV-1 v NB in PB, s predominanco genotipa HPV1 za plantarno lokacijo, kar potrjuje potrebo po vključitvi virusom podobnih delcev genotipov HPV-2/-27-/57/-1 v bodoče cepivo proti kožnim genotipom HPV.
Ključne besede: človeški papilomavirusi, HPV, genotip, rod, kožne bradavice, navadne bradavice, plantarne bradavice, virusno breme, citopatogeni učinek, histopatologija, PCR, genotipizacija, inkluzije
Objavljeno v DKUM: 05.02.2021; Ogledov: 1020; Prenosov: 104
Celotno besedilo (2,31 MB) |
6. |
7. Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridium difficile iz rečnih sedimentovJan Horvat, 2020, magistrsko delo Opis: Po Gramu pozitivna anaerobna bakterija Clostridioides (Clostridium) difficile je pogosta
povzročiteljica bolnišničnih črevesnih okužb. V zadnjih letih se povečuje število okužb v
domačem okolju pri populaciji, ki je bila v preteklosti prepoznana po nizkem tveganju
za okužbo. Bakterija tvori odporne endospore, ki ji omogočajo preživetje zunaj
gostitelja. Okolje predstavlja enega od možnih rezervoarjev C. difficile. Namen naše
naloge je bil raziskati pogostnost bakterije C. difficile v rečnem sedimentu. Vzorčeno je
bilo na treh lokacijah vzdolž reke Drave v jesenskem in zimskem letnem času. Skupno je
bilo nabranih 6 vzorcev v duplikatih, prisotnost spor bakterije C. difficile je bila
dokazana na vseh lokacijah in v vseh vzorcih. Iz vseh vzorcev je bilo osamljenih 335
izolatov C. difficile, ki so bili z metodo PCR-ribotipizacije uvrščeni v 26 različnih PCR-
ribotipov. Prevladujoča PCR-ribotipa sta bila 001/072 (29,9 %) in 014/020 (15,5 %), ki
sta oba toksigena in sta pogosto povzročitelja okužb pri hospitaliziranih bolnikih v
bližnji bolnišnici ter v Sloveniji in v svetu nasploh. Skupno je zgolj 8 PCR-ribotipov
pripadalo netoksigenim izolatom, kar predstavlja 30,8 % vseh izolatov. Naši rezultati
kažejo, da je rečni sediment bogat rezervoar endospor C. difficile in zaradi visokega
deleža toksigenih sevov lahko predstavlja vir okužbe z bakterijo C. difficile.
Ključne besede: Clostridioides difficile, okoljski vzorci, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 29.10.2020; Ogledov: 1846; Prenosov: 102
Celotno besedilo (1,42 MB) |
8. Izražanje dolge nekodirajoče RNA CCAT1 pri bolnikih z rakom glave in vratu : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeDavor Babič, 2020, diplomsko delo Opis: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) je heterogena skupina rakov, ki nastanejo v ustni votlini, žrelu, grlu, nosni in obnosni votlini ter na ustnicah, žlezah slinavkah in vratnih bezgavkah. Letno za rakom glave in vratu zboli 600.000 ljudi in umre jih 300.000, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Pri razvoju raka glave in vratu sodeluje dolga nekodirajoča RNA (lncRNA) CCAT1 (angl. Colon Cancer Associated Transcript 1), katere vloga in molekulerni mehanizmi delovanja so slabo okarakterizirani. V diplomski nalogi smo na vzorcu 34 bolnikov z RT-PCR proučili izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu pri rakih grla, žrela, ustne votline in ustnic. Izražanje lncRNA CCAT1 se ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom in med proučevanimi skupinami rakov. Vpliva stadija in okoljskih dejavnikov tveganja (kajenje, uživanje alkohola, okuženosti s HPV16), na izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Za rake glave in vratu s perivaskularno, perinevralno in limfovaskularno invazijo je bilo značilno nižje izražanje lncRNA CCAT1 kot za neinvazivne oblike, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti (p=0,08).
Naši rezultati kažejo, da kajenje, uživanje alkohola in okuženost s HPV16 ne vplivajo na izražanje lncRNA CCAT1 pri rakih glave in vratu. Za potrditev vloge lncRNA CCAT1 pri patogenezi raka glave in vratu bo potrebno izražanje lncRNA CCAT1 proučiti na večjem vzorcu bolnikov.
Ključne besede: rak glave in vratu, lncRNA, CCAT1, invazija, RT-PCR
Objavljeno v DKUM: 08.10.2020; Ogledov: 1323; Prenosov: 105
Celotno besedilo (1,54 MB) |
9. Prisotnost aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA in okužbe s HPV virusom v vzorcih raka ustne votline in ustnega dela žrelaMaja Jančar, 2018, magistrsko delo Opis: Izhodišče: Rak ustne votline in ustnega dela žrela je eden izmed najpogostejših rakov na svetu. Tradicionalno je povezan s kajenjem tobaka in pitjem alkohola, vendar se s to vrsto raka vedno bolj povezuje okužba HPV. HPV so zelo razširjeni majhni DNA virusi, ki povzročajo različne novotvorbe. V HPV pozitivnih rakih je najpogosteje mutiran PIK3CA gen, ki je zelo povezan z invazivnostjo raka. Prisotnost aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA povzroči okrepitev PIK3K signalne poti v tumorskih tkivih, kar nakazuje, da je PIK3CA vpleten tudi v oblikovanje tumorjev.
Metodologija: Opravili smo analizo DNA 108 tumorjev in 88 vzorcev zdravih tkiv ustne votline in ustnega dela žrela. Za določanje prisotnosti HPV, določitev tipa HPV in določanje najpogostejših aktivacijskih mutacij v genu PIK3CA smo uporabili metodo verižne reakcije s polimerazo (PCR). Dobljene produkte PCR smo analizirali s pomočjo elektroforeze v agaroznem gelu.
Rezultati: Ugotovili smo, da lahko z metodo verižne reakcije s polimerazo določimo prisotnost HPV DNA v vzorcu kakor tudi mutacije v genu PIK3CA.
Sklep: PCR reakcija se je izkazala za uspešno metodo za dokazovanje prisotnosti mutacij v genu PIK3CA kakor tudi za določanje prisotnosti HPV DNA v vzorcu. Za potrditev, da je ta metoda primerna tudi za določitev tipa HPV, pa bi morali celotno analizo opraviti na večjem številu vzorcev.
Ključne besede: DNA, PCR, ORL tumorji, začetni oligonukleotidi, elektroforeza.
Objavljeno v DKUM: 27.09.2018; Ogledov: 1394; Prenosov: 127
Celotno besedilo (1,06 MB) |
10. Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridum difficile s površine krompirjaTamara Simonič, 2018, magistrsko delo/naloga Opis: Clostridium difficile je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija, ki povzroča črevesne okužbe, najpogosteje po zdravljenju z antibiotiki, kemoterapiji in po kirurških posegih, ki privedejo do porušenja normalne črevesne mikrobiote. Bakterijo lahko najdemo v različnih naravnih okoljih, črevesju živali in tudi hrani. Namen magistrskega dela je bil izolirati in karakterizirati bakterijo C. difficile s površine krompirjev, kupljenih v različnih lokalnih trgovinah ter iz čim več različnih držav. Iz 8 različnih trgovin smo pridobili 23 vzorcev krompirja, ki so izvirali iz 10 različnih držav. Prisotnost C. difficile smo dokazali pri 14 vzorcih (60,9 %). Iz vseh vzorcev smo osamili 162 izolatov C. difficile, katerim smo najprej s PCR-pomnoževanjem potrdili za C. difficile specifični gen cdd3, ter jih opredelili s PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Vseh 162 izolatov smo uvrstili v 9 različnih PCR-ribotipov: 012, 014/020, 023, 027, 053, 126, 150, SLO 129 in SLO187. Najpogostejši PCR-ribotip je bil 014/020, sledila sta ribotipa 053 in 126. Toksigenih je bilo 137 izolatov, kasneje uvrščenih v 5 različnih toksinotipov – toksinotip 0, I, III, IV in V, 26 izolatov pa je bilo netoksigenih (s PCR nismo mogli dokazati prisotnosti toksinskih genov). Naši rezultati kažejo, da je krompir kontaminiran s sporami bakterije C. difficile v visokem deležu in da lahko na krompirju najdemo enake PCR-ribotipe, kot se pojavljajo pri ljudeh, živalih in v okolju.
Ključne besede: Clostridium difficile, krompir, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 27.09.2018; Ogledov: 2133; Prenosov: 139
Celotno besedilo (1,06 MB) |
