| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 25
Na začetekNa prejšnjo stran123Na naslednjo stranNa konec
1.
Epidemiološki in mikrobiološki pristopi za spremljanje bolnišničnih okužb v UKC Maribor
Božena Kotnik Kevorkijan, 2019, doktorsko delo/naloga

Opis: Bolnišnične okužbe (BO) so okužbe, povezane z zdravstveno oskrbo (OPZ), ki nastanejo v bolnišnici in predstavljajo najpogostejši zaplet zdravljenja v bolnišnici. Spremljanje njihove pogostosti se lahko uporablja kot kazalnik kakovosti za bolnišnice. K spremljanju spreminjanja pogostosti BO lahko pristopimo tudi s ponavljajočimi se presečnimi raziskavami BO. Evropski center za preprečevanje in obvladovanje bolezni (angl. European Centre for Disease Prevention and Control, ECDC) vsakih pet let koordinira izvedbo evropske presečne raziskave BO. Leta 2011 smo v Sloveniji opravili drugo Slovensko nacionalno presečno raziskavo BO (SNPRBO II), prevalenčno presečno raziskavo na dan (angl. point prevalence survey - PPS) v okviru evropske prevalenčne presečne raziskave BO. V raziskavi je sodeloval tudi Univerzitetni klinični center (UKC) Maribor. Visoko usposobljena zdravnica za obvladovanje in preprečevanje BO (ZOBO) je v UKC Maribor opravila vzporedno validacijo metode zbiranja podatkov, ki so jih zbrali anketarji v skladu s standardizirano metodologijo zbiranja podatkov, ki jo priporoča ECDC. Preverila je pravilnost zabeleženih podatkov za vse bolnike, pri katerih so anketarji prepoznali BO, in za vsakega petega bolnika, pri katerem anketarji niso prepoznali BO. Ob spremljanju širjenja mikroorganizmov znotraj bolnišnice in prepoznavanju izbruhov je pomembna tipizacija mikroorganizmov, ki so povzročili BO. V UKC Maribor smo se odločili za tipizacijo proti meticilinu odpornih zlatih stafilokokov (angl. Methicillin resistant Staphylococcus aureus, MRSA), saj je spremljanje MRSA obvezni kazalnik kakovosti v slovenskih bolnišnicah. Tipizirali smo tudi bakterijo Clostridium difficile (CD), saj marsikje v zdravstveno razvitih državah CD predstavlja kazalnik kakovosti in povzroča klinično pomembne okužbe. Za MRSA smo uporabili spa tipizacijo, za CD pa ribotipizacijo. Cilji doktorske naloge so vključevali: razvoj modificirane, delovno intenzivnejše metode za validacijo uporabljene »običajne ECDC metode« za prepoznavanje BO v presečni raziskavi (»modificirana ECDC metoda«); ocenili smo prevalence BO ob uporabi »običajne ECDC metode« in »modificirane ECDC metode«, razvite v okviru doktorske naloge; občutljivost in specifičnost »običajne ECDC metode« za prepoznavanje BO v primerjavi z »modificirano ECDC metodo« ter potrebo po nadomestitvi »običajne ECDC metodo« z našo »modificirano ECDC metodo«. Opisali smo značilnosti bolnikov, vključenih v presečno raziskavo, izpostavljenost invazivnim postopkom, BO, izolirane mikroorganizme in odpornost nekaterih mikroorganizmov na izbrane antibiotike ali skupine antibiotikov, ter uporabo antibiotikov. Spremljali smo dva izbrana povzročitelja BO, MRSA in CD, v časovnem obdobju enega leta in ocenili pomen molekularnih tipizacij za prepoznavanje in nadzor BO. V PPS smo vključili 991 bolnikov, to je vse bolnike, ki so bili hospitalizirani v UKC Maribor na dan raziskave. O vsakem smo zabeležili številne podatke, tudi o dejavnikih tveganja za BO, zdravljenju s protimikrobnimi sredstvi in BO. Z obema metodama smo prepoznali 52 bolnikov, ki so na dan raziskave imeli vsaj eno BO oziroma so bili na dan raziskave še vedno zdravljeni zaradi BO. Ustrezna ocena prevalence BO je bila 5,2 % (s 95 % intervalom zaupanja 3,9 % - 6,8 %). Največ BO so imeli bolniki v enotah za intenzivno zdravljenje (EIZ) 25,0 %, na kirurških oddelkih je imelo BO 6,2 % bolnikov, na ginekološkem in porodnem oddelku 4,4 %, na internih oddelkih 3,1 % bolnikov. Z univariatnimi in multivariatnimi analizami smo opredelili neodvisne dejavnike tveganja za BO: prisotnost vsadka v zadnjem letu, prisotnost urinskega katetra, operacija v zadnjih 30 dneh in intubacija. Skupno smo prepoznali 66 BO. Najpogostejše so bile okužbe spodnjih dihal (25 %), okužbe kirurške rane in okužbe sečil. 9 % BO je bilo prisotnih že ob sprejemu bolnika v UKC Maribor, 91 % BO pa je bilo pridobljenih v času aktualne hospitalizacije, največ v obdobju 4.–7. dne po sprejemu. V
Ključne besede: bolnišnične okužbe, presečna raziskava, prevalenca, proti meticilinu odporen Staphylococcus aureus - MRSA, Clostridium difficile, spa tipizacija, ribotipizacija
Objavljeno: 14.01.2020; Ogledov: 561; Prenosov: 117
.pdf Celotno besedilo (2,01 MB)

2.
Interakcije različnih sevov bakterije Clostridium difficile s črevesno mikrobioto
Sabina Horvat, 2019, doktorska disertacija

Opis: Bakterija Clostridium difficile (Clostridioides difficile) povzroča črevesne okužbe, ki se najpogosteje kažejo kot lažja driska ali kolitis, redkeje pa kot pseudomembranozni kolitis. Okužba s C. difficile se najpogosteje razvije pri starejših hospitaliziranih bolnikih zaradi zdravljenja z antibiotiki širokega spektra, saj je predpogoj za uspešno kolonizacijo s C. difficile porušena črevesna mikrobiota. V zadnjem času je opazen porast okužb tudi pri mlajših generacijah, ki niso bile v stiku z bolnišničnim okoljem in niso prejemale antibiotične terapije. Mehanizmi kolonizacijske rezistence (tj. odpornosti), s katerimi funkcionalna črevesna mikrobiota preprečuje kolonizacijo in posledično okužbo s C. difficile, so relativno dobro raziskani. Ni pa znano, ali in kako C. difficile vpliva na črevesno mikrobioto med okužbo. V okviru doktorske naloge smo želeli ugotoviti, ali obstaja vpliv bakterije C. difficile na fekalno mikrobioto, ki je dober približek črevesni mikrobioti. Različne tipe fekalne mikrobiote (nezrelo, zdravo in porušeno) smo gojili in vitro ob prisotnosti vegetativnih celic C. difficile in/ali izrabljenega gojišča C. difficile. Testirali smo različne netoksigene in toksigene seve C. difficile različnih PCR-ribotipov, in sicer 010, 014/020, 027, 078 in 176, ki so v Evropi najbolj razširjeni. Za primerjavo smo fekalno mikrobioto gojili v izrabljenih gojiščih drugih bakterijskih vrst (Escherichia coli, Salmonella enterica serovar Enteritidis in Staphylococcus epidermidis). Spremembam v sestavi in pestrosti fekalne mikrobiote v različnih razmerah smo sledili s sekvenciranjem 16S-metagenoma na platformi MiSeq Illumina. V kokulturah fekalne mikrobiote s C. difficile smo spremljali rast in frekvenco sporulacije (tj. tvorbo spor) C. difficile. V določenem številu vzorcev smo z NMR-spektroskopijo pregledali tudi profile zunajceličnih metabolitov. Z raziskavo smo dokazali neposredni in specifični učinek bakterije C. difficile na pestrost in sestavo fekalne mikrobiote, ki je najverjetneje posledica spremenjene dostopnosti hranil. Fekalna mikrobiota, gojena v izrabljenih gojiščih E. coli, S. enterica serovar Enteritidis in S. epidermidis, je bila statistično značilno drugačna od fekalne mikrobiote, gojene v izrabljenem gojišču C. difficile. Naše ugotovitve so pokazale, da je učinek odvisen od tipa fekalne mikrobiote in ribotipa C. difficile. Nezrela in porušena mikrobiota sta bili in vitro bolj dovzetni za spremembe v pestrosti in sestavi zaradi C. difficile in sta omogočili boljše pogoje za sporulacijo C. difficile. Različni ribotipi C. difficile so podobno učinkovali na mikrobno pestrost, deloma pa se je razlikoval njihov vpliv na mikrobno sestavo, in sicer na nižjih taksonomskih nivojih. Spremembe, ki smo jih opazili, so podobne, kot so bile opisane pri pacientih, okuženih s C. difficile, in vključujejo manjšo mikrobno pestrost, povečan delež oportunističnih patogenov (enterokokov in enterobakterij) in zmanjšan delež bakterijskih skupin, povezanih s kolonizacijsko rezistenco (Lachnospiraceae in Ruminococcaceae). Z analizo metaboloma smo identificirali metabolite, ki bi lahko bili pomembni dejavnik pri okužbi s C. difficile. Predvsem povišane koncentracije tiramina, etanola in fenolnih kislin bi lahko pomembno doprinesle k disbiozi, ki je značilna za okužbo s C. difficile. Naši rezultati so pokazali, da lahko C. difficile aktivno vzdržuje črevesno mikrobioto v stanju neravnovesja. Spremembe v črevesni mikrobioti torej lahko razumemo ne le kot vzrok za okužbo s C. difficile, ampak tudi kot posledico prisotnosti C. difficile v črevesnem okolju.
Ključne besede: črevesna mikrobiota, Clostridium difficile, 16S-metagenom, sekvenciranje naslednje generacije, in vitro modeli
Objavljeno: 14.01.2020; Ogledov: 515; Prenosov: 44
.pdf Celotno besedilo (3,96 MB)

3.
Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridum difficile s površine krompirja
Tamara Simonič, 2018, magistrsko delo/naloga

Opis: Clostridium difficile je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija, ki povzroča črevesne okužbe, najpogosteje po zdravljenju z antibiotiki, kemoterapiji in po kirurških posegih, ki privedejo do porušenja normalne črevesne mikrobiote. Bakterijo lahko najdemo v različnih naravnih okoljih, črevesju živali in tudi hrani. Namen magistrskega dela je bil izolirati in karakterizirati bakterijo C. difficile s površine krompirjev, kupljenih v različnih lokalnih trgovinah ter iz čim več različnih držav. Iz 8 različnih trgovin smo pridobili 23 vzorcev krompirja, ki so izvirali iz 10 različnih držav. Prisotnost C. difficile smo dokazali pri 14 vzorcih (60,9 %). Iz vseh vzorcev smo osamili 162 izolatov C. difficile, katerim smo najprej s PCR-pomnoževanjem potrdili za C. difficile specifični gen cdd3, ter jih opredelili s PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Vseh 162 izolatov smo uvrstili v 9 različnih PCR-ribotipov: 012, 014/020, 023, 027, 053, 126, 150, SLO 129 in SLO187. Najpogostejši PCR-ribotip je bil 014/020, sledila sta ribotipa 053 in 126. Toksigenih je bilo 137 izolatov, kasneje uvrščenih v 5 različnih toksinotipov – toksinotip 0, I, III, IV in V, 26 izolatov pa je bilo netoksigenih (s PCR nismo mogli dokazati prisotnosti toksinskih genov). Naši rezultati kažejo, da je krompir kontaminiran s sporami bakterije C. difficile v visokem deležu in da lahko na krompirju najdemo enake PCR-ribotipe, kot se pojavljajo pri ljudeh, živalih in v okolju.
Ključne besede: Clostridium difficile, krompir, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno: 27.09.2018; Ogledov: 683; Prenosov: 84
.pdf Celotno besedilo (1,06 MB)

4.
5.
Evaluating the effect of Clostridium difficile conditioned medium on fecal microbiota community structure
Sabina Horvat, Aleksander Mahnič, Martin Breskvar, Sašo Džeroski, Maja Rupnik, 2017, izvirni znanstveni članek

Opis: Clostridium difficile infection (CDI) is typically associated with disturbed gut microbiota and changes related to decreased colonization resistance against C. difficile are well described. However, nothing is known about possible effects of C. difficile on gut microbiota restoration during or after CDI. In this study, we have mimicked such a situation by using C. difficile conditioned medium of six different C. difficile strains belonging to PCR ribotypes 027 and 014/020 for cultivation of fecal microbiota. A marked decrease of microbial diversity was observed in conditioned medium of both tested ribotypes. The majority of differences occurred within the phylum Firmicutes, with a general decrease of gut commensals with putative protective functions (i.e. Lactobacillus, Clostridium_XIVa) and an increase in opportunistic pathogens (i.e. Enterococcus). Bacterial populations in conditioned medium differed between the two C. difficile ribotypes, 027 and 014/020 and are likely associated with nutrient availability. Fecal microbiota cultivated in medium conditioned by E. coli, Salmonella Enteritidis or Staphylococcus epidermidis grouped together and was clearly different from microbiota cultivated in C. difficile conditioned medium suggesting that C. difficile effects are specific. Our results show that the changes observed in microbiota of CDI patients are partially directly influenced by C. difficile.
Ključne besede: Clostridium difficile, infection, gut microbiota
Objavljeno: 12.12.2017; Ogledov: 769; Prenosov: 296
.pdf Celotno besedilo (1,82 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

6.
Clostridium difficile ribotypes in humans and animals in Brazil
Rodrigo Otávio Silveira Silva, Maja Rupnik, Amanda Nádia Diniz, Eduardo Garcia Vilela, Francisco Carlos Faria Lobato, 2015, izvirni znanstveni članek

Opis: Clostridium difficile is an emerging enteropathogen responsible for pseudomembranous colitis in humans and diarrhoea in several domestic and wild animal species. Despite its known importance, there are few studies aboutC. difficile polymerase chain reaction (PCR) ribotypes in Brazil and the actual knowledge is restricted to studies on human isolates. The aim of the study was therefore to compare C. difficileribotypes isolated from humans and animals in Brazil. Seventy-six C. difficile strains isolated from humans (n = 25), dogs (n = 23), piglets (n = 12), foals (n = 7), calves (n = 7), one cat, and one manned wolf were distributed into 24 different PCR ribotypes. Among toxigenic strains, PCR ribotypes 014/020 and 106 were the most common, accounting for 14 (18.4%) and eight (10.5%) samples, respectively. Fourteen different PCR ribotypes were detected among human isolates, nine of them have also been identified in at least one animal species. PCR ribotype 027 was not detected, whereas 078 were found only in foals. This data suggests a high diversity of PCR ribotypes in humans and animals in Brazil and support the discussion of C. difficile as a zoonotic pathogen.
Ključne besede: Clostridium difficile, pseudomembranous colitis, zoonosis
Objavljeno: 07.08.2017; Ogledov: 808; Prenosov: 322
.pdf Celotno besedilo (185,91 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

7.
Identification of risk factors influencing Clostridium difficile prevalence in middle-size dairy farms
Petra Bandelj, Rok Blagus, France Briški, Olga Frlic, Aleksandra Vergles-Rataj, Maja Rupnik, Matjaž Ocepek, Modest Vengušt, 2016, izvirni znanstveni članek

Opis: Farm animals have been suggested to play an important role in the epidemiology of Clostridium difficile infection (CDI) in the community. The purpose of this study was to evaluate risk factors associated with C. difficile dissemination in family dairy farms, which are the most common farming model in the European Union. Environmental samples and fecal samples from cows and calves were collected repeatedly over a 1 year period on 20 mid-size family dairy farms. Clostridium difficile was detected in cattle feces on all farms using qPCR. The average prevalence between farms was 10% (0-44.4%) and 35.7% (3.7-66.7%) in cows and calves, respectively. Bacterial culture yielded 103 C. difficile isolates from cattle and 61 from the environment. Most C. difficile isolates were PCR-ribotype 033. A univariate mixed effect model analysis of risk factors associated dietary changes with increasing C. difficile prevalence in cows (P = 0.0004); and dietary changes (P = 0.004), breeding Simmental cattle (P = 0.001), mastitis (P = 0.003) and antibiotic treatment (P = 0.003) in calves. Multivariate analysis of risk factors found that dietary changes in cows (P = 0.0001) and calves (P = 0.002) increase C. difficile prevalence; mastitis was identified as a risk factor in calves (P = 0.001). This study shows that C. difficile is common on dairy farms and that shedding is more influenced by farm management than environmental factors. Based on molecular typing of C. difficile isolates, it could also be concluded that family dairy farms are currently not contributing to increased CDI incidence.
Ključne besede: farm animals, clostridium difficile infection (CDI), dairy farms
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 696; Prenosov: 324
.pdf Celotno besedilo (1,10 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

8.
Typing Clostridium difficile strains based on tandem repeat sequences
N Henning Zaiß, Maja Rupnik, Ed J Kuijper, Celine Harmanus, Dolf Michielsen, Koen Janssens, Ulrich Nübel, 2009, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: Genotyping of epidemic Clostridium difficile strains is necessary to track their emergence and spread. Portability of genotyping data is desirable to facilitate inter-laboratory comparisons and epidemiological studies. Results: This report presents results from a systematic screen for variation in repetitive DNA in the genome of C. difficile. We describe two tandem repeat loci, designated 'TR6' and 'TR10', which display extensive sequence variation that may be useful for sequence-based strain typing. Based on an investigation of 154 C. difficile isolates comprising 75 ribotypes, tandem repeat sequencing demonstrated excellent concordance with widely used PCR ribotyping and equal discriminatory power. Moreover, tandem repeat sequences enabled the reconstruction of the isolates' largely clonal population structure and evolutionary history. Conclusion: We conclude that sequence analysis of the two repetitive loci introduced here may be highly useful for routine typing of C. difficile. Tandem repeat sequence typing resolves phylogenetic diversity to a level equivalent to PCR ribotypes. DNA sequences may be stored in databases accessible over the internet, obviating the need for the exchange of reference strains.
Ključne besede: Clostridium difficile, microbiology, strain typing
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 735; Prenosov: 323
.pdf Celotno besedilo (792,24 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

9.
The LexA regulated genes of the Clostridium difficile
Beata Maria Walter, Maja Rupnik, Vesna Hodnik, Gregor Anderluh, Bruno Dupuy, Nejc Paulič, Darja Žgur-Bertok, Matej Butala, 2014, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: The SOS response including two main proteins LexA and RecA, maintains the integrity of bacterial genomes after DNA damage due to metabolic or environmental assaults. Additionally, derepression of LexA-regulated genes can result in mutations, genetic exchange and expression of virulence factors. Here we describe the first comprehensive description of the in silico LexA regulon in Clostridium difficile, an important human pathogen. Results: We grouped thirty C. difficile strains from different ribotypes and toxinotypes into three clusters according to lexA gene/protein variability. We applied in silico analysis coupled to surface plasmon resonance spectroscopy (SPR) and determined 16 LexA binding sites in C. difficile. Our data indicate that strains within the cluster, as defined by LexA variability, harbour several specific LexA regulon genes. In addition to core SOS genes: lexA, recA, ruvCA and uvrBA, we identified a LexA binding site on the pathogenicity locus (PaLoc) and in the putative promoter region of several genes involved in housekeeping, sporulation and antibiotic resistance. Conclusions: Results presented here suggest that in C. difficile LexA is not merely a regulator of the DNA damage response genes but also controls the expression of dozen genes involved in various other biological functions. Our in vitro results indicate that in C. difficile inactivation of LexA repressor depends on repressor`s dissociation from the operators. We report that the repressor`s dissociation rates from operators differentiate, thus the determined LexA-DNA dissociation constants imply on the timing of SOS gene expression in C. difficile.
Ključne besede: Clostridium difficile, antibiotic resistance, toxin regulation, SOS system, surface plasmon resonance, SPR, LexA repressor
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 745; Prenosov: 302
.pdf Celotno besedilo (1,16 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

10.
International Clostridium difficile animal strain collection and large diversity of animal associated strains
Sandra Janežič, Valerija Tkalec, Bart Pardon, Alexander Indra, Branko Kokotovic, Jose Luis Blanco, Christian Seyboldt, Rodriguez Diaz, Ian Poxton, Vincent Perreten, Ilenia Drigo, Alena Jiraskova, Matjaž Ocepek, Scott Weese, Glenn Songer, Mark Wilcox, Maja Rupnik, 2014, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: Clostridium difficile is an important cause of intestinal infections in some animal species and animals might be a reservoir for community associated human infections. Here we describe a collection of animal associated C. difficile strains from 12 countries based on inclusion criteria of one strain (PCR ribotype) per animal species per laboratory. Results: Altogether 112 isolates were collected and distributed into 38 PCR ribotypes with agarose based approach and 50 PCR ribotypes with sequencer based approach. Four PCR ribotypes were most prevalent in terms of number of isolates as well as in terms of number of different host species: 078 (14.3% of isolates; 4 hosts), 014/020 (11.6%; 8 hosts); 002 (5.4%; 4 hosts) and 012 (5.4%; 5 hosts). Two animal hosts were best represented; cattle with 31 isolates (20 PCR ribotypes; 7 countries) and pigs with 31 isolates (16 PCR ribotypes; 10 countries). Conclusions: This results show that although PCR ribotype 078 is often reported as the major animal C. difficile type, especially in pigs, the variability of strains in pigs and other animal hosts is substantial. Most common human PCR ribotypes (014/020 and 002) are also among most prevalent animal associated C. difficile strains worldwide. The widespread dissemination of toxigenic C. difficile and the considerable overlap in strain distribution between species furthers concerns about interspecies, including zoonotic, transmission of this critically important pathogen.
Ključne besede: Clostridium difficile, animals, ribotyping, geographic distribution, strain collection
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 677; Prenosov: 329
.pdf Celotno besedilo (985,16 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

Iskanje izvedeno v 0.3 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici