| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 13
Na začetekNa prejšnjo stran12Na naslednjo stranNa konec
1.
Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridium difficile iz rečnih sedimentov
Jan Horvat, 2020, magistrsko delo

Opis: Po Gramu pozitivna anaerobna bakterija Clostridioides (Clostridium) difficile je pogosta povzročiteljica bolnišničnih črevesnih okužb. V zadnjih letih se povečuje število okužb v domačem okolju pri populaciji, ki je bila v preteklosti prepoznana po nizkem tveganju za okužbo. Bakterija tvori odporne endospore, ki ji omogočajo preživetje zunaj gostitelja. Okolje predstavlja enega od možnih rezervoarjev C. difficile. Namen naše naloge je bil raziskati pogostnost bakterije C. difficile v rečnem sedimentu. Vzorčeno je bilo na treh lokacijah vzdolž reke Drave v jesenskem in zimskem letnem času. Skupno je bilo nabranih 6 vzorcev v duplikatih, prisotnost spor bakterije C. difficile je bila dokazana na vseh lokacijah in v vseh vzorcih. Iz vseh vzorcev je bilo osamljenih 335 izolatov C. difficile, ki so bili z metodo PCR-ribotipizacije uvrščeni v 26 različnih PCR- ribotipov. Prevladujoča PCR-ribotipa sta bila 001/072 (29,9 %) in 014/020 (15,5 %), ki sta oba toksigena in sta pogosto povzročitelja okužb pri hospitaliziranih bolnikih v bližnji bolnišnici ter v Sloveniji in v svetu nasploh. Skupno je zgolj 8 PCR-ribotipov pripadalo netoksigenim izolatom, kar predstavlja 30,8 % vseh izolatov. Naši rezultati kažejo, da je rečni sediment bogat rezervoar endospor C. difficile in zaradi visokega deleža toksigenih sevov lahko predstavlja vir okužbe z bakterijo C. difficile.
Ključne besede: Clostridioides difficile, okoljski vzorci, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno: 29.10.2020; Ogledov: 166; Prenosov: 20
.pdf Celotno besedilo (1,42 MB)

2.
Možnost ponovne uporabe sedimenta po čiščenju odpadnih voda iz mlečno predelovalne industrije
Laura Jug, 2020, magistrsko delo

Opis: Velika količina sedimenta, ki nastane pri čiščenju odpadnih voda iz mlečno predelovalne industrije, skupaj z okoljskimi vplivi in strogimi zakonskimi predpisi predstavlja problematičen segment in postavlja vprašanje glede njegovega trajnostnega upravljanja. V magistrski nalogi smo z namenom raziskanja ponovne uporabe sedimenta po čiščenju odpadnih voda iz mlečno predelovalne industrije preučili primernost štirih organskih polielektrolitov kot alternativnih reagentov klasičnim anorganskim koagulacijskim sredstvom. Z izvedbo JAR testa in uporabo nizko molekularnega hitozana, natrijeve karboksimetil celuloze, polietilenimina in kolagena smo preverili učinkovitost čiščenja odpadnih voda iz mlečno predelovalne industrije ter pri tem analizirali karakteristike nastalega sedimenta. Rezultati so pokazali, da z izbrano metodo in uporabljenimi koaglacijsko/flokulacijskimi sredstvi pri preiskovanih pogojih nismo uspeli zadostno odstraniti v vodi prisotne nečistoče in s tem prečistiti vode tako, da bi ustrezala zakonsko določenim mejnim parametrom. Z vidika nastalega sedimenta smo najboljše rezultate obarjanja dosegli z uporabo nizko molekularnega hitozana in s spreminjanjem vrednosti pH po končanem JAR testu. Na podlagi dobljenih rezultatov IR spektroskopije smo v nastalem sedimentu zaznali signale, ki nakazujejo na prisotnost organskih kislin in vezi ogljikovodikov oborjenih iz odpadne vode. Končna analiza sestave mikrobne združbe je pokazala, da v pridobljenem sedimentu primarno ni prisotnih patogenih mikroorganizmov oziroma bakterij.
Ključne besede: sediment, odpadna voda, mlečno predelovalna industrija, polielektroliti, krožno gospodarstvo
Objavljeno: 30.06.2020; Ogledov: 253; Prenosov: 36
.pdf Celotno besedilo (1,47 MB)

3.
Izolacija in karakterizacija bakterije Clostridum difficile s površine krompirja
Tamara Simonič, 2018, magistrsko delo/naloga

Opis: Clostridium difficile je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija, ki povzroča črevesne okužbe, najpogosteje po zdravljenju z antibiotiki, kemoterapiji in po kirurških posegih, ki privedejo do porušenja normalne črevesne mikrobiote. Bakterijo lahko najdemo v različnih naravnih okoljih, črevesju živali in tudi hrani. Namen magistrskega dela je bil izolirati in karakterizirati bakterijo C. difficile s površine krompirjev, kupljenih v različnih lokalnih trgovinah ter iz čim več različnih držav. Iz 8 različnih trgovin smo pridobili 23 vzorcev krompirja, ki so izvirali iz 10 različnih držav. Prisotnost C. difficile smo dokazali pri 14 vzorcih (60,9 %). Iz vseh vzorcev smo osamili 162 izolatov C. difficile, katerim smo najprej s PCR-pomnoževanjem potrdili za C. difficile specifični gen cdd3, ter jih opredelili s PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Vseh 162 izolatov smo uvrstili v 9 različnih PCR-ribotipov: 012, 014/020, 023, 027, 053, 126, 150, SLO 129 in SLO187. Najpogostejši PCR-ribotip je bil 014/020, sledila sta ribotipa 053 in 126. Toksigenih je bilo 137 izolatov, kasneje uvrščenih v 5 različnih toksinotipov – toksinotip 0, I, III, IV in V, 26 izolatov pa je bilo netoksigenih (s PCR nismo mogli dokazati prisotnosti toksinskih genov). Naši rezultati kažejo, da je krompir kontaminiran s sporami bakterije C. difficile v visokem deležu in da lahko na krompirju najdemo enake PCR-ribotipe, kot se pojavljajo pri ljudeh, živalih in v okolju.
Ključne besede: Clostridium difficile, krompir, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno: 27.09.2018; Ogledov: 685; Prenosov: 85
.pdf Celotno besedilo (1,06 MB)

4.
Clostridium difficile na solatah in kokošjih jajcih
Simon Mesarič, 2018, magistrsko delo/naloga

Opis: Clostridium difficile je striktno anaerobna, sporogena bakterija, ki je v zadnjem desetletju postala pomemben povzročitelj črevesnih okužb v zdravstvu. Okužbe s C. difficile so vezane predvsem na bolnišnično okolje, vendar je v zadnjem času zaznati tudi porast izvenbolnišničnih okužb. Z bakterijo je pogosto kolonizirana perutnina, predvsem kokoši na večjih farmah. Preko blata kokoši se bakterija lahko izloča v okolje, kar lahko vodi npr. do kontaminacije jajc in posredno tudi zelenjave. V magistrskem delu smo proučevali prisotnost in genotipe bakterije C. difficile na solatah in jajcih, vzorčenih v lokalnem okolju. Bakterijo C. difficile smo osamili na selektivnem gojišču, jo identificirali s komercialnim sistemom MALDI Biotyper (Bruker Daltonics) ter molekularno z dokazovanjem za C. difficile specifičnega gena. Za karakterizacijo C. difficile smo uporabili dve genotipizacijski metodi: PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Analizirali smo 35 vzorcev solat in 35 vzorcev jajc. Osamiti nam je uspelo 2 seva C. difficile iz 1 vzorca regrata, medtem ko so bila vsa testirana jajca negativna. Seva smo uvrstili v dva različna PCR-ribotipa, in sicer PCR-ribotip SLO 204 in SLO 217. Oba seva sta bila netoksigena. Oba PCR-ribotipa sta že bila najdena v Sloveniji, in sicer v prsti, PCR-ribotip SLO 204 pa smo našli tudi pri ljudeh. Delež pozitivnih vzorcev iz naše študije je skladen z rezultati testiranj živil iz drugih evropskih študij (do 7,5 % v zelenjavi) in kaže na to, da bakterijo v Sloveniji lahko najdemo v solatah, vendar zgolj v nizkem deležu.
Ključne besede: C. difficile, jajca, zelenjava, molekularna tipizacija, osamitev, PCR-ribotipizacija.
Objavljeno: 25.05.2018; Ogledov: 679; Prenosov: 66
.pdf Celotno besedilo (1,28 MB)

5.
Low overlap between carbapenem resistant Pseudomonas aeruginosa genotypes isolated from hospitalized patients and wastewater treatment plants
Andrej Golle, Sandra Janežič, Maja Rupnik, 2017, izvirni znanstveni članek

Opis: The variability of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa strains (CRPA) isolated from urine and respiratory samples in a large microbiological laboratory, serving several health care settings, and from effluents of two wastewater treatment plants (WWTP) from the same region was assessed by PFGE typing and by resistance to 10 antibiotics. During the 12-month period altogether 213 carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates were cultured and distributed into 65 pulsotypes and ten resistance profiles. For representatives of all 65 pulsotypes 49 different MLSTs were determined. Variability of clinical and environmental strains was comparable, 130 carbapenem-resistant P. aeruginosa obtained from 109 patients were distributed into 38 pulsotypes, while 83 isolates from WWTPs were classified into 31 pulsotypes. Only 9 pulsotypes were shared between two or more settings (hospital or WWTP). Ten MLST were determined for those prevalent pulsotypes, two of them (ST111 and ST235) are among most successful CRPA types worldwide. Clinical and environmental carbapenem-resistant P. aeruginosa strains differed in antibiotic resistance. The highest proportion of clinical isolates was resistant to piperacillin/tazobactam (52.3%) and ceftazidime (42.3%). The highest proportion of environmental isolates was resistant to ceftazidime (37.1%) and ciprofloxacin (35.5%). The majority of isolates was resistant only to imipenem and/or meropenem. Strains with additional resistances were distributed into nine different patterns. All of them included clinically relevant strains, while environmental strains showed only four additional different patterns.
Ključne besede: carpabenem resistance, antibiotic resistance, Pseudomonas aeruginosa, isolates
Objavljeno: 12.12.2017; Ogledov: 766; Prenosov: 343
.pdf Celotno besedilo (2,44 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

6.
Zniževanje vsebnosti snovi v mlekarski odpadni vodi
Urška Meničanin, 2017, magistrsko delo

Opis: Namen magistrskega dela je bil ugotoviti, ali je koagulacija z uporabo naravnih koagulantov, ki nimajo neželenih učinkov na okolje, konkurenčna koagulaciji s sintetičnimi koagulanti, ki so prisotni na trgu. Želeli smo ugotoviti, ali je sama koagulacija v kombinaciji z nadaljnjo nanofiltracijo dovolj dobra metoda čiščenja za možno ponovno uporabo očiščene mlekarske odpadne vodo iz podjetja Pomurske mlekarne, d. d. Poleg očiščenja odpadne vode smo želeli ugotoviti morebitno uporabnost sedimenta, nastalega v procesu koagulacije. Želeli smo najti optimalno koncentracijo naravnega koagulanta in optimalni začetni pH koagulacije. Opravili smo naslednje fizikalno-kemijske meritve: motnost, pH, spektralni absorbijski koeficient, vsebnost suspendiranih delcev, vsebnost raztopljenih delcev in vsebnost organskih snovi, izraženih kot kemijska potreba po kisiku – KPK. Na podlagi dobljenih rezultatov fizikalno-kemijskih parametrov smo ugotovili znižanje suspendiranih delcev, ki je v skladu z znižanjem motnosti po opravljeni koagulaciji in po opravljeni nanofiltraciji. Dosegli smo zadostno znižanje KPK, ki zadošča mejnim vrednostim Republike Slovenije za izpust v kanalizacijo ali okolje. Znižanje KPK je bilo po nanofiltraciji 98,5 %. Opazili smo trend povišanja amonijevih ionov po koagulaciji s hitozanom pri pH 4, kar smo pripisali delovanju funkcionalnih spojin hitozana v kislem območju, ko se tvorijo skupine NH3+, ki prispevajo k zaznavi amonijevih ionov. Zaključimo lahko, da je uporaba kombinacije koagulacije z naravnim koagulantom hitozanom in nanofiltracijo za čiščenje odpadne mlekarske vode v podjetju Pomurske mlekarne, d. d., za namene ponovne uporabe smiselna.
Ključne besede: koagulacija, nanofiltracija, hitozan, odpadna voda, KPK, mulj
Objavljeno: 18.09.2017; Ogledov: 743; Prenosov: 117
.pdf Celotno besedilo (1,94 MB)

7.
International Clostridium difficile animal strain collection and large diversity of animal associated strains
Sandra Janežič, Valerija Tkalec, Bart Pardon, Alexander Indra, Branko Kokotovic, Jose Luis Blanco, Christian Seyboldt, Rodriguez Diaz, Ian Poxton, Vincent Perreten, Ilenia Drigo, Alena Jiraskova, Matjaž Ocepek, Scott Weese, Glenn Songer, Mark Wilcox, Maja Rupnik, 2014, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: Clostridium difficile is an important cause of intestinal infections in some animal species and animals might be a reservoir for community associated human infections. Here we describe a collection of animal associated C. difficile strains from 12 countries based on inclusion criteria of one strain (PCR ribotype) per animal species per laboratory. Results: Altogether 112 isolates were collected and distributed into 38 PCR ribotypes with agarose based approach and 50 PCR ribotypes with sequencer based approach. Four PCR ribotypes were most prevalent in terms of number of isolates as well as in terms of number of different host species: 078 (14.3% of isolates; 4 hosts), 014/020 (11.6%; 8 hosts); 002 (5.4%; 4 hosts) and 012 (5.4%; 5 hosts). Two animal hosts were best represented; cattle with 31 isolates (20 PCR ribotypes; 7 countries) and pigs with 31 isolates (16 PCR ribotypes; 10 countries). Conclusions: This results show that although PCR ribotype 078 is often reported as the major animal C. difficile type, especially in pigs, the variability of strains in pigs and other animal hosts is substantial. Most common human PCR ribotypes (014/020 and 002) are also among most prevalent animal associated C. difficile strains worldwide. The widespread dissemination of toxigenic C. difficile and the considerable overlap in strain distribution between species furthers concerns about interspecies, including zoonotic, transmission of this critically important pathogen.
Ključne besede: Clostridium difficile, animals, ribotyping, geographic distribution, strain collection
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 677; Prenosov: 329
.pdf Celotno besedilo (985,16 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

8.
Clostridium difficile genotypes other than ribotype 078 that are prevalent among human, animals and environmental isolates
Sandra Janežič, Matjaž Ocepek, Valerija Tkalec, Maja Rupnik, 2012, izvirni znanstveni članek

Opis: Background: Characterising the overlap of C. difficile genotypes in different reservoirs can improve our understanding of possible transmission routes of this pathogen. Most of the studies have focused on a comparison of the PCR ribotype 078 isolated from humans and animals. Here we describe for the first time a comparison of C. difficile genotypes isolated during longer time intervals from different sources including humans, animals and the non-hospital environment. Results: Altogether 786 isolates from time interval 2008-2010 were grouped into 90 PCR ribotypes and eleven of them were shared among all host types and the environment. Ribotypes that were most common in humans were also present in water and different animals (014/020, 002, 029). Interestingly, non-toxigenic isolates were very common in the environment (30.8%) in comparison to humans (6.5%) and animals (7.7%). A high degree of similarity was observed for human and animal isolates with PFGE. In human isolates resistance to erithromycin, clindamycin and moxifloxacin was detected, while all animal isolates were susceptible to all antibiotics tested. Conclusion: Our results show that many other types in addition to PCR Ribotype 078 are shared between humans and animals and that the most prevalent genotypes in humans have the ability to survive also in the environment and several animal hosts. The genetic relatedness observed with PFGE suggests that transmission of given genotype from one reservoir to the other is likely to occur.
Ključne besede: Clostridium difficile, genotypes, PCR ribotype 078, isolates
Objavljeno: 29.06.2017; Ogledov: 547; Prenosov: 123
.pdf Celotno besedilo (2,29 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

9.
Recombination drives evolution of the Clostridium difficile 16S-23S rRNA intergenic spacer region
Sandra Janežič, Alexander Indra, Thomas Rattei, Thomas Weinmaier, Maja Rupnik, 2014, izvirni znanstveni članek

Opis: PCR-ribotyping, a typing method based on size variation in 16S-23S rRNA intergenic spacer region (ISR), has been used widely for molecular epidemiological investigations of C. difficile infections. In the present study, we describe the sequence diversity of ISRs from 43 C. difficile strains, representing different PCR-ribotypes and suggest homologous recombination as a possible mechanism driving the evolution of 16S-23S rRNA ISRs. ISRs of 45 different lengths (ranging from 185 bp to 564 bp) were found among 458 ISRs. All ISRs could be described with one of the 22 different structural groups defined by the presence or absence of different sequence modules; tRNAAla genes and different combinations of spacers of different lengths (33 bp, 53 bp or 20 bp) and 9 bp direct repeats separating the spacers. The ISR structural group, in most cases, coincided with the sequence length. ISRs that were of the same lengths had also very similar nucleotide sequence, suggesting that ISRs were not suitable for discriminating between different strains based only on the ISR sequence. Despite large variations in the length, the alignment of ISR sequences, based on the primary sequence and secondary structure information, revealed many conserved regions which were mainly involved in maturation of pre-rRNA. Phylogenetic analysis of the ISR alignment yielded strong evidence for intra- and inter-homologous recombination which could be one of the mechanisms driving the evolution of C. difficile 16S-23S ISRs. The modular structure of the ISR, the high sequence similarities of ISRs of the same sizes and the presence of homologous recombination also suggest that different copies of C. difficile 16S-23S rRNA ISR are evolving in concert
Ključne besede: clostridium difficile, sequence analysis, ribosomal RNS
Objavljeno: 19.06.2017; Ogledov: 599; Prenosov: 339
.pdf Celotno besedilo (846,32 KB)
Gradivo ima več datotek! Več...

10.
Highly divergent Clostridium difficile strains isolated from the environment
Sandra Janežič, Mojca Potočnik, Valerija Tkalec, Maja Rupnik, 2016, izvirni znanstveni članek

Opis: Clostridium difficile is one of the most important human and animal pathogens. However, the bacterium is ubiquitous and can be isolated from various sources. Here we report the prevalence and characterization of C. difficile in less studied environmental samples, puddle water (n = 104) and soil (n = 79). C. difficile was detected in 14.4% of puddle water and in 36.7% of soil samples. Environmental strains displayed antimicrobial resistance patterns comparable to already published data of human and animal isolates. A total of 480 isolates were grouped into 34 different PCR ribotypes. More than half of these (52.9%; 18 of 34) were already described in humans or animals. However, 14 PCR ribotypes were new in our PCR ribotype library and all but one were non-toxigenic. The multilocus sequence analysis of these new PCR ribotypes revealed that non-toxigenic environmental isolates are phylogenetically distinct and belong to three highly divergent clades, two of which have not been described before. Our data suggest that environment is a potential reservoir of genetically diverse population of C. difficile.
Ključne besede: clostridium difficile, environment, isolation
Objavljeno: 19.06.2017; Ogledov: 687; Prenosov: 300
.pdf Celotno besedilo (1,13 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

Iskanje izvedeno v 0.3 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici