1. Microbiota in vitro modulated with polyphenols shows decreased colonization resistance against Clostridioides difficile but can neutralize cytotoxicityAleksander Mahnič, Jennifer Auchtung, Nataša Poklar Ulrih, Robert A. Britton, Maja Rupnik, 2020, izvirni znanstveni članek Opis: While the knowledge on gut microbiota - C. difficile interactions has improved over the years, the understanding of the underlying mechanisms providing colonization resistance as well as preventative measures against the infection remain incomplete. In this study the antibiotic clindamycin and polyphenol extracts from pomegranate and blueberries were used individually and in combination to modulate fecal microbial communities in minibioreactor arrays (MBRA). Modulated communities were inoculated with C. difficile (ribotype 027). Subsequent 7-day periodical monitoring included evaluation of C. difficile growth and activity of toxins TcdA and TcdB as well as analysis of MBRA bacterial community structure (V3V4 16%S metagenomics). Polyphenols affected multiple commensal bacterial groups and showed different synergistic and antagonistic effects in combination with clindamycin. Exposure to either clindamycin or polyphenols led to the loss of colonization resistance against C. difficile. The successful growth of C. difficile was most significantly correlated with the decrease in Collinsella and Lachnospiraceae. Additionally, we demonstrated that Clostridium sporogenes decreased the activity of both C. difficile toxins TcdA and TcdB. The feature was shown to be common among distinct C. sporogenes strains and could potentially be applicable as a non-antibiotic agent for the alleviation of C. difficile infection.
Ključne besede: microbiota in vitro, Clostridioides difficile, resistance, cytotoxicity
Objavljeno v DKUM: 29.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 3
 Celotno besedilo (1,67 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
2. Ribotype classification of Clostridioides difficile isolates Is not predictive of the amino acid sequence diversity of the toxin virulence factors TcdA and TcdBZhenghui Li, Kwok Lee, Urvi Rajyaguru, C. Hal Jones, Sandra Janežič, Maja Rupnik, Annaliesa S. Anderson, Paul Liberator, 2020, izvirni znanstveni članek Opis: Clostridioides (Clostridium) difficile is the most commonly recognized cause of infectious diarrhea in healthcare settings. Currently there is no vaccine to prevent initial or recurrent C. difficile infection (CDI). Two large clostridial toxins, TcdA and TcdB, are the primary virulence factors for CDI. Immunological approaches to prevent CDI include antibody-mediated neutralization of the cytotoxicity of these toxins. An understanding of the sequence diversity of the two toxins expressed by disease causing isolates is critical for the interpretation of the immune response to the toxins. In this study, we determined the whole genome sequence (WGS) of 478 C. difficile isolates collected in 12 countries between 2004 and 2018 to probe toxin variant diversity. A total of 44 unique TcdA variants and 37 unique TcdB variants were identified. The amino acid sequence conservation among the TcdA variants (>98%) is considerably greater than among the TcdB variants (as low as 86.1%), suggesting that different selection pressures may have contributed to the evolution of the two toxins. Phylogenomic analysis of the WGS data demonstrate that isolates grouped together based on ribotype or MLST code for multiple different toxin variants. These findings illustrate the importance of determining not only the ribotype but also the toxin sequence when evaluating strain coverage using vaccine strategies that target these virulence factors. We recommend that toxin variant type and sequence type (ST), be used together with ribotype data to provide a more comprehensive strain classification scheme for C. difficile surveillance during vaccine development objectives.
Ključne besede: Clostridioides difficile, Clostridium difficile, TCDB, TcdA, vaccines, whole genome sequencing
Objavljeno v DKUM: 28.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 5
Celotno besedilo (1,21 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
3. High contamination rates of shoes of veterinarians, veterinary support staff and veterinary students with Clostridioides difficile sporesJoanna Wojtacka, Beata Wysok, Aleksander Kocuvan, Maja Rupnik, 2022, izvirni znanstveni članek Opis: Clostridioides difficile is often found in animals and their environment. However, not much has been reported on veterinary clinics environment in terms of the spore load, prevalence and PCR ribotype diversity. The aim of this study was to assess the prevalence of C. difficile on shoe soles of veterinarians, veterinary support staff and veterinary students at the Veterinary Faculty campus. Altogether, 50 shoe sole swabs were collected, and the positivity rates ranged from 86.7% in swabs from veterinarians to 100% in swabs from support staff and students. Non-toxigenic and toxigenic strains representing toxinotypes 0, IV and XIX were isolated and distributed into 17 different PCR ribotypes, most common being 010, 014/020, SLO002 and 009. PCR ribotype 010 was the most prevalent and isolated from shoe soles sampled in 6/7 areas. Students' shoes had highest ribotype diversity (15/17 PCR ribotypes) but showed a low overlap with ribotype isolated from vets and support staff shoes. Veterinary students are likely the main vectors of C. difficile spores transmissions among veterinary teaching clinics and the hospital.
Ključne besede: Clostridioides (Clostridium) difficile, environment, footwear, One Health, transmission, veterinary clinic
Objavljeno v DKUM: 22.10.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 1
Celotno besedilo (1,33 MB)
Gradivo ima več datotek! Več... |
4. Osamitev in karakterizacija bakterije clostridioides difficile iz vzorcev komposta in iztrebkov malih sesalcev : magistrsko delo študijskega programa 2. stopnjeKlemen Tršinar, 2024, magistrsko delo Opis: Clostridioides difficile je Gram pozitivna, striktno anaerobna bakterija, ki tvori zelo odporne spore, in velja za eno najpomembnejših človeških črevesnih patogenih bakterij. Čeprav so najbolj raziskan rezervoar bakterije bolnišnična okolja, se v zadnjem času zaradi pogostejših okužb izven bolnišnic pojavlja več raziskav o okoljskih rezervoarjih. Spore, ki jih tvori bakterija, so odporne na različne kemične in fizikalne dejavnike ter se lahko prenašajo med različnimi okolji. Prisotne so v prsti, vodi, domačih kompostnikih, rečnih sedimentih, našli so jih na površinah v gospodinjstvih, podplatih obuval in šapah domačih živali. V okviru magistrske naloge smo preverili pogostost in raznolikost PCR-ribotipov v vzorcih komposta in iztrebkih malih sesalcev. Okrog vsakega od treh kompostnikov smo nastavili 6-8 živolovnih pasti za male sesalce. Vzporedno z ulovljenimi malimi sesalci smo vzorčili kompostnike na treh vzorčnih mestih. Skupno smo tako zbrali 9 vzorcev komposta in 16 vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Male sesalce smo determinirali do vrste in jih izpustili nazaj v okolje. Za nadaljnjo analizo smo uporabili le njihove iztrebke. Na bakterijo C. difficile je bilo pozitivnih vseh 9 vzorcev komposta in 2 vzorca iztrebkov malih sesalcev, kar je predstavljalo 12,5 % vseh vzorcev malih sesalcev. Skupno smo osamili 103 izolata, 91 iz vzorcev komposta in 12 iz vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Izolate smo razvrstili v 10 različnih PCR-ribotipov. Toksigen je bil samo en PCR-ribotip, in sicer 014/020, ki je pripadal toksinotipu 0. Iz iztrebkov smo osamili dva različna PCR-ribotipa. PCR-ribotip SLO 308 smo izolirali tako iz iztrebka malega sesalca kot iz vzorca komposta na isti lokaciji, kar nakazuje na možen prenos C. difficile med malimi sesalci in kompostom.
Ključne besede: Clostridioides difficile, osamitev, mali sesalci, kompost, Eno zdravje, molekularna karakterizacija, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 24.09.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 34
Celotno besedilo (4,31 MB) |
5. Clostridioides difficile in bakterije iz skupine Bacillus cereus v iztrebkih voluharicUrsulla Krautberger Balažić, 2023, magistrsko delo Opis: Bacillus cereus je Gram-pozitivna aerobna sporogena bakterija. Različni sevi B. cereus so si tako fenotipsko, kot v sekvencah genomov precej podobni z nekaterimi drugimi vrstami rodu Bacillus, zato jih skupaj uvrščamo v skupino B. cereus. Zaradi širokega temperaturnega optimuma je vsesplošno razširjena v naravnem okolju in naseljuje različne ekološke niše. Primerno okolje za rast in razvoj predstavljajo tudi prebavila žuželk in sesalcev. B. cereus povzroča tudi okužbe pri ljudeh. Pri okužbah so pomembni sevi, ki imajo gene za emetični in/ali diarealni toksin. Bakterija Clostridioides difficile je Gram-pozitivna oportunistična anaerobna bakterija, ki povzroča bolezni tako pri ljudeh, kot živalih. Razširjena je po vsem svetu. Okužba s C. difficile povzroča vnetje debelega črevesa in drisko, vendar samo pri osebah s porušeno črevesno mikrobioto. Razen pri človeku, jo najdemo v prebavilih mnogih živalskih vrst, tudi pri glodavcih. Ker so glodavci in žužkojedi v bližini človeških bivališč precej pogosti, prebavila voluharic pa predstavljajo rezervoar bakterije B. cereus, smo v nalogi ugotavljali ali in v kolikšnem deležu so te bakterije prisotne v prebavilih voluharic, v naši geografski regiji. Ugotovili smo, da je pojavnost bakterije B. cereus visoka. Iz 20 pobranih vzorcev smo izolirali 54 bakterijskih sevov B. cereus. Od tega smo jih 41 identificirali kot B. cereus sensu lato in 13 kot B. cereus sensu stricto. Seve identificirane kot B. cereus in sorodne seve (skupine B. cereus) smo testirali na prisotnost diarealnega ali emetičnega toksina. V večini sevov (39 izmed 45 testiranih) je bil prisoten diarealni toksin, ki se je pojavil pri 38 izoliranih sevih, medtem, ko pri nobenem sevu nismo zaznali emetičnega toksina.
Poleg tega smo iskali tudi bakterijo C. difficile, ki je bila v Sloveniji že opisana pri različnih živalih, prsti in v vodi, ne pa še pri glodavcih. Bakterijo C. difficile smo potrdili samo v enem izmed vzorcev fecesa.
Ključne besede: Clostridioides difficile, skupina Bacillus cereus, voluharice, prebavni trakt, spore, toksini
Objavljeno v DKUM: 13.04.2023; Ogledov: 564; Prenosov: 53
Celotno besedilo (1,59 MB) |
6. Vpliv prehrane in starosti goveda na kolonizacije s Clostridioides difficile : magistrsko deloUrška Erker, 2022, magistrsko delo Opis: Clostridioides difficile je anaerobna, sporogena bakterija, ki ob porušeni normalni črevesni flori proizvaja toksine in tako povzroči širok spekter črevesnih okužb pri ljudeh in živalih. V okviru magistrskega dela smo želeli raziskati vpliv spremenjene celotne krmne mešanice za govedo (TMR) na kolonizacije s C. difficile v fekalni mikrobioti 30-ih krav molznic glede na zaporedno laktacijo (1.‒6.) in fazo laktacije (I., II., III.). Prav tako smo v raziskavo vključili tudi 32 telet iz 6-ih starostnih skupin, da bi proučili, ali obstaja vpliv starosti in prehrane na kolonizacije s C. difficile v telečjem fecesu. Skupno smo 92 vzorcev inkubirali v bogatitvenem gojišču BHI z dodanim L-cisteinom, kvasnim ekstraktom in tauroholatom (BHIST) in kulturo po alkoholnem šoku inkubirali na selektivnem kromogenem gojišču. Analizo smo izvedli v laboratoriju Katedre za mikrobiologijo na Medicinski fakulteti Univerze v Mariboru. Noben fekalni vzorec ni bil pozitiven na bakterijo C. difficile. Na podlagi rezultatov sklepamo, da na kmetiji, zajeti v raziskavo, bakterija C. difficile v fecesu krav molznic in telet ni prisotna.
Ključne besede: krave molznice, TMR obrok, teleta, Clostridioides difficile, fekalni vzorci
Objavljeno v DKUM: 03.08.2022; Ogledov: 801; Prenosov: 139
Celotno besedilo (18,94 MB) |
7. Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridium difficile iz rečnih sedimentovJan Horvat, 2020, magistrsko delo Opis: Po Gramu pozitivna anaerobna bakterija Clostridioides (Clostridium) difficile je pogosta
povzročiteljica bolnišničnih črevesnih okužb. V zadnjih letih se povečuje število okužb v
domačem okolju pri populaciji, ki je bila v preteklosti prepoznana po nizkem tveganju
za okužbo. Bakterija tvori odporne endospore, ki ji omogočajo preživetje zunaj
gostitelja. Okolje predstavlja enega od možnih rezervoarjev C. difficile. Namen naše
naloge je bil raziskati pogostnost bakterije C. difficile v rečnem sedimentu. Vzorčeno je
bilo na treh lokacijah vzdolž reke Drave v jesenskem in zimskem letnem času. Skupno je
bilo nabranih 6 vzorcev v duplikatih, prisotnost spor bakterije C. difficile je bila
dokazana na vseh lokacijah in v vseh vzorcih. Iz vseh vzorcev je bilo osamljenih 335
izolatov C. difficile, ki so bili z metodo PCR-ribotipizacije uvrščeni v 26 različnih PCR-
ribotipov. Prevladujoča PCR-ribotipa sta bila 001/072 (29,9 %) in 014/020 (15,5 %), ki
sta oba toksigena in sta pogosto povzročitelja okužb pri hospitaliziranih bolnikih v
bližnji bolnišnici ter v Sloveniji in v svetu nasploh. Skupno je zgolj 8 PCR-ribotipov
pripadalo netoksigenim izolatom, kar predstavlja 30,8 % vseh izolatov. Naši rezultati
kažejo, da je rečni sediment bogat rezervoar endospor C. difficile in zaradi visokega
deleža toksigenih sevov lahko predstavlja vir okužbe z bakterijo C. difficile.
Ključne besede: Clostridioides difficile, okoljski vzorci, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 29.10.2020; Ogledov: 1846; Prenosov: 100
Celotno besedilo (1,42 MB) |
