| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 100
Na začetekNa prejšnjo stran12345678910Na naslednjo stranNa konec
1.
Genetski polimorfizmi in izražanje kandidatnih genov pri bolnikih s kronično ledvično boleznijo
Špela Šalamon, 2021, doktorska disertacija

Opis: Kronično ledvično bolezen (KLB) še vedno pogosto obravnavamo kot samo eno izmed pridruženih bolezni pri multimorbidnih bolnikih. Ker je bolezen do poznih faz tipično klinično nema, je mnogokrat ne odkrijemo in zdravimo pravočasno. Pri nekaterih bolnikih hitro napreduje do končne ledvične odpovedi, tako da postanejo odvisni od nadomestnega zdravljenja. To prinaša za bolnike zaplete in slabšo kvaliteto življenja, za zdravstvene sisteme in svojce pa obremenitve in stroške. Ker se bolezen pojavlja pretežno pri starejših bolnikih, jih ob počasnem poteku velika večina umre iz drugih razlogov, preden bi prišlo do končne odpovedi ledvic. Bolezen napreduje z zelo različno hitrostjo, tudi pri bolnikih, ki imajo sicer podobne demografske in klinične značilnosti. Dejavnike, ki vplivajo na hitrost napredovanja bolezni, poznamo in razumemo samo delno. Posebej malo vemo o genetskih vplivih na napredovanje bolezni, čeprav že imamo veliko informacij o genetski predispoziciji za nivo glomerulne filtracije (kreatininska oGF) v splošni populaciji ocenjene na osnovi kreatinina. V naši raziskavi smo poskušali ugotoviti, kateri klinični in genetski dejavniki vplivajo na hitrost upada ledvične funkcije. To smo naredili na dva načina: prvič s primerjavo sicer demografsko in klinično podobnih bolnikov, ki potrebujejo ali ne potrebujejo dialize, in drugič z večletnim opazovanjem poteka bolezni pri bolnikih, ki v začetku niso potrebovali dialize. Polimorfizme posameznega nukleotida (angl. SNP za Single Nucleotide Polymorphism), ki so v splošni populaciji najbolj značilno povezani s kreatininsko oGF, smo analizirali za povezavo s hitrostjo napredovanja bolezni pri bolnikih s KLB. Preverjali smo tudi povezave polimorfizmov SNP z drugimi kliničnimi in laboratorijskimi dejavniki, vključno z izražanjem kandidatnih genov. Tako pri v začetku dializno odvisnih bolnikih v primerjavi z dializno neodvisnimi (p = 0,002) kot pri v začetku dializno neodvisnih bolnikih s hitrejšim potekom bolezni v primerjavi s tistimi s počasnejšim (p < 0,001), smo zabeležili veliko višje nivoje albuminurije, kar je skladno z dosedanjimi ugotovitvami. Polimorfizem SNP rs2453533 v genu GATM, ki ima iz splošne populacije znano povezavo alela A z znižano kreatininsko oGF, smo prvič povezali s klinično izraženo KLB v asociacijski analizi med bolniki in zdravimi posamezniki. Frekvenca alela A je bila povišana pri dializno neodvisnih (Bonferroni p = 0,02), ne pa tudi pri dializno odvisnih bolnikih. Uspešno smo replicirali tudi znano povezavo alela C polimorfizma rs4293393 v področju genov UMOD/PDILT z od dialize neodvisno, ne pa z od dialize odvisno KLB (Bonferroni p = 0,04). Ugotovili smo, da je nivo serumskega vitamina D značilno nižji med bolniki, ki so v času raziskave umrli, kot med preživelimi bolniki (p = 0,002). Preživeli bolniki so imeli povprečno vrednost 51,0 ng/mL - bistveno višje od trenutno priporočene minimalne vrednosti 30 ng/mL. Razlika je bila posebej izrazita med dializno odvisnimi bolniki, ni pa bilo povezave med nobenim izmed izbranih polimorfizmov in nivojem serumskega vitamina D. Uspešno smo potrdili povezavo med alelom A polimorfizma rs2453533 in znižanim izražanjem gena GATM v perifernih limfocitih bolnikov s KLB (p = 0,01). Poudariti želimo vlogo spremljanja vrednosti albuminurije in zagotavljanja zadostnih vrednosti vitamina D pri bolnikih s KLB in opozoriti, da lahko nekateri genetski dejavniki (npr. genotip polimorfizma rs2453533) vplivajo na kreatininsko oGF. Pri nosilcih alela A polimorfizma rs2453533 lahko namreč tudi v odsotnosti ledvične okvare pride do višjih vrednosti serumskega kreatinina.
Ključne besede: KLB, GWA, eQTL, rs2453533, kreatinin, cistatin C
Objavljeno: 29.10.2021; Ogledov: 85; Prenosov: 12
.pdf Celotno besedilo (3,93 MB)

2.
Genetski polimorfizmi in izražanje genov povezanih z nastankom centralnega zdrsa maternice
Tina Bizjak, 2021, doktorska disertacija

Opis: Izhodišče: V preteklih raziskavah je že bila ugotovljena povezava med dednostjo in zdrsom medeničnih organov (ZMO), vendar pa do sedaj še nobena raziskava ni ciljano preučevala pomena dednosti pri izoliranem zdrsu maternice (ZM). V naši raziskavi kandidatnih genov smo skušali ugotoviti, ali genetske različice v šestih predhodno predlaganih lokusih kandidatov za ZMO, ki so bili pri ženskah evropskega porekla identificirani z asociacijsko študijo celotnega genoma, prav tako spremenijo tveganje pri naši skupini bolnic z ZM. Preiskovanke in metode dela: V raziskavo smo vključili 100 bolnic, ki so imele operacijo zaradi izoliranega popolnega ZM, in 105 zdravih žensk. Vse udeleženke so bile stare med 30 in 55 let. Po izolaciji genomske DNA iz periferne krvi smo genotipizirali šest polimorfizmov posameznega nukleotida (SNP), ki so bili predhodno povezani z ZMO. Opravili smo tudi analizo dejavnikov tveganja. Ekspresijo RNA smo določili na RNA in proteinih, ki smo jih izolirali iz sakrouterinih ligamentov pacientk in zdravih žensk s qPCR. Rezultati: Eden od šestih analiziranih SNP-jev je bil statistično povezan z ZM. Na lokusu kromosoma 20p13 smo ugotovili statistično pomembnost za model regresije faktorja tveganja za dominantni model alela T v SNP-ju rs6051098 (p = 0,046; OR: 1,93, CI: 1,01-3,66). Gen IDH3B je bil edini gen v lokusu 20p13, ki je bil v biopsijah sakrouterinega ligamenta pri ženskah z ZM statistično višje izražen v primerjavi s kontrolno skupino (p = 0,034). Analiza proteinov je pokazala trend k povišanemu izražanju proteina IDH3B pri bolnicah z ZM. Zaključek: Po našem najboljšem vedenju, smo kot prvi dokazali, da genetski dejavniki tveganja prispevajo k ZM in predlagali rs6051098 kot najboljši dejavnik tveganja, ki je povezan z ZM. Glede na pridobljene rezultate o ekspresiji predpostavljamo, da gen IDH3B igra vlogo pri patogenezi ZM.
Ključne besede: kandidatni geni, genetski polimorfizmi, genska ekspresija, zdrs medeničnih organov, zdrs maternice  
Objavljeno: 24.09.2021; Ogledov: 117; Prenosov: 20
.pdf Celotno besedilo (2,58 MB)

3.
Subcelična frakcionacija humanih mononuklearnih celic periferne krvi in izolacija proteinov iz različnih celičnih kompartmentov
Dea Simonič, 2021, diplomsko delo

Opis: Mononuklearne celice periferne krvi (MCPK) so ključna komponenta imunskega sistema za boj proti infekcijam in prilagajanje patogenom. MCPK se nahajajo v periferni venski krvi in predstavljajo lahko dostopen vir imunskih celic za nadaljnje imunske in toksikološke raziskave, pomembne so pri analizi genske in proteinske ekspresije v krvi, proteini MCPK pa predstavljajo pomembne biomarkerje imunskih in možganskožilnih bolezni. V večini standardnih postopkov lize celice se za tvorbo celičnega lizata uporablja en sam lizni pufer, kar lahko vodi do nespecifičnih interakcij proteinov, raztapljanja proteinov v pufru, ki jih ne želimo analizirati, prav tako so možne težave s topnostjo proteina v pufru. Analiza proteinov s subceličnim frakcioniranjem (s sekvenčno uporabo več liznih pufrov) pa med drugim poveča možnosti, da je željeni protein izoliran in bistveno zmanjša možnost kontaminacije z drugimi proteini. Subcelično frakcioniranje prav tako omogoča pridobitev informacije o tem kako se porazdelitev posameznih proteinov razlikuje med različnimi subceličnimi kompartmenti, celicami in tkivi, ter daje informacijo o stanju celic in o aktivaciji signalnih poti. V diplomski nalogi smo optimizirali protokol za izolacijo proteinov s subcelično frakcionacijo iz svežih MCPK, povzet iz članka Holden P., Horton W. A.: Crude subcellular fractions of cultured mammalian cell lines, ki opisuje optimizacijo protokola za gojene celične linije sesalcev. V sklopu naloge smo optimizirali koncentracijo digitonina v digitonin pufru in volumne ostalih pufrov za subcelično frakcionacijo. Optimiziran protokol za izolacijo proteinov s subcelično frakcionacijo svežih MCPK smo primerjali z izolacijo proteinov z dodatkom enega samega liznega pufra ter izbrane optimizirane pogoje preverili tudi na zamrznjenih MCPK. Vse izolirani proteine smo analizirali z metodo western prenosa (WB) in rezultate kvantificirali s programom ImageLab. S testiranjem različnih koncentracij digitonina v digitonin pufru in na podlagi WB analize za proteinske markerje α-tubulin, citratna sintaza (CS) in histonska deacetilaza 6 (HDA-C6) smo ugotovili, da je optimalna koncentracija digitonina v digitonin pufru, za izolacijo le citosolnih proteinov svežih vzorcev MCPK, 50 μg/mL. Z optimizacijo koncentracije digitonina in volumnov dodanih liznih pufrov smo ločeno izolirali citosolne proteine, proteine membranskih organelov, jedra in netopnih proteinov. Ugotovili smo, da je izplen izoliranih proteinov pri izolaciji s subcelično frakcionacijo večji kot pri direktni izolaciji proteinov z dodatkom enega samega liznega pufra.
Ključne besede: MCPK, subcelična frakcionacija, izolacija proteinov iz različnih celičnih kompartmentov, lizni pufri, western prenos
Objavljeno: 22.09.2021; Ogledov: 183; Prenosov: 16
.pdf Celotno besedilo (13,19 MB)

4.
Integracija genske ontologije, transkriptomike in genomike za identifikacijo genetskih lokusov povezanih s pljučno funkcijo pri otrocih z astmo, ki se zdravijo z inhalacijskimi kortikosteroidi
Martina Krušič, 2021, magistrsko delo

Opis: Uvod: Astma je heterogena respiratorna bolezen, ki pogosto prizadene tudi otroško populacijo. Simptomi astme se glede na resnost razlikujejo, zdravljenje pa najpogosteje poteka z inhalacijskimi kortikosteroidi (ICS). Odziv na zdravljenje je heterogen in genetsko pogojen. V okviru naše študije smo z uporabo integracije - omik identificirali nove genetske lokuse, povezane z odzivom na ICS. Metode: Z uporabo različnih podatkovnih baz smo pridobili podatke o genih, ki smo jih analizirali z različnimi pristopi znotraj orodij in aplikacij. Statistično značilne signale smo preverili z RNA-seq analizo, v katero smo vključili šest posameznikov slovenskega porekla. Za tri najbolj statistično značilne gene smo izvedli še asociacijsko analizo in jih funkcijsko ovrednotili. Rezultati: S pojmi genske ontologije smo povezali 47 različnih genov, v nadaljevanju pa smo z RNA-seq analizo potrdili tri gene, GNAS (p = 9,18 × 10^-4), CREBBP (p = 1,28 × 10^-3) in EP300 (p = 2,73 × 10^-3), statistično značilno povezane z odzivom na ICS. Z asociacijsko analizo smo pregledali področje ±100 kbp od predhodno navedenih genov, pri čemer je šest SNP-jev doseglo statistično značilno povezavo z ICS-jem. SNP-ja rs236729 in rs118065748 smo v nadaljevanju tudi ovrednotili z uporabo in silico funkcijske analize. Razprava in sklep: Z integracijo - omik smo uspešno identificirali šest SNP-jev, ki so povezani z odzivom na ICS.
Ključne besede: otroška astma, FEV1, inhalacijski kortikosteroidi, pljučna funkcija
Objavljeno: 09.09.2021; Ogledov: 165; Prenosov: 29
.pdf Celotno besedilo (2,78 MB)

5.
Samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena (NSSI) pri mladostnikih - vpliv genetskih polimorfizmov, travmatiziranosti, impulzivnosti in duševnih motenj
Teja Bunderla, 2021, doktorska disertacija

Opis: Samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena (»Nonsuicidal Self-Injury« – NSSI) se vedno bolj pojmuje kot samostojna psihiatrična motnja. Odkar je bil NSSI leta 2013 v najnovejši izdaji ameriške klasifikacije duševnih motenj (»Diagnostic and Statistical Manual of Mental Disorders« – DSM-5) prvič opredeljen kot samostojna diagnoza v sekciji III – pod motnjami za prihodnje raziskovanje, se je znanje na tem področju bistveno povečalo, vendar pa etiologija tega vedenja še zmeraj ni pojasnjena. Obstajajo številne psihološke razlage nastanka in vzdrževanja NSSI. Identificirane so najpogostejše komorbidnosti (depresija, mejna osebnostna motnja, anksioznost). Vzroki za nastanek NSSI niso poznani, dosedanje raziskave pa nakazujejo tako dedni dejavnik kot dejavnike okolja. V raziskavi smo zbrali 95 mladostnikov z NSSI, diagnosticiranih po raziskovalnih kriterijih DSM-5, 21 kontrol brez NSSI in 118 posameznikov iz splošne populacije, ki smo jih dodali kot dodatno kontrolno skupino za genetske preiskave. Pri vseh smo opravili genotipizacijo polimorfizmov v genih TPH1 (rs4537731, rs1799913, rs7933505), SLC6A4 (VNTR STin2), OPRM1 (rs1799971), GNβ3 (rs5443) in DRD2/ANKK1 (rs1800497). Preiskovanci z NSSI in kontrolna skupina brez NSSI so izpolnili prevedene vprašalnike Barratt Impulsiveness Scale (BIS-11), State-Trait Anxiety Inventory for Adults (STAI), MacLean Screening Instrument for BPD (MSI-BPD) in Early Trauma Inventory Self Report-Short Form (ETISR-SF), preiskovanci z NSSI pa še dodatno Inventory of Statements about Self-Injury (ISAS) in Self-Injury Craving Questionnaire (SICQ). Opravili smo asociacijsko analizo in analize interakcij med izbranimi kandidatnimi geni in okolijskimi dejavniki za nastanek NSSI. Ugotovili smo statistično značilno povezavo polimorfizma rs4537731 v genu TPH 1 s starostjo ob prvem pojavu NSSI. Prisotnost STin2.10 je bila skupaj s celokupno travmatiziranostjo povezana z večjo verjetnostjo za NSSI. Alel G polimorfizma rs1799971 v genu OPRM1 se je izkazal kot varovalni alel, povezan z nižjim hlepenjem po NSSI. Z multivariantnim modelom smo pokazali povezavo mejne osebnostne motnje in dednega dejavnika z nastankom NSSI, pri čemer sta k dednemu dejavniku za nastanek NSSI prispevala predvsem polimorfizma rs1799913 in rs7933505. Polimorfizem rs1799913 je bil statistično značilno povezan z nastankom NSSI v modelu skupaj z anksioznostjo kot osebnostno potezo. NSSI v našem vzorcu je bil močno povezan s celokupno travmatiziranostjo, čustveno zlorabo in spolno zlorabo. Dokazali smo tudi pomembno povezavo z impulzivnostjo. Mladostniki z NSSI iz našega vzorca so izpostavili hlepenje po NSSI, ki je primerljivo hlepenju po kokainu. Hlepenje je bilo v močni premo sorazmerni korelaciji s številom NSSI v življenju. Anksioznost je bila pri posameznikih z NSSI zelo povišana, bistveno pa je bila povezana tudi s povišanjem hlepenja po NSSI. Mladostniki so v večinskem deležu poročali o spremenjenem zaznavanju bolečine med NSSI, a povezave z genetiko nismo uspeli potrditi. NSSI je v analizah povezav med dednimi in okoljskimi dejavniki pokazal povezanost predvsem s kandidatnimi polimorfizmi serotoninskega sistema in s sistemom endogenih opioidov. Ugotovili smo povezavo NSSI z visokim hlepenjem. Nujno je nadaljevanje raziskovanja NSSI v smislu vedenjske odvisnosti. NSSI je bil močno povezan s travmatiziranostjo in izkušnjami predvsem čustvene in spolne zlorabe. Z anksioznostjo je verjetno povezan veliko bolj, kot smo do sedaj predvidevali.
Ključne besede: samopoškodovalno vedenje brez samomorilnega namena, NSSI, mladostniki, anksioznost, mejna osebnostna motnja, travmatiziranost, impulzivnost, odvisnost, zaznavanje bolečine, genetski polimorfizmi, serotoninski sistem, endogeni opioidi, dopaminergični sistem
Objavljeno: 18.03.2021; Ogledov: 283; Prenosov: 38
.pdf Celotno besedilo (2,49 MB)

6.
Biochemistry and molecular biology
Katja Repnik, Helena Sabina Čelešnik, Staša Jurgec, Uroš Potočnik, 2017, drugo učno gradivo

Objavljeno: 02.03.2021; Ogledov: 486; Prenosov: 24
.pdf Celotno besedilo (2,28 MB)

7.
Biološki procesi in napovedovanje neodzivnosti na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri Crohnovi bolezni z integracijo genomskih podatkov
Gregor Jezernik, 2020, doktorska disertacija

Opis: Razvoj bioloških zdravil je pomembno prispeval k možnostim zdravljenja raka in imunsko pogojenih bolezni. Med najpogosteje uporabljenimi biološkimi zdravili so zaviralci dejavnika tumorske nekroze (TNF). Crohnova bolezen je pogosta imunsko pogojena bolezen prebavil, ki se zdravi z zaviralci TNF. Kljub tarčnemu delovanju zaviralcev TNF del bolnikov s Crohnovo boleznijo žal ne doseže dobrega odziva na zaviralce TNF že ob uvedbi terapije ali pa sprva dober odziv na zaviralce TNF s časom izzveni. Neodzivnost na zaviralce TNF predstavlja pomeni izgubo nadzora nad pogosto hudim bolezenskim stanjem bolnika s Crohnovo boleznijo, ki je po nepotrebnem izpostavljen potencialno hudim neželenim stranskim učinkom bioloških zdravil, in tudi precejšnje finančno breme za zdravstveno blagajno. Ti razlogi utemeljujejo potrebo po napovedovanju odziva na biološka zdravila, po možnosti še pred uvedbo zdravljenja. V doktorski disertaciji smo celostno raziskali biološke označevalce odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin v vzorcih periferne venske krvi skupine slovenskih bolnikov s Crohnovo boleznijo, ki se je zdravila z adalimumabom. Rezultate teh analiz smo uporabili za oblikovanje novih napovednih modelov s pristopi strojnega učenja, t.i. metode podpornih vektorjev. Za namene iskanja vzročnih bioloških procesov, ki pogojujejo neodzivnost na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, smo sistematsko preučili gensko ontologijo že objavljenih bioloških označevalcev odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze v kronični vnetni črevesni bolezni. Za primerjalno analizo genske ontologije smo zbrali tudi biološke označevalce odziva v revmatoidnem artritisu. Ker je neodzivnost pogostejša med pediatričnimi bolniki, smo analizo genske ontologije razširili še na vzročne gene pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni in sindrome s klinično sliko, skladno s kronično vnetno črevesno boleznijo. Dodatno smo tudi poskusili ponoviti že objavljen napovedni model odziva na infliksimab, ki temelji na izražanju petih genov v črevesni sluznici. Rezultati genske ontologije že objavljenih označevalcev kažejo na povezavo med krvnimi lipoproteini in odzivom na zaviralce dejavnika tumorske nekroze pri kronični vnetni črevesni bolezni, kot tudi pri revmatoidnem artritisu. Na osnovi rezultatov genske ontologije pediatričnih dednih oblik kronične vnetne črevesne bolezni lahko sklepamo, da so zelo zgodnje pediatrične oblike z nastopom bolezni pred šestim letom starosti ločena genetska entiteta in je neodzivnost pogojena z drugimi procesi, npr. s primarno imunsko pomanjkljivostjo. Analiza bioloških podatkov na ravni DNA in RNA ter maščobnih kislin ni pokazala biološkega označevalca, ki bi dosegel statistično značilnost, kar odraža tudi analiza napovedne moči s pristopi strojnega učenja. Profili maščobnih kislin nimajo napovedne moči za določevanje odziva na zaviralce dejavnika tumorske nekroze, genomski in transkripromski podatki pa imajo le nizko napovedno moč. Napovedni model na osnovi že objavljenega modela izražanja genov v črevesni sluznici smo uspešno ponovili in prenesli na drugo učinkovino (adalimumab). Na osnovi izražanja štirih genov v vneti in nevneti črevesni sluznici je možno napovedati odziv na zaviralce dejavnika tumorske nekroze s natančnostjo do 100 %. Nato smo še analizirali diagnostično napovedno moč bioloških podatkov s vključitvijo bioloških podatkov zdravih prostovoljcev, ki so že bili na voljo. Napovedni model na osnovi dednega zapisa in profilov maščobnih kislin je z natančnostjo do 100 % ločil med zdravimi prostovoljci in bolniki s Crohnovo boleznijo.
Ključne besede: Crohnova bolezen, genomika, transkriptomika, adalimumab, izid zdravljenja, genska ontologija
Objavljeno: 20.01.2021; Ogledov: 314; Prenosov: 47
.pdf Celotno besedilo (3,69 MB)

8.
Razvoj humanega sferoidnega 3-dimenzionalnega celičnega modela za testiranje učinkovin za zdravljenje raka glave in vratu na principu zaviranja matičnih celic raka
Larisa Goričan, 2020, doktorska disertacija

Opis: Za ponovitve tumorjev in razvoj oddaljenih metastaz so odgovorne na primarno zdravljenje odporne celice raka z izvornimi lastnostmi, ti. matične celice raka (MCR). MCR predstavljajo kritično podskupino rakastih celic, ki imajo sposobnost samoobnavljanja in diferenciacije ter ohranjajo tumor tudi po tem, ko primarno zdravljenje uniči večino preostalih celic tumorja. Omenjena spoznanja so vodila v iskanje terapij, ciljanih na MCR. Zaradi potrebe po terapijah ciljanih na MCR in njihove redkosti v primarnih tkivih je narasla potreba po modelu za obogatitev MCR, ki bi omogočil obogatitev MCR ter hkrati dopuščal proučevanje učinkovin z aktivnostjo usmerjeno proti MCR z analizami visokozmogljivih presejalnih testov (VPT). V ta namen smo v sklopu doktorske naloge iz komercialne epitelne celične linije PCKGV razvili humani sferoidni tri-dimenzionalni (3D) celični model (SM) obogaten za MCR, primeren za testiranje aktivnih učinkovin za zdravljenje PCKGV. Omenjeni sferoidni model združuje prednosti in zaobide omejitve dveh trenutno najpogosteje uporabljanih tehnik nasajanja sferoidov, kulture prosto-plavajočih sfer (oz. model tumorske sfere) in modela večceličnega tumorskega sferoida (MVTS). Podobno kot v modelu prostoplavajočih sfer, smo v SM uporabili medij za spodbujanje in ohranjanje matičnosti. Slednji za razliko od običajnega medija ne vsebuje seruma ploda goveda (»fetal bovine serum« - FBS), znanega sprožilca diferenciacije, ter je dopolnjen z več dejavniki, ki spodbujajo rast matičnih celic (osnovni fibroblastni rastni faktor, epidermalni rastni faktor, sestavljen komercialni pripravek, im. B-27). Za razvoj SM smo uporabili komercialno dostopno, stabilno celično linijo, ki za razliko od primarnih celičnih kultur, omogoča izvedbo dalj časa trajajočih eksperimentov, ponovitve posameznih eksperimentov, ne zahteva invazivnih metod pridobivanja, prav tako pa omogoča uporaba takšnih linij večjo primerljivost rezultatov med različnimi raziskovalnimi skupinami / eksperimenti. Podobno kot v MVTS smo za nasaditev SM uporabili mikrotitrsko ploščico z zaobljenim dnom in neoprijemljivo podlago, ter večjo koncentracijo celic nasadili na posamezno jamico in ploščico po nasaditvi zavrteli. Omenjeno je omogočilo generacijo celične mase in kasneje kompaktnega sferoida. Razviti SM smo primerjali z adherentno celično kulturo in MVTS, pri čemer je SM pokazal večjo obogatitev markerjev matičnosti, tako na transkripcijskem, kot proteinskem nivoju. Nadalje smo s pomočjo tretiranja sferoidov z diferenciacijskim medijem z dodano retinojsko kislino (»all-trans retionic acid« - ATRA) uspeli izbrati nabor specifičnih kazalcev za zaznavo MCR-diferenciacijskega učinka. Eksperiment z ATRA potrjuje občutljivost SM na delovanje učinkovin in njegovo uporabnost za detekcijo aktivnosti učinkovin z delovanjem proti MCR na treh različnih nivojih, tj. transkripcijskem, proteinskem in na nivoju celičnega cikla. V končnem eksperimentu s peptidnimi frakcijami kostnega mozga smo na SM uspeli identificirati šest frakcij s statističnim trendom zvišanja/ znižanja ekspresije enega ali več markerjev matičnosti. V doktorski nalogi razviti SM za obogatitev matičnih celic raka predstavlja kompromis med kompleksnostjo tumorja in preprostostjo protokola. Je primer preprostega modela sferoidov, ki ga tvori samo ena vrsta celic. Čeprav ne zajame kompleksnosti pravega tumorja, zagotavlja visoko obogatitev MCR ter zaradi enostavne vzpostavitve modela, uniformnosti, kratkega časa gojenja in prostorske ločitve sferoidov, ki omogoča dodajanje ene same aktivne sestavine posameznemu sferoidu, omogoča identifikacijo učinkovin z aktivnostjo proti MCR v analizah VPT. Takšen preprost model omogoča cenejšo identifikacijo prvih spojin in zožitev izbora učinkovin za nadaljnjo validacijo v bolj kompleksnih in dragih sferoidnih ali živalskih modelih.
Ključne besede: Ploščatocelični karcinom glave in vratu, matične celice raka, 3D / sferoidna kultura / model, visokozmogljivi presejalni testi, učinkovine z delovanjem proti matičnim celicam raka, retinojska kislina, markerji matičnosti
Objavljeno: 27.11.2020; Ogledov: 350; Prenosov: 60
.pdf Celotno besedilo (3,81 MB)

9.
Biooznačevalci za napoved odziva na vedolizumab pri bolnikih s kronično vnetno črevesno boleznijo
Lara Metlika, 2020, diplomsko delo

Opis: Eno izmed obetavnejših bioloških zdravil za zdravljenje kronične vnetne bolezni je biološko zdravilo vedolizumab. Na žalost je neodziv na terapijo še vedno prisoten pri 1/3 bolnikov. Natančna napoved odzivnosti pred začetkom terapije bi bila zato zelo pomembna. V diplomskem delu je prikazan sistematski pregled literature. Iskanje PubMed je bilo izvedeno z vnaprej določenimi ključnimi besedami in izrazi, da se ugotovijo ustrezne študije o napovedovalcih odziva. V rezultatih so prikazani dobljeni tipi markerjev; proteinski, klinični, v povezavi z koncentracijo ter na ravni mRNA, ter medsebojne primerjave različnih vrednosti. Bolniki s hudo boleznijo ali predhodno izpostavljenostjo anti-TNF terapiji se manj verjetno odzovejo na vedolizumab. Prav tako so zanimivi proteinski markerji C-reaktiven protein, raven albumina ter fekalnega kalprotektina. Zaključimo, da je v prihodnje potrebnih še več študij ter bolj sistematičen pristop k iskanju biomarkerjev.
Ključne besede: kronična vnetna črevesna bolezen, Crohnova bolezen, ulcerozni kolitis, vedolizumab, odziv, in napovedovalci odziva
Objavljeno: 13.10.2020; Ogledov: 353; Prenosov: 39
.pdf Celotno besedilo (1,20 MB)

10.
Citotoksičnost in učinkovitost C87- inhibitorja tumorje - nekrotizirajočega faktorja alfa na humanih celičnih linijah
Adriana Kralj, 2020, diplomsko delo

Opis: Bolezni, povezane s prekomernim izločanjem vnetnega citokina TNF-α, v razvitih državah predstavljajo vedno večji problem. Slaba lastnost zdravil, kot so monoklonska protitelesa (infliksimab, adalimumab in golimumab), certolizumab pegol in etanercept, ki se trenutno uporabljajo za zdravljenje teh bolezni, so različne kožne reakcije, vpliv na plodnost in potek nosečnosti, imunogenost, povečanje možnosti za nastanek kožnega raka ter visoki stroški proizvodnje. Posledično se iščejo cenejši in enako učinkoviti računalniško načrtovani mali molekularni inhibitorji TNF-α, ki so se v zadnjih letih izkazali kot potencialna rešitev tega problema. K tem računalniško načrtovanim majhnim molekularnim inhibitorjem spada tudi inhibitor C87. Inhibitor C87 so testirali na mišjih modelih s hepatitisom in ugotovili, da učinkovito inhibira TNF-α ter poveča preživetje živali. V diplomskem delu smo se odločili za preizkus inhibitorja C87 na izbrani humani celični liniji, da bi ugotovili, če obstaja dovolj velika koncentracija C87, ki ni citotoksična in ki inhibira TNF-α. Glede na rezultate smo potrdili oz. ovrgli njegov potencial kot biološko zdravilo za vnetne bolezni. Najprej smo za potrebe eksperimenta s TNF-α in C87 optimizirali eksperimentalne pogoje za uporabljene humane celične linije različnih izvorov (imunske celice, epitelne celice in celice vratu ter glave), kar pomeni, da smo posebej za adherentne in suspenzijske humane celične linije z MTT metodo določili število celic, pri katerih je bila celična viabilnost glede na koncentracijo celic najvišja. Določili smo tudi najvišje koncentracije C87, ki niso citotoksične, za vsako uporabljeno humano celično linijo posebej. V nadaljnjih eksperimentih smo se odločili uporabiti eno celično linijo, v našem primeru je to bila celična linija Jurkat, na kateri smo izvedli eksperiment s TNF-α in C87 in na podlagi katere smo izbrali koncentracijo TNF-α. Glede na rezultate eksperimenta s TNF-α in C87 smo dognali, da koncentracija 250 nM neučinkovito zavira TNF-α koncentracije 10 ng/mL. Sklenili smo, da C87 v koncentraciji 250 nM ne predstavlja potenciala za biološko zdravilo za zdravljenje boleznih, kjer je povečano delovanje TNF-α.
Ključne besede: TNF-α, C87, vnetne bolezni, inhibitorji TNF-α, imortalizirane humane celične linije
Objavljeno: 08.10.2020; Ogledov: 223; Prenosov: 24
.pdf Celotno besedilo (1,44 MB)

Iskanje izvedeno v 0.16 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici