1. Izražanje izoform gena DDB2 v mononuklearnih celicah periferne krvi pri različnih podtipih raka dojke : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeKarin Rajh, 2024, diplomsko delo Opis: Rak dojke (RD) je najpogosteje diagnosticiran rak pri ženskah in je glavni vzrok smrti zaradi raka pri ženskah po vsem svetu. Gre za heterogeno bolezen, ki se razlikuje na molekularni, histološki in klinični ravni. Ločimo več podtipov RD, ki jih delimo na podlagi histopatoloških in molekularnih značilnosti. Podtipa trojno negativni RD in HER2-pozitivni RD (TNRD in HER2+) sta na splošno bolj imunogena in povezana z boljšo odzivnostjo na imunoterapijo kot luminalna podtipa (luminalni A in B).
Analize krvi omogočajo vpogled v sistemski imunski odziv na tumorske celice. Odvzem krvi je lahko dostopna metoda pridobivanja bioloških vzorcev, ki lahko pripomore k zgodnjemu odkrivanju RD. V Centru za humano genetiko in farmakogenomiko Medicinske fakultete v Mariboru so z metodo RNA-seq opravili sekvenciranje transkriptoma imunskih celic iz periferne krvi (mononuklearnih celic periferne krvi, PBMC) pri 25 bolnicah z RD, od tega 13 s podtipom luminalni A in 12 s podtipom TNRD. Z bioinformatsko analizo transkripcijskih izoform so identificirali izoformo ENST00000378603 gena DDB2 kot potencialno pomembno, saj je pokazala značilno diferencialno izražanje med tema dvema podtipoma RD. V nasprotju z omenjeno izoformo pa so se druge izoforme gena DDB2, na primer izoforma ENST00000256996, enako izražale pri podtipih TNRD in luminalni A.
Namen te diplomske naloge je bila validacija ter razširitev teh ugotovitev z analizo izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR na večjem številu vzorcev, ki so vključevali 182 vzorcev bolnic z RD vseh podtipov in 37 vzorcev zdravih oseb. Da bi lahko ovrednotili izražanje izoform gena DDB2 z metodo RT-qPCR, je bilo najprej potrebno optimizirati reakcijske pogoje s specifičnimi oligonukleotidnimi začetniki za obe izoformi. Po optimizaciji reakcijskih pogojev smo z RT-qPCR izmerili izražanje izoforme ENST00000256996 pri bolnicah z RD in zdravih osebah. V nasprotju pa je bila optimizacija reakcijskih pogojev za izoformo ENST00000378603 neuspešna.
Ugotovili smo, da se izoforma ENST00000256996 statistično značilno bolj izraža v vzorcih zdravih oseb kot v vzorcih pacientk z RD, kar je v skladu z našo hipotezo, saj je produkt gena DDB2 udeležen pri popravljanju poškodb DNA, njegova odsotnost pa je povezana s kopičenjem DNA-napak in kancerogenezo. Rezultati so potrdili tudi, da se analizirana izoforma enako izraža v podtipih RD TNRD in luminalni A.
Ključne besede: Rak dojke, TNRD, PBMC, DDB2, transkripcijske izoforme, biooznačevalci
Objavljeno v DKUM: 20.09.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 41
 Celotno besedilo (2,34 MB) |
2. Peripheral blood transcriptome in breast cancer patients as a source of less invasive immune biomarkers for personalized medicine, and implications for triple negative breast cancerHelena Sabina Čelešnik, Uroš Potočnik, 2022, pregledni znanstveni članek Opis: Transcriptome studies of peripheral blood cells can advance our understanding of the systemic immune response to the presence of cancer and the mechanisms underlying cancer onset and progression. This enables the identification of novel minimally invasive immune biomarkers for early cancer detection and personalized cancer management and may bring forward new immunotherapy options. Recent blood gene expression analyses in breast cancer (BC) identified distinct patient subtypes that differed in the immune reaction to cancer and were distinct from the clinical BC subtypes, which are categorized based on expression of specific receptors on tumor cells. Introducing new BC subtypes based on peripheral blood gene expression profiles may be appropriate, since it may assist in BC prognosis, the identification of patients likely to benefit from immunotherapy, and treatment efficacy monitoring. Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive, heterogeneous, and difficult-to-treat disease, and identification of novel biomarkers for this BC is crucial for clinical decision-making. A few studies have reported TNBC-enriched blood transcriptional signatures, mostly related to strong inflammation and augmentation of altered immune signaling, that can differentiate TNBC from other classical BC subtypes and facilitate diagnosis. Future research is geared toward transitioning from expression signatures in unfractionated blood cells to those in immune cell subpopulations.
Ključne besede: triple negative breast cancer, transcriptome, peripheral blood, PBMC, gene expression, immune biomarker
Objavljeno v DKUM: 23.08.2023; Ogledov: 398; Prenosov: 56
Celotno besedilo (1,74 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
3. Validacija klinično pomembnih transkripcijskih biooznačevalcev v krvnih vzorcih pred in po zdravljenju trojno negativnega raka dojke : magistrsko deloAnja Konajzler, 2022, magistrsko delo Opis: Rak dojke (RD) je najpogostejši rak pri ženskah in drugi najpogostejši vzrok smrti zaradi raka pri ženskah. Gre za maligno obolenje, ki izvira iz tkiva dojke, najpogosteje iz notranje obloge mlečnih vodov ali režnjev, ki vode oskrbujejo z mlekom. Eden izmed podtipov raka dojke je trojno negativni rak dojke (TNRD), za katerega je značilno, da nima ekspresije ER in PR in nima amplifikacije HER2, ter da je zelo invaziven in povezan s slabo prognozo in visoko umrljivostjo. Spremenjeno izražanje genov CXCR4, THBS1 in miR-137 so predhodno povezali s TNRD. Namen naše študije je bil testirati in validirati njihovo uporabnost kot potencialni krvni biomarkerji za trojno negativni rak dojke. V primerjavi s tkivnimi označevalci imajo krvni biološki označevalci pomembno prednost, da so manj invazivni. Iz 210 vzorcev mononuklearnih celic periferne krvi (PBMC) odvzetih bolnicam z rakom dojke pred zdravljenjem, 28 vzorcev plazme (13 pred zdravljenjem, 15 po zdravljenju) ter 25 vzorcev krvnih PBMC zdravih kontrol smo izolirali RNA za analizo izražanja genov z metodo RT-qPCR. Plazemski vzorci pred in po zdravljenju TNRD so bili zanimivi s stališča spremljanja terapije.
Analiza izražanja CXCR4 v imunskih celicah PBMC je pri pacientkah z rakom dojke pred terapijo odkrila zanimive rezultate. Izražanje CXCR4 je bilo značilno povišano pri tistih bolnicah, ki so imele invazivni duktalni karcinom (IDC), v primerjavi s tistimi, ki so imele invazivni lobularni karcinom (ILC). To nakazuje na potencialno uporabnost merjenja izražanja CXCR4 v krvi kot označevalca za IDC. Ugotovili smo tudi, da imajo pacientke, pri katerih rakave celice izražajo PR, značilno povečano izražanje CXCR4 v krvnih imunskih celicah. Teh izsledkov nismo zasledili v objavljeni literaturi in predstavljajo nove ugotovitve pri raku dojke. Analiza THBS1 v frakciji PBMC pacientk z rakom dojke pred terapijo je pokazala povišano izražanje tega gena v skupini TNRD v primerjavi z ostalimi podtipi raka dojke in zdravimi kontrolami, vendar v naši kohorti razlika v izražanju ni dosegla statistične signifikance. Pri analizi prekurzorske oblike miR-137 v plazmi pred in po terapiji smo naleteli na tehnične težave, zato bo za to analizo potrebna dodatna optimizacija postopka.
Ključne besede: rak dojk, TNRD, PBMC, CXCR4, THBS1, miR-137, genska ekspresija
Objavljeno v DKUM: 26.09.2022; Ogledov: 641; Prenosov: 64
Celotno besedilo (3,60 MB) |
