| | SLO | ENG | Piškotki in zasebnost

Večja pisava | Manjša pisava

Iskanje po katalogu digitalne knjižnice Pomoč

Iskalni niz: išči po
išči po
išči po
išči po
* po starem in bolonjskem študiju

Opcije:
  Ponastavi


1 - 10 / 11
Na začetekNa prejšnjo stran12Na naslednjo stranNa konec
1.
Implementacija avtomatiziranega pristopa k analizi podatkov DNA sekvenciranja
Dragana Bjelić, 2020, magistrsko delo

Opis: Uvod: Z razvojem tehnologije sekvenciranja DNA in naraščanjem podatkov se povečuje tudi potreba po kvalitetni analizi in interpretaciji podatkov. Prav tako sta pomembna hitrost in zanesljivost klasificiranja posameznikov za določen genotip. Pri metodi sekvenciranja naslednje generacije (NGS) to klasificiranje temelji na klicanju različic, ki je sklepanje, da na določenem mestu obstaja razlika v nukleotidu v primerjavi z referenčnim nukleotidnim zaporedjem. Surovi podatki pridobljeni z NGS analizo so podani v datoteki VCF (ang. variant call format), kjer je v tabeli potencialnih različic oziroma kandidatnih genotipov v spremenljivki Filter pogosto uporabljena oznaka PASS za različice oziroma genotipe za katere je klasifikator nevronske mreže podal višjo verjetnost nereferenčnega klica genotipa kot za referenco, tj. zanesljiv klic različice. V magistrskem delu želimo s primerjavo števila klicanih različic in PASS različic med obstoječim in nadgrajenim pristopom pokazati pomembnost posodobitev programskih orodij. Metode: V empiričnem delu smo implementirali avtomatiziran pristop k analizi podatkov DNA sekvenciranja, ki je nadgradnja obstoječega protokola analize, ki je na razpolago na aparatu Illumina Miseq. V našem nadgrajenem protokolu smo namesto modula GATK Variant Caller iz različice v1.6. obstoječega orodja na aparatu Illumina MiSeq uporabili modul Haplotype Caller pridobljenega iz programskega paketa GATK v3.8. Haplotype Caller je natančnejši, saj zavrne podatke o poravnavi okoli položaja, kjer se sumi na različico in ponovno prebere odčitke v tej regiji. Prav tako smo nadgradili algoritem poravnave nukleotidnih zaporedij iz različice 0.7.9 v obstoječem protokolu na 0.7.12, ki nam z nadgradnjo omogoča HLA tipizacijo. Protokol smo nadgradili tudi s predhodnim obrezovanjem tehničnih nukleotidnih zaporedij. Na koncu smo analizo števila klicanih različic in PASS različic med obema pristopoma ovrednotili v programskem okolju R z Wilcoxon-ovim statističnim testom. Rezultati: Rezultati Wilcoxon-ovega testa so pokazali močno statistično značilno razliko med odkritim številom klicanih različic in PASS različic med nadgrajenim in obstoječim pristopom, pri čemer je nadgrajen pristop v povprečju odkril 26-krat več klicanih različic in 33 krat več PASS različic, od tega 5 pozitivnih PASS različic pomembnih za diagnozo od 12, kar pomeni 41,7 %. Diskusija: Ugotovili smo, da je nadgrajen tekoči trak ukazov za analizo nukleotidnega zaporedja DNA učinkovitejši, saj odkrije več klicanih in PASS različic.
Ključne besede: NGS, bioinformatika, sekvenciranje, Illumina MiSeq
Objavljeno: 21.09.2020; Ogledov: 310; Prenosov: 101
.pdf Celotno besedilo (7,38 MB)

2.
Molekularna patogeneza revmatoidnega artritisa in osteoartritisa z uporabo genske ontologije
Anja Grušovnik, 2019, magistrsko delo

Opis: Revmatoidni artritis in osteoartritis sta najpogosteje prisotni vrsti artritisa. Osteoartritis je primarno degenerativna bolezen sklepov, revmatoidni artritis pa je kronična avtoimunska bolezen. Obe bolezni sta z genetskega vidika kompleksni. Z revmatoidnim artritisom je do danes povezanih približno 100 lokusov, z osteoartritisom pa 64. Glavni namen naloge je bil s pomočjo uporabe asociacijskih študij, genske ontologije in bioinformatskih orodij odkriti molekularne biološke poti in procese, ki so odgovorni za nastanek in razvoj obeh bolezni ter jih med seboj primerjati. Dve izmed glavnih metod raziskovanja patofizologije sta genska ontologija in asociacijske študije celotnega genoma. Izvedena je bila meta-statistična analiza več polimorfizmov za obe bolezni. Uporabili smo različna bioinformatska orodja. Izdelana je bila tudi vizualizacija omrežij molekularnih interakcij in bioloških poti. Pri meta-statistični analizi izbranih polimorfizmov za osteoartritis je bil DVWA edini signifikanten gen, pri revmatoidnem artritisu pa PTPN22, CTLA4, STAT4, AFF3, CD40 in KIF5A. Rezultati programa DAVID so podali 2 signifikantna klastra za osteoartritis ter 13 signifikantnih klastrov za revmatoidni artritis. Bolezni si delita 260 skupnih ključev genske ontologije in 31 genov. Pri vizualiziranih mrežah bioloških poti smo lahko našli nekatere podobnosti, zlasti pri pozitivnih in negativnih regulacijah bioloških procesov; zanimive so bile tudi podobnosti znotraj imunskega sistema in ubikvitinacije. Naše domneve so tako bile utemeljene: z GWA študijami in pristopom genske ontologije smo lahko zbrali podatke in izpostavili pomembne biološke procese obeh bolezni ter jih med seboj primerjali. Izkazalo se je tudi, da so nekatere molekularne interakcije in biološke poti primerljive.
Ključne besede: GWAS, meta-statistična analiza, DAVID, Cytoscape, vizualizacija
Objavljeno: 11.11.2019; Ogledov: 593; Prenosov: 72 
(1 glas)
.pdf Celotno besedilo (4,85 MB)

3.
Primerjava pristopov edgeR in voom za analizo diferencialnega izražanja genov na podlagi podatkov sekvenciranja transkriptoma
Lara Bezjak, 2019, magistrsko delo

Opis: Izhodišče: Z razvojem visoko zmogljivih tehnologij sekvenciranja, ki so omogočile pridobitev velike količine podatkov iz bioloških vzorcev, je hitro naraslo tudi število programskih orodij za urejanje teh podatkov, vendar pa trenutno še ni soglasja o najprimernejšem postopku ali metodi za identifikacijo različno izraženih genov s tehnologijo sekvenciranja naslednje generacije (RNA-seq). Namen naloge je bil analizirati dva pristopa za analizo RNA-seq podatkov in njune rezultate validirati z zlatim standardom. Metode: V nalogi smo uporabili dva pristopa, edgeR (Robinson, et al., 2010) in limma (Ritchie, et al., 2015) -voom (Law, et al., 2014), ter njune rezultate preverili z metodo RT-qPCR. Z RT-qPCR smo preverili štiri gene, ki so imeli izračunane nasprotujoče si log2FC in p-vrednosti. Na koncu smo zbrane rezultate vseh treh metod analizirali s programskim orodjem SPSS. Rezultati: Rezultati Spearmanovega testa korelacije so pokazali močno korelacijo med izračunanimi log2FC in p-vrednostmi obeh pristopov, vendar je Wilcoxonov test pokazal, da se log2FC in p-vrednosti kljub temu statistično značilno razlikujejo glede na to, katero metodo smo uporabili. Tri gene, ki so se po metodah edgeR in voom najbolj razlikovali, smo analizirali z RT-qPCR in ugotovili, da dobljeni rezultati qRT-PCR bolj sovpadajo s pristopom voom kot z edgeR, kar je potrdil tudi Spearmanov test korelacije in Wilcoxonov test. Diskusija: Iz rezultatov smo zaključili, da je pristop voom primernejši, saj daje zanesljivejše rezultate kot edgeR kljub temu da smo imeli zelo majhen vzorec (3 posameznike za vsako skupino).
Ključne besede: RNA sekvenciranje, transkriptomika, R, RT-qPCR, bioinformatika
Objavljeno: 11.11.2019; Ogledov: 417; Prenosov: 93
.pdf Celotno besedilo (1,59 MB)

4.
Isolation and characterization of human articular chondrocytes from surgical waste after total knee arthroplasty (TKA)
Jakob Naranđa, Lidija Gradišnik, Mario Gorenjak, Matjaž Vogrin, Uroš Maver, 2017, izvirni znanstveni članek

Opis: BACKGROUND: Cartilage tissue engineering is a fast-evolving field of biomedical engineering, in which the chondrocytes represent the most commonly used cell type. Since research in tissue engineering always consumes a lot of cells, simple and cheap isolation methods could form a powerful basis to boost such studies and enable their faster progress to the clinics. Isolated chondrocytes can be used for autologous chondrocyte implantation in cartilage repair, and are the base for valuable models to investigate cartilage phenotype preservation, as well as enable studies of molecular features, nature and scales of cellular responses to alterations in the cartilage tissue. METHODS: Isolation and consequent cultivation of primary human adult articular chondrocytes from the surgical waste obtained during total knee arthroplasty (TKA) was performed. To evaluate the chondrogenic potential of the isolated cells, gene expression of collagen type 2 (COL2), collagen 1 (COL1) and aggrecan (ACAN) was evaluated. Immunocytochemical staining of all mentioned proteins was performed to evaluate chondrocyte specific production. RESULTS: Cartilage specific gene expression of COL2 and ACAN has been shown that the proposed protocol leads to isolation of cells with a high chondrogenic potential, possibly even specific phenotype preservation up to the second passage. COL1 expression has confirmed the tendency of the isolated cells dedifferentiation into a fibroblast-like phenotype already in the second passage, which confirms previous findings that higher passages should be used with care in cartilage tissue engineering. To evaluate the effectiveness of our approach, immunocytochemical staining of the evaluated chondrocyte specific products was performed as well. DISCUSSION: In this study, we developed a protocol for isolation and consequent cultivation of primary human adult articular chondrocytes with the desired phenotype from the surgical waste obtained during TKA. TKA is a common and very frequently performed orthopaedic surgery during which both femoral condyles are removed. The latter present the ideal source for a simple and relatively cheap isolation of chondrocytes as was confirmed in our study.
Ključne besede: aggrecan, collagen 2, gene expression, human articular chondrocytes, isolation protocol, phenotype preservation, TKA, total knee arthroplasty
Objavljeno: 02.08.2017; Ogledov: 788; Prenosov: 417
.pdf Celotno besedilo (42,50 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

5.
Vpliv hidrolizirajočih taninov iz izvlečkov kostanja na črevesne epitelijske celice humanega in prašičjega izvora
Neža Vidmar, 2017, magistrsko delo/naloga

Opis: V magistrskem delu smo ugotavljali vpliv različnih koncentracij kostanjevih taninov na presnovo celic in izražanje toksičnih učinkov na epitelijske celice ter izražanje pozitivnih učinkov kostanjevih taninov na tesne celične stike med epitelijskimi celicami tankega črevesja humanega in prašičjega izvora. Za citotoksični test, test presnovne aktivnosti celic, test viabilnosti celic in funkcionalne celične 3-D modele smo uporabili prašičje enterocite CLAB in humane fetalne epitelijske celice tankega črevesja H4-1 ter hidrolizirajoče tanine iz izvlečkov kostanja, FARMATAN in FARMATAN ET 50. Pri izpostavitvi funkcionalnih celičnih 3D-modelov taninom in merjenju transepitelijske električne upornosti (TEER) smo uporabili elektrodo za merjenje električne upornosti in potenciala. V celicah, ki so bile izpostavljene višjim koncentracijam kostanjevih taninov, je prišlo do zmanjšane količine kristal vijoličnega. Pri presnovni aktivnosti celic so se pri višjih koncentracijah vrednosti absorbance v primerjavi s kontrolo znižale. Po izpostavitvi celičnih linij kostanjevemu taninu so vrednosti transepitelijske električne upornosti (TEER) glede na kontrolo naraščale.
Ključne besede: hidrolizirajoči tanini, črevesje, tesni stiki, funkcionalni 3D – celični modeli, transepitelijska električna upornost (TEER)
Objavljeno: 11.07.2017; Ogledov: 1037; Prenosov: 108
.pdf Celotno besedilo (639,05 KB)

6.
Polyester type polyHIPE scaffolds with an interconnected porous structure for cartilage regeneration
Jakob Naranđa, Maja Sušec, Uroš Maver, Lidija Gradišnik, Mario Gorenjak, Andreja Vukasović, Alan Ivković, Marjan Rupnik, Matjaž Vogrin, Peter Krajnc, 2016, izvirni znanstveni članek

Opis: Development of artificial materials for the facilitation of cartilage regeneration remains an important challenge in orthopedic practice. Our study investigates the potential for neocartilage formation within a synthetic polyester scaffold based on the polymerization of high internal phase emulsions. The fabrication of polyHIPE polymer (PHP) was specifically tailored to produce a highly porous (85%) structure with the primary pore size in the range of 50–170 μm for cartilage tissue engineering. The resulting PHP scaffold was proven biocompatible with human articular chondrocytes and viable cells were observed within the materials as evaluated using the Live/Dead assay and histological analysis. Chondrocytes with round nuclei were organized into multicellular layers on the PHP surface and were observed to grow approximately 300 μm into the scaffold interior. The accumulation of collagen type 2 was detected using immunohistochemistry and chondrogenic specific genes were expressed with favorable collagen type 2 to 1 ratio. In addition, PHP samples are biodegradable and their baseline mechanical properties are similar to those of native cartilage, which enhance chondrocyte cell growth and proliferation.
Ključne besede: polyester, polymerization, polyHIPE
Objavljeno: 23.06.2017; Ogledov: 977; Prenosov: 315
.pdf Celotno besedilo (1,24 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

7.
A co-culture model of the developing small intestine offers new insight in the early immunomodulation of enterocytes and macrophages by Lactobacillus spp. through STAT1 and NF-kB p65 translocation
Martin Trapečar, Aleš Goropevšek, Mario Gorenjak, Lidija Gradišnik, Marjan Rupnik, 2014, izvirni znanstveni članek

Opis: The early establishment of a complete microbiome has been shown to play an integral part in the development and maintenance of an intact intestine and its immune system, although much remains unknown about the specific mechanisms of immune modulation in newborns. In our study we show in a co-culture model of the undeveloped small intestine that members of Lactobacillus spp. influence STAT1 and NF-kB p65 nuclear translocation in both intestinal epithelial cells as well as underlying macrophages. Moreover, by using imaging flow cytometry we were able to monitor each individual cell and create a framework of the percentage of cells in which translocation occurred in challenged versus control cell populations. We also observed a significant difference in baseline translocation in intestinal cells when cultured alone versus those in a co-culture model, underpinning the importance of 3D models over monolayer set-ups in epithelial in vitro research. In conclusion, our work offers new insights into the potential routes by which the commensal microbiome primes the early immune system to fight pathogens, and shows how strain-specific these mechanisms really are.
Ključne besede: microbiome, Lactobacillus, immune system, pathogens
Objavljeno: 19.06.2017; Ogledov: 816; Prenosov: 289
.pdf Celotno besedilo (2,86 MB)
Gradivo ima več datotek! Več...

8.
PSIHOLOŠKA PARADIGMA UVAJANJA INZULINSKE TERAPIJE
Mario Gorenjak, 2015, diplomsko delo

Opis: Teoretična izhodišča: Pacienti s sladkorno boleznijo, ki potrebujejo inzulinsko zdravljenje doživljajo strah in negotovost, zaradi negativnih vidikov inzulinske terapije kot so: hipoglikemija, strah pred iglami, bolečina ob zbadanju z iglo in dvomi glede doziranja ter časa aplikacije inzulina. V kombinaciji z možnostjo pojava akutnih in kroničnih zapletov, ti dejavniki predstavljajo psihosocialno breme za diabetike. Namen diplomskega dela je bil izpostaviti psihosocialni vidik uvajanja inzulinske terapije, ugotoviti s kakšnimi težavami se srečajo diabetiki, ko jim je prvič predpisana inzulinska terapija in predstaviti vlogo medicinske sestre v procesu uvajanja inzulinske terapije. Metodologija raziskovanja: Metodo deskripcije z analizo domače in tuje literature smo uporabili za teoretični opis sladkorne bolezni, inzulinske terapije in smernic za uvajanje inzulinske terapije z upoštevanjem psihosocialnega vidika. Za empirični del diplomskega dela smo uporabili kvantitativno raziskovanje z metodo anketiranja. Ugotavljali smo, s kakšnimi psihosocialnimi težavami, strahovi in dilemami se soočajo pacienti, ko jim prvič uvedemo inzulin. V čakalnici diabetološke ambulante UKC Maribor smo anketirali 50 pacientov, ki si aplicirajo inzulin. Rezultati: Ugotovili smo, da je bilo 60 % anketiranih ob uvedbi inzulinske terapije splošno prestrašenih in zaskrbljenih, 66 % jih je uvedbo inzulina videlo kot poslabšanje bolezni, 60 % jih je bilo strah hipoglikemije, 100 % jih je ob uvedbi inzulina dobilo dovolj informacij s strani zdravstvenega tima in 58 % anketiranih si najraje aplicira inzulin v prostoru, ki omogoča zasebnost. 96 % anketiranih se zaradi potrebe po inzulinu ne počuti diskriminirano. Sklep: Sladkorna bolezen in inzulinska terapija zahtevata velike spremembe v življenjskem slogu diabetika. Diabetiki si želijo, da bi bilo več pozornosti pri obravnavi namenjeni psihološki podpori. Medicinska sestra pri obravnavi pacienta s sladkorno boleznijo deluje kot vzgojiteljica in pacientov zagovornik, ter upošteva psihosocialno breme sladkorne bolezni in negativne vidike inzulinske terapije. V obravnavi spoštuje pacientovo zasebnost, pravico do samoodločanja in pravico do izbire lastnega življenjskega sloga.
Ključne besede: sladkorna bolezen, inzulin, pacienti, psihosocialni vidik
Objavljeno: 24.09.2015; Ogledov: 1101; Prenosov: 197
.pdf Celotno besedilo (1,84 MB)

9.
Mehanizmi delovanja probiotičnih in protektivnih bakterij PCS 20, PCS 26 ter LGG v preprečevanju metaboličnega sindroma
Mario Gorenjak, 2014, doktorska disertacija

Opis: Metabolični sindrom, znan tudi kot »sindrom X« ali »sindrom inzulinske rezistence«, narašča po vsem svetu, vključno z državami v razvoju. Presnovni sindrom je sestav klinično izraženih znakov, kot so centralna debelost, visok krvni tlak, povišana raven plazemske glukoze na tešče ali diagnosticirana sladkorna bolezen, nizek HDL in povišani serumski trigliceridi. Vse te sestavine skupaj ali posamezno vplivajo na razvoj srčno-žilnih bolezni, ki so vodilni vzrok smrti v sodobnem svetu. Izsledki preteklih raziskav so pokazali, da lahko probiotične/protektivne bakterije vplivajo na izboljšanje zdravja s pozitivnimi učinki na bolezni, ki so sestavine presnovnega sindroma, in sicer sladkorna bolezen, povišan krvni tlak, dislipidemija in nizkostopenjsko vnetje. Cilji doktorske disertacije so bili, ugotoviti, kateri izmed probiotičnih/protektivnih sevov Lactobacillus plantarum PCS 20, Lactobacillus plantarum PCS 26 in Lactobacillus rhamnosus GG deluje pozitivno v kaskadi molekularnih reakcij na ravni tankega črevesja, remodeliranja monocitov/makrofagov in adipocitov v humanem celičnem modelu nekarcinogenega izvora, ter podati znanstveno razlago mehanizmov možnega pozitivnega večnivojskega delovanja izbranih probiotičnih/protektivnih sevov pri bolnikih s presnovnim sindromom. V ta namen smo raziskavo razdelili na dva dela. Prvi del je zajemal predklinično in vitro laboratorijsko študijo, ki je ena izmed prvih v svetovnem merilu, ki je preučevala mehanizme delovanja probiotičnih/protektivnih bakterij v preprečevanju presnovnega sindroma z uporabo funkcionalnih celičnih modelov nekarcinogenega izvora, natančneje z uporabo celičnih linij humanega črevesnega epitelija, humanih monocitov/makrofagov in humanih visceralnih preadipocitov. Z in vitro laboratorijsko študijo smo dokazali, da probiotični/protektivni sev Lactobacillus plantarum PCS 26 izraža pozitivne učinke, ki bi v gostitelju s presnovnim sindromom lahko pripomogli k lajšanju posameznih sestavin sindroma, in hkrati uvedli tudi nov pristop k raziskovanju biosubstanc z uporabo funkcionalnih celičnih modelov humanega nekarcinogenega izvora. Drugi del raziskave je zajemal prospektivno, dvojno slepo in s placebom kontrolirano in vivo pilotno klinično študijo, v katero je bilo zajetih 16 prostovoljcev s presnovnim sindromom. Rezultati raziskav so pokazali, da probiotični protektivni sev Lactobacillus plantarum PCS 26 pozitivno vpliva na zmanjšanje obsega pasu, na znižanje koncentracije serumskega holesterola in na vzdrževanje ravni adiponektina v serumu. Ti vplivi skupaj pa lahko pripomorejo k lajšanju presnovnega sindroma predvsem z vidika klinične manifestacije in tveganj v povezavi s srčno-žilnimi boleznimi. Izvedene raziskave predstavljajo temeljno izhodišče za načrtovanje in izvedbo dolgoročne klinične študije v velikem obsegu, ki bi nam omogočila podrobnejši vpogled v mehanizme delovanja probiotičnih/protektivnih bakterij v preprečevanju ali lajšanju presnovnega sindroma.
Ključne besede: presnovni sindrom, debelost, inzulinska rezistenca, dislipidemija, probiotične bakterije, funkcionalni celični modeli.
Objavljeno: 05.11.2014; Ogledov: 2171; Prenosov: 302
.pdf Celotno besedilo (26,41 MB)

10.
ANALIZA PREHRANJEVALNIH NAVAD IN OZAVEŠČENOST OSNOVNOŠOLCEV O ZDRAVEM NAČINU PREHRANJEVANJA
Ivana Vukovski, 2013, magistrsko delo

Opis: Eden najpreprostejših in hkrati najučinkovitejših načinov, s katerimi je mogoče vplivati na zdravje, je naš način prehranjevanja oziroma kvaliteta hrane, ki jo uživamo. Cilj raziskave je bil ugotoviti, ali so mladostniki dovolj seznanjeni in koliko vedo o pomenu pravilnega prehranjevanja, hkrati pa tudi ugotoviti razliko seznanjenosti o pravilnem prehranjevanju med 5. in 8. razredi osnovnih šol. V raziskovalnem vzorcu je bilo zajetih skupaj 398 učencev različnega spola iz 10 osnovnih šol v Mariboru, od tega je bilo 206 učencev iz 5. razredov in 192 učencev iz 8. razredov. Večina anketiranih osnovnošolcev meni, da prehrana vpliva na zdravje. Izsledki raziskave so pokazali, da večji odstotek petošolcev kot osmošolcev redno zajtrkuje, prav tako so učenci 5. razredov bolj zadovoljni s kosilom in količinsko dobljeno hrano kot učenci 8. razredov. Izsledki raziskave kažejo, da je ozaveščenost o pomembnosti pregledovanja označb na živilih večja pri petošolcih kot pri osmošolcih. Osnovnošolci menijo, da so aditivi, holesterol in barvila nevarni dodatki v prehrani, medtem ko so zanje sol, rastlinska in živalska maščoba nenevarni.
Ključne besede: prehranjevalne navade, osnovnošolci, šolska prehrana, varnost hrane
Objavljeno: 15.10.2013; Ogledov: 2051; Prenosov: 335
.pdf Celotno besedilo (1,65 MB)

Iskanje izvedeno v 0.32 sek.
Na vrh
Logotipi partnerjev Univerza v Mariboru Univerza v Ljubljani Univerza na Primorskem Univerza v Novi Gorici