Iskanje po katalogu digitalne knjižnice

Opis: Clostridioides difficile (v nadaljevanju C. difficile) je anaerobna, po Gramu pozitivna bakterija, ki se zaradi prilagajanja na neugodne okoljske razmere preoblikuje v spore. Spore so zelo odporne in omogočajo dolgoročno preživetje v različnih okoljskih nišah, kot so zemlja, kompost in voda. Genomske študije so pokazale, da se populacija C. difficile diferencira in jo je mogoče razdeliti v več kladov (filogenetskih skupin): klade od 1 do 5 in divergentne klade od C-I do C-V. Sevi iz divergentnih kladov se genotipsko zelo razlikujejo od sevov iz kladov 1–5 in jih pogosteje najdemo v okolju, čeprav so bili opisani primeri okužb s sevi iz divergentnih kladov. Sevi iz kladov 1–5 so prisotni pri ljudeh, živalih in v različnih naravnih okoljih. Veliko raziskav o aktivnosti C. difficile je narejenih na obeh gostiteljih, človeku in živali. V okviru magistrskega dela smo z gojitvenimi metodami skušali preveriti prisotnost aktivnih oblik C. difficile v okolju izven gostitelja. Gojenje smo uporabili za preverjanje rasti C. difficile v nadzorovanih pogojih, tj. v vzorcih komposta. V magistrsko delo smo vključili tri kompostnike z različnih lokacij. Prisotnost C. difficile smo potrdili v enem. Ta kompost smo uporabili za pripravo mikrokozmov in spremljanje rasti C. difficile. Dobljeni rezultati potrjujejo postopno rast C. difficile v mikrokozmosih, s čimer smo prvi pokazali, da se lahko bakterija C. difficile razmnožuje v kompostu.
Ključne besede: C. difficile, kompost, vzorčenje, spore, divergentni sevi, ne divergentni sevi
Objavljeno v DKUM: 28.01.2025; Ogledov: 0; Prenosov: 14
Celotno besedilo (2,10 MB)

Opis: Clostridioides difficile je Gram pozitivna, striktno anaerobna bakterija, ki tvori zelo odporne spore, in velja za eno najpomembnejših človeških črevesnih patogenih bakterij. Čeprav so najbolj raziskan rezervoar bakterije bolnišnična okolja, se v zadnjem času zaradi pogostejših okužb izven bolnišnic pojavlja več raziskav o okoljskih rezervoarjih. Spore, ki jih tvori bakterija, so odporne na različne kemične in fizikalne dejavnike ter se lahko prenašajo med različnimi okolji. Prisotne so v prsti, vodi, domačih kompostnikih, rečnih sedimentih, našli so jih na površinah v gospodinjstvih, podplatih obuval in šapah domačih živali. V okviru magistrske naloge smo preverili pogostost in raznolikost PCR-ribotipov v vzorcih komposta in iztrebkih malih sesalcev. Okrog vsakega od treh kompostnikov smo nastavili 6-8 živolovnih pasti za male sesalce. Vzporedno z ulovljenimi malimi sesalci smo vzorčili kompostnike na treh vzorčnih mestih. Skupno smo tako zbrali 9 vzorcev komposta in 16 vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Male sesalce smo determinirali do vrste in jih izpustili nazaj v okolje. Za nadaljnjo analizo smo uporabili le njihove iztrebke. Na bakterijo C. difficile je bilo pozitivnih vseh 9 vzorcev komposta in 2 vzorca iztrebkov malih sesalcev, kar je predstavljalo 12,5 % vseh vzorcev malih sesalcev. Skupno smo osamili 103 izolata, 91 iz vzorcev komposta in 12 iz vzorcev iztrebkov malih sesalcev. Izolate smo razvrstili v 10 različnih PCR-ribotipov. Toksigen je bil samo en PCR-ribotip, in sicer 014/020, ki je pripadal toksinotipu 0. Iz iztrebkov smo osamili dva različna PCR-ribotipa. PCR-ribotip SLO 308 smo izolirali tako iz iztrebka malega sesalca kot iz vzorca komposta na isti lokaciji, kar nakazuje na možen prenos C. difficile med malimi sesalci in kompostom.
Ključne besede: Clostridioides difficile, osamitev, mali sesalci, kompost, Eno zdravje, molekularna karakterizacija, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 24.09.2024; Ogledov: 0; Prenosov: 34
Celotno besedilo (4,31 MB)

Opis: Po Gramu pozitivna anaerobna bakterija Clostridioides (Clostridium) difficile je pogosta povzročiteljica bolnišničnih črevesnih okužb. V zadnjih letih se povečuje število okužb v domačem okolju pri populaciji, ki je bila v preteklosti prepoznana po nizkem tveganju za okužbo. Bakterija tvori odporne endospore, ki ji omogočajo preživetje zunaj gostitelja. Okolje predstavlja enega od možnih rezervoarjev C. difficile. Namen naše naloge je bil raziskati pogostnost bakterije C. difficile v rečnem sedimentu. Vzorčeno je bilo na treh lokacijah vzdolž reke Drave v jesenskem in zimskem letnem času. Skupno je bilo nabranih 6 vzorcev v duplikatih, prisotnost spor bakterije C. difficile je bila dokazana na vseh lokacijah in v vseh vzorcih. Iz vseh vzorcev je bilo osamljenih 335 izolatov C. difficile, ki so bili z metodo PCR-ribotipizacije uvrščeni v 26 različnih PCR- ribotipov. Prevladujoča PCR-ribotipa sta bila 001/072 (29,9 %) in 014/020 (15,5 %), ki sta oba toksigena in sta pogosto povzročitelja okužb pri hospitaliziranih bolnikih v bližnji bolnišnici ter v Sloveniji in v svetu nasploh. Skupno je zgolj 8 PCR-ribotipov pripadalo netoksigenim izolatom, kar predstavlja 30,8 % vseh izolatov. Naši rezultati kažejo, da je rečni sediment bogat rezervoar endospor C. difficile in zaradi visokega deleža toksigenih sevov lahko predstavlja vir okužbe z bakterijo C. difficile.
Ključne besede: Clostridioides difficile, okoljski vzorci, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 29.10.2020; Ogledov: 1846; Prenosov: 100
Celotno besedilo (1,42 MB)

Opis: Clostridium difficile je po Gramu pozitivna, anaerobna, sporogena bakterija, ki povzroča črevesne okužbe, najpogosteje po zdravljenju z antibiotiki, kemoterapiji in po kirurških posegih, ki privedejo do porušenja normalne črevesne mikrobiote. Bakterijo lahko najdemo v različnih naravnih okoljih, črevesju živali in tudi hrani. Namen magistrskega dela je bil izolirati in karakterizirati bakterijo C. difficile s površine krompirjev, kupljenih v različnih lokalnih trgovinah ter iz čim več različnih držav. Iz 8 različnih trgovin smo pridobili 23 vzorcev krompirja, ki so izvirali iz 10 različnih držav. Prisotnost C. difficile smo dokazali pri 14 vzorcih (60,9 %). Iz vseh vzorcev smo osamili 162 izolatov C. difficile, katerim smo najprej s PCR-pomnoževanjem potrdili za C. difficile specifični gen cdd3, ter jih opredelili s PCR-ribotipizacijo in toksinotipizacijo. Vseh 162 izolatov smo uvrstili v 9 različnih PCR-ribotipov: 012, 014/020, 023, 027, 053, 126, 150, SLO 129 in SLO187. Najpogostejši PCR-ribotip je bil 014/020, sledila sta ribotipa 053 in 126. Toksigenih je bilo 137 izolatov, kasneje uvrščenih v 5 različnih toksinotipov – toksinotip 0, I, III, IV in V, 26 izolatov pa je bilo netoksigenih (s PCR nismo mogli dokazati prisotnosti toksinskih genov). Naši rezultati kažejo, da je krompir kontaminiran s sporami bakterije C. difficile v visokem deležu in da lahko na krompirju najdemo enake PCR-ribotipe, kot se pojavljajo pri ljudeh, živalih in v okolju.
Ključne besede: Clostridium difficile, krompir, PCR-ribotipizacija, toksinotipizacija
Objavljeno v DKUM: 27.09.2018; Ogledov: 2133; Prenosov: 138
Celotno besedilo (1,06 MB)

Opis: The variability of carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa strains (CRPA) isolated from urine and respiratory samples in a large microbiological laboratory, serving several health care settings, and from effluents of two wastewater treatment plants (WWTP) from the same region was assessed by PFGE typing and by resistance to 10 antibiotics. During the 12-month period altogether 213 carbapenem-resistant P. aeruginosa isolates were cultured and distributed into 65 pulsotypes and ten resistance profiles. For representatives of all 65 pulsotypes 49 different MLSTs were determined. Variability of clinical and environmental strains was comparable, 130 carbapenem-resistant P. aeruginosa obtained from 109 patients were distributed into 38 pulsotypes, while 83 isolates from WWTPs were classified into 31 pulsotypes. Only 9 pulsotypes were shared between two or more settings (hospital or WWTP). Ten MLST were determined for those prevalent pulsotypes, two of them (ST111 and ST235) are among most successful CRPA types worldwide. Clinical and environmental carbapenem-resistant P. aeruginosa strains differed in antibiotic resistance. The highest proportion of clinical isolates was resistant to piperacillin/tazobactam (52.3%) and ceftazidime (42.3%). The highest proportion of environmental isolates was resistant to ceftazidime (37.1%) and ciprofloxacin (35.5%). The majority of isolates was resistant only to imipenem and/or meropenem. Strains with additional resistances were distributed into nine different patterns. All of them included clinically relevant strains, while environmental strains showed only four additional different patterns.
Ključne besede: carpabenem resistance, antibiotic resistance, Pseudomonas aeruginosa, isolates
Objavljeno v DKUM: 12.12.2017; Ogledov: 1977; Prenosov: 448
Celotno besedilo (2,44 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...