1. Vpliv probiotikov na potek crohnove bolezniMelisa Trobentar, 2024, diplomsko delo Opis: Crohnova bolezen je vnetna črevesna bolezen in se kaže kot kronično vnetje v različnih delih prebavil, pojavnost bolezni pa v zadnjih letih narašča. Potek bolezni je progresiven, ne samo s črevesnimi spremembami, temveč tudi z zunajčrevesnimi sistemskimi manifestacijami, ki resno vplivajo na kakovost življenja in prognozo bolnikov Dokončnega zdravila za Crohnovo bolezen še ni, vendar obstajajo načini za lajšanje simptomov. Probiotiki so definirani kot živi mikroorganizmi, ki pozitivno delujejo na zdravje gostitelja, kadar jih apliciramo v ustreznih okoliščinah. Imajo pomembno vlogo pri vzdrževanju imunološkega ravnovesja v prebavnem traktu z neposredno interakcijo z imunskimi celicami. Učinkovitost probiotika je lahko odvisna od vrste, odmerka in bolezni, trajanje terapije pa je odvisno od klinične indikacije. Nekatere raziskave so pokazale, da je dodajanje probiotikov po operaciji koristno pri bolnikih s Crohnovo boleznijo, četudi druge študije kažejo, da zdravljenje z več sevi probiotikov ni bistveno spremenilo vnetja črevesja. Probiotiki vplivajo na črevesno mikrobioto blagodejno, zmanjšujejo vnetje in da je njihovo delovanje sevno-specifično. Pa vendar njihovega vpliva na potek Crohnove bolezni ne moremo natančno opredeliti, zato je potrebno na to temo opraviti več raziskav.
Ključne besede: Crohnova bolezen, probiotiki
Objavljeno v DKUM: 24.12.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 63
 Celotno besedilo (652,36 KB) |
2. Primerjava podpornih vektorjev, naključnih gozdov in nevronskih mrež za napoved odziva na zdravljenje z adalimumabom pri slovenskih bolnikih s crohnovo boleznijoKatja Nemec, 2024, magistrsko delo Opis: Uvod: V našem magistrskem delu smo želeli ugotoviti učinkovitost metod strojnega učenja pri napovedi odziva bolnikov s Chronovo boleznijo na biološko zdravilo adalimumab.
Metode: Raziskava je vključevala 88 vzorcev, ki so bili analizirani glede na genetske, klinične in mešane podatke v različnih tednih zdravljenja. Uporabljene metode, kot so naključni gozdovi (RF), podporni vektorji (SVM) in nevronske mreže (NNET), so bile evalvirane z uporabo različnih metrik natančnosti, občutljivosti in Youdenovega indeksa.
Rezultati: Rezultati kažejo, da je metoda RF najboljša na mešanih podatkih, SVM izstopa pri kliničnih, medtem ko NNET in RF dosegata najboljše rezultate na genetskih podatkih v različnih obdobjih zdravljenja. Uporaba metode "bagging" je izboljšala natančnost, še posebej pri RF. Kljub temu se zahteva previdnost pri interpretaciji zaradi omejene velikosti vzorca.
Razprava: Naša analiza poudarja potrebo po preudarnem izboru metode, odvisnem od specifičnih značilnosti podatkov in ciljev analize.
Sklep: Naše ugotovitve na podlagi analize predstavljajo osnovo za nadaljnje raziskave v smeri izboljšanja natančnosti modelov napovedi zdravljenja.
Ključne besede: Crohnova bolezen, bioinformatika, napovedni modeli, strojno učenje
Objavljeno v DKUM: 26.03.2024; Ogledov: 257; Prenosov: 21
Celotno besedilo (3,95 MB) |
3. Biološki procesi in napovedovanje neodzivnosti na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri Crohnovi bolezni z integracijo genomskih podatkovGregor Jezernik, 2020, doktorska disertacija Opis: Razvoj bioloških zdravil je pomembno prispeval k možnostim zdravljenja raka in imunsko pogojenih bolezni. Med najpogosteje uporabljenimi biološkimi zdravili so zaviralci dejavnika tumorske nekroze (TNF). Crohnova bolezen je pogosta imunsko pogojena bolezen prebavil, ki se zdravi z zaviralci TNF. Kljub tarčnemu delovanju zaviralcev TNF del bolnikov s Crohnovo boleznijo žal ne doseže dobrega odziva na zaviralce TNF že ob uvedbi terapije ali pa sprva dober odziv na zaviralce TNF s časom izzveni. Neodzivnost na zaviralce TNF predstavlja pomeni izgubo nadzora nad pogosto hudim bolezenskim stanjem bolnika s Crohnovo boleznijo, ki je po nepotrebnem izpostavljen potencialno hudim neželenim stranskim učinkom bioloških zdravil, in tudi precejšnje finančno breme za zdravstveno blagajno. Ti razlogi utemeljujejo potrebo po napovedovanju odziva na biološka zdravila, po možnosti še pred uvedbo zdravljenja.
V doktorski disertaciji smo celostno raziskali biološke označevalce odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin v vzorcih periferne venske krvi skupine slovenskih bolnikov s Crohnovo boleznijo, ki se je zdravila z adalimumabom. Rezultate teh analiz smo uporabili za oblikovanje novih napovednih modelov s pristopi strojnega učenja, t.i. metode podpornih vektorjev. Za namene iskanja vzročnih bioloških procesov, ki pogojujejo neodzivnost na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, smo sistematsko preučili gensko ontologijo že objavljenih bioloških označevalcev odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze v kronični vnetni črevesni bolezni. Za primerjalno analizo genske ontologije smo zbrali tudi biološke označevalce odziva v revmatoidnem artritisu. Ker je neodzivnost pogostejša med pediatričnimi bolniki, smo analizo genske ontologije razširili še na vzročne gene pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni in sindrome s klinično sliko, skladno s kronično vnetno črevesno boleznijo. Dodatno smo tudi poskusili ponoviti že objavljen napovedni model odziva na infliksimab, ki temelji na izražanju petih genov v črevesni sluznici.
Rezultati genske ontologije že objavljenih označevalcev kažejo na povezavo med krvnimi lipoproteini in odzivom na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri kronični vnetni črevesni bolezni, kot tudi pri revmatoidnem artritisu. Na osnovi rezultatov genske ontologije pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni lahko sklepamo, da so zelo zgodnje pediatrične oblike z nastopom bolezni pred šestim letom starosti ločena genetska entiteta in je neodzivnost pogojena z drugimi procesi, npr. s primarno imunsko pomanjkljivostjo.
Analiza bioloških podatkov na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin ni pokazala biološkega označevalca, ki bi dosegel statistično značilnost, kar odraža tudi analiza napovedne moči s pristopi strojnega učenja. Profili maščobnih kislin nimajo napovedne moči za določevanje odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, genomski in transkripromski podatki pa imajo le nizko napovedno moč. Napovedni model na osnovi že objavljenega modela izražanja genov v črevesni sluznici smo uspešno ponovili in prenesli na drugo učinkovino (adalimumab). Na osnovi izražanja štirih genov v vneti in nevneti črevesni sluznici je možno napovedati odziv na zaviralce dejavnika tumorske nekroze s natančnostjo do 100 %. Nato smo še analizirali diagnostično napovedno moč bioloških podatkov s vključitvijo bioloških podatkov zdravih prostovoljcev, ki so že bili na voljo. Napovedni model na osnovi dednega zapisa in profilov maščobnih kislin je z natančnostjo do 100 % ločil med zdravimi prostovoljci in bolniki s Crohnovo boleznijo.
Ključne besede: Crohnova bolezen, genomika, transkriptomika, adalimumab, izid zdravljenja, genska ontologija
Objavljeno v DKUM: 20.01.2021; Ogledov: 1462; Prenosov: 155
Celotno besedilo (3,69 MB) |
4. Biooznačevalci za napoved odziva na vedolizumab pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo : diplomsko delo univerzitetnega študijskega programa I. stopnjeLara Metlika, 2020, diplomsko delo Opis: Eno izmed obetavnejših bioloških zdravil za zdravljenje kronične vnetne bolezni je biološko zdravilo vedolizumab. Na žalost je neodziv na terapijo še vedno prisoten pri 1/3 bolnikov. Natančna napoved odzivnosti pred začetkom terapije bi bila zato zelo pomembna. V diplomskem delu je prikazan sistematski pregled literature. Iskanje PubMed je bilo izvedeno z vnaprej določenimi ključnimi besedami in izrazi, da se ugotovijo ustrezne študije o napovedovalcih odziva. V rezultatih so prikazani dobljeni tipi markerjev; proteinski, klinični, v povezavi z koncentracijo ter na ravni mRNA, ter medsebojne primerjave različnih vrednosti.
Bolniki s hudo boleznijo ali predhodno izpostavljenostjo anti-TNF terapiji se manj verjetno odzovejo na vedolizumab. Prav tako so zanimivi proteinski markerji C-reaktiven protein, raven albumina ter fekalnega kalprotektina. Zaključimo, da je v prihodnje potrebnih še več študij ter bolj sistematičen pristop k iskanju biomarkerjev.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, ulcerozni kolitis, vedolizumab, odziv, in napovedovalci odziva
Objavljeno v DKUM: 13.10.2020; Ogledov: 1784; Prenosov: 98
Celotno besedilo (1,20 MB) |
5. |
6. VLOGA RECEPTORJEV ENDOKANABINOIDNEGA SISTEMA CB1 IN CB2 PRI INHIBICIJI CITOKINA TNF-e1 V MONONUKLEARNIH LIMFOIDNIH CELICAH BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJOŽan Hribar, 2016, diplomsko delo Opis: Kronično vnetna črevesna bolezen (KVČB) je avtoimunska kompleksna bolezen, ki lahko prizadene celoten prebavni trakt pri človeku. Pojavlja se v obliki Crohnove bolezni (CD), ulceroznega kolitisa (UC) ter intermedialnega kolitisa (IK). Sama patogeneza bolezni še ni povsem pojasnjena, so pa različne študije že identificirale kar nekaj potencialnih genov, ki bi lahko sodelovali pri tej bolezni. Velik problem te bolezni se kaže predvsem v tem, da še ni zdravila, ki bi absolutno odpravilo vzroke bolezni, pa tudi simptomatsko zdravljenje je pogosto neučinkovito, z mnogimi stranskimi učinki. Zadnje čase je za zdravljenje KVČB v uporabi humanizirano monoklonsko protitelo adalimumab (ADA), ki specifično in z visoko afiniteto veže dejavnik tumorske nekroze-α (TNF). TNF je osrednji citokin vnetnega in imunskega odziva, torej ADA deluje protivnetno in zmanjšuje imunski odziv telesa. Vendar je već kliničnih študij pokazalo, da je zdravljenje z ADA uspešno le pri približno dveh tretjinah bolnikov. O genetskih in biokemijskih razlogih za neodziv na zdravljenje z ADA je znanega zelo malo, se pa v tem pogledu zdi endokanabinoidni sistem (EKS) kot zelo verjeten vzročni dejavnik, saj je njegovo sodelovanje pri vnetnih in imunskih procesih dobro poznano.
Glavna cilja naše raziskave sta bila proučiti povezanost polimorfizmov enega nukleotida (SNP) ter gensko ekspresijo endokanabinoidnih receptorjev (CB) 1 in 2, na eni strani z dovzetnostjo za posamezen podtip KVČB, in na drugi strani z odzivom bolnikov s CD na zdravljenje z ADA. V ta namen smo v mononuklearnih celicah periferne krvi iz 276 zdravih posameznikov, 61 bolnikov z ulcerativnim kolitisom, 113 bolnikov s Crohnovo boleznijo na standardni terapiji (CB) in iz 119 bolnikov s Crohnovo boleznijo, zdravljenih z ADA genotipizirali 6 SNP v CNR1 in CNR2 ter izmerili njuno gensko ekspresijo. Na osnovi rezultatov smo naredili dva tipa asociacijskih analiz, ti. "case-control" in farmakogenomsko asociacijsko študijo. Za potrditev ekspresije CNR1 in CNR2 na proteinskem nivoju smo v vzorcih najbolj očitnih odzivnikov in neodzivnikov na zdravljenje z ADA izvedli analizo s prenosom western.
"Case-control" študija je pokazala signifikantne razlike v frekvencah genotipov med kontrolami in posameznimi kohortomi bolnikov. Genotipa CT in TT rs4237 (PITHD1) sta bila povezana z večjo dovzetnostjo za razvoj hujših oblik CD, katere je potrebno zdraviti z biološkimi zdravili, medtem ko je bil genotip CC rs13197090 (RARS2) povezan z večjo dovzetnostjo za pojav oblik CD in UC, za zdravljenje katerih zadostuje klasična terapija. Starost ob diagnozi ni bila povezano z nobeno od genskih ekspresij CNR1 in CNR2, sta pa obe bili v signifikantni medsebojni korelaciji v vseh kohortah, z izjemo bolnikov z UC.
Farmakogenomska študija je pokazala signifikantne razlike med frekvencami alelov in genotipov odzivnikov in neodzivnikov v 4. tednu zdravljenja z ADA. Bolniki z genotipom GG rs1049353 (CNR1) oz. genotipoma CCTT in TTTT rs35761398 (CNR2) so se v večjem deležu odzvali na zdravljenje z ADA. V 30. tednu zdravljenja je bila genska ekspresija CNR2 signifikantno nižja pri odzivnikih na zdravljenje z ADA v primerjavi z neodzivniki.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, kanabinoidi, adalimumab, genotipizacija, genska ekspresija, asociacijska analiza
Objavljeno v DKUM: 16.09.2016; Ogledov: 1876; Prenosov: 163
Celotno besedilo (2,76 MB) |
7. IZRAŽANJE GENOV TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 IN S100A9 V KRVNIH LIMFOCITIH IN ČREVESNI SLUZNICI BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJO KOT NAPOVEDNI BIOOZNAČEVALEC ODZIVA NA ZDRAVLJENJE Z ADALIMUMABOMAlja Gabor, 2016, magistrsko delo Opis: Faktor tumorske nekroze alfa (TNFα) je glavni provnetni citokin, ki je vključen v imunski odgovor pri Crohnovi bolezni (CB). Za zdravljenje CB se v primerih, ko standardna terapija s kortikosteroidi in antibiotiki ni uspešna, uporabljajo zdravila, ki delujejo proti citokinu TNFα (antiTNF), kot sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA), vendar pa se približno tretjina bolnikov na takšno terapijo ne odziva. Cilj magistrskega dela je bil ugotoviti, ali izražanje genov TNFAIP6, S100A8, IL11, G0S2 in S100A9 v krvnih limfocitih in črevesni sluznici slovenskih bolnikov s CB vpliva na odziv na terapijo z ADA in ali je možno z izbranimi geni napovedati odziv na zdravljenje, kar bi lahko bil korak naprej k personaliziranemu zdravljenju CB. Izražanje izbranih genov smo izmerili z verižno reakcijo s polimerazo v realnem času (rt-PCR) pred terapijo in v 4., 12., 20. in 30. tednu terapije. Genotipe za izbrane polimorfizme smo pridobili iz mikromreže »Immunochip«. Odziv na terapijo smo ocenili s pomočjo IBDQ vprašalnika in nivoja CRP v krvi. Za statistično obdelavo smo uporabili statistični paket SPSS. Ugotovili smo signifikantno spremenjeno izražanje gena S100A8 pri primerjavi izražanja gena pred terapijo z izražanjem v 4. (p = 5×10-5, Z = -3,975) in 12. tednu (p=0,050). Signifikantno povišano ekspresijo gena S100A9 smo ugotovili po štirih tednih zdravljenja (p = 0,012). Pri primerjavi izražanja genov pred terapijo in v posameznih tednih med terapijo pri istem bolniku smo ugotovili dve signifikantni povezavi v okviru 95 % intervala zaupanja. Za gen S100A8 smo po 4 tednih terapije ugotovili signifikantno višje izražanje tega gena, saj je razlika median 2-ddct znašala 0,519 (p = 0,009), po 20. tednih zdravljenja z ADA pa smo ugotovili signifikantno nižje izražanje gena S100A9 (p = 0,045). Na podlagi IBDQ vprašalnika in izmerjene ekspresije izbranih genov smo ugotovili povečano ekspresijo gena G0S2 po 30. tednih zdravljenja z ADA (p = < 1×10-8, Z = -5,745), signifikantno nižje pa je bilo tudi izražanje gena TNFAIP6 pri dobrih odzivnikih na terapijo po 20. tednih terapije. Glede na kriterij CRP smo ugotovili signifikantno višjo ekspresijo gena G0S2 po 20. tednih terapije z ADA pri dobrih odzivnikih (p = 0,022). Ugotovili smo, da so proučevani geni in SNP-ji povezani z odzivom na ADA pri bolnikih s CB in nedvoumno predstavljajo dobre kandidate za potencialne napovedovalce odziva na zdravljenje CB z ADA. V prihodnosti je potrebno identificirati še večje število genov za napoved odziva in jih združiti v ustrezen napovedni model.
Ključne besede: Crohnova bolezen, adalimumab, antiTNF, genska ekspresija, napoved odziva, biološka zdravila
Objavljeno v DKUM: 05.09.2016; Ogledov: 2097; Prenosov: 161
Celotno besedilo (3,27 MB) |
8. Kakovost življenja pacienta s Crohnovo boleznijoMihaela Kralj, 2016, diplomsko delo Opis: Teoretična izhodišča: Crohnova bolezen spada med kronične vnetne črevesne bolezni. Bolezen prizadene končni del ileuma, obolijo pa tudi drugi deli prebavne cevi. Simptomi in znaki bolezni se kažejo kot bolečina v trebuhu, driske, bruhanje in izguba telesne mase. Kvaliteta njihovega življenja je omejena, saj je moteno njihovo poklicno in osebno življenje. Namen: Namen diplomskega dela je predstaviti značilnosti Crohnove bolezni in z raziskavo ugotoviti kakovost življenja pacienta. Želeli smo ugotoviti kakšen vpliv ima Crohnova bolezen pri opravljanju vsakodnevnih aktivnostih in kako vidijo sprejemanje svoje bolezni pri svojcih in sodelavcih. Metodologija: Za teoretični del diplomskega dela smo uporabili deskriptivno metodo dela, kjer smo opisali Crohnovo bolezen, v raziskovalnem delu pa smo uporabili analitično metodo dela, kjer smo uporabili kvantitativno metodologijo, ki smo jo uporabili za potrditev raziskovalnih vprašanj in kjer so predstavljeni tudi rezultati raziskave. Rezultati: V raziskavi je 16 (33 %) anketirancev mnenja, da se prehitro utrudijo zaradi prisotnih bolečin med vsakodnevnimi aktivnostmi, medtem ko 20 (41 %) anketirancev meni, da čuti pomanjkanje energije. Bolezen je ovira pri vsakodnevnih aktivnostih, sta odgovorila 2 (4 %) anketiranca, medtem ko 9 (18 %) anketirancev meni, da jih bolezen ovira tudi pri športnih dejavnostih. Na podlagi raziskave smo ugotovili, da jih 21 (81 %) anketirancev meni, da so svojci in bližnji pozitivno sprejeli njihovo bolezen. Sklep: Za Crohnovo bolezen je značilen kroničen, doživljenjski potek. Na nastanek bolezni vplivajo številni dejavniki, kot so genetski dejavniki, dejavniki okolja, prehrana, okužbe in neprimeren imunski odziv na sestavine običajne črevesne vsebine. Najpogostejše težave, ki so jih navedli so: kri na blatu, večkratno odvajanje na dan, bolečine pri odvajanju ter prisotnost diareje.
Ključne besede: Crohnova bolezen, Društvo kroničnih bolnikov, anketa, kvaliteta življenja, dietna prehrana
Objavljeno v DKUM: 22.03.2016; Ogledov: 2808; Prenosov: 316
Celotno besedilo (933,85 KB) |
9. STATISTIČNI PRISTOPI ZA ODKRIVANJE POVEZAV MED BIOKEMIJSKIMI, GENETSKIMI IN KLINIČNIMI PODATKI Z ODZIVOM NA ZDRAVLJENJE BOLNIKOV S CROHNOVO BOLEZNIJO Z ADALIMUMABOMJasmina Rebernak, 2015, magistrsko delo Opis: Naredili smo celovito študijo s podatki iz članka (Koder et al., 2015) in doktorata (Koder, Silvo 2015). Namen naše raziskave je bila uporaba različnih statističnih pristopov (t-test neodvisnih vzorcev, anova, test dveh neodvisnih vzorcev, test k neodvisnih vzorcev, korelacije, linearna in logistična regresija) in z njimi odkriti povezave med biokemijskimi, kliničnimi in genetskimi podatki z odzivom na zdravljenje bolnikov s CB z adalimumabom. Uporabili smo programsko orodje SPSS in test normalne porazdelitve ShapiroWilk za izvedbo statističnih analiz. Odziv smo merili z vprašalnikom IBDQ in biokemijskim parametrom C-reaktivni protein (CRP). Za vsakega pacienta (N = 97) smo beležili 24 biokemijskih, 34 kliničnih in 34 genetskih podatkov. S kliničnim odzivom IBDQ se je dvakrat ponovilo pet polimorfizmov pri posameznemu genu. Trikrat so se ponovili trije biokemijski in šest kliničnih parametrov. Najbolj signifikantne povezave smo zaznali s PTGER4, CASP9, CCNY, sakroileitisom in alkalno fosfatazo. Z biološkim odzivom CRP se je dvakrat ponovilo devet povezav s polimorfizmi pri posameznem genu. Trikrat sta se ponovila dva biokemijska in eden klinični parameter. Za najbolj signifikantne so se izkazale povezave z ATG16L1, IL27, NR1|2 in c11orf30 ter albuminom. Z uporabo linearne in logistične (binarne) regresije smo izdelali napovedne modele za IBDQ in CRP. Z linearno regresijo smo dobili model z najvišjim R2 (0,691) za IBDQ v tridesetem tednu (natančnost: 69,32 %). Medtem ko smo najboljšo natančnost dobili za IBDQ v dvanajstem (76,00 %, R2 = 0,619) in dvajsetem (75,68 %, R2 = 0,567) tednu. Modeli za CRP so imeli R2 nad 0,980, vendar je njihova natančnost pod 61 %. Pri logistični regresiji je največjo natančnost imel model za IBDQ v četrtem tednu (R2 = 0,912; natančnost: 81,48 %). Natančnost modelov za odziv v dvanajstem (R2 = 0,482), dvajsetem (R2 = 0,465) in tridesetem (R2 = 0,653) tednu je znašala 71,43 %, 68,75 % in 64,10 %. Natančnost modelov za odziv CRP je znašala nad 70 %, vendar je to posledica manjkajočih podatkov in s tem manj veljavnih vzorcev. Ob koncu študije smo izdelali tabelo, s katero smo predstavili izbiro statističnega testa glede na biokemijske, klinične in genetske podatke.
Ključne besede: Crohnova bolezen, adalimumab, statistične metode, Mann-Whitney, Fisher's Exact test, Chi square test, test neodvisnih vzorcev, linearna regresija, logistična regresija, napovedni model
Objavljeno v DKUM: 22.10.2015; Ogledov: 2259; Prenosov: 323
Celotno besedilo (2,47 MB) |
10. MOLEKULARNE SPREMEMBE IN FARMAKOGENOMSKI OZNAČEVALCI ZA ZDRAVLJENJE CROHNOVE BOLEZNI Z MONOKLONSKIMI PROTITELESI ZA INHIBICIJO TNF-α2015 Opis: Kronična vnetna črevesna bolezen (KVČB) je kompleksna bolezen in se pojavlja v dveh podtipih, kot Crohnova bolezen (CB) in ulcerozni kolitis (UK). CB lahko prizadene celoten prebavni trakt, medtem ko UC prizadene skoraj izključno danko in debelo črevo. Na potek in razvoj bolezni pomembno vplivajo tako okoljski dejavniki kot tudi genetska zasnova posameznika. Asociacijske študije na celotnem genomu (GWA študije) so do danes identificirale 163 lokusov na človeškem genomu, ki so povezani z nastankom KVČB.
Zdravljenje KVČB poteka v več stopnjah. Navadno začnemo z aminosalicilati, nadaljujemo s kortikosteroidi in imunosupresivi. Če zdravljenje s standardno terapijo ni uspešno, pa si v zadnjem času pomagamo z biološkimi zdravili in sicer zaviralci provnetnega citokina TNF-α, katerih prva predstavnika sta infliksimab (IFX) in adalimumab (ADA). Terapija z zaviralci TNF-α je naredila izjemen napredek v zdravljenju ne samo CB, ampak tudi ostalih oblik KVČB. V naši študiji smo se osredotočili na zdravljenje bolnikov s CB z adalimumabom (ADA). ADA je humano monoklonsko protitelo. Z odmerjanjem vsaki drugi teden dosegamo zelo dober odziv, v indukcijski kot tudi vzdrževalni terapiji, z zelo solidnim procentom bolnikov v remisiji, vendar se kljub temu približno tretjina bolnikov ne odziva na terapijo z zaviralci TNF-α. Cilj naloge je bil izvesti prospektivno farmakogenetsko raziskavo, pri čemer bi odkrili genetske biooznačevalce, s katerimi bi lahko vnaprej napovedali, kakšen bo izid zdravljenja z ADA pri posameznem bolniku. Dodatno smo želeli ugotoviti ali obstaja povezava med odzivom na terapijo z ADA in izražanjem genov pri bolnikih s CB, pri čemer smo ugotovili, da prav tako izstopa gen ATG16L1, pri katerem se je izražanje statistično značilno spreminjalo skozi celotno obdobje zdravljenja. Prav tako smo v nalogi analizirali potencialne povezave med imunološkimi, biokemijskimi in hematološkimi parametri.
V študijo smo zajeli 102 bolnika s CB. Bolnike smo spremljali tako, da smo jim pred terapijo ter po 4., 12., 20., in 30. tednu odvzeli kri, izmerili vrednost C-reaktivnega proteina (CRP) kot pokazatelja vnetja ter ovrednotili uspešnost zdravljenja z IBDQ vprašalnikom, ki poleg vprašanj kliničnega značaja zelo dobro odraža psihološko stanje in počutje bolnika. Glede na število točk IBDQ vprašalnika smo ovrednotili uspešnost terapije, tako da je število nad 170 ali relativni dvig IBDQ za 22 točk pomenilo remisijo. Uspešnost terapije smo ovrednotili tudi z vrednostjo CRP in sicer smo menili, da je terapija uspešna, v kolikor se je CRP zmanjšal za 25% glede na začetno stanje pred zdravljenjem oz. je CRP dosegel normalne vrednosti. DNA polimorfizme posameznega nukleotida (SNP) in kandidatne gene smo izbrali po sledečih kriterijih: SNP-ji, močno povezani s KVČB v posameznih kandidatnih študijah, SNP-ji, ki so jih potrdile GWA študije za KVČB, ter SNP-ji, ki so bili v predhodnih študijah povezani z odzivom na IFX. Skupno smo genotipizirali 33 izbranih SNP-jev in izmerili izražanje 5 genov, predhodno povezanih s KVČB ter primerjali genotipe izbranih SNP-jev in nivo izražanja genov z odzivom na zdravljenje z ADA. Gensko tipizacijo polimorfizmov SNP v izbranih genih/lokusih smo izvajali z metodo analize talilnih krivulj visoke ločljivosti (HRM, ang. high resolution melting) in tehniko polimorfizmov dolžin restrikcijskih fragmentov (RFLP, ang. restriction fragment length polymorphism).
Ugotovili smo, da je bil pozitivni odziv na zdravljenje z ADA merjen z IBDQ po 4 tednih pri 62.9% bolnikov, po 12 tednih 68%, po 20 tednih 66% in po 30 tednih 71%. V primeru merjenja odziva z CRP pa je imelo po 4 tednih pozitivni odziv 82,6% bolnikov, po 12 tednih 71,9% , po 20 tednih 72,7% in po 30 tednih 72,5% bolnikov.
Najmočnejšo povezavo smo našli med polimorfizmom SNP rs10210302 v genu ATG16L1 in biološkim odgovorom na terapijo z ADA, merjenim s CRP, pri čemer so imeli bolniki z genotipom TT boljši odgovor po 12, 20 in 30 tednih zdravljenja v primerjavi z bolniki z genotipom CC (p=8.11E-04, p (po korekciji za multiplo testiranje = 0,027)). Nadalje smo močno povezavo odkrili med polimorfizmom SNP rs10512734, ki je lociran v genski puščavi na kromosomu 5p13.1 in za katerega je bilo dokazano, da vpliva na izražanje gena PTGER4 ter odgovorom na ADA, pri čemer so imeli bolniki z genotipom GG boljši odgovor v primerjavi z bolniki z genotipom AA po 12 tednih zdravljenja (p=4.62E-03). Ostale statistično najbolj značilne povezave smo ugotovili med SNP-ji v genih CASP9, IL27, CCNY, C11orf30, NR1I2 in IL13 ter odzivom na zdravljenje z ADA.
V skladu s predhodnimi kliničnimi študijami smo tudi v naši študiji potrdili povezavo med nekaterimi kliničnimi značilnostmi bolnikov in odzivom na zdravljenje. Bolniki, ki predhodno še niso bili zdravljeni z IFX, so se signifikantno boljše odzvali na terapijo. Glede vzporedne terapije s standardnimi zdravili nismo našli značilnih povezav z odzivom na zdravljenje. Boljši odziv na zdravljenje smo opazili pri bolnikih, ki so bili predhodno kirurško zdravljeni. In boljši odziv na terapijo je bil opažen tudi pri nekadilcih. Bolniki, ki so bili ob postavitvi diagnoze mlajši, so se na terapijo boljše odzivali.
Rezultati naše študije kažejo, da je odziv na zdravljenje z ADA deloma genetsko pogojen s polimorfizmi SNP, povezanimi z nastankom CB, pri čemer se je kot najbolj obetaven kandidatni gen za odgovor na zdravljenje z ADA izkazal gen ATG16L1. Glede na to, da smo našli številne povezave z drugimi polimorfizmi SNP ter odgovorom na ADA, bodo v prihodnje potrebne nadaljnje farmakogenetske študije, ki bi te povezave potrdile na večjem številu bolnikov s CB s ciljem razviti molekularne biološke označevalce in napovedne modele, s katerimi bi lahko načrtovali individualizirano zdravljenje bolnikov.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, polimorfizem posameznega nukleotida, adalimumab, farmakogenomika, biooznačevalci
Objavljeno v DKUM: 16.07.2015; Ogledov: 2677; Prenosov: 348
Celotno besedilo (4,76 MB) |
