| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 4 / 4
Na začetekNa prejšnjo stran1Na naslednjo stranNa konec
1.
Analiza sestave bakterijske združbe iz zbirnega jezera industrijske odpadne vode
Lučka Simon, 2019, doktorska disertacija

Opis: Objekt raziskovanja te naloge je bila odpadna industrijska voda iz umetnega zbirnega jezera, ki se nahaja v urbanem okolju. Prebivalstvo v tem okolju zlasti v poletnih mesecih moti pogosto penjenje in motnost vode v jezeru. Z namenom preiskave mikrobnih združb tega jezera smo poleti 2013 odvzeli vzorce vod in sedimentov iz petih, geografsko različnih vzorčnih mest jezera. Vzorcem smo ob odvzemu preiskali tudi izbrane fizikalno-kemijske lastnosti. Na hranilnem agarju smo iz vzorcev osamili 71 morfološko različnih izolatov. Vse izolate smo opisali s fenotipskimi in molekularno-biološkimi pristopi. S preiskavo nukleotidnih zaporedij genov za 16S rRNA smo identificirali 20 različnih bakterijskih rodov iz 16 družin. Sekvenca gena za 16S rRNA enega izmed izolatov se je z najbolj podobno sekvenco referenčnih sevov ujemala v le 96,2 %, zato smo ta izolat v nadaljevanju natančno preiskali s fenotipskimi pristopi in analizo njegovega genomskega zaporedja. Na osnovi teh rezultatov smo izolat opisali in objavili kot novo bakterijsko vrsto Paenibacillus aquistagni 11T. Preiskovanje odpornosti proti klinično pomembnim antibiotikom pri izolatih iz družine Enterobacteriaceae in iz rodov Acinetobacter ter Pseudomonas je odkrilo odpornost proti ampicilinu, pri 14,3 % sevov iz družine Enterobacteriaceae pa tudi proti kloramfenikolu. Izolati, identificirani kot Acinetobacter sp., Pseudomonas otitidis in Bacillus sp., ki smo jih izolirali iz vzorčnega mesta kjer je bilo penjenje najbolj obilno, so tudi v pogojih laboratorijskega namnoževanja tvorili stabilno peno na površini kompleksnega gojišča. Po analizi fizikalno-kemijskih lastnosti vode smo ugotovili najvišjo koncentracijo kovin v vzorčnem mestu 5, zato smo izolatom tega vzorčnega mesta preiskali odpornost proti železu in manganu. Za vse izolate smo ugotovili rast ob prisotnosti 300 mg/L Fe v kompleksnem gojišču, za 73 % ob prisotnosti 900 mg/L Fe, en izolat pa je toleriral 1500 mg/L Fe. Odpornost proti 1500 mg/L Mn smo potrdili pri 37 % preiskanih sevih, pri koncentraciji 300 mg/L Mn pa je rastlo kar 91 % izolatov. S tehnologijo Ion Torrent smo na osnovi preiskovanja sekvenc sedmih variabilnih regij genov za 16S rRNA tudi brez predhodne osamitve izolatov preiskali sestavo mikrobne združbe iz istih petih vzorčnih mest jezera odpadne vode kot smo pridobili izolate. V vzorcih Voda 1, Voda 3 in Voda 4 so prevladovale operacijske taksonomske enote iz družine Prochlorococcacea, v vzorcu Voda 2 iz družine Sphingomonadaceae, v vzorcu voda 5 pa iz družine Gallionellacea. V vzorcu Sediment 1 so prevladovale enote OTE iz družine Rhodobacteraceae, v vzorcu Sediment 2 iz Sphingomonadaceae, v vzorcu Sediment 3 iz Desulfobacteraceae, v vzorcu Sediment 4 iz Pseudomonadaceae in v vzorcu Sediment 5 iz družine Nostocaceae. Primerjava med bakterijskimi družinami, identificiranimi po osamitvi izolatov, ter bakterijskimi družinami identificiranimi neposredno, je odkrila najboljše ujemanje med rezultati za vzorec Voda 2 (57,2 %), nekoliko slabše za vzorec Voda 1 (21,8 %), Voda 3 (20,0 %) in Voda 4 (14,5 %), najslabše pa za vzorec Voda 5 (1,2 %). Pri sedimentih je bilo najboljše ujemanje med bakterijskimi družinami, identificiranimi z obema metodološkima pristopoma, v vzorcu Sediment 4 (74,0 %) in Sediment 2 (57,4 %), slabše pri Sediment 3 (10,2 %) in Sediment 1 (14,0 %), najslabše ujemanje pa je bilo ponovno v sedimentu iz vzorčnega mesta 5 (2,4 %). Z analizo glavnih komponent PCA smo ugotavljali vpliv fizikalno-kemijskih lastnosti na prisotnost posameznih bakterijskih družin. V vzorcih vod smo ugotovili povezavo med pH-vrednostjo, vsebnostjo Mg, Na, Cu, Fe, Mn, Zn in skupino bakterijskih družin Gallionellaceae, Burkholderiaceae, Eubacteriaceae, Methylophilaceae in Ferrovaceae. V vzorcih sedimentov pa je bila prevladujoča povezava med vsebnostjo As, Cd, Co, Cu, Fe, Mn, Ni, Zn in skupino bakterijskih družin Nostocaceae, Ferrovaceae, Gallionellaceae, Acetobacteraceae in Acidobacteriaceae.
Ključne besede: odpadne vode, mikrobna združba jezera, sekvenciranje naslednje generacije Ion Torrent, 16S rRNA, Paenibacillus aquistagni, antibiotiki, kovine, penjenje vode
Objavljeno: 19.04.2019; Ogledov: 904; Prenosov: 62
.pdf Celotno besedilo (3,62 MB)

2.
Komagataeibacter sp. nov. T5K1: ocetnokislinska bakterija, izolirana iz kvasovke Saccharomycodes ludwigii
Mateja Polc, 2017, magistrsko delo

Opis: Ocetnokislinske bakterije so skupina mikroorganizmov, ki jih v naravi pogosto najdemo na substratih, bogatih s sladkorji, alkoholi in kislinami. Število opisanih rodov ocetnokislinskih bakterij je v zadnjih 30 letih iz prvotno dveh narastlo na 19. Med njimi je največje število vrst opisanih znotraj rodov Acetobacter, Gluconobacter, Gluconacetobacter in Komagataeibacter. V magistrskem delu smo iz kvasovke Saccharomycodes ludwigii T5K1 osamili ocetnokislinsko bakterijo Komagataeibacter sp. T5K1_A in jo nadalje okarakterizirali s preiskovanjem nukleotidnega zaporedja genov za 16S rRNA in medgenske regije 16S-23S rDNA. Odkrili smo, da je njen najbližji sorodnik vrsta Gluconacetobacter entanii; njuni sekvenci gena za 16S rRNA sta si podobni v 99 %, sekvenci medgenskih regij 16S-23S rDNA pa v 94 %. Glede na do sedaj poznane podatke o podobnosti teh DNA-regij med vrstami ocetnokislinskih bakterij smo domnevali, da bi sev Komagataeibacter sp. T5K1_A lahko bila nova vrsta ocetnokislinske bakterije. Odločili smo se, da naredimo natančno fenotipsko analizo in poiščemo fenotipske lastnosti, ki omogočajo razlikovanje seva Komagataeibacter sp. T5K1_A od njemu najbolj sorodnih vrst. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A je mogoče razlikovati od dveh filogenetsko najbolj sorodnih vrst Gluconacetobacter entanii in Komagataeibacter maltaceti po zmožnosti tvorbe 2-keto-D-glukonske kisline, uporabe sorbitola, D- manitola, D-glukonata in glicerola kot edinega vira ogljika za rast, fermentaciji D-manitola do kisline in še nekaterih drugih biokemijskih lastnostih. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A raste tudi pri višjih koncentracijah ocetne kisline ob prisotnosti 1 % in 3 % etanola v gojišču RAE, v primerjavi s tipskim sevom Komagataeibacter maltaceti. Sev Komagataeibacter sp. T5K1_A producira na gojišču RAE celulozo. Zaradi vseh teh lastnosti je sev Komagataeibacter sp. T5K1_A zelo verjetno nova vrsta ocetnokislinske bakterije. Za dokončno potrditev te hipoteze bo potrebno razlike seva Komagataeibacter sp. T5K1 od njemu najbolj sorodnih vrst potrditi še na nivoju celokupne DNA genomov. Sekvenciranje genoma seva Komagataeibacter sp. T5K1 in genomov njemu najbolj sorodnih vrst trenutno poteka v sodelavi z raziskovalno skupino iz Belgije.
Ključne besede: Ocetnokislinske bakterije, rod Komagataeibacter, industrijski bioprocesi, kis, 16S rRNA, 16S-23S rDNA, identifikacija
Objavljeno: 18.04.2017; Ogledov: 1247; Prenosov: 130
.pdf Celotno besedilo (1,79 MB)

3.
Identifikacija ocetnokislinskih bakterij iz industrijske proizvodnje jabolčnega kisa na osnovi medgenske regije 16S-23S rDNA
Aleksandra Mori Štornik, 2015, magistrsko delo

Opis: Zavedanje ljudi o pomembnosti uživanja zdrave hrane postaja vedno močnejše, zato se v zadnjih letih povečuje trend uživanja živil, pridobljenih iz surovin, ki so čim manj izpostavljene kemikalijam, npr. s škropljenjem. Tudi kis, kot eden izmed pogosto uporabljenih dodatkov k hrani, se lahko pridobiva iz jabolk, ki so pridelana na konvencionalen način, s škropljenjem, ali pa brez škropljenja, s čimer pridobimo bio-jabolčni kis. V okviru te magistrske naloge smo primerjali mikrobioto iz industrijskih submerznih bioreaktorjev za pridobivanje konvencionalnega in bio-jabolčnega kisa. V ta namen smo na gojiščih RAE v aerobni atmosferi pridobili 41 izolatov ocetnokislinskih bakterij in kvasovk, od tega 21 iz bioreaktorja za pridobivanje konvencionalnega jabolčnega kisa. Pri vsakem od obeh bioprocesov smo vzorce odvzeli iz različnih stopenj oksidacije etanola v ocetno kislino med enim dobro delujočim oksidacijskim ciklusom pridobivanja kisa. Izolate smo najprej fenotipsko okarakterizirali in jih nato s pomočjo molekulskih metod identificirali. Na osnovi primerjav nukleotidnega zaporedja medgenske regije 16S-23S rDNA med izoliranimi sevi in referenčnimi sevi ocetnokislinskih bakterij smo v konvencionalnem jabolčnem kisu identificirali dve vrsti ocetnokislinskih bakterij: Komagataeibacter oboediens in Acetobacter pasteurianus. Poleg tega smo identificirali še vrsto Komagataeibacter maltaceti, ki pa je živela v simbiozi s kvasovko in nam je od nje ni uspelo izolirati. V bio-jabolčnem kisu smo identificirali štiri vrste ocetnokislinskih bakterij: A. pasteurianus, Acetobacter ghanensis, K. oboediens in Komagataeibacter saccharivorans. Iz obeh vrst kisa smo izolirali tudi kvasovke in jih identificirali na osnovi nukleotidnega zaporedja regije ITS15.8S rDNA‒ITS2. Kvasovki Candida ethanolica in Saccharomycodes ludwigii sta bili prisotni v obeh vrstah kisa, medtem ko smo iz bio-jabolčnega kisa izolirali še vrsto Pichia membranifaciens. Pri predstavnikih posameznih vrst, pridobljenih v tem delu, in izbranih referenčnih sevih ocetnokislinskih bakterij smo ugotavljali sposobnost rasti pri temperaturah 30 °C in 37 °C. Kljub temu da je za ocetnokislinske bakterije 30 °C opisanih kot optimalna temperatura namnoževanja, smo ugotovili, da se vsi sevi dobro namnožujejo tudi pri 37 °C, za nekatere seve pa je bila ta temperatura celo ugodnejša. Pri kvasovkah smo ugotavljali tudi sposobnost rasti ob prisotnosti različnih koncentracij ocetne kisline v gojišču RAE. Ugotovili smo, da vsi izolati rastejo v prisotnosti 3 % maksimalne koncentracije ocetne kisline, sev Candida ethanolica T4K1 pa je bil odporen tudi proti 4 % ocetni kislini.
Ključne besede: ocetnokislinske bakterije, jabolčni kis, bio-jabolčni kis, 16S rRNA, 16S-23S rDNA, identifikacija
Objavljeno: 06.01.2016; Ogledov: 1625; Prenosov: 205
.pdf Celotno besedilo (965,38 KB)

4.
ANALIZA MIKROBIOTE ZBIRNEGA JEZERA VOD IZ NAPRAVE ZA ODSTRANJEVANJE TEKOČIH ODPADKOV IZ PROIZVODNJE TiO2
Lučka Simon, 2014, diplomsko delo

Opis: Na zbirnem jezeru odpadnih industrijskih vod iz naprave za odstranjevanje tekočih odpadkov iz proizvodnje TiO2, ki se nahaja v urbanem okolju, se v zimskih in spomladanskih mesecih opaža motnost vode. V prelivnih vodah iz jezera se občasno pojavijo povišane koncentracije železa. Zaradi pojava motnosti in občasnega penjenja površine jezera, smo z analizo mikrobiote v vzorcih vod želeli ugotoviti morebitne biološke vzroke za nastale pojave. Zato smo leta 2013, v zimskem času, odvzeli vzorce na petih vzorčnih mestih. Vzorcem smo ob odvzemu izmerili temperaturo in vrednost pH. V vsakem izmed petih vzorcev vode, odvzetih iz različnih mest jezera, smo z gojitveno tehniko na kompleksnem gojišču določili 2,8 x 102 do 5,9 x 103 CFU/mL. Iz vsakega vzorca smo izbrali fenotipsko različne kolonije in iz njih izolirali 35 morfološko različnih sevov, ki smo jih shranili na –80oC. Seve smo nato identificirali s fenotipskimi in molekularno-biološkimi pristopi. Fenotipska identifikacija je obsegala barvanje po Gramu in encimsko analizo (oksidazni in katalazni test). Od tega je bilo 83 % sevov po Gramu negativnih, 11 % pa pozitivnih. Na oksidazni test je bilo 75 % sevov pozitivnih, na katalazni test pa so bili vsi sevi pozitivni. V nadaljevanju smo seve identificirali na osnovi nukleotidnih zaporedij genov za 16S RNA. 19 izolatov smo identificirali kot predstavnike razreda -Proteobacteria, s prevladujočim rodom Aeromonas, 3 kot predstavnike razreda β-Proteobacteria z enim samom rodom Janthinobacterium, 2 kot predstavnika razreda α-Proteobacteria (Sphingomonas in Rhodobacter), 2 iz rodu Flavobacterium in 7 iz skupine po Gramu pozitivnih bakterij s prevladujočim rodom Bacillus. En sev je v laboratorijskih pogojih izgubil sposobnost namnoževanja, enega pa smo identificirali kot plesen Fusarium sp. Vzporedno štetje bakterij s pretočno citometrijo je pokazalo, da v laboratorijskih pogojih uspemo izolirati manjši delež bakterij glede na celotno število, ki se nahaja v jezeru ( 0,1 %). Prisotnost mikroorganizmov smo povezali s fizikalno-kemijskimi lastnostmi vzorcev. S pomočjo literature smo delno razložili vizualne spremembe na zbirnem jezeru.
Ključne besede: Odpadne vode, analiza mikrobiote, identifikacija bakterij, 16S rRNA, pretočna citometrija.
Objavljeno: 27.10.2014; Ogledov: 1550; Prenosov: 137
.pdf Celotno besedilo (1,15 MB)

Iskanje izvedeno v 0.11 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici