1. Parodontalna bolezen in mitohondrijska disfunkcijaRomana Mance Kristan, 2025, doktorska disertacija Opis: Uvod: Parodontalna bolezen (PB) kot posledica porušenega ravnotežja med bakterijami in gostiteljem vodi v vnetno-imunski odgovor gostitelja ter vpliva na splošno zdravstveno stanje posameznika. Oceno napredovalosti PB merimo s parodontalnimi parametri, iz katerih lahko izračunamo površino parodontalnega vnetja (PISA). Naša hipoteza je, da večje število globokih obzobnih žepov in večja PISA pomenijo višjo vrednost vnetnih biomarkerjev, kot so C-reaktivni protein (CRP), število levkocitov, predvsem nevtrofilcev, nižje razmerje med magnezijem in kalcijem, manjšo količino antioksidantov ter nižje število kopij mitohondrijske deoksiribonukleinske kisline (mtDNAcn).
Materiali in metode: S pomočjo parodontalnih parametrov smo izračunali vrednost PISA. V serumu smo izmerili nivo vnetnih biomarkerjev in antioksidantov ter iz brisa lične sluznice izolirali mitohondrijsko (mtDNA) in jedrno DNA (nDNA) ter izračunali mtDNAcn.
Rezultati: Večje število globokih obzobnih žepov in višjo vrednost PISA smo povezali z višjim CRP, večjim številom levkocitov, nevtrofilcev in eritrocitov, nižjim razmerjem magnezija in kalcija ter višjim nivojem sečne kisline v serumu, ne pa z nižjim mtNDAcn v brisu lične sluznice.
Zaključki: Med številom globokih obzobnih žepov in vrednostjo PISA obstaja pozitivna korelacija. Vrednost PISA je ustrezen parameter za določanje vnetnega bremena PB, ni pa nujno ustrezen parameter za določanje mitohondrijske disfunkcije po izolaciji mtDNA iz brisa lične sluznice.
Ključne besede: velikost vnetnega področja v obzobnem žepu (PISA), biomarkerji mitohondrijske disfunkcije, število kopij mitohondrijske DNA (mtDNAcn)
Objavljeno v DKUM: 05.11.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 2
 Celotno besedilo (3,05 MB) |
2. Diversity analysis of adult Chironomidae in the Lake Victoria basin of KenyaOdhiambo Walter Otieno, Reuben Oyoo Mosi, Peter Bulli, 2023, izvirni znanstveni članek Opis: Chironomidae commonly inhabits most aquatic habitats and often dominate aquatic insect communities in abundance and species richness. Despite their ecological importance, the diversity and distribution of chironomids in the Lake Victoria ecosystem of Kenya have not been studied to date. Here we report on the diversity and distribution of adult Chironomidae in Usenge, Mbita and Ogal beaches of the Lake Victoria ecosystem in Kenya using morphological features and sequence data of Cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene. Wing venation-based microscopic characterization identified four genera, Tanypus, Coelotanypus, Dicrotendipes and Chironomus. The COI gene barcoding further revealed several species, including Kiefferulus brevibucca, Chironomus flaviplumus, Polypedilum fuscovittatum, Polypedilum sp. and Dicrotendipes sp. The identified species were grouped into three clusters based on neighbor-joining phylogenetic approach. Differences in species richness were observed among the three study sites, with Mbita exhibiting the highest species richness. The evolutionary analysis revealed relatedness among all the identified species, suggesting a shared recent common ancestor. Unlike previous studies, this study represents the
first report on detailed characterization of Chironomidae in the Lake Victoria ecosystem of Kenya. Moreover, this study serves as a first step towards a comprehensive understanding of the range of species of Chironomidae inhabiting this ecosystem.
Ključne besede: Chironomidae, cytochrome c oxidase subunit I, DNA barcording, wing venation, diversity
Objavljeno v DKUM: 23.04.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 1
 Povezava na datoteko |
3. |
4. Insight into tetramolecular DNA G-quadruplexes associated with ALS and FTLD : cation interactions and formation of higher-ordered structureMatja Zalar, Baifan Wang, Janez Plavec, Primož Šket, 2023, izvirni znanstveni članek Ključne besede: biokemija, tetramolekule, kationi, kvadrupleksi, DNK, amiotrofična lateralna skleroza, ALS, FTLD, DNA, c9orf7, NMR, quadruplex, cations
Objavljeno v DKUM: 06.05.2024; Ogledov: 180; Prenosov: 12
Celotno besedilo (2,67 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
5. Izražanja skupine genov DNA-metiltransferaz (DNMT1, DNMT3A in DNMT3B), DNA-demetilaz (TET1, TET2, TET3 in TDG) ter gena RNA-metiltransferaza TRDMT1 v tumorjih bolnic z rakom dojk : magistrsko deloNastja Šadl, 2022, magistrsko delo Opis: DNA-metiltransferaze DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaze TET1, TET2, TET3 in TDG ter RNA-metiltransferaza TRDMT1 imajo pomembno vlogo pri uravnavanju metilacije genoma in genskih prepisov, s čimer uravnavajo izražanje genov. Spremenjeno izražanje omenjenih encimov povezujemo z nastankom in razvojem različnih vrst rakov, med drugim tudi raka dojk. Mehanizmi njihovega delovanja so v literaturi dobro opisani, medtem ko njihova patofiziološka vloga pri nastanku in razvoju raka dojk ni povsem znana. Namen magistrskega dela je bil raziskati izražanje DNMT1, DNMT3A, DNMT3B, TET1, TET2, TET3, TGD in TRDMT1 na parnih vzorcih zdravega in bolnega tkiva 17 bolnic z rakom dojk ter v povezavi z gradusom in izražanostjo progesteronskih receptorjev pri raku dojk. Povišano izražanje v tumorskem tkivu v primerjavi z zdravim okolnim tkivom smo ugotovili pri DNMT1 (p<0,01), DNMT3A (p<0,05), DNMT3B (p<0,01), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,01), medtem kot se izražaje TET1 ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom. Izražanje TDG in TRDMT1 je bilo višje v tumorskem kot zdravem tkivu, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti. Za tumorsko tkivo je bilo statistično značilno višje izražanje DNMT1 (p<0,001) in DNMT3A (p<0,001) v primerjavi z DNMT3B in statistično značilno višje izražanje TDG v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TET3 (p<0,01). Razlik v izražanji med DNMT1 in DNMT3A ter TET1, TET2 in TET3 v tumorskem tkivu nismo ugotovili. Primerjava izražanja vseh genov med seboj je v tumorskem tkivu pokazala na statistično značilno i) višje izražanje TDG v primerjavi z ostalimi proučevanimi geni, ii) višje izražanje DNMT1 v primerjavi s TET1 (p<0,01) in TRDMT1 (p<0,05), iii) nižje izražanje DNMT3B v primerjavi s TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05) in iv) nižje izražanje TET3 od TET1 (p<0,05) in TRDMT1 (p<0,05). Omenjenih razlik v zdravem tkivu nismo ugotovili. Izraženost progesteronskih receptorjev in gradus tumorja nista vplivala na izražanje proučevaih genov. Post hoc analiza je pokazala na statistično značilno i) višje (p<0,05) izražanje DNMT1 v bolnem tkivu pri rakih tretjega gradusa v primerjavi z izražanjem DNMT1 v zdravem tkivu pri rakih drugega gradusa, ii) višje (p<0,05) izražanje TDG pri rakih dojk drugega kot tretjega gradusa in iii) višje izražanje TDG v tumorskem tkivu v primerjavi z izražanjem TET1 (p<0,05), TET2 (p<0,05) in TET3 (p<0,05) v zdravem tkivu ter TET3 v tumorskem tkivu (p<0,05) pri rakih drugega gradusa.
Naša raziskava kaže na specifično povišano izražanje DNA-metiltransferaz DNMT1, DNMT3A in DNMT3B, DNA-demetilaz TET1, TET2, TET3 in TDG in RNA-metiltransferaze TRDMT1 pri raku dojk. V nadaljevanju bo za boljše razumevanje vloge metilacije pri tumorigenezi raka dojk potrebno rezultate izražanja posameznih metiltransferaz in demetilaz povezati z globalnimi študijami metiloma.
Ključne besede: DNA-metiltransferza, DNA-demetilaza, TRDMT1, rak dojk, RT-qPCR
Objavljeno v DKUM: 27.09.2022; Ogledov: 579; Prenosov: 60
Celotno besedilo (3,63 MB) |
6. Vpliv načina izolacije DNA iz svežih in liofiliziranih listov slive (Prunus domestica L.) na uporabnost DNA za nadaljnje genetske analizeNika Šenveter, 2022, magistrsko delo Opis: V letu 2020 smo na Fakulteti za kmetijstvo in biosistemske vede v Mariboru (laboratorij za genetiko) opravili poskus, kjer smo proučevali vpliv petih različnih metod izolacije DNA (izolacija s CTAB iz svežih in liofiliziranih listov, izolacija s CTAB in dodanim PIA reagentom, izolacija z Genomic DNA Purification Kit - Monarch® ter izolacija z GenEluteTM Plant Genomic DNA Miniprep Kit - Sigma®) iz listov slive (Prunus domestica L.) na kakovost izolirane DNA. Rezultati so pokazali, da ima način izolacije statistično značilen vpliv na čistost in koncentracijo DNA. Najčistejša DNA je bila izolirana s kompletom Sigma, pri katerem je povprečna vrednost spektrofotometrije odstopala od optimalnega razmerja A260 / A280 le za 0,17. Med izolacijami DNA po metodi CTAB je bila najvišja povprečna koncentracija DNA izmerjena pri izolaciji s CTAB in dodanim PIA reagentom (486,4 ng/µL), najnižja pa pri izolaciji s CTAB iz liofiliziranih listov (256,5 ng/µL). Pri izolaciji DNA s kompletom Monarch je bila izmerjena višja povprečna koncentracija (18,09 ng/µL) kot pri kompletu Sigma (8,92 ng/µL).
Ključne besede: izolacija DNA, CTAB, Prunus domestica, čistost DNA, koncentracija DNA
Objavljeno v DKUM: 20.07.2022; Ogledov: 778; Prenosov: 75
Celotno besedilo (2,47 MB) |
7. Primerjava koncentracij in čistosti dna izolirane iz brstov (generativnih in vegetativnih) in listov (svežih, posušenih in liofiliziranih) bezga (sambucus nigra l.)Špela Jelen, 2019, diplomsko delo Opis: V letu 2019 smo na Fakulteti za kmetijstvo in biosistemske vede (laboratorij za genetiko) najprej izolirali DNA s CTAB metodo iz vegetativnih in generativnih brstov ter iz svežih, posušenih in liofiliziranih listov črnega bezga (Sambucus nigra). Primerjali smo koncentracije in čistost DNA. Namen diplomske naloge je bil ugotoviti iz katerih vzorcev smo dobili največjo koncentracijo DNA in iz katerih vzorcev je bila DNA najbolj čista. Koncentracije DNA smo izmerili s fluorimetrom, čistost pa s spektofotometrom in kvalitativno z agarozno elektroforezo. Ugotovili smo, da so bile največje koncentracije DNA pridobljene iz posušenih listov s povprečno vrednostjo 706,07 ng/µL. Najmanjše koncentracije DNA pa so bile izolirane iz svežih listov, s povprečno vrednostjo 301,13 ng/µL. Med vegetativnimi in generativnimi brsti ni bilo statistično značilnih razlik v koncentraciji in čistosti DNA. Prav tako ni bilo statistično značilnih razlik v čistosti med svežimi, posušenimi in liofiliziranimi listi. Najbližje optimalnemu razmerju A260/A280 so bili vzorci iz posušenih listov, s povprečnim razmerjem 2,08. Zaključili bi lahko, da dobimo največje koncentracije DNA iz posušenih listov, ki so se v našem primeru sušili dva tedna na zraku
Ključne besede: Sambucus nigra L., izolacija DNA, brst, svež, posušen, liofiliziran list, koncentracije DNA
Objavljeno v DKUM: 22.08.2019; Ogledov: 1378; Prenosov: 141
Celotno besedilo (1,68 MB) |
8. Določanje sekvence DNK na osnovi Eulerjeve poti z uporabo izboljšanega Hierholzerjevega algoritma : magistrsko deloFilip Mesarić, 2019, magistrsko delo Opis: In the master’s thesis we created the algorithm for DNA sequencing based on an Eulerian path
and the improved Hierholzer’s algorithm. The theoretical part explains the graph theory,
existing Eulerian path searching algorithms and Hierholzer's algorithmic implementations.
Additionally, the theoretical part presents DNA sequencing and its most popular methods. The
practical part focuses on the development of an application that shows DNA sequencing based
on an Eulerian path and the improved Hierholzer's algorithm. The results represent an
improvement of sequencing, taking into consideration time and distance measurements, for
our implementation in comparison with the existing Hierholzer’s algorithm.
Ključne besede: DNA, Eulerian path, Hierholzer’s algorithm, DNA sequencing
Objavljeno v DKUM: 15.07.2019; Ogledov: 1335; Prenosov: 114
Celotno besedilo (1,33 MB) |
9. Vpliv termina na količino in čistost izolirane dna iz listov sliv (prunus domestica l.) in bezgov (sambucus spp.)Sara Fekonja, 2019, magistrsko delo/naloga Opis: V naši raziskavi, ki je potekala v letu 2018 na Fakulteti za kmetijstvo in biosistemske vede Maribor (laboratorij za genetiko), smo primerjali dve različni metodi izolacije DNA: klasično metodo CTAB (cetil trimetil amonijev bromid) in metodo CTAB z dodanim PVP (polivinilpirolidon), proteinazo in RNazo, ki smo jo poimenovali metoda PVP. Oba protokola smo uporabili pri dveh rastlinskih vrstah: pri slivah (Prunus domestica L.) in pri bezgu (Sambucus spp.). Izolacijo DNA smo izvajali v pomladnih in jesenskih mesecih, saj nas je zanimala razlika v količini in čistosti izolirane DNA v povezavi s starostjo oziroma zrelostjo rastlinskih tkiv (listov). Ugotovili smo, da je koncentracija izolirane DNA bezga in sliv višja pri rastlinskem materialu, ki je bil nabran v pomladanskem obdobju, kot pa pri listih, ki so bili nabrani v septembru. Ugotovili smo tudi, da izbira genotipa vpliva na koncentracijo izolirane DNA. Rezultati namreč kažejo, da smo večjo količino DNA izolirali pri bezgu, saj je bila povprečna izmerjena koncentracija DNA pri bezgu 496,4 ng/μl, pri slivah pa 69,34 ng/μl.
Ključne besede: Sambucus ssp. / Prunus domestica L. / izolacija DNA / CTAB / PVP
Objavljeno v DKUM: 22.02.2019; Ogledov: 1552; Prenosov: 180
Celotno besedilo (3,43 MB) |
10. Učinkovitost konzervativnega zdravljenja stresne urinske inkontinence pri ženskahNives Sorec, 2019, diplomsko delo Opis: Teoretična izhodišča: Stresna urinska inkontinenca je nenadzorovano uhajanje urina po kapljicah med kihanjem, kašljanjem, gibanjem in fizičnem naporu. Pojavi se kot posledica staranja, prekomerne telesne teže, več vaginalnih porodov ter oslabelosti mišic medeničnega dna. Konzervativne metode zdravljenja so vedno prva izbira zdravljenja; če te niso uspešne se zdravljenje nadaljuje z operativnimi metodami.
Metodologija: Uporabljen je sistematični pregled znanstvene in strokovne literature, omejen na objave v angleščini ter izdaje v časovnem obdobju 2008–2018. Izbor člankov je bil določen glede na naslednje kriterije: dostopnost, vsebinska ustreznost. Literatura je bila pridobljena s pomočjo podatkovnih baz PubMed, Medline in ScienceDirect. Potek pregleda in analize smo prikazali s pomočjo PRISMA diagrama. Za analizo smo uporabili metodo analize vsebine.
Rezultati: Z analizo dvanajstih znanstvenih člankov so podana temeljna izhodišča o konservativnih metodah zdravljenja. Ugotovili smo, da je potrebna kombinacija več različnih tehnik za boljše doseganje pozitivnih rezultatov, ter da velikokrat konzervativne metode zdravljenja niso dovolj učinkovite in je potrebno uporabiti tudi operativne tehnike zdravljenja.
Diskusija in zaključek: Izkazalo se je, da je v večini primerov potrebno za uspešen izid zdravljenja uporabiti dve ali več konzervativnih metod zdravljenja, v primeru da nobena možnost nima vpliva na izboljšanje se je potrebno odločiti za operativni poseg. Uspešnost zdravljenja pa je odvisna tudi od vsake posameznice. Zaradi naraščanja števila žensk s stresno urinsko inkontinenco, se razvija čedalje več novih tehnik in metod za konzervativno zdravljenje.
Ključne besede: kakovost življenja, vedenjska terapija, učinkovitost, ženske, vaje mišic medeničnega dna
Objavljeno v DKUM: 13.02.2019; Ogledov: 1517; Prenosov: 230
Celotno besedilo (628,04 KB) |
