| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 96
Na začetekNa prejšnjo stran12345678910Na naslednjo stranNa konec
1.
Samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena (NSSI) pri mladostnikih - vpliv genetskih polimorfizmov, travmatiziranosti, impulzivnosti in duševnih motenj
Teja Bunderla, 2021, doktorska disertacija

Opis: Samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena (»Nonsuicidal Self-Injury« – NSSI) se vedno bolj pojmuje kot samostojna psihiatrična motnja. Odkar je bil NSSI leta 2013 v najnovejši izdaji ameriške klasifikacije duševnih motenj (»Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders« – DSM-5) prvič opredeljen kot samostojna diagnoza v sekciji III – pod motnjami za prihodnje raziskovanje, se je znanje na tem področju bistveno povečalo, vendar pa etiologija tega vedenja še zmeraj ni pojasnjena. Obstajajo številne psihološke razlage nastanka in vzdrževanja NSSI. Identificirane so najpogostejše komorbidnosti (depresija, mejna osebnostna motnja, anksioznost). Vzroki za nastanek NSSI niso poznani, dosedanje raziskave pa nakazujejo tako dedni dejavnik kot dejavnike okolja. V raziskavi smo zbrali 95 mladostnikov z NSSI, diagnosticiranih po raziskovalnih kriterijih DSM-5, 21 kontrol brez NSSI in 118 posameznikov iz splošne populacije, ki smo jih dodali kot dodatno kontrolno skupino za genetske preiskave. Pri vseh smo opravili genotipizacijo polimorfizmov v genih TPH1 (rs4537731, rs1799913, rs7933505), SLC6A4 (VNTR STin2), OPRM1 (rs1799971), GNβ3 (rs5443) in DRD2/ANKK1 (rs1800497). Preiskovanci z NSSI in kontrolna skupina brez NSSI so izpolnili prevedene vprašalnike Barratt Impulsiveness Scale (BIS-11), State-Trait Anxiety Inventory for Adults (STAI), MacLean Screening Instrument for BPD (MSI-BPD) in Early Trauma Inventory Self Report-Short Form (ETISR-SF), preiskovanci z NSSI pa še dodatno Inventory of Statements about Self-Injury (ISAS) in Self-Injury Craving Questionnaire (SICQ). Opravili smo asociacijsko analizo in analize interakcij med izbranimi kandidatnimi geni in okolijskimi dejavniki za nastanek NSSI. Ugotovili smo statistično značilno povezavo polimorfizma rs4537731 v genu TPH 1 s starostjo ob prvem pojavu NSSI. Prisotnost STin2.10 je bila skupaj s celokupno travmatiziranostjo povezana z večjo verjetnostjo za NSSI. Alel G polimorfizma rs1799971 v genu OPRM1 se je izkazal kot varovalni alel, povezan z nižjim hlepenjem po NSSI. Z multivariantnim modelom smo pokazali povezavo mejne osebnostne motnje in dednega dejavnika z nastankom NSSI, pri čemer sta k dednemu dejavniku za nastanek NSSI prispevala predvsem polimorfizma rs1799913 in rs7933505. Polimorfizem rs1799913 je bil statistično značilno povezan z nastankom NSSI v modelu skupaj z anksioznostjo kot osebnostno potezo. NSSI v našem vzorcu je bil močno povezan s celokupno travmatiziranostjo, čustveno zlorabo in spolno zlorabo. Dokazali smo tudi pomembno povezavo z impulzivnostjo. Mladostniki z NSSI iz našega vzorca so izpostavili hlepenje po NSSI, ki je primerljivo hlepenju po kokainu. Hlepenje je bilo v močni premo sorazmerni korelaciji s številom NSSI v življenju. Anksioznost je bila pri posameznikih z NSSI zelo povišana, bistveno pa je bila povezana tudi s povišanjem hlepenja po NSSI. Mladostniki so v večinskem deležu poročali o spremenjenem zaznavanju bolečine med NSSI, a povezave z genetiko nismo uspeli potrditi. NSSI je v analizah povezav med dednimi in okoljskimi dejavniki pokazal povezanost predvsem s kandidatnimi polimorfizmi serotoninskega sistema in s sistemom endogenih opioidov. Ugotovili smo povezavo NSSI z visokim hlepenjem. Nujno je nadaljevanje raziskovanja NSSI v smislu vedenjske odvisnosti. NSSI je bil močno povezan s travmatiziranostjo in izkušnjami predvsem čustvene in spolne zlorabe. Z anksioznostjo je verjetno povezan veliko bolj, kot smo do sedaj predvidevali.
Ključne besede: samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena, NSSI, mladostniki, anksioznost, mejna osebnostna motnja, travmatiziranost, impulzivnost, odvisnost, zaznavanje bolečine, genetski polimorfizmi, serotoninski sistem, endogeni opioidi, dopaminergični sistem
Objavljeno: 18.03.2021; Ogledov: 45; Prenosov: 12
.pdf Celotno besedilo (2,49 MB)

2.
Biochemistry and molecular biology
Katja Repnik, Helena Sabina Čelešnik, Staša Jurgec, Uroš Potočnik, 2017, drugo učno gradivo

Objavljeno: 02.03.2021; Ogledov: 303; Prenosov: 15
.pdf Celotno besedilo (2,28 MB)

3.
Biološki procesi in napovedovanje neodzivnosti na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri Crohnovi bolezni z integracijo genomskih podatkov
Gregor Jezernik, 2020, doktorska disertacija

Opis: Razvoj bioloških zdravil je pomembno prispeval k možnostim zdravljenja raka in imunsko pogojenih bolezni. Med najpogosteje uporabljenimi biološkimi zdravili so zaviralci dejavnika tumorske nekroze (TNF). Crohnova bolezen je pogosta imunsko pogojena bolezen prebavil, ki se zdravi z zaviralci TNF. Kljub tarčnemu delovanju zaviralcev TNF del bolnikov s Crohnovo boleznijo žal ne doseže dobrega odziva na zaviralce TNF že ob uvedbi terapije ali pa sprva dober odziv na zaviralce TNF s časom izzveni. Neodzivnost na zaviralce TNF predstavlja pomeni izgubo nadzora nad pogosto hudim bolezenskim stanjem bolnika s Crohnovo boleznijo, ki je po nepotrebnem izpostavljen potencialno hudim neželenim stranskim učinkom bioloških zdravil, in tudi precejšnje finančno breme za zdravstveno blagajno. Ti razlogi utemeljujejo potrebo po napovedovanju odziva na biološka zdravila, po možnosti še pred uvedbo zdravljenja. V doktorski disertaciji smo celostno raziskali biološke označevalce odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin v vzorcih periferne venske krvi skupine slovenskih bolnikov s Crohnovo boleznijo, ki se je zdravila z adalimumabom. Rezultate teh analiz smo uporabili za oblikovanje novih napovednih modelov s pristopi strojnega učenja, t.i. metode podpornih vektorjev. Za namene iskanja vzročnih bioloških procesov, ki pogojujejo neodzivnost na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, smo sistematsko preučili gensko ontologijo že objavljenih bioloških označevalcev odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze v kronični vnetni črevesni bolezni. Za primerjalno analizo genske ontologije smo zbrali tudi biološke označevalce odziva v revmatoidnem artritisu. Ker je neodzivnost pogostejša med pediatričnimi bolniki, smo analizo genske ontologije razširili še na vzročne gene pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni in sindrome s klinično sliko, skladno s kronično vnetno črevesno boleznijo. Dodatno smo tudi poskusili ponoviti že objavljen napovedni model odziva na infliksimab, ki temelji na izražanju petih genov v črevesni sluznici. Rezultati genske ontologije že objavljenih označevalcev kažejo na povezavo med krvnimi lipoproteini in odzivom na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri kronični vnetni črevesni bolezni, kot tudi pri revmatoidnem artritisu. Na osnovi rezultatov genske ontologije pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni lahko sklepamo, da so zelo zgodnje pediatrične oblike z nastopom bolezni pred šestim letom starosti ločena genetska entiteta in je neodzivnost pogojena z drugimi procesi, npr. s primarno imunsko pomanjkljivostjo. Analiza bioloških podatkov na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin ni pokazala biološkega označevalca, ki bi dosegel statistično značilnost, kar odraža tudi analiza napovedne moči s pristopi strojnega učenja. Profili maščobnih kislin nimajo napovedne moči za določevanje odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, genomski in transkripromski podatki pa imajo le nizko napovedno moč. Napovedni model na osnovi že objavljenega modela izražanja genov v črevesni sluznici smo uspešno ponovili in prenesli na drugo učinkovino (adalimumab). Na osnovi izražanja štirih genov v vneti in nevneti črevesni sluznici je možno napovedati odziv na zaviralce dejavnika tumorske nekroze s natančnostjo do 100 %. Nato smo še analizirali diagnostično napovedno moč bioloških podatkov s vključitvijo bioloških podatkov zdravih prostovoljcev, ki so že bili na voljo. Napovedni model na osnovi dednega zapisa in profilov maščobnih kislin je z natančnostjo do 100 % ločil med zdravimi prostovoljci in bolniki s Crohnovo boleznijo.
Ključne besede: Crohnova bolezen, genomika, transkriptomika, adalimumab, izid zdravljenja, genska ontologija
Objavljeno: 20.01.2021; Ogledov: 97; Prenosov: 23
.pdf Celotno besedilo (3,69 MB)

4.
Razvoj humanega sferoidnega 3-dimenzionalnega celičnega modela za testiranje učinkovin za zdravljenje raka glave in vratu na principu zaviranja matičnih celic raka
Larisa Goričan, 2020, doktorska disertacija

Opis: Za ponovitve tumorjev in razvoj oddaljenih metastaz so odgovorne na primarno zdravljenje odporne celice raka z izvornimi lastnostmi, ti. matične celice raka (MCR). MCR predstavljajo kritično podskupino rakastih celic, ki imajo sposobnost samoobnavljanja in diferenciacije ter ohranjajo tumor tudi po tem, ko primarno zdravljenje uniči večino preostalih celic tumorja. Omenjena spoznanja so vodila v iskanje terapij, ciljanih na MCR. Zaradi potrebe po terapijah ciljanih na MCR in njihove redkosti v primarnih tkivih je narasla potreba po modelu za obogatitev MCR, ki bi omogočil obogatitev MCR ter hkrati dopuščal proučevanje učinkovin z aktivnostjo usmerjeno proti MCR z analizami visokozmogljivih presejalnih testov (VPT). V ta namen smo v sklopu doktorske naloge iz komercialne epitelne celične linije PCKGV razvili humani sferoidni tri-dimenzionalni (3D) celični model (SM) obogaten za MCR, primeren za testiranje aktivnih učinkovin za zdravljenje PCKGV. Omenjeni sferoidni model združuje prednosti in zaobide omejitve dveh trenutno najpogosteje uporabljanih tehnik nasajanja sferoidov, kulture prosto-plavajočih sfer (oz. model tumorske sfere) in modela večceličnega tumorskega sferoida (MVTS). Podobno kot v modelu prostoplavajočih sfer, smo v SM uporabili medij za spodbujanje in ohranjanje matičnosti. Slednji za razliko od običajnega medija ne vsebuje seruma ploda goveda (»fetal bovine serum« - FBS), znanega sprožilca diferenciacije, ter je dopolnjen z več dejavniki, ki spodbujajo rast matičnih celic (osnovni fibroblastni rastni faktor, epidermalni rastni faktor, sestavljen komercialni pripravek, im. B-27). Za razvoj SM smo uporabili komercialno dostopno, stabilno celično linijo, ki za razliko od primarnih celičnih kultur, omogoča izvedbo dalj časa trajajočih eksperimentov, ponovitve posameznih eksperimentov, ne zahteva invazivnih metod pridobivanja, prav tako pa omogoča uporaba takšnih linij večjo primerljivost rezultatov med različnimi raziskovalnimi skupinami / eksperimenti. Podobno kot v MVTS smo za nasaditev SM uporabili mikrotitrsko ploščico z zaobljenim dnom in neoprijemljivo podlago, ter večjo koncentracijo celic nasadili na posamezno jamico in ploščico po nasaditvi zavrteli. Omenjeno je omogočilo generacijo celične mase in kasneje kompaktnega sferoida. Razviti SM smo primerjali z adherentno celično kulturo in MVTS, pri čemer je SM pokazal večjo obogatitev markerjev matičnosti, tako na transkripcijskem, kot proteinskem nivoju. Nadalje smo s pomočjo tretiranja sferoidov z diferenciacijskim medijem z dodano retinojsko kislino (»all-trans retionic acid« - ATRA) uspeli izbrati nabor specifičnih kazalcev za zaznavo MCR-diferenciacijskega učinka. Eksperiment z ATRA potrjuje občutljivost SM na delovanje učinkovin in njegovo uporabnost za detekcijo aktivnosti učinkovin z delovanjem proti MCR na treh različnih nivojih, tj. transkripcijskem, proteinskem in na nivoju celičnega cikla. V končnem eksperimentu s peptidnimi frakcijami kostnega mozga smo na SM uspeli identificirati šest frakcij s statističnim trendom zvišanja/ znižanja ekspresije enega ali več markerjev matičnosti. V doktorski nalogi razviti SM za obogatitev matičnih celic raka predstavlja kompromis med kompleksnostjo tumorja in preprostostjo protokola. Je primer preprostega modela sferoidov, ki ga tvori samo ena vrsta celic. Čeprav ne zajame kompleksnosti pravega tumorja, zagotavlja visoko obogatitev MCR ter zaradi enostavne vzpostavitve modela, uniformnosti, kratkega časa gojenja in prostorske ločitve sferoidov, ki omogoča dodajanje ene same aktivne sestavine posameznemu sferoidu, omogoča identifikacijo učinkovin z aktivnostjo proti MCR v analizah VPT. Takšen preprost model omogoča cenejšo identifikacijo prvih spojin in zožitev izbora učinkovin za nadaljnjo validacijo v bolj kompleksnih in dragih sferoidnih ali živalskih modelih.
Ključne besede: Ploščatocelični karcinom glave in vratu, matične celice raka, 3D / sferoidna kultura / model, visokozmogljivi presejalni testi, učinkovine z delovanjem proti matičnim celicam raka, retinojska kislina, markerji matičnosti
Objavljeno: 27.11.2020; Ogledov: 156; Prenosov: 40
.pdf Celotno besedilo (3,81 MB)

5.
Biooznačevalci za napoved odziva na vedolizumab pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Lara Metlika, 2020, diplomsko delo

Opis: Eno izmed obetavnejših bioloških zdravil za zdravljenje kronične vnetne bolezni je biološko zdravilo vedolizumab. Na žalost je neodziv na terapijo še vedno prisoten pri 1/3 bolnikov. Natančna napoved odzivnosti pred začetkom terapije bi bila zato zelo pomembna. V diplomskem delu je prikazan sistematski pregled literature. Iskanje PubMed je bilo izvedeno z vnaprej določenimi ključnimi besedami in izrazi, da se ugotovijo ustrezne študije o napovedovalcih odziva. V rezultatih so prikazani dobljeni tipi markerjev; proteinski, klinični, v povezavi z koncentracijo ter na ravni mRNA, ter medsebojne primerjave različnih vrednosti. Bolniki s hudo boleznijo ali predhodno izpostavljenostjo anti-TNF terapiji se manj verjetno odzovejo na vedolizumab. Prav tako so zanimivi proteinski markerji C-reaktiven protein, raven albumina ter fekalnega kalprotektina. Zaključimo, da je v prihodnje potrebnih še več študij ter bolj sistematičen pristop k iskanju biomarkerjev.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, ulcerozni kolitis, vedolizumab, odziv, in napovedovalci odziva
Objavljeno: 13.10.2020; Ogledov: 162; Prenosov: 28
.pdf Celotno besedilo (1,20 MB)

6.
Citotoksičnost in učinkovitost C87- inhibitorja tumorje - nekrotizirajočega faktorja alfa na humanih celičnih linijah
Adriana Kralj, 2020, diplomsko delo

Opis: Bolezni, povezane s prekomernim izločanjem vnetnega citokina TNF-α, v razvitih državah predstavljajo vedno večji problem. Slaba lastnost zdravil, kot so monoklonska protitelesa (infliksimab, adalimumab in golimumab), certolizumab pegol in etanercept, ki se trenutno uporabljajo za zdravljenje teh bolezni, so različne kožne reakcije, vpliv na plodnost in potek nosečnosti, imunogenost, povečanje možnosti za nastanek kožnega raka ter visoki stroški proizvodnje. Posledično se iščejo cenejši in enako učinkoviti računalniško načrtovani mali molekularni inhibitorji TNF-α, ki so se v zadnjih letih izkazali kot potencialna rešitev tega problema. K tem računalniško načrtovanim majhnim molekularnim inhibitorjem spada tudi inhibitor C87. Inhibitor C87 so testirali na mišjih modelih s hepatitisom in ugotovili, da učinkovito inhibira TNF-α ter poveča preživetje živali. V diplomskem delu smo se odločili za preizkus inhibitorja C87 na izbrani humani celični liniji, da bi ugotovili, če obstaja dovolj velika koncentracija C87, ki ni citotoksična in ki inhibira TNF-α. Glede na rezultate smo potrdili oz. ovrgli njegov potencial kot biološko zdravilo za vnetne bolezni. Najprej smo za potrebe eksperimenta s TNF-α in C87 optimizirali eksperimentalne pogoje za uporabljene humane celične linije različnih izvorov (imunske celice, epitelne celice in celice vratu ter glave), kar pomeni, da smo posebej za adherentne in suspenzijske humane celične linije z MTT metodo določili število celic, pri katerih je bila celična viabilnost glede na koncentracijo celic najvišja. Določili smo tudi najvišje koncentracije C87, ki niso citotoksične, za vsako uporabljeno humano celično linijo posebej. V nadaljnjih eksperimentih smo se odločili uporabiti eno celično linijo, v našem primeru je to bila celična linija Jurkat, na kateri smo izvedli eksperiment s TNF-α in C87 in na podlagi katere smo izbrali koncentracijo TNF-α. Glede na rezultate eksperimenta s TNF-α in C87 smo dognali, da koncentracija 250 nM neučinkovito zavira TNF-α koncentracije 10 ng/mL. Sklenili smo, da C87 v koncentraciji 250 nM ne predstavlja potenciala za biološko zdravilo za zdravljenje boleznih, kjer je povečano delovanje TNF-α.
Ključne besede: TNF-α, C87, vnetne bolezni, inhibitorji TNF-α, imortalizirane humane celične linije
Objavljeno: 08.10.2020; Ogledov: 81; Prenosov: 16
.pdf Celotno besedilo (1,44 MB)

7.
Povezava epigenetskih in ekspresijskih markerjev pri raku glave in vratu
Monika Ostroško, 2020, diplomsko delo

Opis: Rak glave in vratu predstavlja obsežno skupino bolezni, v katero uvrščamo raka ustnic, ustne in nosne votline, žrela, grla, vratu in nekatere druge. Med temi tumorji opazimo velike razlike, ne le zaradi mesta izvora, marveč prihaja tudi do različnih simptomov bolezni, hitrosti širjenja, različni so načini zdravljenja ter izidi bolezni. V pomoč pri postavljanju diagnoze, spremljanju obnašanja tumorja in pravilnem izboru zdravljenja se uporabljajo biološki označevalci. V telesu prisotnost teh snovi, ki jih ustvari tumor ali zdrave celice kot reakcijo na tumor, odkrijemo s pomočjo laboratorijske preiskave bioloških vzorcev. V diplomskem delu smo želeli izmeriti ekspresijo genov DAPK1 in MMP9 v zdravih in bolnih tkivih ter vzpostaviti protokole za metilacijsko analizo gena DAPK1. Genska ekspresija in metilacija sta povezana biološka procesa, saj metilacija vpliva na vezavo specifičnih transkripcijskih faktorjev na DNA, ti pa uravnavajo izražanje genov. Pri raziskovanju nas je zanimalo, če bi lahko DAPK1 in MMP9 služila kot možna biološka označevalca pri bolnikih z rakom glave in vratu. Za ugotavljalnje izražanja teh genov v zdravih in bolnih tkivih smo uporabili metodo qRT-PCR. Za analizo metilacijskih vzorcev na promotorju gena DAPK1 smo testirali dve občutljivi in specifični tehniki za določanje metilacije DNA, metodo MS-HRM ter metodo COBRA. Za analizo metilacije promotorja DAPK1 pri 15 bolnikih smo nato uporabili metodo COBRA. Rezultati genske ekspresije pri 47 bolnikih z rakom glave in vratu so pokazali statistično signifikantno znižanje DAPK1 v rakavih tkivih v primerjavi z zdravimi tkivi istih pacientov, medtem ko rezultati MMP9 kažejo na statistično signifikantno povečanje ekspresije v rakavih tkivih. Z merjenjem genske ekspresije smo prišli do zaključka, da sta gena DAPK1 in MMP9 zanimiva kot potencialna biološka markerja pri raku glave in vratu. Zaradi majhnega števila bolnikov, ki so bili vključeni v metilacijsko analizo, nismo mogli postaviti zaključkov o metiliranosti promotorja DAPK1. Za jasne zaključke bodo potrebne nadaljne analize.
Ključne besede: rak glave in vratu, biološki označevalci, DAPK1, MMP9, genska ekspresija, metilacija
Objavljeno: 08.10.2020; Ogledov: 82; Prenosov: 16
.pdf Celotno besedilo (2,35 MB)

8.
Izražanje dolge nekodirajoče RNA CCAT1 pri bolnikih z rakom glave in vratu
Davor Babič, 2020, diplomsko delo

Opis: Rak glave in vratu (angl. Head and Neck Cancer, HNC) je heterogena skupina rakov, ki nastanejo v ustni votlini, žrelu, grlu, nosni in obnosni votlini ter na ustnicah, žlezah slinavkah in vratnih bezgavkah. Letno za rakom glave in vratu zboli 600.000 ljudi in umre jih 300.000, kar ga uvršča na sedmo mesto najpogostejših rakov na svetu. Pri razvoju raka glave in vratu sodeluje dolga nekodirajoča RNA (lncRNA) CCAT1 (angl. Colon Cancer Associated Transcript 1), katere vloga in molekulerni mehanizmi delovanja so slabo okarakterizirani. V diplomski nalogi smo na vzorcu 34 bolnikov z RT-PCR proučili izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu pri rakih grla, žrela, ustne votline in ustnic. Izražanje lncRNA CCAT1 se ni razlikovalo med zdravim in tumorskim tkivom in med proučevanimi skupinami rakov. Vpliva stadija in okoljskih dejavnikov tveganja (kajenje, uživanje alkohola, okuženosti s HPV16), na izražanje lncRNA CCAT1 v zdravem in tumorskem tkivu nismo ugotovili. Za rake glave in vratu s perivaskularno, perinevralno in limfovaskularno invazijo je bilo značilno nižje izražanje lncRNA CCAT1 kot za neinvazivne oblike, vendar razlika ni dosegla statistične značilnosti (p=0,08). Naši rezultati kažejo, da kajenje, uživanje alkohola in okuženost s HPV16 ne vplivajo na izražanje lncRNA CCAT1 pri rakih glave in vratu. Za potrditev vloge lncRNA CCAT1 pri patogenezi raka glave in vratu bo potrebno izražanje lncRNA CCAT1 proučiti na večjem vzorcu bolnikov.
Ključne besede: rak glave in vratu, lncRNA, CCAT1, invazija, RT-PCR
Objavljeno: 08.10.2020; Ogledov: 173; Prenosov: 23
.pdf Celotno besedilo (1,54 MB)

9.
Implementacija avtomatiziranega pristopa k analizi podatkov DNA sekvenciranja
Dragana Bjelić, 2020, magistrsko delo

Opis: Uvod: Z razvojem tehnologije sekvenciranja DNA in naraščanjem podatkov se povečuje tudi potreba po kvalitetni analizi in interpretaciji podatkov. Prav tako sta pomembna hitrost in zanesljivost klasificiranja posameznikov za določen genotip. Pri metodi sekvenciranja naslednje generacije (NGS) to klasificiranje temelji na klicanju različic, ki je sklepanje, da na določenem mestu obstaja razlika v nukleotidu v primerjavi z referenčnim nukleotidnim zaporedjem. Surovi podatki pridobljeni z NGS analizo so podani v datoteki VCF (ang. variant call format), kjer je v tabeli potencialnih različic oziroma kandidatnih genotipov v spremenljivki Filter pogosto uporabljena oznaka PASS za različice oziroma genotipe za katere je klasifikator nevronske mreže podal višjo verjetnost nereferenčnega klica genotipa kot za referenco, tj. zanesljiv klic različice. V magistrskem delu želimo s primerjavo števila klicanih različic in PASS različic med obstoječim in nadgrajenim pristopom pokazati pomembnost posodobitev programskih orodij. Metode: V empiričnem delu smo implementirali avtomatiziran pristop k analizi podatkov DNA sekvenciranja, ki je nadgradnja obstoječega protokola analize, ki je na razpolago na aparatu Illumina Miseq. V našem nadgrajenem protokolu smo namesto modula GATK Variant Caller iz različice v1.6. obstoječega orodja na aparatu Illumina MiSeq uporabili modul Haplotype Caller pridobljenega iz programskega paketa GATK v3.8. Haplotype Caller je natančnejši, saj zavrne podatke o poravnavi okoli položaja, kjer se sumi na različico in ponovno prebere odčitke v tej regiji. Prav tako smo nadgradili algoritem poravnave nukleotidnih zaporedij iz različice 0.7.9 v obstoječem protokolu na 0.7.12, ki nam z nadgradnjo omogoča HLA tipizacijo. Protokol smo nadgradili tudi s predhodnim obrezovanjem tehničnih nukleotidnih zaporedij. Na koncu smo analizo števila klicanih različic in PASS različic med obema pristopoma ovrednotili v programskem okolju R z Wilcoxon-ovim statističnim testom. Rezultati: Rezultati Wilcoxon-ovega testa so pokazali močno statistično značilno razliko med odkritim številom klicanih različic in PASS različic med nadgrajenim in obstoječim pristopom, pri čemer je nadgrajen pristop v povprečju odkril 26-krat več klicanih različic in 33 krat več PASS različic, od tega 5 pozitivnih PASS različic pomembnih za diagnozo od 12, kar pomeni 41,7 %. Diskusija: Ugotovili smo, da je nadgrajen tekoči trak ukazov za analizo nukleotidnega zaporedja DNA učinkovitejši, saj odkrije več klicanih in PASS različic.
Ključne besede: NGS, bioinformatika, sekvenciranje, Illumina MiSeq
Objavljeno: 21.09.2020; Ogledov: 253; Prenosov: 83
.pdf Celotno besedilo (7,38 MB)

10.
Skupne genske značilnosti bolnikov z astmo in atopijskim dermatitisom
Amadeja Jeraj, 2020, diplomsko delo

Opis: Astma in atopijski dermatitis sta kompleksni alergijski bolezni, katerih prisotnost v današnjem razvitem svetu narašča. K razvoju obeh bolezni pripomore več različnih genov, bivalno okolje in način življenja posameznika. Namen raziskave je bil poiskati podobnosti in razlike v genetski arhitekturi astme in atopijskega dermatitisa. Na osnovi objavljenih študij smo izbrali tiste gene, ki so bili povezani z nastankom obeh boleznih ter analizirali genetske polimorfizme v izbranih genih pri slovenskih otrocih z astmo in/ali atopijskim dermatitisom. V našo študijo smo vključili 219 bolnikov in 97 zdravih posameznikov kot kontrolno skupino. Iz brisov ustne sluznice in krvnih limfocitov bolnikov ter zdravih posameznikov smo izolirali DNA molekule, na katerih smo genotipizirali izbrane polimorfizme genov STAT5B (rs9900213), TSLP (rs1898671) in STAT6 (rs324015). Genotipizacijo smo izvedli z metodoma qPCR-HRM in PCR-RFLP. Rezultate smo statistično analizirali s programom SPSS, kjer smo primerjali genotipske in alelne frekvence bolnikov in kontrol ter iskali povezavo med polimorfizmi in boleznima. V raziskovalni nalogi smo potrdili vpliv gena TSLP na razvoj astme. Sočasno smo ugotovili, nekoliko povišano frekvenco alela T polimorfizma rs9900213 v genu STAT5B pri astmatikih in bolnikih z atopijskim dermatitisom in pridruženo astmo, kar bi lahko povečalo tveganje za razvoj astme. Za boljše razumevanje povezave astme in atopijskega dermatitisa bi bile potrebne nadaljnje raziskave na večjem številu vzorcev. S tem bi dobili realnejšo sliko povezav med atopijskim dermatitisom in astmo, kar bi prispevalo k uspešnejšemu zdravljenju. Pridobljeni podatki lahko v prihodnosti prispevajo k razumevanju povezav med astmo in atopijskim dermatitisom.
Ključne besede: atopijski dermatitis, astma, asociacijska študija, polimorfizem posameznega nukleotida (SNP), kandidatni geni
Objavljeno: 30.07.2020; Ogledov: 222; Prenosov: 57
.pdf Celotno besedilo (1,67 MB)

Iskanje izvedeno v 0.31 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici